Aurélien Roult Yvan Le Bras Mathieu Bahin Olivier Quenez Cyril Monjeaud Olivier Collin. LibreOffice Productivity Suite

Transcription

1 Aurélien Roult Yvan Le Bras Mathieu Bahin Olivier Quenez Cyril Monjeaud Olivier Collin LibreOffice Productivity Suite

2 Plan Gestion de Fichiers importants dans l'arborescence Galaxy Création d'outils -> exemple Logol Mise à dispo des databanks au sein d'un outil Toolshed

3 Premiers pas Septembre -> Novembre 2012 Première instance mise en place Développement outils du groupe Symbiose Mais difficulté lors du dev / mise à jour Novembre > Maintenant ( 7 mois ) Création d'un dépôt GIT central (gitlab.irisa.fr) 2 instances communicantes Développement Production -> galaxy.genouest.org Une autre à venir : toolfactory & telechargement des tools (xml, py)

4 Le système de gestion Dépôt central bitbucket galaxy-dist hg pull Dépôt central gitlab.irisa.fr git push git pull REMOTE LOCAL clone Dev galaxy.genouest.org galaxy.genouest.org dev + commits BDD BDD DEV PROD

5 Les fichiers / dossiers importants /opt/galaxy-dist/ universe_wsgi.ini tool_conf.xml datatypes_conf.xml database/ files/ 000/ 001/ dataset_000.dat tools/ alignment/ glint.xml glint.py data_source/ Fichier de configuration (database, admin, server,...)

6 Configuration Passage par un proxy apache Connexion via LDAP Pas de guest, pas de création, pas d'accès hors GenOuest Puissance de calcul Local (très peu) Via Genocluster SGE : 8 cores / 144 Go de ram / 11To 2 queues (dev et prod) Intégré au système de ticket OTRS ISO 9001

7 Les fichiers / dossiers importants /opt/galaxy-dist/ universe_wsgi.ini tool_conf.xml datatypes_conf.xml database/ files/ 000/ 001/ dataset_000.dat tools/ alignment/ glint.xml glint.py data_source/ Ensemble des tools (emplacements des descripteurs xml, structure du panel)

8 tool_conf.xml

9 Les fichiers / dossiers importants /opt/galaxy-dist/ universe_wsgi.ini tool_conf.xml datatypes_conf.xml database/ files/ 000/ 001/ dataset_000.dat tools/ alignment/ glint.xml glint.py data_source/ Ensemble des datatypes (emplacements des classes python)

10 datatypes_conf.xml

11 lib/galaxy/datatypes/sequence.py

12 Les fichiers / dossiers importants /opt/galaxy-dist/ universe_wsgi.ini tool_conf.xml datatypes_conf.xml database/ files/ 000/ 001/ dataset_000.dat tools/ alignment/ glint.xml glint.py data_source/ Emplacement des datasets ( cryptés en fichier.dat) Inputs et outputs

13 Les fichiers / dossiers importants /opt/galaxy-dist/ universe_wsgi.ini tool_conf.xml datatypes_conf.xml database/ files/ 000/ 001/ dataset_000.dat tools/ alignment/ glint.xml glint.py data_source/ Emplacement des descripteurs / wrappers

14 Lancement d'un job GALAXY WEB INTERFACE Job XML.py.perl.sh (R) Définition des paramètres Création de la ligne de commande Pré-traitements sur fichiers inputs / outputs Local / cluster job_conf.xml

15 Lancement d'un job GALAXY WEB INTERFACE tmp/ job_working_directory/ Job XML.py.perl.sh (R) Définition des paramètres Création de la ligne de commande Pré-traitements sur fichiers inputs / outputs Local / cluster job_conf.xml

16 Lancement d'un job GALAXY WEB INTERFACE tmp/ job_working_directory/ Job XML.py.perl.sh (R) Définition des paramètres Création de la ligne de commande Pré-traitements sur fichiers inputs / outputs Local / cluster job_conf.xml

17 Exemple de tool : logol logol.xml

18 Exemple de tool : logol logol.sh

19 Exemple de tool : logol tool_conf.xml

20 Exemple de tool : logol

21 Exemple de tool : logol

22 Le travail réalisé Quelques outils intégrés Outils Symbiose : Protomata, protomatch, gassst, compareads, logol,... Logiciels : QtlMap, Cap3, Phylip, blat, crass, Triage, SSpace, usearch,... Outils maisons : Genolink, genosend, genoftp, ftpsend, zip, Metadata Management (lien avec le projet EMME), text manipulation,...

23 Databank inside a tool bowtie2.xml tool_data_table_conf.xml

24 Databank inside a tool tool_data_table_conf.xml

25 Databank inside a tool

26 Toolshed Server sur port 9009 Boîte à outils Déposer descripteurs xml + wrappers (+ dependencies) Mise à disposition à la communauté Facile aux autres instances de Galaxy à installer (sans redémarrage) Beaucoup d'outils sur Accessible via l'onglet «Admin»