Curriculum vitæ Élise Prieur-Gaston

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1 Curriculum vitæ Élise Prieur-Gaston Fonctions : Maitre de conférences en informatique de l université de Rouen ; Membre de l équipe TIBS (Traitement de l Information en Biologie Santé) du LITIS (Laboratoire d Informatique, de Traitement de l Information et des Systèmes) Adresse professionnelle : LITIS, Université de Rouen, Faculté des Sciences et Techniques, Mont-Saint-Aignan Cedex Téléphone professionnel : Mél : elise.prieur@univ-rouen.fr Site web : 1 Diplômes universitaires Thèse d Informatique - spécialité Bioinformatique - Méthodes et structures de données pour l indexation et la détection de répétitions dans les séquences biologiques : les vecteurs de suffixes au sein de l équipe TIV (Traitement de l Information et Vivant) du laboratoire LITIS (Laboratoire d Informatique, de Traitement de l Information et des Systèmes) sous la direction de Thierry Lecroq, mention Très Honorable, à l université de Rouen, soutenue le 14 décembre 2007 devant le jury : Pr. Jean-Pierre Duval Professeur émérite, Université de Rouen Président Dr. Hélène Touzet Chargée de Recherche CNRS, LIFL, Lille Rapporteur Pr. Christian Michel Professeur, Université de Strasbourg Rapporteur Pr. Dominique Lavenier Directeur de Recherche CNRS, IRISA, Rennes Examinateur Pr. Thierry Lecroq Professeur, Université de Rouen Directeur de thèse Dr. Arnaud Lefebvre Maître de Conférences, Université de Rouen Examinateur 1

2 DEA d informatique : Informatique Théorique et Applications, Utilisation des vecteurs de suffixes pour la détection de répétitions dans les séquences biologiques, sous la direction de Thierry Lecroq, mention assez bien, à l université de Rouen, 2003 ; Maitrise Ingénierie Mathématique, mention bien, à l université de Rouen, 2002 ; Licence de Mathématiques, option algorithmique, à l université de Rouen, 2001 ; DEUG MIAS, mention assez bien, à l université de Rouen, 2000 ; Baccalauréat série S, spécialité Mathématiques, mention assez bien, au lycée de Franqueville St Pierre (76), Enseignement 2.1 Différentes fonctions occupées septembre 2008 à maintenant : MCF à l UFR SHS ; Septembre 2007 à août 2008 : ATER au département d informatique de l université de Rouen, 192 h ; Octobre 2006 à août 2007 : ATER au département d informatique de l université de Rouen, 96 h ; Octobre 2003 à septembre 2006 : Allocataire monitrice au département d informatique de l université de Rouen, 64 h chaque année ; Octobre 2002 à mai 2003 : Tutorat d informatique à l U.F.R. Droit et Sciences Économiques de l université de Rouen. 2.2 Détails des enseignements effectués Les volumes horaires sont donnés en heures de présence Enseignements effectués en tant que MCF Préparation au C2i L3 Sociologie : Généralités sur l informatique, utilisation d une machine, recherche d information, droits et devoirs de l informatique, réseaux, création de pages web en html/css, h de TD en (3 groupes) et (2 groupes). 2

3 Préparation au C2i L3 Psychologie : Généralités sur l informatique, utilisation d une machine, recherche d information, droits et devoirs de l informatique, réseaux, création de pages web en html/css, h de TD en (2 groupes) et (3 groupes). Bureautique L1 Psychologie : Initiation au traitement de texte, tableur et logiciel de présentation open office, 10h TD en (3 groupes) et en (4 groupes). Bureautique avancée et création de pages web M2 Sociologie Territoire et Développement local Publipostage, présentation (oo impress), html/css, 10H TD en et Enseignements effectués en tant que moniteur et ATER Résolution de problèmes Licence 0 FIS (Formation Initiale Scientifique) : étude des objets, élaboration de réseaux de connaissance, démarches analogiques, travail préparatoire en partenariat avec l IREM de Rouen (Institut de Recherche sur l Enseignement des Mathématiques), 1 groupe de TD (6 h) et co-rédaction des feuilles de TD et de l examen, correction de l examen et élaboration d un questionnaire d évaluation du module à destination des étudiants en Programmation en Informatique Licence Biologie 1 re année : utilisation du langage Python, concepts algorithmiques de base (tests, boucles), fonctions, manipulation des fichiers, co-rédaction des feuilles de TD et de TP 1, 1 groupe de TD (18 h) et 2 groupes de TP (2 24 h), en , et Programmation impérative Licence Physique 1 re année (DEUG SM) : introduction à la programmation en langage Pascal, concepts algorithmiques de base, 1 groupe de TP (18 h) en et Algorithmique et programmation Pascal Licence Informatique 1 re année (DEUG MIAS) : preuve de programmes, algorithmes de recherche, de tri et numériques, 1 groupe de TD (24 h) et 1 groupe de TP (18 h) en et http :// 3

4 Structures de données et algorithmique fondamentale Licence Informatique 2 e année (DEUG MIAS) : piles, files, listes, arbres ; récursivité, 1 groupe de TD (24 h) en , implantations statiques et dynamiques en Pascal et en LISP, 1 groupe de TP (18 h) en , implantations statiques et dynamiques en Pascal, 1 groupe de TP (18 h) en Algorithmique du texte Master Génie Mathématique et Informatique 1 re année : algorithmes de recherche de motifs, programmation C, 1 groupe de TD (12 h) et 2 groupes de TP ( 2 12 h) en , 1 groupe de TP (12 h) en , , et Récursivité et types de données abstraits Master Bioinformatique 2 e année : implantation en langage C, 5 h de TP en Résolution de problèmes Licence 0 FIS (Formation Initiale Scientifique) : étude des objets, élaboration de réseaux de connaissance, démarches analogiques, 1 groupe de TD (12 h) en Algorithmique et programmation Pascal Licence Informatique 1 re année : preuve de programmes, algorithmes de recherche, de tri et numériques, 1 groupe de TD (24 h) et 2 groupes de TP (2 18 h) en Langages Web Licence Génie Mathématique et Informatique 3 e année : html, css, javascript, php, 1 groupe de TP (16 h) en Intelligence Artificielle Master Génie Mathématique et Informatique 1 re année : définition de stratégies, arbre min-max, implantation en c++ d un jeu d Awalé, 2 groupes de TP (2 12 h) en Mots Master Bioinformatique 2 e année : algorithmique du texte, implantation en langage C, 3 h de TD et 4 h de TP en Automates Master Bioinformatique 2 e année : implantation en langage C, 4 h de TP en

5 3 Publications Mots clés : algorithmique du texte, structures d index, vecteur de suffixes, bioinformatique, détection de répétitions. Certaines publications sont accessibles à : http ://elise.prieur.free.fr/recherche.html. Journaux internationaux avec comité de lecture [1] R. Groult, É. Prieur et G. Richomme, Counting distinct palindromes in a word in linear time, soumis à Information Processing Letter, [2] É. Prieur et T. Lecroq, On-line construction of compact suffix vectors and maximal repeats, Theoretical Computer Science, Volume 407, Number 1-3, Pages , [3] É. Prieur et T. Lecroq, From Suffix Trees to Suffix Vectors, International Journal of Foundations of Computer Science, 17(6), 2006, Journal national avec comité de lecture [4] A. Pauchet, M. El Abed, T. Merabti, É. Prieur, T. Lecroq et SJ. Darmoni, Identification de répétitions dans les navigations au sein d un catalogue de santé, RIA (Revue d Intelligence Artificielle), Volume 23, Number 1, Pages , 2009 Conférences internationales avec comité de lecture [5] [6] É. Prieur et T. Lecroq, On-line construction of compact suffix vectors and maximal repeats, Actes des Journées Montoises (JM 2006), Rennes, 2006, É. Prieur et T. Lecroq, From Suffix Trees to Suffix Vectors, In J. Holub and M. Šimanek, editors, Proceedings of the Prague Stringology Conference 05 (PSC 05), Prague, République Tchèque, 2005, Poster dans une conférence nationale avec comité de sélection [7] É. Prieur et T. Lecroq, Des arbres de suffixes aux vecteurs de suffixes, Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Lyon (2005). 5

6 Ouvrage de vulgarisation [8] B. Gaston, R. Groult, A. Lefebvre, M. Léonard et É. Prieur- Gaston, Multiplions et divisons avec des bâtons : Les réglettes de Genaille et Lucas, Bulletin vert de l APMEP,à paraitre (2010). Communications orales [9] Construction directe du vecteur de suffixes compact et répétitions maximales, Séminaire du GREYC, Caen, 10 mars [10] Les structures d index : les vecteurs de suffixes, Séminaire TIBS (Traitement de l Information en Biologie Santé), Rouen, 15 janvier [11]Construction directe d un vecteur de suffixes compact, journée des doctorants du LITIS, Rouen, 24 mai [12]Construction directe d un vecteur de suffixes compact et répétitions maximales, séminaire LIFL, Lille, 15 mars [13]Construction directe d un vecteur de suffixes compact et répétitions maximales, Journées Montoises, Rennes, août [14]Construction directe d un vecteur de suffixes compact, séminaire Combinatoire et algorithmes du LITIS, Rouen, 6 juillet [15] Construction directe d un vecteur de suffixes compact et répétitions maximales, séminaire Symbiose, Rennes, 20 avril [16] Des arbres de suffixes aux vecteurs de suffixes, Journées MATHSTIC Algorithmique Génomique du CNRS, Orsay, 24 novembre [17] From Suffix Trees to Suffix Vectors, Prague Stringology Conference 05, Prague, République Tchèque, 29 août [18] Structures d index : les vecteurs de suffixes, Séminaire ABISS (Atelier de Biologie, Informatique, Statistiques et Sociolinguistique), Rouen, 5 octobre

7 4 Informations complémentaires Membre du groupe de travail Caillou de l IREM (Institut de Recherche sur l Enseignement des Mathématiques) de Rouen 2 dans lequel nous étudions l histoire des instruments de calcul, présentation d un atelier sur l utilisation et la construction des réglettes de Genailles et Lucas en collège (juin 2007) ; Mise en place d une application, Pommawi, pour la gestion de tournois sportifs 3 ; Gestion du site web et co-responsable de l école de minibasket du club de basket de Mesnil-Esnard (76) 4 ; Langue : anglais (lu et écrit). 2. http ://iremrouen.free.fr 3. http ://pommawi.sourceforge.net 4. http ://asmebasket.free.fr 7