Rapport annuel. Depuis plus de 50 ans au service de la santé en RCA

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1 Rapport annuel 2012 Depuis plus de 50 ans au service de la santé en RCA

2 RAPPORT ANNUEL

3 Sommaire - Le Mot du Directeur 4 - Organigramme de l IPB en Laboratoire des Arbovirus, des Fièvres Hémorragiques Virales, Virus Emergents et Zoonoses 10 - Laboratoire de haute sécurité biologique BSL2 et BSL Service d Entomologie Médicale 22 - Laboratoire des Virus Entériques / Rougeole 26 - Unité de Rétrovirologie et Virus Oncogènes 30 - Laboratoire des Hépatites Virales 42 - Laboratoire de Bactériologie 46 - Laboratoire d Analyses Médicales 50 - Centre National de Référence pour les Mycobactéries 53 - Service d Épidémiologie 57 - Publications de l IPB en Partenaires Financement de l IPB en Répartition des ressources et des charges de l IPB en Dessins réalisés par Didier Kassaï 3

4 Le Mot du Directeur Dr Mirdad Kazanji Directeur L IPB est situé au cœur de l Afrique centrale, caractérisée par un écosystème équatorial et intertropical particulier. L IPB est une structure privilégiée pour la veille microbiologique. Parfaitement intégré dans le paysage sanitaire centrafricain, ses différentes missions ont pour point commun la recherche biomédicale en appui à la santé publique. Les effets marquants de l année 2012 sont : - La tenue du conseil de perfectionnement. - Le renforcement de nos actions auprès du grand public. - La visite du Pr Françoise Barré-Sinoussi, prix Nobel de médecine à Bangui. - L augmentation de notre budget consacré à la recherche biomédicale. - L augmentation du nombre et de la qualité des publications. - La signature de la convention fiscalo-douanière avec le gouvernement centrafricain. - LE CONSEIL DE PERFECTIONNEMENT DE L INSTITUT PASTEUR DE BANGUI Les membres suivants étaient présents: Monsieur Jean-Michel MANDABA, Ministre de la Santé Publique, de la Population et de la Lutte contre le Sida, Président du conseil de perfectionnement. Monsieur Fidèle GOUANDJIKA, Ministre de l'agriculture et du Développement Rural. Monsieur Djibrine SALL, Ministre de l'enseignement Technique, représentant le Ministre d' Etat à l'enseignement Supérieur et à la Recherche Scientifique. Monsieur le Colonel Marius YAFARA, Chargé de Mission, représentant le Ministre d'etat aux Finances et au Budget. Monsieur le Chargé de Mission, représentant le Ministre des Eaux, Forêts, Chasse et Pêche. Professeur Georgette KOYT DEBALLE, Recteur de l'université de Bangui. Docteur Zakaria MAÏGA, Représentant de l'organisation Mondiale de la Santé. Monsieur Xavier HENAUT, Attaché de coopération, représentant le Conseiller de Coopération et d'action Culturelle de l'ambassade de France. Docteur Jérôme SALOMON, Responsable de la Division International de l'institut Pasteur, représentant de la Directrice Générale de l'institut Pasteur. Docteur Mirdad KAZANJI, Directeur de l'institut Pasteur de Bangui. Le conseil de perfectionnement de l IPB s est tenu à Bangui le 31 janvier Nous avons présenté 4

5 l ensemble des activités de recherche en appui à la santé publique et de formation pour les deux dernières années. Nous avons reçu les félicitations du Ministre de la Santé Publique, Président du conseil de perfectionnement et des ministres présents ou de leurs représentants pour le changement notable de l'institut et ils ont insisté sur l'évolution remarquable de cet Institut, devenu un acteur incontournable de santé publique et un acteur majeur pour la politique de santé en RCA. Ils ont donné ensuite leur soutien total à l'ipb en promettant de faire le plaidoyer auprès du Président de la République, pour la signature d une nouvelle convention fiscalo-douanière avec le gouvernement en faveur d'une exonération des taxes pour l IPB. organisée au profit des enfants-réfugiés accueillis à l école Sainte-Thérèse de Bangui où 55 enfants âgés de 4 à 12 ans ont bénéficié gratuitement de la vaccination contre l hépatite B. La troisième séance a été organisée au profit des bénéficiaires de l Association Française d Entraide et de Bienfaisance. Au total, plus de 700 doses de vaccin ont été administrées aux plus démunis. 2- Campagne de sensibilisation auprès des femmes de la prison de Bimbo A l occasion de la Journée mondiale de la Femme, en collaboration avec l association FADEC, nous avons organisé le jeudi 08 mars 2012, une séance de sensibilisation sur la tuberculose et les hépatites à la prison de Bimbo. Dans ce cadre, une infirmière de l IPB a reçu les détenues en entretien individuel. 31 janvier Le conseil de perfectionnement de l Institut Pasteur de Bangui. ACTIONS DE SENSIBILISATION ET D APPUI EN SANTÉ PUBLIQUE. 1- Campagne de vaccination contre l hépatite B auprès des plus démunis Le mercredi 22 février 2012, nous avons lancé une grande campagne de vaccination contre le virus de l hépatite B au profit des populations défavorisées de la capitale et de son agglomération. La première session de vaccination a été organisée au profit des enfants de l orphelinat Action pour la Compassion en Centrafrique. 167 enfants de l orphelinat, âgés de 2 à 14 ans, ont été vaccinés. Le suivi ultérieur sera assuré par l Insitut Pasteur gracieusement. La deuxième campagne de vaccination a été 3- Journée de sensibilisation autour de la tuberculose Pour la Journée mondiale de lutte contre la tuberculose, nous avons en partenariat avec l ONG Linga Tere, organisé, le vendredi 30 mars, une causerie-débat sur la tuberculose. 4- Semaine scientifique : Hommage à Louis Pasteur et la recherche biomédicale A l occasion de la Journée mondiale de la Santé, nous avons organisé la première semaine scientifique de l'ipb, à Bangui. Du lundi 2 au vendredi 6 avril 2012, les scientifiques de l Institut Pasteur de Bangui ont animé des projectionsdébats. Les lycéens ont découvert les dangers des virus (polio, hépatites, VIH). Les étudiants en sciences ont étoffé leurs connaissances sur le virus Ebola au cours de la projection du film «Le silence des gorilles» et d un échange avec le Professeur Antoine Gessain de l Institut Pasteur Paris. Les maîtres-élèves de l ENS ont été avertis des risques 5

6 spécifiques du paludisme chez l enfant. De plus, le mardi 3 avril 2012, une journée scientifique s'est déroulée dans l amphithéâtre de l Institut Pasteur de Bangui, ouverte à tous les chercheurs centrafricains désireux de compléter leurs connaissances dans le domaine de la biologie et de la virologie. Une projection publique du documentaire de fiction «Pasteur : l homme qui a vu» a été organisée en fin de journée. 5- Journée mondiale de lutte contre le paludisme Pour la Journée mondiale de lutte contre le paludisme, le mercredi 25 avril 2012, une exposition «Vaincre le paludisme, un défi pour la recherche», a été inaugurée, gratuite et libre d accés au public jusqu à la fin du mois de mai, dans les jardins de l Institut Pasteur. A cette occasion, la société Total Centrafrique a fait don, à notre institut, de 300 moustiquaires imprégnées qui seront offertes aux femmes enceintes et aux enfants bénéficiaires des programmes de recherche sur le paludisme. VISITE DU PR FRANÇOISE BARRÉ-SINOUSSI, PRIX NOBEL DE MÉDECINE À L INSTITUT PASTEUR DE BANGUI ET HOMAGE AU DR ALAIN GEORGES. Pasteur de Bangui, avec l'ambassadeur de France et le ministre d'état chargé de l'enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique et en présence de Mme Marie-Claude Georges, elle a inauguré une exposition et un nouveau bâtiment baptisé Alain Georges dont la construction a été financée par l AFD, dédiés à la mémoire du Médecin-général A. Georges, directeur de l'institut Pasteur de Bangui de 1979 à 1991, décédé le 10 août Mme Françoise Barré-Sinoussi qui a reçu le prix Nobel de médecine en 2008 avec le professeur Luc Montagnier pour leurs travaux, à l Institut Pasteur, sur la découverte du virus du Sida, a répondu positivement à notre invitation et a effectué une visite à l Institut Pasteur de Bangui, du 24 au 27 octobre Le 25 octobre 2012, sur notre proposition, elle sera faite docteur honoris causa de l Université de Bangui. A cette occasion, le premier ministre de la République Centrafricaine lui a remis les insignes d officier de l Ordre national de la Reconnaissance centrafricaine. Elle a ensuite prononcé une conférence sur l histoire de la découverte du virus du Sida et les défis de la recherche actuelle, avant de tenir une réunion à l Institut Pasteur de Bangui avec la Fondation TOTAL sur le projet de prise en charge des enfants malades au complexe pédiatrique de Bangui. Le 26 octobre 2012, au complexe pédiatrique, en présence du ministre de la santé publique, de la population et de la lutte contre le Sida et des représentants de la Fondation TOTAL, elle a inauguré un incinérateur, des salles de soins et du matériel médical, financés par la Fondation TOTAL, avec l appui de l Institut Pasteur de Bangui. Dans l après midi, à l Institut RENFORCEMENT DE LA RECHERCHE À L IPB 1- Soutien de l Institut Pasteur de Paris par le financement des «Actions Concertées du Réseau International des Instituts Pasteur (ACIP)». Nous avons présenté et obtenu 3 ACIP financés à hauteur de euros par l Institut Pasteur de Paris. Ces 3 nouveaux ACIP, avec les 6 autres acceptées en 2011 (voir rapport 2011), permettront de renforcer les liens avec d autres instituts du RIIP et de collaborer au niveau local et régional pour renforcer l appui à la santé publique en RCA. Nous pouvons citer les ACIP suivantes : 6

7 1- Évaluation de la circulation et du risque d épidémisation du chikungunya en République Centrafricaine et en Côte d Ivoire. II- Diagnostic de la leptospirose parmi des groupes à risque et des syndromes fébriles à Tananarive et à Bangui. III- Surveillance et étude des risques de transmission de virus grippaux entre l homme et le porc et de réassortiments dans la filière d élevage des porcs en pays en développement. Outre ces projets soutenus par Paris, nous avons présenté et obtenu les financements suivants : 2- Grant Dedonder/Clayton; sur l étude moléculaire et répartition géographique des hépatites virales chroniques et de leur coinfection avec le VIH en République Centrafricaine. L objectif de ce projet est d évaluer la prévalence des hépatites B/Delta et de l hépatite C ainsi que de leur co-infection avec le VIH sur un échantillon représentatif de toutes les régions centrafricaines. Cette étude se fera sur prélèvements qui sont actuellement disponibles à l IPB. Les prélèvements de «Dried Blood Spot» (DBS) obtenus dans le cadre de l étude sociodémographique (Enquête MICS4, voir rapport 2011) sur la prévalence du VIH en Centrafrique sont pris comme matériels d analyse biologique. Les souches positives seront identifiées et caractérisées par analyses moléculaires. nouveau financement de la fondation Total sur l évaluation des nouvelles méthodes de diagnostic de la tuberculose de l enfant dans trois villes d Afrique subsaharienne, Abidjan (Côte d Ivoire), Bangui (RCA), Yaoundé (Cameroun) et d'une ville de l Océan Indien (Madagascar). L objectif de ce projet est d identifier des algorithmes optimaux pour le diagnostic de la tuberculose chez l enfant en fonction de différents environnements et différents niveaux de ressources de prise en charge. 5- Lancement du projet de jumelage avec le Laboratoire National de Biologie Clinique et Santé Publique (LNBCSP) sur l amélioration de la capacité de diagnostic et de surveillance des infections à Salmonelle en RCA. Ce projet de jumelage, financé par l OMS, entre l IPB, le LNBCSP et l Institut Pasteur à Paris (Unité des Bactéries Pathogènes Entériques (UBPE) dirigée par François-Xavier Weill vise à améliorer la capacité de diagnostic du LNBCSP dans la détection précoce et la caractérisation des maladies bactériennes entériques et de renforcer la surveillance nationale des infections à Salmonella. Ce projet vise aussi à renforcer la recherche biologique sur la sensibilité bactérienne aux antibiotiques. 3- Projet financé par l ANRS sur l épidémiologie moléculaire des VIH-1 groupe O et autres variants non-m circulant en République Centrafricaine de 2003 à Les objectifs de ce projet est la détection et la caractérisation moléculaire des VIH-1 groupe O et autres groupes non-m circulant en RCA depuis 2003 à partir des prélèvements d adultes et enfants. En plus ce projet va permettre la comparaison du polymorphisme génétique des souches O décrites au Cameroun avec le polymorphisme des souches O détectées en RCA. Enfin, la détermination de la séroprévalence du VIH-1 groupe O en RCA sera évaluée. 4- Nouveau projet financé Fondation Total Outre le projet financé en 2011 sur l épidémiologie des diarrhées infantiles hospitalisées à Bangui, nous avons obtenu un 6- Projets de recherche internes à l'ipb Pour renforcer les projets de recherche à l IPB et inciter les jeunes chercheurs nationaux à investir d avantage dans les recherches et la compétitivité scientifique, nous avons créé un appel d offre interne «projet interne IPB» en Au courant de l année 2012, un nouveau projet interne IPB a été accepté, après évaluation par la direction de l IPB et des rapporteurs externes, sur les infections des sites opératoires en milieu chirurgical à Bangui, République Centrafricaine: "caractérisation d Entérobactéries résistantes aux céphalosporines de troisième génération". 7

8 PUBLICATIONS En 2012, pour un meilleur rayonnement régional et international de l IPB, nous avons continué à consacrer un volet important à la publication scientifique dans des journaux à comité de lecture international. Un suivi hebdomadaire de l avancement des projets et de la rédaction des articles, est organisé au cours de la réunion des cadres scientifiques chaque mardi matin. En 2012, nous avons augmenté le nombre de nos publications à 17 articles à comité de lecture international (contre 11 en 2010 et 15 en 2011) qui ont été acceptés pour certain articles, dans les meilleurs journaux au monde dans le domaine médical (Nature Communication) ou dans le domaine virologique (J. Virol et Emerg. Infect. Diseases et PlosONE, etc). FORMATIONS En 2012 nous avons continué notre politique de renforcement de la formation pour les étudiants centrafricains mais aussi pour le renforcement des compétences pour les chercheurs locaux. Nous avons traduit cela par l invitation et l animation de conférences par des experts internationaux, des animations d ateliers scientifiques et le transfert des techniques modernes de la biologie. Par ailleurs, nous avons mis en place les bases de travaux pratiques et de travaux dirigés pour les étudiants de Master II à l'université de Bangui, qui seront réalisés en 2013 au centre Alain Georges de l IPB, centre financé par l AFD et inauguré en 2012 (voir plus haut). En fin avec l appui de service de coopération et d action culturelle de l Ambassade de France à Bangui qui soutient ce plan de formation, nous avons obtenu pour 2012, 4 bourses d étude pour les étudiants et chercheurs centrafricains de l IPB. Par ailleurs, l ambassade a financé une mission d expert pour le Pr Antoine Gessain de l Institut Pasteur à Paris pour une animation scientifique à l'alliance Française de Bangui et à l université de Bangui sur les virus et cancers. avantages fiscaux pour les groupes d intérêt économique en RCA. Depuis, et bien que l IPB soit une fondation reconnue d utilité publique, il a dû appliquer cette note de suppression des avantages fiscaux sans avoir fait de recours auprès des autorités locales. Cela s est traduit par une augmentation d environ 50% des frais pour les droits de douane. Avec l appui du gouvernement centrafricain, nous avons réussi à faire annuler la note de 2005 par le ministre des finances et du budget et nous sommes revenus à l accord signé en Depuis 2011, nous avons entamé des discussions avec le gouvernement afin d établir des accords fiscalo-douaniers favorisant un meilleur fonctionnement de notre institut au service de la santé des populations centrafricaines. Le 09 janvier 2013, nous avons signé une nouvelle convention fiscalo-douanière entre l Institut Pasteur de Bangui et le gouvernement centrafricain, en présence de Monsieur Serge Mucetti, Ambassadeur de France. La convention a été signée par Madame Alice Dautry, Monsieur le Ministre d'etat aux Finances et au Budget, Monsieur le Ministre de la Santé Publique, de la Population et de la Lutte contre le SIDA, Président du Conseil de Perfectionnement de l IPB. Cette nouvelle convention prend en compte l'harmonisation du régime douanier sur un taux unique réduit (5%), pour l'ensemble des marchandises importées et utilisées dans les activités de l'institut Pasteur de Bangui en contrepartie de la prise en charge, par l'institut Pasteur de Bangui, de la vaccination curative des personnes exposées au virus de la rage. Cette nouvelle convention fiscalo-douanière va renforcer les liens avec le gouvernement et appuyer davantage le partenariat entre l IPB et le Ministère de la santé publique, de la population et de la lutte contre le SIDA pour une meilleure prise en charge sanitaire de la population en République Centrafricaine. Nous allons développer dans la suite de ce rapport l ensemble de nos activités scientifiques pour l année ADMINISTRATION Signature d une nouvelle convention fiscalodouanière entre l Institut Pasteur de Bangui et le gouvernement centrafricain. D'après la convention signée en 2002 avec l état centrafricain, l IPB bénéficiait d une diminution d impôt de droit de douane. Cependant en 2005, le ministre des finances et du budget de la RCA a publié une note supprimant ces 8

9 Organigramme de l IPB en 2012 Conseil de perfectionnement Ministère de la Santé Publique Institut Pasteur RIIP Directeur Dr Mirdad Kazanji Service Adminisitratif et Financier Mr Ronan Bidault Laboratoire d analyses biomédicales Dr Sébastien Breurec Dr Clotaire Rafaï Centre de Vaccination Laboratoires et unités de Recherche Laboratoire des Virus Entériques/ Rougeole Dr Ionela Gouandjika Laboratoire des Hépatites Virales Dr Narcisse Komas Laboratoire des Arbovirus, des Fièvres Hémorragiques Virales, Virus Emergents et Zoonoses Dr Emmanuel Nakouné Unité de Rétrovirologie et Virus Oncogènes Dr Mirdad Kazanji Laboratoire de haute sécurité biologique BSL2 et BSL3 Dr Vianney Tricou Service de Bactériologie Dr Sébastien Breurec Dr Thierry Frank Laboratoire des Virus Oncogènes Dr Claudine Bekondi Service de Rétrovirologie Mme Sandrine Moussa Service d Epidémiologie Dr Alexandre Manirakiza Centre National de Référence pour les Mycobactéries Mme Fanny Minime-Lingoupou 9

10 Laboratoire des Arbovirus, des Fièvres Hémorragiques Virales, Virus Emergents et Zoonoses Chef de Service : Emmanuel NAKOUNE- YANDOKO, Chargé de Recherche Membre de l équipe : Ph.D. Université de Nancy Benjamin SELEKON, Ingénieur en Techniques Biomédicales (Superviseur) Xavier KONAMNA, Ingénieur en Techniques Biomédicales (Technicien) Arnaud BANGABELE, aide laborantin Carine NGOAGOUNI, Master entomologie médicale Giscard Francis KOMOYO, étudiant Master Objectifs : Contribuer à la surveillance épidémiologique. Assurer la veille clinique et microbiologique par la description des maladies infectieuses émergentes. Caractériser les virus circulants afin de détecter de nouveaux variants. Décrire les cycles de transmission des différents virus. - Laboratoire National de Référence OMS pour les Fièvres Hémorragiques - Centre National de Référence pour la Rage - Centre National de Référence OMS pour la Rage - Centre National de Référence pour la Grippe (NIC/OMS) 10

11 De janvier à décembre 2012, nos activités ont porté principalement sur les trois missions pasteuriennes, à savoir la recherche, la santé publique et la formation. Dans le cadre d activités de recherche, quatre thématiques ont été développées. En appui à l action du Ministère de la santé en matière de santé publique, le CNR a développé des activités de surveillance sur la circulation de la fièvre jaune, la rage, la grippe et les autres virus respiratoires. Enfin, nous avons dispensé des cours à la Faculté des Sciences et Technologie, à la Faculté de Médecine de l université de Bangui et animé des émissions radio-télévisées dans le cadre de sensibilisation et d information de la population sur les maladies transmissibles par des vecteurs. ACTIVITÉS DE RECHERCHE Thème 1 : Circulation du virus de la fièvre de la vallée du Rift chez les personnes à risque (éleveurs, travailleurs des abattoirs) dans l Ombela-Mpoko Objectif général : Evaluer le niveau de circulation du virus de la fièvre de la vallée du Rift (FVR) chez les personnes qui exercent des métiers à risque. D une manière spécifique, il s agit de prélever les éleveurs et personnes travaillant dans les abattoirs et de déterminer la prévalence de la FVR afin d évaluer le risque d émergence d épidémie dans un contexte où dans une étude préliminaire, sur 1212 animaux prélevés et testés, 25 (2%) avaient des anticorps de type IgM (bovins 1% ; caprins 1,3% et ovins 5%) et 103 (8,4%) avaient des anticorps de type IgG (bovins 8% ; caprins 0,9% et ovins 15%). Résultat : sur un total de 335 prélèvements humains testés, on note l absence d IgM anti FVR. Cependant, 55 (16,4%) des personnes prélevées avaient des anticorps de type IgG anti-fvr parmi lesquelles 10 (3%) étaient des travailleurs des abattoirs et 45 (13,4%) des éleveurs. Perspectives : Au volet entomologique, une collecte de vecteurs sera réalisée autour des sites où les IgM ont été retrouvées chez les animaux pour rechercher la présence de virus et évaluer le risque de transmission à l homme. Thème 2 : Diagnostic Différentiel de l Ictère Fébrile en République Centrafricaine Objectif Général : Contribuer à améliorer la surveillance de la fièvre jaune par la détermination de l'étiologie de l'ictère fébrile en RCA. De manière spécifique, il s agit de déterminer la part des autres virus dans les ictères fébriles. Echantillonnage : Un total de 198 échantillons tirés au hasard sur une période de 5 années a été analysé. Le sex-ratio des patients prélevés était de 1,0. Les données sur l âge ont été collectées pour 128 patients. La moyenne d âge pour ces personnes est de 23 ans (Ecart type : 18 ans) et l âge médian est de 20 ans. Résultat : Cette analyse montre que plusieurs agents pathogènes sont en cause dans les ictères fébriles et répartis comme suit : HEV (10,6%), AgHBs (21,7%), Malaria (4,5%), HCV (5,6%), Malaria+AgHBs+HCV (0,5%), Malaria+HCV (1,5%) et Malaria+AgHBs (3,5%) figure 1. Figure 1: Répartition des résultats de diagnostic différentiel FJ (Hépatite B, C et paludisme) 11

12 On remarque qu un nombre important de patients (21,7%) font un ictère suite à une infection par le virus HBV et le profil des résultats d analyse sérologique de l hépatite virale B est synthétisé dans la figure 2. Perspectives: Problématique de la co-infection VHE VIH dans un contexte de prévalence importante pour les 2 maladies en RCA ; description de VHE chroniques chez des patients porteurs du VIH seulement dans les pays du nord (réservoir?). AgHBs not tested N = 36 Baseline number of samples N = 198 Negative AgHBs N = 112 (69,1%) Positive AgHBs N = 50 (30,9%) Anti-HBs N = 36 (32,1%) Anti-HBc N = 0 Positive AgHBe N = 22 (44%) Positive AcHBe N = 28 (56%) Positive AcHBcIgM N = 16 (32%) Ac Delta N = 17 (34%) Conclusion : 36 (32,1%) vaccinated Figure 2: Profil des résultats d analyse sérologique de l hépatite virale B Thème 3 : Approche pluridisciplinaire pour comprendre plusieurs introductions de la rage à Bangui Contexte : La rage est une maladie virale causée par des virus à ARN de la famille des Rhabdoviridae, genre Lyssavirus, qui infecte le tissu nerveux central et les glandes salivaires. La rage reste une des causes les plus fréquentes de mortalité dans les pays en développement. Sa réintroduction constitue une menace à Bangui, qui pendant deux années a été exemptée de rage canine. Objectif : Caractériser les souches en circulation et étudier la dynamique d'évolution des virus rabiques ; Fournir des recommandations pour des stratégies de prévention et de contrôle. Echantillonnage : Pour étudier la dynamique évolutive de virus à Bangui, 34 isolats prélevés sur 5 ans ont été recueillis et séquencés. Une précision sur les coordonnées spatiales était également disponible pour toutes les souches identifiées dans les 8 districts de Bangui. Pour analyser l évolution des souches, Les séquences de gènes N nouvellement obtenues ont été combinées avec des séquences pertinentes dans GenBank, réparties en trois ensembles de données : 8 séquences du gène N du clade Afrique 1 ; 13 séquences de gènes N du clade Afrique 2 et 1 séquence de gènes N du clade Afrique 3 (SA). Les analyses évolutives ont été menées dans MEGA5. Résultats : l analyse phylogénétique des séquences montre une co-circulation des deux virus majeurs, identifiés comme la lignée Cosmopolite Afrique 1 et la lignée Afrique 2. On note une grande diversité dans la lignée Afrique 2 avec 2 sous-populations et une absence de circulation de la lignée Afrique 3 (figure 3). Une analyse détaillée de la structure phylogéographique du clade Afrique 2 révèle une subdivision de la population de virus au niveau de 12

13 la ville, avec seulement un mouvement limité de virus parmi les localités, y compris une éventuelle propagation nord-sud à travers la ville de Bangui. En outre, l'analyse bayésienne coalescent suggère que le clade Afrique 2 a été récemment introduit dans cette région de l'afrique (probablement, il ya 200 ans), en coïncidant avec les périodes de CAR 12/014 CAR 12/015 CAR 12/013 CAR 12/008 CAR 12/ CAR 11/001h CAR 12/020 CAR 12/023 CAR 12/025 CAR 12/031 CAR 12/ CAR 12/003 Chad Chad NIG Niger TCH Chad TCH Chad 1987 Chad RD150HN Nigeria NIG Niger 22 20BF/2007 Burkina Faso Guinea 9239CI Ivory Cost CAR 12/005 CAR 12/ CAR 12/006 CAR 12/012 CAR 12/016 CAR 12/017 CAR 12/019 CAR 12/040 CAR 12/041 CAR 12/042 CAR 12/043 CAR 12/ CAM Cameroon 8801CAM Cameroon Eth2003 Ethiopia ETH Ethiopia 9106MAR Marocco 8698GAB Gabon 9244FRA France 9224TAN Tanzania 9221TAN Tanzania A Tanzania 2003 CAR 09/041 CAR 12/ CAR 12/027 CAR 11/004 CAR 11/003 CAR 11/002 CAR 12/026 CAR 12/028 CAR 12/033 CAR 10/022 AF South Africa AFRICA-2 AFRICA-1 AFRICA Figure 3 : Analyse phylogénétique des différentes souches de rage canine isolées à Bangui entre 2009 et l'élargissement de l'influence coloniale européenne et de l'urbanisation et s'est ensuite propagé assez lentement, peut-être à occuper toute la région sur une période de 100 ans. Conclusion : En dépit de la création d un Comité National de Lutte contre la Rage, la rage reste endémique et sans contrôle à travers le pays. Vu la dynamique de multiplication de la population canine, il est important de mettre en place au moins une campagne de vaccination par an pour arrêter le cycle d introduction du virus dans la ville de Bangui. 13

14 Thème 4 : Circulation de la dengue au Cameroun et en République Centrafricaine, deux pays d Afrique Centrale Objectif général : Déterminer la circulation de la Dengue en RCA Contexte : il s agit de la suite d une activité réalisée en collaboration avec le CPC dans le cadre d un ACIP dont l objectif est de déterminer la circulation de la Dengue en RCA afin de caractériser les souches circulantes. Les patients se présentant à l IPB avec un syndrome pseudopalustre pour une goutte épaisse se sont vus proposer de participer au protocole au cas où la GE serait négative. Echantillonnage : En 2012, après obtention de consentement éclairé, 443 patients s étant présentés à l Institut Pasteur pour diagnostic du paludisme avaient été inclus dans l étude. Des prélèvements sanguins avaient été réalisés puis analysés au laboratoire par amplification génique et capture ELISA (kit PanBio) pour la dengue et les principaux flavivirus (technique CRORA) circulant en RCA. Résultat : Sur les 443 échantillons analysés en 2012, 28 étaient positifs paludisme; 4 IgM /FJ ; 38 IgM/DEN, 3 AgNS1et 2 IgG/DEN (figure 4).!"#$%&' '#!" '!!" &!" %!" $!" #!"!" ()*+," -.,/*" 01" 234"56" 73"89'" 234":18" 230":18" ;"<)=>?@" Figure 4 : Diagnostic différentiel des syndromes fébriles Conclusion La recherche des IgG dans les deuxièmes prélèvements réalisés à 6 mois d intervalle chez tous les patients positifs IgM et AgNS1 dengue s est révélée négative. Ceci souligne: i) la question de la spécificité du kit commercial et ii) la probabilité d une éventuelle réaction croisée avec un flavivirus (Zika par exemple) qui circule de manière active en RCA. Perspectives : Détermination de la spécificité des IgM anti-dengue retrouvés chez 8,5% des patients afin de répondre à la question d éventuelle circulation de la dengue en RCA. ACTIVITÉS DE SANTÉ PUBLIQUE ACTIVITE 1 : SURVEILLANCE DE LA FIÈVRE JAUNE ET DES ARBOVIRUS (CNR ARBOVIRUS) En 2012, dans le cadre d activité d appui à la santé publique, la surveillance de la circulation de la fièvre jaune et des autres arbovirus à travers le réseau national de surveillance épidémiologique du ministère de la santé a été poursuivie. Des anticorps de types IgM dirigés contre les principaux arbovirus qui ont circulé en RCA ont été recherchés et les sérums prélevés dans un délai de 4 jours après le début de la maladie ont été inoculés sur souriceaux nouveau-nés pour tenter d isoler le virus. Aucun virus n a été isolé. D autre part, on a noté une 14

15 baisse significative du nombre de cas de fièvre jaune depuis la campagne nationale de vaccination menée en 2010 (figure 5). #!!!" +!!" *!!"!"#$#%#&'()#$ )!!" (!!" '!!" &!!" %!!" Surveillance cas par cas $!!" #!!"!" $!!&" $!!'" $!!(" $!!)" $!!*" $!!+" $!#!" $!##" $!#$" *++,'$ Campagne nationale de vaccination 01$!"#$(6+789,#$ 345$ -$ -$.$ -$ /$ /$ 2$ 0$ $!!&" $!!'" $!!(" $!!)" $!!*" $!!+" $!#!" $!##" $!#$" Figure 5 : Situation de la FJ en RCA de ACTIVITE 2 : SURVEILLANCE DE LA GRIPPE ET DES AUTRES VIRUS RESPIRATOIRES La surveillance virologique de la grippe et des autres virus respiratoires a été renforcée par le recrutement d un Attaché de Recherche Clinique qui est dédié à 100 % à la coordination des activités au niveau des différents sites sentinelles. Ceci a permis l amélioration de la notification des cas et la détection à temps réel des virus impliqués dans ces infections. Sur un total de 875 échantillons testés 36 souches d influenza ont été détectées parmi lesquelles 29 H3N2, 4 A/H1N1pdm09 et 3 influenza B. En même temps, 149 autres virus responsables des infections respiratoires ont également été mis en évidence (figure 6). Toutes les souches d influenza ont été cultivées avec succès sur cellules MDCK et les souches sont en cours de séquençage. Conclusion : En 2012, on a observé une circulation sur toute l année des rhinovirus qui a constitué avec le virus influenza A/H3N2 un réel problème de santé publique, en particulier chez les jeunes enfants. ACTIVITE 3 : SURVEILLANCE D LA CIRCULATION DE LA RAGE EN RCA La ville de Bangui a de nouveau connu une recrudescence de la rage canine en 2012 avec 72 prélèvements de cerveau de chiens positifs sur un total de 83 testés soit 86,7%. Malgré les résultats des études menées sur plusieurs dizaines d années qui ont prouvé un cycle de circulation de la rage canine dans la ville de Bangui entrecoupé de période de deux à cinq années d absence ou de faible circulation, aucune mesure n est prise, ni au niveau vétérinaire, ni au niveau des services de santé humaine pour prévenir ou réduire le taux élevé de mortalité dû à l infection par le virus de la rage. La rage reste donc un véritable problème de santé publique en RCA et en particulier dans les zones rurales où il n existe pas de centre de traitement antirabique et pour lesquelles le nombre de cas est totalement méconnu, ou n est pas systématiquement rapportés. La dernière grosse épidémie de rage canine dans la ville de Bangui remonte à En 2010, la municipalité de la ville de Bangui a organisé une 15

16 campagne d abattage de chiens errants. Suite à cette action, (même si elle n a pas été efficace) on note une faible circulation en et une recrudescence en 2012 (figure 7). Figure 6 : Surveillance épidémiologique de la grippe et autres virus respiratoires en Figure 7 : Situation de la rage canine à Bangui de 2010 à

17 ENSEIGNEMENT ET FORMATION Cours: Ecole Doctorale Régionale (EDR) d Afrique Centrale (Franceville/Gabon). Virologie médicale : Master Recherche en Infectiologie Tropicale / Université de Bangui: Virologie médicale : 2 ème année de Médecine. Biologie moléculaire : 2 ème année de Médecine. Virologie générale : Licence Chimie-Biologie. Virologie générale : Licence Biologie et Physiologie Animales. ENCADREMENT Direction de Mémoire de Master II (Faculté des Sciences, Université de Bangui) COMMUNICATIONS SCIENTIFIQUES Communications orales - Nakouné E, Tricou V, Selekon B, Komoyo GF and Kazanji 1. Molecular Epidemiology of Viruses Responsible for Acute Respiratory Illnesses in Infants and Children from Bangui and Rural Areas in Central African Republic. 3rd Annual African Network for Influenza Surveillance and Epidemiology (ANISE) Meeting Nairobi, Kenya _ February 1-3, Nakoné E, Tricou V, Konamna X, Selekon B and Kazanji M. At the Interface of Research and Surveillance, the Role of Laboratories: Dynamics of canine rabies in Bangui, Central African Republic between 2005 and st International Conference of the African Society for Laboratory Medicine (ASLM), December 1-7, 2012, Cape Town, South Africa. Thème : Etiologie des infections respiratoires en RCA de Janvier 2012 à Juin Direction de Mémoire de Master II (Faculté des Sciences, Université de Cotonou/Bénin) Thème : Caractérisation moléculaire des souches de rage circulant en RCA. Codirection de Thèse de Médecine (Faculté des Sciences de la Santé, Université de Bangui) : Thème : Les étiologies virales des infections respiratoires aigues chez les enfants au Complexe Pédiatrique de Bangui de Janvier 2012 à Octobre ACTIVITÉ DE SERVICE Atelier grippe sur la Surveillance épidémiologique de la grippe par réseau sentinelle en RCA. Outils de collecte de données dans la surveillance épidémiologique de la grippe : sites sentinelles ; Notification hebdomadaire systématique des données cumulatives ; Recueil des données sur les fiches individuelles. Fiche de surveillance individuelle des syndromes grippaux ; Fiches de synthèse hebdomadaire des données de la surveillance des syndromes grippaux (Consultations- Hospitalisations). Conférence de presse: situation de la rage à Bangui. Organisation de la Journée Mondiale de la rage (campagne de vaccination des chiens) 17

18 Laboratoires de haute sécurité biologique BSL2 et BSL3 Responsable: Vianney Tricou Objectifs du laboratoire P3/P Mise à disposition des différents laboratoires de l IPB d une structure de confinement pour la manipulation en toute sécurité des agents infectieux de classe 3 dans le cadre des activités de surveillance et de recherche de l Institut : - grâce à la présence d un isolateur («boîte à gants»), le P3 permet la manipulation en toute sécurité des échantillons en cas de suspicions de fièvre hémorragique. - le P3 permet l isolement d agents viraux de classe 3 notamment des virus respiratoires dans le cadre du projet DHHS, des virus émergents dans le cadre du PTR CEVACAR, de différents arbovirus dans le cadre du projet de surveillance des flavivirus et alphavirus et de l ACIP dengue. Pharm.D. Université de Lyon Ph.D. University of Oxford 2 - Mise à disposition du laboratoire des Mycobactéries, d une structure de confinement P2 pour la manipulation en toute sécurité d échantillons provenant notamment de patients tuberculeux multirésistants. 3 - Le P3 est un outil pour la formation du personnel à travailler dans un environnement confiné. 18

19 ACTIVITÉS DE RECHERCHE - Surveillance des Alphavirus et Flavivirus à Bangui Mise en place d une étude de recherche des infections à Flavivirus et Alphavirus chez les patients consultant pour un accès fébrile (! 5 jours) accompagné d un syndrome poly-algique et dont le diagnostic de paludisme a été écarté. Collaboration avec le Centre de Prévention et de Traitement du Paludisme de l Hôpital de l Amitié (Dr Gaspard Tekpa) et le Complexe Pédiatrique de Bangui (collaboration des ces structures à titre gracieux). Depuis avril 2012, 187 patients ont été recrutés avec des données épidémiologiques complètes concernant l accès fébrile, les symptômes et la notion de voyage récent. Les analyses sérologiques (en collaboration avec le Dr Philippe Despres de l Institut Pasteur de Paris qui nous fournit des antigènes recombinants) sont en cours. Les analyses de biologie moléculaire par des techniques PCR utilisant des amorces consensus sont négatives. - Programme transversal de recherche «Characterization of Emerging Viral Agents in Central African Republic» (PTR CEVACAR) Préparation et support pour le programme transversal de recherche «Characterization of Emerging Viral Agents in Central African Republic» (PTR CEVACAR)(équipements, réactifs, etc.). Préparation des échantillons destinés au séquençage haut débit (notamment du virus de rage isolé en septembre 2011 à partir de la salive d un homme indemne). #34567!'8&! /W/#! #34567!'8'! B$! B9! 00! <"! <<!!"#$%&'()*&!!"#$%&'()+,!!"#$%&'()*)!!"#$%&'()*-!!"#$%&'()-&!!"#$%&'()&.!!"#$%&'())+!!"#$%&'())/!!"#$%&'()&'!!"#$%&'()&/! ""!!"#$%&'()-'!!"#$%&'().'!!"#$%&'().*!!"#$%&'())*!!"#$%&'()&+! 0#!!"#$%&'()-)!!"#$%&'()-0!!"#$%&'()*0!!"#$%&'()+/!!"#$%&'().)!!"#$%&'().&!!).&-/$"#%'))-!!"#$"%&'&()*+'%),-!./!!../0%12'%345*))6!!%738'09'9".'%738! $<!!:;9</=>'>?@5*?3'#//A!.<!!.B$$C%='%738'9".B!!"/#9C%='%738'9""/!.$!!"/90>&D'>?@5*'9""/! A<!!%738#//A'A.'%738'#//A!!%738#//A'B/'%738'#//A!!"#$%&&())&1! A.!!"#$%&'())&!!"#$%&'()),!!"#$%&'()&0!!"#$%&'()&-!!"#$%&'()&*! ".!!"#$%&'()')!!"#$%&'()'0!!"#$%&'()'*!!"#$%&'()0&!!"#$%&'()0.!!"#$%&'()--!!"#$%&'())0!!"#$%&'()-+!!"/9#>&D'>?@5*! ""!!#/EFG#//B'EH*I?63'F3,)'#//B!!##0.BDJ&'DH?653!!../9%12'%345*))6! "A!!"#00F:1'F*36K5!!L-7#//$'L-7?)M?3'#//$!!../BLC='L-7?)M?3!!"9/A21:'23*)KK)!!!.A".D1E'D3N)6!!/'',"#2%"#$%&//'! #$! $0! "0! ""!!1/0O0".9'C36P36?3'#//$!!!:Q9/$#'C36P36?3'9""B!!"##9C1>'C36P36?3!!"##0C1>'C36P36?3! <0! B9! <9! #34567!&8&! Africa 1.1 Africa 2.1 Africa 2.2 B0!!#0/R/"'>34?N?3'#//"!!9B.S/"'>34?N?3'#//"!!JTQ9</'U)H-7'1V*?K3'#//B!!.9"G/<'U)H-7'1V*?K3'#//<!.B!!).&*-$"#%'))*!!).&*'$"#%'))-!!).&',$"#%'))0! ""!!"#$%)/()-&!.<!!).).'$"#%')))!!).&,/$"#%')).!!).&*/$"#%'))+!!).&*,$"#%'))+!!"#$%&&())-!!"#$%&&())0!!"#$%&&())'!.A!!"#$%&'()'+!!"#$%&'()',!!"#$%&'()00!!"#$%&)()''!!"#$%&'()''!!"#$%&'()'.!!1F0AB"0"'U)H-7'1V*?K3! 1F:&%1O#! 1F:&%1O9! 1F:&%1O$! Inoculation sur cerveaux de souriceaux et tentative d isolement sur culture cellulaire de certains échantillons de la surveillance des Alphavirus et Flavivirus pour un possible passage sur puce de reséquençage. - Surveillance de la Rage Bouar (2012) Berberati (2011) Yaloke (2011) Boda (2011) Bambio (2012) Sibut (2012) Grimari (2012) Bangui ( ) Mise en place d une technique d amplification de ~5000pb du génome du virus de la rage et application au virus isolé en septembre 2011 à partir de la salive d un homme indemne. Mise en place d une technique d amplification d un fragment du gène N pour l étude de la dynamique du virus à Bangui depuis la campagne d abattage des chiens en 2010 et plus largement en RCA. Pour l année 2012, 42 souches ont été amplifiées et séquencées et 3 souches pour 2011 (cf. en annexe la Figure 1 illustrant les résultats préliminaires). Figure 1 : Arbre phylogénétique des souches de virus de la rage isolées en RCA entre 2011 et 2012 et carte montrant la répartition des différents sous-types retrouvés en RCA. 19

20 - Surveillance de la Rougeole/Rubéole Analyse des séquences obtenues à partir des échantillons du programme de surveillance nationale. Corédaction de l article sur l épidémie dans l Ouham en 2011 (cf. Figure 2 en annexe, l analyse spatiale et temporelle de l épidémie). Analyse des données de la surveillance rougeole / rubéole en RCA depuis 2005 et co-rédaction en cours d un article. Figure 2 : Analyse spatiale (A) et temporelle (B) de l épidémie de rougeole survenue en 2011 dans l Ouham. 20

21 - Virus respiratoires Épidémiologie moléculaire des souches obtenues via le programme de surveillance des virus respiratoires (DHHS). Co-rédaction de l article sur la surveillance des virus respiratoires en 2010 (notamment de la discussion où est émise l hypothèse selon laquelle les causes bactériennes, alors qu elles ne sont actuellement pas ou peu recherchées, sont peut-être majoritaires vu l introduction tardive dans le PEV des vaccins contre Streptococcus pneumoniae et Haemophilus influenzae). - Analyse des données goutte épaisse du Laboratoire d Analyse Médicale Extraction des archives du système de gestion des données du LAM, des données de goutte épaisse depuis Récupération des données météorologiques auprès du service de météorologie de l aéroport de Bangui pour comparaison avec les données goutte épaisse. Analyse statistique des données et étude de l impact sur ces données de l introduction des ACT dans le programme de lutte contre le paludisme. Mise en place d une formation d initiation à la bioinformatique et à la recherche bibliographique auprès des étudiants de Master 1 de la Faculté des Sciences, Université de Bangui (30 heures de cours et travaux pratiques). Il est prévu d intégrer cette formation aux futures séances de travaux pratiques qui devraient être mises en place dans le cadre d un accord de partenariat entre l Institut Pasteur de Bangui et la Faculté des Sciences de Bangui avec l appui du SCAC de l Ambassade de France en République centrafricaine. Président du jury de soutenance de mémoire de fin d étude de 2 étudiants en Maitrise ès Sciences Biologiques option Biologie et Physiologie Animales à la Faculté des Sciences de Bangui : Mme Laëtitia Dongoïda et Mr Bishara Abdel Karim. Encadrement d étudiants : Mr Jacob Zophi (Master 2 Recherche Biologie Cellulaire et Immunologie de l'université d'abomey, République du Benin) Mr Emmanuel Kamba Mebourou (M2 Biochimie Appliquée de la Faculté des Sciences de Bangui) PUBLICATIONS ACTIVITÉS TECHNIQUES Responsable du fonctionnement du laboratoire P3. Résolution des pannes (notamment pompe du groupe froid en avril 2012). Mise en place (en cours) de la campagne de maintenance et de qualification annuelle (tâche compliquée par le dépôt de bilan de la société Exeliance). Etat des lieux de tous les PSM en activité de l IPB. Mise en place d une campagne de maintenance et de qualification annuelle de tous les PSM en activité (aucune maintenance n avait été réalisée depuis 2009 voire 2007 pour plusieurs PSM) avec remplacements de filtres, réglages et dépannages validés par un contrôle normatif basé sur la norme EN Gestion des envois pour séquençage et des commandes d amorces et de sondes. ACTIVITÉS D ENSEIGNEMENT ET DE FORMATION Formation continue auprès du personnel de l IPB en bioinformatique : dépôt de séquences, nettoyage des résultats de séquençage, édition de séquences, alignement, construction d arbre phylogénétique, etc. Measles outbreak in northern Central African Republic 3 years after the last national immunization campaign. Vianney Tricou, Marilou Pagonendji, Casimir Manengu, Jeff Mutombo, Rock Ouambita Mabo, Ionela Gouandjika- Vasilache. BMC Infect Dis Feb 26;13:103. First introduction of pandemic influenza a/h1n1 and detection of respiratory viruses in pediatric patients in Central African Republic. Emmanuel Nakoune, Vianney Tricou, Alexandre Manirakiza, Francis Komoyo, Benjamin Selekon, Jean- Chrysostome Gody, Kathleen Victoir, Philippe Buchy, Mirdad Kazanji. Virol J Feb 8;10:49. Imported hepatitis E virus, Central African Republic, Julie Bouscaillou, Narcisse Komas, Vianney Tricou, Emmanuel Nakoune, Benjamin Selekon, Arnaud Fontanet, Mirdad Kazanji. Emerg Infect Dis Feb;19(2): High-resolution analysis of intra-host genetic diversity in Dengue virus serotype 1 identifies mixed infection. Khoa Thai, Matthew Henn, Michael Zody, Vianney Tricou, Nguyen Minh Nguyet, Patrick Charlebois, Niall Lennon, Lisa Green, Peter de Vries, Tran Thinh Hien, Jeremy Farrar, HR van Doorn, Menno de Jong, Bruce Birren, Edward Holmes, Cameron Simmons. J Virol Jan;86(2):

22 Service d Entomologie Médicale Responsables: Basile KAMGANG, Ph.D. University Yaoundé I Objectifs: Actualiser les données sur la faune vectorielle de la République Centrafricaine (RCA) dans l optique d évaluer le risque d épidémisation et d émergence des arbovirus notamment la dengue, le chikungunya, la fièvre jaune, la fièvre de la vallée du rift et le West Nile Carine NGOAGOUNI, Ms, Université de Lomé Objectifs spécifiques: Identifier les différentes espèces de moustiques présentes en RCA Déterminer le rôle épidémiologique des différentes espèces Isoler des virus à partir des lots de moustiques collectés Décrire les cycles (urbain, rural) de transmission de différents virus Analyser phylogénétiquement les différents virus isolés Mettre en place un programme de surveillance et de contrôle entomologique 22

23 ACTIVITES DE RECHERCHE ÉVALUATION DE LA CIRCULATION ET DU RISQUE D EPIDEMISATION D ARBOVIROSES EN REPUBLIQUE CENTRAFRICAINE CONTEXTE Les épidémies de dengue (DEN) et chikungunya (CHIK) signalées dans certains pays de l Afrique Centrale, à l instar du Cameroun, du Gabon, de la République Démocratique de Congo et de la République du Congo suggèrent la circulation actuelle de ces virus dans la sous-région. La République Centrafricaine (RCA) n a jamais connue d épidémie de dengue ni de chikungunya néanmoins ces deux virus y ont été par le passé isolés à plusieurs reprises à partir des sérums humains et de moustiques. La transmission de ces deux virus est assurée principalement par Aedes aegypti et Aedes albopictus. Ae. aegypti est d origine africaine alors que Ae. albopictus, d origine asiatique a été récemment décrite en RCA en L introduction nouvelle de cette espèce en RCA peut modifier l épidémiologie d arboviroses. Pour vérifier l importance épidémiologique de cette nouvelle espèce, il convient d évaluer sa distribution spatiale, sa densité, sa compétence vectorielle comparée à celle d espèce indigène comme Ae. aegypti ainsi que l origine géographique de la population invasive Ae. albopictus. Caractérisation bioécologique d Aedes aegypti et Aedes albopictus Des enquêtes entomologiques transversales ont été conduites à Bangui en avril et novembre 2012 où nous avons réalisé une étude détaillée de la bioécologie larvaire d Aedes spp. La prospection a été faite selon un plan de sondage aléatoire en grappe. Une grappe consiste en 10 maisons par quartier. L enquête entomologique consiste en une prospection et un inventaire exhaustif des gîtes larvaires potentiels (naturels, péri-domestiques et domestiques) et des gîtes larvaires positifs pour les larves et/ou les nymphes (stades pré-imaginaux) d Aedes sp. Pour chaque gîte positif, nous avons réalisé 1) un géo-référencement, 2) une caractérisation physique, 3) une identification et une quantification des larves et nymphes. Les stades pré-imaginaux de chaque gîte positif ont été prélevés puis acheminés et maintenus au laboratoire afin de réaliser un comptage des larves (L3-4) et des nymphes d Aedes. Ces stades immatures ont été maintenus en vue de l émergence des adultes qui ont été ensuite identifiés. Toutes les données ont été analysées à l aide STATA version 11 (StataCorp College Station, Texas 77845). Les analyses ont révélé des niveaux d infestation élevée des stades immatures d Ae. aegypti et d Ae. albopictus pendant les deux saisons suggérant un risque entomologique élevé. Les indices d infestation calculés pour Ae. aegypti ont été significativement supérieurs (P<10-3, chi 2 ) à ceux d Ae. albopictus en début de saison pluvieuse exceptés les indices Breteau et maison pour lesquels aucune différence significative n a été observée. En fin de saison pluvieuse par contre, la situation inverse a été observée avec plutôt les indices calculés pour Ae. albopictus supérieurs à ceux calculés chez Ae. aegypti. Les gîtes péridomestiques à l instar des vieux pneus et des récipients abandonnés constituent les gîtes les plus infestés et les plus productifs par les deux espèces quelle que soit la période de collecte. Ces résultats montrent que les deux espèces exploitent les mêmes types de gîtes et que l espèce Ae. aegypti est prédominante en début de saison pluvieuse et Ae. albopictus en fin de saison pluvieuse. Distribution d Ae. aegypti et d Ae. albopictus en RCA Pour ce faire des prospections ont été entreprises dans plusieurs autres villes de la partie sud-ouest du pays (car seule sécurisée et accessible pendant la période de l étude) selon le même protocole décrit ci-dessus. Les résultats montrent qu Ae. albopictus est l espèce prédominante dans toutes les villes investiguées excepté à Bouar où seul Ae. aegypti est présente. Ces observations suggèrent qu Ae. albopictus tend à supplanter l espèce indigène Ae. aegypti dans les sites où les deux espèces sont sympatriques (Tableau 1). Détermination de l infection des moustiques Les moustiques ont été récoltés sur des volontaires humains vaccinés contre la fièvre jaune et nous avons mis à leur disposition des traitements antipaludiques. Les captureurs ont été disposés à l intérieur et à l extérieur des habitations tirées au hasard dans les mêmes sites où les prospections entomologiques ont été effectuées. Les captures se sont déroulées de 15 heures à 20 heures (4 soirées consécutives). Les moustiques capturés ont été ensuite acheminés au laboratoire en vue de l identification. Les moustiques identifiés comme Ae. aegypti et Ae. albopictus ont été regroupés en lots mono-spécifiques et conservés à -80 C. Un total de 56 lots d Ae. aegypti et 23 lots d Ae. albopictus ont été broyés dans 600µl de Phosphate Buffer Saline stérile (PBS 1X) puis l ARN a été extrait à l aide du Viral RNA Mini Kit (Qiagen). La recherche du génome viral a été faite par RT-PCR en temps réel suivant le protocole de Pastorino et al. (2004). Aucun lot de moustiques ne s est révélé positif pour ces deux virus recherchés. Jusqu à présent les tentatives d isolement viral en condition P3 n ont pas permis également d isoler ces virus. 23

24 Tableau Tableau 1 : 1 Caractéristiques : des gîtes des gîtes échantillonnés dans la dans partie la partie sud de sud la de République la République Centrafricaine. Centrafricaine, Localité Type de gîte inspecté Récipients inspectés Gîte positif N d Ae. albopictus identifié (%) N d Ae. aegypti identifié (%) Mbaïki Vieux pneu, recipient abandonné (96.6) 9 (3.4) Batalimo Mongoumba Vieux pneu, récipient abandonné, creux d arbre abreuvoir, recipient abondonné (98.1) 3 (1.9) (89.3) 3 (10.7) Boda Vieux pneu, canaris (98.9) 1 (1.1) Berberati Epave de véhicule, récipient abandonné, boîte de conserve (66.8) 132 (33.2) Bouar Vieux pneu (100) N, nombre.!! Analyse des populations d Aedes albopictus par l ADN mitochondrial Un minimum de 10 spécimens d Ae. albopictus, provenant de tous les sites investigués ont été analysés à l aide de deux marqueurs mitochondriaux: le gène ND5 avec un fragment de 400 pb et le gène COI avec un fragment de 540 pb. L ADN extrait au CTAB 2% a été amplifié et purifié, et envoyé à GATC Biotech (Konstanz, Germany) pour le séquençage. Les séquences obtenues ont été corrigées si nécessaire à l aide du logiciel SEQSCAPE (Applied Biosystems) puis alignées avec Clustal W. Les tests de stabilité démographique ont été effectués à l aide du logiciel DNASP. Pour déterminer l origine phylogéographique, nous avons inclus à nos séquences d autres séquences précédemment publiées dans GenBank provenant de l Afrique centrale, Europe, Asie et des Amériques. L analyse des séquences des gènes mitochondriaux ND5 et COI des populations d Ae. albopictus de la RCA a permis de mettre en évidence trois et quatre haplotypes avec l existence d un haplotype majoritaire présents dans tous les sites. Le faible niveau de polymorphisme de séquences est compatible avec l'introduction récente d Ae. albopictus en RCA. L analyse phylogéographique montre que les populations d Ae. albopictus de la RCA ségrégent en deux lignées (Figure 1) : une lignée majoritaire liée aux populations provenant d autres régions tropicales et une lignée minoritaire liée aux populations originaires des régions tempérées. Ces résultats suggèrent aussi que les populations actuelles de la RCA dériveraient d une multiple invasion et à partir d une multiple population d origine. PUBLICATION - Ngoagouni C., Kamgang B., Manirakiza A., Nangouma A., Paupy C., Nakoune E and Kazanji M. Entomological profile of yellow fever epidemics in the Central African Republic, Parasites & Vectors 2012, 5:175. Perspectives Nous envisageons poursuivre avec l évaluation de : - la compétence vectorielle des populations d Ae. aegypti et d Ae. albopictus vis-à-vis de DENV et CHIKV - la sensibilité des populations de ces deux vecteurs aux différentes molécules utilisées en santé publique mais aussi en agriculture et de rechercher les mécanismes impliqués à la résistance - la séroprévalence du virus chikungunya en RCA et d autres arbovirus. 24

25 Figure 1 : Relation phylogénétique entre haplotypes des gènes COI et ND5 des populations d Aedes albopictus de la République Centrafricaine A. REU-1 GREE-1 REU-2 GREE-2 HAWAI FRAN-2 FRAN-1 MADA USA 0.82 H3-CAR H4-CAR 0.66 H1-CAR CAM CAM-2 CAM-3 H2-CAR INDIA-4 CAM-4 BRAZ-1 VIET-1 THAI INDIA-2 VIET-2 BRAZ-2 INDIA-5 INDIA-3 CAMB INDIA-1 B. BRAZ-2 CAM-5 USA-2 USA-5 USA-3 USA-4 BRAZ-1 CAM-4 CAM-3 USA-1 H1-CAR H3-CAR CAM-1 CAM-6 H2-CAR MADA MADA-1 BRAZ-3 HAWAI-1 VIET-1 USA-6 CAM-2 THAI CAMB MADA-3 BRAZ-4 FRAN-2 REU-1 FRAN-1 REU-2 VIET-2 HAWAI-3 HAWAI-2 25

26 Laboratoire des Virus Entériques Rougeole Chef de Service : Ionela GOUANDJIKA, Chargé de Recherche Membres de l équipe : Ph.D. Université de Paris 6 Objectifs : - Arthur MAZITCHI, Ingénieur - Jean FANDEMA YETIMBI, Ingénieur - Florent MBOMBO, Ingénieur - Virginie BANGUE-BANGAMINGO, Master de Biologie animale - Marilou PAGONENDJI, Master de Biologie animale - Jean KOSSI, Aide laborantin Le Laboratoire des Virus Entériques/Rougeole (LVER) a pour thème principal de recherche la circulation et la variabilité génétique des poliovirus, des entérovirus non polio, du virus de la rougeole et du rotavirus. Dans ce cadre, le LVER est : -!"#$%"&$'%() *+,'$-".) /() *+0+%(-1() 234) 5$6%).") 7$.'$89+.'&() (-) :0%';6()<!**=)/(56'>)?@@AB) -!"#$%"&$'%() C"&'$-".) /() *+0+%(-1() 234) 5$6%).() 1$-&%D.() /().") *$6,($.())/(56'>)EFF?B)) -!"#$%"&$'%() /() *+0+%(-1() C"&'$-".) 5$6%).") >6%G('.."-1() /(>),">&%$(-&+%'&(>)<HI=))J)%$&"G'%6>)</(56'>)C$G(8#%()EF??=B))! Cela permet au laboratoire de mener de front des activités de surveillance et de recherche appliquées à la santé publique. 26

27 ACTIVITES DE RECHERCHE Aspects épidémiologiques, riposte et caractérisation moléculaire du virus de la rougeole ayant provoqué une épidémie dans l Ouham de Mars à Septembre 2011 Entre mars et septembre 2011, 723 cas cliniques originaires de la préfecture d'ouham (Figure 1), dont 2 décès, ont été signalés. Parmi les 59 échantillons de sang prélevés, 49 ont été positifs pour la détection des IgM. Les mères d un grand nombre de sujets ont affirmé que les enfants ont été vaccinés (31 %) sans toutefois présenter une preuve écrite vérifiable. La plupart des cas avaient moins de 5 ans. Le virus mis en cause s'est avéré appartenir au génotype B3.1 (Tricou et al., 2013). En réponse, deux tours d Activités de Vaccination Supplémentaires ont été menés rapidement et limités à deux sous-préfectures abritant cette épidémie. Cette flambée a été la plus importante épidémie de rougeole depuis Son éclosion, 3 ans après la dernière campagne de vaccination nationale, met en évidence la nécessité de poursuivre les efforts d'amélioration de la qualité des programmes de vaccination afin d'atteindre l'objectif d'élimination de la rougeole en Afrique. Prévalence et distribution des sérotypes/génotypes P et G de rotavirus associés aux gastro-entérites infantiles L infection à Rotavirus est la principale cause de diarrhée chez les enfants de moins de 5 ans. Des données épidémiologiques actualisées concernant les gastro-entérites à rotavirus ne sont pas disponibles en République Centrafricaine depuis Nous avons cherché à déterminer la prévalence de rotavirus du groupe A au Complexe Pédiatrique de Bangui (CPB) chez les enfants atteints de gastro-entérite aiguë et d'améliorer nos connaissances sur le fardeau de la maladie à rotavirus dans la perspective de l'introduction d'un vaccin contre le rotavirus. Les échantillons de selles ont été recueillis chez 250 enfants de moins de 5 ans, hospitalisés pour diarrhée au CPB de février à septembre 2008 et ont été testés pour la présence de rotavirus groupe A par le test d'agglutination Rota-Adeno VIKIA. Ils ont été génotypés par la RT-PCR. Cette étude a démontré que 40 % des enfants de moins de 5 ans souffrant de gastro-entérite sévère étaient infectés par le rotavirus de goupe A. Le génotype circulant majeur a été P [8]G1 (40 %). Cette étude a montré une forte incidence des infections à rotavirus, confirmant la nécessité de l introduction d un vaccin anti-rotavirus. Epidémiologie des diarrhées infantiles hospitalisées à Bangui : Etude Cas/Témoins. Volet agent pathogène d origine virale. Les virus recherchés sont : les rotavirus, les adénovirus, les sapovirus, les astrovirus et les norovirus. En 2012, 198 cas et 198 témoins appariés ont été recrutés. Le sex-ratio est de 1,3 pour les cas et les témoins ; l âge moyen est de 13 mois chez les cas et 14 mois chez les témoins. Les résultats des tests ELISA ont mis en évidence chez les cas 42% de rotavirus, 16% de norovirus, 14% d astrovirus et 8% seulement d adénovirus. Chez les témoins ce sont les astrovirus qui semblent être les plus présents avec 22%. (voir Tableau ci-après). Les résultats de génotypage de rotavirus sur 20 échantillons de cas positifs en ELISA montrent que 50% (10/20) appartiennent au génotype G2P [6], 25% (5/20) au génotype G2P[4] et 25% (5/20) sont non typables. ACTIVITÉS DE SANTÉ PUBLIQUE Surveillance active des paralysies flasques aiguës en République Centrafricaine Le laboratoire a reçu 268 prélèvements de selles correspondant aux 134 cas de Paralysie Flasque Aigue, dont 60% sont arrivés dans les trois jours après recueil, 94% en bon état et 90% ont été prélevés dans les 14 jours après l installation de la paralysie. 92% des résultats de l isolement viral ont été rendus dans les 14 jours après la réception au laboratoire. L isolement viral a mis en évidence en 2012, 22/268 (8,2%) souches suspectes polio et 60/268 (22,40%) souches d Entérovirus non polio. Aucun poliovirus sauvage n a été isolés. Surveillance cas par cas de la Rougeole en République Centrafricaine. Nous avons reçu au total 190 sérums pour la détection des IgM anti-rubéoleux dont 67 (35,2%) IgM positifs, 120 (63,1%) IgM négatifs et 3 (1,5%) résultats indéterminés. Sur les 120 sérums IgM anti-rougeoleux négatifs, 11 (9,1%) présentaient des IgM anti-rubéoleux, 103 (85,8%) étaient négatifs et 9 (7,5%) indéterminés. Neuf sous-préfectures ont connu des flambées de rougeole en Il s agit de Birao (Vakaga), Ndélé (Bamingui-Bangoran), Kaga Bandoro (Nana-Gribizi), Batangafo et Markounda (Ouham), Bocaranga et Ngaoundaye (Ouham-Pendé), Abba (Nana- Mambéré) et Boali (Ombella-M Poko). La riposte a été menée à Ndélé par MSF Espagne et par IMC à Birao. Les autres flambées n ont pas eu de riposte. 27

28 Tableau. Résultats de la détection des antigènes viraux par la technique d ELISA Test ELISA* Cas Témoins Positifs (%) Négatifs (%) Positifs (%) Négatifs (%) Rotavirus 37/87 (42) 50/87 (58) 2/87 (2) 85/87 (98) Adénovirus 7/87 (8) 80/87 (92) 1/87 (1) 86/87 (99) Astrovirus 12/87 (14) 75/87 (86) 19/87 (22) 68/87 (78) Norovirus 14/87 (16) 73/87 (84) 5/87 (6) 82/87 (94) *87/198 prélèvements ont été testés en ELISA pour la détection des rotavirus, adénovirus, astrovirus et norovirus. Surveillance sentinelle des Gastro-entérites à Rotavirus dans le cadre du projet SURVAC Les activités de surveillance de gastro-entérite à rotavirus ont effectivement démarré lors de la «Supervision formative des laboratoires impliqués dans la surveillance sentinelle des méningites bactériennes et des gastro-entérites à rotavirus», qui a eu lieu du 22 Septembre au 06 Octobre Le site sentinelle choisi pour cette activité est le Complexe Pédiatrique de Bangui et l Institut Pasteur de Bangui joue le rôle de Laboratoire de Référence National pour la surveillance sentinelle des gastroentérite à rotavirus. De Janvier à Décembre 2012 nous avons reçu 149 prélèvements de selles de cas de gastro-entérite correspondant à la définition de l OMS. Les résultats de l ELISA (kit ProSpectT) se présentent comme suit : 57 (38%) positifs, 90 (60%) négatifs et 2 indéterminés (2%). Le pourcentage des résultats de test ELISA concordant entre les laboratoires de CPB et de l IPB est de 94,3%. Les résultats de génotypage sur les 57 prélèvements positifs montrent que le génotype prédominant est le P[8]G1 avec 41% suivi de P[6]G2 avec 28% (Figure 1 ). %&"!"#$%&'()*+,-+./0#%)*(#*1231 %"!"!" Figure 1. Génotypes de rotavirus circulants en 2012 en République Centrafricaine. MISSIONS!" #$" '(%)*# '(+)*& '(+)*# '($)*& '($)*&# '($)*! Participation au «First International African Vaccinology Conference», Cape Town, South Africa, 9-11 Novembre Participation au «7th African Rotavirus Symposium», Cape Town, South Africa, 8 Novembre Participation à la «Mission conjointe GAVI Alliance mondiale et OMS en vu d appui à la mobilisation des ressources financières locales pour l approvisionnement en vaccins en Centrafrique», Bangui, 1-7 Août

29 Participation à la «Réunion de Coordination Nationale de Surveillance Epidémiologique Intégrée des Maladies et du Programme Elargit de Vaccination», 11 au 13 juillet 2012, Boali, RCA. Facilitateur francophone lors du «12th AFR Rotavirus Surveillance Network Genotyping Workshop», Université de Limpopo Medunsa Campus, Pretoria, Afrique du Sud, 11 au 22 juin Participation aux réunions du : Comité National de Certification de l Eradication de la Poliomyélite (CNC) Comité National d experts pour la classification des cas de PFA (CNEP) Comité de Coordination Inter Agences (CCIA) Comité de Revue et d Harmonisation des Données du Programme Elargi de Vaccination (PEV) de routine et de la Surveillance Epidémiologique Comité Technique d Appui au PEV (CTAPEV) PUBLICATIONS - Vianney Tricou, Marilou Pagonendji, Casimir Manengu, Jeff Mutombo, Rock Ouambita Mabo, Ionela Gouandjika-Vasilache. Measles outbreak in northern Central African Republic 3 years after the last national immunization campaign. BMC Infectious Diseases: 13: Maël Bessaud, Sylvie Pillet, Wafa Ibrahim, Marie- Line Joffret, Bruno Pozzetto, Francis Delpeyroux and Ionela Gouandjika-Vasilache. Molecular characterization of human enteroviruses in the Central African Republic: uncovering of a wide diversity and identification of a new Human enterovirus A71 genogroup. Journal of Clinical Microbiology, J Clin Microbiol Feb 15. [Epub ahead of print]. 29

30 Unité de Rétrovirologie et Virus Oncogènes Chef de Service : Mirdad KAZANJI Directeur Membres de l équipe : Equipe A: - Claudine BEKONDI (Ph.D.), Chargé de Recherche, Responsable de laboratoire virus oncogènes. Equipe B: - Sandrine MOUSSA, Assistant de Recherche Responsable du service de Rétrovirologie / VIH. Technicien Supérieur de laboratoire: - Pulchérie PELEMBI, - Marina NOMBOT-YAZENGUET, - WILLIAM Roger, Stagiaire 30

31 Equipe A : Laboratoire des virus oncogènes Dr Claudine BEKONDI Chargé de recherche PH.D. Université de Nancy Objectifs: Etude de la prévalence et d épidémiologie moléculaire des VHB, VHD, VHC, VHE, VIH et HTLV-1/2 chez les donneurs volontaires et bénévoles de sang du Centre National de Transfusion Sanguine (CNTS) de Bangui, République Centrafricaine (RCA) Caractérisation de nouveaux biomarqueurs sériques du cancer primitif du foie en Afrique Equatoriale (Cameroun et RCA) 31

32 ACTIVITÉS DE RECHERCHE Résultats préliminaires Le laboratoire des virus oncogènes poursuit ses activités de recherche sur deux principales thématiques qui sont : I. Projet Interne IPB : Evaluation de la prevalence des agents pathogènes viraux (VHB/D, VHC, VHE, VIH et HTLV-1/2)* chez les donneurs de sang au Centre National de Transfusion Sanguine (CNTS) de Bangui, République Centrafricaine Il s agit d une étude transversale de prévalence et d épidémiologie moléculaire, des VHB/D, VHC, VHE, VIH et HTLV-1/2 chez les donneurs de sang au CNTS de Bangui en RCA. La RCA est l un des pays les plus touchés par la mauvaise qualité de son système transfusionnel. En effet la RCA étant un pays enclavé, les réactifs sont transportés pendant des kilomètres en pleine chaleur (rupture de la chaîne de froid) avant d être acheminés au CNTS de Bangui. S ajoutent à cela des tests insuffisants (dépistage à l aide d un seul test, sans confirmation avec un second test en cas de résultat positif pour le VHB, VHC et VIH), qui, lorsqu ils sont effectués, posent la question de leur fiabilité ; l absence de formation des équipes et le manque de suivi des donneurs. De plus, le dépistage des HTLV n est pas réalisé au CNTS de Bangui. Du fait de la mauvaise situation économique actuelle du pays, le dépistage de génomes viraux (DGV) n est pas pris en compte au CNTS, à cause de son coût inaccessible. De plus il n existe aucune donnée récente publiée sur la prévalence de ces infections virales chez les donneurs de sang en RCA. Objectifs principaux - Déterminer la prévalence des marqueurs des VHB (éventuellement le virus de l hépatite Delta : VHD), VHC, VHE du VIH et des HTLV-1 et 2 chez les donneurs de sang du CNTS de Bangui - Etudier les caractéristiques épidémiologiques des donneurs positifs pour ces virus. Objectifs spécifiques - Réaliser une caractérisation moléculaire des souches des VHB, VHC, VHE, VIH et HTLV1/2 isolées en effectuant leur génotypage - Réaliser une analyse phylogénétique de ces virus après séquençage et faire une comparaison avec les résultats obtenus dans les autres pays africains de la sous région Données sociodémographiques - Du 13 février 2012 au 28 février 2013, 2546 donneurs de sang volontaires et bénévoles ont été inclus dans l étude dont 2375 (93,3%) hommes et 171 (6,7%) femmes (sex ratio : M /F = 13,9) âgés en moyenne de 26 ans [Extrêmes : ans]. - La majorité des donneurs, 1797 (71,9%), étaient répartis dans la tranche d âge de 18-27ans ; 493 (19,7%) entre ans ; 158 (6,3%) entre ans ; 52 (2,1%) de ans. - La majorité des dons a été réalisé lors des collectes par des équipes mobiles (2238 ; 88%) et il y a très peu de donneurs réguliers (308 ; 12%). Etudes des marqueurs sérologiques des infections par le VHB/D, VHC, VHE, VIH, HTLV Etudes des marqueurs sérologiques de l infection par le VHB (pour 600 donneurs testés, le reste est en cours) Sur les 600 donneurs testés à ce jour, 80% (479/600) étaient en contact avec le VHB c est à dire qu ils possèdent des Ac Anti-HBc (Anti-HBc(+)) et chez 20% (121/600) aucun des marqueurs de l infection par le VHB n a été détecté. Parmi les 479 donneurs possédant des anti HBc positifs : - 76/479 (" 16%) possédaient l AgHBs parmi lesquels 11/76 (14,5%) étaient co-infectés par le VHD et 28 en réplication virale (AgHBe positif) - 403/479 ne possédaient pas l AgHBs dont : - 202/403 (50,1%) avaient des anticorps anti- HBs, considérés comme infectés et guéris - 201/403 (49,9%) avec des anti-hbc isolés Etudes des marqueurs sérologiques de l infection par le VHC (pour 600 donneurs, le reste est en cours) La recherche des anticorps anti-vhc à partir du plasma a montré que 9% (54/600) des donneurs étaient infectés par le VHC. Etudes des marqueurs sérologiques de l infection par le VHE (pour 600 donneurs, le reste est en cours) La recherche des anticorps anti-vhe à partir du 32

33 plasma a été réalisée par deux tests ELISA (DiaPro) qui détectent l un les IgM et l autre les IgG. Sur les 600 donneurs testés : IgM seul : 23/600 (4%) IgG seul : 95/600 (16%) IgM(+) / IgG(+) : 28/600 Etudes des marqueurs sérologiques de l infection par le VIH (pour 2500 donneurs, 46 en cours) La recherche des anticorps anti-vih à partir du plasma a été réalisée dans un premier temps par un test rapide (Determine HIV-1/2, ALERE). En cas de résultat positif, un deuxième test de confirmation (ELISA en microplaque) a été réalisé (Vironostika HIV Ag/Ac, BioMérieux) qui détecte à la fois l Ag p24 et les anticorps anti-vih. Résultat du test Determine HIV-1/2 réalisée à l IPB versus CNTS A l IPB, nous avons obtenu une proportion de 6,5% (n = 162/2500) de résultats positifs avec le test Determine HIV-1/2. Par contre au CNTS, 102 donneurs sur 2500 étaient positifs avec le test Determine, soit une proportion de 4,1%. Résultat du test Vironostika HIV-Ag/Ac réalisé à l IPB Selon notre algorithme de travail, les 162 échantillons positifs après le test Determine HIV-1/2 ont été re-testés avec un second test de dépistage (Vironostika HIV Ag/Ab) : 82 échantillons ont été confirmés positifs pour le VIH (50,6%) par le test Vironostika HIV Ag/Ab. Donc, la prévalence de l infection par le VIH dans la population étudiée est de 3,3% (82/2500) et les jeunes de la classe d âge de ans sont les plus infectés. Un effectif de 31 donneurs de sang a été déclaré faussement négatif après la sérologie VIH réalisée au CNTS, alors qu à l IPB ces 31 donneurs ont une sérologie VIH confirmée. Ce qui représente un risque important de transmission du VIH aux receveurs si ces dons ont été utilisés. D où la nécessité et l obligation pour le CNTS de mettre en place une politique de dépistage du VIH adéquate. Recherche de mutation, comparaison et analyse de séquences La recherche de mutations de résistance primaire au niveau des 3 séquences du gène rt de VIH montre qu aucune mutation n a été déterminée. Par contre, pour l une des séquences prot, l échantillon RCA 654 présente une mutation majeure V82A (changement de la Valine en Alanine en position 82) qui confère une résistance à certains inhibiteurs de protéase. La comparaison des 3 séquences du gène rt de la RCA avec différents sous types de VIH-1 montre qu elles appartiennent au sous-type CRF11-cpx (Complexe). Ils forment un cluster avec les souches CRF11_cpx du Cameroun, du Gabon et d autres souches de la RCA qui ont circulé dans ces trois pays au cours de ces dix dernières années. Les 11 séquences du gène prot appartiennent aux sous types suivants : trois CRF11_cpx ; trois sous types A ; deux sous types CRF02_AG ; deux sous types CRF22_01_AE, enfin, un sous type CRF06_cpx. Etudes des marqueurs sérologiques de l infection par le HTLV-1 (pour 1931 donneurs, le reste est en cours) Le diagnostic repose essentiellement sur la recherche des anticorps circulants dirigés contre les HTLV-1/ 2 dans le plasma par la technique ELISA (HTLV-I/II ELISA 4.0 kit, MP Diagnostics). Comme pour le VIH, la sérologie HTLV comporte deux étapes : le dépistage des anticorps et la confirmation d un résultat positif par Western Blot (MP Diagnostics HTLV BLOT 2.4). Sur les 1931 plasmas testés 170 étaient positifs en sérologie. Après la réalisation de Western Blot, 1 échantillon (N 139) avait un profil Western Blot HTLV de type 1, 27 profils avaient un profil indéterminé et 43 avaient un profil négatif. La PCR env réalisée sur les 28 échantillons (27 indéterminés et 1 HTLV-1) n a confirmé que la présence de HTLV-1 pour l échantillon N 139. Le reste des analyses sérologiques et moléculaires est en cours. II. Actions concertées interpasteuriennes (ACIP) ACIP HCC in Africa: Caractérisation de nouveaux biomarqueurs sériques du cancer primitif du foie en Afrique Equatoriale (Cameroun et République Centrafricaine). Le présent projet vise les objectifs majeurs suivants : (i) Identifier les facteurs étiologiques infectieux et non infectieux de développement du cancer primitif de foie(cpf) au Cameroun et en République Centrafricaine (ii) Evaluer l influence des différents génotypes et variants viraux sur le développement 33

34 du CHC (iii) Documenter au niveau moléculaire les déterminants viraux de l'hépatite B ou C associés au développement tumoral en supposant que ces changements pourraient augmenter le risque de progression de la maladie du foie (iv) Décrire la génétique somatique des tumeurs hépatiques dans ces deux pays afin de déterminer la corrélation des différents facteurs de risque avec des altérations ou types d altérations génétiques ou épigénétiques préférentielles. La phase de recrutement s achève : 32 cas de CPF, 49 témoins atteints d hépatite B et/ouc chronique et 49 témoins n ayant pas d infection par le VHB et/ou VHC ont été inclus à ce jour dans l étude. Les analyses cytopathologiques, virologiques et biologiques sont en cours ACTIVITÉS D ENSEIGNEMENT ET D ENCADREMENT PUBLICATION NP Komas, A Manirakiza, JO Ouavéné, C Bekondi, GL Laghoe, F Le Gal, M Abdou-Chekaraou, E Gordien, F Zoulim, P Deny. Hepatitis B and Delta in Bangui Central African Republic 25 years after the first reported hepatitis delta epidemic. J Hepatol, 2012, 56(Suppl2): S31 Communication orale P Komas, A Manirakiza, JO Ouavéné, C Bekondi, GL Laghoe, F Le Gal, M Abdou-Chekaraou, E Gordien, F Zoulim, P Deny. Hepatitis B and Delta in Bangui Central African Republic 25 years after the first reported hepatitis delta epidemic. 47th Annual Meeting of the European Association for the Study of the Liver, Barcelona, Spain, April Enseignement Cours de virologie générale (8 heures) 2ème année de la Faculté des Sciences de la Santé de l Université de Bangui. Effectif : 86 étudiants Cours de virologie systématique (Les virus des hépatites) (10 heures) 2ème année de Médecine, Faculté des Sciences de la Santé de l Université de Bangui. Effectifs : 106 étudiants Encadrements Encadrement d un étudiant Master II de Sciences Biologiques et Agronomique pour le Développement (Option : Biochimie Appliquée) de la Faculté des Sciences, Université de Bangui, RCA. pour la rédaction de mémoire de fin d études Thème : Epidémiologie Moléculaire des VHB chez les enfants à Bangui, RCA FORMATION SUIVIE Du 30 janvier au 3 février 2012 : Stage de formation en Bioinformatique «Analyse Bioinformatique des données génomiques». Campus Numérique AUF, Université de Yaoundé I, Boulevard de la Réunification, Yaoundé, Cameroun. 34

35 Equipe B: Service de Rétrovirologie VIH Sandrine MOUSSA Assistant de Recherche Ingénieure CNAM Objectifs: Le Service des Rétrovirus/VIH de l Institut Pasteur de Bangui fait partie intégrante de l Unité des Rétrovirus et des Virus Oncogènes créée en Janvier Ce service travaille sur les Rétrovirus en général et sur le VIH en particulier. L infection à VIH/SIDA est un réel problème de Santé Publique en République Centrafricaine (RCA). En effet, la séroprévalence des personnes infectées par le VIH en RCA est estimée à 6,2 % (Enquête démographique à indicateurs multiples-mics III, 2007). Ces données positionnent la RCA parmi les pays les plus touchés par la pandémie du VIH/SIDA dans la sous-région d Afrique Centrale. Les objectifs spécifiques sont: - Etude de la résistance aux ARV chez les patients adultes et enfants sous traitement ARV. - Etude de la co-infection à VIH-1 et à CMV chez les enfants de moins de 18 mois, nés de mères séropositives. - Evaluation d une technique alternative de dépistage précoce du VIH chez les enfants nés de mère VIH+. - Epidémiologie moléculaire des VIH-1 de groupe O et autres variants non-m ayant circulé en RCA. 35

36 ACTIVITÉS DE RECHERCHE Projet de recherche 1 : Projet de Recherche Clinique _ANRS «Co-infection à VIH-1 et à CMV chez les enfants de moins de 18 mois, nés de mères séropositives pour le VIH au Cambodge, Vietnam, Cameroun et République Centrafricaine : Faisabilité du Codiagnostic sur Dried Blood Spots (DBS) et Développements possibles» Investigateurs principaux : Marianne LERUEZ-VILLE (Volet Nord) et Eric NERRENET (Volet Sud) Responsable Scientifique : Sandrine MOUSSA, En charge du projet en RCA Financement : ANRS Introduction et Problématique: La prévalence de l infection à VIH chez la femme enceinte a été estimée à plus de 11% à Bangui en 2009 (Données Service PTPE, Ministère de la Santé Publique, RCA). D'après des premières données (non publiées), le taux de transmission mère-enfant (TME) du VIH-1 à Bangui a également été estimé à 11% en 2009, malgré la prise d un traitement ARV prophylactique à l accouchement. Notre Service réalise depuis 2006 le diagnostic précoce quantitatif du VIH des enfants nés de mères infectées par le VIH par la quantification de l ARN plasmatique du VIH ou charge virale (CV) VIH à l aide du kit ANRS de deuxième génération ou G2 (Kit HIV GENERIC de BIOCENRIC, Bandol, France). Bien qu abordable en RCA avec le kit G2 de l ANRS, comparé aux techniques commerciales, le coût de la CV VIH (un peu plus de 30 dollars USD) demeurait encore élevé pour la majorité de la population centrafricaine, dont le revenu annuel par habitant est estimé à 350 dollars (Données de 2007, Source Présidence de la République RCA). Par conséquent, la mise en place d une analyse de diagnostic qualitatif du VIH à prix réduit, par mesure de l ADN proviral (ADNp) à partir de papiers buvards (DBS) pour le dépistage précoce de l enfant exposé au VIH tel qu il est prévu dans ce projet multicentrique ANRS 12217, devrait permettre de dépister un très grand nombre d enfants exposés au VIH. Le diagnostic rétrospectif du CMV, prévu également dans ce projet, permettra de mettre à la disposition du public centrafricain, le diagnostic du CMV à tous les nourrissons et en particulier à ceux nés de mères VIH+. Avant l initiation de notre étude, nous n avons pas de données sur la prévalence de l infection à CMV chez les enfants nés de mères VIH+ en RCA, alors que nous savons que le pronostic vital des ces enfants co-infectés VIH-CMV est intensément réduit. Dans les pays du Sud en général, la prévalence de l infection à CMV, d origine congénitale ou postnatale, est manifestement élevée chez les enfants infectés par le VIH. Chez ces enfants, la coinfection VIH-CMV pourrait être responsable d une surmorbidité, voire d une surmortalité. Il nous a donc paru important de réaliser un premier état des lieux sur cette co-infection dans 4 pays du Sud (Cambodge, Vietnam, Cameroun et RCA) grâce à une approche diagnostique non-invasive et peu coûteuse. Cette démarche diagnostique va ainsi permettre d identifier rapidement et simultanément les enfants co-infectés par le VIH et le CMV. En effet, le risque, pour les nourrissons co-infectés par ces deux virus (VIH/CMV), de développer une infection sévère à CMV, devrait inciter les pédiatres et les parents à anticiper la mise sous traitement antirétroviral (ARV) du nouveau-né, conformément aux recommandations de l OMS d Avril Nous avons donc proposé d associer au diagnostic de l infection à VIH chez l enfant (<18 mois) nés de mères séropositives pour le VIH, le dépistage rétrospectif de l infection à CMV et également d estimer la fréquence de l infection à CMV chez des enfants nés de mères VIH+. Par ailleurs, des réflexions sur la faisabilité et sur l impact d un co-diagnostic très précoce (c est à dire avant 6 semaines) des infections à VIH/CMV dans l amélioration globale de la prise en charge médicale précoce des nourrissons exposés à ces virus devraient se poursuivre avec les clinicienspédiatres. Résultats: Trois cent trente (330) enfants nés de mères VIH+ ont été recrutés et dépistés pour le VIH (ARN viral et ADN proviral) et pour le CMV (ADN). Les résultats de l étude multicentrique montrent que le taux de TME du VIH en RCA en 2010 est le plus élevé (13,9%) des quatre (4) sites de l étude, suivi du Vietnam (12,7%). Au Cambodge et au Cameroun, le programme PTME semble être beaucoup plus efficace que le nôtre et que le Vietnam, car le taux de TME du VIH y est respectivement de 5% et de 6,8%. De plus, il faut relever que ce taux de TME du VIH en RCA obtenu en 2010 a légèrement augmenté, comparé aux chiffres de Bien que le programme PTME ait été élargi et effectif dans 36

37 plusieurs sites du pays (plus de 150 sites en RCA). La fréquence de l infection par le CMV chez les enfants nés de mères VIH+ est également très élevée en RCA: plus de 38%. Conformément aux données de la littérature, ce chiffre est deux fois plus élevé que le taux d infection par le VIH chez les enfants exposés. Cette constatation est vérifiée en RCA et au Cameroun (38,2% et 19,9%) tandis qu au Cambodge et au Vietnam, les taux sont beaucoup moins élevés (8,8% et 11,7%, respectivement). En conclusion, de cette étude multicentrique chaque pays investigateur a ses particularités, car le diagnostic qui devait être réalisé entre J0 et 18 mois dans les différents pays, a donné en fonction des sites des résultats assez hétérogènes qui portaient ainsi sur les trois types de transmission maternelle du VIH, à savoir : la transmission in utero, la transmission à l accouchement et la transmission post-natale du VIH via le lait maternel. Au vu de ces chiffres inquiétants obtenus en RCA, des discussions avec les pédiatres sont menées. La mise sous traitement ARV est effective dès que les enfants sont diagnostiqués comme infectés par le VIH. La confirmation des résultats d infection par le CMV des enfants infectés par le VIH ou noninfectés par le VIH, a pu montrer que dans la majorité des cas les enfants co-infectés VIH-CMV seraient cliniquement en bonne santé; cela pourrait s expliquer par la mise sous traitement ARV systématique des enfants diagnostiqués VIH+. Projet de Recherche 2 : «Caractérisation moléculaire des souches du CMV (HHV-5) circulant à Bangui au sein des nourrissons infectés par le VIH» Responsables scientifiques : Sandrine MOUSSA, Marianne Leruez-Ville, Mirdad KAZANJI Collaboration nationale : Dr J.C GODY, Dr Olivia MBITIKON (Complexe Pédiatrique, Bangui RCA) Financement : Institut Pasteur de Bangui et Laboratoire associé au CNR du CMV (Necker) Introduction et Problématique: Compte tenu de la forte séroprévalence de l infection par le CMV au sein de la population adulte et notamment chez les africains (plus de 90% chez les femmes enceintes en Gambie par exemple), l infection par le CMV est l une des principales causes d infection congénitale dans le monde. En fonction des cas : primo-infection ou réactivation virale, cette infection sera soit fatale, soit létale pour l enfant exposé durant la grossesse. Il a été montré que les enfants co-infectés par le VIH et le CMV sont plus à risque de développer un SIDA de classe C, que les enfants VIH+ non co-infectés (70% versus 30%) par ce virus. Les enfants co-infectés VIH-CMV seraient donc plus vulnérables que les enfants non co-infectés. Tableau 1 : Résultats du co-dépistage précoce du VIH et du CMV chez les enfants (<18 mois) nés de mères VIH+ à Bangui (RCA)!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!"#$%&'()#*!+,-./0+!12(!334!2&5$&)(!12!6'#&(!12!78!6'#(!&9(!12!6:;2(!+,-<!!!!!!!!!!!!!+,-<!!!!!!!!!/0+<!!!!+,-<=/0+<!!!!!+,-<=/0+.!!!!+,-.=/0+<!!!!+,-.=/0+. >9(?@)$)( 03#$%&'%()*++, -!3#$%&'%()*++,!"#$%&'%()*++, -"#$%&'%()*++, #.!#$%&'%()*++, -.!#$%&'%()*++, A;9B$@2&*2!CDE -+/.01 +"/!,1 "/2,1 2/021!4/.,1 2"/!,1 37

38 Une étude récente menée par notre équipe (projet ANRS 12217) en RCA et portant sur les enfants nés de mères VIH+, nous a permis de constater que l infection par le CMV chez des enfants âgés de neuf semaines à quinze mois était très élevée (38%), et que plus de la moitié des enfants infectés par le VIH était également infectée par le CMV (8,5%). Ce chiffre étant très élevé, avec le laboratoire associé au CNR du CMV à Necker, nous comptons caractériser les souches de HCMV circulant à Bangui (RCA) chez les enfants nés de mères VIH+. En effet, il a été montré que la virulence des souches CMV/HHV-5 serait liée au génotype de la glycoprotéine (gp) de l enveloppe. Le gène très variable de la gp B ou gb est l un des principaux gènes utilisés en épidémiologie moléculaire, sachant que la gb est répartie en quatre génotypes. Des données sur les génotypes du CMV circulant en France et dans quelques pays d Afrique sont disponibles. En France, trois (3) génotypes (1, 2 et 3) ont été décrits. Le génotype majoritaire circulant dans ce pays est le génotype gb1 (60%). Cette étude s inscrit ainsi dans la poursuite des travaux du projet ANRS Il est à noter que les seuls prélèvements biologiques à disposition sont des papiers buvards de sang séchés ou DBS (Dried Blood Spots) contenant cinq (5) spots, à raison de 50ul de sang/spot. Des prélèvements supplémentaires de sang et d urine seront nécessaires pour cette caractérisation moléculaire. Cette étude donnera des résultats princeps sur les génotypes CMV circulant en RCA au sein des enfants nés de mères VIH+. Objectifs : Etant donné le pronostic vital «aggravé» des nourrissons co-infectés VIH-CMV, il nous avait paru important en RCA, en plus du contrôle qualité externe (CQE) de Necker, de confirmer dans un premier temps l ensemble de tous nos résultats préliminaires d infection par le CMV au «laboratoire associé» au CNR du CMV (Necker), à l aide d une technique d extraction d ADN plus sensible que celle utilisée en première intention à l IP Bangui : Chelex 100 versus QIAamp DNA Blood Mini kit. En effet, la technique mise en place dans le cadre du projet multicentrique et utilisée à l IPB avait pour but d utiliser une technique d extraction qui permettait de baisser le coût de revient du diagnostic des virus VIH et CMV et dans un second temps, d identifier les génotypes des virus CMV et également VIH chez les enfants VIH+ confirmés CMV positifs qui sont suivis et pris en charge (clinique et trithérapie) au Complexe Pédiatrique de Bangui (Centre de Référence Pédiatrique à Bangui, RCA). Résultats préliminaires Sur quarante-six (46) enfants VIH+ suivis au Complexe Pédiatrique, nous n avons pu retrouver que vingt-quatre (24) dossiers cliniques à ce jour (càd à M36). Sur les vingt-quatre dossiers cliniques disponibles, vingt (20) enfants sont co-infectés par le CMV. Cette étude étant toujours en cours, nous ne disposons pas encore de l ensemble des résultats. Projet de Recherche 3 (ANRS 12281): «Epidémiologie moléculaire des VIH-1 de groupe O et autres variants non-m ayant circulé en RCA de 2003 à 2012» Responsables scientifiques/investigateurs principaux: Sandrine MOUSSA, Service des Rétrovirus-VIH, Institut Pasteur de Bangui, RCA Jean-Christophe PLANTIER, Laboratoire de virologie, CHU de Rouen, France Financements: ANRS Introduction et Problématique: Il a été montré que les patients infectés par le VIH-1 groupe O sont naturellement résistants aux Inhibiteurs Non-Nucléosidiques de la Transcriptase Inverse (INNTI). Les ARV sont disponibles en RCA depuis Les INNTI sont principalement utilisés en première ligne thérapeutique chez les patients éligibles au TARV en RCA et en prophylaxie PTME (couple mère-enfant). Depuis 2006 au sein de notre Service, dans le cadre du monitoring des patients VIH+, la quantification virale est réalisée à l IPB (unique structure à réaliser les CV VIH en RCA jusqu en 2011) à l aide du kit «in-house» ANRS de 2è génération (Biocentric, Bandol), qui ne cible que le groupe M. Le VIH-M circulerait à plus de 98% dans les pays à forte séroprévalence comme le Cameroun. Les 2% restants seraient répartis entre les groupes O, N, P et VIH-2. Le VIH-1 groupe O a été décrit pour la première fois en 1990 en Belgique chez des patients d origine camerounaise. Le Cameroun pays considéré aujourd hui comme l épicentre de l infection à VIH- 1 groupe O enregistre en 2004 une séroprévalence du VIH de 5,5 % et une prévalence autour de 1,1% pour le VIH-1 groupe O chez les personnes infectées par le VIH. En plus du Cameroun, le VIH-1 groupe O a également été décrit au Gabon, au 38

39 Nigéria, en Afrique de l Ouest et en Europe. Aucune investigation n a jusque là été faite en RCA, pays limitrophe du Cameroun. Les importants échanges commerciaux (routiers et aériens) existant depuis plusieurs décennies entre le Cameroun et la RCA, laissent penser qu il y aurait de très fortes probabilités que le VIH-1 O circule également en RCA, notamment dans les villes frontalières au Cameroun. Compte tenu de la forte séroprévalence du VIH en RCA également (séroprévalence de près de 5%) et vu les similarités existant entre les souches virales circulants dans ces 2 pays, il est fort probable que nous ayons les mêmes prévalences de diversité virales ; et donc que certains patients VIH+ en Centrafrique soient également infectés par le VIH- O ou d autres variants non-m. Si tel est justement le cas, cela voudrait dire, que nous ne sommes pas en mesure de quantifier certaines souches virales avec les tests moléculaires utilisés pour l instant à l IPB d une part ; et que d autre part, l utilisation des INNTI en prophylaxie PTPE et en première ligne thérapeutique serait inadaptée dans certains cas. Par conséquent, au vu de tous ces aspects et ne disposant à ce jour d aucune donnée sur la séroprévalence du VIH-O en RCA, il est urgent de mener cette étude afin d apporter une réponse rapide en recherche appliquée et en santé publique chez les PVVIH. En fonction des résultats obtenus, biologistes et cliniciens de la RCA décideront de la meilleure conduite à tenir dans le domaine de la PEC des patients infectés par le VIH. Tel que de rendre un résultat complet de sérologie VIH aux personnes venant se faire dépister pour le VIH, ou encore d identifier au préalable le groupe et le type viral avant la mise sous trithérapie chez une PVVIH devenue éligible au traitement antirétroviral ou lors d une prophylaxie PTPE. Objectifs : 1 ) A partir de plus de six mille (6000) échantillons sanguins de personnes vivant avec le VIH (PVVIH) stockés à l IPB, nous allons détecter et réaliser la caractérisation moléculaire des VIH-1 groupe O et autres groupes non-m qui ont circulé depuis 2003 en RCA à partir des prélèvements des PVVIH (adultes et enfants) ; 2 ) La séroprévalence du VIH- 1 groupe O en RCA sera déterminée ; 3 ) Le polymorphisme génétique des souches O et autres variants non-m détectées en RCA seront comparés avec le polymorphisme des souches non-m décrites au Cameroun. Résultats préliminaires et Discussions : Cette étude est en phase de démarrage, aucun résultat n est encore disponible ACTIVITÉS DE SANTE PUBLIQUE Projet Ministère GTN-PRVIH: Surveillance de la Résistance aux ARV chez les patients mis sous Traitement ARV de 1ère ligne en RCA Responsables scientifiques : Sandrine MOUSSA (IPB); Dr Marcel MBEKO (CNRIST) Financement : OMS, GTN (Ministère de la Santé Publique de la Population et de la Lutte contre le SIDA) Présentation du Projet : L approche de santé publique pour le passage à échelle du programme de traitement antirétroviral (TARV) dans les pays à ressources limitées comporte l utilisation des schémas standardisés et simplifiés de TARV qui sont conformes aux normes internationales et qui sont adaptés aux circonstances locales. En République Centrafricaine (RCA), dix mille personnes environ bénéficient du TARV au sein de 76 Formations sanitaires (FOSA) publiques et privées réparties dans les 7 Régions Sanitaires (RS) du pays. Environ 80% des patients sont sous TARV première (1 ère ) ligne. Le nombre de personnes éligibles au traitement, ne cesse d augmenter. En raison de la survenue des mutations pendant la réplication du VIH et du besoin de traitement à vie, le développement de la résistance du VIH aux médicaments ARV (RVIHM) est inévitable dans les populations sous les ARV. La surveillance de l émergence de la RVIHM est l une des stratégies recommandées par l OMS pour réduire au minimum l apparition et la diffusion de la RVIHM. Dans ce cadre, le réseau OMS a développé un protocole générique pour suivre l émergence de la résistance du VIH au cours du TARV et les facteurs liés au programme TARV. Ce protocole standardisé et adapté au contexte de faible ressource est conçu pour évaluer la prévention de la résistance aux médicaments pendant la première (1 ère ) année du traitement dans des cohortes d au moins 96 patients commençant le TARV de 1ère ligne au niveau des sites de traitement. La méthodologie préconise d utiliser les informations de routine relatives aux facteurs potentiellement associés à l apparition de la RVIHM (Indicateurs d Alerte Précoce ou IAP : les pratiques de prescriptions, la continuité de l approvisionnement en médicaments, l observance etc.) et collectées dans le cadre du programme d accès aux ARV. Ces informations sont complétées par les mesures de la charge virale (CV) du VIH et des tests de résistance du VIH aux ARV ou Génotypage VIH, qui 39

40 seront réalisés sur les échantillons collectés lors de la mise sous TARV des patients éligibles. Les informations provenant ainsi des sites de surveillance permettront de prendre des mesures appropriées pour minimiser l apparition future de la RVIHM et pour assurer une efficacité durable du schéma de TARV de 1ère ligne dans le pays. Ce protocole, élaboré et adopté par le Groupe National de Travail (GNT) sur la surveillance des résistances aux TARV sera appliqué dans un premier temps dans un site de prise en charge (PEC) des PVVIH à Bangui pour la phase pilote. L extension à d autres sites au cours des prochaines années dépendra des résultats obtenus durant cette phase pilote. Méthodologie : Le projet a démarré en Septembre 2011dans un seul site. Cent-cinquante patients éligibles au TARV (ayant moins de 350 CD4) ont été recrutés à J0 dans ce site pilote (CTA CRF/Hôpital communautaire) et ont réalisé leur CV VIH à J0 pour: 1 ) permettre la détection éventuelle des patients qui auraient été prétraités dans un site différent ; et 2 ) pour réaliser le génotypage VIH afin de détecter d éventuelles résistances primaires. Le second prélèvement à M12 a démarré en Octobre 2012 et est en cours. Il permettra d évaluer notre protocole national de schéma thérapeutique de 1ère ligne chez les PVVIH éligibles au TARV. Les analyses de CV VIH sont réalisées à l IP Bangui et celles de séquençage-génotypage VIH au Laboratoire de Virologie (Université de Bordeaux 2) qui est un laboratoire accrédité par l OMS pour la réalisation des tests de résistance du VIH aux ARV. Résultats et Discussions: Cent-cinquante patients avaient déjà été recrutés à J0 dans le cadre de ce projet en fin décembre Les CV VIH ont été réalisés par mon service à J0. Ces résultats de CV à J0 ont permis d exclure quelques nouveaux patients dont les CV VIH étaient indétectables ou peu élevées à J0, càd de moins de 3 log10. En effet, les cliniciens suspectaient ces patients d avoir été pré-traités dans un précédent centre de PEC des PVVIH. D où finalement le grand intérêt de réaliser des charges virales (CV) VIH à J0. impliqués dans le projet. NB : La CV VIH à J0 financée par l IP Bangui n était pas inclue dans le budget du projet au départ. Le Service des Rétrovirus de l IP Bangui en tant qu Expert en Laboratoire est membre du Groupe de Travail National sur la Pharmaco-résistance du VIH en RCA (GTN-PRVIH) a tenu à la réaliser et à la financer pour faciliter l analyse des résultats. ACTIVITÉS DE SERVICE Activité 1: Analyses médicales = Charge virale plasmatique du VIH-1 (ARN VIH) Responsable scientifique : Sandrine MOUSSA Equipe du laboratoire : Marina NOMBOT- YAZENGUET, Pulchérie PELEMBI Chiffres de l année : 1024 charges virales VIH réalisées en 2012 à l IPB Remarque : Les procédures de Contrôle-Qualité Internes (CQI) sont effectuées systématiquement lors de ces analyses. Et nous participons également au Contrôle Qualité Externe (CQE) du CDC (Center for Disease Control and Prevention) depuis Activité 2: Analyses médicales = Dépistage précoce du VIH (ADN proviral du VIH) Responsable scientifique : Sandrine MOUSSA Equipe du laboratoire : Marina NOMBOT- YAZENGUET, Pulchérie PELEMBI Chiffres de l année : 1375 PCR ADN proviral VIH ont été réalisées en 2012 à l IPB Remarque : Ce chiffre comprend les chiffres du projet du Ministère de la Santé (Financement : UNICEF, ACDI, UNITAID) et les chiffres des clients de l Institut Pasteur de Bangui. Les procédures de contrôle-qualité internes (CQI) sont effectuées systématiquement lors de ces analyses. Et nous participons également au contrôle de qualité externe (CQE) du CDC (Center for Disease Control and Prevention) pour la détection de l ADN proviral du VIH à partir des DBS depuis Les 150 prélèvements ont été expédiés au laboratoire de virologie à Bordeaux (France) pour le génotypage-vih. Les détails des résultats de géntoypage obtenus à J0 sont en cours d analyses avec l équipe des virologues et des cliniciens 40

41 Activité 3 : Analyses médicales = Tests de résistance du VIH-1 aux ARV Responsable scientifique : Sandrine MOUSSA Equipe du laboratoire : Pulchérie PELEMBI, Marina NOMBOT-YAZENGUET Equipe collaboratrice internationale: Pr Hervé FLEURY, Patricia RECORDON-PINSON Chiffres de l année : Environ deux cent demandes de Tests de Résistance du VIH ont été adressées à notre Service en 2012 par les cliniciens en charge des PVVIH sous traitement et suspectées d être en échec thérapeutique, ainsi que pour le projet GTN- PRVIH dans la cadre de l évaluation du protocole thérapeutique national. ACTIVITES D ENCADREMENT ET DE FORMATION Accueil et Formation de Stagiaires -Techniciennes Supérieures de Laboratoire (TSL) Nombre de stagiaires-tsl: Deux Niveaux d études : Master 1 et Biochimie appliquée Master 2 de Nature du stage : Rappel des Bonnes pratiques de laboratoire (BPL), Rappel général de Biologie Moléculaire, Présentation des Thèmes et Activités du service, Principes et techniques d extraction ARN et ADN, Principes et techniques de la PCR en temps réel VIH Durée des stages : Trois mois chacun CONCLUSIONS GÉNÉRALES - PERSPECTIVES Les objectifs principaux de service de rétrovirologie sont de répondre aux besoins du pays aussi bien dans le domaine de la Santé Publique sur le VIH- SIDA, que dans celui de la Recherche Appliquée sur les Rétrovirus/VIH. Jusque là, le Service des Rétrovirus-VIH a mené des projets considérés comme étant de sujets prioritaires en Santé Publique dans notre pays. sur l ensemble du territoire centrafricain à partir des DBS. - Continuer à mette à la disposition du public centrafricain la charge virale VIH. - Mettre à la disposition du public le diagnostic précoce du CMV, surtout chez les enfants nés de mères VIH+ c'est-à-dire des populations à fort risque de développer rapidement un SIDA. A court et moyen terme, les projets sur lesquels le Service compte travailler sont : - Démarrer le projet de recherche portant sur l Epidémiologie moléculaire des VIH-1 groupe O et autres variants non-m ayant circulé en RCA ces dix dernières années. - Soumettre au prochain appel d offres 2013 de l ANRS un projet de recherche Nord-Sud portant sur la sensibilité des souches VIH-1 de la RCA aux ARV de seconde ligne, troisième ligne, voire même n- ième ligne pour une PEC thérapeutique adaptée en cas de multi-résistances des souches VIH. Les résultats de toutes ces études devraient permettre aux biologistes, d adapter les tests sérologiques et les tests moléculaires utilisés dans le pays et aux cliniciens d améliorer la PEC thérapeutique des PVVIH en RCA. PUBLICATIONS - Charpentier C, Gody JC, Mbitikon O, Moussa S, Matta M, Péré H, Fournier J, Longo JDD, Bélec L. "Virological response and resistance profiles after 18 to 30 months of first- or second-/third-line antiretroviral treatment: a cross-sectional evaluation in HIV type 1-infected children living in Central African Republic". AIDS Res Hum Retroviruses Jan; 28(1): Péré H, Charpentier C, Mbelesso P, Dandy M, Matta M, Moussa S, De Dieu Longo J, Grésenguet G, Abraham B, Bélec L."Virological Response and Resistance Profiles After 24 Months of First-Line Antiretroviral Treatment in Adults Living in Bangui, Central African Republic." AIDS Res Hum Retroviruses Apr; 28(4): De manière générale, durant l année 2012, le service a pu répondre à l attente d un grand nombre de PVVIH dans le pays: - Continuer à mettre à la disposition du public centrafricain le test de dépistage précoce du VIH 41

42 Laboratoire des Hépatites Virales Chef de Service: Narcisse Patrice KOMAS Chargé de Recherche Pharm Dr. Université Cheik Anta Diop, Dakar Membre de l équipe: Ph.D. Université Louis Pasteur de Strasbourg Mr Rodrigue Tchibinda, technicien Objectifs : Les hépatites virales constituent un ensemble d infections ayant un impact très lourd sur la santé publique des pays en développement. Les principaux agents en cause sont les virus des hépatites A (VHA), B (VHB), C (VHC), D (VHD) et E (VHE) dont la prévalence est élevée surtout dans la zone tropicale dont la République Centrafricaine. Les objectifs généraux de notre Laboratoire tournent autour de trois points fondamentaux, à savoir : L étude des aspects épidémiologiques des virus hépatotropes L étude des mécanismes d interaction hôte-pathogène au niveau moléculaire La mise en place et le développement d un système de surveillance des hépatites virales en Centrafrique. Nous espérons que nos recherches apporteront des informations importantes qui pourront contribuer à la prévention et au traitement des infections dues aux virus des hépatites. 42

43 ACTIVITE DE RECHERCHE Hépatites B/Delta en Centrafrique 1- Epidémiologie Vaccination Dix mille (10.000) doses de vaccins ont été commandées. Nous avons vacciné, de manière gratuite, 3233 personnes dont 1020 enfants âgés de 2 à 15 ans et 2213 personnes de 15 ans et plus. Au total, trois catégories de population étaient concernées par cette étude (Tableau 1). Tableau 1: Prévalence de l'hépatite B et l'hépatite delta chez les étudiants/elèves, femmes enceintes et enfants de moins de 6 mois à Bangui n (%) Etudiants Lycée et Université (n = 1335) Femme enceintes (n = 839) Enfants 0-6 month (n = 559) Prevalence globale (n = 2733) Ag HBs Ag 120 (9,0%) 69 (8,22%) 4* (0,7%) 193 (7,0%) Ac Anti-HBc Total 336 (25,2%) 167 (19.9%) 32 (5.7%) 535 (19,6%) Ac Anti-HBc isolé 216 (16,2%) 99 (11,7%) 28 (5,0%) 343 (12,5%) Ac Anti-HBs 22 (10,2%) 19 (19,2%) 0 41/535 (7,6%) Anti-delta/Ag HBs + 7/120 (5,8%) 15/69 (21,7%) 0 22/193 (11,3%) Les analyses statistiques sont en cours et nous permettront de déterminer les principaux facteurs de risque d'infection par ces deux virus chez les adolescents et les femmes enceintes. L'étude de la cohorte Femmes enceintes et nouveaux nés nous a posé un certain nombre de difficultés. En effet, nous n'avons pas pu retrouver la plupart des femmes enceintes inclues dans l'étude afin d'évaluer la transmission du virus de la mère à l'enfant après l'accouchement. Cependant, seulement 5 patientes ont été retrouvées et le dépistage de l'aghbs chez les bébés a été négatif. 2- Médical La prise en charge des personnes dépistées AgHBs positives a été mise en place. Sur les 193 cas d AgHBs positifs, 58 sont actuellement suivis par les différents spécialistes cliniciens impliqués dans l étude. Le bilan initial (Transaminases, Bilirubine, Taux de prothrombine, gamma-gt, phosphatase alcaline et test HIV) a été fait pour suivre l évolution de l affection : - 16 femmes enceintes sur élèves et étudiants sur Malheureusement aucun des 4 enfants n'est revenu avec ses parents en consultation programmée. 3- Scientifique La partie scientifique du projet a été initiée au Laboratoire de Bactériologie-Virologie de Bobigny où une technicienne du Laboratoire des Hépatites virales de l'institut Pasteur de Bangui a été accueillie pendant 6 semaines pour la mise en place de l'amplification de gènes pour les virus de l'hépatite delta (Region R0) et les virus de l'hépatite B (région PreS1). Etude de la charge quantitative du génome du HBV. Etude de la cohorte «étudiants et élèves», - Pour la charge virale HBV, 75 sur 120 sérum avaient des charges virales HBV élevées - La PCR qualitative HBV a permis d'amplifier 64 sérums sur La PCR qualitative dans le cas du HDV était positive pour les 7 cas (100%). L'identification des souches de VHD est en cours chez 10 femmes enceintes porteuses de l'arn delta sur les 15 dépistées. Les résultats du séquençage déjà réalisé confirment l'identité entre les échantillons sérum et buvards pour chacun des 7 patients lycéens et étudiants analysés. Afin de comparer les souches de HDV de 2010 aux souches ancestrales de HDV de , nous avons procédé à l'extraction de 168 échantillons de la cohorte Hépatite Fulminante 43

44 HDV par le procédé basé sur la technique de Boom développée et adaptée sur une plateforme de type Hamilton par la société Siemens Diagnostics. - Les ARN de delta ont été extraits, - Amplification de la région R0 (400 paires de bases) à partir de 162 échantillons et d échantillons témoins après extraction d ARN Le clonage et le séquençage de 4 à 12 clones de chaque produit amplifié a mis en évidence les résultats suivants: - Le génotypage par analyse phylogénétique indique pour tous les échantillons encore positifs pour l'arn delta ( n= 12) des séquences de type HDV1. - Il n'y a pas de clade spécifique de l'hépatite fulminante D par rapport aux séquences contemporaines; - Les séquences s'intercalent entre elles y compris avec des séquences de Centrafrique effectuées à partir de patients suivis à Lyon ou Bobigny. - Pour un des échantillons, un changement de cadre de lecture de la grande protéine delta dans sa partie carboxy terminale est à l'étude. Conclusion Cette étude a montré la difficulté de suivi d'une cohorte à Bangui. Bien que nous ayons lancé des appels téléphoniques et organisé des campagnes de sensibilisation auprès des personnes dépistées hépatite B chronique, le nombre de patients du cohorte qui est suivi sur le plan médical et biologique n'a fait que diminuer. Les causes peuvent être probablement dues à l'absence de prise en charge thérapeutique, à la situation sociopolitique très délétère;. Les prévalences d HBV et d HDV sont très élevées dans les 3 populations testées en Cette étude confirme la prédominance et la persistance des HBV génotype E et d HDV-1 depuis les années 80 dans la population de Bangui (RCA). Il ne semble pas y avoir d origine unique d HDV-1 associés à HF85 dans la limite des séquences analysées et les lignées stables obtenues préciseront l implication potentielle des protéines HDV dans la pathogenèse. Tableau 2: Suivi médical des patients infectés chroniquement par le HBV et HDV 1ère Consultation 1 2ème Consultation 2 3ème Consultation 3 4ème Consultation 4 5ème Consultation 5 BIOLOGIE ASAT élevé ALAT élevé PA élevée TP (<70) ggt Bilirubine Totale ECHOGRAPHIE Hydrocholécystite Non Fait Non Fait 3 Non fait 1 CLINIQUE Pleurésie Toxo Cérébrale Ictère Insuffisance hépatique ! 1Nombre de patients infectés suivis à la 1ère consultation: 58 dont 42 élèves/étudiants et 16 femmes enceintes 2Nombre de patients infectés suivis à la 2ème consultation: 45 dont 35 élèves/étudiants et 11 femmes enceintes 3Nombre de patients infectés suivis à la 3ème consultation: 25 dont 20 élèves/étudiants et 5 femmes enceintes 4Nombre de patients infectés suivis à la 4ème consultation: 10 élèves et étudiants 5Nombre de patients infectés suivis à la 5ème consultation: 6 élèves et étudiants 44

45 SANTE PUBLIQUE Surveillance de l'hépatite E La surveillance de l'hépatite E utilise les prélèvements obtenus dans le cadre du réseau de surveillance de la fièvre jaune. L une des principales manifestations cliniques de l infection par le virus de l hépatite E est l ictère conjonctival et la fièvre. Ces signes sont similaires à ceux de la primo-infection de la fièvre jaune. Il est souvent difficile de différencier ces deux affections sur le terrain. Le réseau de surveillance de la fièvre jaune récolte les prélèvements sur tout le territoire centrafricain, qui est divisé en sept régions administratives et sanitaires (Figure 1), en vue de la recherche des cas de fièvre jaune. Ces prélèvements, qui constituent une source inestimable pour la surveillance de l'hépatite E, sont, par la suite, systématiquement soumis à la Conclusion: Au courant de cette année 2012, il y a eu 22% d'augmentation de prélèvement comparé à l'année 2011 (520 prélèvements en 2012 contre 406 Tableau 3: Répartition des IgM positifs de VHE dans les régions sanitaires de la République Centrafricaine au courant de l'année 2012 Région Sanitaire Prélèvement Total IgM positif RS (1,3%) RS RS (3,7%) RS RS RS (2,3%) RS (3,4%) Total (2,1%) en 2011). Par contre, très peu de cas d'anticorps anti-vhe de type IgM ont été détectés (11 en 2012 contre 116 en 2011) indiquant une baisse d'infection de près de 11 fois par rapport à celle de Il est probable que les recommandations sur la prévention par l'hygiène faites pendant les campagnes de sensibilisation aient été suivis. Ces résultats doivent être confirmés pendant les années à venir. ACTIVITE D'ENSEIGNEMENT ET D'ENCADREMENT 1. Faculté des Sciences de la Santé - Cours de Virologie et de Biologie Moléculaire en 2ème Année de Médecine - Cours de Pharmacologie en 3ème et 4ème Années de Médecine Figure 1: Représentation des régions administratives et sanitaires de la République Centrafricaine recherche des marqueurs sérologiques de l hépatite virale E en utilisant la technique ELISA afin de détecter les anticorps anti-vhe de type IgM, marqueurs de l'infection par ce virus. Au courant de l année 2012, cinq cent vingt (520) prélèvements ont été reçus à travers le réseau de surveillance de la fièvre jaune. Seulement onze (11) cas d'hépatite E ont été détectés sur ces prélèvements (Tableau 3). L'étude moléculaire pour identifier les souches de VHE en circulation est en cours. 2. Faculté des Sciences - Cours de Pharmacologie en Master 1 et Master 2 de Biochimie appliquée - Cours de Métabolisme cellulaire en Master 2 de Biochimie appliquée 3. Encadrement - Deux étudiants en 7ème Année de Médecine pour la préparation de leur thèse en Médecine - Deux étudiants: Un (1) en Maîtrise de et un (1) autre en Master de Biochimie appliquée PUBLICATION J Bouscaillou, N Komas, V Tricou, E Nakouné, B Sélékon, A Fontanet, and M Kazanji. Imported hepatitis E virus, Central African Republic, Emerging Infectious Diseases, 2013; 19(2):

46 Laboratoire de Bactériologie Chef de laboratoire: Sébastien Breurec, Pharmacien biologiste, Ph.D. Université de Paris 6 Adjoint Thierry FRANK Membres de l équipe: Mr Clotaire Donatien Rafaï, médecin biologiste Internes en Biologie médicale Assistant de Recherche Ph.D. Université de Paris 6 Professeur associé à l'université de Bangui Mr Alain Farra et Melle Manuella Onambele Techniciens de laboratoire - Missatou Boh Pembé, - Jean-Robert Mbecko, - Michel Dede, - Nelly Kouzounedji, - Sosthène Mangonda, - Rémy Zenguéla 46

47 Les thèmes de recherche du laboratoire de Bactériologie sont centrés sur les infections bactériennes. Ces travaux font appel à une approche multidisciplinaire associant études de terrain, de génétique des populations bactériennes, de pathogénie des souches, de gènes de résistance aux antibiotiques et de leur environnement génétique. Ces projets de recherche sont réalisés en général en collaboration avec l unité d épidémiologie de l IPB, avec les structures hospitalières locales, les Instituts membres du Réseau International des Instituts Pasteur et l Institut Pasteur de Paris. Projet Elizabethkingia anophelis Titre du projet: Un nouvel agent bactérien de méningite : Premier cas de méningite néonatale à Elizabethkingia anophelis en République Centrafricaine Financement: Institut Pasteur de Paris (Programme Transversal de Recherche CEVACAR No. 385) Ministère des Affaires étrangères (Fonds de Solidarité Prioritaire n ). Principaux Investigateurs: - Sébastien Breurec - Thierry Frank Principales collaborations Jean Chrysostome Gody, Petulla Bata (Complexe Pédiatrique, Bangui) Nicolas Berthet (Institut Pasteur, Paris, France) Résultats et conclusion Un nouvel agent pathogène pour l homme a été découvert comme responsable de deux cas de méningite mortelle chez le nouveau-né. Cette bactérie, nommée Elizabethkingia anophelis après étude de l ARN 16S, était résistante à l ensemble des antibiotiques recommandés en première intention dans les méningites néonatales, ce qui a probablement contribué au décès du nouveau-né. L émergence de méningites néonatales à cette bactérie pourrait être une préoccupation majeure dans des pays où l accès aux soins est limité. En effet, la fréquence de l infection est fortement sousestimée du fait du faible nombre de laboratoires de bactériologie clinique de bonne qualité. Une origine nosocomiale de l infection est suspectée. Des épidémies en milieu hospitalier à cette bactérie pourraient être un problème de santé publique majeur, conséquence de son haut niveau de résistance aux antibiotiques, du manque de moyens pour lutter efficacement contre les infections nosocomiales et le peu d antibiotiques disponibles sous forme parentérale dans les hôpitaux africains. Elizabethkingia anophelis a été récemment décrit dans l estomac de moustiques. Des investigations supplémentaires sont nécessaires pour déterminer le rôle du moustique dans la transmission de cette bactérie. Projet Infections du site opératoire Titre du projet: Infections du site opératoire en milieu chirurgical à Bangui Financement: Institut Pasteur de Bangui Principaux Investigateurs - Sébastien Breurec - Clotaire Rafaï - Thierry Frank Principales collaborations Jean Chrysostome Gody, Alfred Gaudeuil (Complexe Pédiatrique, Bangui) Luc Nghario, Eugène Serdouma (Hôpital de l Amitié, Bangui) Issa Mapouka, Bertrand Tekpa (Hôpital Communautaire, Bangui) Contexte Les infections du site opératoire (ISO) sont par définition des infections liées à des interventions chirurgicales ou à des soins post-opératoires survenant dans les 30 jours suivant l intervention, et en cas de pose de matériel dans la première année suivant l intervention. Le taux d ISO est un des indicateurs utilisés pour évaluer un programme de lutte contre les infections nosocomiales. Objectifs principaux: - Déterminer la prévalence et l incidence des ISO à étiologie bactérienne, la nature des bactéries incriminées et leur sensibilité aux antibiotiques, - Déterminer les facteurs de risque d acquisition d une ISO à bactéries multi-résistantes, - Caractériser les mécanismes de résistance aux antibiotiques et leur support génétique des entérobactéries résistantes aux céphalosporines de troisième génération. Résultats et conclusion Une étude prospective en 2011 dans 5 services de chirurgie situés dans les 3 plus grands hôpitaux de la capitale a été mise en place pour évaluer le taux des ISO. Il était de 11 % contre environ 2-3 % dans la plupart des pays développés. Les données concernant le nombre de patients inclus par hôpital et service, la fréquence des ISO par service sont présentées dans le tableau I. 47

48 Tableau 1. Prévalence des infections du site opératoire par hôpital et service Hôpital Services Nombre de patients (n) Prévalence (%) ISO Total Amitié Gynécologie Chirurgie Urologique Chirurgie viscérale Communautaire Chirurgie Orthopédique Complexe Pédiatrique Chirurgie Infantile Total Les entérobactéries représentaient l étiologie principale (56%) de ces infections. Elles possédaient un haut niveau de résistance aux céphalosporines de troisième génération (60 %) et aux fluoroquinolones (47 %). Les facteurs de risque d acquisition des bactéries multi-résistantes, leur caractérisation phylogénétique et l étude de leurs gènes de résistance sont en cours. Projet TORCADIA Titre du projet: Epidémiologie des diarrhées infantiles hospitalisées à Bangui : Etude Cas- Témoins Financement: Fondation Total Principaux Investigateurs - Sébastien Breurec - Clotaire Rafaï - Thierry Frank Principales collaborations Jean Chrysostome Gody, Petulla Bata (Complexe Pédiatrique, Bangui) Muriel Vray (Institut Pasteur, Paris, France) Philippe Sansonetti (Institut Pasteur, Paris, France) Contexte Les maladies infectieuses sont responsables de 25% des décès dans le monde. Parmi elles, les diarrhées occupent la 3 ème place des infections les plus meurtrières (environ 2.2 millions de morts par an dont près de 2 millions d'enfants de moins de 5 ans). En République Centrafricaine, les diarrhées aiguës sont la cause d environ 13 % des hospitalisations en pédiatrie et sont à l'origine de 6 % des décès chez l enfant de moins de 5 ans. Objectifs principaux - Identifier les pathogènes impliqués dans les diarrhées nécessitant une hospitalisation chez les enfants de moins de 5 ans, - Mesurer l indice de pathogénicité de chaque agent étiologique isolé et l antibiorésistance des différentes bactéries isolées, - Identifier les facteurs de risque de gravité des diarrhées ou de leurs séquelles cliniques, - Construire des algorithmes de décision pour la prise en charge des enfants hospitalisés pour des diarrhées graves. Methodes Il s agit d une étude cas-témoins. Les cas sont les patients de moins de 60 mois se présentant avec un tableau clinique de diarrhée nécessitant une hospitalisation. Un témoin en population générale sera apparié à chaque cas sur le niveau socioéconomique, l âge et le sexe du cas. Un examen clinique, des examens biologiques des selles et du sang seront effectués chez les cas, des mesures anthropométriques et un examen des selles chez les témoins. Les parents des cas et des témoins seront interrogés pour évaluer leur niveau socioéconomique et l alimentation de base de leurs enfants. 48

49 Résultats L étude a débuté en décembre 2011 pour une durée de 2 ans. Au 20 mai 2013, 310 cas et 310 témoins étaient inclus. Etudes à venir Projet ChART : «Dynamique et transmission des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques en néonatologie dans 2 contextes hospitaliers de pays en voie de développement, Bangui en République Centrafricaine et Antananarivo à Madagascar» Projet ChARLI: «Children s Antibiotic Resistant infections in Low Income countries» Projet Leptospirose : «Diagnostic de la leptospirose parmi des syndromes fébriles à Bangui» Projet Salmonelle : «Prévalence et caractérisation génétique d isolats cliniques de Salmonella enterica productrices de bétalactamase à spectre étendu en République Centrafricaine entre 2004 et 2012» Projet BMR communautaire : «Prévalence, facteurs de risque et caractérisation génétique de souches d entérobactéries productrices de béta-lactamase à spectre étendu chez l enfant de moins de 5 ans en milieu communautaire en République Centrafricaine entre 2004 et 2012» Collaboration - Institut Pasteur de Bangui Service d épidémiologie: A. Manirakiza - Collaborations nationales Complexe Pédiatrique, Bangui Hôpital de l Amitié, Bangui Hôpital Communautaire, Bangui - Collaborations internationales Institut Pasteur de Paris, France (M. Vray, FX Weil, S. Le Hello, ML Quilici, P. Sansonetti, D. Guillemot) Laboratoires du RIIP CHRU Jean Minjoz, Besançon, France (D. Hocquet) PUBLICATION Frank T, Gody JC, Nguyen L, Berthet N, Fleche- Mateos A, Bata P, Rafaï C, Kazanji M, Breurec S. A new agent of meningitis: first case of Elizabethkingia anophelis meningitis in the Central African Republic The Lancet, in press 49

50 Laboratoire d Analyses Biomédicales Chef de Service: Sébastien Breurec, Pharmacien biologiste, Membres de l équipe: Médecin, centre de vaccination Léandre Manda-Zimballah Internes en Biologie médicale Mr Alain Farra Melle Manuella Onambele Ph.D. Université de Paris 6 Adjoint : Clotaire Rafaï, Médecin Biologiste Marie-Joëlle Mandeng, surveillante générale Rodolphe Mambely-Nzako, surveillant général adjoint Mauricette Douba, Christian Doung-Zang, Louise Yantar, secrétaires Sébastien Dondia, Jacqueline Mazessein, Evelyne Bawa, préleveurs Marie-Blanche Gueret, Josiane Leal, infirmières diplômées d'état Rémy Zenguéla, Boh Pembé Missatou, Jean-Robert Mbecko, Nelly Kouzounendji, Michel Dédé, Jean Mobango, Georges Yabeta, Thierry Gougblandé techniciens de laboratoire microbiologie /parasitologie/ préparation des milieux Gaston Bonguiadé, Juliette Heremo, Lundi Pascal, aides laborantins laverie/stérilisation Ferdinand Yapou, Mesmin Bem-Tothy, Aubin-Rostand Bere, Fernand Padou, Davy-Martial Golongba, Romaine Yabougnawo, Pierre-Marie Binguima techniciens de laboratoire hématologie/ immunologie/sérologie/ biochimie / sérothèque 50

51 Le laboratoire d analyses de biologie médicale de l Institut Pasteur de Bangui est un laboratoire polyvalent qui accueille 150 patients par jour environ. La mission première du laboratoire d analyses de biologie médicale est d effectuer les analyses biologiques prescrites par des cliniciens des secteurs privé et public mais c est aussi une infrastructure adaptée au diagnostic et à la surveillance de nombreuses pathologies, notamment infectieuses. Dans cette mesure, le laboratoire possède une activité de recherche et de santé publique centrée sur les infections bactériennes, virales et leur diagnostic. Ces activités seront présentées dans le rapport d activité du laboratoire de bactériologie. Activités de service L activité de service du laboratoire d analyses médicales est quantifiée à l aide de la lettre-clé B. Il n existe pas, en République Centrafricaine, de nomenclature officielle des actes de laboratoire, aussi celle appliquée au laboratoire est-elle largement inspirée de la nomenclature française. Entre 2010 et 2012, l activité en nombre de dossiers a augmenté de 47 % (tableau 1). Cette augmentation est liée en grande partie à la reprise des activités de suivi biologique des patients VIH positifs, financés par le Fonds Mondial. Des efforts conséquents ont été entrepris en 2012 pour améliorer la prise en charge des patients à travers l optimisation du système informatique de laboratoire Codat B effectués Nb de Dossiers traités B par dossier Activité du laboratoire par secteur à travers quelques exemples Biochimie : Glycémie Transaminases Hématologie/Hémostase : Immunoenzymologie : NFS Taux de prothrombine PSA TSH Antigène HBs Sérologie toxoplasmose Sérologie VIH

52 Bactériologie/Parasitologie : Prélèvement vaginal ECBU Coproculture Parasitologie des selles Biologie moléculaire : Charge virale VIH ADN proviral VIH L antibiogramme a été effectué par la méthode des proportions sur 65 souches de M. tuberculosis. Trente souches (46.2%) étaient sensibles aux quatre antituberculeux de première ligne, 29 souches (44.6%) étaient multirésistantes (c est-àdire, résistantes au moins à l isoniazide et à la rifampicine) dont 16 étaient résistantes aux quatre antituberculeux de première ligne. Essais Inter Laboratoires Outre les contrôles de qualité interne effectués quotidiennement (hématologie, hémostase, biochimie, immunoenzymologie), le laboratoire participe à plusieurs programmes de contrôles de qualité externes: - ProBioQual (biochimie sanguine et urinaire, hémostase, immunoenzymologie), - WHO-GSS (sérotypage et sensibilité aux antibiotiques des Salmonelles), - CDC (charge virale HIV et recherche d ADN proviral HIV) - Institut Voor Tropische Geneeskunde (culture et antibiogramme des mycobactéries) - OMS (examen direct des mycobactéries) Secteur Mycobactéries Pour l année 2012, 1004 prélèvements ont été examinés chez 705 patients dont 940 (93.6%) d origine pulmonaire et 64 (6.4%) prélèvements extra-pulmonaires. Cent vingt six souches de mycobactéries ont été isolées. Il s agissait uniquement de souches de Mycobacterium tuberculosis. Les performances comparées de la microscopie et de la culture dans les 940 prélèvements sont résumés dans le tableau suivant : Examen microscopique Positif (n=271) Négatif (n=669) Activités de formation et d enseignement - Encadrement et formation de deux internes centrafricains en médecine dans le cadre de l internat qualifiant (Diplôme d études spécialisées de Biologie médicale) - Formation ou recyclage de techniciens de laboratoire - Formation continue du personnel technique du laboratoire (Programme e-medicinimage) CENTRE DE VACCINATION Le centre international de vaccinations assure l ensemble des vaccinations préconisées en République centrafricaine, notamment celles contre la fièvre jaune et la rage. Durant l année 2012, 2531 injections ont été effectuées. Culture positive (n=127) 123 (96.8%) 4 (3.1%) Culture négative (n=80) 0 (0%) 80 (100%) 52

53 Centre National de Référence pour les Mycobactéries Chef de Service: Fanny MINIME-LINGOUPOU Assistante de Recherche Doctorante Université de Paris 7 Membres de l équipe: Enseignant associé Université de Bangui Bachir NAMBEA, Cadre des techniques de laboratoire Germain ZANDANGA, Technicien supérieur de recherche François YANGO, Infirmier technicien de laboratoire Boris LOKOTT JOLLY, Technicien supérieur de laboratoire Objectifs : Diagnostic microbiologique de la tuberculose et de l Ulcère de Buruli et surveillance épidémiologique de ces deux pathologies. Management d un réseau de laboratoire au niveau national. Formation et encadrement des agents de santé. Recherche opérationnelle. 53

54 ACTIVITES DE RECHERCHE Nous avons caractérisé des souches provenant de patients en échec de traitement et en rechute quant à leur résistance aux antibiotiques. Les résultats obtenus par tests culturaux ont été comparés par L année 2012 a été consacrée à la finalisation des séquençage projets de recherche des régions ayant génétiques démarré en (rpob, katg et inha, résistances à la rifampicine, isoniazide, pyrazynamise et streptomycine respectivement. D autres tests moléculaires (Génotype MTBDRplus et ARMS-PCR) ont été également utilisés. Toutes les souches ont été typées par spoligotyping et des profils T2 MDR et non-mdr ont été identifiés. 1. Caractérisation d une famille de souches de M. tuberculosis prévalente parmi les souches multirésistantes (MDR) en République Centrafricaine (RCA) et étude des réponses de l hôte spécifiquement induites par cette famille de souche Des études antérieures effectuées au laboratoire des Mycobactéries de l Institut Pasteur de Bangui en collaboration avec l Unité de Génétique Mycobactérienne ont montré que 50% des souches M. tuberculosis MDR (Multidrug resistant) de patients Centraficains avaient le même génotype T2. Ce génotype est peu représenté parmi les souches sensibles aux antibiotiques, suggérant que la famille de souches T2 en RCA est plus à risque d accumuler des résistances aux antibiotiques probablement en raison d une meilleure adaptation à son hôte humain. Nous avons caractérisé des souches provenant de patients en échec de traitement et en rechute quant à leur résistance aux antibiotiques. Les résultats obtenus par tests culturaux ont été comparés par séquençage des régions génétiques (rpob, katg pnca, et inha, rpsl pnca, et rrs) rpsl responsables et rrs) responsables des des résistances à la rifampicine, isoniazide, pyrazynamide et streptomycine respectivement. D autres tests moléculaires (Génotype MTBDRplus et ARMS-PCR) ont été également utilisés. Toutes les souches ont été typées par spoligotyping et des profils T2 MDR et non-mdr ont été identifiés. Les caractéristiques immunologiques des souches T2 MDR ont été étudiées. Nous avons d abord Financement infecté : in IP vitro des macrophages humains dérivés de monocytes de donneurs par des souches de la famille T2 et deux souches de référence : la souche H37Rv et la souche épidémique «Gran Canaria» GC 1237 à des multiplicités d infection (MOI) de 0,25 ; 0,50 ; 0,75. Puis, nous avons analysé par ELISA l expression de l IL-6, l IL-10 et du TNF- Les caractéristiques immunologiques des souches T2 MDR ont été étudiées. Nous avons d abord infecté in vitro des macrophages humains dérivés de monocytes de donneurs par des souches de la famille T2 et deux souches de référence : la souche H37Rv et la souche épidémique «Gran Canaria» GC 1237 à des multiplicités d infection (MOI) de 0,25 ; 0,50 ; 0,75. Puis, nous avons analysé par ELISA l expression de l IL-6, l IL-10 et du TNF- Les résultats de cette étude ont montré que le test Génotype MTBDRplus est sensible et rapide pour la détection de la résistance à la RIF et à l INH. Par ailleurs, ce travail a confirmé que le spoligotype T2 est commun parmi les isolats MDR circulant en République Centrafricaine et que les souches ayant ce génotype induisent une réponse inflammatoire moins importante que la souche de référence H37Rv Les résultats de cette étude ont montré que le test Génotype MTBDRplus est sensible et rapide pour la détection de la résistance à la RIF et à l INH. Par ailleurs, ce travail a confirmé que le spoligotype T2 est commun parmi les isolats MDR circulant en République Centrafricaine et que les souches ayant ce génotype induisent une réponse inflammatoire moins importante que la souche de référence H37Rv a) b) TNF! IL-10 P/mg P/mg MOI MOI Figure Figure 1 : a) 1 : a) induction de de la la sécrétion de de l Il-10 l IL-10 à 18 H post-infection b) b) induction du du TNF-alpha TNF! à 18H post infection. post infection. De plus, l analyse de l arbre phylogénétique construit sur la base des SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) a montré que les souches T2 de la RCA clustérisent ensemble reflétant ainsi la 54

55 1 : a) induction de la sécrétion de l Il-10 à 18 H post-infection b) induction du TNF! à 18H fection. De plus, l analyse de l arbre phylogénétique construit sur la base des SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) a montré que les souches T2 de la RCA clustérisent ensemble reflétant ainsi la clonalité de ce groupe et amène à penser que ces souches auraient émergées récemment à partir d un même ancêtre commun qui est déjà bien établi dans la région (Figure 2). e plus, l analyse de l arbre phylogénétique construit sur la base des SNPs (Single Nucleotide orphisms) a montré que les souches T2 de la RCA clustérisent ensemble reflétant ainsi la ité de ce groupe et amène à penser que ces souches auraient émergées récemment à partir d un ancêtre commun qui est déjà bien établi dans la région (Figure 2). Internationale Contre la Tuberculose et les Maladies Respiratoires (UICTMR). Au total 100 patients ont été recrutés. Sur les 100 patients, dix ont été exclus car ils étaient positifs à la microscopie et négatifs à la culture. In-fine, 90 malades ont été inclus. Les résultats des tests de sensibilité ne sont disponibles que pour 65 patients et sont consignés dans le tableau 1. Les études moléculaires sont en cours. ACTIVITÉ DE SANTÉ PUBLIQUE La surveillance de la résistance aux antituberculeux chez les patients en rechute, échec ou reprise de traitement et les patients chroniques a occupé une place importante parmi les activités de santé publique du CNR en Le centre de pneumo-phtisiologie réfère systématiquement ces patients dits de catégorie II, au CNR pour un antibiogramme. 2. Phylogénie de quelques souches de la République Centrafricaine Figure 2. Phylogénie de quelques souches de la République Centrafricaine 2. Epidémiologie moléculaire de la tuberculose à bacilles multirésistants dans deux villes de pays à forte prévalence de tuberculose : Bangui (République Centrafricaine) et Rio de Janeiro (Brésil) Financement : Pasteur/Fiocruz Le Brésil et la République Centrafricaine font partie des pays à forte incidence de la tuberculose. Les objectifs de ce projet sont d optimiser les programmes de surveillance de la résistance de M.tuberculosis aux antituberculeux de première ligne dans deux villes (Bangui et Rio de Janeiro) de ces pays, de constituer une banque de données épidémiologiques et moléculaire des souches multirésistantes (MR) et d identifier de nouveaux marqueurs génétiques de la résistance par analyse de séquence de gènes cibles. Ce projet permettra de mieux évaluer la prévalence des résistances secondaires au niveau des ces villes, ainsi que les profils des souches MR circulant dans la collectivité, de renforcer les programmes nationaux de surveillance de la TB-MR au niveau de ces pays et enfin de promouvoir le transfert de technologie entre les laboratoires impliqués. Les patients récurrents (anciens cas) ont été recrutés suivant la définition de l OMS et l Union Le dépistage des cas de TB-MDR a été très actif au cours de l année En effet, les Centres de Diagnostic et de Traitement (CDT) qui sont des unités de base pour le diagnostic de la tuberculose ont été approvisionnés en réactifs pour le dépistage et en médicaments (après une année de rupture), ce qui a rendu opérationnels tous les centres. Ceci est renforcé par l acquisition au sein de notre laboratoire du GeneXpert, dans le cadre du projet «Upgrade Laboratory Network for Tuberculosis Diagnosis and Drug Testing in Africa» financé par L OFID (OPEC Fund for International Development). GeneXpert est un automate qui détecte en temps réel (par PCR) la résistance à la rifampicine, considérée comme marqueur de multi-résistance. En 2012, sur 75 patients suspects de TB-MDR, 54.6% (41/75) des patients sont détectés MDR : 63.1% (24/38) ont été détectés uniquement par GeneXpert et 45.9% (17/37) étaient détectés par le test de sensibilité. Conclusion et perspectives Les données des différentes études menées sur la résistance ces dernières années ont été mises à la disposition du PNLT afin de renforcer les initiatives de lutte en place. Cela a permis à la République Centrafricaine d obtenir auprès de l OMS en janvier 2013, un agrément pour la mise à disposition des molécules de seconde ligne pour le traitement des malades tuberculeux à bacilles multi-résistants. Les perspectives de l année 2013 seront essentiellement centrées sur la finalisation des projets en cours et la vulgarisation sous forme d articles des résultats, le démarrage de nouveaux projets. 55

56 Les résultats des tests de sensibilité ne sont disponibles que pour 65 patients et sont consignés dans le tableau 1. Les études moléculaires sont en cours. Tableau 1. Profil phénotypique de résistance des souches provenant de patients en échec thérapeutique. Profil de Resistance N (%) Sensibles 31 (47.7) Résistant à INH 3 (4.6) Résistant à SM 2 (3.1) Résistant à EMB 0 Résistant à INH-EMB Résistant à INH-SM 2 (3.1) 1 (1.5) MDR 26 (40) Total 65 (100) INH= Isoniazide; EMB= Ethambutol; RIF ou RMP= Rifampicine; STR ou SM= Streptomycine Collaborations Tableau 1. Profil phénotypique de résistance des souches provenant de patients en échec thérapeutique. Internationale - Unité de Génétique mycobactérienne : Brigitte Gicquel 2. Activité de santé publique - Institut de Médecine tropicale d Anvers : Leen Rigouts - Centre Pasteur du Cameroun, Laboratoire des Mycobactéries : Sara Eyangoh La surveillance de la résistance aux antituberculeux chez les patients en rechute, échec ou reprise de traitement et les patients chroniques a occupé une place importante parmi les activités de santé publique du CNR en Le centre de pneumo-phtisiologie réfère systématiquement ces patients dits de catégorie II, au CNR pour un antibiogramme. Le dépistage des cas de TB-MDR a été très actif au cours de l année En effet, les Centres de Diagnostic et de Traitement (CDT) qui sont des unités de base pour le diagnostic de la tuberculose ont été approvisionnés en réactifs pour le dépistage et en médicaments (après une année de rupture), ce qui a rendu opérationnels tous les centres. Ceci est renforcé par l acquisition au sein de notre Nationale - Ministère de la Santé - Organisation Mondiales de la Santé (OMS) - Programme des Nations Unis pour le Développement (PNUD) - Hôpitaux de Bangui : hôpital communautaire et - Complexe médical pédiatrique - Centres de Diagnostic et de traitement de la tuberculose PUBLICATIONS - Minime-Lingoupou F, Beyam N, Gody JC, Zandanga G, Yango F, Manirakiza N, Rigouts L, Pierre-Audigier C, Gicquel B and Bobossi G. Fineneedle aspiration for diagnosis of tuberculouslymphadenitis in children in Bangui, Central African Republic. BMC Pediatrics 2012, 12: Minime-Lingoupou F, Manirakiza A, Yango F, Zandanga G, Le Faou A, Rigouts L. Relatively low primary drug resistance to anti-tuberculosis drugs in Bangui and Bimbo (Central African Republic). The Int J Tuberc Lung Dis (5):

57 Service d Epidémiologie Responsable : Alexandre MANIRAKIZA Chargé de Recherche Membres de l équipe: - Aude BOULAY, Technicienne de Recherche Clinique - Olga SAKANGA, Assistante de Recherche Clinique MD, Université de Bangui Ph.D. Université de Marseille Objectifs : Apporter un appui méthodologique clinique, biostatistique et épidémiologique, aux laboratoires de recherche de l Institut Pasteur de Bangui (IPB), concernant l élaboration et la gestion des données de recherche. Participer aux activités de santé publique avec ces différents laboratoires. Contribuer à la formation des étudiants en stage à l IPB sur les méthodes de biostatistiques et épidémiologiques de base utiles à la présentation de leur rapport de stage. Mettre en place des projets de recherche spécifiques du service d Epidémiologie de l IPB sur la thématique : Co-infection VIH- Paludisme, ses implications physiopathologiques et thérapeutiques. Mettre en place l étude clinique sur l efficacité des antifolates sur le paludisme chez les femmes enceintes. 57

58 ACTIVITES DE RECHERCHE Projet «Etude comparative de l efficacité de deux stratégies prophylactiques contre le paludisme par des antifolates chez les femmes enceintes infectées par le VIH». Efficacy of Antifolates against Malaria in HIVinfected Pregnant Women and the Emergence of Induced Resistance in Plasmodium Falciparum (MACOMBA study) ClinicalTrials.gov Identifier: NCT FINANCEMENT : FONDATION DE FRANCE Objectifs : L objectif principal de cet essai randomisé est de montrer la meilleure efficacité du cotrimoxazole par rapport à la Sulfadoxine Pyriméthamine (SP) sur la parasitémie placentaire, critère de jugement principal, chez des femmes enceintes infectées par le VIH et ayant un taux de CD4 supérieur à 350 cellules/mm 3 et qui ne présentent pas de stade clinique 2, 3 ou 4 (classification OMS). Cette étude permettra également de comparer les 2 traitements en termes de : randomisation des traitements sera centralisée et stratifiée par site et par gestité (primigeste versus multipare). Les informations collectées seront les suivantes: données démographiques et socioéconomiques, gestité, parité, âge gestationnel, données cliniques au cours de la grossesse, traitements pris en dehors de la SP, CTM ou antirétroviraux (PTME), données biomédicales (bilan prénatal recommandé dont les résultats de recherche du Plasmodium par goutte épaisse, taux de CD4), parasitémie placentaire ainsi que les marqueurs de résistance du parasite. Les équipes de collectes de ces informations sont constituées de sages-femmes et médecins exerçant dans ces quatre sites de l étude. Etat d avancement : mise en place du projet Analyse de l état des lieux des sites d étude Finalisation de la mise au point des documents préalable à l essai : Protocole de l étude et cahiers d observation ou CRF (Case Report Form) Notice d information et consentement éclairé Brochure de l investigateur Résumé des Caractéristiques des Produits (RCP) de l étude Chez la mère : avortement spontané ; Incidence des accès palustres pendant la durée du suivi ; parasitémie périphérique (présence de trophozoïtes Conventions Mise au point des procédures standards ou SOPs (Standard Operating Procedures) sur la technique lors de l'examen au microscope d'une lame de de collecte de données, de transport de goutte épaisse sur sang capillaire) à l'inclusion, à l'accouchement et en cas d'accès palustres ; profils de résistance des parasites isolés (mutations au prélèvements et d analyse de laboratoire Liste de tirage au sort (randomisation) des femmes participant à l étude niveau de la dhfr et dhps) ; anémie (Taux Test des CRF et formation des équipes (sagesfemmes) d hémoglobine < 10g/dl) ; charge virale et taux de CD4 ; observance aux traitements ; tolérance aux sur les procédures Mise en place de la logistique de l étude traitements ; Publications Chez l enfant : mortalité périnatale; prématurité (naissance avant 37 semaines d aménorrhée) ; petit 1. Fanny ML, Beyam N, Gody JC, Zandanga G, Yango poids de naissance (< 2500 g) ; parasitémie F, Manirakiza A, Rigouts L, Pierre-Audigier C, périphérique (présence de trophozoïtes lors de l'examen au microscope d'une lame de goutte Gicquel B, Bobossi G. Fine-needle aspiration for diagnosis of tuberculosis lymphadenitis in children in épaisse sur sang du cordon ombilical) à la Bangui, Central African Republic. BMC Pediatr naissance ; statut VIH ; 2012, 12: Principe de l étude 3. Ngoagouni C, Kamgang B, Manirakiza A, Il s agit d un essai clinique, randomisé, réalisé sans insu sur les traitements. Les traitements étudiés sont le Nangouma A, Paupy C, Nakoune E, Kazanji M. Entomological profile of yellow fever epidemics in traitement préventif intermittent par de la the Central African Republic, Parasites & sulfadoxine-pyriméthamine (SP) versus une dose Vectors 2012, 5:175 quotidienne de cotrimoxazole (CTM). La population 4. cible est constituée de femmes enceintes VIH 5. séropositives ayant eu leur première consultation Manirakiza A, Serdouma E, Heredeïbona LS, Djalle D, Madji N, Moyen M, Soula G, Le Faou A, Delmont prénatale (entre la 16 ème et 28 ème semaine J. Rational case management of malaria with a d aménorrhée) dans quatre grands services de maternité de la ville de Bangui. Les femmes dont le taux de CD4 est supérieur à 350 cellules/mm 3 et un rapid diagnostic test, Paracheck Pf, in antenatal health care in Bangui, Central African Republic. BMC Public Health 2012, 12:482 stade clinique 1 de l OMS sont éligibles. La taille de l échantillon a été évaluée à 150 par bras. La 58

59 Publications de l IPB en Péré, H., Charpentier, C., Mbelesso, P., Dandy, M., Matta, M., Moussa, S., Longo, J.D., Grésenguet, G., Abraham, B., and Bélec, L. Virological Response and Resistance Profiles After 24 Months of First-Line Antiretroviral Treatment in Adults Living in Bangui, Central African Republic. AIDS Res Hum Retroviruses. 2012, 28(4): Charpentier, C, Gody, JC, Mbitikon, O, Moussa, S, Matta, M, Péré, H, Fournier, J, Longo, JD, and Bélec, L. Virological Response and Resistance Profiles After 18 to 30 Months of First- or Second- /Third-Line Antiretroviral Treatment: A Cross- Sectional Evaluation in HIV Type 1-Infected Children Living in the Central African Republic. AIDS Res Hum Retroviruses. 2012, 28(1): Bessaud M, Pillet S, Ibrahim W, Joffret ML, Pozzetto B, Delpeyroux F, Gouandjika-Vasilache I. Molecular characterization of human enteroviruses in the Central African Republic: uncovering of a wide diversity and identification of a new Human enterovirus A71 genogroup. J Clin Microbiol (5): Caron M., Etenna Lekana-Douki S., Makuwa M., Obiang-Ndong G-P., Biba, O., Nkoghé D., and Kazanji M. Prevalence, genetic diversity and antiretroviral drugs resistance-associated mutations among untreated HIV-1-infected pregnant women in Gabon, central Africa. BMC Infect. Diseases, 2012, 20; 12: Nakouné E., Digol M., Konamna X., Selekon B., Le Faou A. New introduction and spread of rabies among dog population in Bangui. Acta Trop. 2012, 123(2): Mouinga-Ondémé A., Caron M., Nkoghé D., Telfer P., Marx P., Saïb A., Leroy E., Gonzalez J.- P., Gessain A., and Kazanji M. Cross-species transmission of simian foamy virus to humans in Gabon. J Virol. 2012, 86 (2): Drexler JF, Corman VM, Müller MA, Maganga GD, Vallo P, Binger T, Gloza-Rausch F, Rasche A, Yordanov S, Seebens A, Oppong S, Sarkodie YA, Pongombo C, Lukashev AN, Schmidt-Chanasit J, Stöcker A, Carneiro AJ, Erbar S, Maisner A, Fronhoffs F, Buettner R, Kalko EK, Kruppa T, Franke CR, Kallies R, Nakouné-Yandoko ER, Herrler G, Reusken C, Hassanin A, Krüger DH, Matthee S, Ulrich RG, Leroy EM, Drosten C. Bats host major mammalian paramyxoviruses. Nat Commun Apr 24; 3: Fouchet, D., Verrier D., Ngoubangoye, B., Souquière, S., Makuwa, M., Kazanji M., Gonzalez J-P., and Pontier, D. SIV transmission in mandrills: a family affair. Proc Biol Sci. 2012, 7;279 (1742): Njouom, R., Caron, M., Besson G., Ndong- Atome G.-R., Makuwa M., Pouillot, R., Nkoghé, D., Leroy E., and Kazanji, M. Phylogeography, Risk Factors and Genetic History of Hepatitis C Virus in Gabon, Central Africa. PLoS One. 2012, 7(8): e Manirakiza, A., Serdouma, E., Heredeïbona, L., Djalle, D., Madji, M., Methode, M., Soula, G., Le Faou, A., Delmont, J. Rational case management of malaria with a rapid diagnostic test, Paracheck-Pf, in antenatal health care in Bangui, Central African Republic. BMC Public Health. 2012, 26 ; 12:

60 11- Ngoagouni, C., Kamgang, B., Manirakiza, A., Nangouma, A., Paupy, C., Nakoune, E., and Kazanji, M., Entomological profile of the epidemics of yellow fever in the Central African Republic in Parasit. Vectors. 2012, 5: Snoeck, C., Komoyo, G., Mbee, B., Nakouné, E., Le Faou, A., Okwen, M., and Muller, C. Epidemiology of chicken anemia virus in Central African Republic and Cameroon. Virol. J. 2012, 9: Komas, N.P., Manirakiza, A., Ouavéné, J.O., Bekondi, C., Laghoe, G.L., Le Gal, F., Abdou- Chekaraou, M., Gordien, E., Zoulim, F., Deny, P. Hepatitis B and Delta in Bangui Central African Republic 25 years after the first reported hepatitis delta epidemic. J Hepatol, 2012, 56 (Suppl2) : S Souquière, S., Makuwa, M., Sallé, B., and Kazanji, M. New strain of simian immunodeficiency virus identified in wild-born chimpanzees from central Africa. PLoS One. 2012, 7(9): e Caron, M., Bouscaillou J., and Kazanji, M. Acute risk for hepatitis E virus among HIV-1-infected pregnant women in Gabon, central Africa. Virol. J. 2012, 9: Domingo, C., Patel, P., Yillah, J., Weidmann, M., Méndez, J., Nakouné, E., and Niedrig, M. Advanced yellow fever virus genome detection in reference diagnosis laboratories and point-ofcare facilities. J Clin Microbiol. 2012, 50(12): Minime-Lingoupou, F., Beyam, N. Gody, J.C., Manirakiza, A., Rigouts, L., Pierre-Audigier C, Gicquel, B., and Bobossi. G. Early infections are associated with increased risk for celiac disease: an incident case-referent study. BMC Pediatrics. 2012, (13) 12:

61 Partenaires et Financement de l IPB en 2012 Ministère de la Santé Publique, de la Population, RCA Ministère de l enseignement supérieur, RCA Faculté de Médecine, RCA Complexe pédiatrique de Bangui Comité National de Lutte contre le Sida, RCA Organisation Mondiale de la Santé (RCA, Afrique) UNICEF AFD Ambassade de France, RCA Institut Pasteur, Paris Réseau International des Instituts Pasteur Ministère des Affaires Etrangères, France Ministère de la Recherche, France Ministère de la Santé, France Department of Health and Human Services (DHHS), USA CDC, USA Agence nationale de recherche sur le sida et les hépatites (ANRS), France GIP-ESTER Total Centrafrique Fondation Total Fondation de France Le Fonds Mondial 61

62 Répartition des Ressources et des charges à l IPB en 2012 Répartition des ressources &'#! ""#! ()*+,-./0!123! "#! 4*5*06+!76!8-,)9:/90*! $%#! "$#! ;6<5*0./0!*,!-6,)*!-8869!=(! ;6<5*0./0!3>;4! 26,)*+!<-9??*6)+! Répartition des charges courantes "@#! %'#! 2AB-,+!:-.C)*+!*,!-6,)*+! DB-)E*+!A/6)-0,*+! %#! &#! &'#! D/::609A-./0! >0,)*.*0!:-90,*0-0A*! (*)+/00*?! Origine des charges F#! %F#! "@#! "&#! 27:909+,)-./0!! 123! (-,)9:/90*! 4*AB*)AB*! "#! G-AA90-./0! 62

63 Institut Pasteur de Bangui BP 923 Bangui, République Centrafricaine Tél , Fax: