Traitement des échantillons dans les locaux P3 GENERALITES Toutes matrices Anaplasma phagocitophylum et marginale (biovar Phagocitophylum, biovar Equi, biovar HGE) Maladies abortives BIOLOGIE MOLECULAIRE - Ruminants Sang prélevé sur EDTA, rate, tique PCR multiplex (8 valences) sur Placenta, avorton, mucus vaginal, écouvillon phagocytophilum de type 4) muqueuses), diagnostic muqueuses), diagnostic de troupeau muqueuses), contrôle à l'introduction et concours muqueuses), contrôle à la " naissance" mélange intra-troupeau de 5 échantillons maximum mélange strict intertroupeaux de 5 échantillons, avec mutualisation du recontrôle en cas de positivité du mélange mélange strict intertroupeaux de 10 échantillons, avec mutualisation du recontrôle en cas de positivité du mélange OUI Prélèvement de sang total sur EDTA, sur sérum a a Lait de tank, organe Prélèvement de sang total sur EDTA, sur sérum a a Prélèvement de sang total sur EDTA, sur sérum a a Cartilage auriculaire Chlamydophila et Chlamydia spp Placenta, avorton, mucus vaginal, fèces, organe, écouvillon Fièvre Q (Coxiella burneti) Ecouvillons, placenta, mucus vaginal, lait, fèces 1
Recherche qualitative de Coxiella burneti (Fièvre Q) et Chlamydophila et Chlamydia spp FCO (Fièvre Catarrhale Ovine), détection gène de groupe FCO (Fièvre Catarrhale Ovine), détection gènotype 1 RT- RT- BIOLOGIE MOLECULAIRE - Ruminants (suite) Placenta, avorton, mucus vaginal, fèces, organe, écouvillon Sang prélevé sur EDTA Sang prélevé sur EDTA, éluat d'arn FCO (Fièvre Catarrhale Ovine), détection gènotype 8 RT- Sang prélevé sur EDTA, éluat d'arn IBR (Virus de la Rhinotracheite Infectieuse Bovine) Mycoplasma bovis Mycoplasma weynionii Neosporose (Neospora caninum ) Paratuberculose ( Mycobacterium avium paratuberculosis ) PI3 (virus parainfluenza 3) RT- Eau, organe, urine Organes, aspiration trans-trachéale, liquide synovial, lait Sang prélevé sur EDTA Encéphale avorton OUI Fèces Organe, écouvillon RSV (virus Respiratoire (Syncytial Bovin) RT- RSV, PI3 RT- RSV, PI3, IBR RT- pour RSV ET PI3 ET PCR temps réel pour IBR RSV, PI3, Mycoplasma bovis RT- pour RSV ET PI3 ET PCR temps réel pour Mycoplasma bovis RSV, PI3, IBR et Mycoplasma bovis RT- pour RSV ET PI3 ET PCR temps réel pour Mycoplasma bovis et IBR 2
Schmallenberg (virus) RT- BIOLOGIE MOLECULAIRE - Ruminants (suite) Sang prélevé sur EDTA, éluat d'arn Toxoplasmose (Toxoplasma gondii) Tuberculose bovine: Mycobacterium bovis et Mycobacterium capreae Placenta, avorton, mucus vaginal OUI Ganglions lymphatiques,organes BIOLOGIE MOLECULAIRE - Aviaire Chlamydophila et Chlamydia spp Ecouvillon cloacal, choanes, organes type A primo diagnostic, gène M type A contrôle exportation Japon, gène M type A primo diagnostic, gène H5 type A diagnostic sous type H5 à partir d'éluats d'arn suite résultat positif gène M mélange ou ou gène H5 mélange Contrôle des appelants visà-vis de l'influenza aviaire virus sous-type H5 Paramyxovirus de type 1 gène M diagnostic par RT- PCR, à partir d'écouvillons trachéaux ou cloacaux, organes, fientes Mycoplasmes aviaires (gallisepticum + synoviae) d'écouvillons (10 Ecouvillon trachéal, cloacal Eluats d'arn OUI Ecouvillon trachéal, cloacal Ecouvillon trachéal, cloacal Ecouvillon cloacal Ecouvillon trachéal, cloacal, organe, fientes Eluats d'arn, lorsque l'analyse est couplée avec une recherche Influenza aviaire Ecouvillon trachéal, laryngé 3
Virus Influenza porcin de type A gène M dont H1N1 pandémique écouvillon BIOLOGIE MOLECULAIRE - Porc OUI Ecouvillon nasal Eau, organe, urine Aujeszky (Virus de la maladie de) PCR temps réel OUI Ecouvillon nasal ou pharyngé Brachyspira hyodysenteria et pilosicoli Peste Porcine Classique (PPC) Syndrome Dysgénésique Respiratoire Porcin (SDRP) PCR temps réel Fèces PCR temps réel OUI* Sang EDTA*, sérum* et rate PCR temps réel Sang EDTA, sérum et sperme ou écouvillon Virus Diarrhée Epidémique Porcine (DEP dont nouveau variant)/get DEP ET GET Fèces BIOLOGIE MOLECULAIRE - Equin Artérite Virale Equine (AVE) PCR temps réel OUI Sperme Eau, organe, urine Virus Influenza équin de type A primo diagnostic, gène M PCR temps réel Ecouvillon nasal ou pharyngé Rhinopneumonie équine (Herpes Virus equin 1 et 4) PCR temps réel PCR temps réel Ecouvillon nasal Organe (foie,, rate d'avorton) BIOLOGIE MOLECULAIRE - Carnivores domestiques Eau, organe, urine Recherche du virus EBHS (syndrome hémorragique du lièvre brun) BIOLOGIE MOLECULAIRE - Faune sauvage Foie, exsudat de foie 4
Recherche allergènes en PCR temps réel: Amande, Arachide, Céleri, Crustacés, Gluten, Lupin, Mollusques, Moutarde, Noisette, Noix, Pistache, Poisson, Sésame, Soja, Noix de Pécan, Noix de Macadamia, Noix du Brésil Recherche espèce animale: Porc, bœuf, poulet Recherche espèce animale: Porc, bœuf, poulet, dinde, chèvre, mouton PCR temps réel en quantification relative sur échantillon PCR temps réel en qualitative sur BIOLOGIE MOLECULAIRE - Matrices alimentaires Matrices alimentaires Matrices alimentaires Matrices alimentaires Recherche d une espèce de vertébré terrestre particulière (Bœuf, porc, poulet, dinde, chèvre, mouton) au seuil de 1% à partir d un éluat d ADN. PCR temps réel, sur Cette recherche fait suite à la détection et l'identification de cette espèce dans une matrice alimentaire par d hybridation d ADN sur puce Matrices alimentaires Détection et identification de vertébrés terrestres (24 espèces) Hybridation d'adn sur puce Matrices alimentaires Recherche d une espèce de vertébré terrestre particulière (Buffle, lapin...) au seuil de 1% à partir d un éluat d ADN. Cette recherche fait suite à la Hybridation d'adn sur détection et l'identification de puce cette espèce dans une matrice alimentaire par d hybridation d ADN sur puce Matrices alimentaires Identification d'une espèce de poisson ou d'un mélange d'espèces de poissons Recherche Gadus Morhua Analyse de profils électrophorétiques d'adn après restriction enzymatique et comparaison à une base de données Matrices alimentaires Matrices alimentaires Recherche Melanogrammus aeglefinus Matrices alimentaires Détection d'adn de ruminant (PAT) par PCR temps réel selon R(CE) 51/2013 Matrices alimentaires, farines animales, farines de sang, farines de poisson 5
Escherichia coli K99, recherche d'antigène Techniques ELISA - Ruminants Fèces Cryptosporidium parvum, recherche d'antigène Fèces Coronavirus bovin, recherche d'antigène Rotavirus bovin, recherche d'antigène Escherichia coli K99, Cryptosporidium parvum, Coronavirus bovin, Rotavirus bovin, recherche des 4 antigènes Muqueuses), recherche d'antigène E0/Gp48 Fèces Fèces Fèces OUI* Sérum * * Aujeszky (Virus de la maladie Culture cellulaire Ecouvillon nasal ou pharyngé de) Organe Artérite Virale Equine (AVE) Culture cellulaire + PCR Sperme Hémagglutination puis Parvovirus canin, recherche inhibition Féces ou contenu anse intestinal d'antigène d'hémagglutination Recherche d'un virus bovin particulier (RSV,PI3,BVD ou IBR) Culture cellulaire VIROLOGIE - Toutes espèces Poumon, liquide d'aspiration transtrachéal ou lavage trachéobronchique, sérum 6