GBIF.ch, webfauna, cbol la pointe de l iceberg Séance Commission Scientifique CSCF du 17 avril 2013, CSCF Neuchâtel Dr Mahmoud Bouzelboudjen Responsable GIS & Formation, Service Informatique & Chargé de Cours, Université de Neuchâtel E mail. mahmoud.bouzelboudjen@unine.ch 1
Projets terminés GBIF 2.2 (BD) et GBIF 1.1 (Portail web d interrogation) : Nœud informatique national (GBIF.ch) pour la publication de données de biodiversité du projet international GBIF.org Webfauna 3.2 : application de saisie, d interrogation et d affichage spatiale des observations faunistiques de terrain Webfauna light 1.0 : formulaire de saisie simplifiée des observations faunistiques de terrain CBOL 1.1 : application de commande en ligne des publications 2
Projets en cours Transfert automatique via l infrastructure GBIF. Ch des flux d information des centres nationaux de données vers la confédération, les cantons et les espaces protégés en collaboration avec le WSL Eidgenöschssische Forschungsanstalt für Wald, Schnee und Landschaft Institut fédéral de recherches sur la forêt, la neige et le paysage qui développe l interface web VDC (Virtual Data Center) Infofauna 1.0 : nouvelle base de données faunistiques normalisée (sur la base des développements Gbif.ch) MIDAT 1.0 : nouvelle base de données regroupant les informations nécessaires à l évaluation des indices biotiques de la qualité des eaux (Mandat 2011 2012 OFEV CSCF) ( sur la base des développements Infofauna et Webfauna) 3
Info Species* «Les gestionnaires / responsables des Centres de données et d informations et des Centres de coordination officiellement reconnus par la Confédération se sont regroupés sous la dénomination «Info Species». Les membres de Info Species sont les suivants: CCO/ KOF (Centre de coordination suisse pour l étude et la protection des chauves souris) CSCF Info Fauna (Centre Suisse de cartographie de la faune) Info Flora (Centre national de données et d'informations sur la flore Suisse) karch ( Centre de coordination pour la protection des amphibiens et des reptiles de Suisse) NISM (Nationales Inventar der Schweizer Moose) Station ornithologique Suisse (SOS/SVS) SwissFungi (Atlas de répartition des champignons de Suisse) SwissLichens» * Source : site web du cscf http://www.cscf.ch 4
Projets en gestation Réseau suisse de données sur la biodiversité (Musées InfoSpecies (Flore et Faune) GBIF) : Concept et application d une stratégie de publication mettant en valeur l ensemble des partenaires du réseau (définition d identifiants uniques comme éléments clés du contrôle et de la diffusion des flux d information). Swiss Inventory of Genetic Biodiversity SwissBOL (juin 2012 OFEV UNIGE, CSCF, UNINE) : Diffusion des séquences suisses dans le réseau mondial (IBOL, GeneBank, DNA Bank Network). Modifier l infrastructure GBIF.ch (base de données comme plateforme d interrogation). Création du site internet SwissBOL à l image des sites internet GBIF.ch et CSCF.ch Réseau suisse de l information génétique issue du projet SwissBOL : concept et modification de l infrastructure GBIF.ch pour l accueil et la diffusion 5
Autres prestations Accès au réseau informatique UNINE Sécurité des accès et des applications y compris backup Mise à disposition d un administrateur système du service informatique pour l achat, le support et le dépannage du matériel Accès à la formation du service informatique Accès au serveur de logiciels (licences de site et réseau) Mise à disposition de serveurs de fichiers et de calcul Mise à disposition de l environnement collaboratif «sharepoint» (partage de données avec les partenaires du CSCF) Activités de conseil informatique 6
Global Biodiversity Information Facility (GBIF.org) Nœud informatique GBIF.ch 2004 2012 Base de données de la biodiversité suisse, Portail et Toolbox Séance Commission Scientifique GBIF.ch du 13 septembre 2012, CSCF Neuchâtel F. Burri 1, Dr M. Bouzelboudjen 2 1 Responsable base de données et projets, Service Informatique et Télématique de l Université de Neuchâtel E mail. francois.burri@unine.ch, Tel. +41 (0)32 718 20 32, Fax. + 41 (0)32 718 20 00 2 Responsable GIS & Formation, Service Informatique et Télématique de l Université de Neuchâtel & Chargé de Cours E mail. mahmoud.bouzelboudjen@unine.ch, Tel. +41 (0)32 718 20 28, Fax. + 41 (0)32 718 20 00 7
GBIF Suisse : ce qu il faut retenir 2004 2012 http://www.gbif.org http://www.gbif.ch http://data.gbif.org http://data.gbif.ch En 2004 l objectif était d utiliser les outils informatiques mis à disposition par GBIF.org (DIGIR, DIGIR Portal et ZOPE) dans le but de publier les données de biodiversité suisse via des feuilles MS Excel ou BD MySQL GBIF.ch a depuis 2004 opté pour une solution novatrice (informatique et organisationnelle) qui réponde aux spécificités suisses tout en respectant les directives de publication de GBIF.org Portail GBIF.ch V1.1 JAVA Internet 1 2. Données des institutions suisses Portail GBIF.org 8 Prod. Test Dév. GBIF.ch database V2.2 ORACLE Données CH GBIF.ch Toolbox
Réalisations 2012 (contrat 2012 2015) Contrat de développement terminé en 2012 Développement et déploiement des outils logiciels permettant une meilleure visibilité des institutions partenaires dans la publication des données sur le portail international. Consolidation de la version 2.2 de la base de données : Amélioration du formatage des données publiées ; Amélioration des messages d information et d erreurs ; Documentation. Développement d outils logiciels pour le secrétariat GBIF.ch qui permettent de simplifier la gestion des métadonnées et du chargement. 9
Les principaux points forts du système d information GBIF.ch S appuie sur une architecture informatique sécurisée. Permet d intégrer et de publier des données multi langues. S appuie sur un thésaurus hiérarchique multi langues qui est évolutif et qui intègre la synonymie. Assure la cohérence des données publiées. Permet de gérer les organismes associés. Intègre un portail d interrogation multi langues ergonomique et convivial. 10
S appuie sur une architecture informatique sécurisée Schéma 4 1 Web Service Biocase Internet 3 Serveur de base de données Oracle 2 Firewall Portail WEB GBIF.ch GBIF.org Nœud informatique GBIF Suisse 11
S appuie sur une architecture informatique sécurisée Description 1 Serveur de base de données : Système de Gestion de Base de Données Relationnel (SGBDR) Oracle ; Une architecture et des outils logiciels (RMAN) adéquats garantissent une haute disponibilité et permettent de réduire le temps d interruption en cas de «crash» majeur. 2 Firewall : Protège le serveur de base de données des attaques via l Internet. 3 Serveur d applications pour le portail GBIF.ch : Offre une interface WEB multi langues pour l interrogation des données du nœud informatique Suisse ; http://data.gbif.ch 4 Serveur d application pour la liaison avec le portail international GBIF.org : Offre les WEB Services nécessaires (Biocase) pour la mise à disposition des données de GBIF.ch sur le portail GBIF.org. 12
Permet d intégrer et de publier des données multi langues Le processus d intégration et de publication supporte actuellement les langues suivantes : Allemand, anglais, français pour les données de géographie, stratigraphie, etc. Latin pour la systématique. Le nombre de langues supporté n est pas limité par le système. Il suffit d introduire les textes propres à la nouvelle langue (italien, romanche, etc.) et le résultat s affiche dans la langue souhaitée => Pas de développement informatique pour l intégration d une nouvelle langue. La base de données est configurée avec le jeu de caractères Unicode (code universel). Ce jeu de caractères intègre de nombreux alphabets y compris les idéogrammes. 13
S appuie sur un thésaurus hiérarchique multi langues qui est évolutif et qui intègre la synonymie Le thésaurus hiérarchique multi langues permet : De valider la cohérence de l information hiérarchique fournie ; De compléter les informations lacunaires. Il intègre la synonymie : Pour chaque langue définie, un et un seul terme principal est identifié ; Ce terme principal est utilisé pour afficher la donnée correspondante dans la langue définie sur le portail multi langues suisse ; A chaque terme principal peut être associé un ou plusieurs synonymes. Ces synonymes sont utilisés pour valider l information. Il est évolutif : Sans aucun recours à la programmation informatique, il est possible d ajouter, de modifier ou de supprimer des termes. 14
Assure la cohérence des données Schéma des 5 étapes 1 2 3 4 5 1) Collecte des données auprès des institutions 2) Corrélation entre les colonnes des données des institutions et les colonnes présentes dans GBIF.ch 3) Chargement dans GBIF.ch 4) Validation, normalisation, enrichissement 5) Formatage, généralisation et publication sur Internet (Temps) 15
Nœud informatique Suisse GBIF.ch en chiffres (situation au 13 septembre 2012) Nombre d institutions qui publient des données 9 Nombre de sources de données 13 Nombre de données publiées 1 309 510 Nombre d entrées dans le thésaurus 57 748 Nombre de lignes du programme informatique réalisé pour la validation, l enrichissement et la publication des données Nombre de lignes du programme informatique réalisé pour le portail d interrogation multi langues GBIF.ch Temps employé par le système pour la validation et l enrichissement de toutes les données (1 309 510 données) ~110 000 ~10 000 3h 4 min 16
Liste des institutions qui publient des données sur les portails GBIF International et GBIF Suisse (situation au 13 septembre 2012) # Institution (ordre alphabétique) Abréviation 1 Biodiversitäts Monitoring Schweiz BDMCH 2 Centre Suisse de Cartographie de la Faune CSCF 3 Conservatoire et Jardin botaniques de la Ville de Genève CJB 4 Global Mountain Biodiversity Assessment GMBA GMBA 5 Mountain Invasion Research Network MIREN_ETH MIREN_ETH 6 Musée cantonal de zoologie, Lausanne MZL 7 Muséum d'histoire naturelle de la Ville de Genève MHNG 8 Naturhistorisches Museum Basel NMB 9 Naturhistorisches Museum Bern NMBE 17
Webfauna 3.2 2009 2013 http://webfauna.cscf.ch/webfauna/welcome.do La page d accueil (4 langues) de l interface de saisie, d interrogation et d affichage cartographique des observations de terrain 18
Webfauna 3.2 http://webfauna.cscf.ch/webfauna/welcome.do 19
Webfauna 3.2 http://webfauna.cscf.ch/webfauna/welcome.do 20
Webfauna 3.2 http://webfauna.cscf.ch/webfauna/welcome.do Chargement de fichiers externes (vidéo, son avec affichage externe et interne à l application selon format, image, texte) 21
Webfauna 3.2 http://webfauna.cscf.ch/webfauna/welcome.do Recherche de données (Table Edition rapide) sans et avec filtre ci dessous filtre par date du 01.04.2013 au 13.04.2013 = 171 obs. saisies 22
Webfauna 3.2 http://webfauna.cscf.ch/webfauna/welcome.do En cliquant sur une observation affichage des attributs Localisation des 171 enregistrements 23
Webfauna 3.2 http://webfauna.cscf.ch/webfauna/welcome.do Gestion des utilisateurs Profil des utilisateurs et leurs rôles (administrateur, expert, utilisateur externe) Protection des données personnelles 24
GBIF.ch, webfauna, cbol la pointe de l iceberg Séance Commission Scientifique CSCF du 17 avril 2013, CSCF Neuchâtel Je vous remercie de votre attention 25