UNITÉ DE RECHERCHE UMR IRD 190 Emergence des pathologies virales (EPV)

UNITÉ DE RECHERCHE UMR IRD 190 Emergence des pathologies virales (EPV) DIRECTEUR : de LAMBALLERIE Xavier ADRESSE : Faculté de Médecine Site Timone TELEPHONE : 04 91 32 44 20 COURRIEL : xavier.de-lamballerie@univ-amu.fr SITE WEB : RATTACHEMENTS : AMU IRD EHESP POLES HOSPITALIERS : 8 - Maladies Infectieuses (Intersites) ECOLE DOCTORALE : Sciences de la Vie et de la Santé (ED 062) DISCIPLINES D APPARTENANCES : DS 5 - Biologie, médecine, santé SPECIALITÉS : Maladies Infectieuses/Microbiologie GESTIONNAIRES DE L UNITÉ : AGOSTINI Michèle Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 1/7

Enseignants-Chercheurs : 6 Chercheurs EPST : 5 Autres Enseignants-Chercheurs et Chercheurs : 7 BIATSS/ITA : 7 Autres BIATSS/ITA : 3 Doctorants : 9 EFFECTIFS PERSONNELS IMPLIQUÉS DANS LA RECHERCHE AGOSTINI Méchèle ADA 04 91 32 44 20 ALKAN Cigdem DOCTORANTE 04 91 32 44 27 AMROUN Abdennour DOCTORANT 04 91 32 44 26 ATIEH Thérèse DOCTORANTE 04 91 32 44 22 AUBRY Fabien DOCTORANT 04 91 32 42 62 AYOUBI Diala DOCTORANTE 04 91 32 44 22 BICHAUD Laurence POST-DOCTORANTE 04 91 32 44 27 BOËTE Christophe CR- IRD 04 91 32 44 26 CHARREL Rémi PU-PH 04 91 32 44 20 CONSTANT Aymery MCF -EHESP CREPEY Pascal PRCE - EHESP DECHESSE Reine TCH contractuelle DE FABRITUS Lauriane DOCTORANTE 04 91 32 42 62 de LAMBALLERIE Xavier PU-PH 04 91 32 44 20 DUBOT-PERES Audrey IR - IRD 04 91 32 42 60 GALLIAN Pierre PH - EFS GOULD Ernest Pr invité (OXFORD) 04 91 32 44 12 IZRI Arezki MCU-PH (APHP) KLITTING Raphaëlle DOCTORANTE LEBLANC Nathalie AI - IRD 04 91 32 42 64 LEMASSON Jean-Jacques AI - IRD 04 91 32 42 67 MONIER Roland TCH - AMU 04 91 32 44 20 MOYEN Nanikaly DOCTORANTE 04 91 32 44 24 NINOVE Laetitia MCU-PH 04 91 32 44 20 NOUGAIREDE Antoine AHU 04 91 32 42 62 PASTORINO Boris IE - AMU 04 91 32 44 22 PIORKOVSKI Géraldine IE contractuelle PY Odile TCH contractuelle QUERAT Gilles CR - INSERM 04 91 32 42 60 RAUDE Jocelyn MCF - EHESP ROMETTE Jean-Louis PU - AMU 04 91 32 44 12 SALEZ Nicolas POST-DOCTORANT 04 91 32 44 26 SESTON Morgan IR - IRD 04 91 32 44 27 SETBON Michel DR - CNRS SOURIS Marc DR - IRD THIBERVILLE Djamel DOCTORANT 04 91 32 44 24 THIRION-PERRIER Laurence CR - IRD 04 91 32 42 67 Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 2/7

EQUIPE : Mono-équipe : Virus Emergents RESPONSABLE : Xavier de LAMBALLERIE EQUIPES DE RECHERCHE et THEMATIQUES PERSONNELS PAR EQUIPE DE RECHERCHE Groupe de recherche : Emergence et génomique des virus ARN RESPONSABLE : Rémi Charrel THEMATIQUE : Génomique et évolution des virus à génome ARN Caractérisation virologique des phénomènes d émergence Virologie médicale incluant les aspects cliniques et diagnostiques Groupe de recherche : Thérapeutiques antivirales RESPONSABLE : Gilles Quérat THEMATIQUE : Confirmation de l activité antivirale de molécules criblées au sein du consortium SILVER Criblage à moyen débit pour de nouveaux groupes viraux Détermination des mécanismes inhibiteurs (dont mutants résistants et génétique inverse) Criblage de banques d aptamères sur des protéines recombinantes virales Interface avec chimistes, enzymologistes, christallographes Atténuation virale à visée vaccinale Groupe de recherche : Eco-épidémiologie virale & santé publique dans les pays du Sud RESPONSABLE : Xavier de Lamballerie THEMATIQUE : Etude de cohortes de foyers dans les pays du Sud Socio & éco-épidémiologie des pathologies virales dans les pays du Sud Management de la santé et accès aux soins dans les pays du Sud (indiquant les aspects relatifs à la transfusion sanguine) PUBLICATIONS ANNÉE 2012 Charrel RN, Bichaud L, de Lamballerie X. Emergence of Toscana virus in the mediterranean area. World J Virol. 2012 Oct 12;1(5):135 141. Coisel Y, Bousbia S, Forel JM, Hraiech S, Lascola B, Roch A, Zandotti C, Million M, Jaber S, Raoult D, Papazian L. Cytomegalovirus and herpes simplex virus effect on the prognosis of mechanically ventilated patients suspected to have ventilator associated pneumonia. PLoS One. 2012;7(12):e51340. Nakapan S, Tripathi NK, Tipdecho T, Souris M. Spatial diffusion of influenza outbreak related climate factors in Chiang Mai Province, Thailand. Int J Environ Res Public Health. 2012 Oct 24;9(11):3824 42. Raude J, Chinfatt K, Huang P, Betansedi CO, Katumba K, Vernazza N, Bley D. Public perceptions and behaviours related to the risk of infection with Aedes mosquitoborne diseases: a cross sectional study in Southeastern France. BMJ Open. 2012 Nov 28;2(6). Durand R, Cannet A, Berdjane Z, Bruel C, Haouchine D, Delaunay P, Izri A. Infestation by pyrethroids resistant bed bugs in the suburb of Paris, France. Parasite. 2012 Nov;19(4):381 7. Moal V, Zandotti C, Colson P. Emerging viral diseases in kidney transplant recipients. Rev Med Virol. 2013 Jan;23(1):50 69. Baronti C, Pastorino B, Charrel R, de Lamballerie X. Mycoplasma removal: simple curative methods for viral supernatants. J Virol Methods. 2013 Feb;187(2):234 7. Macdermid JC, Vincent JI, Kieffer L, Kieffer A, Demaiter J, Macintosh S. A survey of practice patterns for rehabilitation post elbow fracture. Open Orthop J. 2012;6:429 39. Benkouiten S, Badiaga S, Nappez C, Charrel R, Raoult D, Brouqui P. Immunity to measles, diphtheria and tetanus in residents of homeless shelters in Marseilles, France. J Infect. 2013 Feb;66(2):189 91. Charrel RN, Salez N. Response letter to rapid diagnosis of influenza: an evaluation of two commercially available RT PCR assays. J Infect. 2013 Mar;66(3):290 1. Sarfraz MS, Tripathi NK, Tipdecho T, Thongbu T, Kerdthong P, Souris M. Analyzing the spatio temporal relationship between dengue vector larval density and land use using factor analysis and spatial ring mapping. BMC Public Health. 2012 Oct 9;12:853. Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 3/7

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An interdisciplinary approach to controlling chikungunya outbreaks on French islands in the south west Indian ocean. Med Trop (Mars). 2012 Mar;72 Spec No:66 71. Aubry C, Gautret P, Nougairede A, Dussouil AS, Botelho Nevers E, Zandotti C, de Lamballerie X, Brouqui P, Parola P. 2012 outbreak of acute haemorrhagic conjunctivitis in Indian Ocean Islands: identification of Coxsackievirus A24 in a returned traveller. Euro Surveill. 2012 May 31;17(22). Lapidus N, de Lamballerie X, Salez N, Setbon M, Ferrari P, Delabre RM, Gougeon ML, Vely F, Leruez Ville M, Andreoletti L, Cauchemez S, Boëlle PY, Vivier E, Abel L, Schwarzinger M, Legeas M, Le Cann P, Flahault A, Carrat F. Integrative study of pandemic A/H1N1 influenza infections: design and methods of the CoPanFlu France cohort. BMC Public Health. 2012 Jun 7;12:417. Heinze DM, Gould EA, Forrester NL. Revisiting the clinal concept of evolution and dispersal for the tick borne flaviviruses by using phylogenetic and biogeographic analyses. 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Kone AK, Delaunay P, Djimdé AA, Thera MA, Giudice PD, Coulibaly D, Traoré K, Goita SM, Abathina A, Izri A, Marty P, Doumbo OK. [Epidemiology of cutaneous leishmaniasis in five villages of Dogon country, Mali]. Bull Soc Pathol Exot. 2012 Feb;105(1):8 15. Koita OA, Sangare L, Poudiougou B, Aboubacar B, Samake Y, Coulibaly T, Pronyk P, Salez N, Kieffer A, Ninove L, Flahault A, de Lamballerie X. A Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 5/7

seroepidemiological study of pandemic A/H1N1(2009) influenza in a rural population of Mali. Clin Microbiol Infect. 2012 Oct;18(10):976 81. Motte A, Roquelaure B, Galambrun C, Bernard F, Zandotti C, Colson P. Hepatitis E in three immunocompromized children in southeastern France. J Clin Virol. 2012 Feb;53(2):162 6. Cook S, Moureau G, Kitchen A, Gould EA, de Lamballerie X, Holmes EC, Harbach RE. Molecular evolution of the insect specific flaviviruses. J Gen Virol. 2012 Feb;93(Pt 2):223 34. Mhiri L, Boyer B, Goudard M, Mazeron MC, Leruez Ville M, Slim A, Alain S; Groupe Contrôle de qualité national cytomégalovirus (CQNCMV). [Large diversity of routine methods used for monitoring human cytomegalovirus infections in France]. Pathol Biol (Paris). 2012 Dec;60(6):352 6. Delangue J, Salez N, Ninove L, Kieffer A, Zandotti C, Seston M, Lina B, Nougairede A, Charrel R, Flahault A, de Lamballerie X. Serological study of the 2009 pandemic due to influenza A H1N1 in the metropolitan French population. Clin Microbiol Infect. 2012 Feb;18(2):177 83. CONTRATS ANNÉE 2012 X de Lamballerie/JL Romette 2009 2012 EVA, European Virus Archive, EC 7th Framework programme as CAPACITIES project GA n 228292. R Charrel 2011 2016 PREDEMICS, "Preparedness, Prediction and Prevention of Emerging Zoonotic Viruses with Pandemic Potential using Multidisciplinary Approaches", EC 7th Framework programme. R Charrel 2011 2012 "A Multiplexed Assay for the Detection of Pathogens of Military Importance in Sand Flies", US Department of Defense SBIR award W81XWH 08 C 0022 (Phase II). R Charrel 2011 2012 "Development of a Point of care Assay for the Detection of Sand Fly Fever Virus (SFFV)", US Department of Defense SBIR award W81XWH 09 C 0038. R Charrel 2011 2013 PHRC PUNAISE DES LITS (Cimex lectularius) Vecteur d agents infectieux et Rôle pathogène, Ministère de la Santé, programme hospitalier de Recherche clinique interrégional, Ministère de la Santé. R Charrel 2012 2015 PHRC PTH Intérêt du traitement préemptif par ganciclovir ou par aciclovir chez les patients nécessitant une ventilation mécanique prolongée et ayant soit une réplication sanguine à cytomégalovirus soit une réplication oro pharyngée à herpes simplex virus : Etude prospective, multicentrique, randomisée en double aveugle, Ministère de la Santé. R Charrel 2011 2013 Coopération scientifique : Etude des mécanismes et de la dynamique de transmission des phlebovirus (en particulier virus Toscana) chez Phlebotomus perniciosus, Conseil Régional PACA. J Raude 2012 2013 PRIAM : Perception du Risque Arboviral autour de la Méditerranée (étude séro épidémiologue et sociologique chez les donneurs de sang dans les régions Alpes Méditerranée, Pyrénées Méditerranée et Auvergne Loire de l Etablissement Français du Sang), IMMI EFS ARS. Jean Louis Romette 2012 2015 ANVBIS, Acides nucléiques, virus et bactéries d'intérêt en stockage standardisé et sécurisé, DGA. R Charrel 2009 2012 PHLEBOMED, Phlebovirus émergents autour de la Méditerranée, ANR. X de Lamballerie 2009 2012 EBOLA, Evaluation du potentiel d acides nucléiques non codants, désignés par le terme d aptamères, à l encontre du virus Ebola, DGA. X de Lamballerie 2011 2012 COPANFLU International et COPANFLU, IMMI EHESP TGIR Jean Louis Romette 2010 2014 SILVER, EC 7th Framework programme. Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 6/7

THESES de DOCTORAT ANNÉE 2012 Antoine NOUGAIREDE : Pandémie grippale A/H1N1 2009/2010: Diagnostic et épidémiologie au laboratoire hospitalier de microbiologie clinique à Marseille 12/01/2012 Grégory MOUREAU : Génomique des flavivirus: contribution à l'analyse taxonomique et phylogénique 17/01/2012 Ynes YAMA : Viruses in Rodents-From field work to virus discovery and characterization 27/11/2012 ACCUEIL MASTERS Pathologie Humaine : Maladies transmissibles et pathologies tropicales - Aix-Marseille EQUIPEMENTS MAJEURS 1/ 1 laboratoire P2 équipé (4 postes de travail, PSM2, incubateurs ) 2/ 1 laboratoire P3 équipé (4 postes de travail, 1 automate de culture, PSM2, incubateurs ) avec plateforme pour antiviraux labellisée IBISA 3/ 1 laboratoire P3+ avec collection de virus labellisée par la CE (chaîne de lyophilisation sécurisée, congélateurs -80 C, ultracentrifugeuse) 4/ 1 plateforme de diagnostic moléculaire (broyeurs, extracteurs d'acides nucléiques robotisés, appareils de PCR en temps réel robotisés) 5/ 1 laboratoire de sérologie (IF, IHA, ELISA, VNT avec automates pipeteurs) Unité de Recherche. Emergence des pathologies virales (EPV) 7/7