CGH array Alain AURIAS INSERM U509 Institut Curie-Paris
Caryotype normal Environ 300 bandes Résolution: 10Mb
Ewing Translocation réciproque avec gène de fusion 11 22 EWS FLI1 Nouvelle protéine chimérique, oncogène
Cytogénétique classique peu informative, et délicate à mettre en œuvre pour la plupart des tumeurs solides n = 54 n = 97 Sarcome indifférencié
Cancer du sein Intérêt du caryotype 24 couleurs
De façon générale, les tumeurs à génétique complexe procèdent par gain et et pertes de fonction: La La perte de de fonction d un gène suppresseur de de tumeurs est est associée à la la perte du du segment chromosomique où où est est localisé ce ce gène Le Le gain de de fonction d un oncogène est est associé au au gain ou ou à l amplification du du segment chromosomique correspondant
gain Principe de la CGH Hybridation Génomique Comparative ADN tumoral marqué en FITC ADN normal marqué en Rhodamine Dénaturation et hybridation sur chromosomes normaux perte Excès d ADN tumoral Amplification Défaut d ADN tumoral Délétion Microscopie à fluorescence et Analyse d images
Profils de 100 sarcomes indifférenciés 14 16 18 20 22 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 15 17 19 21 L amplification du 12 est l événement majeur dans ce sous-type L inactivation de RB1 est un événement majeur Très forte amplification Forte amplification Gain simple Perte Normal
Principe de la CGH ARRAY Hybridation Génomique Comparative ADN normal marqué en CY5 ADN tumoral marqué en CY3 Dénaturation et hybridation sur BAC / PAC SCANNER LASER et Analyse d images Perte tumorale Gain tumoral
Etalement Préculture Maxiprep/MDA Database Oracle FISH Validation Séquence BAC ends
SPOTTEUR POINTES SCANNER
Les séquences sont blatées automatiquement sur la dernière version du WD (rapatriée à Curie). Les coordonnées sont mises à jour de manière automatique. Celles des derniers WD sont retenues.
PUCE PANGENOME (3300 locus, dont 400 «gènes de cancer» : oncogènes, suppresseurs, cyclines, etc ) déposés en triplicats. Passage à 4000 début 2005 1500 tumeurs analysées
Profils simples avec amplicons 200 sarcomes analysés MDM2 CDK4 Profils complexes
del gain Affichage par chromosomes del amp
Affichage multi-tumeurs amplifié normal délété
Affichage multi-tumeurs en dot plots amplifié normal délété
RP11-123J7 67488510 Affichage multi-tumeurs histogrammes
Calcul automatique des points de cassure
Recherche automatique de régions communes (ici présentes dans 3/4 tumeurs)
Intérêt en pathologie constitutionnelle Enfant dysmorphique, avec retard mental. Caryotype en prophases: insertion d une très petite bande dans le bras long du chromosome 2. En fait, insertion-duplication dans le bras long d un segment de bras court avec délétion adjacente.
Carter N.: 3500 clones Seto M.: 2348 clones Pinkel D.: 2000 clones
Comparative genomic hybridization using oligonucleotide microarrays and total genomic DNA Barrett et al., PNAS 2004, vol. 101, no. 51, 17765-17770 60 mers Agilent BACs Curie
CGH classique Human Genomics Volume: 1 Number: 4 Page: 287-299 Affymetrix Gene Chip 10K BACs Curie
La puce souris Elle bénéficie des mêmes structures de préparation, de base de données, des mêmes macros d analyse, mais a en outre la possibilité d afficher aussi des résultats «humanisés» des tumeurs murines. Profil CGH murin HCC N 19 Profil CGH "humanisé" MH Stern
Petits soucis
Evolution du Working Draft, actuellement modeste Chr 9 Chr 1 surtout gênant pour la mécanique du remaniement
Polymorphismes de grande taille Nat Genet. 2004; 36:949-951 Detection of large-scale variation in the human genome. Iafrate AJ et al. Science. 2004; 305(5683):525-528. Large-scale copy number polymorphism in the human genome. Sebat J et al En cancéro, peut se régler en utilisant l ADN normal du patient (situation rare) 52 tumeurs AMY1A
La CGH array reste malgré tout un outil très puissant
Locus amplifiés, associés à l indifférenciation LPS bien diff CDK4 MDM2 1p32 1p32 2q14 2q14 6q23 6q23 12q14 LPS dédiff CDK4 MDM2 12q14
Etude du transcriptome (Affymetrix U133 Plus2.0) 47000 transcrits
Inflammatoires «MFH» + LMS indifférenciés LPSD 1p32 LPSD 6q23 LPS bien différenciés LMS bien différenciés rétropéritonéaux lignées 60 sarcomes analysés