Rapport du comité d'experts

Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Modélisation et Ingénierie des Systèmes Complexes Biologiques pour le diagnostic FRE 3009 du CNRS mars 2008

Section des Unités de recherche Rapport du comité d'experts Unité de recherche : Modélisation et Ingénierie des Systèmes Complexes Biologiques pour le diagnostic - FRE 3009 du CNRS mars 2008

Rapport du comité d'experts L'Unité de recherche : Nom de l'unité : Modélisation et Ingénierie des Systèmes Complexes Biologiques pour le diagnostic Label demandé : UMR CNRS Bio-Rad N si renouvellement : FRE 3009 Nom du directeur : M. Franck MOLINA Université ou école principale : CNRS Autres établissements et organismes de rattachement : Société Bio-Rad Date(s) de la visite : 11 mars 2008 2

Membres du comité d'évaluation Président : M. Philippe Tracqui, Grenoble Experts : M. François Trivin, Tours M. William Saurin, Montrouge M. Christophe Marquette, Lyon Mme Chantal Etievant, Toulouse Expert(s) représentant des comités d évaluation des personnels (CNU, CoNRS, CSS INSERM, représentant INRA, INRIA, IRD..) : M. Daniel Baty, Marseille, représentant du CoNRS Observateurs Délégué scientifique de l'aeres : M. Gilles Bernot Représentant de l'université ou école, établissement principal : Représentant(s) des organismes tutelles de l'unité : M. Thierry Meinnel, chargé de mission du département SDV du CNRS M. Serge Dulucq, DSA CNRS M. Patrice Deletoille, représentant de la société Bio-Rad M. Jean-François Delagneau, représentant de la société Bio-Rad M. Bernard Jollans, délégation régionale du CNRS 3

Rapport du comité d'experts 1 Présentation succincte de l'unité L unité mixte FRE 3009 CNRS/Bio-Rad SysDiag est une unité de recherche fortement pluridisciplinaire qui émane de la restructuration de l UMR 5160 CNRS-BioRad. Celle-ci a conduit à un regroupement des trois équipes directement impliquées avec le partenaire industriel Bio-Rad dans des recherches de modélisation et d ingénierie pour le diagnostic. La direction de la FRE est ainsi composée d un directeur académique (CNRS) et d un directeur adjoint issu de l industriel partenaire. Cette unité est composée d un personnel relativement jeune (moyenne d âge 41 ans pour les chercheurs et 33 ans pour les ITA), ce qui rend l unité extrêmement dynamique. La composition actuelle en personnel est la suivante : Nombre de chercheurs statutaires : 14 dont 10 membres de la société Biorad Nombre d enseignants-chercheurs statutaires : 1 Prof Associé ST Nombre de membres de l unité bénéficiant d une PEDR : 1 sur 1 Nombre de membres de l unité titulaires d une HDR : 7 Nombre d ITA : 18 dont 5 ITA CNRS et 13 ITA Bio-Rad Nombre de doctorants : 5 Nombre de doctorants ayant soutenu leur Thèse depuis Janvier 2004 : sans objet (création du labo le 1 er jan 2007) Nombre d enseignants-chercheurs et chercheurs publiants : 5 sur 5 parmi les enseignants-chercheurs et les chercheurs de secteur public. A noter que les 10 chercheurs de la société Biorad sont également publiants. Après une première période d activité dans des locaux dispersés géographiquement et exigus, la FRE a supervisé les travaux d installation et a réussi son déménagement en juin 2007 dans 1100 m 2 de locaux neufs, loués par le partenaire privé. 2 Déroulement de l'évaluation L évaluation de l unité s est déroulée sur une journée. Après une brève réunion préparatoire du comité, elle a commencé à 10h15 par un entretien avec la direction du laboratoire (directeur et directeur adjoint), suivi d une visite du laboratoire sous la conduite des deux directeurs. En présence des personnels de l unité, un exposé oral plus formel du directeur de l unité sur l activité du laboratoire SysDiag et des projets de recherches développés a clôturé la matinée. Après un déjeuner-buffet, les rencontres scientifiques de l aprèsmidi ont été introduites à 14h par une brève présentation des activités de la société Bio-Rad. Le comité d évaluation a ensuite assisté en deux sessions parallèles à la présentation par les personnels de l unité des 11 projets et des 3 plates-formes. Au moins deux experts du comité assistaient à chaque présentation. A la fin de ces présentations, le comité s est entretenu avec l ensemble des personnels de l unité en l absence des directeurs. Le comité s est ensuite réuni pour délibération, après que les observateurs des différentes sections du CNRS et de Bio-Rad se sont exprimés. Les délibérations se sont achevées à 18h. Au nom du comité, le président a alors remercié l ensemble des personnels pour leur investissement dans la préparation de cette journée d évaluation, en mentionnant les impressions très positives des membres du comité. 4

3 Analyse globale de l unité, de son évolution et de son positionnement local, régional et européen Les experts ont globalement analysé très positivement l évolution et les axes scientifiques de l unité, tout en soulignant que son évaluation arrive relativement tôt compte tenu de la date de création de la FRE. L impression dominante est celle d une unité jeune et très dynamique, qui a réussi à fédérer avec succès des équipes d une ancienne UMR autour d axes de recherches innovants, tout en conservant et en renforçant un partenariat fort avec un industriel qui est un leader mondial dans le domaine du diagnostic. Au sein de ce partenariat, celui-ci a très significativement accru son implication en ressources humaines et matérielles, mais sans restreindre les initiatives scientifiques des chercheurs académiques. La FRE se distingue par une organisation originale pour une unité CNRS, avec une structuration en équipes projets, soumises régulièrement à une évaluation et à un suivi internes. D autre part, les experts ont très favorablement apprécié l interdisciplinarité forte et réelle des activités de recherche développées, avec des projets scientifiques complémentaires s appuyant sur des plates-formes technologiques très performantes. Sur un plan matériel, la FRE a également réussi à trouver une solution à la dispersion géographique des chercheurs et à l exiguïté des locaux universitaires en initiant et en supervisant un regroupement de l unité vers des locaux neufs parfaitement adaptés, qui a mobilisé très significativement toute l unité au cours de l année 2007. Cette nouvelle implantation géographique permet notamment à la FRE d ouvrir à la communauté scientifique des plates-formes techniques performantes, comme la plate-forme «Anticorps pour la Protéomique et la Santé» (PAPS) soutenue par la région Languedoc-Roussillon. L unité est également co-fondatrice d une plateforme régionale de protéomique clinique (PPC) au sein du pôle protéome de Montpellier. Elle est impliquée dans différents pôles de compétitivité régionaux (maladies rares, OPHEME) et nationaux (MEDICEN), ainsi que dans le réseau national des génopoles. Le comité d experts a cependant noté les interactions limitées de l unité avec les universités de Montpellier. Au niveau européen, l unité collabore avec la plate-forme d anticorps de l EMBL à Rome. Elle est l un des laboratoires partenaires des projets européens BaSysBio et cneupro (FP6) et du projet de premier réseau européen de diagnostics médicaux (FP7). Des relations étroites ont également été nouées avec la Tunisie (Univ. de Sfax) et le Brésil, via des thèses en co-tutelle. Sur un plan plus administratif, il faut noter également la très bonne synergie d action que la FRE a créée avec la délégation régionale du CNRS et les services de valorisation. 4 Analyse équipe par équipe et par projet L objectif de la FRE est de mener des recherches dans le diagnostic de pathologies complexes en associant in situ dans un contexte inter-disciplinaire des approches biologiques expérimentales de haut niveau à des approches théoriques sur la dynamique des systèmes complexes. Pour réussir dans cette démarche exigeante et encore largement originale, la stratégie mise en œuvre au sein de la FRE s appuie sur des équipes projets internes qui seront amenées à évoluer dans leur organisation et composition. Chaque équipe-projet est constituée de 3 à 5 personnes, qui peuvent intervenir dans plusieurs projets selon leurs compétences. On pourrait craindre qu'une telle organisation ne soit pas propice au développement de travaux de thèse. Cela n'est pas le cas: la durée des projets est compatible avec celle d'une thèse, les étroites relations entre projets offrant également une solution pour la poursuite d'une thèse si d'aventure le projet dans lequel elle se développe venait à être arrêté. Les projets développés dans la FRE sont nombreux, mais unifiés de façon cohérente autour de deux grands axes, dont le développement s appuie sur des moyens techniques de haut niveau présents au sein de trois plates-formes technologiques pour (i) la sélection d anticorps à haut débit, - (ii) la mise en œuvre et le développement d outils bio-informatiques et bio-statistiques et (iii) la chimie et la synthèse peptidique. L unité s est également dotée d un service d administration des ressources informatiques, essentiel pour l administration sécurisée des serveurs de calcul et des bases de données. 5

Les deux axes de recherche ne sont présentés ci-dessous que très brièvement pour des raisons de confidentialité. Le premier axe, «pathologies complexes : Causalités et Biomarqueurs», est constitué de 5 projets, tous jugés excellents par le comité. Même si pour certains des projets les approches adoptées ne sont pas révolutionnaires, elles sont clairement pertinentes et conduisent à des résultats innovants. Le second axe, «Nouvelles approches pour le dignostique du futur», est constitué de 6 projets largement pluridisciplinaires. Les projets proposent pour la plupart des approches ambitieuses, avec des aspects de modélisation mathématique et informatique très innovants. Les trois plate-formes constituent un atout central pour le développement des projets. La plate-forme de protéomique clinique concerne la majeure partie des activités du laboratoire au travers des projets. Cette plate-forme «chimie et synthèse peptidique» semble tout à fait performante, avec des responsables de plate-forme conscients de leur utilité pour le reste de l unité. Les appareillages et les techniques employées sont à jour. La plate-forme «Bio-informatique et Biostatistiques» propose des logiciels d analyse performants (PEPOP, MIMOP). Une impression de manque de moyens s est dégagée de la présentation et des discussions avec les personnels responsables de cette plate-forme. Selon les besoins il est fait appel à des collaborations et des prestations extérieures. Le recrutement d un responsable R&D est en cours. 5 Analyse de la vie de l'unité L'organisation en équipe-projets est originale dans une unité de recherche académique. Les modes d'élaboration, de sélection et de suivi des projets (revue bisannuelle) est de nature à entretenir et à développer la cohésion thématique de l'unité. Cette organisation a également l'avantage de permettre une allocation efficace des ressources consacrées aux différents projets. Les projets sont soumis tous les 6 mois à des audits internes pour évaluer l état d avancement des travaux et permettre ainsi un recadrage, assorti de moyens supplémentaires en crédits de fonctionnement et en personnel si nécessaire. En termes de management : Les membres du comité ont vraiment ressenti que tous les personnels sont heureux, soudés et motivés pour travailler ensemble. Ils sont d autre part parfaitement soutenus et encadrés par le directeur et le directeur scientifique adjoint. Une fois que la nouvelle structure aura trouvé son rythme de croisière, le directeur et le directeur adjoint devront laisser plus d autonomie aux responsables de projet. Il faut noter l absence de conseil de laboratoire. En termes de ressources humaines : Il existe un fort déséquilibre entre le soutien CNRS et celui de BioRad, avec notamment peu de personnel CNRS, le ratio CNRS/Bio-Rad étant de1pour 5 au niveau des ITA. Il y a peu de moyen en personnel pour la gestion adminsitrative de l unité. A noter également la quasi-absence d enseignants-chercheurs et d hospitalo universitaires rattachés à l unité. La précarité des personnels de la plate-forme de protéomique clinique est également un point important à souligner. En termes de communication : L unité participe à des animations scientifiques (journée de la science), mais pourrait accroître ses interactions avec le monde universitaire. 6

6 Conclusions Points forts : L unité met en œuvre de façon performante une interdisciplinarité réelle et forte, servie par des équipes projets dynamiques dont la moyenne d âge est basse. De très nombreuses interactions existent entre les projets qui de fait capitalisent sur des modèles (biologiques ou théoriques), des technologies, ou des formalismes communs. Cette interdisciplinarité est amplifiée par le développement au sein même de l unité de plate-formes techniques de très haut niveau et complémentaires. Elle se traduit par une recherche de qualité dans le domaine du diagnostic avec de nombreux projets très innovants et de niveau international. La production scientifique de l unité est très bonne en terme de publications et excellente en termes de brevets, malgré un déménagement lourd en 2007. L unité possède une maîtrise remarquable des outils de production des anticorps monoclonaux et des peptides synthétiques. Elle développe par ailleurs une véritable culture de l innovation dans le domaine de l immunodosage pour le diagnostic en pathologie humaine. Les liens bien établis avec de nombreux cliniciens spécialistes des domaines d étude sont un point fort pour une équipe qui centre sa thématique de recherche sur le diagnostic en santé humaine. La synergie très étroite qui s est intensifiée avec un industriel de premier plan dans l'activité du diagnostic permet le développement de produits par un transfert technologique direct, tout en valorisant les innovations de l'unité aura produites. Ces accords de partenariat paraissent tout à fait favorables au CNRS au regard de la forte implication en termes de ressources matérielles et humaines mises à disposition de l unité. Points à améliorer : S il se maintenait, le faible ratio en personnel CNRS pourrait conduire à un déséquilibre des moyens humains au sein de l unité et diluer fortement de la propriété intellectuelle allouée au CNRS sur les brevets déposés. Le nombre d étudiants en Master ou en thèse est faible, et l'unité pourrait certainement accroître son effort dans l'encadrement de doctorants, maintenant que les limitations imputables au déménagement de l unité ne sont plus aussi pressantes. L implication des chercheurs titulaires de l HDR (6 dans l unité) paraît peu visible dans la dynamique scientifique des équipe-projets, alors que l implication du directeur dans les projets de recherche est forte. Les interactions de l unité avec le monde universitaire et le monde étudiant restent faibles. Un conseil de laboratoire pourrait être mise en place au sein de l unité. Sur le plan scientifique, une meilleure prise en compte des données fondamentales dans les thèmes abordés serait souhaitable. Peu de modèles expérimentaux sont utilisés pour les investigations physiopathologiques de l une ou l autre des pathologies explorées, DNAplex excepté. Actuellement, l unité dispose d un nombre limité de financements sur projets (ANR, CE). La direction de l unité semble consciente de ces points à améliorer et a commencé à mettre en place des actions en ce sens, maintenant que l installation dans les nouveaux locaux est en grande partie achevée. Recommandations : L unité est très jeune, et doit donc être évaluée plus sur la qualité des projets (certains très ambitieux) que sur les résultats acquis. Pour autant, la production de l unité, notamment en termes de brevet, est très bonne. Le caractère interdisciplinaire réel et productif de ces jeunes chercheurs est apparu tout à fait remarquable au comité d expert. Les différents succès obtenus dans le regroupement d équipes de recherche d une ancienne unité dans des locaux optimisés, dans le renforcement d un partenariat fort avec un partenaire privé, dans le maintien de plates-formes de haute technicité, ainsi que dans la mise en place d une organisation et d un suivi performant des équipes de recherche sont à prendre en considération. En conclusion, le comité d experts donne un avis très positif sur l activité de l unité SysDiag. 7

SysDiag CNRS FRE 3009, Modélisation et Ingénierie des systèmes complexes biologiques pour le diagnostic, Montpellier, France. Montpellier, 7 avril 2008 Objet : réponse au rapport du comité de visite AERES Madame, Monsieur, La direction du laboratoire SysDiag, (FRE3009 CNRS/Bio-Rad) a pris acte du rapport du comité de visite de l AERES. Ce rapport nous semble cohérent dans sa globalité avec notre pratique quotidienne de la recherche et de la vie au laboratoire. Le comité a notamment su capter l esprit dans lequel la mixité entre le CNRS et Bio-Rad s exerce. Nous souhaitons cependant compléter ce rapport par quelques points : Confidentialité de la description des projets : Un grande partie des projets évalués et décrits (même succinctement) dans ce rapport sont confidentiels avec un lien partenarial fort avec un industriel. Pour des raisons évidentes de confidentialité, nous souhaitons que la partie du compte rendu relative au descriptif des projets (AXE I et AXE II pages 6 et 7) ne soit pas diffusée sur internet. A minima les projets concernés sont Expadis, Atheromis, Alois, Hapachronix, DNAplex. Protéomique Clinique : De manière générale le rapport fait peu de place à nos activités de protéomique clinique qui concerne pourtant une grande partie de nos activités au travers de nombreux projets du laboratoire pour la recherche de biomarqueurs par exemple. L intitulé exact de la plate-forme CIP est «Chimie- Interactions-Protéomique clinique» et il serait souhaitable qu il soit indiqué dans le paragraphe 4 (p. 5 et 7). Plate-forme Bioinformatique-Biostatistiques Un responsable R&D en CDI (Bio-Rad) a été recruté au 01/04/08 pour renforcer les activités de la plate-forme ; ce qui porte au nombre de quatre les effectifs affectés à cette plate-forme. Lorsque c est nécessaire nous faisons appel à un prestataire extérieur sous forme de collaboration ou de service avec des entreprises locales (ASA, Novadécision, biostatem etc.) Analyse de la vie de l unité : Ressources Humaine :(P8) Nous adhérons aux conclusions en matière de déficit en ressources humaines CNRS. Mais nous souhaitons indiquer que le déficit le plus critique pour l unité est la précarité des personnels de la plate-forme de protéomique clinique. Points faibles et actions envisagées par l unité : Faible ratio de personnel CNRS. De ce point de vue, plusieurs actions ont été menées de front par notre laboratoire : - 2 chercheurs se sont présentés au concours chercheurs CNRS 2008-1 chercheur de l Ecole polytechnique, de l Université d Orsay et un hospitalo-universitaire souhaitent avoir le statut de chercheur associé à notre unité. - Nous avons fait deux demandes d ITA à notre tutelle du CNRS, notamment une concernant notre plate-forme de protéomique clinique. - Deux personnels administratifs CNRS affectés à d autres entités ont manifesté le souhait de rejoindre notre laboratoire. Nous comptons faire les demandes de NOEMI correspondantes. - Notre laboratoire pour être attractif a réservé un espace d accueil pour une nouvelle équipe de recherche de type ATIPE, par exemple.

Nombre d étudiants : - En 2007, année de notre déménagement, notre laboratoire a suspendu l accueil de stagiaires pour les reprendre cette année (6 étudiants Master2, 5 thèses). Les projets du laboratoire étant récents pour la plupart, il nous paraissait risqué de démarrer des doctorats dès la première année d un nouveau projet. Ceci devrait évoluer positivement dans les années qui viennent. Interactions avec le monde Universitaire et le monde étudiant: - Notre laboratoire bien que n étant pas sous tutelle universitaire est très impliqué dans le monde universitaire et étudiant sous diverses formes. Un grand nombre d heures de cours sont dispensés sur invitation dans les Universités locales, nationales et étrangères ; notre laboratoire est à l origine de plusieurs demandes de création de formations nouvelles (systèmes complexes et biologie synthétique) - Des membres de notre laboratoire participent activement à des évènements de la vie étudiante (Masteriales, Doctoriales, Symposium d étudiants) et au soutien d associations étudiantes dont pour certains ils sont eux même fondateurs (association CONTACT) - Enfin, nous avons tissé depuis notre création des liens étroits avec la Présidence et la Direction du Conseil Scientifique de l Université Montpellier II afin de préparer un éventuel futur partenariat. Nous évaluons ensemble les contributions possibles de ce nouveau partenaire potentiel au sien de notre unité. Conseil de laboratoire : - La création d un conseil de laboratoire est envisagée pour la rentrée 2008. Prise en compte des données fondamentales et modèles expérimentaux animaux : - Notre modèle de recherche tente d associer les approches fondamentales à une recherche de transfert. Cette intégration tend quelquefois à occulter notre investissement dans les données fondamentales. Ce sont pourtant la génération et la compréhension de ces données qui au quotidien nous permettent de d être compétitifs et de publier nos résultats dans les meilleures revues scientifiques internationales de notre domaine. - Compte tenu de la configuration de nos locaux, il nous était difficile de développer des modèles expérimentaux animaux sans animalerie in situ opérationnelle. Ce problème est résolu depuis quelques mois seulement et nous serons dans de meilleures conditions pour développer de tels modèles lorsque cela est nécessaire. Par ailleurs il faut noter que notre laboratoire s intéresse au diagnostic de pathologies humaines complexes et qu il y a peu de modèles véritablement pertinents (autres que les échantillons humains) pour concevoir de futurs diagnostics utilisable en situation réelle. Nombre de financement sur projets : - Notre unité est, et a été, très active en termes de réponses aux appels d offres sur projets de différentes agences nationales ou internationales. A ce jour, 2 projets Européens (FP6) ont été retenus (un FP7 soumis) et plusieurs autres projets sont soutenus (Laboratoire International Associé LIA 135 CNRS, Capes/Cofecub Bresil etc.). Deux de nos plate-formes et le projet DNAplex ont obtenu des soutiens dans le cadre d appels d offres régionaux. En 2007, trois projets ANR avaient été soumis et non retenus du fait de la «jeunesse» de ces nouveaux projets. Trois nouvelles demandes d ANR ont été déposées cette année (deux supplémentaires à venir). Enfin, un projet vient d être soutenu par la DGE dans le cadre du pôle de Compétivité MEDICEN. Enfin, un projet d importance est en cours de dépôt à l OSEO-ANVAR soutenu par le pôle de Compétitivité ORPHEME. Franck Molina, Dir. FRE 3009 CNRS «Modélisation et Ingénierie des systèmes complexes biologiques pour le diagnostic», Montpellier. Faculté de pharmacie 15 Av. Charles Flahault BP 14491 34093 Montpellier Cedex 5 France Tel : +33 (0)467 548 600 Fax : +33 (0)467 548 610 http://cpbs.univ-montp1.fr franck.molina@cpbs.univ-montp1.fr CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE