PARCOURS D INITIATION A LA RECHERCHE (M1) BIOLOGIE CELLULAIRE, PHYSIOLOGIE, PATHOLOGIES (BCPP) FICHE DE CANDIDATURE Année 2015-2016 ETAT CIVIL PHOTO A AGRAFER NOM : NOM DE JEUNE FILLE : Prénom Né(e) le : Nationalité : Adresse : Téléphone : Adresse de messagerie électronique consultée très lisible (elle servira dans les contacts ultérieurs) : Votre situation à la rentrée universitaire 2015-2016 Année d études :... Bi-cursus éventuel en cours (Ecole de l inserm ; Pharmascience, ) : UMR de parcours recherche (M1) ou de l ex M1-Santé éventuellement déjà acquises : UMR UE ex M1 santé Parcours - Stage de recherche effectué : oui / non orientation professionnelle projetée : Le cas échéant, situation particulière à détailler : :.... 1
PARCOURS D INITIATION A LA RECHERCHE BIOLOGIE CELLULAIRE, PHYSIOLOGIE, PATHOLOGIES (BCPP) Correspondants pédagogiques: Pharmacie : Pr. Jean-Louis LAPLANCHE (jean-louis.laplanche@parisdescartes.fr) Médecine : Pr. Eric Clauser (eric.clauser@inserm.fr) Odontologie : Pr Catherine CHAUSSAIN (catherine.chaussain@parisdescartes.fr) Ce parcours d initiation à la recherche constitue un pré-requis en particulier pour les spécialités de M2 de la mention BCPP. Il consolidera votre socle de connaissances à travers des cours/conférences interactifs présentés par des chercheurs invités, vous initiera à la lecture synthétique et critique d articles scientifiques et vous immergera dans le monde du laboratoire de recherche à travers le stage de deux mois. Objectifs de la mention BCPP et de ses différentes spécialités de M2 La formation est multidisciplinaire à l échelle intégrée, sub-cellulaire et cellulaire. L accent est mis sur les relations structure-fonction à l échelle moléculaire, les mécanismes régulateurs de l expression génique, la signalisation cellulaire (reconnaissance, production et transduction de signaux), les grandes fonctions cellulaires, les mécanismes cellulaires du développement et du vieillissement, les grandes fonctions à l échelle de l organisme, leurs pathologies et leurs perturbations. L atout du cursus est de développer une formation transversale indispensable aux domaines physiologiques et physiopathologiques (cardiovasculaire, respiratoire, tissus minéralisés, épithélium, reproduction, nutrition, neurobiologie...), en parallèle d un enseignement de biologie cellulaire fondamentale de haut niveau. Les M2 proposés sont dans de nombreux cas uniques en région parisienne ou sur le territoire national. Exemples de M2 BCPP en rapport avec les études de santé et de pharmacie en particulier : Spécialités (M2) orientation Recherche Biologie et Développement Cellulaires Biologie Vasculaire, Athérosclérose, Thrombose et Hémostase Biologie, Physiopathologie, Pharmacologie du cœur et de la circulation (BioCœur) Biominéralisation, Morphogenèse et Pathologies Inflammatoires Neurosciences Biologie du Vieillissement Nutrition, Métabolisme énergétique, Signalisation Reproduction et Développement Spécialité (M2) orientation Professionnelle Biologie de la Reproduction Humaine Spécialité Recherche et Professionnelle Biologie, Physiologie, Pharmacologie de la Respiration et du Sommeil 2
Conditions d accès aux M2: Le parcours d initiation à la Recherche BCPP donnant accès aux M2 est acquis par : - Trois Unités d Enseignement Master Recherche (UMR) de 6 ECTS (cf. ci-dessous) : soit (i) 3 UMR du parcours BCPP, soit (ii) 2 UMR de BCPP et une UMR de 6 ECTS d un autre parcours Recherche. - Un stage de 2 mois dans un laboratoire de recherche. Les enseignements seront répartis sur deux ans à raison de la validation d une UMR par semestre. Les UMR se compensent entre elles dans une même année. Pour chaque semestre souhaité émettez deux choix d UMR avec un ordre de priorité (1 et 2) : UMR du parcours recherche BCPP Biologie des membranes eucaryotes et procaryotes ; aspects physiopathologiques et thérapeutiques (UMR7) Naissance et mort de la cellule (UMR4) Biologie moléculaire et cellulaire des maladies métaboliques (UMR5) Matrice extracellulaire et signalisation (UMR1) Physiologie de la reproduction (UMR2) Biologie cellulaire, biologie moléculaire et signalisation (UMR3) Physiologie du développement (UMR6) Semestre UMR FACULTE DE PHARMACIE S1 S2 S2 Dates prévisionnelles (site) 15 octobre 10 décembre 2015 mardi et/ou jeudi : 17h45-20h15 21 janvier - 21 avril 2016 lundi et/ou jeudi : 18h- 20h30 janvier-mai 2016 mardi et/ou jeudi: 18h-20h30 UMR FACULTES DE MEDECINE ET ODONTOLOGIE S1 S1 S2 S2 3 octobre 2015 6 février 2016 Samedi : 9h-13h (Odonto Montrouge) 14 octobre 2015 17 février 2016 : 17h30h-20h30 (Médecine Cochin) 24 février 25 mai 2016 Mercredi : 17h-20h (Médecine Cordeliers) 24 février 25 mai 2015 Mercredi : 14h-17h (Médecine Cordeliers) Effectif maxi DFGSP3 DFASP1 30 30 30 20 6 20 Souhaits Semestre 1 Toutes les UMR sont à 6 ECTS. Les plannings seront diffusés par chaque responsable d UMR. 20 Souhaits Semestre 2 Souhaits éventuellement exprimés dans les autres parcours d initiation à la recherche : - Nom du parcours : - intitulé de ou des UMR et semestre(s) : 3
Dépôt des candidatures : Jusqu au 21 septembre 2015 inclus dernier délai. Le dossier de candidature complété (fiche de candidature : pages 1 et 3) avec photo agrafée, une lettre de motivation et le relevé de notes de l année précédente) sont à adresser ou à déposer à: Madame A. TERSAC, UMR-S 1144, Laboratoire de Biologie Cellulaire, case 15, Faculté de Pharmacie, 4 avenue de l observatoire, 75006 Paris. La liste des candidats inscrits pédagogiquement aux UMR du parcours BCPP (semestres 1 et 2) sera publiée début octobre. Stage dans un laboratoire de recherche : La validation du parcours requiert la validation d un stage d une durée de 2 mois (~ 280 heures). Ce stage peut être réalisé en 1ère ou 2e année du parcours. Les étudiants déterminent euxmêmes leur laboratoire de stage à partir d une liste fournie en cours d année du parcours. Ce stage est souvent à l origine de vocations et représente une plus-value certaine à votre candidature lorsque vous postulerez en M2. Le thème du stage est soumis à l approbation préalable du responsable du parcours (Pr. J-L Laplanche). Il sera demandé de fournir un mémoire de 20 pages environ pouvant porter sur différents aspects rencontrés au cours du stage (par exemple : technique spécifique développée au laboratoire, participation à un travail expérimental, analyses bioinformatiques, études clinicobiologiques.). La présentation du mémoire et la validation du stage se feront au cours d un entretien avec un rapporteur, enseignant du parcours, qui sera désigné en fonction du sujet du stage. Une convention de stage libre à retirer auprès de la scolarité devra être établie. Les informations utiles seront diffusées en cours d année. 4
Programme des UMR Parcours d initiation à la Recherche BCPP SEMESTRE 1 Biologie des membranes eucaryotes et procaryotes : aspects physiopathologiques et thérapeutiques Responsable : Pr S. GIL sophie.gil@parisdescartes.fr PHARMACIE Présentation des connaissances fondamentales et appliquées dans le domaine de la biologie des membranes et des barrières physiologiques. Méthodologies d étude par une approche pluridisciplinaire. Mécanismes physiopathologiques moléculaires et cellulaires de la dynamique des membranes. Pathologies membranaires et les cibles thérapeutiques membranaires. Travail personnel demandé d analyse critique d articles scientifiques. 1) Rappels des structures et des organisations des membranes 2) Notion et diversité des barrières (notion de barrière dans le développement d un médicament) 3) Biogenèse et organisation structurale des protéines dans les membranes ; exemples de structures récentes par groupe fonctionnel (transporteurs, canaux ioniques, récepteurs) 4) Classes de lipides membranaires et fonctionnalité 5) Approche dynamique des membranes (fusion, microdomaines, endocytose, exocytose, phagocytose, exosomes, ) 6) Vectorisation et franchissement des membranes 7) Membranes bactériennes (interactions cellule hôte, passage de médicaments, mécanismes de résistance,...) 8) Membranes parasitaires (interactions hôte-pathogène, transport de drogues, mécanismes de résistance, exemple de barrière dans un contexte infectieux, ) 9) Pathologies liées à l altération des membranes 10) Approches méthodologiques (méthodes d étude structurale, méthodes d expression de protéines membranaires, méthodes d étude dynamique des membranes, modèles de culture 3D, ) AUTRES UMR ACCESSIBLES HORS FACULTE : Physiologie de la reproduction MEDECINE site COCHIN Responsable : Dr. A ZIYYAT ahmed.ziyyat@parisdescartes.fr Présentation des bases conceptuelles et méthodologiques de la recherche actuelle dans le domaine de la physiologie de la reproduction. Travail personnel demandé d analyse critique d articles scientifiques. 1) Développement de l'appareil génital et différenciation sexuelle, 2) différenciation sexuelle, axe neuro-hypothalamo-hypophyso-gonadique, 3) spermatogénèse et sa régulation, Maturation épididymaire, Capacitation, 4) Maturation ovocytaire, folliculogénèse et régulation 5) Fécondation (interaction spermatozoïdes-zone pellucide, 6) Adhésion et fusion des membranes gamétiques 7) Développement embryonnaire pré-implantatoire 8) Cellules souches et progéniteurs germinaux 5
9) Evénements géniques et épigénétiques de la reproduction 10) Implantation et tolérance immunitaire Matrice extracellulaire et signalisation ODONTOLOGIE Responsables : Pr. C. CHAUSSAIN catherine.chaussain@parisdescartes.fr Pr. A. POLIARD anne.poliard@parisdescartes.fr Présentation des bases conceptuelles et méthodologiques de la recherche actuelle dans le domaine de la matrice extra-cellulaire et de ses remaniements. Travail personnel demandé d analyse critique d articles scientifiques. 1) La matrice extracellulaire (MEC) 2) Les techniques et outils de la recherche : aspect modèles animaux 3) Les techniques d analyses : aspect imagerie: 4) Les collagènes matriciels 5) Protéines non collagéniques de la MEC des tissus minéralisés: synthèse, sécrétion, fonctions 6) L élastine de la MEC et ses fragments 7) Les amélogénines : du gène à la molécule 8) La membrane basale : structure et fonctions 9) Remaniements de la MEC par les métalloprotéases 10) Remaniement de la matrice osseuse 11) Stockage et libération de facteurs de croissance par la matrice extracellulaire 12) MEC artificielle et biomatériaux, Formation du placenta et mise en place de sa vascularisation. SEMESTRE 2 Naissance et Mort de la Cellule PHARMACIE Responsable : Pr. J-L LAPLANCHE jean-louis.laplanche@parisdescartes.fr Présentation des bases conceptuelles et méthodologiques de la recherche actuelle dans le domaine de la division cellulaire normale et pathologique, l apoptose, la sénescence et l oncogénèse. Apprentissage des méthodologies d étude par une approche pluridisciplinaire et travail personnel demandé de documentation et d analyse critique d articles scientifiques. Le cours est sous forme de conférences divisées en deux parties : point actuel sur le sujet et recherche développées sur le thème par l intervenant. Cinq grandes séquences coordonnées sont présentées : 1) La division cellulaire : Régulation/dérégulation du cycle cellulaire, la division cellulaire intégrée dans l environnement cellulaire, les cohésines, condensines et complexe Smc5- Smc6, la dynamique microtubulaire en physiologie et en thérapeutique 2) Les cellules-souches : hes et ips, devenir, exploitation, modèles innovants de pathologies (ips) 3) Les bases moléculaires du vieillissement normal et pathologique : cas particulier de la progeria, des maladie neurodégénératives (Alzheimer), un organisme modèle pour l'étude de la longévité et des pathologies neurodégénératives : Caenorhabiditis elegans, longévité et Télomères 4) Les morts cellulaires : Apoptose et déclinaisons, aspects fondamentaux et focus sur la mort neuronale 5) L oncogénèse : relation avec le stress oxydatif, Prédisposition génétique au cancer, biomarqueurs prédictifs de la réponse à une thérapie anti-cancéreuse ciblée. 6
Biochimie moléculaire et cellulaire des maladies métaboliques PHARMACIE Responsable : Pr B. Hainque bernard.hainque@parisdescartes.fr Présentation des voies métaboliques et relations avec les pathologies dans un contexte intégré. Travail personnel demandé d analyse critique d articles scientifiques. Les modules développés seront : 1) Mécanismes d action des enzymes et leurs modes de régulations 2) Mises au point sur les méthodes d exploration et de diagnostic 3) Métabolisme intermédiaire et pathologies 4) Métabolisme de molécules complexes et pathologies 5) Biochimie métabolique intégrée et pathologies AUTRES UMR ACCESSIBLES HORS FACULTE: Biologie cellulaire, biologie moléculaire et signalisation MEDECINE Responsable : Pr. E CLAUSER clauser@cochin.inserm.fr Présentation des bases conceptuelles et méthodologiques de la recherche actuelle dans le domaine de la communication entre les cellules et des avancées récentes de la biologie cellulaire. 1) La signalisation cellulaire, un jeu d interactions protéiques et de modifications posttraductionnelles 2) Les analyses post-génomiques ou comment caractériser les conséquences fonctionnelles d une mutation ponctuelle d une protéine de signalisation identifiée chez un patient 3) Les récepteurs stéroïdiens : structures, fonctions, régulation de la transcription, interactions chromatine/complexes protéiques 4) Les récepteurs tyrosine-kinases : structures, fonctions, signalisation et implications en oncologie. 5) Les récepteurs prolactine, hormones de croissance et cytokines : structure, fonctions, signalisation et physiopathologie. 6) Les récepteurs couplés aux proteines G, les protéines G et leur signalisation. 7) Les canaux et transporteurs ioniques : l exemple du rein. Structure, fonctions et implications pathologiques et thérapeutiques (diurétiques). 8) La voie de signalisation de l AMPc. Méthodes d étude, physiologie et physiopathologie. 9) La voie de signalisation des MAP kinases. Méthodes d étude, physiologie et implications physiopathologiques. 10) La voie de signalisation PI 3kinase-Akt-mTOR : organisation, fonctions et implications en pathologie. 11) Hypoxie et angiogénèse : voies de signalisation et implications dans la tumorigénèse. 12) Omiques et cancers : méthodologie, travaux de recherche, applications et conséquences dans la prise en charge des cancers. Physiologie du développement MEDECINE SITE CORDELIERS Responsable : Pr. J-P BARBET patrick.barbet@svp.ap-hop-paris.fr Présentation des mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués au cours du développement embryo-fœtal normal et pathologique dans l espèce humaine. 7
1) Les stades embryonnaires chez l Homme 2) Différenciation et croissance au cours du développement 3) Développement normal et pathologique des membres 4) Gènes du développement et cancer 5) Développement normal et pathologique du système nerveux (I) 6) Développement normal et pathologique du système nerveux (II) 7) Cellule satellite et capacité régénérative 8) Développement normal et pathologique du muscle squelettique 9) Cellules souches à capacité myogène 10) Cellules souches de la crête neurale : potentiel de différenciation et applications thérapeutiques potentielles 11) Développement cervico-facial 12) Embryologie des malformations faciales 13) Développement du tube digestif et de sa musculature lisse 14) Physiologie et maturation des fonctions digestives 8
9