Calcul intensif pour la biologie

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1 Calcul intensif pour la biologie PPF Bio-informatique et PPF Calcul intensif 14 juin 2011

2 Calcul intensif... Cluster : ensemble de machines homogènes et localisées, organisées en grappe Grille : infrastructure virtuelle permettant le partage coordonné et sécurisé de ressources mutualisées distribuées à grande échelle ensemble de ressources informatiques hétérogènes, délocalisées et autonomes mise en oeuvre d intergiciels pour en faciliter l exploitation et le développement d applications dédiées Cloud, informatique dans les nuages Architecture multi-coeur, GPU

3 9h20-10h45 : Retours d expérience Calcul intensif en écologie et biologie évolutive : deux exemples d utilisation pour étudier la spéciation et l extinction des espèces Sylvain Billiard, Génétique et Evolution des Populations Végétales Recherche d associations haplotypiques dans le cadre de la maladie d Alzheimer Benjamin Grenier-Boley, Institut Pasteur de Lille Rechercher les partenaires protéiques en combinant la modélisation moléculaire à l évolution Alessandra Carbone, Génomique des microorganismes, UPMC Help Cure Muscular Dystrophy Décrypthon World Community Grid

4 On n a pas le temps d en parler (et c est dommage) Les autres projets Decrypthon et de la World Community Grid Help fight Childhood cancer, Repliement du proteome hmain, Influenza antiviral drug search,... Analyse de spectres de masse Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien Chemo-informatique, docking moléculaire Université de Strasbourg

5 11h15-12h00 : RENABI GRISBI Grille, Support pour la Bioinformatique http ://www.grisbio.fr/ Initiative conjointe entre plusieurs plateformes nationales de Bioinformatique, collaborant dans le cadre du réseau RENABI : PRABI Lyon, RENABI-GO Rennes et Roscoff, RENABI-SO Bordeaux et Toulouse, RENABI-NE Strasbourg et Lille, APLIBIO Jouy-en-Josas Orateur : Christophe Blanchet, IBCP

6 14h15-15h15 : La grille EGI European Grid Infrastructure http ://www.egi.eu/ Fait suite au projet EGEE Enabling Grid for E-sciencEs Inauguration du nœud lillois mardi 17 mai 2011 Orateurs : Michel Jouvin (LAL, Orsay) et Sorina Pop (Creatis, Lyon)

7 On en parlera un peu, GRID 5000 http ://www.grid5000.fr Plate-forme de recherche expérimentale 19 laboratoires, 11 sites INRIA, CNRS, Universités

8 On n a pas le temps d en parler GENCI, Grand Equipement National de Calcul Intensif http ://www.genci.fr/ Société civile créée en 2007, détenue par l Etat, représenté par le Ministère de la Recherche et l Enseignement Supérieur, le CEA, le CNRS, les Universités et l INRIA Missions : promouvoir la simulation et le calcul intensif dans la recherche fondamentale et industrielle. Représentant français au sein de PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe) http ://www.prace-project.eu/ IDRIS, Institut du Développement et des Ressources en Informatique Scientifique http ://www.idris.fr/ Centre de ressources informatiques et pôle de compétences en calcul intensif de haute performance Unité Propre de Service du CNRS à vocation pluridisciplinaire

9 12h00-12h45 : Exemple d implémentation DIET BLAST, Architecture logicielle et petits problèmes de recherche Frederic Desprez ENS Lyon et INRIA Rhônes Alpes Comment faire tourner BLAST sur GRID 5000 avec l intergiciel DIET

10 15h15-16h15 : L informatique dans les nuages Evolution du concept de grille : les ressources, les applications et les services sont virtualisés Cloud computing is a trap Richard Stallman

11 15h15-16h15 : L informatique dans les nuages Actuellement, je dirais que le cloud a peu d utilité en bioinformatique. Le problème est double : (1) il y a peu d outils informatiques bien établis, qu il suffirait d implémenter dans le cloud ; (2) beaucoup de projets nécessitent de travailler sur de grandes quantités de données (tetabytes voire petabytes) qui se pr^etent mal au cloud ou au grid. Marc Robinson-Rechavi, Institut suisse de bio-informatique, mai 2011 http ://lab.voirin-consultants.com

12 15h15-16h15 : L informatique dans les nuages... assemble a full human genome from 454 short read data provided a good real life example of these approaches. With 140 million individual reads requiring alignment using SSAHA exceeding the available compute capacity in our own data centre, a build was performed on Amazon s elastic compute service, EC2. In an afternoon, a scalable, ad hoc cluster with queue management and replicated data storage was constructed with nothing more than a few web service calls and a valid credit card. Alex Bateman, Matt Wood (Wellcome Trust Sanger Institute) Bioinformatics 25(12), 2009

13 15h15-16h15 : L informatique dans les nuages The case for cloud computing in genome informatics With DNA sequencing now getting cheaper more quickly than data storage or computation, the time may have come for genome informatics to migrate to the cloud. Lincoln D Stein, Genome Biology 2010 ; 11(5) : 207 Cloud computing and the DNA data race Given the accumulation of DNA sequence data sets at ever-faster rates, what are the key factors you should consider when using distributed and multicore computing systems for analysis? Michael C Schatz, Ben Langmead, Steven L Salzberg Nature Biotechnology 28, (2010)

14 15h15-16h15 : L informatique dans les nuages Les clouds, du buzz à la vraie science Frédéric Desprez, ENS Lyon et INRIA Rhônes Alpes StratusLab : Les applications scientifiques sur le cloud Charles Loomis, LAL Orsay

15 16h30-17h15 : Architectures multi-coeur, GPU

16 16h30-17h15 : Architectures multi-coeur, GPU

17 16h30-17h15 : Architectures multi-coeur, GPU Qui, que, quoi Jean-Stéphane Varré, LIFL et INRIA Lille Le projet BIOMANYCORES Jean-Frédéric Berthelot, INRIA Lille Comment utiliser le GPU dans vos applications bioinformatiques sans écrire une seule ligne de code

18 17h15-18h00 : Grilles et calcul intensif à Lille 6 TeraFlops noeud EGI Equipe du CRI : Cyrille Bonamy, Patrick Billa et Yvon Tinel http ://cri.univ-lille1.fr/services/calcul-intensif/

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