Curriculum vitae détaillé

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1 Curriculum vitae détaillé Guillaume Blin Coordonnées professionnelles: Institut Gaspard Monge (IGM) Bureau 4B066 Téléphone: Bâtiment Copernic - Université de Marne la Vallée Fax: Boulevard Descartes Champs sur Marne Mail: gblin@univ-mlv.fr Marne la Vallée Cedex 02 Page web: Coordonnées personnelles: 51 rue Richard Lenoir, Paris Téléphone: Né le 21 décembre 1979 à St Germain en Laye (78) Nationalité française Situation actuelle: ATER à l'université de Marne-la-Vallée Formation Universitaire 2002 à 2005 Doctorat de l'université de Nantes, spécialité Informatique, soutenu le 17 novembre 2005, mention très honorable. Titre: Lieu de soutenance: Directeur de thèse: Encadrant de thèse: Laboratoire d'accueil: Financement: Jury: Président: Rapporteurs: Examinateurs: Combinatoire et Bio-informatique: Comparaison de structures d'arn et Calcul de distances intergénomiques. UFR Sciences et Techniques, Université de Nantes Irena RUSU, Professeur d'université, Université de Nantes Guillaume FERTIN, Professeur d'université, Université de Nantes Laboratoire d'informatique de Nantes Atlantique (FRE CNRS 2729), équipe Combinatoire et Bio-informatique (Combi) Bourse MENRT et contrat de moniteur Guillaume FERTIN, Professeur d'université, Université de Nantes Marie-France SAGOT, Directrice de recherche, INRIA Rhône-Alpes Hélène TOUZET, Chargée de recherche CNRS (CR1), Université de Lille Romeo RIZZI, Professeur d'université, Università degli Studi di Trento (Italie) Irena RUSU, Professeur d'université, Université de Nantes Stéphane VIALETTE, Maître de conférences, Université Paris-Sud (Orsay) DEA Informatique à l'université de Nantes Titre du mémoire: Construction d un environnement d opérationalisation d ontologies Thématique de recherche: Intelligence Artificielle Date de soutenance: Septembre 2002 Lieu de soutenance: UFR Sciences et Techniques, Université de Nantes Responsables scientifiques: Michel LECLERE, Université de Montpellier 2 Franky TRICHET, Maître de conférences, Université de Nantes Laboratoire d'accueil: Institut de Recherche en Informatique de Nantes (IRIN) Maîtrise Informatique à l'université de Nantes Licence Informatique à l'université de Nantes DUT en programmation à l'iut de Nantes 1997 Baccalauréat en Sciences (Option SVT) à Rennes Jusqu'en 1997 Préparation du Baccalauréat à Paris

2 Formation Professionnelle 2005 à nos jours ATER à l'université de Marne la Vallée Moniteur Allocataire MENRT Université de Nantes Enseignant vacataire à l'université de Nantes 1999 Stage de 2 mois pour la validation du DUT au sein d'une SSII Compétences en Informatique Outils Systèmes d'exploitation Linux, Windows, Unix, Mac OS X Bureautique Microsoft Office, OpenOffice, Latex Réseau Navigateurs, Transfert de fichiers (ftp, scp), Connexion à distance (ssh, telnet), Messagerie. Multimédia Gimp, Inkscape, Photoshop, Xemacs, DigLog Langages de programmation Assembleur MIPS, C, C++, Caml, Java, Pascal, Bash, Awk Systèmes d'information Base de données Access, MySQL, SQL, Oracle Internet HTML, Javascript, SVG, SPIP, Wordpress, Php, XML Langue Anglais lu, parlé et écrit Expérience d'enseignement Cycle Institut Formation Description Années Heures IUT de NANTES 2ème année IUT Réseaux Protocoles et Services TD 38h 1er 2ème Faculté des Sciences et Techniques de Nantes Université de Marne la Vallée IUT de NANTES Faculté de Droit de Nantes Faculté des Sciences et Techniques de Nantes Programmation fonctionnelle/ Méthode DEUG MIAS 2ème année de programmation : CAML TP 30h Licence informatique (L1) SGBD et HTML TD 36h Langage HTML Unix- Emacs TD 20h Licence professionnelle Interface Homme Machine TP 23h Client/Serveur : Traitement Répartis TP 10h Maîtrise Droit Windows, Word, Excel, Internet TD/TP 100h TD 27h, TP 18h Licence informatique (L3) Architecture des ordinateurs TP 36h TD 27h, TP 18h Système d'exploitation TD 27h, TP 8h Maîtrise Informatique (M1) Algorithmique avancée TP 25h IUP de Nantes Licence MIAGE SGBD TP 14h Université de Marne la Vallée Licence informatique (L3) Architecture des ordinateurs TD 24h Ingénieur ème année Système d'exploitation TD 24h Total: TD 243h, TP 297h

3 Synthèse: Ces cinq dernières années, j'ai effectué des enseignements à plusieurs niveaux, dans différentes filières et sur divers sujets. J'ai eu l'opportunité d'enseigner dans des types d'instituts (IUT, Faculté, IUP) et des formations (DUT, Licence, Licence professionnelle, Maîtrise) très variés. La plus grande partie de mes enseignements ont eu lieu à l'ufr Sciences et Techniques de l'université de Nantes. Durant mes années de maîtrise et DEA, j'ai effectué une charge d'enseignement de plus d'une centaine d'heures de TP et une quarantaine d'heures de TD sous la forme de vacations au sein de la Faculté de Droit et de l'iut de Nantes. Lors de mes trois années de monitorat, j'ai effectué chaque année une charge d'enseignement de 64 heures équivalent TD. Actuellement, j'effectue un service de 96 heures équivalent TD à l'université de Marne la Vallée en qualité de ATER (demi-poste). Description des formations atypiques: Ingénieur Informatique et Réseaux: Le Centre de Formation des Apprentis de l'industrie, Ingénieurs 2000, propose des formations d'ingénieur en trois ans sous contrat d'apprentissage. Elles s'adressent aux jeunes âgés de moins de 26 ans détenteurs d'un BTS ou d'un DUT. Chaque année, l'apprenti suit une formation avec une alternance progressive. Ainsi les séquences académiques et professionnelles se succèdent et se complètent pour aboutir à l'obtention d'un diplôme d'ingénieur habilité par la Commission des Titres d'ingénieur (CTI) dans la spécialité «Informatique et Réseaux». Licence professionnelle dispensée à l'iut de Nantes, mention : Systèmes informatiques et logiciels, Spécialité : Développement d'applications réparties: L'objectif de cette licence professionnelle est la formation d'informaticiens ayant des compétences leur permettant d'assurer le développement d'applications dans un environnement réparti. Les compétences développées s'articulent autour de : Internet (Intranet/Extranet) ; problématiques client/serveur ; méthodes de spécifications, de conception et de développement ; efficacité, performance et sécurité des moyens mis en oeuvre ; traitements répartis ; bases de données réparties ; interfaces ergonomiques. Licence Méthodes Informatiques Appliquées à la Gestion des Entreprises dispensée à l'iup de Nantes: Encadrement d'étudiants: La filière MIAGE vise à former des cadres spécialisés dans l'ingénierie des systèmes d'information et de décision des entreprises. Ces cadres doivent être capables d'optimiser le fonctionnement actuel et futur d'une organisation par les méthodes et technologies de l'informatique dans le respect des attentes fonctionnelles, techniques, juridiques et financières. - Encadrement de six étudiants en maîtrise informatique dans le cadre de leurs Travail d'etude et de Recherche. - Encadrement de deux étudiants en master 1 de bio-informatique dans le cadre de leurs TER. Enseignements envisagés: Dans mes enseignements futurs, je souhaite trouver un équilibre entre des enseignements de haut niveau directement liés à mes activités de recherche et des enseignements plus généraux destinés à former les étudiants au raisonnement scientifique et à introduire les concepts de base de ma discipline. D'un part,

4 je serais intéressé de poursuivre des enseignements pour lesquels j'ai déjà une expérience et un peu de recul. D'autre part, je serais intéressé par des enseignements concernant tout autre sujet lié aux fondements théoriques de l'informatique pouvant répondre aux besoins en enseignements de mon futur lieu de travail. Publications Conférences Internationales avec comité de sélection et actes: [ 1] New results for the 2-interval pattern problem, avec Guillaume Fertin et Stéphane Vialette. In Proc. of the 15 th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM'04), LNCS Vol. 3109, pp Version étendue soumise à un journal international en janvier [2] The breakpoint distance for signed sequences, avec Guillaume Fertin et Cedric Chauve. In Proc. of the 1 st Annual Conference on Algorithms and Computational Methods for Biochemical and Evolutionary Networks (CompBioNets'04), Volume 3 of Texts in Algorithms, pp KCL Publications. [3] What makes the ARC-Preserving Subsequence problem hard?, avec Guillaume Fertin, Romeo Rizzi et Stéphane Vialette. In Proc. of the 1 st International Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA'05), LNCS Vol. 3515, pp Version étendue parue dans le journal Special Issue of LNCS Transactions on Computational Systems Biology [4] Conserved interval distance computation between non trivial genomes, avec Romeo Rizzi. In Proc. of the 11 th International Computing and Combinatorics Conference (COCOON'05), LNCS Vol. 3595, pp [5] Fixed-parameter algorithms for protein similarity search under mrna structure constraints, avec Guillaume Fertin, Danny Hermelin et Stéphane Vialette. In Proc. of the 31 st International Workshop on Graph- Theoretic Concepts in Computer Science (WG'05), LNCS Vol..3787, pp [6] Genes Order and Phylogenetic Reconstruction: Application to gamma-proteobacteria, avec Guillaume Fertin et Cedric Chauve. In Proc. of the 3 rd RECOMB Comparative Genomics Satellite Workshop, LNBI Vol. 3678, pp Conférences Francophones avec comité de sélection et actes: [7] Pattern Matching in Arc-Annotated Sequences: New Results for the APS Problem, avec Guillaume Fertin, Romeo Rizzi et Stéphane Vialette. Dans les actes des 5èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM'04). [8] Révélation de motif consensus fonctionnel dans un génome, avec Christine Sinoquet. Dans les actes des 4èmes journées francophones de recherche opérationnelle (FRANCORO IV), Posters: [9] A polynomial algorithm for the 2-interval pattern problem, avec Guillaume Fertin et Stéphane Vialette. 3rd Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI'03). [ 10] Ordre des gènes et reconstruction phylogénétique: Application aux gamma-protéobactéries, avec Guillaume Fertin et Cedric Chauve. 6èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM'05). [ 1 1 ] CIGAL: Common Intervals Global Aligner, avec Annie Chateau, Cedric Chauve et Yannick Gingras.

5 International Conference in Phylogenomics Rapport de Recherche, articles soumis ou en préparation [ 12] RNA Sequences and the EDIT(NESTED,NESTED) Problem, avec Guillaume Fertin, Irena Rusu et Christine Sinoquet. Rapport de Recherche RR-IRIN-03.07, IRIN (2003). Version soumise à un journal international en juin How to compare arc-annotated sequences: the ALIGN hierarchy, avec H. Touzet. Soumis à une conférence Internationale avec comité de sélection et actes en février CIGAL : Common Intervals Global Aligner, avec Annie Chateau, Cedric Chauve et Yannick Gingras. En préparation pour une soumission à une conférence Internationale avec comité de sélection et actes. - Inferring gene order using the breakpoints distance, avec N. El-Mabrouk, P. Guillon et M. Blanchette. En préparation pour une soumission à une conférence Internationale avec comité de sélection et actes. Informations complémentaires Participations orales: - Aux conférences [1], [3], [4] et [6] - Action Spécifique «Modélisation et Algorithmique des Structures d'arn». LRI Orsay 03/ Action Spécifique «Nouveaux Modèles et algorithmes de graphes pour la biologie». LIRMM Montpellier 10/ ACI Masse de Données «NavGraphe». LRI Orsay 01/ ACI IMPBio «AReNa». Strasbourg en 04/2005-6èmes Journées "GRAPHES ET ALGORITHMES". LEIBNIZ Grenoble 10/ Séminaire de l'università degli Studi di Trento (Italie). 10/ Séminaire de Bio-informatique du LIAFA. LIAFA 01/ Séminaire de l'igm. Marne-la-Vallée 02/ Séminaire du LIRMM. Montpellier 02/ Séminaire du LIFL. Lille 04/2006 Participations aux projets: - Action Spécifique «Nouveaux Modèles et algorithmes de graphes pour la biologie» - ACI Masse de Données «NavGraphe» - ACI IMPBio «AReNa» - ACI nouvelles Interfaces des Mathématiques «pi-vert» - Projet franco-italien PAI Galileo - Projet bilatéral de la Commission Permanente de Coopération Franco-Québécoise ( ) intitulé «Structures conservées et duplications pour les réarrangements génomiques» Séjours à l'étranger: Dans le cadre de collaborations avec des chercheurs internationaux, j'ai effectué quatre séjours dans des laboratoires étrangers: - Montréal (Québec). 15 jours au Laboratoire LACIM à l'uqam (novembre 2003). Collaboration avec Cédric Chauve - Trento (Italie). 10 jours à «Università degli Studi di Trento» (novembre 2004). Collaboration avec Romeo

6 Rizzi - Montréal (Québec). 20 jours au Laboratoire LACIM à l'uqam (décembre 2005). Collaboration avec Cédric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Annie Chateau et Mathieu Blanchette dans le cadre du projet bilatéral franco-québécois - Montréal (Québec). 10 jours au Laboratoire d'informatique de l'université de Montréal (mars 2006). Collaboration avec Nadia El-Mabrouk et Mathieu Blanchette. Autres: - Membre de la Société Française de Bio-Informatique - Membre, et responsable du site web, de l'association LOGIN (Association des Jeunes Chercheurs en Informatique de Nantes) - Représentant de l'université de Nantes avec Michel BOURSE (Mdc, IUT Nantes) lors du forum étudiant se déroulant à Cluj (Roumanie) en 2002