Quiz 2. Quiz 2. A. GAA GAA B. GT ATAC C. GGG CCC B and D D. CC ATGG E. TTAT AA 23/03/2015

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1 Quiz 1 1. T.E. buffer is 10mM Tris and 1mM EDTA. What maximum volume of this solution could be made from stock solutions of 0.02M Tris, 0.003M EDTA and 20mL of water? Ans.: Dilutions required 1/2 Tris and 1/3 EDTA Therefore 6/12 + 4/12 = 10/12 or 10p/(10p +2p) 2p = 20mL, therefore 1p = 10mL Therefore solution would be 60mL Tris + 40 ml EDTA + 20mL water for a total of 120mL Quiz 1 1. Le tampon T.E. est 10mM Tris et 1mM EDTA. Quel est le volume maximal de cette solution qui peut être préparé à partir de solutions mères de 0.02M Tris, 0.003M EDTA et 20mL d eau? Rép.: Dilutions requises 1/2 Tris et 1/3 EDTA Donc 6/12 + 4/12 = 10/12 or 10p/(10p +2p) 2p = 20mL, Donc 1p = 10mL Donc la solution serait 60mL Tris + 40 ml EDTA + 20mL d eau pour un total de 120mL 1

2 Quiz 2 1. A DNA sample is at a concentration of 500ng/100μL. What would be the absorbance at 260nm of a 1/5 dilution of this DNA sample? Which two different restriction sites from this list have compatible ends following their digestion? A. GAA GAA B. GT ATAC C. GGG CCC B and D D. CC ATGG E. TTAT AA Quiz 2 1. Un échantillon d ADN est à une concentration de 500ng/100μL. Quelle serait l absorbance à 260nm d une dilution de 1/5 de cet échantillon d ADN? Quels deux sites de restrictions différents de cette liste possèdent des extrémités compatibles suite à leurs digestions? A. GAA GAA B. GT ATAC C. GGG CCC B et D D. CC ATGG E. TTAT AA 2

3 Quiz 3 Setup an appropriate experiment which would allow you to precisely map the XhoI site within the unknown insert of the recombinant plasmid A or B which you were provided with. Your digests may only include ONE double digest. Tasks to be completed within 30 minutes Digests must be placed in rack provided to be incubated A 1% gel must be poured A gel plan must be filled and saved. File name must be Gel_plan_quiz3_your group number Quiz 3 Établir une expérience appropriée qui vous permet de cartographier de façon précise le site XhoI de l insertion inconnue du plasmide recombinant A ou B qui vous a été fourni. Vos digestions peuvent inclure seulement UNE digestion double. Tâches a être compléter en 30 minutes Les digestions doivent être placées dans le support fourni pour être incubé Un gel de 1% doit être coulé Un plan de gel doit être rempli et sauvegardé. Le nom du fichier doit être Plan_de_gel_quiz3_votre numéro de groupe 3

4 Quiz 4 1.The enzyme KosI recognizes and cleaves the sequence GNNNNC (where N= to any of the 4 nucleotides). How many different sequences could be cleaved by KosI? 16 2.Which primer pair would allow the exponential amplification of the boxed sequence? 3 -AGGCTTAGTA AGCCCTGTTA -5 A. AGGCTTAGTA D. AGCCCTGTTA B. TACTAAGCCT E. ATTGTCCCGA C. TAACAGGGCT F. TCCGAATCAT E and F Quiz 4 1.L enzyme KosI reconnaît et clive la séquence GNNNNC (où N= n importe lesquels des 4 nucléotides). Combien de différentes séquences peuvent être clivée par KosI? Quelle paire d amorces permettrait l amplification exponentielle de la région emboitée? 3 -AGGCTTAGTA AGCCCTGTTA -5 A. AGGCTTAGTA D. AGCCCTGTTA B. TACTAAGCCT E. ATTGTCCCGA C. TAACAGGGCT F. TCCGAATCAT E et F 4

5 Quiz 5 You wish to amplify a sequence of 1Kbp from 1ng of a 10Kb single stranded template. (Note double stranded DNA would have twice the weight of single stranded DNA) A. What amount of the 1Kbp amplicon would you have after 10 cycles? 25.6ng B. What amount of the original template would you have after 10 cycles? 1ng Quiz 5 Vous souhaitez amplifier une séquence de 1Kpb à partir de 1ng d une matrice simple brin de 10Kb. (Notez que l ADN double brin aurait deux fois le poids d ADN simple brin) A. Quelle quantité de l amplicon de 1Kpb auriez vous après 10 cycles? 25.6ng B. Quelle quantité de la matrice originale auriez vous après 10 cycles? 1ng 5

6 Mère Enfant H1 H2 H3 23/03/2015 Exam Exercises 1-4, Bioinfo 1-3 Practical component: (4 points) Prepare a solution Calculations: 8 questions (16 points) Bioinformatics: 5 exercises (5 points) Theory : Bioinfo & methods; 5 questions (5 points) Problems (2 out of three)(5 points/problem) Gel analysis Restriction maps (linear & circular) Restriction maps + bioinfo + experimental design Quiz 6 1. D après ces empreintes génétiques, lequel des individus pourrait être le père de l enfant? H2 2. Puisque le nombre de loci examiné est le même chez tous les individus, l enfant doit être homozygote pour au moins combien de loci? 3 6

7 Mother Child M1 M2 M3 23/03/2015 Quiz 6 1. According to these DNA fingerprints, which individual could be the child's father? M2 2. Since the number of loci examined is the same in all individuals, the child must be heterozygous for at least how many loci? 3 Quiz 7 The ABS 260 of a 1/50 dilution of an RNA sample was 1.5. You wish to prepare a sample which contains 5µg of RNA in a final volume of 20µL. The original RNA sample must be diluted by what factor to obtain the desired concentration? 12X 7

8 Quiz 7 L ABS 260 d une dilution de 1/50 d un échantillon d ARN était 1.5. Vous désirez préparer un échantillon qui contient 5µg d ARN dans un volume final de 20µL. L échantillon original d ARN doit être dilué par quel facteur pour obtenir la concentration désirée? 12X Quiz 8 1. A northern was used to examine the expression of beta-gal mrna. This table shows the relative intensities of beta-gal mrna and of a housekeeping gene (HK). Condition Signal intensities HK Beta-gal Under conditions 2 and 3 beta-gal expression is repressed 4 fold and induced 10 fold respectively as compared to condition 1. What are the expected values for the intensities of the beta-gal mrna for conditions 2 and 3? 2. Under which condition would the sequence ATGCCACGT anneal to it s reverse sequence? Assume that each increment of 0.1M NaCl changes the Tm by 2 o C. A. 50 o C + 1M NaCl B. 45 o C + 0.5M NaCl C. 40 o C + 0.1M NaCl D. None of these conditions 8

9 Quiz 8 1. Un northern est utilisé pour examiner l expression de l ARNm de bêta-gal. Ce tableau montre les intensités relatives de l ARNm de bêta-gal et d un gène domestique (GD). Condition Intensités GD Bêta-gal Sous les conditions 2 et 3 l expression de bêta-gal est réduite par un facteur de 4 et induite par un facteur de 10 respectivement, comparativement à la condition 1. Quelles sont les valeurs prédites pour les intensités de l ARNm de bêta-gal pour les conditions 2 et 3? 2. Sous quelle condition la séquence ATGCCACGT pourrait-elle s apparier à sa séquence inverse? Présumez que chaque changement de 0.1M NaCl change le Tm par 2 o C. A. 50 o C + 1M NaCl B. 45 o C + 0.5M NaCl C. 40 o C + 0.1M NaCl D. Aucune de ces conditions 9