Utilisation du logiciel ImageJ gratuit

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1 Utilisation du logiciel ImageJ gratuit on peut récupérer sur le lien suivant : à partir duquel ce résumé très bref (!!) a été élaboré Lancer ImageJ Vous avez une fenêtre qui s'ouvre et qui présente un menu qui permet de faire différentes opérations et une barre d'outils Menu Outils Informations Ouverture d'une image : Menu File>Open (si c'est un Outils format connu) Histogramme d'une image : Analyse>histogram donne la répartition des niveaux de gris (entre 0 et 255) Zoom d'une image : utiliser les touches + / - ou l'outil de zoom de la barre d'outils (la loupe 10ème bouton) Barre d'outils : Les 20 différents boutons permettent de sélectionner, mesurer, zoomer (les boutons qui ont une petite flèche rouge disposent d'un sous-menu accessible par le bouton droit de la souris). Les boutons importants pour le TP sont les boutons 1 à 4 (sélection d'une zone de l'image), le bouton 10 (zoom). Informations : ici sont affichés la valeur de position de la souris et les niveaux de gris. Analyse d'une image : En général on voudra obtenir des informations quantitatives sur l'image. Pour cela il faudra transformer l'image à 256 niveaux de gris en une image binaire à deux niveaux 0 / 255 (image noir et blanc). On peut éventuellement filtrer l'image en niveaux de gris d'abord avec différents filtres et enfin faire des calculs. Pour faire des traitements il faut : Menu - dupliquer l'image pour conserver l'image originelle : Menu Image>Duplicate (si on a sélectionné une zone, seule cette zone sera dupliquée) - Filtrage d'une image : Menu Process>Filters Choisir le filtre. Il est appliqué à l'image directement. Cette étape n'est parfois pas nécessaire. - Couper une image Menu Image>crop - Segmentation de l'image : l'image doit être en 8 bit (256 niveaux de gris : pour connaitre le type, regarder en haut à droite il est indiqué ainsi que la taille de l'image, au besoin convertir avec Menu Image>Type>8-bit). Le principe de la segmentation est de choisir un niveau de gris en dessous

2 duquel tous les pixels seront mis à 0 et au dessus duquel tous les pixels seront mis à 255. Il existe 2 manières de faire : o une automatique avec Process>Binary>make binary o une plus interactive avec Image>adjust>threshold (les zones rouges deviendront noires) Il est alors possible sur une image binarisée de faire un certain nombre d'opérations : - érosion / dilatation : Pour cela il faut : o Choisir les paramètres de ces outils en faisant Process>Binary>Options. Iterations est le nombre de fois qu'on veut faire l'opération (mettre 1), count critère pour l'érosion : ici tout pixel blanc qui a 3 voisins noirs est mis noir o Puis faire Process>Binary>erode ou dilate ou close ou open En ce qui concerne les calculs, on peut calculer la fraction des phases : - Faire Analyse>histogram la valeur moyenne des niveaux de gris / 255 donne la fraction de phase à On peut faire des calculs plus précis sur les objets avec Analyse o Analyse>set scale pour calibrer, o Analyse>set measurements pour choisir ce que l'on veut

3 o Analyse>particles pour faire le calcul. Les particules analysées sont celle à 255, on peut inverser une image avec Image>Invert. On peut compter ou non les bords o Les résultats apparaissent dans 2 fenêtres : une qui résume (si summarize est coché) puis une autre avec le détail

4 On peut aussi faire des opérations sur les images (soustraction, addition ) en utilisant : Process>Image calculator> Par exemple on peut obtenir le bord des objets en érodant l'image puis en la soustrayant à l'image initiale. Image initiale Image érodée différence

5 1 ère Partie : Découverte du traitement d'image Récupérer sur chamilo les images : aller dans le cours préorientation matériau puis documents puis BE_Image récupérer tous les documents 1) Prise en main du logiciel : - Ouverture de l'image painb-1.tif - Calculer la fraction de pores et le nombre de pores (avec ou sans filtre median de taille 1 et pour deux valeurs de seuil manuel autour entre 90 et 100) - Impact des traitements sur le résultat? 2) Etude de la fermentation Vous disposez d'une séquence d'image painb.tif qui représente des coupes 2D de la fermentation d'un pain au cours du temps. Il y a 23 coupes qui correspondent à des temps de fermentation espacés de 60s environ. - On veut déterminer o l'évolution de la densité de la pâte au cours du temps o connaître l'évolution du nombre de pores avec le temps o quelle est l'influence des traitements sur les résultats o Quel temps de fermentation est nécessaire pour atteindre une porosité d environ 55%? Combien de pores aurez-vous alors? 3) Endommagement au cours d un essai de traction à chaud sur un alliage d aluminium. Vous disposez de 4 images 3D obtenues par tomographie aux rayons d un alliage d aluminium 5083 déformé à chaud quatre différents taux de déformation vol1.zip, vol2.zip, vol3.zip, vol4.zip : image 3D en niveau de gris qui ont subi un filtrage median 1) Binariser les 4 images de manière satisfaisante 2) Calculer la fraction en 2D moyenne et le nombre moyen en 2D de cavités pour les 4 volumes : pour cela vous ferez a. Analyse> set measurements (sélectionner area) b. Analyse> analyze particles (les cavités doivent être à 0, prendre size >1) c. Sauver et récupérer le fichier sous excel d. Tracer la fraction en 2D en fonction du numéro de la coupe pour vol1 : qu en pensez-vous? Idem avec le nombre

6 e. Faites la moyenne sur le nombre (count) et la fraction (%area) : sachant que 1 pixel vaut 2µm calculer le nombre moyen par mm2 3) Calculer la fraction volumique de cavités en 3D pour les 4 volumes : pour cela vous ferez a. Sur le volume binarisé : Analyze>Histogram (répondre yes) : la valeur moyenne est reliée à la fraction volumique: trouvez comment. 4) Tracer l évolution avec la déformation du nombre (par mm 2 en 2D et par mm 3 en 3D) et de la fraction en 2D et 3D en vous aidant du tableau ci-dessous : qu en concluez-vous? déformation Nombre en 3D Volume total en 3D en mm 3 Vol Vol Vol Vol

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