Haemophilus influenzae

Haemophilus influenzae I- Caractères généraux - Taxonomie - Coccobacilles à Gram -, immobiles, polymorphes, aéro-anaérobies, exigeant des facteurs de croissance : le facteur X (inconnu) = hémine le facteur V (vitaminique) = NAD - Croissance : milieux complexes contenant les facteurs de croissance indispensables, à 35 C, 37 C, 5-10% CO2 - Famille: Pasteurellaceae - Genre: Haemophilus - H. influenzae = espèce type du genre (16 espèces chez l homme et l animal), 1 er génome bactérien entièrement séquencé. Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 1

III- Habitat- Epidémiologie - Parasites obligatoires des muqueuses de l homme et l animal (fragiles) - Flore normale des VRS et cavité buccale -> contamination par goutelettes de salive - Hi: oropharynx, rhinopharynx - Souches Hi isolées au niv. pharynx, non capsulées -> portage: 75% des jeunes enfants, 35% des adultes - Souches Hi invasives, capsulées, de sérotype b, 3-5% des sujets sains ( ). - 1992: vaccin anti Hib commercialisé, chute de l incidence des méningites 1992 0,91 méningites à Hi / 100.000 hab 2002 0,10 méningites à Hi / 100.000 hab IV- Pouvoir pathogène A- Chez l enfant Rare chez le nouveau-né, fréquent chez l enfant de moins de 5 ans avant la vaccination. 1- infections invasives - méningite, septicémie, épiglottite, pneumonie, arthrite, péricardite - dues à des souches invasives de Hi, capsulées, de sérotype b - enfants de 6 mois à 3 ans +++ - méningite souvent suite à une otite ou une rhinopharyngite - épiglottite: gravité, 2-7 ans 2- infections non invasives +++ - otite moyenne, un des germes les plus fréquents avec S. pneumoniae (30-40% des OMA) - sinusites, conjonctivites - souches non capsulées Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 2

B- Chez l adulte - mêmes atteintes, surinfection bronchites chroniques ++ (colonisation bronchique) - terrain +++ (alcoolisme, diabète, cancer, IRC, BPCO...) - depuis vaccin, 25% des infections à souches invasives -> chez l adulte. C- Facteurs de virulence- Vaccin 1- Facteurs d'adhésion (pili) et produits de sécrétion 2- Capsule - rôle majeur dans les infections invasives - Ag polysaccharidiques de capsule = support virulence, protection contre la phagocytose, l'action lytique du complément - Souches capsulées classées en 6 sérotypes a, b, c, d, e, f - Sérotype b +++, défini par le polysaccharide de capsule, le polyribosylribitol phosphate ou PRP. - Ac anti-prp protecteurs, apparaissant progressivement chez l'enfant Commercialisation en 1992 d 1 vaccin anti Hib à partir du PRP purifié Vaccins de 2ème génération, où l Ag capsulaire PRP est conjugué. VI- Sensibilité aux antibiotiques A- Résistance naturelle - Résistance intrinsèque aux pénicillines G-M, lincosamides et macrolides à 16 chaînons, glycopeptides - Sensibilité intermédiaire C1G, macrolides à 14 et 15 chainons, streptogramines et kétolides B- ATB potentiellement actifs (Phénotype sensible) Hi est une espèce sensible à de nombreux ATB (Tableau 1) : Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 3

B- Méthodes d étude - Antibiogramme : diffusion en gélose, pas d antibiogramme en milieu liquide sur automate, galerie avec ATB déshydratés Liste standard Pénicilline G Ampicilline Amoxicilline-Acide clavulanique Tétracycline Cotrimoxazole Acide nalidixique Liste complémentaire Céfixime Méropénème Chloramphénicol Rifampicine Fluoroquinolones - Détermination de la CMI en milieu liquide ou gélosé (dilution) - Inoculum à 0,5 McF pour la diffusion - Milieu : Mueller-Hinton au sang de cheval défibriné (5%) et additionné de 20 mg/l de β-nad (MH-F), liquide ou gélosé, cf recommandations CA-SFM-Eucast 2015. Incubation : 5% CO2, és35-37 C, 18+/- 2h Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 4

C- Résistance acquise aux antibiotiques 1- -lactamines (amipicilline) - 74,6 % des isolats de H. influenzae était sensibles aux -lactamines en 2011, contre 73,7 % en 2009-10, soit 25,4% de résistance aux - lactamines. - CNR 2011 : 13,4% des souches de Hi ampicilline-r lact ase (+) 12,8% des souches de Hi ampicilline-r BLNAR 0,8% des souches avec les 2 mécanismes Toutes les souches étaient sensibles aux C3G à l exception d une souche invasive, intermédiaire à CTX mais sensible à CRO. 1-1 par production de -lactamase - Enzymes TEM1 +++, ROB1+ - Inhibées par l acide clavulanique et le sulbactam C2G et C3G actives - A détecter par le test à la nitrocéfine (céfinase*) Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 5

- Détection: ampi R/ AMC S, test à la céfinase (+) à rechercher systématiquement! 1-2 par modification des PLP «souches BLNAR ou souches résistantes à l ampicilline -lactamase négative» - modérée activité aminopénicillines, C1G, C2G / imipénème C3G actives - Mécanisme moléculaire : mutations gène PLP 3 - Détection in vitro : disque pénicilline G 1 µg (CA-SFM-Eucast 2015) ou ampicilline 2 µg, ou céfalotine ampicilline R/I, céfalotine R/I, -lactamase probablement sous-estimée du fait de sa détection difficile in vitro - Souches non capsulées, responsables d infections chroniques bronchopulmonaires et ORL - Apparition années 2000, en diminution depuis 2009 - Conséquences cliniques?? 1-3 Souches résistantes par les 2 mécanismes - Souches productrices de -lactamase résistantes à l AMC - 0,8% des souches isolées par le CNR en 2011 1-4 Efflux Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 6

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Streptococcus pneumoniae I- Taxonomie- Classification Famille :Streptococcaceae Genre : Streptococcus Cocci à Gram + en diplocoques, aéro-anaérobies, catalase - Hémolyse (aspect des colonies sur gélose au sang) Souches dépourvues de l Ag polysaccharidique = streptocoques non groupables ( H ou NH) dont fait partie S. pneumoniae. II- Habitat- Epidémiologie - S. pneumoniae, bactérie commensale des VAS de l enfant. - Nombreux porteurs sains au niveau du rhinopharynx : 50% des enfants colonisés en période pré-scolaire, 10% des adolescents. - Transmission directe par voie aérienne, non épidémique. III- Pouvoir pathogène A- Facteurs de virulence - Bactérie très virulente : capsule, adhésines, pneumolysine etc - Rôle de la capsule : Polysaccharidique et antigénique Base de la classification des pneumocoques en >90 sérotypes Base de la vaccination Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 9

B- Infections des voies respiratoires basses Pneumonies, bronchopneumopathies 1 ère cause de pneumopathie bactérienne communautaire en France chez l adulte et l enfant : 30-48% des pneumopathies documentées, formes hospitalisées ++ Pleurésies purulentes, abcès du poumon C- Infections ORL Otites (otites moyennes aiguës), sinusites OMA, un des germes les plus fréquents avec H. influenzae Sérotypes 23, 19, 14, 6 : 25-40% des OMA chez l enfant Ethmoïdites, mastoïdites D- Méningites purulentes et bactériémies (IIP) Secondaires à une infection ORL, à un traumatisme crânien Ou secondaires à une dissémination sanguine Jeunes enfants (<2 ans)++, vieillards 1 ère cause des méningites purulentes chez l adulte, mortalité 10% chez l enfant, 30% chez l adulte. Séquelles ++ Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 10

E- Autres infections IV- Sensibilité aux antibiotiques A- Résistance naturelle (RN) - Cf cours C. Quentin sur les streptocoques - RN des bactéries Gram(+) + RN aux aminosides B- ATB potentiellement actifs (Phénotype sensible) S. pneumoniae est une espèce naturellement sensible à la pénicilline G et à la plupart des antibiotiques actifs sur les bactéries Gram(+). C- Méthodes d étude - Antibiogramme : diffusion en gélose, en milieu liquide sur automate, galerie avec ATB déshydratés ATB à étudier sur S. pneumoniae -diffusion en gélose (CA-SFM)- Liste standard Liste complémentaire Pénicilline G Autres -lactamines Ampicilline ou amoxicilline Doxycycline Oxacilline* Chloramphénicol Céfotaxime ou ceftriaxone Rifampicine Tétracycline Cotrimoxazole Erythromycine, télithromycine Gentamicine (500 µg) Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 11

Lincomycine ou clindamycine Pristinamycine Fluoroquinolone, Norfloxacine* Vancomycine ou teicoplanine *lecture interprétative de l antibiogramme - Détermination de la CMI en milieu liquide ou gélosé (dilution), ou par technique du E-test (détermination de la CMI sur un milieu gélosé à l aide de bandelettes imprégnées d un gradient exponentiel d antibiotique). - Inoculum à 0,5 McF pour la diffusion Milieu Mueller Hinton agar additionné de 20 mg/l de -NAD + 5% sang cheval défibriné (MH-F), incubation 5% CO2, 35+/-2 C, 20+/-4H C- Résistance acquise aux antibiotiques 1- lactamines 1.1 Définition de la résistance (CA-SFM-EUCAST 2015) Pneumocoques de sensibilité diminuée à la pénicilline G (PSDP) : CMI Péni G >0,06 mg/l avec : - des souches intermédiaires (I), résistance de bas niveau 0,06 mg/l < CMI < 2 mg/l - souches résistantes (R), résistance de haut niveau CMI > 2 mg/l Concentrations critiques de l amoxicilline et de céfotaxime-ceftriaxone: 0,5 et > 2 mg/l. Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 12

En cas de méningite : - Pénicilline G : 1 concentration critique : S 0,06, R >0,06 mg/l - Amoxicilline : 1 concentration critique : S 0.5, R >0,5 mg/l En cas de pneumonie : 1 concentration critique d amoxicilline : S 2, R >2 mg/l 1.2 Support génétique chromosomique - Cf cours C. Quentin, streptocoques - Modification des PLP (PLP 1a, 2x, 2a, 2b) entraînant une diminution d affinité des -lactamines pour ces PLP. - PLP altérées codées par des gènes «mosaïques» avec des blocs de séquences «sensibles» remplacés par des blocs de séquences «résistantes» provenant de streptocoques non groupables, commensaux. Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 13

1.3 Epidémiologie de la sensibilité diminuée à la pénicilline G - Données du CNR des pneumocoques (CNRP), des observatoires régionaux du pneumocoque (ORP). - Surveillance des souches responsables d infections invasives à S. pneumoniae (méningites et bactériémies) ++ - 1 er cas de PSDP décrits en 1967 en Australie, en 1978 en France - Depuis constante de la prévalence de PSDP dans le monde Proportion S. pneumoniae R+I en Europe en 2012 (ECDC, EARS-Net) Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 14

- Evolution de la résistance (I+R) aux -lactamines 2001-2012 (CNRP) - A noter le peu d activité des céphalosporines orales sur les PSDP Antibiotique CMI 50 (mg/l) CMI 90 (mg/l) Céfaclor 1 32 Céfuroxime-axétil 0,032 2 Céfixime 0,25 16 Cefpodoxime-proxétil 0,032 2 Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 15

1.5 Détection de la sensibilité diminuée à la pénicilline G Antibiogramme standard (CA-SFM-EUCAST 2015) - Utilisation d un disque d oxacilline chargé à 1 µg OXA-1 20 mm : souche S péni G et autres -lactamines OXA-1 < 20 mm : souche de sensibilité diminuée - Ce test ne permet pas d apprécier le niveau de R au -lactamines Nécessité de déterminer la CMI de la pénicilline G et d au moins une autre -lactamine compatible avec le traitement en cas d infection sévère (méningite ++), d échec clinique, devant toute souche de sensibilité diminuée ( OXA-1 < 20 mm) Détermination de la CMI - Pénicilline G, autres -lactamines compatible avec le traitement : amoxicilline, céfuroxime, céfotaxime, ceftriaxone, céfépime, cefpirome, imipénème ou ertapénème. - Technique de référence : dilution en milieu gélosé, difficilement applicable au «coup par «coup», supplantée par le E-test, réalisé à Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 16

partir de colonies ou directement du produit pathologique (LCR, hémoculture) - Systèmes automatisés : Vitek 2 (biomérieux), Phoenix (Becton- Dickinson) etc 2- Macrolides Lincosamides Streptogramines Kétolides (MLSK) - Support génétique : cf cours C. Quentin streptocoques Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 17

Prédominance résistance de type MLS B (Macrolides-Lincosamides- Streptogramines B), faible % de souches R par efflux (R macrolides 14 et 15 chaînons, 5% des souches R en 2010. Résistance à la pristinamycine exceptionnelle (0% en 2012), à la télithromycine (0,4% en 2012) (CNRP). - En France en 2012, 28,5% des pneumocoques I+R aux macrolides, résistance très souvent associée aux -lactamines (89% des PSDP). - En Europe en 2012, % I+R, ECDC, EARS-Net 3- Fluoroquinolones - Bonne activité des nouvelles fluoroquinolones (lévofloxacine - Tavanic -, moxifloxacine -Izilox -) = fluoroquinolones antipneumococciques (FQAP). Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 18

- Prévalence des souches résistantes dans le monde : 1-7% sauf Hong- Kong (17%). En France, 1 souche résistante aux FQAP en 2012. - En France 0,7% des souches étudiées au CNRP en 2012, toutes isolées chez l adulte, ont acquis au moins un mécanisme de résistance aux FQ : Résistance de bas niveau (mutations cible ou efflux), avec conservation de l activité des FQAP Risque accru pour ces souches de sélection d un haut niveau de résistance et d échec clinique, nécessité de détecter ces pneumo de bas niveau en routine ( norfloxacine < 12 mm). - FDR d acquisition d une souche FQ-R : BPCO, hospitalisation ou institution, exposition antérieure FQ, sujet âgé. 4. Autres CNRP, 2012 - R rifampicine (0,2% en 2008) très faible. - Pas de R aux glycopeptides. 5- Multirésistance - Résistance à au moins 3 familles d antibiotiques. - 20% des souches étudiées au CNRP en 2012, 46% des souches résistantes (vs 73% en 2003). 6- Résistance aux antibiotiques et sérotypes (CNRP, 2012) - Sérotypes le plus souvent PSDP : 19A, 19F, 15A, 35B, 14, et 23F Sérotypes 7F, 12F, 3, 1, 22F tjrs sensibles à la pénicilline. IV - PROPHYLAXIE Deux types de vaccins : non conjugué et conjugué A- Vaccin polysaccharidique non conjugué (Pneumo23 ) Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 19

- 23 sérotypes de polysaccharides capsulaires (1,2,3,4,5,6B,7F,8,9N,9V,10A,11A,12F,14,15B,17F,18C,19A,19F,20,22F,23F,33F) - Indications : sujets exposés de plus de 5 ans (insuffisants respiratoires, cardiaques, splénectomisés, drépanocytaires, VIH, etc ). - Protection «théorique» 85-90%, immunogénicité souvent faible pour certains sérotypes, non immunogène avant 2 ans, peu utilisé. Pas de modification du portage pharyngé - Etude de Musher aux USA (Clin Infect Dis 2007) : 54% de protection contre les IIP surtout bactériémiques. B- Vaccins conjugués PCV7 (Prévenar 7) et PCV13 (Prévenar 13) - 7 à 13 types de polysaccharides capsulaires - Vaccin conjugué à une protéine diphtérique CMR-197 - Indications : chez l enfant de moins de 2 ans, dès l age de 2 mois jusqu à 5 ans. Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 20

- Protection théorique contre 77% des sérotypes des méningites, 84% des bactériémies, 80% des OMA contre les PSDP ++ Diminution du portage pharyngé notamment des PSDP++ incidence des infections invasives chez le sujet âgé (effet indirect) par du risque d exposition (USA). - PCV7 introduit dans le calendrier vaccinal en 2003, remboursé, recommandé pour l ensemble des enfants < 2 ans (juin 2006). 2 injections 2-4 mois et 1 rappel 12 mois depuis 2008. - Remplacé par le Prévenar 13 depuis juin 2010 pour lutter contre le phénomène de remplacement sérotypique (switch capsulaire par recombinaison homologue). Chez les enfants de 2 mois à 5 ans, en remplacement du PCV7 selon le même schéma vaccinal, chez les adultes à risque. Calendrier vaccinal 2014 - Augmentation de la couverture vaccinale : 92,7% des enfants de 24-35 mois ont reçu une primovaccination complète en 2012. Conséquences de la vaccination PCV7 : données épidémiologiques Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 21

Evolution de la couverture sérotypique du Prévenar 7 dans les méningites 2001-2010, CNRP. Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 22

Forte baisse de la couverture sérotypique du PCV7 entre 2002 et 2010 : <7% chez les enfants en 2010. En résumé : <2ans : incidence IIP, sérotypes vaccinaux, émergence de sérotypes non vaccinaux PCV7 19A, 1, 7F Reste de la population : certains sérotypes vaccinaux, et/ou incidence IIP, émergence de sérotypes non vaccinaux PCV7 1, 7F, 19A, 22F remplacement PCV7 par le PCV13 en 2010 Evolution de la couverture sérotypique des 3 vaccins en fonction de l âge dans les infections invasives entre 2001 et 2012 (CNRP) Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 23

Conclusion Résistance aux antibiotiques Rien de nouveau, pas de nouvelles résistances pourvu que cela dure Vaccin : Remplacement progressif des sérotypes PCV7 «soucis» pour le PCV13 mais incidence IIP chez les enfants de moins de 2 ans (-42% entre 2002 et 2012) et dans les autres tranches d âge entre 2008-09 et 2012. On attend d en savoir plus sur la vaccination PCV13 chez l adulte Cécile Bébéar DU thérapeutique anti-infectieuse 2015 24