Bases de données des mutations CFMDB CFTR2 CFTR-France / Registre Corinne THEZE, Corinne BAREIL Laboratoire de génétique moléculaire Montpellier Atelier Muco, Lille, 25-27 septembre 2014
Accès libre http://www.genet.sickkids.on.ca/app Initiée en 1989, consortium «Cystic Fibrosis Genetic Analysis» Catalogue de variations du gène CFTR Soumission par les labos lors de la 1ere identification du variant Septembre 2014
Nom «HGVS» Nom usuel Génotype Contributeur Clinique Mise à jour ou info supp Annotations phénotypique, génotypique limitées
2010 Application nomenclature HGVS
2010 Application nomenclature HGVS CFMDB HGVS Codon stop p.gly542x p.gly542ter ou p.gly542* Gde délétion bornes? c.(?_2989)_(3468_?)del c.2989-?_3468+?del - 2989 3468 +
2010 Application nomenclature HGVS CFMDB HGVS Codon stop p.gly542x p.gly542ter ou p.gly542* Gde délétion bornes? c.(?_2989)_(3468_?)del c.2989-?_3468+?del Deep intronic 1811+1.6kbA>G c.1679+1.6kba>g c.1680-886a>g 3849+10kbC->T c.3717+12191c>t c.3718-2477c>t - 2989 + - 3468 +
Insertion : 81 petites insertions 75 % insertion sont dans repeat = duplication dup 228 233 TCGGCGATGTTTTTT - CTGGAGAT TCGGCGATGTTTTTTTCTGGAGAT TCGGCGATGTTTTTTTCTGGAGAT CFMDB c.227_228inst c.228_229inst c.233_234inst c.49_50instt HGVS c.233dup c.233dup c.233dup c.49_50dup Délétion del CAGACATATACCAAATCC CAGACATATACCAAATCC CAGACATACCAAATCC CAGACATACCAAATCC CFMDB HGVS c.111_112 delat c.112_113del
Guidelines HGVS http://www.hgvs.org/ NM_000492.3:c.112_113del https://mutalyzer.nl/index
Accès libre http://www.cftr2.org/ Initié en 2009 Implication phénotypique et fonctionnelle des variants CFTR => mutation CF causing quand en trans CF causing? => critères cliniques des patients
25 Registres CF 39 696 patients Clinique TS (62 %) fonction pulmonaire (63 %) statut pancréatique (76 %) colonisation pseudomonas 89% variants identifiés 1 221 variations différentes 159 variations, fréq allélique 0,01% 96% des allèles CF identifiés
2013 159 variations, fréquence allélique 0,01% évaluation clinique et fonctionnelle chez les patients 80 PTC => CF causing! 2 délétions en phase (507 et 508del) 10 site épissage => impact ARN? 65 faux sens => impact protéine? fq chez 2 188 pères et dans 1,000 génomes
127 12 20 CFTR2 web 200 mutations caractérisées
127 (129) (12) 12 20 (6) CFTR2 web 200 mutations caractérisées
MOYENNES TS f pulmonaire PI/PS Pseudomonas âge Résumé résultats études fonctionnelles (Nat Genet)
Nomenclature HGVS : mêmes remarques que CFMDB 15 insertions décrites => 13 erreurs ins au lieu de dup 5T c.1210-12[5] c.1210-12t[5]
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation https://cftr.iurc.montp.inserm.fr/cftr/ Initiée en Décembre 2008 Collaboration entre 9 laboratoires de niveau 2 et Vaincre La Mucoviscidose Accès restreint aux collaborateurs
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Compiler : TOUS les phénotypes CF Mais aussi CFTR-RD Sujets sains hétérozygotes composites Suspicion fœtale de mucoviscidose CFTR- France Curation à Montpellier TOUTES les variations Causales Non-classées (Supposés) Neutres +/- ségrégation familiale
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Compiler : TOUS les phénotypes CF Mais aussi CFTR-RD Sujets sains hétérozygotes composites Suspicion fœtale de mucoviscidose CFTR- France Curation à Montpellier TOUTES les variations Causales Non-classées (Supposés) Neutres +/- ségrégation familiale Pour : Annoter les variants Analyser les corrélations génotype/phénotype Interpréter la pathogénicité des variants non-classés Favoriser les études collaboratives
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Compiler : TOUS les phénotypes CF Mais aussi CFTR-RD Sujets sains hétérozygotes composites Suspicion fœtale de mucoviscidose CFTR- France Curation à Montpellier TOUTES les variations Causales Non-classées (Supposés) Neutres +/- ségrégation familiale Résultats des outils bioinformatiques Données issues de la littérature Pour : Annoter les variants Analyser les corrélations génotype/phénotype Interpréter la pathogénicité des variants non-classés Favoriser les études collaboratives
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 4 518 individus
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents 15 536 variants total Non disease-causing 8% Unclassified variants 37% Disease-causing 55%
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents 15 536 variants total Non disease-causing 8% Unclassified variants 37% Disease-causing 55%
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents 15 536 variants total Non disease-causing 8% Corrélations génotype-phénotype Les variations «large spectre» Exemples : L206W, R347H, S945L Unclassified variants 37% Disease-causing 55% Classées «CF-causing» par CFTR2 mais pas que CFTR-France (trans mut sévère) L206W : 21 CF et 31 CFTR-RD R347H : 18 CF et 10 CFTR-RD S945L : 12 CF et 5 CFTR-RD Important pour le conseil génétique
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents 15 536 variants total Non disease-causing 8% Unclassified variants 37% Disease-causing 55% Corrélations génotype-phénotype Les associations de variants en cis Exemples : Connu : CFTR2 CFTR-France I148T ; 3199del6 8 patients S1251N ; F508C X 7 patients V754M ; CFTRdele3-10,14b-16 X 3 patients Moins connu : G622D ; 3849+45G>A X 6 patients (2 ségrégations) Important pour la pratique quotidienne des laboratoires de diagnostic
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents 15 536 variants total Non disease-causing 8% Unclassified variants 37% Disease-causing 55% 74 % de faux-sens
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation 719 variants différents 15 536 variants total Occurrence des 198 faux-sens non-classés Non disease-causing 8% > 10x 6x y 10x Unclassified variants 37% Disease-causing 55% 3x y 5x 2x 0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 Difficile à interpréter 74 % de faux-sens gros travail à réaliser pour caractériser ces faux-sens! ( 7% étiquetés dans CFTR2)
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants?
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants? 1 / Compléter et affiner les données cliniques des patients
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants? 1 / Compléter et affiner les données cliniques des patients Juin 2013 : convention entre le Registre National et CFTR-France : échanges de données - Banque de données patients (infos cliniques +++ et mutations causales) - Données proviennent des CRCM CF +++ mais aussi DNN et quelques CFTR-RD - Dernier bilan annuel : données 2012 6 196 patients suivis MAJ annuelle / suivi du patient Erreur possible de retranscription des mutations et génotype incomplet
Collaboration CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants? 1 / Compléter et affiner les données cliniques des patients + CFTR-France + Registre Données cliniques précises/complètes + suivi patient Correction/complément génotype - CF : 43 % TS -F508del / I148T F508del / 3199del6;I148T - CF : 33 % PI/PS -F508del / G827X F508del / E827X - suivi NBS ( 450 enfants) -F508del / 1001+11C>T F508del /? - -
Collaboration CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants? 1 / Compléter et affiner les données cliniques des patients + CFTR-France + Registre Données cliniques précises/complètes + suivi patient Correction/complément génotype - CF : 43 % TS -F508del / I148T F508del / 3199del6;I148T - CF : 33 % PI/PS -F508del / G827X F508del / E827X - suivi NBS ( 450 enfants) -F508del / 1001+11C>T F508del /? - - Données anonymisées Recherche des correspondances 2 132 patients communs entre les 2 banques 1 707 CF (50% des CF de CFTR-France) 121 CFTR-RD 304 NBS données cliniques du registre en attente
CFTR-France Les objectifs Les phénotypes Les variants L interprétation Comment faciliter l interprétation des variants? 2 / Recenser les études fonctionnelles publiées Seibert et al. 1996 Sosnay et al. 2013 Van Goor et al. 2014 3 / Caractériser l impact fonctionnel de variations Prédictions bioinformatiques (198 faux-sens) Etudes in vitro Etudes ex vivo => projet collaboratif : analyse fonctionnelle 19 faux-sens (impact sur épissage prédit)
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