FACULTE de PHARMACIE QCM n 1 : B, D TUTORAT UE spé MEAG 2010-2011 Correction Concours blanc A. FAUX 3 GATCTGATG 5 5 AGGTACTTA--------CTAGACTAC 3 3 TTCATGAAT--------GATCTGATG 5 5 AAGTACTTA 3 B. VRAI 3 CATCAGATC 5 = amorce A2 5 AGGTACTTA--------GTAGTCTAG 3 3 TCCATGAAT--------CTAGACTAC 5 5 AGGTACTTA 3 =amorce A1 C. FAUX 3 CTAGACTAC 5 5 TCCATGAAT--------GATCTGATG 3 3 AGGTACTTA--------CTAGACTAC 5 5 TCCATGAAT 3 3 CATCAGATC 5 = amorce A2 5 CTAGACTAC--------GTAGTCTAG 3 3 GATCTGATG--------CATCTAGATC 5 5 CTAGACTAC 3 = amorce A2 E. FAUX : il faut 2 amorces pour amplifier une région! 3 TAAGTACCT 5 5 AGGTACTTA--------ATTCATGGA 3 3 TCCATGAAT--------TAAGTACCA 5 5 AGGTACTTA 3 = amorce A1 QCM n 2 : B, C, D Deux schéma étaient possibles ER1 ER1 + ER3 ER3 ER3 ER3 ER2 ER2 + ER3 2010-2011 Tutorat UE spécifique MEAG Concours blanc 1 / 6
QCM n 3 : B, C, E A. FAUX. il devra contenir une origine de réplication procaryote. En effet, ce plasmide sera répliqué par des enzymes bactériennes. B. VRAI. En effet, ce site contient des sites de restriction permettant de couper le plasmide et d y insérer l ADNc codant la protéine eucaryote. C. VRAI. Les ARNm possédant une queue polya, ils sont facilement isolables par une colonne d affinité oligodt. Cependant, les ARNm étant trop fragiles, on préférera travailler sur du matériel ADN. Ces ARN seront donc rétro-transcrits en ADN avant d intégrer celui-ci aux plasmides. D. FAUX. Pour former une ß-galactosidase fonctionnelle, le peptide LacZα doit être associé au peptide LacZω. En effet, le gène LacZα ne code que pour une partie de l enzyme, le gène LacZω codant pour l autre partie. E. VRAI. Cela permet d identifier les bactéries ayant intégré un plasmide recombinant des bactéries ayant intégré un plasmide non recombinant. En effet, si la séquence SCM est contenue dans le gène LacZα, l intégration de l ADNc d intérêt sépare ce gène en deux parties. L αcomplémentation ne peut alors plus se produire car on n a plus expression du peptide LacZα normal. Donc il n y a pas de ß-galactosidase formée. Les cellules ayant intégré un plasmide recombinant n expriment donc pas cette enzyme et restent blanches (le substrat X-gal incolore ne peut être dégradé en produit bleu). QCM n 4 : A A. VRAI: Deux extrémités franches sont toujours compatibles pour une ligature par l'adn ligase. Ici, 5'-AG.ATC-3' (Alu I et Eco RV) 3'-TC.TAG-5' B. FAUX: 5'-A C-3' (Hind III et Sac I) 3'-TTCGA.TCGAG-5' Soit extrémités incompatibles pour la ligature. C. FAUX: 5'-C CGAT-3' (Bst VI et Ban III) 3'-GAGCT.TA-5' D. FAUX: Une extrémité franche et une extrémité sortante ne sont jamais directement compatibles pour une ligature avec l'adn ligase. 5'-AG.AGCTT-3' (Alu I et Hind III) 3'-TC A-5' E. FAUX: 5'-GAGCT.CGAT-3' (Sac I et Ban III) 3'-C TA-5' QCM n 5 : A, D A. VRAI. Les fragments synthétisés par l ensemble des 4 réactions de séquençage sont tous distincts d un seul nucléotide (si n nucléotides à séquencer on obtient n fragments d ADN). Ainsi, pour pouvoir bien distinguer tous ces fragments d ADN par électrophorèse, on a besoin d un gel hautement résolutif de type poly-acrylamide. B. FAUX. Les quatre types de dntp sont dans chacun des tubes lors du séquençage de Sanger et Coulson. C. FAUX. Dans chacun des quatre tubes on retrouve un seul type de ddntp, mais en FAIBLE quantité! (comparée à la quantité des dntp).. La séquence du brin complémentaire au brin matrice (donc celle que l on synthétise et que l on lit sur le profil) est 5 -CAGTTACGCA3. Le brin matrice est donc : 5 -TGCGTAACTG-3. Attention : le sens de migration n est pas toujours le même dans les exercices. L extrémité 5 du brin d ADN synthétisé est toujours au bout de la flèche (pôle + de la migration). E. FAUX. 2010-2011 Tutorat UE spécifique MEAG Concours blanc 2 / 6
QCM n 6 : A, E BamHI HindIII 5 -ATG GGG ATC CCT GAT CGA AAG CCA TGA TAA GCT TT-3 Le fragment d ADN qui fera l objet d une ligature dans un vecteur pqe est représenté grisé ci-dessus. Il suffit ensuite de repérer dans les différents vecteurs pqe le fragment qui sera supprimé et qui sera donc remplacé par le fragment d ADNc d intérêt (après ligation à bouts cohésifs). Il suffit de voir que le cadre de lecture ouvert du fragment d ADN d intérêt doit être G ATC CCT après clonage BamHI sur le vecteur. Si on clonait dans pqe30 (séquence en minuscule), on aurait après ligature (His)6 gga TCC CT Si on clonait dans pqe31 (séquence en minuscule), on aurait après ligature (His)6 acg GAT CCC T Si on clonait dans pqe32 (séquence en minuscule), on aurait après ligature (His)6 ggg ATC CCT Donc le seul clonage qui respecte ce cadre de lecture ouvert (orf) est dans pqe32. Par exemple pour pqe-32 : En noir, le fragment d ADN supprimé. pqe-32, 3462 bp 1 CTCGAGAAAT CATAAAAAAT TTATTTGCTT TGTGAGCGGA TAACAATTAT AATAGATTCA 61 ATTGTGAGCG GATAACAATT TCACACAGAA TTCATTAAAG AGGAGAAATT AACTATGAGA BamHI Met 121 GGATCTCACC ATCACCATCA CCATggGATC CGCATGCGAG CTCGGTACCC CGGGTCGACC HIndIII His x6 181 TGCAGCCAAG CTTAATTAGC TGAGCTTGGA CTCCTGTTGA TAGATCCAGT AATGACCTCA Enfin, il s agit de réaliser la ligation de l ADNc d intérêt, et de vérifier si le cadre de lecture est bien correct. pqe-32 (-SCM)(+ADNc) CTCGAGAAAT CATAAAAAAT TTATTTGCTT TGTGAGCGGA TAACAATTAT AATAGATTCA Met ATTGTGAGCG GATAACAATT TCACACAGAA TTCATTAAAG AGGAGAAATT AACTATGAGA BamHI HIndIII GGATCTCACC ATCACCATCA CCAT ggg ATC CCT GAT CGA AAG CCA TGA TAA GCTT His x6 STOP Le cadre de lecture avec le vecteur pqe-32 est bien correct, c était donc le vecteur qu il fallait choisir. Les deux cadres de lecture ouverts (vecteur et ADN d intérêt) étant cloné en phase, il en résultera une protéine d intérêt étiquetée (His)6 à son extrémité N-terminale. A. VRAI : Sur une colonne porteuse de cations métalliques (Ni 2+ ). Les résidus histidine portent des chaînes latérales imidazole. Les doublets non liants des atomes d azote de ces cycles peuvent complexer les métaux. B. FAUX C. FAUX D. FAUX E. VRAI 2010-2011 Tutorat UE spécifique MEAG Concours blanc 3 / 6
QCM n 7 : B, C, D Une mutation homozygote abolissant un site de restriction sera représentée par une étoile noire Une mutation hétérozygote abolissant un site de restriction sera représentée par une étoile blanche Les flèches grises correspondent aux fragments amplifiés. A. FAUX B. VRAI 1000 500 1500 1500 1500 C. VRAI ADN muté : 1500 1500 ADN non mute : 1000 500 1500 E. FAUX 1000 2000 ADN muté : 1000 2000 ADN non mute : 1000 500 1500 2010-2011 Tutorat UE spécifique MEAG Concours blanc 4 / 6
QCM n 8 : A, D, E A. VRAI : Elle se fait sur une puce, contenant plusieurs milliers de puits. Il est donc possible de séquencer en même temps un grand nombre de fragments d ADN (Par exemple extrait provenant d'une digestion enzymatique du génome d un patient). B. FAUX C. FAUX : Chaque micro-puit contient tous les dntp nécessaires à la polymérisation. E. VRAI QCM n 9 : A, C, E A. VRAI Posons la séquence étudiée : 5 ATCGCAGTC 3 Si elle n est pas méthylée, après conversion au bisulfite et PCR, nous obtenons : 5 ATCGCAGTC 3 5 ATUGUAGTU 3 5 ATUGUAGTU 3 3 TAACATCAA 5 Conversion au bisulfite de Na. Elongation par l amorce spécifique du brin PCR 5 ATTGTAGTT 3 double brin majoritaire 3 TAACATCAA 5 obtenu B. FAUX : Les brins majoritaires sont ceux qui sont obtenus après quelques cycles de PCR, ils ne contiennent pas de U mais des T. C. VRAI Posons la séquence étudiée : 5 ATCGCAGTC 3 Si elle est méthylée, après conversion au bisulfite et PCR, nous obtenons : 5 ATCGCAGTC 3 5 ATCGUAGTU 3 Conversion au bisulfite de Na. Elongation par l amorce spécifique du brin 5 ATCGUAGTU 3 3 TAGCATCAA 5 PCR 5 ATCGTAGTT 3 double brin majoritaire 3 TAGCATCAA 5 obtenu 2010-2011 Tutorat UE spécifique MEAG Concours blanc 5 / 6
D. FAUX : Pour les mêmes raisons que l item B. Pas de U dans les brins majoritaires. E. VRAI : Il est tout à fait possible de faire une étude HRM ou DHPLC à la suite de l étude de la méthylation. QCM n 10 : A, B, C, D A. VRAI : Délétions d exons par exemple dans le cas de très grands gènes. B. VRAI : Cas des gènes BRCA1 et BRCA2 qui ont de nombreux exons. C. VRAI : Car les tailles des fragments amplifiés correspondant respectivement à différentes parties du gène analysé seront différentes. E. FAUX : Les amorces de départ (celles qui sont reliées par la ligase) doivent être de tailles différentes afin que les produits de PCR puissent être différenciées sur gel. 2010-2011 Tutorat UE spécifique MEAG Concours blanc 6 / 6