Manuel utilisateur HISTO MATCH IVD Version : 11 / 2014 Lire attentivement les instructions figurant dans le manuel d utilisation du ou des système(s) et sur les étiquetages, et/ou dans la notice d utilisation du réactif. Distribué en Belgique, en France et au Luxembourg par : médiane diagnostic Z.A.de la Chaîne 78370 PLAISIR+33 1.30.07.50.60 info@mediane-diag.fr BAG Health Care GmbH Auftragsannahme/Ordering: Customer Service: Amtsgerichtsstraße 1-5 Tel.: +49 (0) 6404 / 925-0 www.bag-healthcare.com Tel.: +49 (0) 6404 / 925-450 Tel.: +49 (0) 6404 / 925-125 35423 Lich / Germany Fax: +49 (0) 6404 / 925-250 info@bag-healthcare.com Fax: +49 (0) 6404 / 925-460 Fax: +49 (0) 6404 / 925-421 verkauf@bag-healthcare.com service@bag-healthcare.com
HISTORIQUE DES VERSIONS Version Date Auteur Correspond à Description 0 / 2010 23/09/2009 John Culkin HISTO MATCH V 0.0.0.16 Version initiale 1 / 2010 19/04/2010 John Culkin 2 / 2010 20/07/2010 Kristin Launhardt 3 / 2011 16/02/2011 Kristin Launhardt 4 / 2011 14/10/2011 Kristin Launhardt 5 / 2011 08/11/2011 Kristin Launhardt 6 / 2013 Kristin Launhardt 7 / 2013 05/06/2013 Kristin Launhardt 8 / 2013 12/07/2013 Kristin Launhardt 9 / 2013 15/11/2013 Kristin Launhardt 10 / 2014 06/01/2014 Kristin Launhardt 11 / 2014 03/02/2014 Kristin Launhardt HISTO MATCH V 0.0.42 HISTO MATCH V 0.0.64 HISTO MATCH V 1.0.x HISTO MATCH V1.2.x HISTO MATCH V1.2.x HISTO MATCH V2.x HISTO MATCH V2.1.x HISTO MATCH V2.2.x HISTO MATCH V2.3.x HISTO MATCH V2.3.6 HISTO MATCH V2.3.7 Mise à jour Mise à jour Mise à jour Mise à jour Corrections pour la V1.2 Mise à jour, dont interprétation SSP, DRB3/4/5, trousse de typage ponctuel Mise à jour, dont interprétation maladie cœliaque Mise à jour, dont choix de la base de données IMGT Mise à jour, dont interprétation maladie cœliaque et modification de l export Score Mise à jour, dont import direct d une liste de travail de MR.SPOT sur l écran de consultation des listes de travail Mise à jour, dont contrôle négatif P age ii
TABLE DES MATIÈRES Historique des versions... ii 1. Introduction... 1 2. Pré-requis... 1 2.1. Matériel... 1 2.2. Plate-forme d exploitation... 1 3. Structure du logiciel HISTO MATCH... 2 3.1. Patients et échantillons... 2 3.2. Listes de travail pour les tests SSO... 2 3.3. Tests SSP... 2 3.4. Trousses, lots et sous-lots pour les tests SSO... 2 3.5. Trousses et lots pour les tests SSP... 2 4. Installation et gestion de la base de données... 3 4.1. Installation du logiciel HISTO MATCH... 3 4.2. Base de données... 3 4.2.1. Mode Instance utilisateur... 3 4.2.2. Mode SQL Server... 3 4.3. Installation initiale de la base de données... 4 4.3.1. Mode Instance utilisateur... 4 4.3.2. Mode SQL Server... 6 4.4. Mise à jour du logiciel HISTO MATCH... 9 4.5. Création d une nouvelle base de données... 10 4.5.1. Mode Instance utilisateur... 10 4.5.2. Mode Serveur... 11 4.5.3. Affichage du nom de la base de données actuelle... 11 5. Démarrer le logiciel HISTO MATCH... 12 6. Paramétrage initial du logiciel... 13 6.1. Ouvrir une session... 13 6.2. Ajouter des utilisateurs et affecter des fonctions... 14 6.3. Changer le mot de passe de l utilisateur... 16 6.4. Importer, afficher et mettre à jour des trousses... 17 6.5. Retrouver des sous-lots... 20 6.6. Trier les sous-lots... 20 P age iii
7. L écran d accueil... 21 7.1. Menu principal... 22 8. Gestion des utilisateurs... 23 8.1. Écran de consultation des utilisateurs... 23 8.2. Ajouter un nouvel utilisateur... 23 8.3. Modifier un utilisateur... 24 8.4. Réinitialiser un mot de passe utilisateur... 24 8.5. Supprimer un utilisateur... 24 8.6. Changer le mot de passe de l utilisateur... 24 9. Gestion des patients... 25 9.1. Retrouver des patients... 26 9.2. Trier les patients... 26 9.3. Ajouter un nouveau patient... 26 9.4. Modifier un patient existant... 30 9.5. Affecter des échantillons existants... 31 9.6. Supprimer des patients... 31 10. Gestion des échantillons... 32 10.1. Retrouver des échantillons... 33 10.2. Trier les échantillons... 33 10.3. Ajouter un nouvel échantillon... 33 10.4. Modifier un échantillon existant... 36 10.5. Importer des échantillons... 37 10.5.1. Format du fichier d import... 37 10.5.2. Importer le fichier texte... 37 10.6. Lien depuis l échantillon jusqu aux résultats... 38 11. Gestion des listes de travail... 39 11.1. Visualisation de la liste de travail et données d historique... 40 11.2. Retrouver une liste de travail... 40 11.3. Trier les listes de travail... 41 11.3.1. Statut de la liste de travail... 41 11.4. Créer une nouvelle liste de travail... 42 11.4.1. ID Liste de travail... 42 P age iv
11.4.2. Tests disponibles... 43 11.4.3. Ajouter des échantillons avec un lecteur de codes-barres... 44 11.4.4. Modifier le plan de plaque... 45 11.4.5. Supprimer des tests de la liste de travail... 46 11.5. Importer une liste de travail initiale... 47 11.6. Modifier une liste de travail existante... 48 11.7. Rapport de préparation de la liste de travail... 48 11.8. Créer une liste de travail pour un Combi-test (typage d urgence)... 49 11.9. Transmettre la liste de travail au processeur MR.SPOT... 52 11.10. Importer une liste de travail traitée... 53 11.10.1. Importer à l aide d une clé USB... 53 11.10.2. Importer via un réseau... 53 11.11. Exporter une liste de travail... 54 12. Processeur Mr.SPOT... 55 12.1. Écran des processeurs... 55 12.1.1. Liste des processeurs... 56 12.1.2. Processeur sélectionné... 56 12.1.3. Messages du processeur... 56 12.2. Ajouter un nouveau processeur... 57 12.3. Supprimer un processeur... 57 12.4. Importer des résultats de MR.SPOT... 57 13. Analyse des images... 58 13.1. Quadrillage automatique... 58 13.2. Quadrillage manuel... 59 13.3. Mesure des spots... 59 13.4. Rotation de l image... 61 13.4.1. Rotation automatique des images... 61 13.4.2 Rotation manuelle des images... 62 14. Écran d analyse des listes de travail... 64 14.1. Barre d outil principale... 64 14.2. Visualisation de la plaque... 65 14.3. Informations sur le test... 66 P age v
14.4. Fonctions d interprétation... 68 14.5. Visualisation des résultats... 69 14.6. Affectation du résultat... 71 14.6.1. Résultats suggérés... 72 14.6.2. Filtres d allèle fréquent... 73 14.6.3. Codes NMDP... 75 14.6.4 Équivalents sérologiques... 75 14.6.5 Affichage des résultats DPB1... 75 14.6.6 Contrôle négatif... 76 14.7. Ignorer manuellement les sondes... 77 14.8. Interactivité entre l écran des résultats et l image du test... 78 14.9. Modifications de seuil... 79 14.10. Afficher la spécificité d une sonde... 80 14.11. Afficher le schéma d allèle... 81 14.12. Afficher la nomenclature... 82 14.13. Approuver et valider les résultats... 83 14.14 Visualiser les sondes... 84 14.15. Visualiser l historique... 84 14.16. Commentaires des résultats... 85 14.17. Interprétation de la trousse HISTO SPOT Coeliac disease... 86 14.17.1 Vue d ensemble de la trousse Coeliac disease... 86 14.17.2 Affichage DQB1 / DQA1... 87 15. interprétation des tests HISTO TYPE SSP... 88 15.1. Importer une trousse de typage... 89 15.2. Définir le patient, l échantillon et le test... 89 15.3. Interpréter des tests HISTO TYPE SSP... 91 15.4. Informations sur le test... 93 15.5. Boutons pour l interprétation... 93 15.6 Visualisation des résultats... 94 15.7. Résultats suggérés... 96 15.8. Filtres d allèle fréquent, codes NMDP et équivalents sérologiques... 96 15.9. Afficher le schéma d allèle... 97 P age vi
15.10. Historique et commentaires... 97 15.11. Interprétation de la trousse HISTO TYPE Coeliac Disease... 98 15.11.1 Vue d ensemble de la trousse Coeliac disease... 98 15.11.2 Affichage DRB1 / DQB1 / DQA1... 99 16. Rapports de typage... 101 16.1. Rapport compact... 102 16.2. Rapport de liste de travail... 103 16.3. Rapport de patient ou d échantillon... 104 17. Paramétrage... 105 P age vii
1. INTRODUCTION Ce document décrit les instructions pour l installation et l utilisation de l application HISTO MATCH. Ce logiciel, nommé HISTO MATCH, est conçu pour interpréter et gérer les résultats de typage HLA obtenus avec le système HISTO SPOT SSO et les trousses HISTO TYPE SSP. 2. PRE-REQUIS 2.1. Matériel L application peut fonctionner sur la plupart des micro-ordinateurs modernes, cependant la configuration minimale recommandée est la suivante. 2 Go de RAM Résolution de l écran 1280 x 1024 Processeur multi-cœur de 2 GHz Suffisamment d espace disponible sur le disque dur pour la base de données (une liste de travail de 96 tests avec les résultats et les images associés occupe un espace de 15 Mo dans la base de données) 2.2. Plate-forme d exploitation L application HISTO MATCH utilise l outil Microsoft.NET Framework v4.0. Les systèmes d exploitation Microsoft (32 et 64 bits) qui prennent en charge cet outil sont les suivants. Windows XP Windows Vista Windows 7 Windows 8 (requiert SQL Server 2012 Express) L application utilise un serveur de base de données SQL pour stocker les données, les résultats et les images. L application Microsoft SQL Server 2008 Express est fournie à cet effet. Elle est suffisante pour une installation locale ou en réseau avec un maximum de 10 postes clients. Pour des quantités plus importantes d utilisateurs ou si les besoins de stockage de données risquent de dépasser la limite des 4 Go, il est nécessaire d utiliser une version complète de SQL Server. L application peut utiliser le réseau local pour communiquer avec le(s) processeur(s) MR.SPOT. P age 1
3. STRUCTURE DU LOGICIEL HISTO MATCH 3.1. Patients et échantillons L application HISTO MATCH enregistre les informations sur les échantillons et éventuellement les informations sur le patient associé à l échantillon. 3.2. Listes de travail pour les tests SSO Pour réaliser une analyse sur un échantillon, un test doit être créé et ajouté à une liste de travail, c est-à-dire un ensemble de tests à traiter ensemble sur le processeur MR.SPOT. Chaque liste de travail peut comporter n importe quelle association de tests dans la gamme des produits HISTO SPOT SSO. 3.3. Tests SSP Pour effectuer une analyse SSP, créez un échantillon et ajoutez un test avec le lot utilisé. Doublecliquez sur le test pour ouvrir l écran d interprétation. Consultez le chapitre 15. Interprétation des tests HISTO TYPE SSP pour obtenir des informations détaillées. 3.4. Trousses, lots et sous-lots pour les tests SSO Un ensemble de trousses HISTO SPOT SSO est enregistré dans la base de données. Pour chaque trousse et lot de cupules réactionnelles plusieurs sous-lots peuvent être gérés. Trousse : p. ex. HISTO SPOT A, définit le locus analysé. Lot : p. ex. A084, A085, définit la spécificité des sondes dudit lot et leurs positions sur les biopuces contenues dans les cupules réactionnelles. Chaque lot peut être utilisé pour plusieurs productions de cupules (sous-lots). Sous-lot : p. ex. A085-1, A085-2, A085-3, définit comment chaque sonde réagit par rapport aux sondes de contrôle (valeur seuil) et définit leurs dates de fabrication et de péremption. Certaines sondes individuelles peuvent être inactivées dans certains sous-lots au sein d un même lot. Cette information est indiquée sur le CD spécifique fourni avec les trousses (tableaux de correspondance fichier Excel). Pour créer un test à analyser, seul le nom de la trousse est nécessaire. L information sur le souslot est déduite du code-barres des cupules réactionnelles lors du chargement du processeur. 3.5. Trousses et lots pour les tests SSP Un ensemble de trousses HISTO TYPE SSP est enregistré dans la base de données. Pour chaque trousse plusieurs lots peuvent être gérés. Trousse : p. ex. HISTO TYPE A low, définit le locus testé. Lot : p. ex. 145A1, 146A2, définit un lot de production avec un ensemble donné d amorces. P age 2
4. INSTALLATION ET GESTION DE LA BASE DE DONNÉES 4.1. Installation du logiciel HISTO MATCH Le logiciel HISTO MATCH est fourni sur un CD. Pour installer l application, insérez le CD dans le lecteur du micro-ordinateur. Le logiciel d installation doit démarrer automatiquement. Dans le cas contraire, parcourez le lecteur de CD et exécutez le programme setup.exe pour démarrer le logiciel d installation. Il n est pas nécessaire de procéder à une configuration préalable. Tous les pré-requis (.NET Framework et SQL Server) seront installés automatiquement. 4.2. Base de données Le logiciel HISTO MATCH utilise le serveur de base de données SQL Server. La version SQL server Express 2008 R2 est fournie avec l installation. La taille de la base de données est limitée à 10 Go avec la version Express 2008 R2. Le serveur peut être configuré pour fonctionner en mode «Instance utilisateur» ou en mode «Serveur». La base de données peut se trouver n importe où sur votre micro-ordinateur, mais le dossier doit être accessible à tous les utilisateurs. Les versions antérieures de logiciel HISTO MATCH utilisaient le dossier «C:\ExpediteDatabase». 4.2.1. Mode Instance utilisateur Dans ce mode, la configuration et l utilisation de la base de données sont simples et les ressources requises par le micro-ordinateur sont réduites quand le logiciel HISTO MATCH ne fonctionne pas. Par contre, le temps d initialisation du logiciel HISTO MATCH est légèrement plus long. Comme les fichiers de base de données ne sont pas utilisés quand le logiciel HISTO MATCH ne fonctionne pas, la sauvegarde s effectue simplement par la copie des fichiers de base de données. 4.2.2. Mode SQL Server Ce mode permet de partager la base de données sur un réseau, et comme le programme fonctionne comme un serveur, la base de données est disponible en permanence, même lorsque le logiciel HISTO MATCH ne fonctionne pas. L utilisation de ce mode permet un démarrage plus rapide de la base de données mais nécessite davantage de ressources. P age 3
4.3. Installation initiale de la base de données Lorsque le logiciel HISTO MATCH est lancé pour la première fois, la fenêtre Outils de la base de données (Database Tools) s ouvre. Vous devez alors décider le mode à utiliser, Instance utilisateur (User Instance) ou SQL Server. Le mode par défaut des versions de logiciel HISTO MATCH antérieures à la version 2 est le mode Instance utilisateur. 4.3.1. Mode Instance utilisateur Cliquez sur le bouton Ouvrir (Open) pour sélectionner une base de données HISTO MATCH existante. Choisissez cette option si vous avez déjà une base de données que vous souhaitez utiliser. Sélectionnez dans ce cas le fichier dans la fenêtre d ouverture de fichier. Cliquez sur le bouton Nouveau (New) pour créer une nouvelle base de données. Choisissez un emplacement et un nom de fichier (n utilisez pas le caractère d espace dans le nom du fichier). Ne choisissez pas un fichier existant pour le remplacer car cela conduit à une erreur. Vérifiez que tous les utilisateurs ont accès au dossier que vous choisissez. P age 4
La base de données est créée. Après avoir créé ou sélectionné un fichier de base de données, les outils Instance utilisateur (User Instance) s affichent. Cliquez sur la coche verte pour sélectionner la base de données actuelle et revenir au logiciel HISTO MATCH. P age 5
Les options disponibles sont les suivantes : Nouveau (New) Crée un nouveau fichier de base de données Mettre à niveau (Upgrade) Sélectionner (Select) Met à niveau une base de données de version 1.0 ou 1.1 en version 1.2 (HISTO MATCH V2.1) Sélectionne un fichier existant de base de données Déconnecter (Disconnect) Déconnecte le mode Instance utilisateur et revient à la fenêtre initiale Outils de la base de données (Database Tools). 4.3.2. Mode SQL Server Sélectionnez un serveur dans la liste déroulante. Si la liste est vide, cliquez sur le bouton Rafraîchir (Refresh) pour trouver les serveurs SQL disponibles sur le réseau local ceci peut nécessiter plusieurs minutes. Vous pouvez également, le cas échéant, saisir manuellement un nom de serveur. Sélectionnez la méthode d authentification (en fonction de la configuration du serveur), et le nom d utilisateur et le mot de passe si nécessaire. Cliquez sur le bouton pour essayer de vous connecter. P age 6
Si la connexion aboutit, l outil tente de trouver les bases de données HISTO MATCH sur le serveur. Les bases de données sont affichées dans une liste et plusieurs options sont disponibles. Rafraîchir (Refresh) : actualise la liste des bases de données du serveur. Nouveau (New) : crée une nouvelle base de données. Vous devrez saisir un nom unique de base de données et saisir un nouveau nom de fichier. Utilisez le bouton Parcourir (Browse) pour sélectionner le dossier. Vérifiez que le fichier est créé sur un emplacement accessible à tous les utilisateurs. P age 7
Mettre à niveau (Upgrade) : cette option est active si la base de données sélectionnée est une base en version 1.0 ou 1.1 qui peut être mise à niveau en version 1.2 (HISTO MATCH 2.1). Associer (Attach) : associe une base de données existante au serveur. Dissocier (Detach) : dissocie la base de données sélectionnée du serveur, le fichier peut ensuite être associé à un autre serveur. Supprimer (Delete) : supprime la base de données du serveur et tout fichier associé du système de fichier. Sauvegarder (Backup) : crée une sauvegarde de la base de données sélectionnée. Déconnecter (Disconnect) : se déconnecte du serveur et revient à la fenêtre initiale Outils de la base de données (Database Tools). Sélectionne la base de données «sélectionnée» à utiliser avec le logiciel HISTO MATCH et revient au logiciel HISTO MATCH. Cette option est uniquement disponible si une base de données de version 1.1 est sélectionnée dans la liste. P age 8
4.4. Mise à jour du logiciel HISTO MATCH Vous devez effectuer une sauvegarde de votre base de données existante avant d effectuer cette mise à niveau. Consultez le mode d emploi de la version précédente pour obtenir des instructions. Installez le logiciel HISTO MATCH à l aide du CD-ROM fourni. Il n est pas nécessaire de désinstaller la version précédente, les données actuelles ne seront pas détruites. Lorsque le logiciel HISTO MATCH est lancé pour la première fois après une mise à niveau, vous parviendrez directement à la fenêtre des outils de base de données et la base de données actuelle sera sélectionnée. Instance utilisateur Mode serveur Dans les deux cas, vous devez mettre à niveau la base de données avant de pouvoir continuer. Cette procédure mettra à niveau la base de données et préservera vos données existantes. Il s agit d une procédure à un seul sens qui ne peut pas être annulée une fois terminée. P age 9
4.5. Création d une nouvelle base de données Si votre base de données se remplit et se rapproche de la limite de 10 Go, vous pouvez créer une nouvelle base de données vide. Au démarrage du logiciel HISTO MATCH, maintenez la touche Ctrl du clavier enfoncée avant l affichage de la fenêtre d initialisation HISTO MATCH. La boite de dialogue suivante s ouvre. Choisissez l option Sélectionner base de données (Select Database). Selon votre configuration, vous accédez à la fenêtre Instance utilisateur (User Instance) ou à la fenêtre SQL Server. 4.5.1. Mode Instance utilisateur Cliquez sur le bouton Nouveau (New). Dans la boite de dialogue Enregistrer (Save), sélectionnez un nouvel emplacement et un nom (n utilisez pas le caractère d espace) pour le fichier de base de données. Une nouvelle base de données «vide» est créée. Vos données existantes, utilisateurs, trousses, données d installation et paramètres, sont copiées dans la nouvelle base de données. Cliquez sur HISTO MATCH. pour sélectionner la nouvelle base de données et poursuivez en lançant le logiciel P age 10
4.5.2. Mode Serveur Cliquez sur le bouton Nouveau (New). Saisissez un nom unique de base de données, le champ de texte est encadré en rouge si le nom de la base de données n est pas unique ou si le champ est vide. Dans la boite de dialogue d enregistrement du fichier, sélectionnez un emplacement et un nom pour le nouveau fichier. Une nouvelle base de données «vide» est créée. Vos données existantes, utilisateurs, trousses, données d installation et paramètres, sont copiées dans la nouvelle base de données. Cliquez sur pour sélectionner la nouvelle base de données et poursuivez en lançant le logiciel HISTO MATCH. 4.5.3. Affichage du nom de la base de données actuelle Cliquez sur le numéro de la version HISTO MATCH dans le coin en haut à droite pour afficher le nom de la base de données en cours d utilisation. P age 11
5. DEMARRER LE LOGICIEL HISTO MATCH L installation de l application crée un raccourci sur le bureau de votre station de travail et dans le menu Démarrer de Windows. Double-cliquez sur l un des raccourcis pour lancer l application. Au démarrage, l application tente de se connecter à la base de données locale. Une fenêtre d'initialisation indique l évolution du processus. P age 12
6. PARAMETRAGE INITIAL DU LOGICIEL 6.1. Ouvrir une session L application est fournie avec un utilisateur administrateur par défaut. Connectez-vous avec le nom d utilisateur Admin et le mot de passe Password123. Appuyez sur la touche Entrée (Enter) ou cliquez sur Connexion (Sign in). À ce niveau, l utilisateur administrateur peut uniquement accéder à la fonction de modification des utilisateurs de l application. P age 13
6.2. Ajouter des utilisateurs et affecter des fonctions L application définit 3 fonctions. Utilisateur : peut réaliser les tâches les plus fréquentes, ajouter des échantillons et des listes de travail, analyser les résultats et affecter les allèles. Superviseur : peut biologiquement valider un résultat. Administrateur : peut administrer le logiciel et les utilisateurs. Chacune des fonctions nécessaires doit être affectée à un utilisateur donné. Par exemple, un superviseur aura des fonctions d utilisateur et de superviseur. 1. Cliquez sur le bouton Utilisateurs (Users). 2. L écran affiche la liste des utilisateurs configurés. 3. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add). 4. Saisissez les détails concernant l utilisateur. Le champ Nom utilisateur (User Name) correspond à l identifiant unique de connexion de l utilisateur. P age 14
5. Fonctions (Roles) : cochez les cases correspondantes dans la liste déroulante. 6. Cliquez sur le bouton OK pour enregistrer ou sur le bouton Annuler (Cancel) pour annuler l ajout de l utilisateur. 7. Le nouvel utilisateur est affiché dans la liste des utilisateurs. 8. Fermez la session actuelle en cliquant sur le bouton Déconnexion (Log Off). 9. Vous pouvez maintenant ouvrir une session pour le nouvel utilisateur. Tous les nouveaux utilisateurs ont par défaut le mot de passe Password123. P age 15
6.3. Changer le mot de passe de l utilisateur 1. Ouvrez une session avec votre nom d utilisateur et votre mot de passe actuel. 2. Cliquez sur le bouton Paramétrage (Setup). 3. Saisissez votre mot de passe actuel, le nouveau mot de passe et confirmez votre nouveau mot de passe. 4. Cliquez sur le bouton OK pour enregistrer les modifications. 5. Cliquez sur le bouton Enregistrer les modifications (Save Changes) pour revenir à l écran d accueil. P age 16
6.4. Importer, afficher et mettre à jour des trousses Les différentes trousses avec leur lot et les sous-lots sont transmis sous forme de fichiers XML. Un seul fichier peut comporter plusieurs trousses, lots et sous-lots. Chaque fichier contient les informations qui définissent la disposition et les intensités des sondes utilisées pour pouvoir interpréter les images et proposer des résultats. 1. Ouvrez une session. 2. Cliquez sur le bouton Trousses (Kits). Au départ, aucune trousse n est installée. Les fonctions suivantes sont disponibles. Importer un nouveau sous-lot de cupules réactionnelles Afficher le tableau de correspondance du sous-lot sélectionné Afficher les seuils du sous-lot sélectionné Générer le tableau de correspondance d une ancienne base de données IMGT (antérieure à la version 3.0) Afficher/masquer les sous-lots périmés P age 17
Mettre à jour tous les sous-lots avec la dernière base de données d allèles utilisée 3. Cliquez sur le bouton Importer (Import). 4. Dans la boîte de dialogue, sélectionnez un ou plusieurs fichiers XML de trousse à importer puis cliquez sur le bouton Ouvrir (Open). 5. L application charge les fichiers et vous en présente le contenu. 6. Cliquez sur Enregistrer (Save) pour sauvegarder les résultats dans la base de données ou sur Annuler (Cancel) annuler l import. pour 7. Une fois qu elles sont importées, les trousses (sous-lots de cupules réactionnelles) peuvent être visualisées sur l écran de consultation. Les bases de données disponibles pour chaque sous-lot sont répertoriées pour chaque sous-lot. Elles sont surlignées en jaune quand la base de données la plus récente est utilisée ou en rouge si une base de données plus ancienne est utilisée. Il est possible de modifier la base de données en cliquant sur le numéro de version. Tous les sous- lots appartenant à un même lot seront modifiés (p. ex. : B048-1 en B048-4). P age 18
Les trousses SSO et SSP se distinguent par leur icône. Trousse HISTO SPOT SSO standard Trousse HISTO SPOT SSO combi-test Trousse HISTO SPOT Coeliac Disease Trousse HISTO TYPE SSP Cliquez sur les icônes d affichage dans le coin en haut à droite de l écran des trousses pour passer d un affichage sous forme de liste à un affichage sous forme de symboles. Cet affichage présente tous les lots disponibles. Cliquez sur un symbole pour afficher tous les souslots disponibles pour ce lot donné. P age 19
6.5. Retrouver des sous-lots Vous pouvez rechercher des sous-lots à l aide de la barre de recherche. Saisissez le critère de recherche dans la barre de recherche et appuyez sur la touche Entrée ou cliquez sur le bouton. Les sous-lots peuvent être recherchés par nom, numéro de sous-lot, numéro de lot ou locus. Les sous-lots correspondant au critère s affichent dans la liste en-dessous. 6.6. Trier les sous-lots Vous pouvez trier la liste des sous-lots en cliquant sur le champ Trier par (Sort by) dans la liste. Vous pouvez inverser l ordre de tri en cliquant de nouveau sur le même champ. P age 20
7. L ECRAN D ACCUEIL L écran d accueil est le point de démarrage du logiciel. Il est accessible la plupart du temps en cliquant sur le bouton Accueil (Home) du menu principal. Les principales fonctions sur l écran d accueil sont les suivantes. Rechercher (Search) : donne accès à l écran de recherche Nouvelle liste de travail HISTO SPOT (New HISTO SPOT Worklist) : crée une nouvelle liste de travail Liste de travail Combi-test (Combistrip Worklist) : crée une nouvelle liste de travail pour la trousse de typage d Urgence HISTO SPOT On-Call Typing Importer liste de travail (Import Worklist) : importe une liste de travail initiale au format.csv ou provenant d un processeur MR.SPOT Nouvel échantillon (New sample) : crée un nouvel échantillon P age 21
7.1. Menu principal Le menu principal est accessible de la plupart des écrans du logiciel. La disponibilité des options dépend de la fonction de l utilisateur connecté. Le menu donne accès aux fonctions suivantes. Accueil (Home) Patients (Patients) Échantillons (Samples) Listes de travail (Worklists) Trousses (Kits) Utilisateurs (Users) Processeurs (Processors) Paramétrage (Setup) Déconnexion (Log Off) Revient à l écran d accueil. Ouvre l écran de consultation des patients. Ouvre l écran de consultation des échantillons. Ouvre l écran de consultation des listes de travail. Ouvre l écran de consultation des trousses. Ouvre l écran de consultation des utilisateurs. Ouvre l écran du système MR.SPOT. Donne accès aux options de paramétrage. Ferme la session de l utilisateur courant. P age 22
8. GESTION DES UTILISATEURS Le système a besoin d utilisateurs enregistrés avec un nom d utilisateur et un mot de passe uniques. Au moins une des 3 fonctions définies dans le système doit également être affectée aux utilisateurs. 8.1. Écran de consultation des utilisateurs À l ouverture de cet écran, tous les utilisateurs sont visibles. 8.2. Ajouter un nouvel utilisateur 1. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add). 2. Renseignez les champs de la boîte de dialogue Modifier utilisateur (Edit user). Nom utilisateur (User Name) : identifiant de connexion unique pour l utilisateur Fonctions (Roles) : à choisir parmi les options Utilisateur, Superviseur, Administrateur Activé (Enabled) : si la case n est pas cochée, l utilisateur ne peut pas ouvrir de session Commentaires (Comments) : commentaires concernant l utilisateur 3. Cliquez sur le bouton OK ou Annuler (Cancel). 4. Le nouvel utilisateur sera affiché sur l écran de consultation des utilisateurs. P age 23
8.3. Modifier un utilisateur Il est possible de modifier un utilisateur existant. La modification consiste à changer les fonctions de l utilisateur, activer ou désactiver l utilisateur ou ajouter des commentaires. Pour modifier un utilisateur, procédez de la manière suivante. 1. Sélectionnez l utilisateur dans la liste et cliquez sur le bouton Modifier (Edit). 2. Le nom de l utilisateur est en lecture seule et ne peut pas être modifié. Les autres paramètres peuvent être modifiés. 3. Cliquez sur OK pour enregistrer ou sur Annuler (Cancel) pour annuler les modifications. Remarque : l utilisateur administrateur ne peut pas être modifié. 8.4. Réinitialiser un mot de passe utilisateur Si un utilisateur a oublié son mot de passe, celui-ci peut être réinitialisé par un autre utilisateur qui dispose de la fonction d administrateur. 1. Sélectionnez l utilisateur dans la liste. 2. Cliquez sur le bouton Réinitialiser (Reset). 3. Le mot de passe de l utilisateur reprend la valeur par défaut Password123. 4. L utilisateur modifiera son mot de passe lors de sa prochaine ouverture de session. 8.5. Supprimer un utilisateur Il n est pas possible de supprimer un utilisateur. Celui-ci peut être seulement désactivé par la fonction de modification de l utilisateur. 8.6. Changer le mot de passe de l utilisateur L utilisateur connecté peut modifier son mot de passe en cliquant sur le bouton Paramétrage (Setup) dans le menu principal. La première page des options de paramétrage permet à l utilisateur de modifier son mot de passe. Les mots de passe sont sensibles à la casse, par exemple «Passe» n est pas identique à «passe». Les champs Nouveau (New Password) et Confirmer (Confirm Password) doivent être identiques pour éviter les erreurs pendant la modification du mot de passe. Cliquez sur le bouton OK pour modifier le mot de passe. P age 24
9. GESTION DES PATIENTS La saisie des patients n est pas obligatoire dans le logiciel HISTO MATCH. Il n est pas indispensable d utiliser les patients pour regrouper les échantillons ou les tests à analyser, mais cela peut être utile. Cliquez sur le bouton Patients (Patients) dans le menu principal pour afficher l écran des patients. À l ouverture de cet écran, tous les patients présents dans le système sont affichés. Crée un nouveau patient. Modifie le patient sélectionné. Supprime le patient sélectionné. Crée le rapport du patient sélectionné. P age 25
9.1. Retrouver des patients Vous pouvez rechercher des patients à l aide de la barre de recherche. Saisissez le critère dans la barre de recherche et appuyez sur la touche Entrée ou cliquez sur le bouton. Les patients peuvent être recherchés par leur nom ou leur identifiant. Ceux qui correspondent au critère sont affichés dans la liste. 9.2. Trier les patients Il est possible de trier la liste des patients en cliquant sur la liste déroulante Trier par (Sort by). Pour inverser l ordre de tri, cliquez de nouveau sur le même champ. 9.3. Ajouter un nouveau patient Les patients peuvent être importés d un fichier texte contenant les informations sur l échantillon. Consultez le paragraphe 10. Gestion des échantillons pour de plus amples détails. La méthode décrite ici permet d ajouter un seul patient avec plusieurs échantillons et tests. 1. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add). 2. L écran de modification de patient s affiche. Outil de développement du patient Outil de développement de l échantillon 3. Cliquez sur l outil de développement du patient pour visualiser les informations sur le patient. Un clic sur l outil affiche les informations et permet de modifier les champs. Un nouveau clic les masque. P age 26
ID Patient (Patient ID) : identifiant unique du patient. Obligatoire. Nom (Name) : nom et prénom du patient (ex. : Jean Dupont). Né le (DoB) : saisissez la date de la naissance dans le champ ou cliquez sur le calendrier et sélectionnez une date. Adresse (Address) : pour ajouter une adresse au patient, utilisez les boutons Ajouter/Modifier/Supprimer (Add/Edit/Delete). 4. Cliquez sur l outil d affichage de l échantillon pour ajouter un échantillon. Un clic sur l outil affiche les champs. Un nouveau clic les masque. 5. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add) pour ajouter un nouvel échantillon. Une fenêtre d ajout d échantillon s ouvre avec une ID d échantillon identique à l ID du patient (modifiable). Dans cette fenêtre, vous pouvez ajouter des tests HISTO SPOT ou HISTO TYPE. Vous pouvez ajouter autant de tests que vous le souhaitez. Vous pouvez également supprimer un test en le sélectionnant et en cliquant sur le bouton Supprimer (Delete). Une fois terminé, cliquez sur le bouton Enregistrer (Save). P age 27
6. Cliquez sur l outil de développement des échantillons pour saisir les informations sur l échantillon. ID Échantillon (Sample ID) : identifiant unique obligatoire pour l échantillon. Reçu le (Date Received) : par défaut la date du jour, mais peut être modifiée. Extraction (Extraction) : champ pour saisir le procédé utilisé pour isoler l ADN. Commentaires (Comments) : utilisez le bouton Ajouter (Add) pour saisir des nouveaux commentaires. P age 28
7. Le nouvel échantillon est répertorié dans la liste des échantillons du patient. En dehors des tests qui ont été sélectionnés, vous pouvez modifier l échantillon en cliquant sur le bouton Modifier (Edit) ou en double-cliquant sur l échantillon dans la liste. 8. Cliquez sur le bouton Enregistrer (Save) pour enregistrer les informations sur le patient et l échantillon dans la base de données ou cliquez sur le bouton Fermer (Close) pour annuler les modifications. P age 29
9.4. Modifier un patient existant Pour modifier un patient existant dans la base de données, procédez de la manière suivante. 1. Retrouvez le patient à modifier à l aide des fonctions de recherche et de tri. 2. Cliquez sur le bouton Modifier (Edit) ou double-cliquez sur le patient dans la liste. 3. L écran de modification de patient s affiche. 4. Tous les champs peuvent être modifiés. Des échantillons et des tests peuvent être ajoutés de la même manière que pour un nouveau patient. Pendant qu un patient est ajouté ou modifié, il est possible de naviguer dans d autres parties du logiciel, en utilisant le menu principal au bas de l écran. Ceci permet de modifier plusieurs patients ou des patients et d autres éléments en même temps. Les patients en cours de modification sont affichés dans la liste Patients ouverts (Open Patients) sur l écran de consultation des patients. Pour revenir au patient en cours de modification, double-cliquez sur le patient dans la liste. P age 30
9.5. Affecter des échantillons existants Si vous ajoutez ou modifiez un patient, vous pouvez lui affecter des échantillons existants dans la base de données. 1. Sélectionnez le patient à modifier, cliquez sur le bouton Modifier (Edit) ou doublecliquez sur le patient. 2. Cliquez sur le bouton Sélectionner (Select). 3. Sélectionnez l échantillon dans la liste (seuls les échantillons sans patient sont affichés). 4. Cliquez sur OK. 5. L échantillon sélectionné est affecté au patient. 9.6. Supprimer des patients Il est possible de supprimer un patient dans l application en le sélectionnant sur l écran de consultation des patients et en cliquant sur le bouton Supprimer (Delete). Cliquez sur Oui (Yes) pour confirmer la suppression de ce patient sélectionné. Tous les échantillons et les tests associés seront supprimés. La suppression du patient n est pas possible si certains de ses tests sont présents sur une liste de travail. Seuls les utilisateurs ayant la fonction de superviseur peuvent supprimer des patients. P age 31
10. GESTION DES ECHANTILLONS Le logiciel HISTO MATCH utilise le terme échantillons pour représenter les échantillons physiques. De la même manière que les échantillons physiques, plusieurs tests peuvent être réalisés sur un échantillon donné. Contrairement aux échantillons physiques, ils n ont pas besoin d être rattachés à un patient. Cliquez sur le bouton Échantillons (Samples) dans le menu principal pour afficher l écran de consultation des échantillons. Par défaut, l écran est vide à la première ouverture. Ajouter (Add) Modifier (Edit) Supprimer (Delete) Importer (Import) Crée un nouvel échantillon Modifie l échantillon sélectionné Supprime l échantillon sélectionné Importe des échantillons à partir d un fichier Rapport (Report) Crée un rapport pour l échantillon sélectionné P age 32
10.1. Retrouver des échantillons Utilisez la barre Rechercher (Search) pour localiser des échantillons. Saisissez le critère dans la barre de recherche et appuyez sur la touche Entrée ou cliquez sur le bouton. Les échantillons peuvent être recherchés par leur identifiant ou par le nom du patient. Les échantillons qui correspondent au critère sont affichés dans la liste. 10.2. Trier les échantillons Il est possible de trier la liste des échantillons en cliquant sur un critère dans la liste déroulante Trier par (Sort by). Pour inverser l ordre de tri, cliquez de nouveau sur le même critère dans la liste. 10.3. Ajouter un nouvel échantillon Les échantillons peuvent être importés à partir d un fichier texte (voir ci-dessous) ou ajoutés individuellement selon la description suivante. 1. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add) de l écran de consultation des échantillons. La saisie d un identifiant d échantillon est obligatoire avant l ajout des tests. P age 33
2. Cliquez sur l outil de développement des échantillons pour modifier les informations sur l échantillon. ID Échantillon (Sample ID) : il s agit de l identifiant unique de l échantillon. Vous ne pouvez pas cliquer sur le bouton Enregistrer (Save) sans avoir saisi d ID. Reçu le (Date Received) : par défaut la date du jour, peut être modifiée. Extraction : champ pour saisir le procédé d extraction de l ADN. Commentaires (Comments) : utilisez le bouton Ajouter (Add) pour saisir des nouveaux commentaires. 3. Cliquez sur l outil de développement des tests pour ajouter des tests à l échantillon. P age 34
4. Cliquez sur l outil de développement du patient pour visualiser des informations supplémentaires sur le patient. Les informations sur le patient peuvent être saisies à l aide de l écran de consultation des patients. 5. Cliquez sur Enregistrer (Save) pour sauvegarder les modifications ou sur Fermer (Close) pour annuler. P age 35
10.4. Modifier un échantillon existant 1. Localisez l échantillon à modifier à l aide des fonctions de recherche et de tri sur l écran de consultation des échantillons. 2. Cliquez sur le bouton Modifier (Edit) ou double-cliquez sur l échantillon dans la liste. 3. L écran de modification de l échantillon s ouvre. Tous les champs peuvent être modifiés. 4. L identifiant de l échantillon peut être modifié par un superviseur, mais il doit être renseigné. 5. Si l identifiant de l échantillon existe déjà, un message d erreur s affiche. N.B.: pendant qu un échantillon est ajouté ou modifié, il est possible de naviguer dans d autres parties du logiciel, en utilisant le menu principal au bas de l écran. Ceci permet de modifier plusieurs échantillons ou des échantillons et d autres éléments en même temps. Les échantillons en cours de modification sont affichés dans la liste Échantillons ouverts (Open Samples) sur l écran de consultation des échantillons. Pour revenir à l échantillon en cours de modification, doublecliquez sur l échantillon dans la liste. P age 36
10.5. Importer des échantillons Pour ajouter rapidement des patients, des échantillons et des tests, importez les données dans un fichier texte. 10.5.1. Format du fichier d import Le fichier texte doit comporter une liste d enregistrements dont chacun doit avoir l un des deux formats suivants. 1) ID Patient Prénom Nom Date de naissance ID Échantillon Locus 2) ID Échantillon Locus Les champs doivent être séparés par une tabulation ou une virgule. ID Patient : il s agit de l identifiant unique du patient. Prénom et nom : nom du patient Date de naissance : date de naissance du patient (doit correspondre au format local de date). ID Échantillon : identifiant unique de l échantillon. Locus : locus HLA à tester (p. ex. A, HLA A, HLA-A ou B, C, DRB1, DRB345, DQB1, DPB1 ou COE pour la maladie cœliaque) L identifiant du patient doit être unique. Si l identifiant existe déjà dans la base de données, les champs du nom et de la date de naissance sont comparés. S ils sont identiques, le nouvel enregistrement est ajouté au patient, sinon une erreur s affiche. L identifiant de l échantillon doit être unique. Si l identifiant existe déjà dans la base de données, le nouveau test sera ajouté à l échantillon existant dans la base de données. 10.5.2. Importer le fichier texte 1. Sur l écran de consultation des échantillons, cliquez sur le bouton Importer (Import). 2. Sélectionnez le fichier texte à importer. 3. Les échantillons importés s affichent dans la liste. Le fichier texte peut également être importé directement de l écran «Créer une liste de travail» (voir chapitre 11.4. Créer une nouvelle liste de travail). Il est également possible d importer des listes de travail avec des positions définies pour les échantillons et les tests (voir chapitre 11.5. Importer une liste de travail initiale). P age 37
10.6. Lien depuis l échantillon jusqu aux résultats Un lien relie directement l écran de consultation des échantillons et des tests et celui des résultats détaillés d un test. Dans l écran de consultation des échantillons, ouvrez le sous-écran des tests. Puis surlignez le test à visualiser et double-cliquez dessus ou appuyez sur le bouton vert Interpréter (Interpret). L écran d interprétation de ce test s ouvre (pour de plus amples détails sur l interprétation, voir chapitre 14. Écran d'analyse des listes de travail). P age 38
11. GESTION DES LISTES DE TRAVAIL Le logiciel HISTO MATCH rassemble les tests à réaliser dans une liste de travail pouvant comporter un maximum de 96 tests organisés sous forme de 96 puits. Cliquez sur le bouton Liste de travail (Worklist) dans le menu principal pour afficher l écran de consultation des listes de travail. L écran affiche toutes les listes de travail de la base de données. Ajouter (Add) Importer (Import) Rapport (Report) Exporter (Export) Modifier (Edit) Supprimer (Delete) Analyser (Analyze) Envoyer (Send) Ajoute une nouvelle liste de travail. Importe une liste de travail. Crée un rapport pour la liste de travail sélectionnée. Exporte la liste de travail sélectionnée. Modifie le plan de plaque de la liste de travail sélectionnée. Supprime la liste de travail sélectionnée. Analyse la liste de travail sélectionnée. Envoie la liste de travail sélectionnée à MR.SPOT. P age 39
11.1. Visualisation de la liste de travail et données d historique Cliquez sur la flèche de la liste de travail surlignée pour afficher une vue détaillée du plan de plaque. La flèche Voir journal (View Log) ouvre les données d historique de la liste de travail, avec un graphe des températures pendant le test. 11.2. Retrouver une liste de travail Utilisez la barre de recherche pour retrouver une liste de travail. P age 40
Saisissez le critère dans la barre de recherche et appuyez sur la touche Entrée ou cliquez sur le bouton. Les listes peuvent être recherchées par leur identifiant. Les listes de travail qui correspondent au critère sont affichées dans la liste. 11.3. Trier les listes de travail Il est possible de trier les listes de travail en cliquant sur un critère dans la liste déroulante Trier par (Sort by). Pour inverser l ordre de tri, cliquez de nouveau sur le même critère. 11.3.1. Statut de la liste de travail Les listes de travail ont un statut selon leur position dans le flux de travail. Le statut peut prendre les valeurs suivantes. Initial (Initial) : la liste de travail a été créée. Des tests peuvent avoir été ajoutés. Exportée (Exported) : la liste de travail est en cours d analyse sur le processeur MR.SPOT. Importée (Imported) : les données d analyse et les photos ont été importées du processeur MR.SPOT. Quadrillée (Gridded) : les images ont été analysées et un quadrillage a été réalisé sur les images, pour identifier la position des sondes. En cours d analyse (Analysing) : les types HLA des tests de la liste de travail sont en cours d affectation. Analysée (Analyzed) : les types HLA ont été affectés aux tests de la liste de travail et sont prêts à être validés. La coche blanche technicien. La coche bleue La coche orange indique que certains tests ont déjà été analysés et validés par un indique que tous les tests ont déjà été analysés et validés par un technicien. indique que certains tests ont déjà été validés par un biologiste. Terminée (Complete) : la coche verte indique que tout a été validés biologiquement. P age 41
11.4. Créer une nouvelle liste de travail Les listes de travail peuvent être créées en cliquant sur le bouton Ajouter (Add) sur l écran de consultation des listes de travail. L écran de modification de la liste de travail s affiche. 11.4.1. ID Liste de travail Il s agit de l identifiant de la liste de travail. L identifiant par défaut est créé automatiquement par le logiciel HISTO MATCH. Il peut être modifié selon le besoin. L identifiant de liste de travail est unique. Ajoutez des commentaires en développant le champ Commentaires (Comments) et en cliquant sur le bouton Ajouter (Add). P age 42
11.4.2. Tests disponibles Cette partie affiche les tests prêts à être insérés dans la liste de travail. Le bouton Nouveau (New) ouvre la boîte de dialogue Ajouter un nouvel échantillon et ajoute les tests créés à la liste. Le bouton Importer (Import) exécute la fonction Importer des échantillons. Les échantillons sont alors ajoutés à la liste des tests disponibles. Cliquez sur le bouton pour supprimer le test sans question supplémentaire et cliquez sur le bouton pour ouvrir la fenêtre de modification de l échantillon et ajouter ou supprimer des tests. Vous pouvez choisir d ajouter directement les nouveaux échantillons ou les échantillons importés au plan de la liste de travail en cochant la case Ajouter automatiquement les échantillons importés (Automatically Add Imported Samples) dans le coin en bas à gauche de l écran. P age 43
11.4.3. Ajouter des échantillons avec un lecteur de codes-barres Quand l écran de création d une nouvelle liste de travail est ouvert, vous pouvez ajouter des échantillons à l aide d un lecteur de codes-barres. Pour ceci, laissez cet écran ouvert et scannez le code-barres. La fenêtre des nouveaux échantillons s ouvre et l ID de l échantillon s ajoute automatiquement. Vous pouvez maintenant ajouter les tests que vous souhaitez effectuer. P age 44
11.4.4. Modifier le plan de plaque Cette partie affiche le plan de plaque pour la liste de travail. Les puits vides sont affichés en noir. Les puits colorés correspondent aux tests. Il existe plusieurs méthodes pour ajouter des tests au plan de plaque. Double-clic. En double-cliquant sur un test, celui-ci s ajoute au premier puits disponible. Le logiciel HISTO MATCH regroupe les tests d un même locus sur la même barrette. Glisser-déposer. Un ou plusieurs tests sélectionnés dans la liste de test peuvent être déplacés vers un emplacement vide de la plaque. Les tests sont ajoutés à la suite sur les emplacements qui suivent le lieu de dépose. Cette méthode permet la création de barrettes avec plusieurs locus. Il est également possible de déplacer les tests sur la plaque, en faisant glisser un test vers un emplacement vide. Ajout de locus. Cliquez sur le bouton près du nom du locus pour ajouter tous les tests disponibles pour le locus donné. Les tests seront ajoutés aux barrettes du même locus. P age 45
11.4.5. Supprimer des tests de la liste de travail Pour supprimer des tests du plan de plaque, sélectionnez le test sur la plaque en cliquant dessus. La zone Sélection (Selected Test) est activée. Cette partie peut être développée pour afficher davantage d informations sur le test sélectionné. Cliquez sur le bouton Retirer (Remove) pour enlever le test de la liste de travail. Les tests enlevés de la liste de travail sont affichés dans la liste des tests disponibles. Il est également possible de retirer des tests de la plaque en glissant-déposant les tests vers la liste des tests disponibles. Cliquez sur Enregistrer (Save) pour sauvegarder les modifications sur la liste de travail et pour ouvrir l écran Envoyer la liste de travail au système (voir chapitre 11.9 Transmettre la liste de travail au système) ou sur Annuler (Cancel) pour annuler toutes les modifications et fermer l écran. Pendant la modification de la liste de travail, il est possible de passer à un autre écran, en sélectionnant l une des fonctions disponibles sur le menu principal. Pour y revenir, affichez l écran de consultation des listes de travail. Toutes les listes de travail ouvertes sont affichées dans la partie Listes de travail ouvertes (Open Worklist). Double-cliquez sur un élément de la liste pour revenir à l écran de modification. P age 46
11.5. Importer une liste de travail initiale Une méthode rapide de création de listes de travail consiste à importer des listes de travail à partir d un fichier texte (.csv). Le fichier texte doit comporter une liste d enregistrements dont chacun doit avoir l un des deux formats suivants. 1) ID Patient Prénom Nom Date de naissance ID Échantillon Locus 2) ID Échantillon Locus Les champs doivent être séparés par une tabulation ou une virgule. Utilisez le caractère «#» pour les puits vides. Vous pouvez saisir des commentaires qui ne seront pas importés en commençant la ligne par les signes «//». Le nom du fichier correspondra au nom de la liste de travail dans HISTO MATCH. Un fichier modèle au format Excel est proposé et peut être téléchargé sur le serveur HISTO SPOT (http://service.bag-healthcare.com/). Il transforme une feuille de calcul Excel en format.csv correct. Les paramètres d accès sont disponibles auprès de BAG Health Care GmbH ou de votre représentant local. ID Patient : il s agit de l identifiant unique du patient. Prénom et nom : nom du patient. Date de naissance : date de naissance du patient (doit correspondre au format local de date). ID échantillon : l identifiant unique de l échantillon. Locus : le locus HLA pour lequel ajouter un test (par ex., A, HLA-A, HLA-A, B, C, DRB1, DRB345, DQB1, DPB1 ou COE). Le fichier texte peut être importé à l aide du bouton Importer (Import) sur l écran d accueil ou du bouton Importer (Import) sur l écran de consultation des listes de travail. Sélectionnez Liste de travail CSV (CSV Worklist) dans la liste déroulante Fichier (File) et sélectionnez le fichier de la liste de travail. Une fois l import terminé, l écran de modification de la liste de travail s affiche. P age 47
11.6. Modifier une liste de travail existante Les listes de travail peuvent être modifiées seulement jusqu à ce qu elles soient exportées, c est-àdire tant que leur statut est Initial (Initial). Quand le statut passe à Exportée (Exported), la liste de travail ne peut plus être modifiée, sauf par un utilisateur disposant de la fonction d administrateur. Pour modifier une liste de travail existante, localisez-la à l aide des fonctions de recherche et de tri sur l écran de consultation des listes de travail, puis sélectionnez-la et cliquez sur le bouton Modifier (Edit) ou double-cliquez dessus. 11.7. Rapport de préparation de la liste de travail Il existe plusieurs types de rapport, selon les préférences paramétrées par l utilisateur et le statut de la liste de travail. Statut Initial (Initial) ou Exportée (Exported) : le logiciel HISTO MATCH prépare un Rapport de préparation de la liste de travail (Worklist Setup Report). Celui-ci affiche l emplacement de chaque test dans la liste de travail avec un code couleur selon le locus. P age 48
11.8. Créer une liste de travail pour un Combi-test (typage d urgence) Sur l écran d accueil, cliquez sur le bouton Liste de travail Combi-test (Combistrip Worklist). P age 49
1. Définissez l ID liste de travail (Worklist ID). L identifiant par défaut est créé automatiquement par HISTO MATCH et peut être modifié selon les besoins. L identifiant de liste de travail est unique. 2. Sélectionnez un patient en utilisant la fonction Rechercher (Search) (a), ou créez un nouveau patient (b). a. Placez le curseur dans le champ de recherche et appuyez sur la touche Entrée (Enter) ou cliquez sur le bouton de recherche pour afficher tous les patients disponibles. Vous pouvez également saisir un critère de recherche dans ce champ pour rechercher un patient spécifique. Double-cliquez sur le patient sélectionné ou glissez-déposez le patient pour l ajouter à la liste de travail. Les patients peuvent être retirés en les sélectionnant sur le plan de plaque et en cliquant sur le bouton Supprimer (Delete) dans le coin en haut à droite. La création de patients dans le menu de gestion des patients est décrite au chapitre 9. Gestion des patients. b. Cliquez sur le bouton Nouveau (Nouveau) dans le coin en haut à droite. Saisissez les données du patient et cliquez sur le bouton Enregistrer. Le nouveau patient est ajouté automatiquement à la liste de travail. P age 50
3. Enregistrez la liste de travail en cliquant sur le bouton Enregistrer en-dessous du plan de plaque. Vous devez ensuite transmettre la liste de travail soit directement au système, soit en l enregistrant dans un fichier avant de la transférer par une clé USB (voir chapitre 11.9 Transmettre la liste de travail au système). Cliquez sur le bouton Démarrer (Start). Le logiciel vous propose d imprimer un rapport de préparation de liste de travail. Cliquez sur Oui (Yes). P age 51
11.9. Transmettre la liste de travail au processeur MR.SPOT Quand une liste de travail est créée, une fois que tous les tests ont été ajoutés, elle peut être envoyée au processeur MR.SPOT pour être traitée. La liste de travail peut être transmise au MR.SPOT directement par un réseau local ou à l aide d une clé USB. L écran d envoi de la liste de travail s ouvre lorsque la liste de travail est enregistrée une fois qu elle a été créée ou modifiée. Pour ne pas envoyer la liste de travail, il suffit de refermer cet écran. 1. Pour envoyer une liste de travail à partir de l écran de consultation des listes de travail, localisez la liste de travail à envoyer à l aide des fonctions de recherche et de tri. Seules les listes de travail avec un statut Initial peuvent être transmises. 2. Cliquez sur le bouton Envoyer (Send). 3. Dans la boîte de dialogue qui s affiche, sélectionnez Enregistrer dans un fichier (Save to file) ou sélectionnez le processeur (un processeur le cas échéant) MR.SPOT dans la liste, puis cliquez sur Démarrer (Start). 3a. Enregistrer dans un fichier (Save to file) i. Choisissez l emplacement pour enregistrer le fichier. ii. iii. iv. Copiez le fichier sur une clé USB. Insérez la clé USB sur le port USB du processeur MR.SPOT. Sur le processeur MR.SPOT, sélectionnez Liste de travail (Worklist). v. Cliquez sur Importer (Import). vi. La liste de travail est maintenant prête à être traitée. 3b. Sélection du processeur MR.SPOT i. Sélectionnez un processeur MR.SPOT dans la liste. ii. iii. Cliquez sur le bouton Démarrer (Start). La liste de travail sera disponible sur le MR.SPOT sélectionné. 4. Une fois l envoi terminé, un message vous proposera d imprimer le plan de la liste de travail. Répondez par Oui ou par Non. 5. Le statut de la liste de travail devient Exportée (Exported). P age 52
11.10. Importer une liste de travail traitée 11.10.1. Importer à l aide d une clé USB Une fois qu une liste de travail a été traitée sur le processeur MR.SPOT, elle doit être importée avec les images des puits. Cette opération peut être réalisée à l aide d une clé USB. 1. Sur le processeur MR.SPOT, exportez la liste de travail sur la clé USB. 2. Le fichier de la liste de travail est sauvegardé sur la clé, avec un sous-dossier contenant les images des puits. 3. Insérez la clé USB dans le PC équipé du logiciel HISTO MATCH. 4. Sur l écran d accueil, cliquez sur Importer (Import) ou cliquez sur le bouton Importer (Import) dans l écran de consultation des listes de travail. 5. Sélectionnez le fichier XML de liste de travail et cliquez sur OK. 6. La liste de travail est importée et les images sont enregistrées dans la base de données. 7. Le logiciel HISTO MATCH réalise automatiquement le quadrillage des images, l interprétation des résultats et ouvre l écran d analyse de la liste de travail pour examiner les résultats. 11.10.2. Importer via un réseau Une liste de travail traitée peut être importée directement au travers du réseau à l aide de la fonction Importer la liste de travail (Import Worklist) sur l écran du PC équipé du logiciel HISTO MATCH (voir chapitre 12.4. Importer des résultats de MR.SPOT ) ou à partir de l écran de consultation des listes de travail. Une icône MR.SPOT sur une ligne de l écran de consultation des listes de travail indique que la liste de travail est en cours de traitement ; une icône clignotante indique que la liste de travail est prête à être importée. Cliquez sur l icône pour importer la liste de travail directement sans devoir passer par l écran du système. P age 53
11.11. Exporter une liste de travail La fonction d export est disponible pour les listes de travail analysées. Quatre formats d export sont possibles. Export au format texte Les résultats des tests sont enregistrés dans un fichier texte. Le format est le suivant : Position liste de travail / ID échantillon Résultat Basse Rés. Résultat Haute Rés. pour chaque test de la liste de travail. Export au format CSV Le résultat est également sous forme d un fichier texte, les résultats du test sont ceux affectés du par l utilisateur ainsi que le code NMDP. Export technique complet Le fichier de liste de travail (.xml) est exporté avec des informations sur l analyse et le dossier des images de puits. Export SCORE Les résultats interprétés sont exportés vers un fichier pouvant être importé dans une version complète du logiciel SCORE. Il est possible d exporter une liste de travail complète ou des tests unitaires. Pour cela, il est nécessaire de disposer des fichiers de typage SCORE des lots de vrac utilisés. Ceux-ci peuvent être téléchargés sur le serveur HISTO SPOT. Ce format peut être utile pour associer des résultats de typage obtenus par plusieurs techniques différentes. Veuillez noter que le logiciel SCORE ne peut pas interpréter les résultats obtenus avec le système HISTO SPOT. P age 54
12. PROCESSEUR MR.SPOT 12.1. Écran des processeurs Cliquez sur le bouton Processeurs (Processors) dans le menu principal pour afficher l écran des processeurs. Cet écran est constitué de trois parties. P age 55
12.1.1. Liste des processeurs Cette partie affiche la liste des processeurs actuellement installés et permet d ajouter et de supprimer des processeurs. 12.1.2. Processeur sélectionné Cette partie affiche le processeur sélectionné dans la liste. Elle permet de reconnecter le processeur au réseau ou au poste de validation, d importer une liste de travail d un processeur travail. et de supprimer une liste de Pour se reconnecter au processeur, cliquez sur le bouton Reconnecter (Reconnect). 12.1.3. Messages du processeur Cette partie affiche une liste de messages provenant de tous les processeurs interconnectés (par défaut u seul). P age 56
12.2. Ajouter un nouveau processeur Ce chapitre décrit la procédure pour ajouter un processeur connecté au réseau local. 1. Dans la liste des processeurs, cliquez sur le bouton Ajouter (Add). 2. Dans le champ Serveur (Server), saisissez le nom du réseau ou l adresse IP du processeur. Par défaut, le nom du réseau utilisé est Mr-Spot. 3. Le champ Port doit garder la valeur de 8001. 4. Cliquez sur OK. 5. Le logiciel tente de se connecter au processeur. S il y parvient, le processeur est ajouté à la liste. Dans le cas contraire, vous aurez quand même la possibilité de l ajouter à la liste. 12.3. Supprimer un processeur Sélectionnez dans la liste le processeur à supprimer, puis cliquez sur le bouton Supprimer (Delete). Le processeur sera retiré de la liste. Vous ne recevrez plus de messages en provenance de ce processeur particulier. 12.4. Importer des résultats de MR.SPOT Dans la partie du processeur sélectionné, choisissez la liste de travail que vous souhaitez importer et cliquez sur le bouton Importer (Import). La liste de travail est importée dans le logiciel HISTO MATCH et les images sont transférées dans la base de données. Vous pouvez à présent sélectionner la liste de travail sur l écran de consultation des listes de travail et réaliser l analyse et l interprétation des images. P age 57
13. ANALYSE DES IMAGES Le logiciel HISTO MATCH analyse automatiquement les images de puits dès qu une liste de travail est importée. L analyse se déroule en deux étapes. Le quadrillage, où la taille et la position de la grille sont identifiées, et la mesure des spots où chaque spot est mesuré et où des valeurs d intensité et de bruit de fond individuels par spot sont affectées. 13.1. Quadrillage automatique Quand une liste de travail est importée, les images sont analysées automatiquement. Cet écran présente la progression du quadrillage, avec le quadrillage et la mesure de chaque puits. Un puits rouge indique le puits en cours d analyse, un puits bleu indique une analyse terminée. Il faut environ 3 secondes pour analyser chaque puits. Une fois l analyse terminée, l écran se ferme et l interprétation des données commence. Le quadrillage peut être interrompu en cliquant sur le bouton Annuler (Cancel). Cependant, le quadrillage du puits en cours se terminera avant la fermeture de l écran. Le quadrillage automatique peut être lancé à tout moment par la fonction Tout quadriller (Grid All) sur l écran d analyse des listes de travail. P age 58
13.2. Quadrillage manuel Le quadrillage peut être réalisé de manière manuelle, à l aide de la fonction Voir biopuce (View Array) sur l écran d analyse des listes de travail. Le quadrillage peut être ajusté à l aide des poignées de déplacement blanches. Chaque spot est affecté à une région dans la grille et le pointillé correspond au contour de l image. Le cercle vert représente le spot détecté. Il peut être agrandi ou rétréci selon la taille du spot. Le cercle vert peut être déplacé avec la souris, mais il doit toujours être contenu dans la zone pointillée. 13.3. Mesure des spots La valeur de chaque spot est mesurée et le bruit de fond mesuré autour du même spot est soustrait. La valeur des sondes sur plusieurs spots est moyennée. P age 59
Les sondes positives sont indiquées par un fond rouge dans la liste et par un cercle rouge sur l image. Les sondes négatives sont indiquées par un fond blanc dans la liste et par un cercle bleu sur l image. Les sondes de contrôle sont indiquées en vert. Les sondes ignorées pendant l interprétation sont indiquées en noir avec un cercle gris sur l image. Les sondes inactives dans un sous-lot ont un cercle blanc sur l image mais ne sont pas identifiées dans la liste des sondes. Le spot sélectionné dans la liste est surligné sur l image. Le bouton Quadriller (Grid) valeurs. refait le quadrillage de l image, trouve les spots et mesure les Le bouton Mesurer spot (Measure Spot) tente de trouver un spot et mesure sa valeur. Le bouton Rotation image (Image Rotation) chapitre 13.4. Rotation de l image). réalise une rotation manuelle de l image (voir Le bouton affiche l image sans la grille. P age 60
13.4. Rotation de l image Quand des tests uniques sont réalisés sur le processeur MR.SPOT, les puits tournent sur le support de plaque réactionnelle. L image ne peut donc pas être reconnue par le logiciel sans corriger son orientation. 13.4.1. Rotation automatique des images Par défaut la fonction de rotation automatique est désactivée, c est-à-dire que le logiciel essaie de réaliser le quadrillage sans rotation. Ce paramètre doit être conservé si seules des barrettes entières sont utilisées, car parfois le logiciel fait tourner des images qui n en ont pas besoin. Pour les Combi-tests, la fonction de rotation automatique est activée automatiquement. Si le paramètre est activé, le logiciel tente de trouver un angle de rotation pendant l étape de quadrillage automatique (directement après l import). Il fait tourner l image et réalise le quadrillage. La fonction de rotation automatique peut être activée sur l écran Paramétrage (Setup). 1. Cliquez sur le bouton Paramétrage (Setup) dans le menu principal. 2. Cliquez sur Analyse d image (Image Analysis). 3. Cochez la case Rotation automatique des images (Auto Rotate Images). P age 61
13.4.2 Rotation manuelle des images Les images peuvent être pivotées manuellement sur l écran Voir biopuce (View Array). Ceci peut être nécessaire si la fonction de rotation automatique est désactivée ou n est pas parvenue à corriger l orientation. 1. Cliquez sur le bouton Voir biopuce (View array) sur l écran d analyse de la liste de travail. 2. Cliquez sur le bouton Rotation image (Image Rotation) sur l écran Voir biopuce (View Array). Curseur 3. Cet écran affiche les résultats de détection de rotation les mieux adaptés. Choisissez l image avec la bonne orientation. Les spots doivent être alignés en lignes horizontales et verticales. Les spots marqueurs n ont pas besoin d avoir la bonne orientation. Si la bonne orientation n est pas proposée dans la liste, le curseur de la première image permet une rotation manuelle de l image. P age 62
Le déplacement du curseur vers le haut fait tourner l image. Un ajustement minutieux de la rotation peut être assuré en cliquant sur le bouton gauche de la souris sur la ligne au dessus (+) ou en dessous (-) du curseur. Chaque clic fait tourner l image de 1 degré dans la direction choisie. Cliquez sur le centre de l image pivotée pour la transférer vers l interprétation. Le logiciel quadrille automatiquement de nouveau l image. Fermez la fenêtre et interprétez de nouveau le test. P age 63
14. ÉCRAN D ANALYSE DES LISTES DE TRAVAIL 14.1. Barre d outil principale Voir plaque (View plate) alterne avec Voir liste (View list) Tout quadriller (Grid All) Tout interpréter (Interpret All) Boutons de navigation Alterne le type de visualisation de la liste de travail. Quadrille automatiquement tous les tests non quadrillés Interprète tous les tests ou interprète les tests non typés. Test Précédent/Suivant/ Test suivant sans résultat P age 64
14.2. Visualisation de la plaque Cette partie affiche le statut de chaque test dans la plaque par un code couleur. Vert Typage fréquent sans ambiguïté Violet Haplotypes fréquents ou résultat rare Jaune Résultat ambigu, fréquent ou rare (affichage non utilisé pour le locus DPB1) Rouge Pas de résultat calculé Gris Échec des sondes de contrôle Une coche dans un puits indique que le résultat correspondant a été validé. Parcourez chaque test en cliquant sur son puits. La couleur du fond de chaque test indique le locus. La visualisation peut au besoin alterner avec une liste. Dans ce cas, le résultat de basse résolution de chaque test est affiché à côté de l emplacement du test et de l indicateur du statut. P age 65
14.3. Informations sur le test Informations sur le patient et l échantillon pour le test actuellement sélectionné. Cliquez sur la flèche de développement pour afficher tous les résultats de typage de cet échantillon. Informations sur la trousse et le lot de vrac du test actuellement sélectionné. Il est possible de sélectionner d autres tableaux de correspondance, le cas échéant, en cliquant sur la flèche de développement. Résultats suggérés/validés du test. Cette partie affiche les résultats par groupe de 2 digits, le nom développé de l allèle peut être affiché en développant le groupe. En cas d utilisation de filtres seuls les allèles filtrés sont affichés dans cette partie (voir chapitre 14.6.2 Filtre d allèle fréquent). Quand le groupe est affiché, les différent allèles sont visualisés. Les allèles fréquents sont affichés en gras. Le bouton retire ce résultat du tableau des résultats suggérés. Si les sondes de contrôle sont très faibles, un avertissement s affiche. Il est possible d essayer d interpréter quand même en cliquant sur le bouton Interpréter (Interpret). Ce message s affichera également dans le cas d un contrôle de contamination sans ADN. P age 66
Cliquez sur la flèche dans le coin en haut à droite du champ de résultats pour masquer les détails comme les codes NMDP ou les équivalents sérologiques. P age 67
14.4. Fonctions d interprétation Interpréter (Interpret) Maximum de sondes à ignorer (Max. number of probes to ignore) Maximum de MM autorisées (Max. number of mismatches allowed) Voir biopuce (View Array) Supprimer (Delete) Réalise l interprétation des résultats en cours. Nombre maximum de sondes qui seront ignorées lors de la recherche d un résultat fréquent. La valeur par défaut est de 10. Elle peut être modifiée dans le menu Paramétrage Interprétation (Setup Interpretation). Tous les résultats présentant le nombre maximum de discordances indiqué dans ce champ seront affichés. La valeur par défaut est de 1. Elle peut être modifiée dans le menu Paramétrage Interprétation (Setup Interpretation). Affiche l image et le quadrillage associé, permet à l utilisateur de modifier la grille. Supprime les résultats du test sélectionné. Approuver (Approve) Approbation technique par un utilisateur Valider (Authorize) Valide/annule la validation du résultat sélectionné (superviseur). P age 68
14.5. Visualisation des résultats Cette partie présente les résultats de l interprétation. L écran par défaut affiche les résultats possibles sur 2 digits, avec le nombre de discordances conduisant au résultat. Les sondes sont classées selon l écart de leur intensité par rapport au seuil. Les sondes les plus à gauche sont les plus positives, celles les plus à droite sont les plus négatives. Les sondes surlignées en vert sont les sondes de contrôle. Les résultats avec aucune discordance (MM) et comprenant une association de deux allèles fréquents sont surlignées en vert. Le nombre entre parenthèses après le résultat sur 2 digits indique le nombre de chaines d allèles possibles présentes sur cette ligne. Cliquez sur l outil de développement dans la première colonne du tableau pour afficher le groupe de 2 digits et tous les allèles correspondant à ce groupe. Déplacez la souris au-dessus des noms d allèle pour afficher les allèles dans une info-bulle. Si un groupe d allèles contient des discordances (MM), celles-ci sont surlignées dans la grille en faux-positif (point rouge) ou faux-négatif (point bleu). P age 69
La colonne MM (MM) indique le nombre de discordances. La colonne Rang (Rank) indique l écart entre la sonde discordante et le seuil. Des nombres plus faibles indiquent des discordances avec des sondes réagissant faiblement. Dans la ligne (p. ex. ici verte) le résultat potentiel affiché est le meilleur du groupe, regroupé sur 2 digits. La colonne CWD (CWD) indique le nombre d haplotypes fréquents dans le résultat potentiel. Les valeurs peuvent être 0, 1 ou 2. Dans la ligne (p. ex. ici verte) le résultat potentiel affiché est le meilleur du groupe regroupé sur 2 digits. Un allèle fréquent est affiché en gras. Cliquez sur le bouton en haut de chaque colonne pour trier les résultats selon le paramètre sélectionné (Groupe/Allèle (Group/Allele), MM (MM), Rang (Rank) ou CWD (CWD). Cliquez une deuxième fois pour inverser l ordre de tri. Modifiez la taille du tableau de résultats en appuyant sur la touche Ctrl et en tournant en même temps la molette de la souris. Les sondes éventuellement ignorées par le logiciel sont affichées en gris dans l histogramme. P age 70
14.6. Affectation du résultat Le logiciel HISTO MATCH interprète les résultats en utilisant les valeurs obtenues pour chaque sonde sur l image, et fait correspondre celles-ci aux schémas définis dans le tableau de correspondance. Si un résultat CWD x 2 potentiel n est pas obtenu d emblée, le logiciel exclut, pour guider l interprétation, la sonde la plus proche de sa valeur seuil et réinterprète. Ce processus est répété jusqu à l obtention d un résultat CWD x 2 ou jusqu à ce qu il atteigne le nombre maximum de sondes à ignorer (en accord avec le paramétrage du logiciel). Les sondes ignorées sont affichées en gris au centre du tableau des sondes. Les résultats sans MM (discordances) et comprenant une association de deux allèles fréquents sont surlignés en vert. Ceux avec un seul MM (discordance) et comprenant deux allèles fréquents sont surlignés en rouge. P age 71
14.6.1. Résultats suggérés Tous les résultats à 0 MM (discordances) sont automatiquement ajoutés dans la partie Résultat suggéré (Suggested Result). Les résultats sont affichés par groupes de 2 digits avec les allèles regroupés en-dessous. Les groupes à 2 digits ambigus sont affichés avec plus d un groupe, le titre de la partie reflète cette ambiguïté. Il est possible de retirer (annuler dans les possibilités) certains résultats individuels en cliquant sur le bouton, soit dans la partie des résultats suggérés soit sur l écran principal des résultats. Si le résultat comporte seulement 1 allèle fréquent, il sera affiché en Haplotype fréquent (Common Haplotype) au-dessus du résultat suggéré, et s il n en contient aucun, il sera affiché en Résultat rare suggéré (Suggested Rare Result). Il est possible d ajouter ou de retirer des résultats sur l écran principal des résultats (dans la partie des résultats suggérés) en utilisant les boutons et. Les boutons bleus peuvent également être utilisés au niveau du groupe pour ajouter ou retirer le groupe en entier. Mais seuls les résultats entièrement appariés peuvent être utilisés. P age 72
14.6.2. Filtres d allèle fréquent Dans le champ des résultats suggérés, il est possible de choisir différents affichages (notion de filtre), p. ex. Tous (All) les résultats ou uniquement des allèles CWD (CWD) ou autres. Tous (All) : résultats selon la description du paragraphe 14.6.1. Résultats suggérés 4D (4D) : résultats selon une liste d allèles fréquents basée sur les données de population du site www.allelefrequencies.net. La liste comporte les allèles dont la fréquence est 0,5 % dans une population avec une taille d échantillon 1 000. Avec ce filtre (allèles de cette liste), les résultats sont en général typés sans ambiguïté à un niveau de 4 digits avec les trousses HISTO SPOT 4D. CWD (CWD) : résultats selon la liste CWD (catalogue 1) de l ASHI Cano P. et al., Common and Well-Documented HLA alleles, Human Immunology 68, 392 417 (2007) Site (User): liste d allèles fréquents définie par l utilisateur (populations particulières etc.). L utilisation de ces filtres modifie les résultats de la manière suivante : le champ des résultats indique uniquement les associations de deux allèles fréquents comme résultat de haute résolution. Une liste d allèles rares ne pouvant pas être exclus est présentée en dessous de ce champ. Aussi le code NMDP affecté et l équivalent sérologique correspondant se rapportent uniquement aux allèles fréquents. P age 73
Vous pouvez choisir votre filtre par défaut qui sera utilisé lors des interprétations sous Paramétrage (Setup). Ce même écran permet de vérifier les listes des allèles fréquents et de modifier la liste définie par l utilisateur (filtre Site). Des allèles peuvent être ajoutés et supprimés manuellement de la liste définie par l utilisateur en utilisant le champ Allèle (Allele) et les boutons Ajouter (Add) dd) et Supprimer (Delete) et il est également possible de charger une liste complète à partir d un fichier texte à l aide du bouton. Vo. Vous pouvez également copier des allèles à partir des menus 4D ou CWD (CWD) et les coller dans la liste définie par l utilisateur à l aide des touches de contrôle habituelles de Windows : Ctrl+A = Sélectionner tout ; Ctrl + C = Copier ; Ctrl + V = Coller. P age 74
14.6.3. Codes NMDP Le code NMDP possible est définitivement affecté selon toutes les combinaisons possibles d allèle si l affichage des résultats sélectionné est Tous (All). Si le filtre CWD (CWD) est activé, un code NMDP affecté est calculé uniquement selon ces allèles fréquents (CWD). Après être revenu à la sélection Tous (All), la modification peut être annulée en cliquant sur le bouton Actualiser (Refresh). Pour visualiser les allèles codés dans un code NMDP, déplacez la souris au-dessus du champ de résultat. Les codes NMDP sont à mettre à jour régulièrement. Les fichiers les plus récents sont disponibles à l adresse http://bioinformatics.nmdp.org/hla/allele_codes/allele_codes.aspx. Il est également possible de s abonner à une liste de diffusion pour recevoir automatiquement les mises à jour. Le fichier «numer.v3.txt» doit être copié dans le dossier HISTO MATCH du lecteur C:\, en général le chemin est C:\program files\bag Healthcare\HISTO MATCH. 14.6.4 Équivalents sérologiques Les équivalents sérologiques sont calculés sur la base de tous les allèles possibles, si l affichage des résultats sélectionné est Tous (All). Si un filtre d allèle est utilisé (CWD, 4D ), les équivalents sérologiques sont calculés uniquement par rapport aux allèles fréquents possibles. Après être revenu à la sélection Tous (All), la modification peut être annulée en cliquant sur le bouton Rafraîchir (Refresh). 14.6.5 Affichage des résultats DPB1 Les ambiguïtés à deux digits (un champ) du locus DPB1 ne sont pas affichées sous forme de points jaunes. En effet, ce concept n aurait pas de sens en raison de la dénomination des allèles DPB1, car la plupart des «groupes d allèles» à 2 digits contenant uniquement un ou deux allèles. Par conséquent, tous les résultats avec 2 allèles fréquents sont indiqués par des points verts. P age 75
14.6.6 Contrôle négatif La trousse de typage d urgence HISTO SPOT On-Call Typing (RÉF 726070) contient actuellement un contrôle négatif. Elle contient également des sondes de contrôle positif pour le HLA-A (exon 2 et 3), le HLA-B (exon 2 et 3) et une sonde positive pour l exon 2 du HLA-DRB1 et le HLA-DQB1. Le contrôle négatif est en échec quand l intensité des spots de contrôle positif est supérieure à 1,5 fois le bruit de fond. P age 76
14.7. Ignorer manuellement les sondes Il est possible d ignorer manuellement une sonde en cliquant avec le bouton droit de la souris sur la barre de la sonde et en modifiant le statut du paramètre Utilisé (In use) avec un clic du bouton gauche. La case à cocher peut prendre les valeurs suivantes. Non cochée Cochée Grisée La sonde est exclue de l analyse. La sonde est obligatoirement utilisée dans l analyse. La sonde est utilisée ou exclue de manière automatique par le logiciel. Après intervention sur des sondes réinterprétez les résultats pour visualiser les modifications. P age 77
14.8. Interactivité entre l écran des résultats et l image du test Ouvrez l écran de la matrice pour visualiser l image du test traité et le statut de chaque sonde. La sonde surlignée dans le tableau des résultats (encadrée en orange) est également surlignée sur l écran de l image. La couleur des cercles indique le statut de la sonde. Vert : sonde de contrôle Bleu : sonde négative Rouge : sonde positive Noir : sonde ignorée Blanc : sonde inactive (non fonctionnelle) Le passage au test suivant sur l écran des résultats fait également passer à l image correspondante. Il peut donc être utile de laisser la fenêtre ouverte pendant toute l étape d interprétation. P age 78
La taille du tableau de résultats et celle de l image de la matrice peuvent être modifiées en appuyant sur la touche Ctrl et en tournant en même temps la molette de la souris. 14.9. Modifications de seuil Il est possible de modifier le seuil de chaque sonde, et d affecter la nouvelle valeur de seuil au test en cours ou à tous les tests de la liste de travail, ou d utiliser la nouvelle valeur seuil pour toutes les futures utilisations de la sonde dans un même sous-lot. Pour ajuster le seuil, cliquez sur la barre de la sonde avec le bouton droit de la souris et cliquez sur Seuil (Cut-off). L écran présente l intensité de la sonde à chaque position de la liste de travail. Faites glisser le curseur pour modifier le seuil. Il existe plusieurs options pour modifier le seuil. Annuler (Cancel) : annule toutes les modifications de seuil sur cet écran. Appliquer (Apply) : applique la modification de seuil à ce test. Appliquer à la liste de travail (Apply to Worklist) : applique la modification à tous les tests utilisant ce sous-lot dans la liste de travail. Appliquer au sous-lot (Apply To Batch) : applique la modification à tous les futurs tests utilisant ce sous-lot. Les modifications de seuil pour les sous-lots peuvent uniquement être réalisées par le superviseur et nécessitent la saisie d un commentaire. Restaurer valeurs par défaut (Reset To Default) : réinitialise le seuil à la valeur fournie par le fabricant. P age 79
Toutes les modifications de seuil sont tracées dans l historique. 14.10. Afficher la spécificité d une sonde Pour afficher la spécificité d une sonde sur l écran d interprétation, cliquez sur sa barre avec le bouton droit de la souris. Sélectionnez la spécificité de la sonde. Une fenêtre s ouvre et contient la liste des allèles qui réagissent avec la sonde. P age 80
14.11. Afficher le schéma d allèle Pendant l interprétation, il peut être utile de visualiser le schéma de réaction de certains allèles ou combinaisons d allèles. Commencez à saisir dans le champ vide d allèle une partie de l allèle que vous souhaiteriez voir. Vous pouvez ensuite choisir un allèle dans la liste ou le saisir complètement. Sélectionnez la combinaison d allèles pour laquelle vous souhaitez visualiser le schéma de réaction. Les sondes positives sont indiquées par une barre noire pour l allèle concerné, les sondes indéterminées restent grises. Les sondes négatives ont une barre grise et ne sont pas affectées à un allèle. Cliquez sur le symbole d histogramme en-dessous des champs d allèle pour restreindre la liste affichée aux allèles fréquents. Le contenu de la liste dépend du dernier filtre utilisé pour le test en cours, 4D (4D), CWD (CWD) ou Site (User). Par défaut, le filtre 4D et l affichage Tous (All) sont utilisés. P age 81
14.12. Afficher la nomenclature Le logiciel HISTO MATCH peut utiliser soit la nomenclature IMGT V3 soit la version IMGT initiale pour l affichage des résultats. Selon le choix la même nomenclature est utilisée pour l affichage sur les écrans visualisation du Résultat suggéré et Liste principale de résultats. P age 82
14.13. Approuver et valider les résultats Le logiciel permet un processus d approbation à deux niveaux. Quand un résultat a été analysé, il peut d abord être validé par un utilisateur ayant une fonction d utilisateur (généralement un technicien) en cliquant sur le bouton Valider tech. (Approval). Chaque test techniquement validé est indiqué par une coche blanche. Une validation technique n est pas obligatoire. Il est possible de directement passer à la validation biologique. Ensuite, les résultats peuvent être validés par un utilisateur ayant une fonction de superviseur, en cliquant le bouton Valider biolo. (Authorize). Le résultat en question est à présent validé et le logiciel passe directement au test suivant. Les tests validés biologiquement sont repérés par une coche noire sur le plan de plaque et dans la liste. Pour annuler une validation cliquez de nouveau sur le bouton Valider biolo. (Authorize) du test. Les résultats validés sont figés et ne peuvent pas être modifiés, sauf si un utilisateur ayant une fonction de superviseur annule la validation. Liste de travail validée techniquement Liste de travail validée biologiquement Le statut de l autorisation est indiqué sur l écran de consultation des listes de travail (voir chapitre 11.3.1 Statut de la liste de travail). P age 83
14.14 Visualiser les sondes Cliquez sur le bouton Sondes (Probes) pour afficher le tableau de consultation des sondes. Celui-ci comporte les informations sur l intensité de la sonde, le contrôle utilisé et les informations de seuil. Déplacez la souris sur le graphe de signal pour afficher l équation utilisée pour calculer la valeur de la sonde. Les deux dernières lignes indiquent l exon sur lequel se situe la sonde ainsi que le site de fixation de la sonde. 14.15. Visualiser l historique Cet écran affiche toutes les modifications réalisées par l utilisateur sur le test, notamment les modifications de quadrillage. P age 84
14.16. Commentaires des résultats Cet écran permet d ajouter des commentaires concernant le résultat. Cliquez sur le bouton Ajouter (Add) pour ajouter un commentaire. Si la case «Post-it» (Sticky) est cochée, une étiquette avec la date s affiche pour indiquer qu un commentaire a été ajouté. Celui-ci sera également visible sur l écran des résultats. P age 85
14.17. Interprétation de la trousse HISTO SPOT Coeliac disease 14.17.1 Vue d ensemble de la trousse Coeliac disease La trousse de typage des allèles associés à la maladie cœliaque regroupe un test DQB1 et un test DQA1 dans un seul puits. Par conséquent, l affichage du résultat est légèrement différent de celui des trousses à un seul locus. Par ailleurs, l écran affiche les résultats dans le contexte de la maladie cœliaque. L affichage par défaut de la trousse HISTO SPOT Coeliac disease est le suivant. Toutes les sondes DQA1 et DQB1 sont affichées à l écran et les combinaisons d allèle possibles pour les deux loci sont incluses dans l histogramme des résultats sur la partie inférieure de l écran. Toutes les chaines d allèle correspondant au schéma de réaction sans MM (discordances) et contenant au moins un allèle fréquent (filtre 4D) sont transférées dans le champ de résultats. Les allèles associés à la maladie cœliaque sont surlignés en jaune. Le résumé indique le nom de la molécule DQ pouvant être associée à la maladie cœliaque. À la droite du champ de résultats, les résultats DQA1 et DQB1 basse résolution sont affichés. Les filtres d allèle fréquent n ont aucune influence sur cet affichage du résultat. P age 86
Appuyez sur le bouton dans le coin en haut à droite du champ de résultats pour passer à l affichage de l haplotype avec le risque de maladie cœliaque attribué (basé sur l article de Megiorni et Pizzuti, Journal of Biomedical Science 2012, 19:88). Cet écran présente un diagramme avec les molécules DQ possibles et le risque associé pour être porteur de la maladie cœliaque. 14.17.2 Affichage DQB1 / DQA1 Cliquez sur les flèches dans le coin en haut à droite des fenêtres de résultat (, ) pour modifier l affichage et revenir à l écran habituel d interprétation DQA1 et DQB1. Les deux loci peuvent être interprétés ensemble ou chacun séparément. Si un seul des loci est sélectionné, les sondes de l histogramme de résultats sont également filtrées, c est-à-dire que seules les sondes spécifiques de DQA1 ou de DQB1 sont affichées. P age 87
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15. INTERPRETATION DES TESTS HISTO TYPE SSP 15.1. Importer une trousse de typage Les fichiers de trousse de typage HISTO TYPE SSP sont importés dans le logiciel HISTO MATCH de la même manière que les trousses HISTO SPOT SSO, voir chapitre 6.4 Importer, afficher et mettre à jour des trousses. L affichage des fichiers de trousse dans la fenêtre d import peut nécessiter quelques secondes. 15.2. Définir le patient, l échantillon et le test Sur l écran d accueil, sélectionnez Nouvel échantillon (New Sample). Un écran de consultation des échantillons s ouvre sur lequel il est possible d ajouter des informations concernant l échantillon et les tests SSP. Sinon, définissez ou sélectionnez un échantillon qui peut ou non appartenir à un patient à partir de l écran de gestion des patients ou des échantillons (voir chapitre 9. Gestion des patients et chapitre 10. Gestion des échantillons). Puis ajoutez un nouveau test HISTO TYPE SSP. Un écran contenant les trousses disponibles pour le locus sélectionné s ouvre. P age 89
Sélectionnez le lot que vous utilisez et cliquez sur le bouton Enregistrer (Save). Le test est affiché dans la liste des tests de l échantillon. Pour saisir les résultats d un test, ouvrez l écran d interprétation en double-cliquant sur le test ou en appuyant sur le bouton vert Interpréter (Interpret). L écran d interprétation affiche un gel virtuel sur lequel il est possible de faire figurer les bandes trouvées positives. Vous pouvez également supprimer des tests en cliquant sur le bouton rouge Supprimer (Delete). P age 90
15.3. Interpréter des tests HISTO TYPE SSP Les réactions positives peuvent être saisies dans le gel virtuel de l écran d interprétation. Saisissez les réactions positives en cliquant sur la bande noire «vide» du gel ou en doublecliquant sur la voie. Vous pouvez annuler ces réactions en cliquant de nouveau. Les réactions positives sont surlignées en vert sur le diagramme d interprétation en dessous du gel. Vous pouvez également saisir les réactions positives en cliquant sur le mélange dans le diagramme. Cliquez sur la bande de contrôle du mélange pour indiquer un échec d amplification, qui s affiche en gris dans le diagramme. L interprétation ne tient pas compte des mélanges inactivés. Cliquez sur le bouton Interpréter (Interpret) pour que le logiciel analyse le résultat. Les résultats avec aucune discordance et 2 allèles fréquents sont surlignés en vert sur le diagramme P age 91
d interprétation et ils sont affichés dans la fenêtre Résultats suggérés (Suggested Results). Les résultats avec une seule discordance et 2 allèles fréquents sont surlignés en rouge. Le cadre coloré autour de l image du gel indique la qualité du résultat : Vert : type fréquent sans ambiguïté Jaune : résultat ambigu Violet : haplotype rare ou deux allèles rares Rouge : pas de résultat Enregistrer Enregistrez les résultats et quittez l écran en cliquant sur le bouton Enregistrer (Save). P age 92
15.4. Informations sur le test Informations sur le patient et l échantillon pour le test actuellement sélectionné. Cliquez sur la flèche de développement sur la gauche pour afficher tous les résultats de typage de cet échantillon. Informations sur la trousse et le lot de vrac du test actuellement sélectionné. Il est possible de sélectionner d autres tableaux de correspondance, le cas échéant, en cliquant sur la flèche de développement. Résultats suggérés/validés du test. Cette partie affiche les résultats par groupe de 2 digits, les allèles peuvent être affichés en développant le groupe. Dans ce cas-ci, les allèles ont été consultés, les deux allèles sont définis comme étant fréquents. Le bouton de retirer un résultat des possibilités : Résultat suggéré. En cas d utilisation de filtres seuls les allèles filtrés sont affichés dans cette partie (voir chapitre 14.6.2 Filtres d'allèle fréquent). 15.5. Boutons pour l interprétation Interpréter (Interpret) Nombre maximum de discordances autorisées (Max. number of mismatches allowed) Supprimer (Delete) Valider tech. (Approve) Valider biolo. (Authorize) Calcule l interprétation des résultats en cours. Des résultats présentant le maximum de discordances autorisées seront aussi affichés dans le champ. Supprime les résultats du test sélectionné. Validation technique par un utilisateur Validation biologique par un superviseur P age 93
15.6 Visualisation des résultats Cet écran affiche les résultats de l interprétation. L écran par défaut affiche les résultats possibles sur 2 digits, avec le nombre de discordances MM (MM) conduisant au résultat et le nombre maximum d allèles fréquents (liste 4D) compris dans l association CWD (colonne CWD). Curseur Les mélanges d amorces sont présentés avec la taille de la bande positive. Les mélanges d amorces positifs sont surlignés en vert. Les résultats avec aucune discordance et comprenant une association de deux allèles fréquents sont surlignés en vert. Les résultats avec une seule discordance et comprenant une association de deux allèles fréquents sont surlignés en rouge. La taille du tableau peut être ajustée à l aide du curseur situé dans le coin en bas à gauche ou en appuyant sur la touche Ctrl et en tournant en même temps la molette de la souris. Le nombre entre parenthèses après le résultat sur 2 digits donne le nombre de chaines possibles d allèles présentes dans cette ligne. Cliquez sur l outil de développement dans la première colonne du tableau pour développer le groupe de 2 digits et afficher tous les allèles correspondant à ce groupe. Déplacez la souris audessus des noms d allèle pour afficher les allèles dans une info-bulle. P age 94
Si un groupe d allèles contient des discordances, celles-ci sont surlignées dans la grille en fauxpositif (point rouge) ou faux-négatif (point bleu). La spécificité d un mélange d amorces peut être affichée en cliquant avec le bouton droit de la souris sur la colonne concernée. P age 95
15.7. Résultats suggérés Tous les résultats à 0 DC (MM) sont automatiquement ajoutés dans la partie Résultat suggéré (Suggested Result). Les résultats sont affichés par groupes de 2 digits avec les allèles regroupés en dessous. Les groupes à 2 digits ambigus sont affichés avec plus d un groupe, le titre de la partie reflète cette ambiguïté. Il est possible de retirer des résultats individuels en cliquant sur le bouton, soit dans la partie des résultats suggérés soit sur l écran principal des résultats. Si le résultat comporte seulement 1 allèle fréquent, il sera affiché en Haplotype fréquent (Common Haplotype) au-dessus du résultat suggéré, et s il n en contient aucun, il sera affiché en Résultat rare suggéré (Suggested Rare Result). Il est possible d ajouter ou de retirer des résultats sur l écran principal des résultats, dans la partie des résultats suggérés, en utilisant les boutons et. Les boutons bleus peuvent également être utilisés au niveau du groupe pour ajouter ou retirer le groupe en entier. Mais seuls les résultats entièrement appariés peuvent être utilisés. 15.8. Filtres d allèle fréquent, codes NMDP et équivalents sérologiques Les filtres d allèle fréquent, les codes NMDP et les équivalents sérologiques sont utilisés de la même manière que pour les résultats SSO (voir chapitres 14.6.2. Filtres d allèle fréquent, 14.6.3. Codes NMDP et 14.6.4. Équivalents sérologiques). P age 96
15.9. Afficher le schéma d allèle Pendant l interprétation, il peut être utile de visualiser le schéma de réaction de certains allèles ou combinaisons d allèles. Commencez à saisir une partie de l allèle que vous souhaiteriez voir dans le champ vide de l allèle. Vous pouvez ensuite choisir un allèle dans la liste ou le saisir complètement. Sélectionnez la combinaison d allèles pour laquelle vous souhaitez visualiser le schéma de réaction. Les sondes positives sont indiquées par une barre noire pour l allèle concerné, les sondes indéterminées restent grises. Les sondes négatives ont une barre grise et ne sont pas affectées à un allèle. 15.10. Historique et commentaires L historique du test et les commentaires sont utilisés de la même manière que pour les résultats SSP (voir chapitres 14.15. Visualiser l historique et 14.16. Commentaires des résultats). P age 97
15.11. Interprétation de la trousse HISTO TYPE Coeliac Disease 15.11.1 Vue d ensemble de la trousse Coeliac disease La trousse HISTO TYPE SSP de typage des allèles associés à la maladie cœliaque regroupe un test DQB1, un test DQA1 et un test DRB1 dans un seul puits. Par conséquent, l affichage du résultat est légèrement différent de celui des trousses à un seul locus. Par ailleurs, l écran affiche les résultats dans le contexte de la maladie cœliaque. L affichage par défaut de la trousse Coeliac Disease est le suivant. Tous les mélanges DRB1, DQB1 et DQA1 sont affichés et les combinaisons d allèle possibles pour les deux loci sont incluses dans l histogramme des résultats sur la partie inférieure de l écran. Toutes les chaines d allèle correspondant au schéma de réaction sans discordances et contenant au moins un allèle fréquent (filtre 4D) sont transférées dans le champ de résultats. Cliquez sur les flèches dans le coin en haut à droite du champ de résultats pour ouvrir une vue plus détaillée des résultats en question. Ouvrez le champ de résultats Cœliaque (Coeliac) pour afficher la fenêtre suivante. P age 98
Les allèles associés à la maladie cœliaque sont surlignés en jaune. Le résumé indique le nom de la molécule HLA associée à la maladie cœliaque possible. Appuyez sur le bouton dans le coin en haut à droite du champ de résultats pour passer à l affichage de l haplotype. Cet affichage présente un diagramme avec les molécules DQ possibles et le risque associé de maladie cœliaque. L évaluation du risque pour être porteur de maladie cœliaque se base sur l article de Megiorni et Pizzuti, Journal of Biomedical Science 2012, 19:88. 15.11.2 Affichage DRB1 / DQB1 / DQA1 Cliquez sur les flèches dans le coin en haut à droite des fenêtres de résultat (, ) pour ouvrir ou fermer l affichage détaillé des résultats de chaque locus. Les options d interprétation et l utilisation des filtres d allèles fréquents sont décrites dans les chapitres 15.3. Interpréter des tests HISTO TYPE SSP et 15.9. Afficher le schéma d allèle. Les trois loci peuvent être interprétés ensemble ou chacun séparément. Si un seul des loci est sélectionné, les mélanges sont également filtrés sur l histogramme de résultats, c est-à-dire que seuls les mélanges spécifiques de DRB1, de DQA1 ou de DQB1 sont affichés. P age 99
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16. RAPPORTS DE TYPAGE Outre le statut Initial, un autre statut de la liste de travail produit un rapport de typage. Le rapport de typage produit dépend du type de rapport sélectionné dans les Options de paramétrage. Si la case Résumer les échantillons (Summarize Samples) ou Imprimer une liste de travail «compacte» (Print Compact Worklist) est cochée, un rapport abrégé standardisé est généré pour la liste de travail, l échantillon ou le patient sélectionné (voir ci-dessous). La modification des autres options n a pas d effet sur les rapports résumés. P age 101
16.1. Rapport compact Ce rapport présente chaque test sur une ligne unique. Chaque ligne contient les informations suivantes : emplacement, ID échantillon, résultat sur 2 digits ou allèles fréquents (en fonction du filtre d allèles), code NMDP, sous-lot contenu dans la trousse utilisée, version IMGT du calcul, date. Ce rapport tient sur 3 pages pour une liste de travail de 96 tests. Ce rapport est préparé si la case Imprimer une liste de travail «compacte» (Print Compact Worklist) est cochée dans Paramétrage, sous-section Rapports. P age 102
16.2. Rapport de liste de travail Ce type de rapport imprime une page de garde pour la liste de travail avec les détails de l analyse et des réactifs utilisés, puis une page par test. Les informations affichées dans ce rapport peuvent être sélectionnés dans le paramétrage du rapport. L affichage des résultats dans le résumé dépend du choix effectué sur l écran d interprétation (selon qu un filtre d allèle est utilisé ou non). Si l option Imprimer les résultats de haute résolution (Print High Resolution Results) est cochée, toutes les chaines possibles d allèles sont imprimées. Le rapport peut comporter plusieurs pages par échantillon. Si la case Résumer les échantillons (Summarize samples) est cochée dans le paramétrage du rapport, tous les résultats d un échantillon donné de cette liste de travail sont regroupés et un rapport résumé est généré. P age 103
16.3. Rapport de patient ou d échantillon Un rapport de patient ou d échantillon peut être créé à partir de l écran de consultation des patients ou des échantillons. 1. Sélectionnez un patient ou un échantillon dans la liste. 2. Cliquez sur le bouton Rapport (Report). Tous les résultats disponibles pour le patient ou l échantillon sélectionné sont associés en un unique rapport. Les informations affichées peuvent être sélectionnées dans le paramétrage du rapport. P age 104
17. PARAMETRAGE Cliquez sur le bouton Paramétrage (Setup) du menu principal pour accéder à l écran de paramétrage. Pour enregistrer toutes les modifications réalisées dans le paramétrage, utilisez le bouton Enregistrer (Save). Les paramètres sont enregistrés sur l ordinateur et ne sont pas transférés à un autre PC du réseau. Les paramétrages suivants sont accessibles dans le menu de paramétrage. Paramètres utilisateur (User settings) : contient l option permettant de modifier le mot de passe de l utilisateur (voire chapitre 6.3 Changer le mot de passe de l utilisateur). Rapports (Reports) : les options pour les rapports peuvent être choisies (voir chapitre 16. Rapports de typage). Filtre (Filter) : les listes d allèles pour les filtres d allèles peuvent être vérifiées et modifiées (voir chapitre 14.6.2. Filtres d allèle fréquent). Nomenclature : choisissez entre Auto (utilise la version source du tableau de correspondance pour l affichage) et Version 3 (force l affichage de la version 3 IMGT pour tous les tableaux de correspondance). Interprétation (Interpretation) : les valeurs par défaut de l interprétation peuvent être définies dans ce menu. P age 105
Installation: dans cette partie, il est possible de saisir le nom du laboratoire et son identifiant. Il est également possible de télécharger le logo qui apparaîtra sur les rapports de typage. Analyse d image (Image analysis) : active ou désactive la fonction de rotation automatique de l image. Outils (Tools) : crée un rapport détaillé sur vos ambiguïtés (fichier.xml), qui peut être transmis à BAG Health Care pour améliorer la résolution des trousses. Outils de la base de données (Database Tools) : informations sur l emplacement de votre base de données actuelle et option de sauvegarde (uniquement sur l installation en serveur). P age 106