Rapport annuel 2012 Depuis plus de 50 ans au service de la santé en RCA
RAPPORT ANNUEL 2012 2
Sommaire - Le Mot du Directeur 4 - Organigramme de l IPB en 2012 9 - Laboratoire des Arbovirus, des Fièvres Hémorragiques Virales, Virus Emergents et Zoonoses 10 - Laboratoire de haute sécurité biologique BSL2 et BSL3 18 - Service d Entomologie Médicale 22 - Laboratoire des Virus Entériques / Rougeole 26 - Unité de Rétrovirologie et Virus Oncogènes 30 - Laboratoire des Hépatites Virales 42 - Laboratoire de Bactériologie 46 - Laboratoire d Analyses Médicales 50 - Centre National de Référence pour les Mycobactéries 53 - Service d Épidémiologie 57 - Publications de l IPB en 2012 59 - Partenaires Financement de l IPB en 2012 61 - Répartition des ressources et des charges de l IPB en 2012 62 Dessins réalisés par Didier Kassaï 3
Le Mot du Directeur Dr Mirdad Kazanji Directeur L IPB est situé au cœur de l Afrique centrale, caractérisée par un écosystème équatorial et intertropical particulier. L IPB est une structure privilégiée pour la veille microbiologique. Parfaitement intégré dans le paysage sanitaire centrafricain, ses différentes missions ont pour point commun la recherche biomédicale en appui à la santé publique. Les effets marquants de l année 2012 sont : - La tenue du conseil de perfectionnement. - Le renforcement de nos actions auprès du grand public. - La visite du Pr Françoise Barré-Sinoussi, prix Nobel de médecine à Bangui. - L augmentation de notre budget consacré à la recherche biomédicale. - L augmentation du nombre et de la qualité des publications. - La signature de la convention fiscalo-douanière avec le gouvernement centrafricain. - LE CONSEIL DE PERFECTIONNEMENT DE L INSTITUT PASTEUR DE BANGUI Les membres suivants étaient présents: Monsieur Jean-Michel MANDABA, Ministre de la Santé Publique, de la Population et de la Lutte contre le Sida, Président du conseil de perfectionnement. Monsieur Fidèle GOUANDJIKA, Ministre de l'agriculture et du Développement Rural. Monsieur Djibrine SALL, Ministre de l'enseignement Technique, représentant le Ministre d' Etat à l'enseignement Supérieur et à la Recherche Scientifique. Monsieur le Colonel Marius YAFARA, Chargé de Mission, représentant le Ministre d'etat aux Finances et au Budget. Monsieur le Chargé de Mission, représentant le Ministre des Eaux, Forêts, Chasse et Pêche. Professeur Georgette KOYT DEBALLE, Recteur de l'université de Bangui. Docteur Zakaria MAÏGA, Représentant de l'organisation Mondiale de la Santé. Monsieur Xavier HENAUT, Attaché de coopération, représentant le Conseiller de Coopération et d'action Culturelle de l'ambassade de France. Docteur Jérôme SALOMON, Responsable de la Division International de l'institut Pasteur, représentant de la Directrice Générale de l'institut Pasteur. Docteur Mirdad KAZANJI, Directeur de l'institut Pasteur de Bangui. Le conseil de perfectionnement de l IPB s est tenu à Bangui le 31 janvier 2012. Nous avons présenté 4
l ensemble des activités de recherche en appui à la santé publique et de formation pour les deux dernières années. Nous avons reçu les félicitations du Ministre de la Santé Publique, Président du conseil de perfectionnement et des ministres présents ou de leurs représentants pour le changement notable de l'institut et ils ont insisté sur l'évolution remarquable de cet Institut, devenu un acteur incontournable de santé publique et un acteur majeur pour la politique de santé en RCA. Ils ont donné ensuite leur soutien total à l'ipb en promettant de faire le plaidoyer auprès du Président de la République, pour la signature d une nouvelle convention fiscalo-douanière avec le gouvernement en faveur d'une exonération des taxes pour l IPB. organisée au profit des enfants-réfugiés accueillis à l école Sainte-Thérèse de Bangui où 55 enfants âgés de 4 à 12 ans ont bénéficié gratuitement de la vaccination contre l hépatite B. La troisième séance a été organisée au profit des bénéficiaires de l Association Française d Entraide et de Bienfaisance. Au total, plus de 700 doses de vaccin ont été administrées aux plus démunis. 2- Campagne de sensibilisation auprès des femmes de la prison de Bimbo A l occasion de la Journée mondiale de la Femme, en collaboration avec l association FADEC, nous avons organisé le jeudi 08 mars 2012, une séance de sensibilisation sur la tuberculose et les hépatites à la prison de Bimbo. Dans ce cadre, une infirmière de l IPB a reçu les détenues en entretien individuel. 31 janvier 2012. Le conseil de perfectionnement de l Institut Pasteur de Bangui. ACTIONS DE SENSIBILISATION ET D APPUI EN SANTÉ PUBLIQUE. 1- Campagne de vaccination contre l hépatite B auprès des plus démunis Le mercredi 22 février 2012, nous avons lancé une grande campagne de vaccination contre le virus de l hépatite B au profit des populations défavorisées de la capitale et de son agglomération. La première session de vaccination a été organisée au profit des enfants de l orphelinat Action pour la Compassion en Centrafrique. 167 enfants de l orphelinat, âgés de 2 à 14 ans, ont été vaccinés. Le suivi ultérieur sera assuré par l Insitut Pasteur gracieusement. La deuxième campagne de vaccination a été 3- Journée de sensibilisation autour de la tuberculose Pour la Journée mondiale de lutte contre la tuberculose, nous avons en partenariat avec l ONG Linga Tere, organisé, le vendredi 30 mars, une causerie-débat sur la tuberculose. 4- Semaine scientifique : Hommage à Louis Pasteur et la recherche biomédicale A l occasion de la Journée mondiale de la Santé, nous avons organisé la première semaine scientifique de l'ipb, à Bangui. Du lundi 2 au vendredi 6 avril 2012, les scientifiques de l Institut Pasteur de Bangui ont animé des projectionsdébats. Les lycéens ont découvert les dangers des virus (polio, hépatites, VIH). Les étudiants en sciences ont étoffé leurs connaissances sur le virus Ebola au cours de la projection du film «Le silence des gorilles» et d un échange avec le Professeur Antoine Gessain de l Institut Pasteur Paris. Les maîtres-élèves de l ENS ont été avertis des risques 5
spécifiques du paludisme chez l enfant. De plus, le mardi 3 avril 2012, une journée scientifique s'est déroulée dans l amphithéâtre de l Institut Pasteur de Bangui, ouverte à tous les chercheurs centrafricains désireux de compléter leurs connaissances dans le domaine de la biologie et de la virologie. Une projection publique du documentaire de fiction «Pasteur : l homme qui a vu» a été organisée en fin de journée. 5- Journée mondiale de lutte contre le paludisme Pour la Journée mondiale de lutte contre le paludisme, le mercredi 25 avril 2012, une exposition «Vaincre le paludisme, un défi pour la recherche», a été inaugurée, gratuite et libre d accés au public jusqu à la fin du mois de mai, dans les jardins de l Institut Pasteur. A cette occasion, la société Total Centrafrique a fait don, à notre institut, de 300 moustiquaires imprégnées qui seront offertes aux femmes enceintes et aux enfants bénéficiaires des programmes de recherche sur le paludisme. VISITE DU PR FRANÇOISE BARRÉ-SINOUSSI, PRIX NOBEL DE MÉDECINE À L INSTITUT PASTEUR DE BANGUI ET HOMAGE AU DR ALAIN GEORGES. Pasteur de Bangui, avec l'ambassadeur de France et le ministre d'état chargé de l'enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique et en présence de Mme Marie-Claude Georges, elle a inauguré une exposition et un nouveau bâtiment baptisé Alain Georges dont la construction a été financée par l AFD, dédiés à la mémoire du Médecin-général A. Georges, directeur de l'institut Pasteur de Bangui de 1979 à 1991, décédé le 10 août 2012. Mme Françoise Barré-Sinoussi qui a reçu le prix Nobel de médecine en 2008 avec le professeur Luc Montagnier pour leurs travaux, à l Institut Pasteur, sur la découverte du virus du Sida, a répondu positivement à notre invitation et a effectué une visite à l Institut Pasteur de Bangui, du 24 au 27 octobre 2012. Le 25 octobre 2012, sur notre proposition, elle sera faite docteur honoris causa de l Université de Bangui. A cette occasion, le premier ministre de la République Centrafricaine lui a remis les insignes d officier de l Ordre national de la Reconnaissance centrafricaine. Elle a ensuite prononcé une conférence sur l histoire de la découverte du virus du Sida et les défis de la recherche actuelle, avant de tenir une réunion à l Institut Pasteur de Bangui avec la Fondation TOTAL sur le projet de prise en charge des enfants malades au complexe pédiatrique de Bangui. Le 26 octobre 2012, au complexe pédiatrique, en présence du ministre de la santé publique, de la population et de la lutte contre le Sida et des représentants de la Fondation TOTAL, elle a inauguré un incinérateur, des salles de soins et du matériel médical, financés par la Fondation TOTAL, avec l appui de l Institut Pasteur de Bangui. Dans l après midi, à l Institut RENFORCEMENT DE LA RECHERCHE À L IPB 1- Soutien de l Institut Pasteur de Paris par le financement des «Actions Concertées du Réseau International des Instituts Pasteur (ACIP)». Nous avons présenté et obtenu 3 ACIP financés à hauteur de 50 000 euros par l Institut Pasteur de Paris. Ces 3 nouveaux ACIP, avec les 6 autres acceptées en 2011 (voir rapport 2011), permettront de renforcer les liens avec d autres instituts du RIIP et de collaborer au niveau local et régional pour renforcer l appui à la santé publique en RCA. Nous pouvons citer les ACIP suivantes : 6
1- Évaluation de la circulation et du risque d épidémisation du chikungunya en République Centrafricaine et en Côte d Ivoire. II- Diagnostic de la leptospirose parmi des groupes à risque et des syndromes fébriles à Tananarive et à Bangui. III- Surveillance et étude des risques de transmission de virus grippaux entre l homme et le porc et de réassortiments dans la filière d élevage des porcs en pays en développement. Outre ces projets soutenus par Paris, nous avons présenté et obtenu les financements suivants : 2- Grant Dedonder/Clayton; sur l étude moléculaire et répartition géographique des hépatites virales chroniques et de leur coinfection avec le VIH en République Centrafricaine. L objectif de ce projet est d évaluer la prévalence des hépatites B/Delta et de l hépatite C ainsi que de leur co-infection avec le VIH sur un échantillon représentatif de toutes les régions centrafricaines. Cette étude se fera sur 7.080 prélèvements qui sont actuellement disponibles à l IPB. Les prélèvements de «Dried Blood Spot» (DBS) obtenus dans le cadre de l étude sociodémographique (Enquête MICS4, voir rapport 2011) sur la prévalence du VIH en Centrafrique sont pris comme matériels d analyse biologique. Les souches positives seront identifiées et caractérisées par analyses moléculaires. nouveau financement de la fondation Total sur l évaluation des nouvelles méthodes de diagnostic de la tuberculose de l enfant dans trois villes d Afrique subsaharienne, Abidjan (Côte d Ivoire), Bangui (RCA), Yaoundé (Cameroun) et d'une ville de l Océan Indien (Madagascar). L objectif de ce projet est d identifier des algorithmes optimaux pour le diagnostic de la tuberculose chez l enfant en fonction de différents environnements et différents niveaux de ressources de prise en charge. 5- Lancement du projet de jumelage avec le Laboratoire National de Biologie Clinique et Santé Publique (LNBCSP) sur l amélioration de la capacité de diagnostic et de surveillance des infections à Salmonelle en RCA. Ce projet de jumelage, financé par l OMS, entre l IPB, le LNBCSP et l Institut Pasteur à Paris (Unité des Bactéries Pathogènes Entériques (UBPE) dirigée par François-Xavier Weill vise à améliorer la capacité de diagnostic du LNBCSP dans la détection précoce et la caractérisation des maladies bactériennes entériques et de renforcer la surveillance nationale des infections à Salmonella. Ce projet vise aussi à renforcer la recherche biologique sur la sensibilité bactérienne aux antibiotiques. 3- Projet financé par l ANRS sur l épidémiologie moléculaire des VIH-1 groupe O et autres variants non-m circulant en République Centrafricaine de 2003 à 2011. Les objectifs de ce projet est la détection et la caractérisation moléculaire des VIH-1 groupe O et autres groupes non-m circulant en RCA depuis 2003 à partir des prélèvements d adultes et enfants. En plus ce projet va permettre la comparaison du polymorphisme génétique des souches O décrites au Cameroun avec le polymorphisme des souches O détectées en RCA. Enfin, la détermination de la séroprévalence du VIH-1 groupe O en RCA sera évaluée. 4- Nouveau projet financé Fondation Total Outre le projet financé en 2011 sur l épidémiologie des diarrhées infantiles hospitalisées à Bangui, nous avons obtenu un 6- Projets de recherche internes à l'ipb Pour renforcer les projets de recherche à l IPB et inciter les jeunes chercheurs nationaux à investir d avantage dans les recherches et la compétitivité scientifique, nous avons créé un appel d offre interne «projet interne IPB» en 2010. Au courant de l année 2012, un nouveau projet interne IPB a été accepté, après évaluation par la direction de l IPB et des rapporteurs externes, sur les infections des sites opératoires en milieu chirurgical à Bangui, République Centrafricaine: "caractérisation d Entérobactéries résistantes aux céphalosporines de troisième génération". 7
PUBLICATIONS En 2012, pour un meilleur rayonnement régional et international de l IPB, nous avons continué à consacrer un volet important à la publication scientifique dans des journaux à comité de lecture international. Un suivi hebdomadaire de l avancement des projets et de la rédaction des articles, est organisé au cours de la réunion des cadres scientifiques chaque mardi matin. En 2012, nous avons augmenté le nombre de nos publications à 17 articles à comité de lecture international (contre 11 en 2010 et 15 en 2011) qui ont été acceptés pour certain articles, dans les meilleurs journaux au monde dans le domaine médical (Nature Communication) ou dans le domaine virologique (J. Virol et Emerg. Infect. Diseases et PlosONE, etc). FORMATIONS En 2012 nous avons continué notre politique de renforcement de la formation pour les étudiants centrafricains mais aussi pour le renforcement des compétences pour les chercheurs locaux. Nous avons traduit cela par l invitation et l animation de conférences par des experts internationaux, des animations d ateliers scientifiques et le transfert des techniques modernes de la biologie. Par ailleurs, nous avons mis en place les bases de travaux pratiques et de travaux dirigés pour les étudiants de Master II à l'université de Bangui, qui seront réalisés en 2013 au centre Alain Georges de l IPB, centre financé par l AFD et inauguré en 2012 (voir plus haut). En fin avec l appui de service de coopération et d action culturelle de l Ambassade de France à Bangui qui soutient ce plan de formation, nous avons obtenu pour 2012, 4 bourses d étude pour les étudiants et chercheurs centrafricains de l IPB. Par ailleurs, l ambassade a financé une mission d expert pour le Pr Antoine Gessain de l Institut Pasteur à Paris pour une animation scientifique à l'alliance Française de Bangui et à l université de Bangui sur les virus et cancers. avantages fiscaux pour les groupes d intérêt économique en RCA. Depuis, et bien que l IPB soit une fondation reconnue d utilité publique, il a dû appliquer cette note de suppression des avantages fiscaux sans avoir fait de recours auprès des autorités locales. Cela s est traduit par une augmentation d environ 50% des frais pour les droits de douane. Avec l appui du gouvernement centrafricain, nous avons réussi à faire annuler la note de 2005 par le ministre des finances et du budget et nous sommes revenus à l accord signé en 2002. Depuis 2011, nous avons entamé des discussions avec le gouvernement afin d établir des accords fiscalo-douaniers favorisant un meilleur fonctionnement de notre institut au service de la santé des populations centrafricaines. Le 09 janvier 2013, nous avons signé une nouvelle convention fiscalo-douanière entre l Institut Pasteur de Bangui et le gouvernement centrafricain, en présence de Monsieur Serge Mucetti, Ambassadeur de France. La convention a été signée par Madame Alice Dautry, Monsieur le Ministre d'etat aux Finances et au Budget, Monsieur le Ministre de la Santé Publique, de la Population et de la Lutte contre le SIDA, Président du Conseil de Perfectionnement de l IPB. Cette nouvelle convention prend en compte l'harmonisation du régime douanier sur un taux unique réduit (5%), pour l'ensemble des marchandises importées et utilisées dans les activités de l'institut Pasteur de Bangui en contrepartie de la prise en charge, par l'institut Pasteur de Bangui, de la vaccination curative des personnes exposées au virus de la rage. Cette nouvelle convention fiscalo-douanière va renforcer les liens avec le gouvernement et appuyer davantage le partenariat entre l IPB et le Ministère de la santé publique, de la population et de la lutte contre le SIDA pour une meilleure prise en charge sanitaire de la population en République Centrafricaine. Nous allons développer dans la suite de ce rapport l ensemble de nos activités scientifiques pour l année 2012. ADMINISTRATION Signature d une nouvelle convention fiscalodouanière entre l Institut Pasteur de Bangui et le gouvernement centrafricain. D'après la convention signée en 2002 avec l état centrafricain, l IPB bénéficiait d une diminution d impôt de droit de douane. Cependant en 2005, le ministre des finances et du budget de la RCA a publié une note supprimant ces 8
Organigramme de l IPB en 2012 Conseil de perfectionnement Ministère de la Santé Publique Institut Pasteur RIIP Directeur Dr Mirdad Kazanji Service Adminisitratif et Financier Mr Ronan Bidault Laboratoire d analyses biomédicales Dr Sébastien Breurec Dr Clotaire Rafaï Centre de Vaccination Laboratoires et unités de Recherche Laboratoire des Virus Entériques/ Rougeole Dr Ionela Gouandjika Laboratoire des Hépatites Virales Dr Narcisse Komas Laboratoire des Arbovirus, des Fièvres Hémorragiques Virales, Virus Emergents et Zoonoses Dr Emmanuel Nakouné Unité de Rétrovirologie et Virus Oncogènes Dr Mirdad Kazanji Laboratoire de haute sécurité biologique BSL2 et BSL3 Dr Vianney Tricou Service de Bactériologie Dr Sébastien Breurec Dr Thierry Frank Laboratoire des Virus Oncogènes Dr Claudine Bekondi Service de Rétrovirologie Mme Sandrine Moussa Service d Epidémiologie Dr Alexandre Manirakiza Centre National de Référence pour les Mycobactéries Mme Fanny Minime-Lingoupou 9
Laboratoire des Arbovirus, des Fièvres Hémorragiques Virales, Virus Emergents et Zoonoses Chef de Service : Emmanuel NAKOUNE- YANDOKO, Chargé de Recherche Membre de l équipe : Ph.D. Université de Nancy Benjamin SELEKON, Ingénieur en Techniques Biomédicales (Superviseur) Xavier KONAMNA, Ingénieur en Techniques Biomédicales (Technicien) Arnaud BANGABELE, aide laborantin Carine NGOAGOUNI, Master entomologie médicale Giscard Francis KOMOYO, étudiant Master Objectifs : Contribuer à la surveillance épidémiologique. Assurer la veille clinique et microbiologique par la description des maladies infectieuses émergentes. Caractériser les virus circulants afin de détecter de nouveaux variants. Décrire les cycles de transmission des différents virus. - Laboratoire National de Référence OMS pour les Fièvres Hémorragiques - Centre National de Référence pour la Rage - Centre National de Référence OMS pour la Rage - Centre National de Référence pour la Grippe (NIC/OMS) 10
De janvier à décembre 2012, nos activités ont porté principalement sur les trois missions pasteuriennes, à savoir la recherche, la santé publique et la formation. Dans le cadre d activités de recherche, quatre thématiques ont été développées. En appui à l action du Ministère de la santé en matière de santé publique, le CNR a développé des activités de surveillance sur la circulation de la fièvre jaune, la rage, la grippe et les autres virus respiratoires. Enfin, nous avons dispensé des cours à la Faculté des Sciences et Technologie, à la Faculté de Médecine de l université de Bangui et animé des émissions radio-télévisées dans le cadre de sensibilisation et d information de la population sur les maladies transmissibles par des vecteurs. ACTIVITÉS DE RECHERCHE Thème 1 : Circulation du virus de la fièvre de la vallée du Rift chez les personnes à risque (éleveurs, travailleurs des abattoirs) dans l Ombela-Mpoko Objectif général : Evaluer le niveau de circulation du virus de la fièvre de la vallée du Rift (FVR) chez les personnes qui exercent des métiers à risque. D une manière spécifique, il s agit de prélever les éleveurs et personnes travaillant dans les abattoirs et de déterminer la prévalence de la FVR afin d évaluer le risque d émergence d épidémie dans un contexte où dans une étude préliminaire, sur 1212 animaux prélevés et testés, 25 (2%) avaient des anticorps de type IgM (bovins 1% ; caprins 1,3% et ovins 5%) et 103 (8,4%) avaient des anticorps de type IgG (bovins 8% ; caprins 0,9% et ovins 15%). Résultat : sur un total de 335 prélèvements humains testés, on note l absence d IgM anti FVR. Cependant, 55 (16,4%) des personnes prélevées avaient des anticorps de type IgG anti-fvr parmi lesquelles 10 (3%) étaient des travailleurs des abattoirs et 45 (13,4%) des éleveurs. Perspectives : Au volet entomologique, une collecte de vecteurs sera réalisée autour des sites où les IgM ont été retrouvées chez les animaux pour rechercher la présence de virus et évaluer le risque de transmission à l homme. Thème 2 : Diagnostic Différentiel de l Ictère Fébrile en République Centrafricaine Objectif Général : Contribuer à améliorer la surveillance de la fièvre jaune par la détermination de l'étiologie de l'ictère fébrile en RCA. De manière spécifique, il s agit de déterminer la part des autres virus dans les ictères fébriles. Echantillonnage : Un total de 198 échantillons tirés au hasard sur une période de 5 années a été analysé. Le sex-ratio des patients prélevés était de 1,0. Les données sur l âge ont été collectées pour 128 patients. La moyenne d âge pour ces personnes est de 23 ans (Ecart type : 18 ans) et l âge médian est de 20 ans. Résultat : Cette analyse montre que plusieurs agents pathogènes sont en cause dans les ictères fébriles et répartis comme suit : HEV (10,6%), AgHBs (21,7%), Malaria (4,5%), HCV (5,6%), Malaria+AgHBs+HCV (0,5%), Malaria+HCV (1,5%) et Malaria+AgHBs (3,5%) figure 1. Figure 1: Répartition des résultats de diagnostic différentiel FJ (Hépatite B, C et paludisme) 11
On remarque qu un nombre important de patients (21,7%) font un ictère suite à une infection par le virus HBV et le profil des résultats d analyse sérologique de l hépatite virale B est synthétisé dans la figure 2. Perspectives: Problématique de la co-infection VHE VIH dans un contexte de prévalence importante pour les 2 maladies en RCA ; description de VHE chroniques chez des patients porteurs du VIH seulement dans les pays du nord (réservoir?). AgHBs not tested N = 36 Baseline number of samples N = 198 Negative AgHBs N = 112 (69,1%) Positive AgHBs N = 50 (30,9%) Anti-HBs N = 36 (32,1%) Anti-HBc N = 0 Positive AgHBe N = 22 (44%) Positive AcHBe N = 28 (56%) Positive AcHBcIgM N = 16 (32%) Ac Delta N = 17 (34%) Conclusion : 36 (32,1%) vaccinated Figure 2: Profil des résultats d analyse sérologique de l hépatite virale B Thème 3 : Approche pluridisciplinaire pour comprendre plusieurs introductions de la rage à Bangui Contexte : La rage est une maladie virale causée par des virus à ARN de la famille des Rhabdoviridae, genre Lyssavirus, qui infecte le tissu nerveux central et les glandes salivaires. La rage reste une des causes les plus fréquentes de mortalité dans les pays en développement. Sa réintroduction constitue une menace à Bangui, qui pendant deux années a été exemptée de rage canine. Objectif : Caractériser les souches en circulation et étudier la dynamique d'évolution des virus rabiques ; Fournir des recommandations pour des stratégies de prévention et de contrôle. Echantillonnage : Pour étudier la dynamique évolutive de virus à Bangui, 34 isolats prélevés sur 5 ans ont été recueillis et séquencés. Une précision sur les coordonnées spatiales était également disponible pour toutes les souches identifiées dans les 8 districts de Bangui. Pour analyser l évolution des souches, Les séquences de gènes N nouvellement obtenues ont été combinées avec des séquences pertinentes dans GenBank, réparties en trois ensembles de données : 8 séquences du gène N du clade Afrique 1 ; 13 séquences de gènes N du clade Afrique 2 et 1 séquence de gènes N du clade Afrique 3 (SA). Les analyses évolutives ont été menées dans MEGA5. Résultats : l analyse phylogénétique des séquences montre une co-circulation des deux virus majeurs, identifiés comme la lignée Cosmopolite Afrique 1 et la lignée Afrique 2. On note une grande diversité dans la lignée Afrique 2 avec 2 sous-populations et une absence de circulation de la lignée Afrique 3 (figure 3). Une analyse détaillée de la structure phylogéographique du clade Afrique 2 révèle une subdivision de la population de virus au niveau de 12
la ville, avec seulement un mouvement limité de virus parmi les localités, y compris une éventuelle propagation nord-sud à travers la ville de Bangui. En outre, l'analyse bayésienne coalescent suggère que le clade Afrique 2 a été récemment introduit dans cette région de l'afrique (probablement, il ya 200 ans), en coïncidant avec les périodes de 56 76 27 52 74 69 55 CAR 12/014 CAR 12/015 CAR 12/013 CAR 12/008 CAR 12/001 98 CAR 11/001h CAR 12/020 CAR 12/023 CAR 12/025 CAR 12/031 CAR 12/037 87 CAR 12/003 Chad2006 68 Chad2006 70 9014NIG Niger 1990 9021TCH Chad 1990 8733TCH Chad 1987 Chad 41 198 60 RD150HN Nigeria 2006 98 48 34 9012NIG Niger 22 20BF/2007 Burkina Faso 22487 Guinea 9239CI Ivory Cost CAR 12/005 CAR 12/009 40 CAR 12/006 CAR 12/012 CAR 12/016 CAR 12/017 CAR 12/019 CAR 12/040 CAR 12/041 CAR 12/042 CAR 12/043 CAR 12/054 8804CAM Cameroon 8801CAM Cameroon Eth2003 Ethiopia 2003 8807ETH Ethiopia 9106MAR Marocco 8698GAB Gabon 9244FRA France 9224TAN Tanzania 9221TAN Tanzania A04-4981 Tanzania 2003 CAR 09/041 CAR 12/022 98 73 93 99 87 64 66 81 99 CAR 12/027 CAR 11/004 CAR 11/003 CAR 11/002 CAR 12/026 CAR 12/028 CAR 12/033 CAR 10/022 AF467949 South Africa AFRICA-2 AFRICA-1 AFRICA-3 0.02 Figure 3 : Analyse phylogénétique des différentes souches de rage canine isolées à Bangui entre 2009 et 2012. l'élargissement de l'influence coloniale européenne et de l'urbanisation et s'est ensuite propagé assez lentement, peut-être à occuper toute la région sur une période de 100 ans. Conclusion : En dépit de la création d un Comité National de Lutte contre la Rage, la rage reste endémique et sans contrôle à travers le pays. Vu la dynamique de multiplication de la population canine, il est important de mettre en place au moins une campagne de vaccination par an pour arrêter le cycle d introduction du virus dans la ville de Bangui. 13
Thème 4 : Circulation de la dengue au Cameroun et en République Centrafricaine, deux pays d Afrique Centrale Objectif général : Déterminer la circulation de la Dengue en RCA Contexte : il s agit de la suite d une activité réalisée en collaboration avec le CPC dans le cadre d un ACIP dont l objectif est de déterminer la circulation de la Dengue en RCA afin de caractériser les souches circulantes. Les patients se présentant à l IPB avec un syndrome pseudopalustre pour une goutte épaisse se sont vus proposer de participer au protocole au cas où la GE serait négative. Echantillonnage : En 2012, après obtention de consentement éclairé, 443 patients s étant présentés à l Institut Pasteur pour diagnostic du paludisme avaient été inclus dans l étude. Des prélèvements sanguins avaient été réalisés puis analysés au laboratoire par amplification génique et capture ELISA (kit PanBio) pour la dengue et les principaux flavivirus (technique CRORA) circulant en RCA. Résultat : Sur les 443 échantillons analysés en 2012, 28 étaient positifs paludisme; 4 IgM /FJ ; 38 IgM/DEN, 3 AgNS1et 2 IgG/DEN (figure 4).!"#$%&' '#!" '!!" &!" %!" $!" #!"!" ()*+," -.,/*" 01" 234"56" 73"89'" 234":18" 230":18" ;"<)=>?@" Figure 4 : Diagnostic différentiel des syndromes fébriles Conclusion La recherche des IgG dans les deuxièmes prélèvements réalisés à 6 mois d intervalle chez tous les patients positifs IgM et AgNS1 dengue s est révélée négative. Ceci souligne: i) la question de la spécificité du kit commercial et ii) la probabilité d une éventuelle réaction croisée avec un flavivirus (Zika par exemple) qui circule de manière active en RCA. Perspectives : Détermination de la spécificité des IgM anti-dengue retrouvés chez 8,5% des patients afin de répondre à la question d éventuelle circulation de la dengue en RCA. ACTIVITÉS DE SANTÉ PUBLIQUE ACTIVITE 1 : SURVEILLANCE DE LA FIÈVRE JAUNE ET DES ARBOVIRUS (CNR ARBOVIRUS) En 2012, dans le cadre d activité d appui à la santé publique, la surveillance de la circulation de la fièvre jaune et des autres arbovirus à travers le réseau national de surveillance épidémiologique du ministère de la santé a été poursuivie. Des anticorps de types IgM dirigés contre les principaux arbovirus qui ont circulé en RCA ont été recherchés et les sérums prélevés dans un délai de 4 jours après le début de la maladie ont été inoculés sur souriceaux nouveau-nés pour tenter d isoler le virus. Aucun virus n a été isolé. D autre part, on a noté une 14
baisse significative du nombre de cas de fièvre jaune depuis la campagne nationale de vaccination menée en 2010 (figure 5). #!!!" +!!" *!!"!"#$#%#&'()#$ )!!" (!!" '!!" &!!" %!!" Surveillance cas par cas $!!" #!!"!" $!!&" $!!'" $!!(" $!!)" $!!*" $!!+" $!#!" $!##" $!#$" *++,'$ Campagne nationale de vaccination 01$!"#$(6+789,#$ 345$ -$ -$.$ -$ /$ /$ 2$ 0$ $!!&" $!!'" $!!(" $!!)" $!!*" $!!+" $!#!" $!##" $!#$" Figure 5 : Situation de la FJ en RCA de 2004-2012 ACTIVITE 2 : SURVEILLANCE DE LA GRIPPE ET DES AUTRES VIRUS RESPIRATOIRES La surveillance virologique de la grippe et des autres virus respiratoires a été renforcée par le recrutement d un Attaché de Recherche Clinique qui est dédié à 100 % à la coordination des activités au niveau des différents sites sentinelles. Ceci a permis l amélioration de la notification des cas et la détection à temps réel des virus impliqués dans ces infections. Sur un total de 875 échantillons testés 36 souches d influenza ont été détectées parmi lesquelles 29 H3N2, 4 A/H1N1pdm09 et 3 influenza B. En même temps, 149 autres virus responsables des infections respiratoires ont également été mis en évidence (figure 6). Toutes les souches d influenza ont été cultivées avec succès sur cellules MDCK et les souches sont en cours de séquençage. Conclusion : En 2012, on a observé une circulation sur toute l année des rhinovirus qui a constitué avec le virus influenza A/H3N2 un réel problème de santé publique, en particulier chez les jeunes enfants. ACTIVITE 3 : SURVEILLANCE D LA CIRCULATION DE LA RAGE EN RCA La ville de Bangui a de nouveau connu une recrudescence de la rage canine en 2012 avec 72 prélèvements de cerveau de chiens positifs sur un total de 83 testés soit 86,7%. Malgré les résultats des études menées sur plusieurs dizaines d années qui ont prouvé un cycle de circulation de la rage canine dans la ville de Bangui entrecoupé de période de deux à cinq années d absence ou de faible circulation, aucune mesure n est prise, ni au niveau vétérinaire, ni au niveau des services de santé humaine pour prévenir ou réduire le taux élevé de mortalité dû à l infection par le virus de la rage. La rage reste donc un véritable problème de santé publique en RCA et en particulier dans les zones rurales où il n existe pas de centre de traitement antirabique et pour lesquelles le nombre de cas est totalement méconnu, ou n est pas systématiquement rapportés. La dernière grosse épidémie de rage canine dans la ville de Bangui remonte à 2008-2009. En 2010, la municipalité de la ville de Bangui a organisé une 15
campagne d abattage de chiens errants. Suite à cette action, (même si elle n a pas été efficace) on note une faible circulation en 2010-2011 et une recrudescence en 2012 (figure 7). Figure 6 : Surveillance épidémiologique de la grippe et autres virus respiratoires en 2012. Figure 7 : Situation de la rage canine à Bangui de 2010 à 2012. 16
ENSEIGNEMENT ET FORMATION Cours: Ecole Doctorale Régionale (EDR) d Afrique Centrale (Franceville/Gabon). Virologie médicale : Master Recherche en Infectiologie Tropicale / Université de Bangui: Virologie médicale : 2 ème année de Médecine. Biologie moléculaire : 2 ème année de Médecine. Virologie générale : Licence Chimie-Biologie. Virologie générale : Licence Biologie et Physiologie Animales. ENCADREMENT Direction de Mémoire de Master II (Faculté des Sciences, Université de Bangui) COMMUNICATIONS SCIENTIFIQUES Communications orales - Nakouné E, Tricou V, Selekon B, Komoyo GF and Kazanji 1. Molecular Epidemiology of Viruses Responsible for Acute Respiratory Illnesses in Infants and Children from Bangui and Rural Areas in Central African Republic. 3rd Annual African Network for Influenza Surveillance and Epidemiology (ANISE) Meeting Nairobi, Kenya _ February 1-3, 2012. - Nakoné E, Tricou V, Konamna X, Selekon B and Kazanji M. At the Interface of Research and Surveillance, the Role of Laboratories: Dynamics of canine rabies in Bangui, Central African Republic between 2005 and 2012. 1 st International Conference of the African Society for Laboratory Medicine (ASLM), December 1-7, 2012, Cape Town, South Africa. Thème : Etiologie des infections respiratoires en RCA de Janvier 2012 à Juin 2013. Direction de Mémoire de Master II (Faculté des Sciences, Université de Cotonou/Bénin) Thème : Caractérisation moléculaire des souches de rage circulant en RCA. Codirection de Thèse de Médecine (Faculté des Sciences de la Santé, Université de Bangui) : Thème : Les étiologies virales des infections respiratoires aigues chez les enfants au Complexe Pédiatrique de Bangui de Janvier 2012 à Octobre 2013. ACTIVITÉ DE SERVICE Atelier grippe sur la Surveillance épidémiologique de la grippe par réseau sentinelle en RCA. Outils de collecte de données dans la surveillance épidémiologique de la grippe : sites sentinelles ; Notification hebdomadaire systématique des données cumulatives ; Recueil des données sur les fiches individuelles. Fiche de surveillance individuelle des syndromes grippaux ; Fiches de synthèse hebdomadaire des données de la surveillance des syndromes grippaux (Consultations- Hospitalisations). Conférence de presse: situation de la rage à Bangui. Organisation de la Journée Mondiale de la rage (campagne de vaccination des chiens) 17
Laboratoires de haute sécurité biologique BSL2 et BSL3 Responsable: Vianney Tricou Objectifs du laboratoire P3/P2. 1 - Mise à disposition des différents laboratoires de l IPB d une structure de confinement pour la manipulation en toute sécurité des agents infectieux de classe 3 dans le cadre des activités de surveillance et de recherche de l Institut : - grâce à la présence d un isolateur («boîte à gants»), le P3 permet la manipulation en toute sécurité des échantillons en cas de suspicions de fièvre hémorragique. - le P3 permet l isolement d agents viraux de classe 3 notamment des virus respiratoires dans le cadre du projet DHHS, des virus émergents dans le cadre du PTR CEVACAR, de différents arbovirus dans le cadre du projet de surveillance des flavivirus et alphavirus et de l ACIP dengue. Pharm.D. Université de Lyon Ph.D. University of Oxford 2 - Mise à disposition du laboratoire des Mycobactéries, d une structure de confinement P2 pour la manipulation en toute sécurité d échantillons provenant notamment de patients tuberculeux multirésistants. 3 - Le P3 est un outil pour la formation du personnel à travailler dans un environnement confiné. 18
ACTIVITÉS DE RECHERCHE - Surveillance des Alphavirus et Flavivirus à Bangui Mise en place d une étude de recherche des infections à Flavivirus et Alphavirus chez les patients consultant pour un accès fébrile (! 5 jours) accompagné d un syndrome poly-algique et dont le diagnostic de paludisme a été écarté. Collaboration avec le Centre de Prévention et de Traitement du Paludisme de l Hôpital de l Amitié (Dr Gaspard Tekpa) et le Complexe Pédiatrique de Bangui (collaboration des ces structures à titre gracieux). Depuis avril 2012, 187 patients ont été recrutés avec des données épidémiologiques complètes concernant l accès fébrile, les symptômes et la notion de voyage récent. Les analyses sérologiques (en collaboration avec le Dr Philippe Despres de l Institut Pasteur de Paris qui nous fournit des antigènes recombinants) sont en cours. Les analyses de biologie moléculaire par des techniques PCR utilisant des amorces consensus sont négatives. - Programme transversal de recherche «Characterization of Emerging Viral Agents in Central African Republic» (PTR CEVACAR) Préparation et support pour le programme transversal de recherche «Characterization of Emerging Viral Agents in Central African Republic» (PTR CEVACAR)(équipements, réactifs, etc.). Préparation des échantillons destinés au séquençage haut débit (notamment du virus de rage isolé en septembre 2011 à partir de la salive d un homme indemne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frica 1.1 Africa 2.1 Africa 2.2 B0!!#0/R/"'>34?N?3'#//"!!9B.S/"'>34?N?3'#//"!!JTQ9</'U)H-7'1V*?K3'#//B!!.9"G/<'U)H-7'1V*?K3'#//<!.B!!).&*-$"#%'))*!!).&*'$"#%'))-!!).&',$"#%'))0! ""!!"#$%)/()-&!.<!!).).'$"#%')))!!).&,/$"#%')).!!).&*/$"#%'))+!!).&*,$"#%'))+!!"#$%&&())-!!"#$%&&())0!!"#$%&&())'!.A!!"#$%&'()'+!!"#$%&'()',!!"#$%&'()00!!"#$%&)()''!!"#$%&'()''!!"#$%&'()'.!!1F0AB"0"'U)H-7'1V*?K3! 1F:&%1O#! 1F:&%1O9! 1F:&%1O$! Inoculation sur cerveaux de souriceaux et tentative d isolement sur culture cellulaire de certains échantillons de la surveillance des Alphavirus et Flavivirus pour un possible passage sur puce de reséquençage. - Surveillance de la Rage Bouar (2012) Berberati (2011) Yaloke (2011) Boda (2011) Bambio (2012) Sibut (2012) Grimari (2012) Bangui (2011-2012) Mise en place d une technique d amplification de ~5000pb du génome du virus de la rage et application au virus isolé en septembre 2011 à partir de la salive d un homme indemne. Mise en place d une technique d amplification d un fragment du gène N pour l étude de la dynamique du virus à Bangui depuis la campagne d abattage des chiens en 2010 et plus largement en RCA. Pour l année 2012, 42 souches ont été amplifiées et séquencées et 3 souches pour 2011 (cf. en annexe la Figure 1 illustrant les résultats préliminaires). Figure 1 : Arbre phylogénétique des souches de virus de la rage isolées en RCA entre 2011 et 2012 et carte montrant la répartition des différents sous-types retrouvés en RCA. 19
- Surveillance de la Rougeole/Rubéole Analyse des séquences obtenues à partir des échantillons du programme de surveillance nationale. Corédaction de l article sur l épidémie dans l Ouham en 2011 (cf. Figure 2 en annexe, l analyse spatiale et temporelle de l épidémie). Analyse des données de la surveillance rougeole / rubéole en RCA depuis 2005 et co-rédaction en cours d un article. Figure 2 : Analyse spatiale (A) et temporelle (B) de l épidémie de rougeole survenue en 2011 dans l Ouham. 20