BILAN. LaBRI 2005-2009

LaBRI Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique UMR 5800 du CNRS - Université Bordeaux 1 ENSEIRB MATHMECA - Université Bordeaux 2 Laboratoire associé à l INRIA BILAN 2005-2009 351, Cours de la Libération, 33405 Talence - France direction@labri.fr http://www.labri.fr

Table des matières 1 Bilan de l unité 13 1.1 Présentation générale du laboratoire.......................... 13 1.1.1 Aperçu du laboratoire.............................. 13 1.1.2 Structuration de la recherche.......................... 13 1.1.3 Faits marquants................................. 14 1.1.4 Partenariats.................................... 15 1.1.5 Situation par rapport aux objectifs du présent quadriennal......... 19 1.1.6 Ressources humaines............................... 20 1.1.7 Formation..................................... 22 1.1.8 Production scientifique.............................. 23 1.1.9 Relations industrielles.............................. 24 1.1.10 Gouvernance................................... 25 1.1.11 Ressources financières.............................. 25 1.1.12 Equipe systèmes et réseaux........................... 26 1.1.13 Hygiène et Sécurité................................ 29 1.2 Bilan des publications.................................. 30 1.2.1 Synthèse...................................... 30 1.2.2 Co-publications extérieures........................... 30 1.2.3 Synthèse inter-équipe.............................. 30 1.2.4 Publications inter-équipe............................ 30 2 Équipe combalgo 37 2.1 Composition........................................ 38 2.1.1 Permanents.................................... 38 2.1.2 Non permanents................................. 39 2.1.3 Personnel sur contrat industriel......................... 39 2.2 Présentation du bilan.................................. 40 2.2.1 Algorithmique distribuée............................ 40 2.2.2 Combinatoire énumérative et algébrique.................... 41 2.2.3 Graphes et applications............................. 43 2.2.4 EPI CEPAGE.................................. 44 2.3 Faits marquants...................................... 45 2.4 Visibilité.......................................... 45 2.5 Jurys............................................ 45 2.6 Coopérations, contrats et valorisation......................... 46 2.7 Thèses et HDR...................................... 46 2.8 Publications de l équipe combalgo.......................... 47 2.8.1 Synthèse...................................... 47 2.8.2 Revues [ACL]................................... 47 2.8.3 Conférences [INV, ACTI, ACTN].......................... 55 2.8.4 Ouvrages [OS, OV]................................. 66 2.8.5 Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF, DO, AP].............. 66 3

TABLE DES MATIÈRES 4 2.9 Annexe A : Visibilité................................... 71 2.9.1 Comité de rédaction, éditeur invités...................... 71 2.9.2 Comité de programme.............................. 71 2.9.3 Organisation de conférences, écoles, ateliers,................... 72 2.9.4 Evaluation, expertise............................... 73 2.9.5 Rapporteur d HDR ou de thèse étrangères................... 73 2.10 Annexe B : Jurys..................................... 74 2.10.1 Habilitations (hors LaBRI)........................... 74 2.10.2 Thèses (hors LaBRI)............................... 74 2.11 Annexe C : Coopérations................................ 74 2.11.1 Officialisées ou internationales.......................... 74 2.11.2 Attestées..................................... 75 2.11.3 Autres....................................... 75 2.11.4 Invités....................................... 75 2.11.5 Invitations.................................... 76 2.12 Annexe D : Contrats et valorisation.......................... 77 2.12.1 Contrats institutionnels............................. 77 2.12.2 Contrats industriels............................... 77 2.13 Annexe E : Thèses et HDR de l équipe......................... 77 2.13.1 Habilitations................................... 77 2.13.2 Thèses....................................... 77 3 Équipe is 79 3.1 Composition........................................ 80 3.1.1 Permanents.................................... 80 3.1.2 Non permanents................................. 81 3.1.3 Personnel sur contrat industriel......................... 81 3.2 Présentation du bilan.................................. 82 3.2.1 Thème AIV : Analyse et Indexation Vidéo................... 82 3.2.2 Thème MVI3D :Modélisation, Visualisation et Interaction 3D........ 84 3.2.3 Thème MSM : Modélisation du Son et de la Musique............. 85 3.2.4 Thème SAI : Structuration et analyse d images................ 87 3.3 Faits marquants...................................... 88 3.4 Visibilité.......................................... 88 3.5 Jurys............................................ 88 3.6 Coopérations, contrats et valorisation......................... 89 3.7 Thèses et HDR...................................... 89 3.8 Publications de l équipe is................................ 90 3.8.1 Synthèse...................................... 90 3.8.2 Revues [ACL]................................... 90 3.8.3 Conférences [INV, ACTI, ACTN].......................... 93 3.8.4 Ouvrages [OS, OV]................................. 105 3.8.5 Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF, DO, AP].............. 106 3.9 Annexe A : Visibilité................................... 110 3.9.1 Comité de rédaction, éditeur invités...................... 110 3.9.2 Comité de pilotage................................ 110 3.9.3 Comité de programme.............................. 110 3.9.4 Organisation de conférences, écoles, ateliers,................... 111 3.9.5 Evaluation, expertise............................... 112 3.10 Annexe B : Jurys..................................... 112 3.10.1 Habilitations (hors LaBRI)........................... 112 3.10.2 Thèses (hors LaBRI)............................... 112 3.10.3 Concours..................................... 114 3.11 Annexe C : Coopérations................................ 114

TABLE DES MATIÈRES 5 3.11.1 Officialisées ou internationales.......................... 114 3.11.2 Attestées..................................... 114 3.11.3 Autres....................................... 115 3.11.4 Invités....................................... 115 3.11.5 Invitations.................................... 115 3.12 Annexe D : Contrats et valorisation.......................... 116 3.12.1 Contrats institutionnels............................. 116 3.12.2 Contrats industriels............................... 117 3.12.3 Brevets...................................... 117 3.13 Annexe E : Thèses et HDR de l équipe......................... 117 3.13.1 Habilitations................................... 117 3.13.2 Thèses....................................... 117 3.13.3 Thèses en co-tutelles............................... 119 3.14 Annexe F : Responsabilité à caractère scientifique................... 119 3.14.1 Nationales..................................... 119 3.14.2 Conseil scientifique................................ 119 3.14.3 Autres....................................... 119 4 Équipe lsr 121 4.1 Composition........................................ 122 4.1.1 Permanents.................................... 122 4.1.2 Non permanents................................. 123 4.1.3 Personnel sur contrat industriel......................... 123 4.2 Présentation du bilan.................................. 124 4.3 Faits marquants...................................... 129 4.4 Visibilité.......................................... 129 4.5 Jurys............................................ 130 4.6 Coopérations, contrats et valorisation......................... 130 4.7 Thèses et HDR...................................... 130 4.8 Publications de l équipe lsr............................... 131 4.8.1 Synthèse...................................... 131 4.8.2 Revues [ACL]................................... 131 4.8.3 Conférences [INV, ACTI, ACTN].......................... 133 4.8.4 Ouvrages [OS, OV]................................. 142 4.8.5 Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF, DO, AP].............. 142 4.9 Annexe A : Visibilité................................... 146 4.9.1 Comité de rédaction, éditeur invités...................... 146 4.9.2 Comité de pilotage................................ 146 4.9.3 Comité de programme.............................. 146 4.9.4 Organisation de conférences, écoles, ateliers,................... 149 4.9.5 Evaluation, expertise............................... 150 4.9.6 Rapporteur d HDR ou de thèse étrangères................... 150 4.10 Annexe B : Jurys..................................... 150 4.10.1 Habilitations (hors LaBRI)........................... 150 4.10.2 Thèses (hors LaBRI)............................... 150 4.10.3 Prix........................................ 151 4.11 Annexe C : Coopérations................................ 152 4.11.1 Officialisées ou internationales.......................... 152 4.11.2 Attestées..................................... 152 4.11.3 Autres....................................... 152 4.11.4 Invités....................................... 152 4.11.5 Invitations.................................... 153 4.12 Annexe D : Contrats et valorisation.......................... 153 4.12.1 Contrats institutionnels............................. 153

TABLE DES MATIÈRES 6 4.12.2 Contrats industriels............................... 153 4.12.3 Brevets...................................... 154 4.12.4 Autres logiciels.................................. 154 4.13 Annexe E : Thèses et HDR de l équipe......................... 155 4.13.1 Habilitations................................... 155 4.13.2 Thèses....................................... 155 4.13.3 Thèses en co-tutelles............................... 155 5 Équipe mabiovis 157 5.1 Composition........................................ 158 5.1.1 Permanents.................................... 158 5.1.2 Non permanents................................. 159 5.1.3 Personnel sur contrat industriel......................... 159 5.2 Présentation du bilan.................................. 160 5.2.1 Objectifs scientifiques.............................. 160 5.2.2 Résultats..................................... 162 5.3 Faits marquants...................................... 164 5.3.1 CBMI 2007 Best Student Paper Award..................... 164 5.3.2 Génolevures.................................... 165 5.3.3 ProteomeBinders................................. 165 5.3.4 Tulip........................................ 165 5.4 Visibilité.......................................... 166 5.5 Jurys............................................ 166 5.6 Coopérations, contrats et valorisation......................... 166 5.7 Thèses et HDR...................................... 167 5.8 Publications de l équipe mabiovis........................... 168 5.8.1 Synthèse...................................... 168 5.8.2 Revues [ACL]................................... 168 5.8.3 Conférences [INV, ACTI, ACTN].......................... 172 5.8.4 Ouvrages [OS, OV]................................. 178 5.8.5 Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF, DO, AP].............. 179 5.9 Annexe A : Visibilité................................... 182 5.9.1 Comité de rédaction, éditeur invités...................... 182 5.9.2 Comité de pilotage................................ 182 5.9.3 Comité de programme.............................. 182 5.9.4 Organisation de conférences, écoles, ateliers,................... 183 5.9.5 Evaluation, expertise............................... 183 5.9.6 Rapporteur d HDR ou de thèse étrangères................... 183 5.10 Annexe B : Jurys..................................... 184 5.10.1 Habilitations (hors LaBRI)........................... 184 5.10.2 Thèses (hors LaBRI)............................... 184 5.10.3 Prix........................................ 184 5.11 Annexe C : Coopérations................................ 184 5.11.1 Officialisées ou internationales.......................... 184 5.11.2 Attestées..................................... 184 5.11.3 Autres....................................... 185 5.11.4 Invités....................................... 185 5.11.5 Invitations.................................... 185 5.12 Annexe D : Contrats et valorisation.......................... 186 5.12.1 Contrats institutionnels............................. 186 5.12.2 Contrats industriels............................... 186 5.12.3 Autres logiciels.................................. 187 5.13 Annexe E : Thèses et HDR de l équipe......................... 188 5.13.1 Thèses....................................... 188

TABLE DES MATIÈRES 7 5.13.2 Thèses en co-tutelles............................... 189 5.14 Annexe F : Responsabilité à caractère scientifique................... 189 5.14.1 Nationales..................................... 189 5.14.2 Autres....................................... 189 6 Équipe mf 191 6.1 Composition........................................ 192 6.1.1 Permanents.................................... 192 6.1.2 Non permanents................................. 193 6.1.3 Personnel sur contrat industriel......................... 193 6.2 Présentation du bilan.................................. 194 6.3 Visibilité.......................................... 198 6.4 Jurys............................................ 198 6.5 Coopérations, contrats et valorisation......................... 199 6.6 Thèses et HDR...................................... 199 6.7 Publications de l équipe mf............................... 200 6.7.1 Synthèse...................................... 200 6.7.2 Revues [ACL]................................... 200 6.7.3 Conférences [INV, ACTI, ACTN].......................... 204 6.7.4 Ouvrages [OS, OV]................................. 213 6.7.5 Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF, DO, AP].............. 213 6.8 Annexe A : Visibilité................................... 217 6.8.1 Comité de pilotage................................ 217 6.8.2 Comité de rédaction, éditeur invités...................... 217 6.8.3 Comité de programme.............................. 217 6.8.4 Organisation de conférences, écoles, ateliers,................... 218 6.8.5 Evaluation, expertise............................... 218 6.8.6 Rapporteur d HDR ou de thèse étrangères................... 219 6.9 Annexe B : Jurys..................................... 219 6.9.1 Habilitations (hors LaBRI)........................... 219 6.9.2 Thèses (hors LaBRI)............................... 219 6.9.3 Prix........................................ 220 6.9.4 Concours..................................... 220 6.10 Annexe C : Coopérations................................ 220 6.10.1 Officialisées ou internationales.......................... 220 6.10.2 Attestées..................................... 220 6.10.3 Autres....................................... 221 6.10.4 Invités....................................... 222 6.10.5 Invitations.................................... 222 6.11 Annexe D : Contrats et valorisation.......................... 222 6.11.1 Contrats institutionnels............................. 222 6.11.2 Contrats industriels............................... 223 6.12 Annexe E : Thèses et HDR de l équipe......................... 223 6.12.1 Habilitations................................... 223 6.12.2 Thèses....................................... 223 6.12.3 Thèses en co-tutelles............................... 224 6.13 Annexe F : Responsabilité à caractère scientifique................... 224 6.13.1 Autres....................................... 224

TABLE DES MATIÈRES 8 7 Équipe satanas 225 7.1 Composition........................................ 226 7.1.1 Permanents.................................... 226 7.1.2 Non permanents................................. 227 7.1.3 Personnel sur contrat industriel......................... 227 7.2 Présentation du bilan.................................. 228 7.2.1 Supports exécutifs hautes performances (RUNTIME)............. 228 7.2.2 Algorithmique et applications hautes performances (ScAlApplix)...... 230 7.3 Faits marquants...................................... 233 7.4 Visibilité.......................................... 233 7.5 Jurys............................................ 234 7.6 Coopérations, contrats et valorisation......................... 234 7.7 Thèses et HDR...................................... 234 7.8 Publications de l équipe satanas............................ 235 7.8.1 Synthèse...................................... 235 7.8.2 Revues [ACL]................................... 235 7.8.3 Conférences [INV, ACTI, ACTN].......................... 236 7.8.4 Ouvrages [OS, OV]................................. 240 7.8.5 Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF, DO, AP].............. 240 7.9 Annexe A : Visibilité................................... 243 7.9.1 Comité de rédaction, éditeur invités...................... 243 7.9.2 Comité de programme.............................. 243 7.9.3 Organisation de conférences, écoles, ateliers,................... 243 7.9.4 Evaluation, expertise............................... 243 7.10 Annexe B : Jurys..................................... 244 7.10.1 Habilitations (hors LaBRI)........................... 244 7.10.2 Thèses (hors LaBRI)............................... 244 7.10.3 Concours..................................... 244 7.11 Annexe C : Coopérations................................ 244 7.11.1 Officialisées ou internationales.......................... 244 7.11.2 Autres....................................... 244 7.11.3 Invités....................................... 244 7.11.4 Invitations.................................... 245 7.12 Annexe D : Contrats et valorisation.......................... 245 7.12.1 Contrats institutionnels............................. 245 7.12.2 Contrats industriels............................... 246 7.12.3 Logiciels déposés................................. 246 7.12.4 Autres logiciels.................................. 246 7.13 Annexe E : Thèses et HDR de l équipe......................... 246 7.13.1 Thèses....................................... 246 7.14 Annexe F : Responsabilité à caractère scientifique................... 247 7.14.1 Autres....................................... 247 8 Projet transversal 249 8.1 Bilan du projet ViSiDiA................................. 249 8.2 Faits marquants, contrats, coopérations.......................... 251 9 Recherches pluridisciplinaires 253 9.1 Le SCRIME........................................ 253 9.1.1 Objectifs..................................... 253 9.1.2 Fonctionnement.................................. 253 9.1.3 Bilan........................................ 254 9.2 Le CBiB.......................................... 254

TABLE DES MATIÈRES 9 10 Annexes 257 10.1 Hygiène et sécurité.................................... 258 10.1.1 Bilan des accidents et incidents survenus dans l unité et mesures prises... 258 10.1.2 Identification des risques de l unité et dispositions mises en oeuvre..... 258 10.1.3 Structures d Hygiène et de Sécurité propres à l unité............. 259 10.1.4 Formation des personnels............................ 259 10.1.5 Problèmes de sécurité subsistant........................ 259 10.2 Formation du personnel................................. 259 10.3 Formation doctorale................................... 262

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11 Editorial Ce rapport présente l activité scientifique du LaBRI, le Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique, unité mixte de recherche (UMR 5800) associée au CNRS et à l Université de Bordeaux (Université Bordeaux 1, Institut Polytechnique de Bordeaux et Université Bordeaux 2) durant la période allant du 1er janvier 2005 au 31 août 2009. Créé il y a plus de 20 ans, le laboratoire accueille plus de 280 personnes dont une centaine de doctorants. Il est structuré en six équipes et partage 9 projets avec l unité INRIA Bordeaux-Sud-Ouest. Le LaBRI est un des acteurs, avec le Laboratoire Intégration du Matériau au Système et l Institut de Mathématiques de Bordeaux du Pôle Technologies de l Information mis en avant lors de la labellisation de l opération Campus. Enfin, le LaBRI fait partie des pôles de compétitivité Aerospace Valley et Route des Lasers, et il est membre fondateur de l Institut Carnot Matériaux et Systèmes de Bordeaux (MIB). Les thèmes de recherche du laboratoire couvrent un large spectre de l informatique et incluent à la fois des aspects fondamentaux et des aspects appliqués. Cette diversité est l une des forces du laboratoire car elle favorise les recherches aux frontières et les interactions entre thématiques au sein de la discipline informatique. Elle est aussi un atout pour attirer les chercheurs et les enseignants-chercheurs, comme le prouvent les recrutements du laboratoire. Elle permet enfin l émergence de nouveaux projets et de thématiques portées par de jeunes chercheurs. Le laboratoire accueille la quasi-totalité des chercheurs et enseignant-chercheurs en informatique du site bordelais. Ses personnels assurent ainsi l enseignement de l informatique auprès d environ 1900 étudiants. Nos étudiants ne connaissent pas de problèmes d accès à l emploi et nous en sommes fiers. Certains de ceux que nous avons formés décident de s engager dans les métiers de la recherche, qu ils soient ingénieurs ou doctorants, parce que notre laboratoire est présenté par les enseignants aux étudiants. Nous sommes persuadés que l unité et la visibilité du LaBRI passent aussi par cet engagement, et que le travail de tous ceux qui, au quotidien, permettent à ces étudiants de recevoir le meilleur enseignement possible, en particulier les nombreux responsables de filières, est un atout pour tout le laboratoire. Le LaBRI est également impliqué dans l administration des établissements bordelais à tous les niveaux. Nous avons parmi nos membres deux vice-présidents d université, un directeur adjoint de l Institut Polytechnique de Bordeaux et un directeur d IUT. Notre laboratoire enfin, faiblement doté en personnels administratifs et techniques, se construit jour après jour grâce à l investissement constant de ces personnels dans la bonne marche du laboratoire. Nous tenons ici à témoigner de leur efficacité et de leur professionnalisme. Le LaBRI, avec le soutien des établissements du PRES Université de Bordeaux, du CNRS et du Conseil Régional d Aquitaine, a toujours eu la volonté et l ambition de rassembler la recherche informatique bordelaise. La montée en puissance du nouveau partenaire qu est l INRIA contribue à ce développement par un apport conséquent de chercheurs au travers des projets communs LaBRI- INRIA. Nous devrons dans les années à venir, en constante concertation avec tous les acteurs, continuer à unir les forces en présence pour donner une visibilité et une attractivité encore plus grande au site bordelais. Les pages qui suivent vont décliner le bilan, puis le projet du laboratoire, globalement et au niveau de chaque équipe. Nous espérons que leurs lecteurs percevront à travers elles la dynamique qui anime le LaBRI et l engagement très fort de ses membres pour que se développent de façon harmonieuse une discipline et une communauté. Nous ne pouvons terminer cet éditorial sans donner notre sentiment sur deux points importants. D abord, la surcharge de travail occasionnée par les évaluations. Certains de nos collègues cette année vivront de nombreuses évaluations : LaBRI, INRIA Bordeaux Sud-Ouest, INRIA secteur thématique, contrat ANR mi ou fin de parcours 1. Chaque évaluation demande bien sûr un format différent. On arrive ainsi à une situation où des chercheurs consacrent plus de temps à être évalué et justifier les actions réalisées qu à effectuer le travail de recherche et d encadrement qui est le cœur de leur mission. Ne serait-il pas plus simple et moins chronophage d augmenter les crédits récurrents 1. À ces évaluations a posteriori s ajoutent encore et de plus en plus les évaluations a priori que constituent les demandes de projet (ANR, Europe, Région, Fondations diverses, etc).

12 afin de diminuer les évaluations de projets? 2 de grouper les évaluations multi-organismes afin de gagner en efficacité? Nous sommes très loin de nous opposer au principe de l évaluation : nous travaillons pour et grâce à la puissance publique et il est légitime de rendre compte de nos activités aux citoyens. Il faut cependant avoir conscience que le système actuel de multiplication des évaluations surprend beaucoup les cadres des entreprises françaises (qui sont aussi des citoyens...) et nos collègues étrangers. Par ailleurs, nous somme convaincus que l évaluation de l activité scientifique ne se résume pas au nombres d articles publiés, ni même à une mesure de la notoriété des journaux et conférences dans lesquels ils paraissent. L activité scientifique se mesure sur une longue durée et plusieurs dizaines d années seront nécessaires pour savoir exactement quels résultats auront marqué notre discipline. C est en pensant à nos collègues évaluateurs et pour simplifier leur tâche que nous avons effectué les décomptes, aussi scrupuleux que possible, qui sont présents dans ce rapport. Maylis Delest Directrice du LaBRI 2. c est-à-dire favoriser l évaluation a posteriori.

Bilan de l unité 1.1 Présentation générale du laboratoire 1.1.1 Aperçu du laboratoire Le LaBRI (Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique) est une Unité Mixte de Recherche (UMR 5800) associée au CNRS, à l Université Bordeaux 1 Sciences et Technologies, à l Institut Polytechnique de Bordeaux (École Nationale Supérieure d Electronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux) et à l Université de Bordeaux 2 Victor Segalen. Le LaBRI regroupe la quasi-totalité des informaticiens des établissements et organismes du site bordelais : chercheurs CNRS, chercheurs INRIA, enseignants chercheurs des établissements tutelles ainsi que ceux de l Université Montesquieu Bordeaux 4 (Droit, sciences sociales et politique, sciences économiques et de gestion) soit 135 chercheurs permanents. Créé officiellement en 1986, il est actuellement rattaché à l Institut des Sciences et Technologies de l Information et de l Ingénierie (ST2I) du CNRS et en secondaire à l Institut des sciences mathématiques et de leurs interactions(insmi). En ce qui concerne le comité national, le rattachement principal est en section 7 et en secondaire en sections 1, 22 et 34. Du fait de la diversité de ses thèmes de recherche, le LaBRI au cours du quadriennal était rattaché secondairement au département MPPU (Mathématiques, physique, planète et univers) ainsi qu aux groupes de disciplines «Biologie cellulaire et moléculaire» et «Sciences de l Homme et de la Société». En 2002, le LaBRI est devenu partenaire de l Unité INRIA Futurs et depuis sa création en 2007 de l Unité INRIA Bordeaux Sud-Ouest avec qui le laboratoire partage 9 équipesprojet communes (dont 2 communes avec l IMB). Le LaBRI est l un des fondateurs de l institut Carnot «MIB» qui a été labellisé en 2007 par l ANR. Il est membre des pôles de compétitivité «Aerospace Valley» et «Route des Lasers» ainsi que du GIS Matériaux. 1.1.2 Structuration de la recherche Au début de ce contrat, le LaBRI est passé de 5 à 6 équipes qui fondent le laboratoire et couvrent très largement les domaines de recherche en Informatique. La liste des équipes est la suivante : Combinatoire et Algorithmique (CA) Image et Son (IS) Langages, Systèmes et Réseaux (LSR) Méthodes Formelles (MF) Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d informations (MABio- Vis) Supports et AlgoriThmes pour les Applications Numériques hautes performances.(satanas). Cette structuration s accompagne de nombreuses collaborations entre équipes et donne lieu régulièrement à l émergence de projets transversaux. Un programme de groupe de travail très fourni nourrit ces collaborations : on en compte une douzaine, plus un séminaire général et un séminaire de doctorants. Les collaborations les plus fructueuses ont donné naissance à de nouvelles thématiques. La Bioinformatique et la Visualisation qui composent l équipe MABioVis créée pour ce quadriennal sont le résultat de ce type d essaimage. Deux projets transversaux sont actuellement identifiés : projet Visidia : modélisation, visualisation en algorithmique distribuée qui concerne «Combinatoire et Algorithmique» et «Méthodes Formelles», projet Simbals : algorithmique du texte et modélisation du son qui concerne «Image et Son» et «Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d informations».

CHAPITRE 1. BILAN DE L UNITÉ 14 Au sein de chaque équipe, se développent des projets communs avec l INRIA. Le contour des équipes INRIA ne correspond pas toujours exactement à celui des thèmes des équipes. Les raisons en sont de deux ordres : certains chercheurs souhaitent travailler sur des thèmes plus larges que l équipe projet INRIA, des chercheurs publiants sont dans une thématique proche mais distincte de l équipe projet. Les équipes INRIA sont actuellement au nombre de neuf. Cepage : Chercher et Essaimer dans les Plates-formes A Grande Echelle (CA) Gravite : Visualisation et exploration interactive de graphes (MABioVis) Iparla : Visualisation et manipulation d objets complexes sur terminaux mobiles communicants (IS) Magnome : Modèles et Algorithmes pour le génome (MABioVis) Phoenix : Conception de programmes et systèmes adaptatifs (LSR) RealOpt (commun avec l IMB) : Reformulations et algorithmes pour l Optimisation combinatoire (CA) Runtime : Supports exécutifs performants pour architectures parallèles (SATANAS) Scalapplix (commun avec l IMB) : Deux équipes projets communes avec l INRIA sont en cours de création issues de ce projet : BACCHUS (Outils de calcul intensif pour l algorithmique numérique et la résolution de problèmes hyperboliques) et HiePACS (Algorithmes hautement parallèles pour les simulations numériques frontières) Signes (incluant des enseignants chercheurs de l Université Montaigne non rattachés au La- BRI) : Signes linguistiques, grammaire et sens : algorithmique logique de la langue (MF) Le projet transversal Simbals ayant pour thème l analyse de la musique se propose d engager des discussions avec l INRIA. Le LaBRI est partenaire du SCRIME (Studio de Création et de Recherche en Informatique et Musique Électroacoustique) et du CBIB (Centre de Bioinformatique de Bordeaux). On trouvera une description de ces deux structures en annexe. 1.1.3 Faits marquants Dans ce paragraphe nous listons quelques faits marquants du laboratoire durant ce quadriennal. Tout d abord, un certain nombre de nominations et de distinctions sont intervenues. Deux professeurs ont reçu le titre de Docteur Honoris Causa de l Université Bordeaux 1 à l initiative du LaBRI : D.E. Knuth (Stanford University) en 2007 et J. Nešetřil (Charles University, Prague) en 2009. B. Courcelle et A. Muscholl sont devenus membres de l Institut Universitaire de France. Y. Métivier a vu son idée de doctorant-conseil en entreprise du précédent quadriennal concrétisée et développée par le Ministère. M. Bousquet-Mélou a reçu le Prix Charles-Louis de Saulses de Freycinet 2009 de l Académie des Sciences. M. Kanté a reçu le prix de thèse de l Université de Bordeaux. Un corpus expérimental de 23 vidéos annotées a fait l objet d un accord international d utilisation avec l University of North Carolina at Chapel Hill. Un groupe de doctorants des thèmes image et visualisation ont été primés lors du concours IEEE VAST 2009. Certains collègues ont été invités à parler dans des conférences de premier rang, on peut citer : STACS, FPSAC, EUROCOMB, PDCS, ICALP. Plusieurs prix du meilleur papier ont été obtenus (CBMI 07, Eurographics, 3D Symposium on User interfaces, STOC par exemple). Dans le domaine du transfert, une PME est née des travaux du LaBRI avec le support de l INRIA : Sidérion technologies développe des solutions de téléphonie applicative. En 2009, O. Ly a été lauréat du concours Oseo-Anvar en catégorie émergence autour du projet de robotique Rhoban. On peut noter trois faits majeurs pour la formation doctorale du LaBRI : En 2005, Daniel Gonçalves a résolu une conjecture de longue date (Chartrand, Geller et Hedetnimi 1971) stipulant que tout graphe planaire est arête-partitionnable en deux graphes planaires extérieurs, en 2007, 4 doctorants du LaBRI ont intégré le CNRS en tant que chargé de recherche sur 25 postes à pourvoir en section 7, Trois doctorants du laboratoire (J. Chalopin, D. Goncalves et P. Ochem) ont résolu un problème difficile : accepté à SODA 2007

CHAPITRE 1. BILAN DE L UNITÉ 15 Dans le domaine de l édition, deux livres ont remporté un succès certain. L un de A. Zvonkine, Mathématiques pour les tout petits, a été sélectionné à la short-list de prix du meilleur livre éducatif et de vulgarisation scientifique à Moscou. L autre est l ouvrage consacré au langage COQ Interactive Theorem Proving and Program Development de P. Castéran et Y. Bertot qui a été traduit en chinois. Le dynamisme des membres du LaBRI a permis d attirer des conférences majeures. Nous avons ainsi accueilli 5 conférences nationales, 2 écoles et des conférences internationales de renom : CBMI 07, DAFX 07, DISC 08, STACS 08, VRST 08, ESSLLI 09, EUROCOMB 09. Au total ce sont 2300 conférenciers accueillis sur deux ans et demi. En 2010, deux conférences majeures seront organisées : ICALP et EuroVis. 1.1.4 Partenariats Les directions successives du LaBRI ont construit le Laboratoire d informatique de Bordeaux appuyé par l Université Bordeaux 1, l ENSEIRB et le CNRS. Ceci a permis de maintenir un dynamisme dans le recrutement et dans la facilité à faire émerger de nouveaux thèmes puisque les nouvelles filières créées par les membres du laboratoire ont en retour permis d obtenir des postes d enseignant chercheur et d acquérir une visibilité régionale. De ce dynamisme découlent des opérations de recherche nombreuses et variées tant au sein de l Université qu avec d autres partenaires. Nous décrivons ci-dessous les actions menées. Partenariat avec les laboratoires de l Université de Bordeaux Historiquement, les premiers partenariats se sont construits avec la composante «Mathématiques Appliquées» de l IMB autour du calcul intensif. Lors du quadriennal actuel, des projets sont nés avec d autres laboratoires et notamment avec l Institut des Matériaux et Systèmes (un des trois laboratoires du pôle «Technologie de l Information») : systèmes embarqués et objets communicants (LSR), Vidéo-surveillance (IS). Dans ce dernier projet, le centre de recherche «Épidémiologie, Santé Publique, Développement» (Unité INSERM U897) expérimente les caméras embarquées pour l aide au maintien à domicile des personnes atteintes de la maladie d Alzheimer. D autres projets sont en cours avec des laboratoires Bordelais autour du traitement d image : Mise en correspondance d arbres bronchiques avec le centre de recherche Physiopathologie de la Réactivité Bronchique et Vasculaire (Unité INSERM U885), Modélisation du mouvement dans les séquences IRM avec le laboratoire Imagerie Moléculaire et Fonctionnelle (Unité CNRS UMR 5231) Imagerie Térahertz menée avec le Centre de Physique Moleculaire Optique et Hertzienne (Unité CNRS UMR 5798). Partenariat avec l INRIA On peut penser que la visibilité du LaBRI et notamment sa capacité à se recomposer ont été déterminants dans la décision d implanter l INRIA à Bordeaux. Un protocole d accord entre l INRIA et le PRES de Bordeaux est signé et porte sur la période janvier 2008 à décembre 2010. Ce protocole définit les modes de collaborations entre les organismes et fournit un cadre pour la mise en place de projets communs. Suite à cet accord, le LaBRI est dit «laboratoire associé à l INRIA». Cette association porte sur le fait qu une part significative du laboratoire est impliquée dans des projets communs. Un comité de concertation est adossé à ce protocole. Il est constitué du président-directeur général de l INRIA, du président du PRES de Bordeaux qui peuvent s entourer des experts qu ils souhaitent. Il s est réuni pour la première fois le 14 mai 2009. Afin de suivre au plus près les évolutions, un comité local à l Université de Bordeaux se réunit mensuellement depuis septembre 2008. Il est constitué des représentants de l INRIA Bordeaux-Sud-Ouest, des représentants des universités et des écoles ainsi que des directions des laboratoires. Depuis 2006, trois projets communs ont été officialisés. Il est à noter que sur la période 6 projets communs sur 9 ont été dirigés par des professeurs du LaBRI. Les dernières équipes créées comme les précédentes sont nées d activités de recherche menées au sein du LaBRI puis labellisées par l INRIA. Le

CHAPITRE 1. BILAN DE L UNITÉ 16 40 35 30 ETP Chercheur 25 20 15 10 5 0 2005 2006 2007 2008 2009 U. Bordeaux CNRS INRIA Figure 1.1 Effectif des équipes communes LaBRI/INRIA Bordeaux-Sud-Ouest LaBRI a fortement soutenu ces projets communs notamment par l affectation, depuis 2005, de deux ingénieurs de recherche permanents et 12 postes d enseignants chercheurs (pour 30 pourvus). Actuellement, 31% des ETP chercheurs du laboratoire hors INRIA sont engagés dans des projets communs. La figure 1.1 montre le nombre équivalent temps plein chercheur investi sur les projets communs depuis 2005 en comptant pour les projets les plus récents la période de gestation. Dans ces effectifs, nous n avons pas décompté les membres associés aux équipes qui sont plus difficilement identifiables. Partenariat internationaux La LaBRI a accueilli 86 chercheurs étrangers au cours de ce contrat. On trouve figure 1.2, 1.3 un apercu de la couverture géographique des relations du LaBRI. Douze membres du LaBRI ont effectué des séjours de plus de deux mois à l étranger. Participation aux pôles de compétitivité Les équipes du LaBRI sont impliquées dans plusieurs projets au sein de deux pôles de compétitivité. Le pôle mondial Aerospace Vallée concerne l aéronautique, l espace et les systèmes embarqués. Le LaBRI en partenariat avec l INRIA Bordeaux-Sud-Ouest participe aux projets SOUL, MACAO et SOLSTICE qui ont été labélisés par le pôle Aérospace Vallée. Tout récemment en juillet 2009, le projet SYMM concernant le développement de drones vient de recevoir la labellisation du pôle. Ce projet implique la société régionale Fly n sens ainsi que les laboratoires IMS et LaBRI, il est une véritable illustration du pôle TI de l Université de Bordeaux. Le pôle de compétitivité «Route des lasers» concerne l optique et ses applications. Deux projets impliquant le LaBRI ont reçu la labellisation de ce pôle. Il s agit du projet TeraBook menés en collaboration avec la société I2S et le laboratoire du CPMOH qui concerne l étude des technologies TeraHertz pour la numérisation de documents. Et le projet Polinum qui a pour vocation le développement d une usine/laboratoire pour la numérisation de documents anciens. Ce dernier projet est en cours d instruction pour l obtention d un financement FEDER.

CHAPITRE 1. BILAN DE L UNITÉ 17 Figure 1.2 Relations internationales

CHAPITRE 1. BILAN DE L UNITÉ 18 Figure 1.3 Relations Européennes

CHAPITRE 1. BILAN DE L UNITÉ 19 Total 2004 6 1 3 1 - - 2 4 2 - - - 1 1 21 2005 7 1 3-2 - 2 1 3-1 - 4 1 25 2006 11 - - 2 - - 1 2 5 - - 1 3-25 2007 12-1 2-1 3 1 2 2 - - 3-27 2008 11 2 2 2 - - 4 7 9-1 1-1 40 Ministère AMN Région Région/CNRS Région/INRIA CNRS INRIA Contrat CIFRE CEA DGA SFERE Figure 1.4 Supports des doctorants du LaBRI. Etranger Autres Participation aux actions nationales Les chercheurs du LaBRI participent également aux réseaux thématiques nationaux : GDR ALP(CS), Génolevures, IM, ISIS (CS), Jeux, STIC SANTE,, IM, GPL, jeux, GDR. La plateforme Génolevure, hébergée au LaBRI, est devenue une ressource mondialement accédée. Elle est soutenue pae le CNRS département SDV. Deux académiciens français et un académicien belge membres du GDR soutiennent activement son développement. 1.1.5 Situation par rapport aux objectifs du présent quadriennal La situation par rapport aux objectifs scientifiques est discutée dans les chapitres consacrés aux équipes. Nous ne présentons ici que la réalisation des objectifs communs du laboratoire. Un point mis en avant était le développement des relations industrielles. Nous avons organisé des rencontres industrielles proposant un panorama du savoir-faire des équipes. Par ailleurs, le partenariat avec l entreprise Thales a été renforcé, en appui sur les équipes MF et LSR, et débouchera en 2010 sur la création d un laboratoire commun Thales-Université Bordeaux 1. Enfin des contrats ont été signés avec des PME locales. En 2010, une opération associant le LaBRI et la société I2S démarrera autour de la chaîne de traitement de l image numérique. Un investissement important a été réalisé pour rendre visibles les développements logiciels du LaBRI, qui sont une part conséquente de l investissement des équipes de recherche. Deux actions ont été menées : attributions de moyens ingénieurs via le Carnot ou des ingénieurs permanents, dépôt des logiciels à l APP, 9 dépôts en cours. Parmi ces logiciels on peut citer : Alta-Rica : logiciel de vérification qui devient de fait un standard de vérification en aéronautique avec notamment son insertion dans le logiciel OCAS développé par Dassault, NEKO 3D : extraction 3D de l arbre bronchique à partir d images scanner à rayons X de poumons. Tulip : un des logiciels majeurs en manipulation de grands graphes qui est inclus dans la distribution Debian et tourne également sous Windows et Mac, Au niveau matériel, un enjeu important était le déploiement du nœud GRID 5000. La mise en route s est faite avec la création de deux nouvelles salles de machines au LaBRI en 2006 et 2007 sur des fonds nationaux, régionaux, INRIA et CNRS. Une nouvelle activité est née autour de ce nœud concernant les réseaux pair-à-pair. Cette activité a fait l objet du projet commun LaBRI-INRIA CEPAGE. Il est à noter que la création de ces salles a permis en retour d anticiper les opérations matérielles concernant le traitement d image numérique et l indexation vidéo. Pour la formation doctorale, il était prévu un élargissement des modes de financement avec notamment un arrêt complet des doctorats sans financement. La figure 1.4 montre la répartition des sources de financement des doctorants ayant commencé leur thèse postérieurement à 2004. Par ailleurs l AFoDIB (Association de la Formation doctorale d Informatique de Bordeaux) a continué à organiser régulièrement les rencontres doctorants-entreprises qui sont maintenant élargies au PRES avec le forum AquiDoc.

CHAPITRE 1. BILAN DE L UNITÉ 20 + 65 ans ITA/IATOS EC et C 60 64 ans 55 59 ans 50 54 ans 45 49 ans 40 44 ans 35 39 ans 30 34 ans 30 ans 0 5 10 15 20 25 30 Figure 1.5 Pyramide des âges En ce qui concerne le développement de l INTRANET prévu au projet, celui-ci sans être fini est avancé : gestionnaire d évènements, réservation de salles, réservation de voyages, archivage de contrats. L ensemble des publications a été migré du logiciel Basilic vers HAL comme en témoigne ce rapport d activité. Suite à des mouvements de personnels au sein de l équipe système, le développement de l Intranet a été mis entre parenthèses en Septembre 2007 et devrait reprendre en Octobre 2009. Le potentiel administratif et technique reste un motif d inquiétude. Il est très en dessous de la croissance du laboratoire, même si le poste de gestionnaire d unité demandé au précédent quadriennal a été affecté par l Université Bordeaux 1. 1.1.6 Ressources humaines Au 31 août 2009, le LaBRI réunit 105 enseignants-chercheur, 30 chercheurs (17 CNRS et 13 INRIA), 12 personnels techniques (7 CNRS, 4 Université Bordeaux 1 et 1 ENSEIRB) et 7,5 personnels administratifs (3 CNRS, 3 Université Bordeaux 1 et 1,5 INRIA). Au cours du précédent quadriennal comme de l actuel, la croissance du laboratoire en personnel enseignants- chercheur et chercheur est de 30%. On trouve figure 1.5 une répartition des âges des membres du laboratoire. On constate que les membres du laboratoire sont plutôt jeunes et qu il y a lieu de s inquiéter du taux d encadrement.

CHAPITRE 1. BILAN DE L UNITÉ 21 Personnel enseignant-chercheur et chercheur Le LaBRI a toujours pratiqué une politique de recrutement ouverte à l extérieur. Au cours de la période, sur 42 postes, 32 ont été pourvus par des candidats extérieurs au laboratoire. En ce qui concerne les enseignants-chercheurs, le recrutement extérieur a été le suivant : 6 candidats recrutés pour 7 postes de professeurs mis au concours, 14 candidats recrutés sur les 20 postes de maîtres de conférence mis au concours. Cette politique permet au LaBRI d être attractif auprès des meilleurs candidats, de se renouveler en apportant de nouvelles compétences aux équipes. Ceci se fait en tenant compte d un équilibre entre les équipes. Ainsi, le profilage des postes imposé fréquemment par les tutelles s effectue en associant largement deux voire plusieurs équipes du LaBRI permettant ainsi d être attractif pour beaucoup de candidats. La nouvelle organisation de la recherche autour de 6 équipes a permis de mieux accompagner les thématiques d effectif faible dans le précédent quadriennal. C est ainsi que sans nuire aux équipes «historiques» et grâce aux recrutements INRIA et CNRS, les nouvelles équipes ont vu leurs effectifs augmenter. Personnel administratif et technique La politique menée en matière de recrutement est aussi largement ouverte vers l extérieur. Tous les emplois contractuels ont été pourvus après un appel à candidature notamment au niveau de l ANPE ou de l APEC. Un jury associant des membres extérieurs au LaBRI a été constitué pour chaque poste. Les postes réellement nouveaux attribués au LaBRI se résument à : IGE gestionnaire d unité pourvu en 2006 (Université Bordeaux 1), ADT gestion comptable en 2007 (CNRS, concours non affecté, la lauréate était déjà adjointetechnique contractuelle ENSEIRB). Les autres postes de permanents attribués sont durant ce quadriennal ADT gestion comptable pourvu en 2008 (Université Bordeaux 1) : ce poste existait au LaBRI en 2005 et avait disparu à la faveur d une mutation interne, ASI gestion comptable à pourvoir en 2009 (Université Bordeaux 1) : ce poste vient en anticipation d un départ à la retraite d un ASU. Le soutien apporté par l ENSEIRB a pris la forme de la reconduction du poste d adjoint-technique en poste de technicien contractuel. avec un poste de technicien contractuel. Ce poste est affecté à mi-temps à l organisation des conférences au LaBRI et permet d appuyer les chercheurs dans la réalisation des budgets, les inscriptions et le suivi. Afin de permettre un fonctionnement raisonnable, la direction a procédé au recrutement de 3,5 CAE payés sur fonds propres afin que la cellule administrative puisse faire face au volume des opérations ainsi qu à l accueil. En ce qui concerne les personnels techniques, un poste d ingénieur d étude avait été pourvu en Noemi en 2006. En 2007, le responsable de l équipe systèmes et réseaux a souhaité être détaché à l INRIA. Suite à diverses mobilités, l équipe se trouve avec le même effectif qu en 2006. En ce qui concerne les ingénieurs de recherche en soutien aux équipes, un poste en contrat longue durée de 3 ans a été attribué par le CNRS en 2009. Ce poste est actuellement affecté en priorité au projet Visidia et à partir de 2010 à mi-temps en image numérique. A travers ces quelques lignes, on peut constater que depuis une dizaine d années, l effectif des personnels permanent administratifs et techniques est quasi constant. Cette situation rend le fonctionnement du laboratoire de plus en plus problématique. Afin, de prévenir une situation qui peut devenir chaotique, le laboratoire a dégagé sur fonds propres, 2 postes d assistantes d équipes contractuelles sur budget propre à partir d octobre 2009 en faisant le pari qu une amélioration doit intervenir de la part de nos tutelles. Formation du personnel Durant la période de 2005 à fin juin 2009, le volume des formations suivies par l ensemble du personnel du laboratoire est de 3436 heures, en très forte augmentation depuis 2007. Ceci reflète la volonté de la direction du laboratoire ainsi que de nos établissements de tutelles de permettre l accès d un large public à toute une palette de formations. Le fait que le service administratif comprenne une proportion considérable de contractuels (5 pour 11 permanents) nécessite la mise

CHAPITRE 1. BILAN DE L UNITÉ 22 en place de plans de formation individuels. Cela explique aussi l augmentation du nombre d heures de formation suivies par ces agents depuis 2007. Les formations les plus suivies sont celles des catégories langues vivantes, métier et hygiène et sécurité. On trouvera en annexe 10.2 des informations détaillées. 1.1.7 Formation Formation initiale Le LaBRI rassemble les enseignants-chercheurs qui interviennent à l université dans les licences et master et à l ENSEIRB dans les filières informatiques et télécom. Le nombre d étudiants se décompose en 300 étudiants IUT, 450 élèves ingénieurs, 800 étudiants de licence, 140 étudiants de MiAGe. Les masters accueillent 230 étudiants sur des thématiques du laboratoire : Algorithmes et Méthodes Formelles Génie Logiciel Image, Son, Multimédia Systèmes et Réseaux Cryptologie et Sécurité Informatique (commun avec l Institut de Mathématiques de Bordeaux) Bioinformatique L unicité du laboratoire permet de mutualiser des enseignements notamment entre les masters et l école d ingénieur. Ceci permet souvent une économie d échelle mais également à des étudiants qui au départ ont eu un parcours très différent de pouvoir interagir. Cette activité génère de nombreuses tâches administratives assumées par les enseignants chercheurs du laboratoire. Citons par exemple : la mise en place de plan de lutte contre l échec (depuis 2006 à l Université Bordeaux 1), les nouvelles filières à créer (licences professionnelles par exemple), les échanges internationaux... Au cours de ce quadriennal, le principal problème rencontré par le laboratoire a été l accueil des stagiaires de tous niveaux. En effet, les locaux bien que récents sont devenus exigus et il est difficile de satisfaire l ensemble des demandes sans nuire à la sécurité du laboratoire. Le laboratoire a soutenu l idée d une Maison des Masters qui pourrait voir le jour, à l occasion de l opération campus, avec un bâtiment à proximité du laboratoire. Formation doctorale La taille du laboratoire, les diverses sources de financements et les réformes du LMD ont conduit le laboratoire à mettre en place une politique de formation doctorale, depuis le recueil des sujets jusqu au recrutement, à l installation et au suivi des doctorants. Nous en donnons ci-dessous les grandes lignes. On trouvera une description plus détaillée en annexe 10.3. La formation doctorale centralise l ensemble des sujets de thèse, qui sont validés et classés par le Conseil Scientifique du laboratoire, et utilise cette liste pour les divers guichets de financement (allocations ministérielles, BDI, etc). Ceci permet au laboratoire d être plus performant sur deux critères : le nombre d allocations et l attractivité du laboratoire par un affichage à destination des candidats dès le mois de décembre. Afin de préserver l excellence de la qualité de sa formation doctorale, le laboratoire a mis en place un dispositif qui valide toute candidature en thèse avant l inscription administrative. Sur les financements Ministère et Région, le laboratoire s appuie sur le Conseil Scientifique pour valider les candidats. Chaque doctorant dispose d un poste de travail personnalisé, souvent préparé avant son installation au LaBRI. A l exception, des équipes hébergées par l unité INRIA, les bureaux des doctorants sont répartis dans plusieurs endroits du bâtiment pour permettre une intégration totale des doctorants. Une journée de rentrée des doctorants a lieu courant octobre. Le laboratoire encourage les doctorants à participer activement aux groupes de travail des équipes ainsi qu au séminaire du laboratoire. De plus, il existe un séminaire géré par les doctorants et pour eux. Depuis 2006, le laboratoire a mis en place, avec l école doctorale maths-info, le rapport d étape du doctorant. Un suivi des anciens doctorants est effectué malgré des ressources de secrétariat très réduites. Sur 86 doctorants, 6 sont chercheurs, 20 sont maîtres de conférence, 27 sont