Analyse oncogénétique constitutionnelle en panels de gènes LBM OncoGènAuvergne Centre Jean Perrin yves-jean.bignon@cjp.fr
Famille 1530 Dpt Oncogénétique Pr. YJ Famille BIgnonsein ovaire Ovaires (53) Sein bilat (51) Utérus (63) Côlon (68) Sein (35) Sein (46) Ovaires (45) côlon (58) Syndrome de Lynch ou syndrome sein/ovaire? Gènes MMR ou BRCA?
NGS et analyse de panel de gènes D après une diapositive de Francis Collins Diagnostic orienté par la clinique Analyse massive parallèle
QUE PERMETTENT LES NGS An 2000 : 13 ans pour 3 000 000 000 $ pour 1 génome An 2016 : 10 génomes en 5 jours à 1 000$ par génome
PANEL DE GENES ET AIDE AUX DIAGNOSTICS CLINIQUES évolution du rôle des cliniciens 7% des patients avec PHCOM patients remplissent les critères de Lynch 30% des patients avec Lynch patients remplissent les critères de PHCOM Syndromes cliniques complexes : K sein + côlon, polyposes et K côlon Mutations bi-alléliques de BRCA2 : cancers du côlon très jeunes Hétérogénéité génétique des tableaux cliniques K ovaires (12 gènes), K sein (21 gènes), K côlon (9 gènes) analyse des + fréquents aux + rares : limite errances diagnostiques Double hérédité
MUTATIONS «INCIDENTES» OU «SECONDAIRES» Exemple du cancer du sein Cancer du sein : 21 genes connus Seuls 8 +3 gènes sont pertinents (D. Easton, NEJM 2015) BRCA1, BRCA2, TP53, PALB2 (GGC Juillet 2015), ATM, PTEN, CHEK2, NF1 +?: STK11, CDH1, NBN Famille à risque héréditaire de cancer du sein: quel dépistage/prévention si aucun K n est déclaré dans la famille * risque associé de tumeur cérébrale * risque associé de cancers pédiatriques * risque associé de cancer gastrique diffus Questions éthiques : - quelles informations donner pour 11 gènes? - consentement éclairé préalable - le droit de ne pas savoir éthiquement controversé (si bénéfice démontré)
MUTATIONS «SECONDAIRES» nouveaux syndromes cliniques
SEQUENCAGE DE PANELS DE GENES (recherche) M. Ollier & YJ Bignon in Am. J. Cancer Res. 2015 tests de 36 gènes chez 50 patientes CSTN de familles avec PHCOM BRCA-negative 7 mutations délétères (14%) dans : MLH1, MSH6, CHEK2, PALB2, RAD51D (x2), MRE11a Analyses tumorales LOH de RAD51D et MRE11a perte d expression protéique de RAD51D, MLH1, PALB2 Familles avec 2 cancers des ovaires BRCA/PALB2 normaux 1 mutation PMS1 séquençage exome en cours
DU PANEL A L EXOME VOIRE AU GENOME 3-4% de mutations secondaires dans la population générale (AJHG 2013) : plus de % dans les familles à risque? Quelle expertise et quelle interprétation? Quelle compréhension par les consultants? Ne rendre que les mutations ayant une utilité clinique? : 58 pour ACMG (RC Green et al. Genet. Med 2013) 25 pour tumeurs/cancers 31 pour les maladies cardio-vasculaires 2 pour accidents médicamenteux Considéré coût-efficace seulement si orientation pathologique (Nov 2014)
CANCERS SPORADIQUES «BRCAness» - - mutation somatique de BRCA - - méthylation BRCA (réversible = résistance aux PARPi ) - - mutation TP53 ou RAD51C - - amplification EMSY, mutation activatrice EGFR - - méthylation FANCF - - mutations dans des gènes impliqués dans la RH (PALB2) TIG 2000 PANEL DE GENES SOMATIQUES EN PROJET
DEMARCHE DIAGNOSTIQUE Au Centre Jean Perrin Plateforme: - Illumina : MiSeq DX - Roche : GS-Jr et GS-FLX - ABI 3500 DX - 4 robots de pipetage - France-Grille Accrédité COFRAC GB12 (mars 2016) séquençage haut débit + bioinformatique 3 premiers français. Seul en AuRA
ANALYSE D UN PANEL DE GENES AU CENTRE JEAN PERRIN Plus rapide: réduction des délais de rendus de résultats de 9 mois à 2-3 mois Plus simple : lecture des résultats Moins onéreux : coût global réduit de 80% Illumina MiSeq Dx
PANEL DE GENES EN DIAGNOSTIC AU CENTRE JEAN PERRIN Inscrit depuis 2014 dans le consentement éclairé (<2% de refus) Panel de 52 gènes (851 exons) 26 gènes de diagnostics 22 gènes de recherche pré-clinique (rares ou pénétrance inconnue) 4 gènes de recherche fondamentale Nouveau consentement éclairé + livret d informations Formation de tout le personnel technique d ici fin 2016 Validation de méthode en cours (mutations simples et RGT) : profondeur x50 Passage en routine diagnostique : septembre 2016 (sauf apparentés : Sanger) COFRAC janvier 2017
CONCLUSIONS Révolution diagnostique médicale Questions éthiques nouvelles à anticiper Supports bio-informatiques +++