TUTORIEL : BkChem. Ce dernier permet ainsi de dessiner très rapidement des molécules compliquées et de les exporter en 3D (Rasmol).

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1 TUTORIEL : BkChem Logiciel gratuit, multilangues, et multiplateformes, de représentation des molécules en 2D Il existe maintenant de nombreux logiciels gratuits et multiplateformes. ChemSketch (en anglais) est très puissant mais fonctionne en mode topologique de façon native. Il est très efficace et permet d obtenir rapidement des représentations topologiques (et aussi développées) un peu difficile pour une première approche. Ce dernier permet ainsi de dessiner très rapidement des molécules compliquées et de les exporter en 3D (Rasmol). BkChem est plus simple à manipuler et reprend un peu plus la démarche des logiciels de dessin intégrés à Word ou OpenOffice. Versions existantes : pour Windows XP, bkchem exe et 0.14.exe pour XP et Seven. Ce logiciel a été aussi prévu pour MacOS et Linux (distribution Ubuntu) en version Pour Windows, il est préférable d installer la dernière version: bkchem pre2.exe. Elle est d ailleurs obligatoire avec Windows 7. C est une pré-version très stable sur XP et Seven (liens de téléchargement à la fin). 1. Démarrage (version 0.14) Au lancement de la version 0.14 (les icones de la version 0.13 sont moins «agréables») : Vous pouvez obtenir les menus en français avec les «options» : BkChem comporte trois modes importants et principaux : - dessiner les liaisons avec l icône - dessiner/insérer les atomes avec - sélectionner une liaison, un atome pour le déplacer ou l effacer : Lycée Dumont D Urville Labo SPC 1

2 2. Représentation développée (exemple de la molécule d éthanol) Vous verrez qu il est fastidieux et source d erreurs de basculer trop souvent de l un à l autre de ces modes. Ainsi il semble préférable d abord e dessiner toutes les liaisons de la molécule et après d y insérer les noms de chaque atome. a) Démarrer en mode, et représenter tout le squelette carboné ainsi que les liaisons avec les atomes H ou autres atomes. AVANTAGE : il suffit de conserver le même outil pour tout le squelette à moins de vouloir intégrer des liaisons doubles, triples ou des cycles. Les liaisons s ajoutent de bout en bout, chaque liaison démarre avec un petit cercle indiqué à fin de la précédente. On obtient finalement : b) Passer en mode pour insérer le premier tome H. Le logiciel est paramétré pour indiquer des atomes de Carbone, il faudra ré-indiquer le nom voulu à chaque fois dans le champ prévu Sélectionner l extrémité de la liaison concernée, elle est alors signalée par un petit cercle et insérer un atome. Aprés avoir tapé au clavier «H» ne pas oublier de taper sur ENTRÉE POUR POUVOIR SÉLECTIONNER une autre position. Continuer avec les atomes autres que C de la même manière. Cliquer sur entrée! Lycée Dumont D Urville Labo SPC 2

3 c) Spécificité de l atome de carbone : le b) ne permet pas de l afficher. Effectuer un clic droit sur la position voulue, pour afficher le menu ci-contre et cliquer sur «Oui». L atome de carbone apparaît alors : d) Molécule terminée : Repasser en mode 3. Sauvegarde du fichier Il est préférable d enregistrer le fichier au format CDML pour pouvoir l ouvrir et le modifier par la suite. Ce fichier s appellera par exemple «ethanol.cdml» Pour le ré-ouvrir : - soit démarrage de BkChem et ouverture depuis BkChem - par double clic direct : il m a fallu changer les propriétés du fichier pour qu il soit associé à BkChem. 4. Utilisation dans un traitement de texte Il y a possibilité d exporter les fichiers BkChem vers : 4.1 Vers OPENOFFICE au format ODF (extension «.odg» Il y a aussi une possibilité au format (.sxd) pour openoffice Draw. Lycée Dumont D Urville Labo SPC 3

4 Remarque : sur certaines configurations (ici, OpenOffice 2.0) le fait de double cliquer sur le fichier en.odg peut provoquer arrêt d OpenOffice. Ce problème n apparaît plus avec la version 3.2 Pour y remédier : il suffit de démarrez OpenOffice d abord pour importer le fichier. 4.2 vers Word : le format «.png» est habituellement bien reconnu par Word mais ici, avec la version 0.14 (et aussi 0.13) il y a un problème d exportation : l image en png n est pas utilisable. En effet, la molécule est insérée en tant qu image dans un format A4 ou autre mais pas adapté à la taille de l objet dessiné. Pour y remédier : il faut d abord l exporter en ODF puis l ouvrir dans OpenOffice et après, effectuer un «simple» un copier-coller dans de Word. Pour l instant je n ai pas mieux. Voilà le résultat inséré dans Word : 5. En vu du nouveau programme de seconde Il est possible dans BkChem avec le mode d entourer une partie de la molécule ou avec le mode d ajouter des commentaires. Il est possible de changer la taille, la couleur de l ellipse dans le mode ou avec un clic-droit. L exportation au format.odg permettra de plus de manipuler et déplacer les commentaires. 6. Avantages / incovénients - Si vous représentez toutes les liaisons d abord, les atomes ensuite, ce logiciel est simple et assez pédagogique. Après quelques explications, la prise en main par les élèves de seconde est très rapide. - il permet de représenter des cycles avec le mode Cycles auxquels il est très facile de rajouter des liaisons en repassant au mode Lycée Dumont D Urville Labo SPC 4

5 - il permet d insérer des fonctions pré-enregistrées (CHO, COOH ),,en semi-développées par contre. Il faut être en mode, cliquer sur la position et effectuer un clic-droit puis «Groupes». - l alignement des atomes est automatisé (angles «magnétisés»), et la longueur des liaisons aussi. - Il fonctionne sur Windows et MacOS (sous Python, pré-intégré au 10.6 cependant). MAIS : - il demeure pour l instant des problèmes d exportation en png (le format ODG fonctionne très bien). - BkChem ne permet pas a priori de générer une molécule en 3D. Pour cela il vaut mieux utiliser ChemSketch qui permet de les dessiner en 2D et de générer la représentation 3D. - Le module d exportation de ChemSketch fonctionne très bien, lui sous Mac, Windows. 7. Liens vers les logiciels BkChem : bkchem pre2.exe : en bas de page. ChemSketch nécessite un enregistrement (gratuit) :(cliquer sur «Download» puis créer un compte) Sous Linux (Ubuntu par exemple), vous trouverez aussi le plus simple et intuitif de tous CHEMTOOL en version Un collègue nous signale aussi l existence d un logiciel gratuit de dessin (en 3D uniquement). Avogadro est multiplateforme et en français : Lycée Dumont D Urville Labo SPC 5