Intérêt de la détection des variants résistants minoritaires. Stéphanie Raymond INSERM UMR1043 Et Laboratoire de Virologie CHU de Toulouse

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1 Intérêt de la détection des variants résistants minoritaires Stéphanie Raymond INSERM UMR1043 Et Laboratoire de Virologie CHU de Toulouse

2 Conflits d intérêt Honoraires de conférencier : ViiV Participation financière dans le cadre d une entreprise : aucune Colloques et congrès : Abbott, BMS, Gilead, Janssen, MSD, ViiV, Roche 2

3 Résistance aux antirétroviraux Variants résistants transmis 12% des patients en primo-infection sont infectés par un virus résistant à au moins une classe médicamenteuse Variants résistants acquis >60% des patients en situation d échec virologique sont infectés par un virus résistant à au moins une classe médicamenteuse Chaix, AIDS 2009 Assoumou, JAC

4 Mécanisme de sélection des variants résistants Pression de sélection 30 % 50% 8O% 10% 7% 5% Diversité importante Sélection de souches virales résistantes Réplication persistante sous pression antirétrovirale 4

5 La quasiespèce virale Population virale totale * Analyse clonale * *** Séquençage direct * * * * * * Clonage classique Séquençage haut débit Etude des virus représentant > 20% de la population totale Pas d haplotypage * * * Etude des virus minoritaires < 20% Haplotypage 5

6 Nouvelles techniques de séquençage à haut débit Détection des variants représentant moins de 20% de la population virale (seuil <1%) Nicot, Virologie

7 Seuil de sensibilité de la technique Saliou, AAC 2011 Virus X4 : sensibilité à 0,5% si au moins 1600 lectures Delobel, PLoS One 2011 K103N : sensibilité à 1,5% si au moins 2500 lectures 7

8 Impact des variants minoritaires en pratique clinique Utilisation des antagonistes de CCR5 Réponse virologique sous inhibiteur non nucléosidique de la TI Autres classes d antirétroviraux? 8

9 Variants minoritaires et tropisme viral Méthodes ultra-sensibles Génotype : pyroséquençage Phénotype : virus recombinants possédant l enveloppe du virus VIH-1 à tester CD4 CCR5 Virus? CD4 CXCR4 Cellules indicatrices Toulouse Tropism Test = TTT Sensibilité = 0,5% Raymond, JCV 2010 Trofile ESTA, sensibilité = 0,3% Reeves, J Viral Entry

10 Comparaison test phénotypique et pyroséquençage V3 Génotype V3 UDS R5 X4 Test phénotypique TTT R5 9 3 R5X4/X % de concordance Pyroséquençage Patients Phénotype TTT Génotype par Séquençage direct Nombre de lecture Résultats R5X4 R5X4 R5X4 R5X4 R5X4 R5X4 R5X4 R5X4 R5X4 R5 R5 R5 R5 R5 R5 R5 R5 R Variants X4 (4.6 %) Variants X4 (3.2 %) Variants X4 (3.1 %) Variants X4 (5.1 %) Variants X4 (5.8 %) Variants X4 (8.7 %) R5 pur R5 pur R5 pur Saliou, AAC

11 Variants minoritaires utilisant CXCR4 et échec virologique Virus non-r5 0 % 0-1 % 1-2 % 2-20 % Variation de la charge virale entre J0 et S8 (log c/ml) 2,6 2,4 2,1 1,4 Patients présentant une charge virale <50 c/ml à S48 65 % 48 % 29 % 27 % Motivate-1, Motivate-2 & A Swenson, JID

12 Seuil cliniquement pertinent % patients avec CV <50 à S48 Valeur absolue de X4 (log copies/ml) Motivate-1, Motivate-2 & A Heera, CROI 2011 La quantité de virus X4 en valeur absolue semble mieux corrélée à l échec virologique que leur pourcentage 12

13 Variants minoritaires utilisant CXCR4 chez les patients naïfs Essai MERIT (Maraviroc vs EFV) Original Trofile R5 (seuil 10%) : non-infériorité non démontrée ESTA (0,3%) et séq 454/Roche (2%) : réponse similaire MVC & EFV Swenson, CID 2011 Des tests de tropisme très sensibles sont nécessaires pour identifier les patients éligibles à un traitement par maraviroc 13

14 Variants minoritaires résistants aux INNTI et échec virologique K103N (985) Y181C (435) M184V (228) K65R (163) Patients sous INNTI (NVP ou EFV) Présence de variants résistants minoritaires associée à l échec virologique Li, JAMA

15 Seuil cliniquement pertinent Quantité de variants minoritaires prédisant l échec K103N : 1% K103N : 2000 copies/ml K103N : si >1%, risque d échec x 2 si >1000 copies/ml, risque d échec x 4 Halvas, JID 2010 Goodman, AIDS 2011 Li, JAMA

16 Quantification des variants résistants minoritaires Patients au stade de primo-infection Virus résistants : 11% (Sanger) vs 37% (UDS) Variants représentant 0,34-18,26% de la population Nicot, JCV 2012 Des variants représentant moins de 20% de la population virale peuvent correspondre à des CV de 3,21 à 5,53 log copies/ml 16

17 Prédiction de la réponse thérapeutique Première ligne de traitement L utilisation de tests génotypiques ultra-sensibles avant traitement par INNTI permettrait d éviter 1 échec virologique pour 11 patients testés Chez les patients déjà traités Li, JAMA 2011 Par NVP : variants résistants K103N ou Y181C risque d échec x3 Boltz, PNAS 2011 Par INNTI : variants minoritaires impact sur la réponse virologique Halvas, JID

18 Impact des variants minoritaires résistants aux INTI, IP et II 1 Variants résistants aux INTI : pas d impact sur la réponse virologique Li, JAMA 2011 Variants minoritaires résistants aux IP = 8% mais pas d impact (barrière génétique élevée) Lataillade, PLoS One 2012 Mutation Q148R : fréquente à un très faible niveau et sans impact sur la réponse aux II Charpentier, AIDS 2010 Armenia, JID Inhibiteurs Nucléosidiques de la Transcriptase Inverse, Inhibiteurs de Protéase et Inhibiteurs d Intégrase 18

19 Synthèse La détection des variants résistants minoritaires semble cliniquement pertinente Pour l utilisation des INNTI en première ligne Pour l administration des antagonistes de CCR5 Des études complémentaires sont nécessaires Standardiser les outils et les algorithmes bioinformatiques d interprétation Déterminer le seuil cliniquement pertinent pour chaque mutation Évaluer l impact des variants résistants minoritaires sur la réponse à la rilpivirine (étude AC11 prévue) 19

20 Remerciements Institut Fédératif de Biologie CHU de Toulouse & INSERM U1043 J. Izopet F. Nicot A. Saliou M. Cazabat M. Dubois R. Carcenac N. Jeanne C. Pasquier K. Sandres-Sauné Maladies Infectieuses et Tropicales - Toulouse P. Delobel B. Marchou P. Massip 20