PÉRIODE D ACCRÉDITATION : 2016 / 2021 UNIVERSITÉ PAUL SABATIER SYLLABUS MASTER Mention Biodiversité, écologie et évolution M2 anthropobiologie Intégrative http://www.fsi.univ-tlse3.fr/ 2016 / 2017 24 JANVIER 2017
SOMMAIRE PRÉSENTATION........................... 3 PRÉSENTATION DE LA MENTION ET DU PARCOURS............ 3 Mention Biodiversité, écologie et évolution.................... 3 Parcours...................................... 3 PRÉSENTATION DE L ANNÉE DE M2 anthropobiologie Intégrative...... 3 RUBRIQUE CONTACTS....................... 5 CONTACTS PARCOURS............................. 5 CONTACTS MENTION.............................. 5 CONTACTS DÉPARTEMENT : FSI.BioGéo................... 5 Tableau Synthétique des UE de la formation............. 6 LISTE DES UE............................ 7 GLOSSAIRE.............................. 14 TERMES GÉNÉRAUX............................... 14 TERMES ASSOCIÉS AUX DIPLOMES...................... 14 TERMES ASSOCIÉS AUX ENSEIGNEMENTS.................. 14 2
PRÉSENTATION PRÉSENTATION DE LA MENTION ET DU PARCOURS MENTION BIODIVERSITÉ, ÉCOLOGIE ET ÉVOLUTION La mention BEE a pour objectif de former des professionnels de la recherche en écologie, de la gestion de la biodiversité, et de l aménagement du territoire pour : Comprendre et savoir gérer le fonctionnement des systèmes naturels et anthropisés, Aborder d un point de vue évolutif ou fonctionnel les grandes questions et enjeux liés à la biosphère et aux interactions homme-biosphère, tels que les changements globaux, l érosion de la biodiversité et les perturbations anthropiques, Envisager les processus de l individu aux écosystèmes. en s appuyant sur l analyse de données, l écologie comportementale, la télédétection ou la biologie de la conservation. Ces professionnels sont de futurs chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs en écologie fonctionnelle, écologie évolutive et biologie de l évolution, chargés d études ou de missions, chefs de projets, conseillers en environnement, animateurs de bassin, agents territoriaux, gestionnaires de sites protégés, ingénieurs en qualité de l environnement eau, air ou sol, etc. Les premiers de ces métiers pourront s exercer dans un organisme de recherche ou un établissement d enseignement supérieur après un doctorat et recrutement par concours. PARCOURS [color=black]l anthropobiologie a connu de nombreuses mutations au cours de la dernière décennie avec des innovations et des défis technologiques majeurs (imagerie, génomique...)[/color][color=black]. En effet de nos jours l utilisation de nouvelles méthodes d acquisition de données à base d imagerie (synchrotron...) ou de séquençages de génomes s est généralisée, permettant certes de nouvelles avancées dans la recherche mais nécessitant de la part des biologistes une plus grande maitrise de ces nouveaux outils méthodologiques : techniques d analyse de données, méthodes statistique pour le big data, méthodes de la théorie des formes, statistique pour le génome humain et phylogénie pour l évolution humaine.[/color] PRÉSENTATION DE L ANNÉE DE M2 ANTHROPOBIOLOGIE INTÉGRATIVE [color=black]nous proposons ici un parcours professionnalisant (formations initiale et continue) et mutualisé entre les Mentions Ecologie et BioSanté. La formation est axée sur les besoins en recherche et développement de haut niveau des entreprises et des organismes de recherche en biologie évolutive, biologie structurale, génomique, biotechnologies et médecine.[/color] [color=black]des intervenants de haut niveau issus du monde professionnel et académique participent aux enseignements au sein de ce parcours. Ils sont étroitement liés aux activités des laboratoires AMIS, IRIT, EDB... et d organismes profondément impliqués dans la recherche CNRS, INSERM.[/color][color=black]L objectif de ce parcours est de former des professionnels en écologie humaine, biologie évolutive humaine et génétique humaine travaillant à tous les niveaux du vivant (de la molécule aux populations au sein de leur environnement), utilisateurs des concepts et outils mathématiques indispensables lorsqu il s agit d analyser et d interpréter les données massives provenant d imagerie ou de génétique. Il importe donc d inclure ces éléments désormais incontournables dans la formation des étudiants en (1) Sciences du Vivant, (2) Génétique, (3) Biodiversité, écologie et évolution, (4) Biotechnologies, (5) Biologie structurale et génomique, (6) Santé publique, (7) Bio-Informatique et (8) Bio-Santé.[/color]=12.0ptLes diplômés seront mieux armés dans le contexte international actuel de la recherche toujours plus collaboratif et en lien avec des opérateurs industriels. Ils pourront ainsi mettre en oeuvre immédiatement leurs actions de recherche et d innovations technologiques, s insérer rapidement dans des projets en entreprise ou en laboratoire de recherche afin de répondre 3
aux besoins dans le traitement de données biologiques de masse toujours plus nombreuses dans les banques mondiales.=12.0pt[color=black]l originalité vient de l approche «big data». Les données recueillies sont au cœur de l enseignement et on cherche à étudier la manière d en extraire de l information et de la transformer en connaissance au moyen d une étude quantitative, maitrisée par des experts de la discipline qui pourront l interpréter et l utiliser.[/color] 4
RUBRIQUE CONTACTS CONTACTS PARCOURS RESPONSABLE M2 ANTHROPOBIOLOGIE INTÉGRATIVE BRAGA Jose Email : jose.braga@univ-tlse3.fr Téléphone : 05 61 55 80 81 RIBERON Alexandre Email : alexandre.riberon@univ-tlse3.fr Téléphone : 05 61 55 67 43 SECRÉTAIRE PÉDAGOGIQUE FORLINO Caroline Email : caroline.forlino@univ-tlse3.fr Téléphone : 0561052887 Université Paul Sabalier 118 route de Narbonne 31062 TOULOUSE cedex 9 CONTACTS MENTION RESPONSABLE DE MENTION BIODIVERSITÉ, ÉCOLOGIE ET ÉVOLUTION AULAGNIER Stephane Email : stephane.aulagnier@toulouse.inra.fr Téléphone : 05 61 28 51 33 MORDELET Patrick Email : patrick.mordelet@cesbio.cnes.fr Téléphone : 05 61 55 85 15 CONTACTS DÉPARTEMENT: FSI.BIOGÉO DIRECTEUR DU DÉPARTEMENT LUTZ Christel Email : christel.lutz@univ-tlse3.fr Téléphone : 05 61 17 59 57 SECRETARIAT DU DÉPARTEMENT ROLS Véronique Email : vrols@adm.ups-tlse.fr Téléphone : 05 61 55 81 88 Université Paul Sabalier 118 route de Narbonne 31062 TOULOUSE cedex 9 5
TABLEAU SYNTHÉTIQUE DES UE DE LA FORMATION 6 page Code Intitulé UE ECTS Obligatoire Facultatif Premier semestre 8 EIBEZ3AM MÉTHODES ET ANALYSES EN LABORATOIRE 12 O 40 24 9 EIBEZ3BM APPROCHES PHYLOGÉNÉTIQUES 6 O 20 12 10 EIBEZ3CM ADAPTATION ET ÉCOLOGIE HUMAINE 6 O 20 12 11 EIBEZ3DM GÉNÉTIQUE ET GÉNOMIQUE DES POPULATIONS 6 O 20 12 Second semestre Choisir 1 UE parmi les 2 UE suivantes : 12 EIBEZ4AM STAGE EN LABORATOIRE 30 O 4 13 EIBEZ4BM STAGE EN ENTREPRISE 30 O 4 TD TP Stage Stage ne
LISTE DES UE 7
UE EIBEZ3AM MÉTHODES ET ANALYSES EN LABORATOIRE 12 ECTS 1 er semestre TD : 40h, TP : 24h ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE BRAGA Jose Email : jose.braga@univ-tlse3.fr Téléphone : 05 61 55 80 81 OBJECTIFS D APPRENTISSAGE Ce module, de nature très pratique, vise à familiariser les étudiants aux outils moléculaires et d analyse de données morphologiques utilisés dans les autres modules. DESCRIPTION SYNTHÉTIQUE DES ENSEIGNEMENTS - Imagerie 3D, Morphométrie (quantification de formes...) - Rappels sur les méthodes d obtention de marqueurs (NGS...) - Les marqueurs utilisés (SNP, Haplogroupe, Haplotype, STR, Microsat...) - Banques de données (bioinformatique...) - Bioéthique (législation sur l utilisation d échantillons...) PRÉ-REQUIS Aucun RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES Geometric Morphometrics for Biologists. A Primer. MOTS-CLÉS Séquençage ADN, Micro-tomographie, Morphométrie 3D, Paléogénétique 8
UE APPROCHES PHYLOGÉNÉTIQUES 6 ECTS 1 er semestre EIBEZ3BM TD : 20h, TP : 12h ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE BRAGA Jose Email : jose.braga@univ-tlse3.fr Téléphone : 05 61 55 80 81 OBJECTIFS D APPRENTISSAGE L objectif de ce module est de mettre l accent sur les étapes et les processus évolutifs qui ont conduit aux populations humaines modernes actuelles. Les relations phylogénétiques entre notre sous-espèce et les groupes humains du passé seront plus particulièrement traitées ici. DESCRIPTION SYNTHÉTIQUE DES ENSEIGNEMENTS Allométries inter-espèces ; Reconstruction de phylogenies moléculaires et morphologiques (cladistique...) Modèles évolutifs (Brownien...) Signal phylogénétique Reconstructions ancestrales PRÉ-REQUIS Aucun RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES The Comparative Approach in Evolutionary Anthropology and Biology MOTS-CLÉS Phylogénie, Evolution Humaine, Morphologie, Homoplasie, Homologie 9
UE ADAPTATION ET ÉCOLOGIE HUMAINE 6 ECTS 1 er semestre EIBEZ3CM TD : 20h, TP : 12h ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE RIBERON Alexandre Email : alexandre.riberon@univ-tlse3.fr Téléphone : 05 61 55 67 43 OBJECTIFS D APPRENTISSAGE L objectif de ce module est de mettre l accent sur les processus sélectifs qui ont façonné la variabilité humaine, notamment le contexte de mise en place de certaines maladies et de la réponse des individus et des populations aux pressions qu elles exercent. DESCRIPTION SYNTHÉTIQUE DES ENSEIGNEMENTS - Mécanismes de sélection (sexuelle...) - Recherche de gènes candidats - Signal adaptatif - Détection de la sélection dans les données moléculaires (séquences, génomes) - Médecine darwinienne PRÉ-REQUIS Notions de base de génétique des populations (4 pressions évolutives, Hardy-Weinberg...) RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES Human Evolutionary Genetics MOTS-CLÉS Médecine darwinienne, Sélection sexuelle, Milieux, Adaptations 10
UE EIBEZ3DM GÉNÉTIQUE ET GÉNOMIQUE DES POPULA- TIONS TD : 20h, TP : 12h 6 ECTS 1 er semestre ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE BALARESQUE Patricia Email : patricia.balaresque@univ-tlse3.fr Téléphone : 05.61.14. 55.04 OBJECTIFS D APPRENTISSAGE L objectif de ce module est de présenter les données génomiques sur la diversité humaine, de plus en plus nombreuses et variées. Ces données permettent de mieux comprendre l origine, le maintien et l évolution de la diversité humaine. DESCRIPTION SYNTHÉTIQUE DES ENSEIGNEMENTS - Eléments de statistiques (Bootstraping, Randomisation, Tests non-paramétriques, Bayes, Cohalescence, Markov... ) - Les marqueurs utilisés (SNP, Haplogroupe, Haplotype, STR, Microsat...) - Analyse Bioinformatique PRÉ-REQUIS Notions de base de génétique des populations (4 pressions évolutives, Hardy-Weinberg...) RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES Human Evolutionary Genetics MOTS-CLÉS Génétique humaine, Génomique, Bioinformatique 11
UE STAGE EN LABORATOIRE 30 ECTS 2 nd semestre EIBEZ4AM Stage ne : 4h ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE BRAGA Jose Email : jose.braga@univ-tlse3.fr Téléphone : 05 61 55 80 81 OBJECTIFS D APPRENTISSAGE Il s agit ici de mener un travail de recherche dans le domaine de l anthropobiologie. DESCRIPTION SYNTHÉTIQUE DES ENSEIGNEMENTS 4 mois dans un laboratoire de recherche PRÉ-REQUIS Le semestre 1 de l année. RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES Aucun 12
UE STAGE EN ENTREPRISE 30 ECTS 2 nd semestre EIBEZ4BM Stage : 4 mois minimum ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE BRAGA Jose Email : jose.braga@univ-tlse3.fr Téléphone : 05 61 55 80 81 13
GLOSSAIRE TERMES GÉNÉRAUX DÉPARTEMENT Les départements d enseignement sont des structures d animation pédagogique internes aux composantes (ou facultés) qui regroupent les enseignants intervenant dans une ou plusieurs mentions UE : UNITÉ D ENSEIGNEMENT Unité d Enseignement. Un semestre est découpé en unités d enseignement qui peuvent être obligatoire, optionnelle (choix à faire) ou facultative (UE en plus). Une UE représente un ensemble cohérent d enseignements auquel est associé des ECTS. ECTS : EUROPEAN CREDITS TRANSFER SYSTEM Les ECTS sont destinés à constituer l unité de mesure commune des formations universitaires de Licence et de Master dans l espace européen depuis sa création en 1989. Chaque UE obtenue est ainsi affectée d un certain nombre d ECTS (en général 30 par semestre d enseignement). Le nombre d ECTS est fonction de la charge globale de travail (CM, TD, TP, etc.) y compris le travail personnel. Le système des ECTS vise à faciliter la mobilité et la reconnaissance des diplômes en Europe. TERMES ASSOCIÉS AUX DIPLOMES Les diplômes sont déclinés en domaines, mentions et parcours. DOMAINE Le domaine correspond à un ensemble de formations relevant d un champ disciplinaire ou professionnel commun. La plupart de nos formations relèvent du domaine Sciences, Technologies, Santé. MENTION La mention correspond à un champ disciplinaire. Elle comprend, en général, plusieurs parcours. PARCOURS Le parcours constitue une spécialisation particulière d un champ disciplinaire choisie par l étudiant au cours de son cursus. TERMES ASSOCIÉS AUX ENSEIGNEMENTS CM : COURS MAGISTRAL(AUX) Cours dispensé en général devant un grand nombre d étudiants (par exemple, une promotion entière), dans de grandes salles ou des amphis. Au-delà de l importance du nombre d étudiants, ce qui caractérise le cours magistral, est qu il est le fait d un enseignant qui en définit lui-même les structures et les modalités. Même si ses contenus font l objet de concertations entre l enseignant, l équipe pédagogique, chaque cours magistral porte la marque de l enseignant qui le dispense. 14
TD : TRAVAUX DIRIGÉS Ce sont des séances de travail en groupes restreints (de 25 à 40 étudiants selon les composantes), animés par des enseignants. Ils illustrent les cours magistraux et permettent d approfondir les éléments apportés par ces derniers. TP : TRAVAUX PRATIQUES Méthode d enseignement permettant de mettre en pratique les connaissances théoriques acquises durant les CM et les TD. Généralement, cette mise en pratique se réalise au travers d expérimentations. En règle générale, les groupes de TP sont constitué des 16 à 20 étudiants. Certains travaux pratiques peuvent être partiellement encadrés voire pas du tout. A contrario, certains TP, du fait de leur dangerosité, sont très encadrés (jusqu à 1 enseignant pour quatre étudiants). PROJET OU BUREAU D ÉTUDE Le projet est une mise en pratique en autonomie ou en semi-autonomie des connaissances acquises. il permet de vérifier l acquisition des compétences. TERRAIN Le terrain est une mise en pratique encadrée des connaissances acquises en dehors de l université. STAGE Le stage est une mise en pratique encadrée des connaissances acquises dans une entreprise ou un laboratoire de recherche. Il fait l objet d une législation très précise impliquant, en particulier, la nécessité d une convention pour chaque stagiaire entre la structure d accueil et l université. 15