Biomarqueurs et cancer du poumon En pratique

Biomarqueurs et cancer du poumon En pratique

Plateforme de génétique moléculaire des cancers Responsable plateforme E Delabesse Trois sites Rangueil/Purpan/ICR Poumon (EGFR+BIOMARQUEURS) Responsable Dr I. Rouquette Rangueil - Centralise les demandes poumon - Recherche mutations EGFR/ALK/KRAS/BRAF/HER2 - Transfère dossiers PI3K à l ICR (G. Favre)

Circuit des examens de biologie moléculaire Tumeurs pulmonaires PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE Numéro INSC Numéro ONCOMIP A COMPLETER PAR LE MEDECIN PRESCRIPTEUR DE L EXAMEN ET A ENVOYER AU PATHOLOGISTE Identification du Patient Date de demande du test Type de test NOM NOM DE JEUNE FILLE EGFR KRAS BRAF ALK HER2 PI3K PRENOM DATE DE NAISSANCE Matériel Tumoral à analyser Homme Femme Type de prélèvement Biopsie Résection chirurgicale Autre Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR Site de prélèvement Bronche Poumon NOM Autre ADRESSE Date de prélèvement Statut tabagique Fumeur Non fumeur Ancien fumeur (stop en...) Nombre paquets/année Tel Fax E-mail Stade TNM IIIB IV Autre... Indications (si autre) CADRE, A COMPLETER PAR LE PATHOLOGISTE, ACCOMPAGNEE 1. Du prélèvement tumoral (1 fragment de tumeur fixée et incluse en paraffine ou congelée/ choisir un bloc riche en cellules tumorales). 2. Du compte-rendu anapath. ET A ENVOYER AU LABORATOIRE REALISANT LES GENOTYPAGES, A l ADRESSE SUIVANTE Service d Anatomie Pathologique et Histologie Cytologie du Pr Delisle CHU Rangueil 1 avenue Jean-Poulhès TSA 50032 31059 TOULOUSE Cedex 9 Responsables Dr Isabelle Rouquette, Mélanie Boussard tel Secrétariat 05 61 32 28 61 fax 05 61 32 21 27 NON PAS DE FIXATION BOUIN, ni fixateur à base d acide picrique. Eviter AFA. Matériel tumoral transmis MEDECIN PRESCRIPTEUR Nombre de blocs N bloc Identification NOM Tumeur primitive Métastases Cérébrales ADRESSE Ganglionnaires Autres Histologie Adénocarcinome Epidermoïde/malpighien Autre Tissu congelé oui non Tumorothèque ONCOMIP Tel Rangueil Purpan Fax Emplacement E-mail Fixateur (indispensable) Formol Glyoxal RCL2 Autre Date de réception au service d Anatomie Pathologique de Rangueil.../.../.. Heure Visa.. Pathologiste de la plateforme Le résultat du génotypage sera renvoyé au médecin prescripteur et au médecin anatomo-pathologiste. Version 23/11/2011 Pathologiste détenteur du matériel CHG, CHU, Secteur Privé Prescription complétée + Compte-rendu anapath + Bloc

Contrôle morphologique Extraction d ADN Amplification ADN

EXON 19 EXON 21 EXON 18 EXON 20 Mutation recherchée DELETIONS MUTATIONS PONCTUELLES MUTATIONS PONCTUELLES T790M INSERTIONS Techniques utilisées HRM/ ANALYSE DE FRAGMENT PCR-ASO HRM/ SEQUENCAGE PCR-ASO/ SEQUENCAGE

Techniques biomarqueurs - EML4-ALK FISH - KRAS, HER2 HRM/séquençage - BRAF V600E PCR ASO - PI3K séquençage direct

Améliorations Techniques EGFR Passage techniques plus rapides et sensibles, redesign des amorces, sensibilisation fixateur moins de prélèvements non interprétables, délais raccourcis FISH ALK criblage IHC systématique corrections éosine acidité, contrôle externalisé des cas litigieux

Améliorations gestion (ORPAMIP) Interface cliniciens/plateforme Mélanie Boussard Fiche modifiée téléchargeable Développements informatiques pour recueil de données et rendu résultats (fiches complémentaires)

PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE EGFR exons 19 à 21 Tumeurs pulmonaires Service d'anatomie Pathologique et Histologie-Cytologie du Pr M.B. Delisle CHU Rangueil, Bt L2-1 avenue Jean Poulhès - TSA 50032-31059 Toulouse Cedex 9 Responsables Dr Isabelle Rouquette, Camille Allera Moreau. Tél Accueil 05 61 32 28 42 -- Fax 05 61 32 21 27 PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE Identification PATIENT Nom. Nom de jeune fille Prénom.. Date de naissance././. Adresse. Numéro INSC Numéro ONCOMIP Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR (Nom et coordonnées dont tel et fax) Date de la demande de génotypage EGFR / / 20.. Matériel tumoral à analyser Tabagisme Biopsie bronchique Fumeur Biopsie pulmonaire sous scanner Non fumeur Pièce opératoire (lobectomie, pneumonectomie) Site métastatique, préciser Indication Date du prélèvement / / 20.. Stade de la maladie. Remarques Identification A. PATHOLOGISTE REFERENT détenteur du matériel tumoral (Nom et coordonnées dont tel et fax) A COMPLETER PAR LE MEDECIN PRESCRIPTEUR DE L EXAMEN ET A ENVOYER AU PATHOLOGISTE Identification du Patient Date de demande du test NOM Type de test NOM DE JEUNE FILLE EGFR KRAS BRAF ALK HER2 PI3K PRENOM DATE DE NAISSANCE Matériel Tumoral à analyser Homme Femme Type de prélèvement Biopsie Résection chirurgicale Autre Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR Site de prélèvement NOM Bronche Poumon Autre ADRESSE Date de prélèvement Statut tabagique Fumeur Non fumeur Ancien fumeur (stop en...) Tel Nombre paquets/année Fax E-mail Stade TNM IIIB IV Autre... Indications (si autre) CADRE, A COMPLETER PAR LE PATHOLOGISTE, ACCOMPAGNEE 1. Du prélèvement tumoral (1 fragment de tumeur fixée et incluse en paraffine ou congelée/ choisir un bloc riche en cellules tumorales). 2. Du compte-rendu anapath. ET A ENVOYER AU LABORATOIRE REALISANT LES GENOTYPAGES, A l ADRESSE SUIVANTE Service d Anatomie Pathologique et Histologie Cytologie du Pr Delisle CHU Rangueil 1 avenue Jean-Poulhès TSA 50032 31059 TOULOUSE Cedex 9 Responsables Dr Isabelle Rouquette, Mélanie Boussard tel Secrétariat 05 61 32 28 61 fax 05 61 32 21 27 PAS DE FIXATION BOUIN, ni fixateur à base d acide picrique. Eviter AFA. Matériel tumoral transmis Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR Nombre de blocs N bloc FICHE à compléter par le médecin prescripteur de l examen et à envoyer au médecin pathologiste en possession du prélèvement tumoral du patient. Cette fiche sera secondairement envoyée au laboratoire de génotypage par le pathologiste avec le NOM Tumeur primitive Métastases Cérébrales ADRESSE Ganglionnaires Autres Histologie Adénocarcinome Epidermoïde/malpighien Autre Tissu congelé oui non Tel Tumorothèque ONCOMIP Rangueil Purpan Fax Emplacement E-mail Fixateur (indispensable) Formol Glyoxal RCL2 Autre Date de réception au service d Anatomie Pathologique de Rangueil.../.../.. Heure Visa.. Le résultat du génotypage sera renvoyé au médecin prescripteur et au médecin anatomo-pathologiste. Version 23/11/2011

Tabagisme chez les patients mutés EGFR/KRAS et transloqués ALK Profil EGFR muté - Femme - Non Fumeuse Profil KRAS muté - Homme - Fumeur

Augmentation du nombre de dossiers pour les différentes analyses depuis le début de l activité

Délais Délai de rendu des résultats (en jours) TRIM 1 TRIM 2 TRIM 3 TRIM 4 2010 15 15 11 9 2011 8 5 5 5 Délai d acheminement de la demande entre le prescripteur et le laboratoire de biologie moléculaire (en jours) TRIM 1 TRIM 2 TRIM 3 TRIM 4 2010-8 10 5 2011 4 4 6 5

Délais V L M M J V L M M J V L M M J V L Réception des demandes Analyse Exons 19-20-21 Analyses Exons 18 KRAS HER2 BRAF - ALK Envoi des PI3K à l ICR RÉSULTATS EXONS 19-20-21 ADDENDUM EX 18 KRAS HER2 BRAF - ALK Il faut compter de 1 jour à 1 semaine de délai pour le transfert du matériel de l anatomopathologiste au laboratoire de biologie moléculaire (long car envoi groupé) NB Les Feuillants nous envoient les dossiers tous les jeudis Il faut compter 3 à 9 jours pour les résultats dès la réception du dossier Il faut compter 7 à 14 jours pour les addendum.

Les non conformités les plus retrouvées 1 dossier de prescription sur 3 n est pas conforme Fiches de prescription directement envoyée au laboratoire de la plateforme Stade TNM non précisé ou ne correspond pas aux indications de l analyse Statut tabagique non renseigné Date de prélèvement non renseignée Fixateur non renseigné Le numéro du prélèvement inscrit sur la fiche de prescription est absent ou ne correspond pas au numéro du bloc Congélation du prélèvement non indiquée - Retard de traitement donc retard de rendu des résultats - Perte de temps pour l ingénieur qui doit rappeler les prescripteurs et/ou pathologistes - Défaut dans les statistiques rendues à l INCA

Le futur sur la plateforme Prescrire via le DCC ONCOMIP (suivi, rendu des résultats) Améliorer la détection des anomalies les plus utiles (évolutions techniques) Développer l IHC Participation au recueil de données projet IFCT Participer aux études nationales et aux STIC (TALK PREDICTAMM) Développer la détection de nouveaux biomarqueurs

Clin Cancer Res 2010 D5F3 or D9E4 antibodies J Clin Pathol 2010 ALK 5A4 Journal of Thoracic Oncology 2011 ALK1+ système de révélation