EMME : un environnement de gestion des métadonnées expérimentales
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- Marie-Louise Larrivée
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1 EMME : un environnement de gestion des métadonnées expérimentales Basé sur l'utilisation d'isa Infrastructure Cyril Monjeaud Ingénieur sur la plate-forme GenOuest, Rennes
2 PLAN Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstration Questions 20 min 10 min 10 min
3 PLAN Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstration Questions
4 INTRODUCTION GenOuest, EMME et ISA
5 La plate-forme GenOuest Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Plate-forme située à l'inria/irisa de Rennes Associée au groupe de recherche Symbiose (Genscale - Dyliss) GenOuest appartient à ReNaBi-GO (avec BiRD et ABIMS) ReNaBi-GO = plate-forme bio-informatique de Biogenouest GenOuest propose: un large ensemble d outils bio-informatiques des banques de données publiques mises à jour régulièrement la prise en charge de projets de développement en bio-informatique diverses formations en informatique / bio-informatique 1
6 La plate-forme GenOuest Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Plate-forme située à l'inria/irisa de Rennes Associée au groupe de recherche Symbiose (Genscale - Dyliss) GenOuest appartient à ReNaBi-GO (avec BiRD et ABIMS) ReNaBi-GO = plate-forme bio-informatique de Biogenouest GenOuest propose: un large ensemble d outils bio-informatiques des banques de données publiques mises à jour régulièrement la prise en charge de projets de développement en bio-informatique diverses formations en informatique / bio-informatique 1
7 La plate-forme GenOuest Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Plate-forme située à l'inria/irisa de Rennes Associée au groupe de recherche Symbiose (Genscale - Dyliss) GenOuest appartient à ReNaBi-GO (avec BiRD et ABIMS) ReNaBi-GO = plate-forme bio-informatique de Biogenouest GenOuest propose: un large ensemble d outils bio-informatiques des banques de données publiques mises à jour régulièrement la prise en charge de projets de développement en bio-informatique diverses formations en informatique / bio-informatique 1
8 Les projets de Genouest GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données Métadonnées e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 2
9 Les projets de Genouest GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données Métadonnées e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 2
10 Le deluge de données Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte Baisse des prix des expériences -> plus d'expériences réalisées Evolution des technologies (NGS) -> plus de données produites Volume et diversité des données explosent sur les plates-formes biologiques Intégration & Interprétation des données sont primordiales Objectif de la plate-forme Intégrer les données pour pouvoir y accéder plus facilement Faciliter l'échange au sein de différents organismes Solution : gestion des métadonnées expérimentales 3
11 Le deluge de données Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte Baisse des prix des expériences -> plus d'expériences réalisées Evolution des technologies (NGS) -> plus de données produites Volume et diversité des données explosent sur les plates-formes biologiques Intégration & Interprétation des données sont primordiales Objectif de la plate-forme Intégrer les données pour pouvoir les analyser Faciliter l'échange au sein de différents organismes Solution : gestion des métadonnées expérimentales 3
12 Les métadonnées expérimentales Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Qu'est-ce que les métadonnées expérimentales? Métadonnées = Données Description de la données Conditions / détails expérimentaux permettant la création des données Pourquoi s'occuper des métadonnées? Donner du sens à la donnée = interprétable Rendre la donnée accessible à l'utilisateur Identification Découverte Pérennité 4
13 Les métadonnées expérimentales Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Qu'est-ce que les métadonnées expérimentales? Métadonnées = Données Description de la données Conditions / détails expérimentaux permettant la création des données Pourquoi s'occuper des métadonnées? Donner du sens à la donnée = interprétable Rendre la donnée accessible à l'utilisateur Identification Découverte Pérennité Métadonnées Données 4
14 Genouest et les métadonnées GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Métadonnées Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 5
15 Genouest et les métadonnées GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Métadonnées Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 6
16 Le projet EMME Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Experimental Metadata Management Environment EnvironneMent de gestion des Métadonnées Expérimentales Objectifs : Service commun aux différentes plate-formes de Biogenouest Stockage et échange de connaissances biologiques Moyens : Essayer de prendre en charge la donnée (selon matériel) Prendre en charge la métadonnée Gestion de l'analyse des données / métadonnées 7
17 Le projet EMME Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Experimental Metadata Management Environment EnvironneMent de gestion des Métadonnées Expérimentales Objectifs : Service commun aux différentes plate-formes de Biogenouest Stockage et échange de connaissances biologiques Moyens : Essayer de prendre en charge la donnée (selon matériel) Prendre en charge la métadonnée Gestion de l'analyse des données / métadonnées 7
18 Le projet EMME Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Experimental Metadata Management Environment EnvironneMent de gestion des Métadonnées Expérimentales Objectifs : Service commun aux différentes plate-formes de Biogenouest Stockage et échange de connaissances biologiques Moyens : Essayer de prendre en charge la donnée (selon matériel) Prendre en charge la métadonnée Gestion de l'analyse des données / métadonnées 7
19 Genouest et le projet EMME GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Métadonnées Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 8
20 Genouest et le projet EMME GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Métadonnées Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 8
21 Genouest et le projet EMME GRISBI BioPaaS Grille genocluster Cloud Cluster Biologie intégrative BioMAJ Calcul BioWIC Ontologies Données e-biogenouest Workflows BioSide Galaxy Portail Métadonnées Collaboratif MobyleNet EMME Web services ADT INRIA Elgg OpenLDAP Hubzero Opal Toolkit 8
22 Genouest et le projet EMME Ontologies Données Métadonnées e-biogenouest ISAInfrastructure EMME 8
23 Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstration
24 ISA INFRASTRUCTURE (ISATools) Un format, des ontologies et des standards
25 Le contexte : dépôts et formats Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Beaucoup de dépôts/formats pour la soumission : Protéomique : Pride Pride XML Génomique : ENA - SRA-XML Transcriptomique : ArrayExpress Mage-Tab Mais aucun pour des expériences multi' omiques Protéomique, génomique, transcriptomique, métabolomique Nutrigénomique, Toxicogénomique, etc Point de départ d'isainfrastructure 9
26 Le contexte : dépôts et formats Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Beaucoup de dépôts/formats pour la soumission : Protéomique : Pride Pride XML Génomique : ENA - SRA-XML Transcriptomique : ArrayExpress Mage-Tab Mais aucun pour des expériences multi' omiques Protéomique, génomique, transcriptomique, métabolomique Nutrigénomique, Toxicogénomique, etc Point de départ d'isainfrastructure 9
27 Le contexte : dépôts et formats Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Beaucoup de dépôts/formats pour la soumission : Protéomique : Pride Pride XML Génomique : ENA - SRA-XML Transcriptomique : ArrayExpress Mage-Tab Mais aucun pour des expériences multi' omiques Protéomique, génomique, transcriptomique, métabolomique Nutrigénomique, Toxicogénomique, etc Point de départ d' ISAInfrastructure 9
28 Présentation d'isa Infrastructure ISA Team Susanna Sansone : Team Leader Philippe Rocca-Serra : Technical Co-ordinator Eamonn Maguire : Lead Software Engineer Oxford e-research Center Création d'un format (ISA-Tab) + suite logicielle + dépôt 10
29 Publications de ISA Team Science, 2009 Omics Data Sharing Field,D. et al. (2009) Science, 9, Bioinformatics, 2010 ISA software suite: supporting standards-compliant experimental annotation and enabling curation at the community level Rocca-Serra,P. et al. Bioinformatics, 26, Nature Genetics, 2011 Toward interoperable bioscience data Susanna-Assunta Sansone et al. (2011) Nature genetics, in press 11
30 Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Le format ISA-Tab 2008 : premier workshop ISA-Tab à l'ebi de Cambridge Comment un simple format peut-t-il gérer des études complexes? Format simple Tabulé (texte) Non XML donc plus adapté à la communauté biologique Simple d'utilisation et manipulable avec un tableur Gestion d'études complexes Hébergement des études composées de plusieurs expériences Expériences pouvant être multi' omics 12
31 Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Le format ISA-Tab 2008 : premier workshop ISA-Tab à l'ebi de Cambridge Comment un simple format peut-t-il gérer des études complexes? Format simple Tabulé (texte) Non XML donc plus adapté à la communauté biologique Simple d'utilisation et manipulable avec un tableur Gestion d'études complexes Hébergement des études composées de plusieurs expériences Expériences pouvant être multi' omics 12
32 Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Le format ISA-Tab 2008 : premier workshop ISA-Tab à l'ebi de Cambridge Comment un simple format peut-t-il gérer des études complexes? Format simple Tabulé (texte) Non XML donc plus adapté à la communauté biologique Simple d'utilisation et manipulable avec un tableur Gestion d'études complexes Hébergement des études composées de plusieurs expériences Expériences pouvant être multi' omiques 12
33 Les ontologies Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations ISA-Tab permet et encourage l'utilisation d'ontologies Ontologies Un vocabulaire contrôlé : du texte libre (Wild Type, WT, Wt, WildType) Un vocabulaire hiérarchisé : relations entres termes (is_a, has_a, etc.) Annotation des données / métadonnées Vocation Partager et la réutiliser des connaissances grâce à un langage commun Classifier les données et les informations Permettre l'analyse informatique (indexation, recherche avancée, etc.) 13
34 Les ontologies Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations ISA-Tab permet et encourage l'utilisation d'ontologies Ontologies Un vocabulaire contrôlé : du texte libre (Wild Type, WT, Wt, WildType) Un vocabulaire hiérarchisé : relations entres termes (is_a, has_a, etc.) Annotation des données / métadonnées Vocation Partager et réutiliser des connaissances grâce à un langage commun Classifier les données et les informations Permettre l'analyse informatique (indexation, recherche avancée, etc.) 13
35 Exemples d'utilisations Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations SNOMED Clinical Terms malignant tumor +Body structure - Clinical finding + Calculus finding + Cyanosis - Disease Malignant neoplastic disease Malignant neoplastic disease, SNOMEDCT, CHEBI fatty acids - Chemical entity + Atom - Molecular entity - Main group molecular entity -... Fatty acid Fatty acid, CHEBI,
36 Exemples d'utilisations Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations SNOMED Clinical Terms malignant tumor +Body structure - Clinical finding + Calculus finding + Cyanosis - Disease Malignant neoplastic disease Malignant neoplastic disease, SNOMEDCT, CHEBI fatty acids - Chemical entity + Atom - Molecular entity - Main group molecular entity -... Fatty acid Fatty acid, CHEBI,
37 Exemples d'utilisations Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations SNOMED Clinical Terms malignant tumor Informations libres +Body structure - Clinical finding + Calculus finding + Cyanosis - Disease Malignant neoplastic disease Malignant neoplastic disease, SNOMEDCT, CHEBI fatty acids - Chemical entity + Atom - Molecular entity - Main group molecular entity -... Fatty acid Fatty acid, CHEBI,
38 Exemples d'utilisations Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations SNOMED Clinical Terms malignant tumor Informations libres +Body structure - Clinical finding + Calculus finding + Cyanosis - Disease Malignant neoplastic disease CHEBI fatty acids - Chemical entity + Atom - Molecular entity - Main group molecular entity -... Fatty acid Malignant neoplastic disease, SNOMEDCT, Informations reliées à un système de connaissances Fatty acid, CHEBI,
39 L'engagement d'isa Implication sur les questions de standardisation, diffusion, etc. 16
40 ISA : Investigation Study - Assay Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte biologique Informations sur l'étude Expérience réalisée sur les échantillons Liens vers les fichiers de données (résultats non inclus directement) 17
41 ISA : Investigation Study - Assay Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte biologique Informations sur l'étude Expérience réalisée sur les échantillons Liens vers les fichiers de données (résultats non inclus directement) 17
42 ISA : Investigation Study - Assay Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte biologique Informations sur l'étude Expérience réalisée sur les échantillons Liens vers les fichiers de données (résultats non inclus directement) 17
43 ISA : Investigation Study - Assay Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Contexte biologique Informations sur l'étude Expérience réalisée sur les échantillons Liens vers les fichiers de données (résultats non inclus directement) 17
44 Les métadonnées liées à une expérience Sources Échantillons Échantillons Données dat csv Données Données transformées 18
45 Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstration
46 ISA Software Suite
47 ISA Software Suite
48 ISACreatorConfigurator Objectif Création de modèles ISA nommés Tables Déclaration de champs Définition du type de données 3 types de modèles : Investigation, Study, Assays Obligatoire? Oui car essentiel lors de l'étape de création des expériences Mais configuration par défaut fournis par ISA 1 modèle pour Investigation et Study 28 modèles pour Assay Analyses : Cell sorting, Metabolite profiling, SNP Analysis, etc. Matériels : DNA µarray, Flow Cytometry, Mass spectro., etc. 19
49 ISACreatorConfigurator Objectif Création de modèles ISA nommés Tables Déclaration de champs Définition du type de données 3 types de modèles : Investigation, Study, Assays Obligatoire? Oui car essentiel lors de l'étape de création des expériences Mais configuration par défaut fournis par ISA 1 modèle pour Investigation et Study 28 modèles pour Assay Analyses : Cell sorting, Metabolite profiling, SNP Analysis, etc. Matériels : DNA µarray, Flow Cytometry, Mass spectro., etc. 19
50 ISACreatorConfigurator Utilisateurs Bio-informaticiens Phase de configuration Utilisation Exécutable sur la machine de l'utilisateur (local) Lors de la première utilisation d'isa Lors de l'utilisation d'un nouveau type d'expérience 20
51 ISACreatorConfigurator Utilisateurs Bio-informaticiens Phase de configuration Utilisation Exécutable sur la machine de l'utilisateur (local) Lors de la première utilisation d'isa Lors de l'utilisation d'un nouveau type d'expérience 20
52 Exemples de Tables STUDY ASSAY Protein_expression_ms SampleStudy Protein Expression Profiling using Mass Spectrometry Source Name Characteristics[organism] Protocol REF Protocole d'obtention Sample Name SampleStudy.xml - growth protocol Sample Name Protocol REF Protocole d'extraction - protein extraction Extract Name Protocol REF Protocole de marquage - itraq labeling Labeled Name Protocol REF Protocole de spectrométrie - MALDI TOF mass spectrometry Parameter Value[mass spectrometry instrument] Parameter Value[ion optics] MS Assay Name Raw Spectral Data File Protocol REF Protocole de transformation de données Normalization Name Data Transformation Name Derived Spectral Data File Protocol REF Protocole d'identification Protein Assignment File 21
53 Exemples de Tables STUDY ASSAY Protein_expression_ms SampleStudy Protein Expression Profiling using Mass Spectrometry Source Name Characteristics[organism] Protocol REF Protocole d'obtention Sample Name SampleStudy.xml Protein_expression_ ms.xml - growth protocol Sample Name Protocol REF Protocole d'extraction - protein extraction Extract Name Protocol REF Protocole de marquage - itraq labeling Labeled Name Protocol REF Protocole de spectrométrie - MALDI TOF mass spectrometry Parameter Value[mass spectrometry instrument] Parameter Value[ion optics] MS Assay Name Raw Spectral Data File Protocol REF Protocole de transformation de données Normalization Name Data Transformation Name Derived Spectral Data File Protocol REF Protocole d'identification Protein Assignment File 21
54 Exemples de Tables STUDY ASSAY Protein_expression_ms SampleStudy Protein Expression Profiling using Mass Spectrometry Source Name Characteristics[organism] Protocol REF Protocole d'obtention Sample Name SampleStudy.xml Protein_expression_ ms.xml MaConfig_ISA - growth protocol Sample Name Protocol REF Protocole d'extraction - protein extraction Extract Name Protocol REF Protocole de marquage - itraq labeling Labeled Name Protocol REF Protocole de spectrométrie - MALDI TOF mass spectrometry Parameter Value[mass spectrometry instrument] Parameter Value[ion optics] MS Assay Name Raw Spectral Data File Protocol REF Protocole de transformation de données Normalization Name Data Transformation Name Derived Spectral Data File Protocol REF Protocole d'identification Protein Assignment File 21
55 Aperçu : Study 22
56 Aperçu : Assay 23
57 ISA Software Suite
58 ISACreator : Création Partie dédiée aux utilisateurs Rôle : Saisir les métadonnées expérimentales Similaire à un cahier de laboratoire Exécutable sur la machine de l'utilisateur (local) Utilisation Lorsque une investigation est décidée Lorsqu'une étude (study) est ajoutée à une investigation Lorsqu'une expérience (assay) est réalisée dans une étude Dynamique Possible de rajouter des études ou des expériences 24
59 ISACreator : Création Partie dédiée aux utilisateurs Rôle : Saisir les métadonnées expérimentales Similaire à un cahier de laboratoire Exécutable sur la machine de l'utilisateur (local) Utilisation Lorsque une investigation est décidée Lorsqu'une étude (study) est ajoutée à une investigation Lorsqu'une expérience (assay) est réalisée dans une étude Dynamique Possible de rajouter des études ou des expériences 24
60 ISACreator : Création Partie dédiée aux utilisateurs Rôle : Saisir les métadonnées expérimentales Similaire à un cahier de laboratoire Exécutable sur la machine de l'utilisateur (local) Utilisation Lorsque une investigation est décidée Lorsqu'une étude (study) est ajoutée à une investigation Lorsqu'une expérience (assay) est réalisée dans une étude Dynamique Possible de rajouter des études ou des expériences 24
61 ISACreator : Création La saisie des métadonnées Sous la forme de tableaux (Excel-like) Fonctions de manipulations (ajout colonne / lignes, étendre, etc.) Repartis dans plusieurs onglets (respectant le modèle ISA) Lié à ISACreatorConfigurator Chargement d'un dossier de configuration Définition des champs de saisies 25
62 ISACreator : Création La saisie des métadonnées Sous la forme de tableaux (Excel-like) Fonctions de manipulations (ajout colonne / lignes, étendre, etc.) Repartis dans plusieurs onglets (respectant le modèle ISA) Lié à ISACreatorConfigurator Chargement d'un dossier de configuration Définition des champs de saisies 25
63 Aperçu : Investigation 26
64 Aperçu : Study 27
65 Aperçu : Study 28
66 Aperçu : Assay 29
67 ISACreator Finalité Enregistrement sous la forme de fichiers ISA-Tab -> Dépôt Possibilité de recharger des fichiers et modifier Outils intégrés ISAValidator : Validation des fichiers ISA-Tab ISAConverter : Conversion des fichiers ISA-Tab Plugins Recherche d'ontologies Auto-tagging (recherche texte libre -> association avec ontologies) Outils 30
68 ISACreator Finalité Enregistrement sous la forme de fichiers ISA-Tab -> Dépôt Possibilité de recharger des fichiers et modifier Outils intégrés ISAValidator : Validation des fichiers ISA-Tab ISAConverter : Conversion des fichiers ISA-Tab Plugins Recherche d'ontologies Auto-tagging (recherche texte libre -> association avec ontologies) Outils 30
69 ISACreator Finalité Enregistrement sous la forme de fichiers ISA-Tab -> Dépôt Possibilité de recharger des fichiers et modifier Outils intégrés ISAValidator : Validation des fichiers ISA-Tab ISAConverter : Conversion des fichiers ISA-Tab Plugins Recherche d'ontologies Auto-tagging (recherche texte libre -> association avec ontologies) Outils 30
70 ISA Software Suite
71 BioInvestigation Index BioInvestigation Index = BII Dépôt d'expériences ISA (études multi'omiques) Annuaire expérimentale Stockage des métadonnées dans une base de données PostgreSQL MySQL Oracle Similaire à Pride, ENA ou ArrayExpress 31
72 BioInvestigation Index BioInvestigation Index = BII Dépôt d'expériences ISA (études multi'omiques) Annuaire expérimentale Stockage des métadonnées dans une base de données PostgreSQL MySQL Oracle Similaire à Pride, ENA ou ArrayExpress 31
73 BioInvestigation Index BioInvestigation Index = BII Dépôt d'expériences ISA (études multi'omiques) Annuaire expérimentale Stockage des métadonnées dans une base de données PostgreSQL MySQL Oracle Similaire à Pride, ENA ou ArrayExpress 31
74 BII data manager Utilisé par l'administrateur ISA local (moi) Gestionnaire de dépôt ISA-Tab Chargement Déchargement Exportation d'une expérience Gestion des fichiers de données Dépôt à l'endroit précisé sur le serveur Création des liens associés (accès HTTP / FTP) Gestion de sécurité Étude privée / publique Visible par certains utilisateurs 32
75 BII data manager Utilisé par l'administrateur ISA local (moi) Gestionnaire de dépôt ISA-Tab Chargement Déchargement Exportation d'une expérience Gestion des fichiers de données Dépôt à l'endroit précisé sur le serveur Création des liens associés (accès HTTP / FTP) Gestion de sécurité Étude privée / publique Visible par certains utilisateurs 32
76 BII data manager Utilisé par l'administrateur ISA local (moi) Gestionnaire de dépôt ISA-Tab Chargement Déchargement Exportation d'une expérience Gestion des fichiers de données Dépôt à l'endroit précisé sur le serveur Création des liens associés (accès HTTP / FTP) Gestion de sécurité Étude privée / publique Visible par certains utilisateurs 32
77 BII data manager Utilisé par l'administrateur ISA local (moi) Gestionnaire de dépôt ISA-Tab Chargement Déchargement Exportation d'une expérience Gestion des fichiers de données Dépôt à l'endroit précisé sur le serveur Création des liens associés (accès HTTP / FTP) Gestion de sécurité Étude privée / publique Visible par certains utilisateurs 32
78 ISA Software Suite
79 BioInvIndex Web App Application Web Composée de 2 parties Vue globale des expériences Consultation de chaque expérience sous forme de fiche Moteur de recherche indexé par Apache Lucene But final du BII + ISA Accès facile aux expériences et aux données associées Éviter de multiplier les expériences déjà réalisées Se tenir au courant des thématiques / expériences réalisées 33
80 BioInvIndex Web App Application Web Composée de 2 parties Vue globale des expériences Consultation de chaque expérience sous forme de fiche Moteur de recherche indexé par Apache Lucene But final du BII + ISA Accès facile aux expériences et aux données associées Éviter de multiplier les expériences déjà réalisées Se tenir au courant des thématiques / expériences réalisées 33
81 Aperçu : BioInvIndex Identification Inscription Recherche Consultation 34
82 Aperçu : BioInvIndex Recherche libre Recherche par type Nom de l'étude Description Nombre de mesure Assays associés Type de mesure + matériel 35
83 Aperçu : BioInvIndex Nom de l'étude 36
84 Aperçu : BioInvIndex Possibilité de faire une recherche sur ce type 37
85 Aperçu : BioInvIndex Accès aux fichiers ISA-Tab Accès aux fichiers de données 38
86 Récapitulatif ISA Infrastructure Format ISA-Tab pour l'hébergement des métadonnées expérimentales Suite logicielle ISACreatorConfigurator Création modèle d'expérience ISACreator Création de l'expérience BioInvIndex Dépôt et consultation d'expériences BII Data Manager Gestion du dépôt Projet EMME Environnement de Gestion des métadonnées expérimentale Basé sur l'utilisation d'isa Infrastructure Première version d'un portail : cmonjeau.genouest.org:8180/emme 39
87 Récapitulatif ISA Infrastructure Format ISA-Tab pour l hébergement des métadonnées expérimentales Suite logicielle ISACreatorConfigurator Création modèle d'expérience ISACreator Création de l'expérience BioInvIndex Dépôt et consultation d'expériences BII Data Manager Gestion du dépôt Projet EMME Environnement de Gestion des métadonnées expérimentale Basé sur l'utilisation d'isa Infrastructure Première version d'un portail : cmonjeau.genouest.org:8180/emme 39
88 Récapitulatif ISA Infrastructure Format ISA-Tab pour l hébergement des métadonnées expérimentales Suite logicielle ISACreatorConfigurator Création modèle d'expérience ISACreator Création de l'expérience BioInvIndex Dépôt et consultation d'expériences BII Data Manager Gestion du dépôt Projet EMME Environnement de Gestion des métadonnées expérimentale Basé sur l'utilisation d'isa Infrastructure Première version d'un portail : 39
89 Vision générale EMME data ISA-tab PF 1 data ISA-tab PF 2 40
90 Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstration
91 Introduction ISA Infrastructure ISA Software Suite Démonstrations Démonstration Portail, Lancement des outils, Gestionnaire, Galaxy
92 La communauté ISA Bioplatforms Australia framework data initiative, Bioplatforms Australia, Australia Bio-Investigation Index (BII), European Bioinformatics Institute (EBI), UK CSIRO dataset portal, Commonwealth Scientific and industrial Research Organisation (CSIRO), Australia GigaDB, GigaScience journal at BGI, China HMS Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) project, Harvard Medical School (HMS) LINCS Center, USA HSCI Blood genomics repository, Harvard Stem Cell Institute (HSCI) and Harvard Medical School, USA HSCI Stem cell Discovery engine, Harvard Stem Cell Institute (HSCI) and Harvard Medical School, USA MEtabolomic RepositorY (MeRy-B), UMR1332 INRA and CBiB University of Bordeaux, France Metabolights, European Bioinformatics Institute (EBI), UK NERC envbase, Natural Environmental Research Council s (NERC) Environmental Bioinformatics Centre (NEBC), UK Nutritional Phenotype Database (dbnp), Nutrigenomics, SEEK, Systems Biology of MicroOrganisms (SysMO), pan European consortium Standards-based Infrastructure with Distributed Resources (SIDR), French National Centre for Scientific Research group, France ToxBank Data Warehouse, ToxBank, pan European consortium 41
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