Gérer sa bibliographie et ses pdfs avec Zotero

Gérer sa bibliographie et ses pdfs avec Zotero Pour ne plus être dans cette situation Dernière mise à jour : 07/07/2015 - Auteur : Frédérique Flamerie

Rappels sur la bibliographie Outils pour rédiger une bibliographie des données fiables et complètes un style bibliographique un logiciel de gestion de bibliographie Par DrJohnBullas Source Flickr

Rappels sur la bibliographie Qu est-ce qu un style bibliographique? Les styles définissent la façon dont les éléments bibliographiques (citations et bibliographie) d un document doivent être organisés et formatés. 2 types de style principaux : le système dit de «Vancouver» : citations numériques les références dans la bibliographie sont classées par ordre d apparition dans le texte Ex : Vancouver, IEEE, ACS, Nature, Science le système dit de «Harvard» : citations «auteur-date» les références dans la bibliographie sont classées par ordre alphabétique d auteur Ex : AGU, Council of Science Editors Voir : Guides de l université de Murdoch

Critères de comparaison et de choix d un logiciel de gestion bibliographique Logiciel libre/propriétaire Formats d import et d export disponibles Styles bibliographiques fournis (et possibilité d en créer de nouveaux) Possibilité d importer depuis différentes sources bibliographiques Capacité de la base Outils de recherche et de tri dans les bibliothèques de références

Zotero : présentation générale Plug-in Firefox, open source, gratuit, et extensible Version Standalone compatible avec Safari et Chrome - limite : gère mal l accès distant (cf. infra) Compatible avec d autres logiciels de gestion bibliographique : import/export de références en BibTex, RIS, etc. Plug-in d interface directe avec le traitement de texte Word, LibreOffice et OpenOffice Stocker et gérer : Terminologie Zotero des références bibliographiques = des documents les documents qu elles décrivent = des fichiers joints des captures de pages Web des liens vers des pages Web

Zotero : Zotero ou Zotero Standalone? Source : La boîte à outils des historiens - http://www.boiteaoutils.info/2012/05/zotero-version-firefox-oustand-alone.html Voir aussi : http://forums.zotero.org/discussion/21623/zotero-30-for-firefox-vs-zotero-standalone

Zotero : fonctionnalités principales Collecter des documents depuis des catalogues de bibliothèques, des bases de données en ligne, des sites internet, des pdfs, etc. Gérer et organiser les documents par : dossiers et sous-dossiers (Collections) marqueurs (Tags) recherches dans les documents Générer des bibliographies, gérer les appels de citation et la bibliographie d un document Créer un compte en ligne et synchroniser sa bibliothèque Zotero Zotero + Partager des références bibliographiques Zotero++

Gérer sa biblio avec Zotero en 2h 1.Installer et configurer Zotero 2.Collecter des documents 3.Gérer ses documents et ses pdfs 4.Exploiter ses documents By Alexandra Guerson Source : Flickr 5.Compléments divers

Les possibilités de téléchargement sont proposées en fonction du navigateur utilisé (seulement Zotero Standalone et l extension Chrome pour Chrome par exemple) 1.Installer Zotero

1. Les 4 zones Barre d outils Liste des documents Organiser les documents : collections, marqueurs et recherches sauvegardées Détails du document sélectionné

1. Configurer Zotero Apparence + divers Synchronisation : compte, réinitialisation, etc. Indexation des fichiers pdf et statistiques Citation rapide Plug-ins Word/OpenOffice et styles bibliographiques Emplacement des données, raccourcis clavier, intégrité de la base, encodage des caractères, résolveur de liens

1.Configurer Zotero Joindre automatiquement les fichiers PDF associés = uniquement sur les plateformes (ScienceDirect, IEEEXplore, ACS, etc.) et pour les revues et e-books acquis par la BUPMC ou en libre accès

1.Configurer Zotero : pour les chimistes Un paramètre caché vous permet de choisir le type de PDF ACS téléchargé Il doit être ajouté manuellement taper about:config dans la barre d adresse de Firefox clic-droit > Nouvelle > Nombre entier Saisir le nom entier : extensions.zotero.translators.acs.highrespdf et indiquer la valeur souhaitée Voir : http://www.zotero.org/support/preferences/hidden_preferences#translator_preferences

1.Configurer Zotero : SFX Indiquer le résolveur de liens de la BUPMC pour fiabiliser l accès au texte intégral et accéder au menu SFX depuis votre bibliothèque Zotero http://sfxeu06.hosted.exlibrisgroup.com/33upmc

1.Configurer Zotero : SFX Menu SFX

1. Configurer Zotero : SFX Rechercher dans la bibliothèque est l'une des options du menu déroulant du bouton Zotero. Depuis la page d'un article, vous générez ainsi le menu SFX sans avoir à enregistrer le document dans votre bibliothèque Zotero. Source : Stillman D. Zotero 4.0.27: Streamlined saving, easier bibliography language selection, and more. Zotero Blog, 2015

2. Collecter des documents 1 Collecte en ligne 1 2 3 4 Import d un fichier Saisie manuelle d une document : différents types de disponibles Recherche d une document par son identifiant (DOI, etc.) 2 3 4 5 Récupérer les métadonnées d un pdf

2.1 En ligne Les éléments à sélectionner correspondent à ceux affichés sur la page en cours Pour récupérer tous les résultats d une requête : Modifier les paramètres d affichage des résultats (20 per page à 50 ou 100 per page) ou Créer un fichier.ris (ou.bib) puis l importer dans Zotero

2.1 En ligne

2.1 En ligne Si l enregistrement échoue ou si vous souhaitez importer un grand nombre de documents, il reste toujours possible d exporter un fichier au format RIS ou BibTex, que l on importera ensuite dans Zotero, ou dont on copiera le contenu pour utiliser l import depuis le pressepapiers de Zotero Si l on a choisi dans les Préférences «Utiliser Zotero pour les fichiers RIS/Refer téléchargés», l import d un fichier RIS dans Zotero se fera automatiquement Pour le Web of Science, choisir le format Plain Text 3 Importer depuis le presse-papiers 1 Choisir les références et générer le fichier Plain Text 2 Ouvrir le fichier généré, Ctrl+A et Ctrl+C pour sélectionner et copier tout le contenu

2.2 Import de fichier Fichier de références dans un format spécifique, obtenu par export d EndNote ou d une base de données biblio non compatible Zotero

2.3 Saisie manuelle A réserver aux documents dont les références sont introuvables dans une base de données Choisir le type de doc. à décrire Compléter les champs, variables en fonction du type de document

2.4 Rechercher un document par son identifiant

2.4 Rechercher un document par son identifiant Saisir plusieurs identifiants : séparés par Shift+Entrée ou copie d un fichier multi-lignes Sources : WorldCat pour les ISBN (livres), CrossRef pour les DOI et bien sûr PubMed pour les PMID. NB import par ISBN : données souvent incomplètes

2.5 Récupérer les métadonnées du PDF Ajouter les PDF à la Bibliothèque Zotero en les faisant glisser depuis leur emplacement d origine

2.5 Récupérer les métadonnées du PDF clic droit, installer pdftotext et pdfinfo la 1 ère fois Si Zotero trouve les métadonnées correspondant au PDF, il crée un nouvel élément, auquel il rattache le pdf

3. Gérer ses documents Collections 2 4 Recherches 1 Affichage et tri 3 Marqueurs 5 Gérer ses PDF

3.1 Affichage et tri des documents Définir les champs d affichage (i. e. les critères de tri) des documents

3.2 Collections clic droit Créer des collections et des sous-collections (glisser-déplacer les dossiers pour créer une arborescence) a) Un document peut être classé dans plusieurs collections, mais il existe en un seul exemplaire dans la bibliothèque (i. e. collections = vues différentes sur un document unique) b) Ajouter un document à une collection : glisser-déplacer le doc dans la nouvelle collection c) Déplacer un document d une collection à une autre : glisserdéplacer + Shift (Cmd pour Mac) le doc dans la nouvelle collection glisser copier glisser déplacer

3.2 Collections Pour savoir dans quelles collections un document est classé, le sélectionner et cliquer sur Ctrl (ou Alt pour Mac) : les collections dans lesquelles il est classé apparaîtront en sur-brillance Par défaut, les collections de Zotero ne sont pas récursives, i. e. les documents d'une sous-collection n'apapraissent pas dans la collection supérieure. Modifier ce paramètre : saisir about:config dans la barre d'adresse de Firefox, chercher extensions.zotero.recursivecollections, indiquer la valeur true.

Collections utilitaires 3.2 Collections Repérer les doublons et les fusionner Le contrôle de doublon se fait sur le titre, le DOI et l ISBN Repérer les documents non classés

3.3 Marqueurs Tous les marqueurs Marqueurs du document sélectionné Marqueur = doit être créé dans un document Créer plusieurs marqueurs simultanément en les séparant par Shift+Entrée ou par copie d un fichier multi-ligne

Filtre sur un marqueur : afficher uniquement les documents comportant ce marqueur 3.3 Marqueurs Appliquer un marqueur à un ensemble de documents : glisser-déplacer les documents sur le marqueur By KTVee Source : Flickr

3.3 Marqueurs Clic droit : renommer un marqueur le supprimer (mise à jour automatique dans les documents) attribuer une couleur et un raccourci clavier à un marqueur : le raccourci clavier permet d ajouter et de retirer un marqueur à un document Un marqueur auquel on a attribué une couleur n est pas supprimé automatiquement lorsque le dernier document le comportant est supprimé

3.4 Recherche dans la bibliothèque 1. Définir les critères de recherche Chaque champ ne doit contenir qu une chaîne de caractères Si la recherche porte sur un seul critère, afficher un seul champ et ne pas laisser de champ vide 2. Enregistrer et nommer la recherche 3. Relancer la recherche

3.5 Gérer ses PDF (et tous ses fichiers) Par : Dennis Skley - BY-ND Source : Flick r

3.5 Gérer ses PDF Ajouter dans le document un lien vers le fichier pdf du texte intégral stocké sur le disque dur Il vaut mieux copier le fichier que joindre un lien vers le fichier Copier le fichier pdf sélectionné dans un répertoire du dossier système de Zotero (possibilité de définir ce répertoire dans les Préférences): fichier non accessible par l explorateur Windows, mais lien plus pérenne, possibilité de chercher dans le texte intégral + qqs autres aspects (notamment synchronisation)

3.5 Gérer ses PDF Autre possibilité : copier = glisser-déplacer déplacer = glisser-déplacer + Shift (Cmd pour Mac) le fichier depuis son emplacement, en l attachant (ou non) à un document NB pas attaché = pas citable

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile Faciliter la gestion des fichiers attachés : attachement du dernier fichier téléchargé, renommage automatique des fichiers, enregistrement des pdfs dans un dossier déterminé, etc. Synchroniser les pdfs avec un IPad ou une tablette Extraire les annotations d un fichier joint et les intégrer dans une note

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile Utiliser Zotfile avec Zotero Standalone Enregistrer le fichier.xpi

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile Utiliser Zotfile avec Zotero Standalone Installer l extension dans Zotero Standalone 1 3 2

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile Paramètres généraux : définir l emplacement du dossier source et des fichiers Paramètres des tablettes : synchronisation avec un ipad ou une tablette Règles de renommage : définir le schéma de renommage des fichiers Paramètres avancés : options des annotations, options de renommage (types de pièce jointe, renommage automatique, etc.)

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile Vocabulaire %a - noms des auteurs %I - initiales de l auteur %F - nom de l auteur et 1ère lettre de son prénom (i.e. EinsteinA) %A - 1ère lettre de l auteur %y - année (extrait du champ date) %t - titre %T - type de document % h - titre abrégé %j - titre de la revue %p - nom de l éditeur %w - titre de la revue ou nom de l éditeur %s - titre de la revue abrégé %v - volume %e - numéro %f - pagination %n - numéro de brevet (que pour les brevets) %i - détenteurs (que pour les brevets) %u - date de publication (que pour les brevets) %c collection (uniquement pour les sousdossiers, non pour les fichiers). Si un document est classé dans plusieurs collections, l utilisateur choisira celle à utiliser pour le classement du fichier Séparateur pour Windows : \ Séparateur pour Mac et Unix : /

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile Syntaxe { } : groupe optionnel : joker exclusif Ex: {%a}{-%y}{-%j (%s)} = Abbott-1990-American Journal of Sociology (AJS) si"%j" ou "%s" est vide = Abbott-1990 {%a-}{%y-}{%s %j} = Abbott-1990-AJS si "%s" est vide = Abbott-1990-American Journal of Sociology

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile Pour exploiter ses pdfs en dehors de Zotero, on peut paramétrer leur enregistrement automatique dans un répertoire déterminé (un lien est alors créé dans le document). Pour déplacer des fichiers joints déjà enregistrés dans Zotero, il suffit de lancer le batch de renommage (cf. diapo suivante). Séparateur pour Windows : \ Séparateur pour Mac et Unix : / Ne pas déplacer ni renommer les répertoires ou sous-répertoires ou fichiers, sinon les liens avec les documents dans Zotero seront rompus

3.5 Gérer ses PDF avec Zotfile Clic droit Joindre un nouveau fichier : attacher le dernier fichier téléchargé dans un dossier défini Gérer les pièces jointes : renommer et/ou déplacer les fichiers joints, extraire les annotations des pdfs

4. Exploiter les documents 1. LaTeX 2. Générer une bibliographie 3. Citation rapide 4. Plug-in traitement de texte Auteur : Evil Erin - Source : Flickr

4.1 et Zotero vous permet de créer une véritable base de données de vos références bibliographiques (et bien plus) Références que vous pouvez ensuite exploiter avec LateX, puisque Zotero gère les imports/exports en BibTex Zotero génère le type, les champs et la clef : nom de l auteur_mot du titre_date clic droit, «Exporter les documents sélectionnés» En savoir plus : cours du MIT et de l EPFL

Zotero Better Bib(La)Tex gérer les clefs : définies manuellement dans le champ Extra des documents Zotero, et/ou générées automatiquement glisser-déplacer des citations dans un éditeur LaTeX exporter automatiquement toute sa bibliothèque ou seulement des collections déterminées etc. AutoZotBib alimenter automatiquement un fichier.bib choisir les éléments constitutifs de la clef générée automatiquement par Zotero ce plug-in peut ralentir considérablement le fonctionnement de Zotero 4.1 et Zot2Bib alimenter automatiquement un ou plusieurs documents BibDesk Zotero autoexporting alimenter automatiquement un fichier.bib exporter toute sa bibliothèque ou seulement des collections ou recherches sauvegardées déterminées

4.2 Style de la bibliographie Préférences > Citer > Styles Désinstaller un style

4.2 Générer une bibliographie Sélectionner les documents (triées au préalable le cas échéant) ou la collection, clic droit «Créer une bibliographie à partir des éléments sélectionnés», choisir le style bibliographique, la langue et le format d enregistrement du fichier

4.3 Citation rapide Insérer rapidement une citation et 1 créer une bibliographie par glisser-déplacer, ou 2 insérer seulement l appel de citation en appuyant sur Shift 1 2 Paramétrer le style bibliographique et la langue dans Préférences > Exportation

4.4 Installer le plug-in Word ou Libre Office Préférences > Citer > Traitements de texte

4.4 Plug-in Word/OpenOffice Insérer et modifier des citation Insérer et modifier une bibliographie Choisir le style bibliographique, la langue et la place des notes (bas de page et/ou fin du document, en fonction des styles) liste à définir dans les Préférences>Citer Possibilité de stocker les documents dans le fichier pour le partager avec d autres utilisateurs

Insérer une citation 4.4 Plug-in Word/OpenOffice L abréviation automatique est proposée uniquement pour les styles prescrivant d utiliser les titres abrégés de revue. Chercher et insérer la citation

4.4 Plug-in Word/OpenOffice Fenêtre classique = navigation dans la bibliothèque

4.4 Plug-in Word/OpenOffice Autres fonctionnalités Générer une bibliographie à partir de tous les éléments référencés (NB : si le style le prévoit) Modifier une citation Modifier la bibliographie Refresh : mise à jour des citations et de la bibliographie Afficher les préférences du document pour changer le style bibliographique Enlever les codes de champ (irréversible)

4.4 Plug-in Word/OpenOffice Raccourcis clavier (Word - Windows) Alt+Ctrl+a Alt+Ctrl+b Alt+Ctrl+e Alt+Ctrl+d Alt+Ctrl+r Alt+Ctrl+p Libre Office et Mac + modifier les raccourcis clavier, voir : https://www.zotero.org/support/word_processor_plugin_shortcuts

Auteur : Sam Hames - source : Flickr 5.Compléments divers

5.Supprimer une bibliothèque Zotero et en commencer une nouvelle Fermer Firefox Supprimer le fichier zotero.sqlite le dossier storage

5. Les modules complémentaires de Zotero En plus de ZotFile Zotero Better Bib(La)Tex Beaucoup d autres modules Zutilo : ensemble de macros pour gérer les marqueurs, modifier le chemin des fichiers attachés, etc. Zotero QuickLook : pour les utilisateurs de Mac OSX, permet de visualiser les notes et les fichiers attachés avec QuickLook - compatible avec Windows et Linux (mais peu convaincant sur Windows) moyennant l installation d un autre logiciel - vidéo de démo liste complète sur le site Zotero et sélection sur le blog The Zoteroist By Alexandra Guerson Source : Flickr

5. Zotero, les smartphones et les tablettes Source (et cours complet) : Harvard Kennedy School Library and knowledge services Et aussi

5. Ce que fait EndNote et ne fait pas Zotero Modifier par lots, par ex. modifier ou ajouter un auteur dans plusieurs notices à la fois Autoriser des bibliographies multiples, par ex. une pour les sources primaires et une pour les sources secondaires Créer un lien hypertexte entre un appel de citation et la référence correspondante dans la bibliographie By Alexandra Guerson Source : Flickr Et encore d autres choses qui ne vous manqueront pas forcément si vous n avez jamais utilisé EndNote!

5. Migrer d EndNote à Zotero Procédure sur le site de l EPFL : http://flashinformatique.epfl.ch/spip. php?article2618 Aide sur le support et le forum Zotero (notamment pour le transfert des fichiers pdfs joints) : http://www.zotero.org/support/kb/im porting_records_from_endnote http://forums.zotero.org/discussion/2 5117/endnote-ris-with-attached-pdfscode-suggestion http://forums.zotero.org/discussion/5 311/importing-endnote-libarayincluding-pdf-attachments By Alexandra Guerson Source : Flickr