Dépistage Prénatal non invasif(dpni;nipt): possibilités et limites des nouveaux tests Dr. Giuditta Filippini FAMH génétique médicale European clinical laboratory geneticist Sujets Découvertes à la base des tests NIPT Qu est-ce qu'un test NIPT Le concept Le but Les avantages et les limitations Quand proposer un test NIPT Liste des analyses et remboursement Comment choisir un test NIPT Les différences La pertinance clinique La quantification de la fraction d ADN fœtal La validation L expérience de notre laboratoire 1 2 L histoire de l ADN fœtal libre 1969: Des cellules fœtales sont présentes dans le sang de la mère ( The Lancet) 1997: L ADN fœtal libre (cffdna) est présent dans le sang maternel. Première analyse: détermination du sexe a partir de cffdna ( Dennis Lo) 2000: RNA fœtal est aussi présent dans le sang maternel 2001: Premiers tests pour la détermination du facteur RhD fœtal 2006 2008: Premier résultats encore peu fiables pour la détermination des trisomies 21, 13, 18 2011: Trois grandes études cliniques démontrent une haute sensibilité et spécificité pour la détection des trisomies 18 et 21 a travers le séquençage génomique de l ADN fœtal libre 3 Il faut savoir que La plupart de l ADN libre dans le sang maternel est celui de la mère Le cffdna provient du trophoblaste (même provenance qu un CVS direct) Le pourcentage du cffdna varie entre 0% 40% et augmente avec la grossesse. Moyenne a 10 sdg: 10% Le cffdna reste dans le sang de la mère seulement quelques heures après l accouchement Aucune possibilité de confondre différentes grossesses 4 Qu'est qu un test NIPT: Le concept La technique: Femme normale Imaginons: analyser 10 000 fragments d ADN chez une femme 46,XX Amplification par PCR Séquençage 750 740 600 et on obtient ceci: 380 236 FORTE 140 (chr 21) 10 000 (1.40%) = 2 x chr 21 140 5 6 1
La technique: Femme trisomique Femme enceinte d un fœtus normal On fait la même chose avec une femme trisomique ( 47,XX+21) Cette fois on va avoir: 726 744 592 Dans le cas d un fœtus normal on aura: 215 (chr 21) 10 000 (2.10%) = 3 x chr 21 374 232 140 = 1.40% des séquences 140 215 7 8 Femme enceinte d un fœtus trisomique NIPT: Le but Pays Grossesses 1.5-2.5% anomalies chromosomiques Femme normale 140 = 1.40% des séquences Femme trisomique 210 = 2.10% Femme normale avec fœtus normal 154 = 1.40% Femme normale avec fœtus trisomique 161 = 1.46% La différence est de 0.06% 900 800 700 600 500 400 300 200 100 0 7 14 1 2 140 3 21 t21 feto (10%) donna Suisse 85 000/année 1 200-2 120 /année Normal balanced T21 T18 T13 X/Y rare balanced; 0.4% Normal; 97.6% 2.1% T13; 0.1% T18; 0.2% X/Y; 0.5% T21; 1.0% rare; 0.3% 9 10 NIPT: Le but Les possibilités: diagnostic ou screening? diagnostic Résultat positif négatif Invasif (0.5 2% avortements) <1% faux positifs / <1% faux négatifs screening Probabilité Non invasif Faux positifs / Faux négatifs Performance de différentes méthodes de screening 1.trimestre pour la T21 méthode Détection rate (%) Age Maternel (MA) 30 5 Premier trimestre MA + NT 75-80 5 MA + b-hcg + PAPP-A 60-70 5 MA + NT + b-hcg + PAPP-A (test combiné) 85-95 5 Test combiné + os nasal + autres signes échographiques 93-96 2.5 Faux positifs (%) K.H.Nicolaides, Prenatal Diagnosis, 2011 11 12 2
Performance des test NIPT Performance des test NIPT Norton et al, 2015 Etude à l aveugle Comparaison entre 1TT/2TT et NIPT 18 955 grossesses de tous les groupes de risque 15 841 retenues pour l étude Age moyen: 31 Détermination à la naissance par Caryotype et /ou examen du bébé 13 14 Performance des test NIPT Performance des test NIPT 15 16 Résultat de l étude de Norton et al Le NIPT montre un tôt de détection de >99.9% pour T21 Contre 79% du test standard Le NIPT montre un tôt de faux positifs de <0.6% Contre 5.4% du test standard La Positive Predictive Value (PPV) du NIPT est de 81% Contre 3.4% du test standard Pourquoi le NIPT comme test de screening - Meilleure sensibilité: Moins de faux négatifs Moins de positifs non diagnostiqués Meilleure spécificité: Moins de faux positifs Moins de test invasifs «pour rien» Moins d anxiété Take home: Le NIPT est le meilleur test de screening que nous avons eu 17 18 3
NIPT: Limitations Test de Screening, pas Diagnostique Le cffdna correspond a un résultat de Choriocentèse direct Un risque élevé peut correspondre à un résultat cytogénétique normal Norton et al, < 0.6% faux positifs Toujours vérifier avec un test diagnostique Un risque faible ( low risk) peut correspondre à un résultat anormal Norton et al, < 0.1% de faux négatifs Toujours confronter avec les autres données médicales Quand proposer un test NIPT Remboursement des tests non invasifs de dépistage de la trisomie Berne, 07.07.2015 - A partir du 15 juillet 2015, l'assurance obligatoire des soins (AOS, assurance de base) remboursera les tests non invasifs de dépistage de la trisomie par analyse sanguine. - Pour bénéficier de ce remboursement, la femme enceinte doit au préalable avoir réalisé un test dit du premier trimestre dont le résultat présente un risque accru de trisomie. 19 20 Résumé de la prise en charge par l assurance obligatoire des soins (AOS) selon OPAS Art.13 Le TPT est entièrement remboursé (sous conditions) Le NIPT est remboursé dans les cas suivant Risque du 1TT 1/1000 pour T21,18 ou 13 Uniquement pour les trisomies 21, 18, 13 Seulement grossesses uniques Dès la 12eme semaine Si le sexe est déterminé, il peut être communiqué seulement après la 12eme sdg! Entretien explicatif et de conseil ( art 14,15 LAGH) obligatoire Prescription par 21 spécialistes en gynécologie et obstétrique avec formation approfondie en médicine fœto maternelle Spécialistes en génétique médicale Médecins avec attestation de formation en ultrasonographie prénatale de la SSUM OFSP, 7 juillet 2015, Fiche d information, Dépistage prénatal de la trisomie 22 Cas clinique No 1 - Patiente 32 ans - Nuque > 95eme %tile - TPT: 1/60 Résultat NIPT: négatif pour 21, 13, 18 Quoi proposer? Consultation avec expert fœto-maternel pour échographie détaillée Consultation génétique Diagnostic différentiel très large! Cas clinique No 1 Si les spécialistes décident de proposer un test invasif. Quel test proposer? CVS ou Amniocentèse? Caryotype classique ou Array-CGH? Take-home: Le NIPT nécessite un soutien beaucoup plus fréquent d autres experts, tels que le médecin généticien, le médecin expert en médecine fœtale et échographie fœtale, et le FAMH génétique 23 24 4
Les signes échographiques ne sont pas spécifique pour T21! Ce que le test NIPT peut détecter Nicolaides K et al, 2001 NIPT test performance; 95% Confidence Intervals are given in parentheses. Morris et al, 2014 References: a Benn et al. 2013, b Bianchi et al 2012, c Devaney et al 2011, d Gil et al 2014. 25 26 Cas clinique No 2 Patiente de 37 ans 11+6 sdg Pas de risque augmenté Pas de signe échographique Résultat NIPT: Risque > 99% 45,X Que faire? Cas clinique No 2 Consultation génétique Amniocentèse conseillée Résultat: féminin normal 46,XX La patiente: Dame russe de 1,50 m Le médecin généticien conseille un caryotype a la patiente Résultat: Mosaïque 46,XX /45,X Attention: Une mosaïque des chromosomes sexuels chez la mère peut fausser un résultat NIPT 27 28 Ce que le test NIPT ne peut pas (toujours) détecter NIPT: Comment choisir Mosaïcisme Trisomies pas libres Aneuploïdies des autres chromosomes??? Anomalies chromosomiques structurelles??? Ariosa Harmony BGI NIFTY Risque en cas de Mosaïcisme maternel Illumina Verinata Verifi Natera Panorama Sequenom Maternit21 Plus Lifecodexx 29 30 5
Technologie Les différences MPSS: Massively parallel shotgun sequencing Maternit21 21, 18, 13 X, Y jumeaux Donation d ovocyte Triploïdie délétion Autres chromos omes Risque Praenatest Verifi NIFTY DANSR + microarray: digital analysis of selected regions Harmony Test SNP based sequencing Panorama Ariosa + + + + - - - Risque BGI + + + + - + + Oui/non Illumina + + + + - + + Oui/non Natera + + - - + + - Risque Sequenom + + + + - + + Oui/non Lifecodexx + + + + - - - Oui/non 31 32 Pertinence clinique 10,000 femmes Pertinance clinique Deletion 1p36 Prevalence: 1 sur 10 000 Test performance: >95% detection rate 1% faux positifs 1 microdeletion 9,999 normales 1?? Résultats avec test 100 NIPT positifs Current standard T21, T18, T13 X, Y aneuploidy microdeletion panels 22q11.2; 5p ; 15q11 q13; 1p36 La PPV diminue si la maladie est très rare 100 sur 101 seront des faux positif PPV = 1.4% Clinical relevance Validation data Detection rates Take home: Ne pas transformer un excellent test de screening dans un très mauvais diagnostic 33 34 Higher false positive rates More complex counseling More anxiety Quantification cffdna Fraction ADN Foetal Le test doit quantifier la fraction d ADN fœtal (cffdna) Le rapport doit spécifier la fraction de cffdna Fraction cffdna basse peut être causée par: Poids maternel Semaine de grossesse Ethnie 0.5-5% des NIPT doivent être répétés Une quantité minimale est nécessaire pour garantir la précision du test NIPT (ca 4%) Conséquences: Résultats faux négatifs 35 36 6
Validation clinique 37 38 Données jusqu à juillet 2014 Validation clinique La validation doit être faite sur des grand nombres pour avoir Une bonne sensibilité Une bonne spécificité Un bon PPV Ex: Norton et al, 2014: 9 faux positifs sur 15 841; sur 1 500 on aurait eu 0 faux positifs Plus la maladie est rare ( ex les microdélétions), plus le nombre doit être élevé Le PPV d un test pour une anomalie chromosomique peut être très bon dans un groupe à haut risque et très bas dans un groupe à bas risque La validation doit comprendre aussi les groupes a bas risques (AOS 1/1000 = bas risque!!!) et les grossesses multiples Notre expérience de laboratoire Premier laboratoire en collaboration avec Risch Ticino à offrir les test NIPT en Suisse Depuis Aout 2012: 1 102 Test NIPT effectués 2012-2013 2014-2015 Nombre totale 409 693 Répétés 2.2% 1.2% Age moyen 36.5 35.6 Turn-around time 13 10.6 j (8.2 en 2015) Gémellaire 9 25 39 Notre expérience de laboratoire Aneuploidie s % Faux pos/ Faux neg (?) Totale 26 2.3 T21 12 1.0 0 T18 4 0.4 1* T13 1 0.1 0 Monosomie X 5 0.45 1 XXX,XXY 4 0.4? NIPT: Take home message Le NIPT est le meilleur screening pour les Trisomies 21, 13, 18 Mais le NIPT n est pas diagnostique Chaque résultat haut risque doit être confirmé par un test diagnostique invasif Chaque résultat bas risque doit être interprété en tenant compte des autres données médicales L AOS rembourse le test NIPT si le risque du TPT est 1/1000 Le test est disponible a partir de la 10eme semaine Demandez à votre laboratoire les données de validation du test qu ils utilisent: Nombre de patients testés? Groupes à bas risque? Gémellaires? Validation à l aveugle, publié? 42 7
NIPT: Take home message Le meilleur test n est pas forcement celui qui propose le plus de pathologies La PPV est critique Le but du NIPT est de diminuer les risques causés par les test invasifs, pas de créer d autres faux positifs avec des pathologies extrêmement rares Demander conseil à votre laboratoire et au généticien Etude rétrospective sur la prise en charge par les CM du test NIPT par rapport à l'amniocentèse 43 ETUDE RETROSPECTIVE CONSIDERATIONS 270 Pt (6.5%) risque 1:1000 remboursement du NIPT 1008 Pt (24%) >35 738 Pt (17.5%) risque<1:1000 aucun remboursement 4232 Pt 1 TT 157 Pt (3.6%) risque>1:1000 remboursement du NIPT 3224 Pt (76%) <35 3068 Pt (72.4%) risque<1:1000 aucun remboursement Le 10% des échantillons examinés ont droit au remboursement du NIPT, comparé au 24% (>35 ans) qui avait droit à l'amniocentèse/cvs Seulement ¼ des Pt > 35 ans a droit au remboursement du NIPT 47 8