Guide d installation et de préparation du site du cbot MC DESTINÉ À LA RECHERCHE UNIQUEMENT Historique des révisions 3 Introduction 4 Exigences relatives au laboratoire 5 Exigences électriques 6 Considérations environnementales 7 Installer l instrument 8 Changer la plaque d adaptateur 12 Configurer l instrument 14 Assistance technique 21 EXCLUSIF À ILLUMINA Référence 15053710, Rév. B FRA Février 2015
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Historique des révisions Nº Révision Date Description des modifications 15053710_ FRA 15053710_ FRA B A Février 2015 Avril 2014 Ajout des renseignements et des procédures relatifs à la configuration du cbot. Retrait des références des fusibles, qui ne sont pas remplaçables par l utilisateur. Correction du rendement thermique maximal répertorié dans les contraintes environnementales pour la condition de ventilation. Publication originale. Historique des révisions Guide d installation et de préparation du site cbot 3
Introduction Ce guide fournit toutes les spécifications et recommandations nécessaires pour préparer votre site à l installation et à l utilisation du système Illumina MD cbot MC : } Exigences relatives à l espace du laboratoire } Exigences électriques } Contraintes environnementales Sécurité et conformité du produit Consultez le Guide de sécurité et de conformité cbot (référence 15012615) pour des renseignements importants en matière de sécurité et de conformité des produits. Ressources supplémentaires Les documents suivants sont disponibles en téléchargement sur le site Web d Illumina. Ressource Guide de sécurité et de conformité cbot (référence 15012615) Dénaturation et dilution de librairies pour HiSeq et GAIIx (référence 15050107) Guide du système cbot (référence 15006165_FRA) Description Fournit des renseignements concernant l étiquetage de l instrument, les certifications de conformité et les questions de sécurité. Fournit des instructions pour la dénaturation et la dilution de librairies préparées avant le séquençage ainsi que pour la préparation d un contrôle PhiX. Cette étape s applique à la plupart des types de librairie et à la plupart des Flow Cells. Donne un aperçu des composants de l instrument et du logiciel, les instructions pour effectuer des analyses de séquençage ainsi que les procédures à suivre pour une maintenance et un dépannage appropriés de l instrument. Consultez la page d assistance du système cbot sur le site Web d Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions. 4 Référence 15053710, Rév. B FRA
Exigences relatives au laboratoire Cette section fournit les exigences et les recommandations concernant la configuration de votre espace de laboratoire. Pour plus de renseignements, consultez la section Considérations environnementales à la page 7. Dimensions de l instrument Exigences relatives au laboratoire Les dimensions du cbot sont les suivantes : Mesure Hauteur (couvercle ouvert) Hauteur (couvercle fermé) Profondeur Largeur Poids Dimensions de l instrument 70 cm (27,5 po) 39 cm (15,5 po) 62 cm (24,5 po) 38 cm (15 po) 31 kg (68 livres) Guide d installation et de préparation du site cbot 5
Exigences électriques Le cbot est certifié conforme aux normes électriques suivantes : } Conforme à la norme UL STD 61010-1 } Certifié conforme à la norme CSA STD C22.2 nº 61010-1 } Directive relative aux basses tensions (sécurité produit) CEI 61010-1 } Directive relative à la CEM CEI 61326-1 Caractéristiques d alimentation Illumina vous recommande de brancher l instrument à un système d alimentation sans coupure (ASI) pour le protéger en cas d une saute de puissance ou d une panne d alimentation. Type Tension secteur Consommation d électricité Prise 100 à 240 V CA à 50 à 60 Hz 500 Watts Spécification Une ligne entre 6 et 10 A reliée à la terre avec une tension et une masse électrique appropriées Cordons d alimentation } Le cbot est fourni avec une prise CEI 60320 standard internationale et livré avec un cordon d alimentation adapté à votre région. } Prévoyez un maximum de 2 m (6 pi) entre l entrée d alimentation CA de l instrument et l alimentation de l établissement. } N utilisez jamais de câble de rallonge pour raccorder votre cbot. Fusibles L instrument ne contient aucun fusible remplaçable par l utilisateur. L instrument utilise uniquement des fusibles recommandés par le fabricant. Ces fusibles sont de dimensions 5 20 et de 8 A nominal, 250 V CA, à fusion lente. Pile bouton La pile bouton sur la carte mère de l ordinateur de l instrument n est pas une pièce remplaçable par l utilisateur. La pile bouton n est pas rechargeable. Ne rechargez la pile sous aucun prétexte. 6 Référence 15053710, Rév. B FRA
Considérations environnementales Élément Température Humidité Ventilation Spécification Maintenez le laboratoire à une température comprise entre 19 et 25 C (22 C ±3 C), soit la température de fonctionnement de l instrument. Maintenez une humidité relative sans condensation comprise entre 20 et 80 %. Le rendement thermique maximal est d environ 1 700 Btu/h (500 W). Considérations environnementales Guide d installation et de préparation du site cbot 7
Installer l instrument L installation de l instrument dure environ 15 minutes. Veillez à réserver un espace de laboratoire suffisant pour déballer le cbot. Dimensions et contenu du conteneur de transport Le cbot est livré dans une caisse. Mesure Hauteur Largeur Profondeur Poids Dimensions de la caisse 51 cm (20,25 po) 52 cm (20,5 po) 75 cm (29,5 po) 34 kg (75 livres) La caisse contient l instrument et les composants suivants : } Plaque d adaptateur de Flow Cell HiSeq } Cordon d alimentation } Flacon à déchets } Fiche de configuration rapide } Guide du système cbot (référence 15006165_FRA) Composants extérieurs A B C D E Couvercle : recouvre la platine thermique, la platine des réactifs et le réservoir de lavage. Compartiment du flacon à déchets : contient le flacon à déchets contrôlé par capteur. Écran : affiche l interface utilisateur du cbot. Lecteur de codes à barres : lit l identifiant du code à barres de la plaque des réactifs et de la Flow Cell. Interrupteur d alimentation : met en marche l instrument. 8 Référence 15053710, Rév. B FRA
Composants du panneau arrière Installer l instrument A B C Branchement secteur Réservoir du liquide de refroidissement Niveau du liquide de refroidissement Déballer et inspecter 1 Si votre cbot a été stocké dans un endroit frais, laissez-le revenir à température ambiante avant de poursuivre. 2 Coupez les sangles de transport entourant la caisse de transport. REMARQUE Ne coupez pas le ruban adhésif sur la partie supérieure de la caisse. La partie supérieure de la caisse de transport est conçue pour se dégager de l instrument par simple soulèvement. Conservez la caisse et le matériel d emballage en vue d un éventuel usage ultérieur. 3 Soulevez verticalement la partie supérieure de la caisse de transport à l aide des poignées découpées à chaque extrémité. 4 Localisez le cordon d alimentation et le flacon à déchets et mettez-les de côté. ATTENTION Ne soulevez jamais le cbot par les panneaux avant ou arrière, par le lecteur de codes à barres ou par tout emplacement autre que les longs panneaux latéraux. Seuls les panneaux latéraux sont conçus pour supporter le poids de l instrument. 5 Une personne se tenant devant l appareil et une seconde derrière lui, soulevez l instrument de son emballage en plaçant vos mains sous les longs panneaux latéraux. Des découpes dans l emballage en mousse indiquent les meilleures positions pour le levage. 6 Placez le cbot sur une paillasse de laboratoire ou sur un emplacement adapté, en le positionnant de façon à pouvoir inspecter tous les côtés de l instrument. 7 Inspectez l état des composants suivants : Assurez-vous que les panneaux de l instrument sont intacts. Inspectez l écran tactile pour vérifier l absence de fissures ou de rayures. Assurez-vous que le liquide de refroidissement n a pas fui pendant le transport. Contrôlez l humidité à l intérieur de la caisse. Si l un de ces éléments n est pas satisfaisant, communiquez immédiatement avec l assistance technique d Illumina. 8 Vérifiez le niveau du liquide de refroidissement à travers le hublot d inspection, situé sur le panneau arrière de l instrument. Le niveau du liquide de refroidissement Guide d installation et de préparation du site cbot 9
vert doit se situer juste en dessous du bouchon du réservoir de liquide de refroidissement. Figure 1 Niveau du liquide de refroidissement A B Niveau du liquide de refroidissement bon Niveau du liquide de refroidissement bas Si le niveau du liquide est bas, remplissez à nouveau le réservoir avec le liquide de refroidissement fourni avec l instrument. a Utilisez une grande pièce de monnaie ou un tournevis plat pour retirer le bouchon du réservoir. b Remplissez le réservoir avec le liquide de refroidissement fourni par Illumina jusqu à 0,6 cm (0,25 po) au-dessous de l orifice de remplissage. c Remettez le bouchon du réservoir en place. Positionner et connecter REMARQUE Si vous avez besoin de liquide de refroidissement supplémentaire, contactez l assistance technique d Illumina en donnant la référence 1003709. 1 Retirez le bloc de protection en mousse du lecteur de codes à barres. 2 Soulevez le couvercle du cbot et retirez le bloc de protection en mousse de la zone des réactifs. 3 Appuyez sur le coin supérieur droit de la porte du compartiment des déchets puis relâchez rapidement pour ouvrir la porte. 4 Retirez le bloc de protection en mousse du compartiment du flacon à déchets. 5 Soulevez le levier du flacon à déchets et mettez en place le flacon à déchets sous le levier, en inclinant légèrement le goulot du flacon pour dégager le bec verseur. Figure 2 Compartiment du flacon à déchets A B Levier du flacon à déchets Flacon à déchets 10 Référence 15053710, Rév. B FRA
6 Abaissez le levier pour fixer le flacon à déchets en place. Le bec verseur est logé à l intérieur du goulot du flacon à déchets. 7 Retirez la feuille de protection de l écran du cbot. 8 Branchez le cordon d alimentation à l entrée d alimentation CA sur le panneau arrière, puis raccordez-le à l alimentation de l établissement. 9 Si vous prévoyez de configurer votre cbot pour une connexion réseau, connectez un câble Ethernet RJ45 fourni par l utilisateur au port Ethernet. 10 Placez votre cbot sur la paillasse de laboratoire en l éloignant d au moins 15,2 cm (6 po) du mur ou de tout autre objet. Assurez-vous qu il soit de niveau sur la paillasse. 11 Localisez l interrupteur d alimentation situé sur le côté droit de l instrument et commutez-le en position ON (Marche). 12 Localisez le bouton de démarrage situé sur la gauche de la porte du compartiment du flacon à déchets, et appuyez dessus pour démarrer le logiciel du cbot. Installer l instrument Figure 3 Emplacement de l interrupteur d alimentation et du bouton de démarrage A B Bouton de démarrage Interrupteur d alimentation Le logiciel lance une routine de démarrage. Une fois la routine terminée, l écran Start (Démarrer) s ouvre. Guide d installation et de préparation du site cbot 11
Changer la plaque d adaptateur Vous pouvez utiliser une Flow Cell HiSeq ou GAIIx sur le cbot. Chaque type de Flow Cell nécessite l installation d une plaque d adaptateur différente sur le cbot avant de commencer l analyse. Les icônes sur la page de démarrage indiquent quelle plaque d adaptateur est installée sur le cbot. Le cbot vous est livré avec la plaque d adaptateur HiSeq déjà installée. 1 Ouvrez le couvercle du cbot en le soulevant délicatement par son coin supérieur droit. 2 Soulevez la pince de Flow Cell. 3 Dévissez les deux vis imperdables à tête cruciforme qui maintiennent la plaque d adaptateur. Figure 4 Plaque d adaptateur de Flow Cell A B Vis imperdables Plaque d adaptateur 4 Soulevez la plaque d adaptateur actuelle de la platine thermique et mettez-la de côté. 5 Assurez-vous que la platine thermique est propre. Si vous constatez la présence de sel, essuyez la platine avec un chiffon de nettoyage non pelucheux légèrement imprégné d eau. 6 Placez la nouvelle plaque d adaptateur sur la platine thermique en alignant le bras du capteur sur la fente qui lui correspond du côté droit de la platine thermique. Figure 5 Emplacement du bras du capteur A Plaque d adaptateur GAIIx B Plaque d adaptateur HiSeq C Bras du capteur de la plaque d adaptateur 7 Vissez les deux vis imperdables à tête cruciforme pour fixer la plaque d adaptateur. 12 Référence 15053710, Rév. B FRA
8 Pour un transfert de chaleur optimal, assurez-vous que la plaque d adaptateur est à plat et que les vis sont uniformément serrées. 9 Essuyez la plaque d adaptateur installée avec un chiffon de nettoyage non pelucheux impregné d eau et séchez-la avec un chiffon propre. Ne laissez aucun liquide couler à l intérieur de l instrument. Changer la plaque d adaptateur Guide d installation et de préparation du site cbot 13
Configurer l instrument Vous pouvez configurer le cbot à l aide de l écran tactile. Les étapes de configuration comprennent la dénomination de votre instrument, la définition des exigences d analyse et la sélection des types de saisie requis pour chaque analyse lors de la configuration de celle-ci. Via une connexion réseau, vous pouvez activer la surveillance à distance, les alertes par courriel et la prise en charge du système de gestion des données de laboratoire (LIMS). Menu de l écran Start (Démarrer) 1 Sélectionnez Menu dans l angle supérieur gauche de l écran, puis sélectionnez Configure (Configurer). Le clavier s affiche. Figure 6 Menu de l écran Start (Démarrer) 2 Saisissez le mot de passe par défaut à l aide du clavier. a Sélectionnez la touche Shift (Maj) pour afficher les lettres en minuscule. b Saisissez le mot de passe par défaut, admin. Le mot de passe par défaut doit être saisi en lettres minuscules. c Sélectionnez Enter (Entrée). Le clavier se ferme. Configurer les exigences d analyse L écran de configuration contient six onglets : l onglet Run Setup (Configuration de l analyse), l onglet Remote (À distance), l onglet Alerts (Alertes), l onglet Time (Heure), l onglet LIMS et l onglet Validation. Dans l onglet Run Setup (Configuration de l analyse), vous pouvez attribuer un nom à votre instrument, configurer les options de lavage et de contournement des capteurs et indiquer les champs obligatoires à remplir avant chaque analyse. Vous pouvez modifier ces réglages, le cas échéant, avant le début de chaque analyse. 14 Référence 15053710, Rév. B FRA
Figure 7 Onglet Run Setup (Configuration de l analyse) Configurer l instrument A B C Nom de la station Options de lavage et de contournement des capteurs Champs obligatoires 1 Sélectionnez Station Name (Nom de la station) pour attribuer un nom à votre cbot. Le clavier s affiche. REMARQUE Sélectionnez la touche Shift (Maj) pour activer les lettres minuscules. Sélectionnez la touche Alt pour activer les touches de symbole. 2 Tapez le nom de votre instrument à l aide de votre clavier à l écran, puis sélectionnez Enter (Entrée). 3 Cochez les boutons ronds pour sélectionner les options de lavage avant et après analyse. REMARQUE Pour optimiser les performances, Illumina recommande un lavage à l eau de l instrument avant et après chaque analyse. 4 Pour ajouter l option permettant de poursuivre une analyse même si la lecture d un des capteurs n est pas valide lors d une vérification avant analyse, cochez la case Allow Sensor Bypass (Permettre le contournement des capteurs). Cette option est désactivée par défaut. Lorsque cette fonction est activée, l option s affiche sur l écran de vérification avant analyse si une telle vérification échoue en raison de la panne d un capteur. Vous devez vérifier visuellement que les composants de l analyse sont correctement chargés avant d ignorer les capteurs et de passer à la vérification de la fluidique. 5 Cochez les cases pour sélectionner les champs obligatoires à remplir avant chaque analyse. Les champs comprennent le nom d utilisateur, le nom de l expérience, l identifiant de la trousse de réactifs, l identifiant de Flow Cell, le nom du primer et celui du modèle. Configurer la date et l heure À partir de l onglet Time (Heure), vous pouvez régler la date du jour et l heure locale sur votre instrument. 1 Sélectionnez l onglet Time (Heure). Guide d installation et de préparation du site cbot 15
2 Sélectionnez Edit Date/Time (Modifier la date/l heure). La boîte de dialogue Date and Time Properties (Propriétés de la date et de l heure) de Windows apparaît. Figure 8 Onglet Time (Heure) 3 Sélectionnez le fuseau horaire, la date du jour et l heure actuelle correspondant à votre zone géographique. 4 Sélectionnez OK pour fermer la boîte de dialogue Date and Time Properties (Propriétés de la date et de l heure) de Windows. Les modifications apparaissent dans l onglet Time (Heure). Configurer les alertes par courriel À partir de l onglet Alerts (Alertes), vous pouvez configurer l instrument pour qu il envoie une alerte par courriel si le système rencontre un problème ou lorsqu une analyse est terminée. Une connexion réseau est nécessaire. 1 Sélectionnez l onglet Alerts (Alertes). Figure 9 Onglet Alerts (Alertes) A B C Serveur de messagerie électronique Adresses électroniques Événements de notification 2 Sélectionnez SMTP Server (Serveur SMTP). Le clavier s affiche. 16 Référence 15053710, Rév. B FRA
REMARQUE Consultez l administrateur de votre établissement pour connaître le nom de votre serveur et port de service SMTP. 3 À l aide du clavier à l écran, saisissez le nom du serveur SMTP, puis sélectionnez Enter (Entrée). 4 Sélectionnez Server Path (Chemin d accès au serveur). Le clavier s affiche. 5 À l aide du clavier à l écran, saisissez le port du serveur SMTP de messagerie électronique, puis sélectionnez Enter (Entrée). 6 Saisissez l adresse électronique pour chaque destinataire de l alerte : a Sélectionnez Add (Ajouter) pour ajouter l adresse électronique des destinataires de l alerte. Le clavier s affiche. b À l aide du clavier à l écran, saisissez une adresse électronique, puis sélectionnez Enter (Entrée). c Sélectionnez à nouveau Add (Ajouter) pour saisir une autre adresse électronique. d Pour tester une adresse électronique, mettez l adresse en surbrillance et sélectionnez Test (Tester). 7 Dans la zone Notification Events (Événements de notification), sélectionnez la ou les cases à cocher correspondant aux événements déclenchant une alerte par courriel. Configurer l instrument Activer la surveillance à distance Dans l onglet Remote (À distance), vous pouvez configurer le logiciel pour surveiller votre analyse à distance à l aide de la fonction correspondante. Une connexion réseau est nécessaire. 1 Sélectionnez l onglet Remote (À distance). 2 Cochez la case à côté de l option Allow Remote Access (Autoriser l accès à distance). L adresse IP de l instrument s affiche à l écran. Figure 10 Onglet Remote (À distance) 3 Servez-vous du navigateur Web d un autre ordinateur pour accéder à la fonction de surveillance à distance. Pour de plus amples renseignements, consultez la section Surveillance à distance à la page 19. Guide d installation et de préparation du site cbot 17
Activer la prise en charge du LIMS Dans l onglet LIMS, vous pouvez régler la date du jour et l heure locale sur votre instrument. 1 Sélectionnez l onglet LIMS. 2 Cochez la case Enable LIMS (Activer LIMS). Figure 11 Onglet LIMS 3 Sélectionnez le champ LIMS Server (Serveur LIMS). Le clavier s affiche. 4 À l aide du clavier à l écran, tapez le nom du serveur LIMS, puis sélectionnez la touche Enter (Entrée). Définir les expressions de validation À partir de l onglet Validation (Validation), vous pouvez définir des expressions régulières pour les identifiants de vos modèles et primers afin de normaliser la manière dont les identifiants sont saisis. 1 Sélectionnez l onglet Validation (Validation). Figure 12 Onglet Validation (Validation) 18 Référence 15053710, Rév. B FRA
2 Pour définir des expressions pour les identifiants de modèles, sélectionnez les champs à côté de Templates (Modèles). Le clavier s affiche. a Saisissez une description type pour l identifiant de modèle. b Saisissez une expression régulière pour l identifiant de modèle. Le tableau suivant montre des exemples d expressions de validation : Description type Expression régulière Valeur valide Modèle - (###) Modèle - \(\d{3}\) Modèle - (123) ILMN - <A à F>### ILMN - [a - fa - F]\d{3} ILMN - D341 PR - <Nombre entre 30 et 59> PR - [3-5] [0-9] PR - 41 3 Répétez ces étapes pour définir des expressions pour les identifiants de primers personnalisées. Fermer l écran de configuration Une fois que vous avez terminé de définir les options de configuration, sélectionnez Save and Exit (Enregistrer et quitter). L écran Start (Démarrer) cbot s affiche. Vous êtes prêt à démarrer l analyse de génération d amplifiats. Configurer l instrument Surveillance à distance La surveillance à distance est une fonctionnalité qui vous permet de surveiller l état de votre cbot à partir d un autre ordinateur. Pour tirer parti de la fonctionnalité de surveillance à distance, assurez-vous de respecter les exigences suivantes : } Votre cbot doit être connecté à un réseau. } Allow Remote Access (Autoriser l accès à distance) est sélectionné dans l onglet Remote (À distance). Pour plus de renseignements, consultez la section Activer la surveillance à distance à la page 17. Ajoutez votre cbot 1 À l aide de votre navigateur Web, naviguez jusqu à l adresse IP de surveillance à distance figurant sur l onglet Remote (À distance) de l écran de configuration du cbot. 2 Dans le champ de texte sur l écran de surveillance à distance, saisissez l adresse IP de votre cbot. Il s agit de la même adresse IP que celle figurant sur l onglet Remote (À distance) de votre cbot. Pour plus de renseignements, consultez la section Activer la surveillance à distance à la page 17. 3 Cliquez sur Add Instrument (Ajouter un instrument). Une image représentant votre instrument s affiche à l écran. Figure 13 Écran de surveillance à distance Guide d installation et de préparation du site cbot 19
L écran de surveillance à distance affiche chaque instrument que vous avez ajouté par nom. D un seul coup d œil, vous pouvez ainsi surveiller la progression de l analyse et connaître l état actuel de l instrument. Il existe quatre états : en marche, en pause, arrêté ou erreur. 20 Référence 15053710, Rév. B FRA
Assistance technique Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l assistance technique d Illumina. Tableau 1 Site Web Adresse électronique Tableau 2 Région Coordonnées générales d Illumina www.illumina.com techsupport@illumina.com Numéros de téléphone de l assistance clientèle d Illumina Numéro de la personne-ressource Région Numéro de la personne-ressource Amérique du Nord 1.800.809.4566 Irlande 1.800.812949 Allemagne 0800.180.8994 Italie 800.874909 Australie 1.800.775.688 Norvège 800.16836 Autriche 0800.296575 Nouvelle Zélande 0800.451.650 Belgique 0800.81102 Pays-Bas 0800.0223859 Danemark 80882346 Royaume-Uni 0800.917.0041 Espagne 900.812168 Suède 020790181 Finlande 0800.918363 Suisse 0800.563118 France 0800.911850 Autres pays +44.1799.534000 Assistance technique Fiches signalétiques Les fiches signalétiques (SDS) sont disponibles sur le site Web d Illumina à l adresse support.illumina.com/sds.html. Documentation produit De la documentation produit au format PDF est disponible en téléchargement sur le site Web d Illumina. Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis cliquez sur Documentation & Literature (Documentation et littérature). Guide d installation et de préparation du site cbot
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