Activité Intitulé de l'activité Volume horaire

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1 Informations de l'unité d'enseignement Implantation Cursus de Institut Paul Lambin Bachelier en chimie Intitulé Biotechnologie 2 C2120 Cycle 1 Bloc 2 Quadrimestre 2 Pondération 1 Nombre de crédits 5 Nombre d heures 64 Obligatoire / optionnel Optionnel Responsable de l UE Thèmes abordés BORETTI Mauro La biotechnologie valorise les progrès de la biologie cellulaire et moléculaire. Un des objectifs de cette UE est l étude, tant d un point de vue théorique que pratique, de l utilisation au laboratoire des deux grandes classes de biomolécules cellulaires, l ADN et les protéines. La virologie s intéresse aux virus, qui représentent des entités biologiques particulières se distinguant des Procaryotes et des Eucaryotes. Corequis C2110 Activité Intitulé de l'activité Volume horaire C212A Génie génétique 12 C212B Virologie 12 C212C Travaux pratiques de Biotechnologie 2 40 * Détails des activités en fin de document Compétence - Capacité C1 - Communiquer et informer CA1.4 - Utiliser le vocabulaire adéquat C2 - Collaborer à la conception, à l amélioration et au développement de projets techniques CA2.2 - Planifier des activités CA2.3 - Analyser une situation donnée sous ses aspects techniques et scientifiques CA2.4 - Rechercher et utiliser les ressources adéquates C3 - S engager dans une démarche de développement professionnel

2 CA3.4 - Travailler tant en autonomie qu en équipe dans le respect de la structure de l environnement professionnel C4 - S inscrire dans une démarche de respect des réglementations CA4.3 - Respecter les normes, les procédures et les codes de bonne pratique C5 - Maîtriser les concepts scientifiques CA5.1 - Appliquer les connaissances des sciences fondamentales et utiliser à bon escient le vocabulaire des domaines CA5.2 - Exercer un regard critique sur les résultats et les méthodes CA5.3 - Gérer le degré de précision dans les opérations et évaluer l implication des résultats CA5.4 - Evaluer la signification et les conséquences des opérations effectuées C6 - Respecter les bonnes pratiques de laboratoire de recherche, de développement ou de production CA6.1 - Faire preuve de dextérité manuelle, ordre et propreté CA6.2 - Organiser son travail dans le respect des procédures et modes opératoires CA6.5 - Assurer la traçabilité des opérations Acquis d apprentissage terminaux visés Aat 02 - mettre en œuvre au laboratoire les techniques chimiques et physico-chimiques dans les domaines de la chimie organique, de la chimie minérale et des sciences de la vie. - Maitriser les comportements expérimentaux rigoureux propres à la biologie cellulaire, à la biologie moléculaire et à la biochimie. Aat 03 - analyser les méthodes de laboratoire, leur mise en pratique et la pertinence du résultat en mobilisant les concepts scientifiques acquis. - Expliquer la base moléculaire de la transmission et de l'expression régulée du matériel génétique viral, procaryote et eucaryote. - Expliciter les bases structurelles et fonctionnelles de la classification virale et la diversité des espèces et des modes de transmission qui en découlent. - Décrire les origines moléculaires des mutations, leurs effets sur l'expression génétique, la diversité virale et la pathogénie humaine. - Enoncer les principes, les conditions d'utilisation et les limitations des techniques clefs de la génomique, la protéomique et de la sérologie. - Maîtriser les principes de base de l'étude et de la manipulation des acides nucléiques au laboratoire. - Maîtriser les principes de base de l'étude et de la manipulation des protéines et des enzymes au laboratoire. Aat 04 - traiter les données expérimentales d un point vue mathématique, graphique ou statistique, en utilisant si besoin est les outils informatiques, afin de produire les résultats d une analyse chimique. - Interpréter les données expérimentales en ayant recours pertinent aux méthodes statistiques et aux outils informatiques de traitement de données moléculaires. Aat 05 - veiller à sa sécurité propre ainsi qu à celle de son environnement dans le cadre de son activité de laboratoire en respectant les normes de bonne pratique et la réglementation en vigueur. - Respecter le règlement, les consignes, les règles de sécurité et les bonnes pratiques de laboratoire.

3 Aat 06 - assurer la traçabilité des opérations et des résultats ainsi que les opérations de contrôle et de maintenance sur base des procédures en vigueur au laboratoire dans l'esprit d'une démarche qualité. - Assurer la traçabilité des données acquises au laboratoire. Méthode d enseignement Cours magistral, apprentissage par projet, travaux de groupe, travaux pratiques de l évaluation Mode d évaluation C212A - Virologie : Examen écrit en fin de formation (70 % de la note) et évaluation de travaux (30 % de la note). C212B - Génie génétique : examen écrit C212C - Travaux pratiques de Biotechnologie 2 : évaluation continue et examen écrit Pondération des évaluations Les activités d apprentissage C212A, C212B et C212C sont évaluées indépendamment et contribuent chacune pour un tiers de la cote finale de l UE. C212C - Travaux pratiques de Biotechnologie 2 : la cote obtenue lors de la session de juin fait l objet d un report de cote lors de la session de septembre. L unité ne sera validée que si une cote minimale de 8/20 pour les parties théoriques (C212A et C212B) et de 9/20 pour la partie pratique (C212C) a été obtenue ainsi qu un minimum de 10/20 pour la moyenne de ces trois cotes. Si une de ces conditions n'est pas rencontrée, la cote accordée pour l'ue est au maximum de 9/20. Si l UE fait à nouveau partie du programme de l étudiant lors d une nouvelle année académique, chacune des deux activités d apprentissage fera l objet d une évaluation. Dans certaines circonstances, l évaluation de l activité C212C pourra être réalisée suivant des modalités particulières. Activité d apprentissage Intitulé Génie génétique C212A Volume horaire 12 Enseignants Contenu VAERMAN Jean-Luc PROPRIETES DE BASE DE L ADN Structure chimique Hybridation Polymérisation ISOLATION ET PURIFICATION D ADN Extraction liquide-liquide Extraction Solide-liquide

4 Dosage UV Dosage par fluorescence REACTION DE PCR Modèle mathématique Représentation graphique Mécanisme Contaminations PCR PCR en temps réel PCR digitale REACTION DE SEQUENCAGE Principe du séquençage Sanger NGS UTILISATION MEDICALE Contexte Exemples Exercices Méthode Cours magistral Support Référence Intitulé Volume horaire Enseignants Virologie C212B 12 RUELLE Jean Contenu Au terme de cette activité d apprentissage, l étudiant sera capable de : Expliquer les caractères généraux des virus Nommer les différentes parties de la structure des virus Expliquer les différentes étapes générales du cycle viral Enumérer et expliquer les différents types de variation génétique des virus et donner un exemple de mutation ponctuelle, de recombinaison et de réassortiment Décrire les différents modes de transmission des virus Expliquer l utilité des différents types de tests de laboratoire en virologie Comprendre les notions de qualité générale des tests (sensibilité, spécificité, etc.) Enumérer les principales familles de virus ayant une implication en pathologie humaine, et comprendre les mécanismes pathogènes utilisés par certains virus au travers d exemples choisis Expliquer les différences entre les différents types de vaccins antiviraux Les travaux proposés aux étudiants en marge du cours magistral ont pour but de : Développer ses capacités d analyse technique d une situation relative au contexte d un laboratoire d analyses biologiques Développer ses capacités de régulation et d organisation de son travail Développer ses capacités de travail en équipe Plan des notes de cours

5 Virologie générale Chapitre 1 : Généralités 1.1. Découverte des virus : bref historique 1.2. Caractères généraux des virus 1.3. Structure d une particule virale 1.4. Classification des virus 1.5. Cycle viral 1.6. Modifications génétiques des virus Chapitre 2 : Relations entre le virus et son hôte 2.1. Interaction virus - cellule 2.2. Evolution des infections virales 2.3. Mécanismes physiopathologiques 2.4. Spécificité d organe Chapitre 3 : Transmission et épidémiologie 3.1. Transmission des virus 3.2. Comportement du virus dans l hôte 3.3. Comportement du virus dans la population Chapitre 4 : Diagnostic des infections virales 4.1. Buts recherchés 4.2. Diagnostic direct et indirect 4.3. Caractéristiques d un test Principaux pathogènes humains Chapitre 5 : Virus Herpes Chapitre 6 : Hépatites virales Chapitre 7 : Virus respiratoires Chapitre 8 : Virus gastro-intestinaux Chapitre 9 : Virus du SIDA et autres virus transmis par voie sexuelle Partie développée par les étudiants (travaux de groupes) Méthode Plusieurs activités se déroulent en parallèle : une partie magistrale exposée par le professeur en classe ; apprentissage en classes inversées : des questions précises seront abordées par chaque étudiant seul à l aide du site virologie-uclouvain.be, les commentaires postés sur la plateforme du cours feront ensuite l objet d une mise en commun en classe. un travail par groupe de 4 ou 5 étudiants : chaque groupe aura un sujet différent dont la production finale (environ 4 pages) constituera une partie des notes de cours, du temps étant prévu en classe pour démarrer le travail ; l évaluation des travaux par les pairs étudiants : chaque étudiant sera amené à évaluer soit des réponses proposées pour les questions en classes inversées, soit un travail de groupe à l aide de grilles critériées.

6 Support Notes de cours de virologie (syllabus) Site web virologie-uclouvain.be Diaporamas projetés au cours Référence Intitulé Travaux pratiques de Biotechnologie 2 C212C Volume horaire 40 Enseignants BORETTI Mauro DEFALQUE Dominique NYSSEN Etienne Contenu Méthode Support Génie génétique 1. Extraction d'adn, hydrolyse enzymatique, électrophorèse. 2. Quantification d'adn. 3. Clonage : ligation, transformation bactérienne et sélection des recombinants. 4. Purification et marquage de sondes moléculaires. 5. Hybridation : criblage de banque génomique et Southern blot. 6. Amplification par PCR. 7. Séquençage de l'adn. Purification de protéines 1. Extraction, purification et concentration d'une enzyme. 2. Dosage protéique et enzymatique. Méthodes Immunologiques 1. Dosage quantitatif immuno-enzymatique 2. Western blot et immunorévélation Travaux pratiques Notes de laboratoire Référence