Liste d exercices pour le TP 5 MBIOB131 (partie J. Jamart) : chapitres I, II et III Exercice 1 : Contexte Le cancer du côlon se développe à partir de la muqueuse du gros intestin ou côlon. Les cancers du côlon et du rectum (dernière partie du colon) étant assez semblables, on les regroupe sous le terme de cancer colorectal. C'est le troisième cancer chez l'homme (après le cancer du poumon pour les fumeurs, et celui de la prostate), ces derniers étant plus touchés que les femmes. Il s'agit essentiellement d'un cancer de l'âge mûr, près de 85 % des cas survenant après 65 ans. En Belgique, on recense chaque année 7 000 nouveaux cas de cancers colorectaux. La mortalité de cette maladie est assez élevée. Cependant, ce cancer est lent à se développer. S il est diagnostiqué à un stade précoce, une simple chirurgie suffit à obtenir une guérison dans une majorité des cas. Généralement, le cancer se développe à partir d excroissances bénignes appelées polypes dont la formation est attribuable à une prolifération trop rapide des cellules qui tapissent la paroi du colon. Ces polypes peuvent évoluer vers un cancer dans les 5 à 10 ans. Un des tests diagnostiques est le test immunologique qui recherche la présence de sang occulte dans les selles. Il détecte la présence d hémoglobine humaine grâce à des anticorps spécifiques anti- globine humaine (la globine étant la partie protéique de l hémoglobine). Ce test donne pour chaque patient la concentration en sang dans les selles (en ng d'hémoglobine/ ml de selles). Le test immunologique a été effectué chez des individus malades et chez des individus sains. Questions : 1) Peut- on affirmer que les patients atteints d un cancer colorectal ont en moyenne une concentration en hémoglobine dans les selles plus élevées que les individus sains? 2) La mesure de la concentration en hémoglobine dans les selles par le test immunologique permet- elle de discriminer efficacement les individus malades des individus sains? 1
Données Tableau 1: Données individuelles Etat Concentration 1 Sain 3 2 Sain 7 3 Sain 8 4 Sain 9 5 Malade 10 6 Sain 12 7 Sain 14 8 Malade 16 9 Sain 21 10 Malade 26 11 Sain 41 12 Sain 42 13 Sain 42 14 Sain 44 15 Malade 45 16 Sain 47 17 Malade 49 18 Sain 51 19 Sain 59 20 Sain 65 21 Sain 72 22 Sain 74 23 Sain 77 24 Sain 85 25 Malade 90 26 Malade 90 27 Sain 103 28 Malade 109 29 Malade 112 30 Malade 129 31 Malade 133 32 Malade 147 33 Malade 166 34 Malade 173 35 Malade 176 36 Malade 221 37 Malade 250 38 Malade 251 39 Malade 271 40 Malade 339 2
Représentation graphique Figure 1: Représentation des données obtenues chez les individus malades (gauche) et sains (droite). Données résumées Tableau 2: Données résumées Malades Sains Moyenne 140 44 Variance (S2) 8430 878 Exercice 2 Contexte On sait que le taux de survie est assez faible pour ce cancer (plus ou moins 40 % après 10 ans). Des chercheurs ont étudié l effet du dépistage sur le taux de survie de ce cancer. 3
Questions 1) Calculez et représentez graphiquement l évolution de la survie en fonction du temps à l aide de la méthode de Kaplan- Meier 2) Comparez la survie ainsi obtenue avec la survie directe 3) Estimez la survie au cours du temps à l aide du modèle exponentiel 4) Comparez la méthode de Kaplan- Meier avec le modèle exponentiel 5) Que pouvez- vous conclure quant à l intérêt du dépistage du cancer colorectal? Données Tableau 3: Données individuelles Etat Temps de participation 1 en vie 1 2 décédé 2 3 décédé 2 4 en vie 3 5 décédé 4 6 en vie 4 7 décédé 6 8 en vie 8 9 décédé 9 10 décédé 9 11 décédé 10 12 décédé 13 13 décédé 13 14 décédé 15 15 en vie 15 16 en vie 17 17 en vie 18 18 en vie 18 19 en vie 18 20 en vie 18 21 en vie 18 22 en vie 18 23 en vie 18 24 en vie 18 25 en vie 18 26 en vie 18 27 en vie 18 28 en vie 18 29 en vie 18 30 en vie 18 4
Correction des exercices du TP 4 : Tableau 4: Correction question 1 Intervalle de confiance limite inférieure limite supérieure Sensibilité 0,50 0,22 0,78 Spécificité 1,00 1,00 1,00 VPP 1,00 1,00 1,00 VPN 0,75 0,58 0,92 Tableau 5: Correction question 2 Cas incertains retirés Rendement Cas défavorable Cas favorable Sensibilité 0,56 0,73 0,41 0,68 Spécificité 0,71 0,78 0,56 0,78 Tableau 6: Correction question 3 Intervalle de confiance limite inférieure limite supérieure RR 0,67 1,61 0,28 Chi2 0,79 Tableau 7: Correction question 4 Sensibilité Spécificité Youden Efficacité RV+ RV- 0,86 0,91 0,77 0,90 9,43 0,16 Tableau 8: Correction question 5 Pc 0,53 Intervalle de confiance Po 0,70 limite inférieure limite supérieure Kappa 0,37 0,04 0,69 Se 0,17 Zobs 2,20 Zth 1,645 5
Tableau 9: Correction question 6 Intervalle de confiance Chi2 1,8 limite inférieure limite supérieure OR 2,0 0,72 5,74 RA 0,09 Tableau 10: Correction question 7 Sensibilité Spécificité 0,30 0,55 Tableau 11: Correction question 8 Sensibilité Spécificité 0,69 1,00 6