Licence Biologie Mathématiques L ARBRE DU VIVANT Diversité, aperçu systématique et classification phylogénétique des organismes vivants François Lallier Jonas Collen Christophe Six Jean-Yves Toullec
OBJECTIFS DE L UE ARBRE DU VIVANT Notion de diversité des organismes et de leurs relations phylogénétiques vs écologiques historique, fondamentaux théorie évolution,... Notion de classification phylogénétique : synapomorphies, plesiomorphies, convergence, cladistique,... Aperçu sélectif mais couvrant tous les domaines accent sur les Eucaryotes Contact physique avec cette diversité 2
UE AV PLANNING 45 heures de cours 20 heures de TP 2 sorties terrain 60 /100 Examen écrit 30 /100 Examen TP 10 /100 Herbier (CC) 3
UN OUVRAGE DE RÉFÉRENCE Campbell 01. L exploration de la vie I La chimie de la vie 02. L organisation chimique fondamentale de la vie 03. La singularité vitale de l eau 04. Le carbone et la diversité moléculaire de la vie 05. Structure et fonction des macromolécules II La cellule 06. Exploration de la cellule 07. Structure et fonction des membranes 08. Introduction au métabolisme 09. La respiration cellulaire et la fermentation 10. La photosynthèse 11. La communication cellulaire 12. Le cycle cellulaire III La génétique 13. La méiose et les cycles de développement sexués 14. Mendel et le concept de gène 15. Les bases chromosomiques de l hérédité 16. Les bases moléculaires de l hérédité 17. Du gène à la protéine 18. La génétique des Virus et des Procaryotes 19. Les génomes eucaryotes : structure, régulation et évolution 20. La biotechnologie 21. La génétique du développement embryonnaire IV Les mécanismes de l évolution 22. La «descendance avec modification» : l évolution selon Darwin 23. L évolution des populations 24. L origine des espèces 25. Phylogenèse et systématique V La diversité biologique à travers l évolution 26. L arbre de la vie : une introduction à la diversité biologique 27. Les Procaryotes 28. Les Protistes 29. La diversité des Végétaux I : la colonisation des milieux terrestres 30. La diversité des Végétaux II : l évolution des plantes à graines 31. Les Eumycètes 32. Introduction à la diversité des Animaux 33. Les Invertébrés 34. Les Vertébrés VI Anatomie et physiologie végétales 35. Anatomie, croissance et développement des Végétaux 36. Le transport des nutriments chez les Vasculaires 37. La nutrition chez les Végétaux 38. La reproduction des Angiospermes et la biotechnologie végétale 39. Les réponses des Végétaux aux stimulus internes et externes VII Anatomie et physiologie animales 40. La structure et la fonction chez les Animaux : principes fondamentaux 41. La nutrition chez les Animaux 42. La circulation et les échanges gazeux 43. Le système immunitaire 44. L osmorégulation et l excrétion 45. Les hormones et le système endocrinien 46. La reproduction chez les Animaux 47. Le développement chez les Animaux 48. Les systèmes nerveux 49. Les mécanismes sensoriels et moteurs chez les Animaux VIII L écologie 50. L écologie et la biosphère : introduction 51. La biologie du comportement 52. L écologie des populations 53. L écologie des communautés 54. Les écosystèmes 55. La biologie de la conservation et l écologie de la restauration 4
UE AV PLAN DU COURS Introduc)on F. Lallier 9 février Campbell Chapitre 25 Les origines de la vie F. Lallier 9 février Campbell Chapitre 26 Les procaryotes F. Lallier 10 février Campbell Chapitre 27 Des pro)stes et des algues J. Collen 21 février Campbell Chapitre 28 Les champignons J. Collen 24 février Campbell Chapitre 31 Les plantes C. Six 6, 9 & 20 mars Campbell Chapitres 29-30 Les animaux J.Y. Toullec 20 mars, 3 & 10 avril, 3 mai Campbell Chapitres 32-34 5
UN 2 ND OUVRAGE DE RÉFÉRENCE Lecointre & Le Guyader 6
DES OUVRAGES PLUS SPÉCIALISÉS Le «Brock» Ouvrage de référence en microbiologie Chapitres utiles 02. Vue d'ensemble de la vie microbienne II Evolution et diversités microbiennes 11. Evolution et systématique microbienne 12. Diversité des procaryotes : les Bactéria 13. Diversité procaryote : les archaea III Diversité métabolique et écologie microbienne 17. Diversité métabolique 19. Ecologie microbienne 7
DES OUVRAGES PLUS SPÉCIALISÉS Le «de Reviers» Le tome 1 situe les diverses lignées d'«algues» parmi les autres êtres vivants, analyse leur nature composite, et expose les notions fondamentales de phycologie. Le tome 2 présente les onze grands ensembles d'algues comprenant, d'une part, un embranchement de procaryotes (les cyanobactéries) et, d'autre part, dix groupes d'eucaryotes. 8
DES OUVRAGES PLUS SPÉCIALISÉS 9
L ARBRE DU VIVANT... EN 2007 Chromalveolates Unikonts Excavobiontes? 10