Création d un fichier

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1 37 Création d un fichier 37 La "Nouvelle" commande dans le FILE Menu (menu du fichier) permet la création de n'importe quel fichier évoqué ci-dessus. Dépendant du type de fichier à créer, les interfaces de l'utilisateur pour la saisie des données seront automatiquement chargées. La commande "OPEN" dans le FILE Menu autorise le chargement des types de fichier et les utilisateurs ont l'option pour charger le même fichier plusieurs fois en relation avec la capacité de l'environnement de calcul. Les données chargées peuvent être éditées et peuvent être enregistrées. Un soin devrait être pris quand le même fichier est chargé plus d'une fois en vue de ne pas faire disparaître les enregistrements précédemment édités. Toutes les données rentrées dans la mémoire de l'ordinateur peuvent être classées en fournissant un nom de fichier. Dans l'environnement de Microsoft Windows, le nombre de caractères qui créent un nom de fichier n'est pas limité à seulement huit caractères comme dans le cas des fichiers DOS IBM et les utilisateurs sont encouragés pour utiliser des noms de fichiers plus descriptifs en vue de faciliter l'identification du dossier. Pourtant le choix des noms de fichiers est laissé à l'utilisateur, mais un système cohérent pour nommer des fichiers est encore recommandé. Une approche pratique pour nommer des fichiers (communément appliquée) est à travers un format fixe, par exemple, GSSSAR. Le G représente la première lettre du nom de la famille du poisson, SSS pour une combinaison de la première lettre du genre et les deux premières lettres du nom de l'espèce, et AR pour la région ou stock où l échantillon a été pris. Utiliser ce format pour un ensemble de données sur Upeneus moluccensis, le fichier peut être nommé MUMORG où le M fait référence au nom de la famille (Mullidae), U d'upeneus, MO de moluccensis et RG pour le Golfe Ragay, Philippines. Ce format peut être étendu pour permettre d autres identifications supplémentaires. Par exemple, si dans les données de fréquence de taille du fichier MUMORG, un fichier avec 1 cm d'intervalles de

2 38 classe, a été regroupé à 2 cm, il serait approprié de garder le fichier original et utiliser un autre nom pour le nouveau fichier. Les nouveaux noms de fichiers peuvent contenir le nom original MUMORG plus un suffixe soit, 2, faisant référence à l'intervalle de classe plus grand. Donc, les nouveaux noms de fichiers seraient MUMORG2. ATTENTION! Les nouvelles données rentrées ou éditées ne sont pas automatiquement sauvegardées sur le disque. Les options de "Save" et "Save as " sous le menu FILE de FiSAT II doivent être utilisées pour sauver les données qui sont saisies. Il est d usage de sauvegarder un fichier après qu'il ait été créé ou ait été édité pour éviter des pertes, par exemple, des pannes de courant. Le sous-répertoire des DONNÉES ("DATA") de FiSAT est l'adresse par défaut quand il s'agit d'enregistrer, de sauver et de récupérer les fichiers. Cependant, FiSAT II fournit l'option pour enregistrer les données sur une adresse différente. Mais, comme avec les noms de fichiers, il est aussi recommandé d'étiqueter correctement les classeurs de données pour une récupération adéquate des enregistrements. ATTENTION Les données éditées ne sont pas automatiquement sauvées sur le disque. PAR CONSÉQUENT, AVANT TOUTE CONDUITE D'ANALYSE IL EST RECOMMANDÉ EN PREMIER LIEU DE SAUVER LES DONNÉES APRÈS ÉDITION.

3 39 Impression d un fichier L'option "PRINT (Imprimer)..." du File Menu permet à l'utilisateur d'imprimer le fichier chargé à une imprimante ou à un fichier. La commande "PRINT " est applicable seulement à des fichiers de données et non à des résultats de l'analyse de données. Un bouton de commande distinct "PRINT" est disponible aux utilisateurs si les résultats sont à imprimer ou les graphiques doivent être sauvés sur le disque. Le périphérique de sortie, peut être reconfiguré à partir de la commande "Print Setup" du File Menu. On peut accéder à l'option de ré-configuration de l'imprimante à l'aide du Panneau de Contrôle de l'imprimante de Microsoft Windows ou d'un bouton de commande dans la boite de dialogue "PRINT". Manipulation d échantillon Comme défini dans les sections précédentes, la manipulation du fichier dépend des opérations de fichier qui changent le contenu original du fichier. Les changements qui résultent de ces manipulations ne sont pas automatiquement enregistrés sur le disque. Il est nécessaire de sauver le fichier changé pour accéder ultérieurement aux nouvelles données. ATTENTION! Si la manipulation des données génère des valeurs plus grandes que la limite supérieure ou valeurs inférieures à la limite inférieure indiquée pour un champ, FiSAT II affichera un message d'attention. Aussi, la forte valeur sera remplacée par la limite supérieure (et inversement pour les valeurs faibles).

4 40 Plusieurs routines sont présentées ci-dessous, avec les informations indiquées comme suit: Fichier exigé Paramètres d entrée Fonction(s) Interface utilisateur Remarques Lectures Définissant le type de fichier à exiger; Liste des paramètres exigés de l utilisateur; Définir le modèle mathématique ou la fonction utilisée par la routine et identifier ses variables; Fournir des notes sur comment utiliser la routine; Fournir quelques commentaires et remarques pour mieux décrire la routine; Fournir quelques références bibliographiques sur les principes de base de la routine (arrangé en ordre alphabétique) autre que les références exigées, Gayanilo, Sparre et Pauly (1996), Gayanilo et Pauly (1998) et Sparre et Venema (1992). Fusion de deux fichiers Les fichiers semblables peuvent être fusionnés, pour avoir des fichiers consolidés comme résultat. FiSAT II ne préviendra pas les utilisateurs de fusionner plusieurs fichiers avec les étiquettes différentes. Cependant, dans de tels cas, l'utilisateur devrait opérer avec soin (comme dans tout autre fichier qui manipule des routines).

5 41 Fichier exigé Paramètres d entrée Fichier de données de fréquences de taille ou de poids avec une classe de taille constante Source de fichier à fusionner (le fichier a été déjà chargé sur mémoire comme saisie par défaut) et destination du fichier. Fonction Aucune Interface utilisateur Cette routine (Fig. 3.16) exigera seulement l'identification de deux fichiers de fréquence de taille avec la même classe de taille et le nom de fichier où le fichier fusionné sera sauvé. Le fichier chargé est par défaut, un des deux fichiers à fusionner. Cependant, les données d'entrées pour les fichiers source peuvent être altérées. Fig Interface de l'utilisateur dans la fusion de deux fichiers de fréquence de taille. Remarques Le même fichier peut être fusionné à lui-même.

6 42 Correction utilisant des probabilités de capture Les fréquences de taille ou de poids biaisés par la sélectivité de l'engin de pêche peuvent être (en partie) corrigées en utilisant cette routine qui divise les fréquences par leurs probabilités de capture correspondantes. FiSAT II fournit deux options (Fig. 3.17), (1) utilisation de fichier de probabilité ou (2) utilisation de paramètres de sélectivité (L 50, L 75, R 50 et R 75 ). Fichier exigé Paramètres d entrée Fichier de données de fréquences de taille-ou de poids avec une classe de taille constante Option 1: Nom de fichier de la probabilité de capture Option 2: L 50, L 75, R 50 et L 75 Dans les deux cas, la destination du nom de fichier sera exigée. Fig Interface de l'utilisateur pour corriger des fréquences de longueur pour les probabilités de capture.

7 43 Fonctions La nouvelle fréquence (N new ) pour la classe du groupe L, est calculée à partir de N new = N old / P L où P L est la probabilité de capture. Si P L doit être calculé (par exemple, Option 2), cela est effectué par: P L =1/ (1 + exp (S 1 -S 2 L)) (1 + exp(s 3 -S 4 L)) où S 1 = ((L 50 ln(3))/(l 75 -L 50 )), S 2 = S 1 /L 50, S 3 = ((L 50 ln(3))/(r 75 -R 50 )) S 4 = S 3 /R 50 Interface utilisateur L'option à utiliser pour corriger le fichier sélectionné de fréquence de longueur pour les erreurs associées à des probabilités de capture est présentée dans les boutons de radio. Pour sélectionner une option, cliquer sur le bouton pour permettre les autres champs d'entrée. A noter que les valeurs par défaut pour R 50 et R 75 sont des valeurs énormes qui indiquent qu il n'y a aucune sélectivité. Cependant, ces valeurs peuvent être changées. Si l Option 1 est utilisée et que la classe de taille du fichier qui contient les données de sélectivité ne coïncide pas avec les fichiers de données de

8 44 fréquence de taille ou poids chargées dans la mémoire, FiSAT II annulera l opération et un message sera annoncé pour donner un autre nom de fichier. Remarques Affecter à la sélectivité (ou "désélectivité") de fortes valeurs aurait pour effet de négliger complètement la désélectivité dans l'option 2. Ajustement d intervalle de classes La routine pour ajuster des classes de taille peut être utilisée à (i) permettre la fusion de deux fichiers avec des classes de taille différentes, (ii) réduire le nombre des classes pour se trouver dans les limites permises par FiSAT II ou (iii) lisser les irrégularités, et ainsi améliorer l'interprétation des données. Dans FiSAT II, cette routine regroupe les fréquences en "découpant en tranche" le fichier original. Fichier exigé Fichier de données de fréquence de taille ou poids avec une classe de taille constante Paramètres d entrée Nouvelle classe de taille Fonctions Les fréquences de la nouvelle classe ont les valeurs: N new = N 1 + N 2 où N = N 1 i X i X i Yi X i

9 45 N où 2 = N i+ 1 Yi X i Xi X + 1 i+ 1 classe, N i - fréquence de la première N i+1 - X i fréquence de la classe suivante - limite inférieure de la première classe, X i+1 - limite supérieure de la première classe et limite inférieure de la classe suivante, i+1, X i+2 - limite supérieure de la classe i+1, Y i - limite inférieure de la nouvelle classe, et Y i+1 - limite supérieure de la nouvelle classe. Interface de l'utilisateur Comme par défaut, le fichier de la fréquence de longueur actif sera le fichier source par défaut. Une nouvelle classe de taille et la destination du fichier seront exigées par la routine.

10 46 46 Fig Interface de l'utilisateur pour ajuster la classe de taille constante d'un fichier de fréquences de taille dans FiSAT II. Remarques Ajuster des classes de taille est une autre approche de lissage des fichiers de données. Il est recommandé d'utiliser toujours le fichier original quand il s'agit d'ajuster des intervalles de classe et ne pas utiliser des fichiers déjà manipulés. Lissage des fichiers de données Cette routine est faite pour lisser en vue de réduire les irrégularités (Fig. 3.19). Le lissage peut être fait par: (1) une moyenne sur plus de 3 classes ou (2) une moyenne sur plus de 5 classes. Fichier exigé Fichier de données de fréquences de taille- ou de poids avec une classe de taille constante Paramètres d entrée Aucun

11 47 Fonctions Option 1: N i,new = (N i-1 + N i,old + N i+1 )/3 Option 2: N i,new = (N i-2 + N i-1 + N i,old + N i+1 + N i+2 )/5 Fig Interface de l'utilisateur pour le lissage des fréquences de taille en utilisant des moyennes. Interface utilisateur Remarques Le fichier source par défaut est le fichier de fréquence de longueur actif. Cliquer simplement l'option désirée, et fournir les données d'entrées pour le fichier de destination désirée pour compléter la saisie. Pour les deux options, des classes fausses avec des fréquences nulles (0) sont ajoutées au-dessous et audessus des tailles extrêmes, c.-à-d., les plus petites et plus grandes classes avant de calculer les

12 48 nouvelles fréquences. FiSAT II ne préviendra pas l'utilisateur pour faire une nouvelle requête de lissage. Cependant, cela n'est pas recommandé, du fait que le lissage répété peut mener à des pertes d'informations. Bibliographie Laurec et Mesnil (1987) Regroupement d échantillons Cette routine (Fig. 3.20) permet à un utilisateur de regrouper des échantillons de plusieurs dates. Les options pondérales (par la racine carrée de l'échantillon total ou pourcentage d'échantillon total) qui doivent être considérées avant de regrouper sont présentées ci-après. Fichier exigé Paramètres d entrée Fichier de données de fréquences de taille- ou de poids avec une classe de taille constante Identification d échantillons à regrouper Fonction N new = N échantillon 1 + N échantillon N échantillon n Interface utilisateur Comme avec les routines antérieures, le fichier source par défaut est le fichier de fréquence de longueur actif. Utilisant la souris, sélectionner les échantillons à regrouper, fournir la nouvelle date de l'échantillonnage (le défaut est la moyenne des dates des échantillons sélectionnés). Fournir l'adresse de destination du fichier et cliquer le bouton de

13 49 commande "Pool Selected Samples". Continuer le processus jusqu'à ce que tous les échantillons à regrouper sont traités. Cliquer le bouton de commande "Save File" pour enregistrer les résultats. Fig Interface de l'utilisateur pour regrouper des fichiers de fréquence de longueur. Remarques Il sera rappelé que pour des fréquences de longueur ou poids enregistrées sous FiSAT II, une entête peut être attachée à chaque échantillon (par exemple, sexe, type d'engin de pêche, profondeur, etc.). En regroupant des échantillons, ces valeurs (ou entrées) seront retenues si et seulement si elles sont identiques. Les données d'entrées pour le poids total de l'échantillon, poids total de l'espèce et poids total de la prise seront ajoutées.