SYLLABUS MASTER Mention BIOCHIMIE BIOTECHNOLOGIES Année universitaire 2011/2012
Le Master de Biochimie-BioTechnologies propose une association de formations professionnelles et de recherche sur les aspects moléculaires de la biologie et des biotechnologies. Après un M1 où vous aurez la possibilité de vous familiariser avec le monde de la recherche, vous pourrez en M2 choisir une orientation vers la recherche, (M2 Biologie Structurale et Fonctionnelle) ou vers la professionnalisation scientifique (M2 Expression Génique et Protéines Recombinantes, M2 Biochimie Structurale, Protéomique et Métabolomique, M2 BioIngénierie) ou encore vers une double compétence (M2 Propriété Intellectuelle en Biotechnologies). Le choix de la répartition des M2 en 3 Masters Professionnels pour un Master Recherche, associé à la possibilité d incorporer des formations de double compétence (un master Pro) s appuie sur notre expérience du devenir des étudiants précédents mais aussi sur les impératifs du tissu économique actuel. L objectif scientifique du master Biochimie Biotechnologie est la maîtrise des fondamentaux scientifiques et techniques dans le domaine de la biochimie et des biotechnologies. Nous voulons en particulier 1) vous permettre d acquérir des connaissances concernant le décryptage des bases et des mécanismes moléculaires du vivant. 2) faire de vous des scientifiques capables de maîtriser les concepts et les outils nécessaires à l exploitation des développements récents dans les domaines de la biochimie, de la biologie moléculaire et des biotechnologies. Il s'agit d'un enseignement large abordant, au niveau moléculaire et supramoléculaire, les structures, les mécanismes d'action et l'évolution du vivant et notre capacité à intervenir sur son fonctionnement dans des conditions normales ou pathologiques. La conception de molécules destinées à la pharmacologie ou la thérapeutique et le développement de stratégies innovantes dans le domaine des biotechnologies est un puissant thème fédérateur des enseignements de la mention. Le but pédagogique de la formation est : - De compléter les connaissances scientifiques dans les domaines de la biochimie et des biotechnologies. - De s initier à la vie en laboratoire d un chercheur ou d un ingénieur. - D apprendre et expérimenter des compétences transversales qui aideront à l insertion professionnelle et/ou permettra d acquérir une «double compétence», en particulier sur la valorisation de la recherche et le transfert de technologie. L'ensemble des compétences acquises permet de former des cadres qui s'intégreront dans les domaines de la recherche ou au sein des départements de recherche et développement, aussi bien dans le service public que dans les entreprises du secteur privé, mais également de préparer par la suite un doctorat menant à un recrutement en tant que chercheur, enseignant-chercheur, ingénieur, dans le service public (Universités, CNRS, INSERM, CEA, INRA, ) ou sur des postes de niveau équivalent dans le secteur privé. Cette formation convient également aux étudiants qui envisagent une carrière d ingénieur de recherche ou de développement dans le secteur industriel des biotechnologies, de l agroalimentaire et de la santé ou qui envisagent un métier dans le de la Qualité, la Certification d entreprise (consultant, normes ISO et analyse du risque), la Veille technologique et concurrentielle (consultant, PME), le Marketing (produits de haute technologie, IAA), le Management de la recherche (gestion de projets multi-sites, multi-culturels), l entrée dans des Agences (AFSSA, AFSSE, IVS) et des Structures de (DRIRE, DRASS ) et la propriété intellectuelle.
Enseignant responsable : Maryelle TROPIS Rémy POUPOT marielle.tropis@ipbs.fr, Remy.Poupot@inserm.fr MASTER 1 BIOCHIMIE BIOTECHNOLOGIES Secrétariat pédagogique : IBCG/CNRS 118 route de Narbonne 31062 TOULOUSE cedex Tél. 05 61 33 58 98 - vergues@biotoul.fr CONDITIONS d ADMISSION : Accès de plein droit aux étudiants titulaires d une licence de Biochimie et Biochimie Moléculaire. Pour tout autre cas, inscription soumise à la décision de l équipe de formation (préinscription sur le site web de l UPS). SCHEMA des ETUDES : 3 parcours PARCOURS 1 SCIENTIFIQUE PARCOURS 2 DOUBLE COMPETENCE PARCOURS 3 BIOINGENIERIE SEMESTRE 7 Analyse et traitement de données (obligatoire aux 3 parcours) EM7BTBM 6 ECTS 1er choix (2 UE obligatoires) PARCOURS 1 2ème choix (3 UE obligatoires + 1 UE libre) Mémoire bibliographique EM7BTAM 6ECTS Mémoire bibliographique EM7BTAM 6 ECTS Projet expérimental en bioch. et biotech. EM7BTCM 9 ECTS Initiation à la recherche EM7BTCH1 18 ECTS Bonnes pratiques de labo. et qualité EM7BTDM 3 ECTS + 1 UE libre scientifique 6 ECTS PARCOURS 2 (4 UE obligatoires) PARCOURS 3 (3 UE obligatoires) Sciences de l'ingénieur EM7BTGM 6 ECTS Mémoire bibliographique EM7BTAM 6 ECTS Projet expérimental en bioch. et biotech. EM7BTCM 9 ECTS Projet expérimental en bioch. et biotech. EM7BTCM 9 ECTS Bonnes pratiques de laboratoire et qualité EM7BTDM 3 ECTS Bonnes pratiques de lab. et qualité EM7BTDM 3 ECTS Marketing EM7BTFM 6 ECTS 1 UE parmi les 3 ci-dessous : Toxicologie-sécurité des aliments EM7BTHM 6 ECTS Génétique moléculaire végétale EM7BTIM 6 ECTS Pharmacologie moléculaire et appliquée EM7BTJM 6 ECTS
SEMESTRE 8 1 UE à choix libre (obligatoire aux 3 parcours) 6 ECTS 1 UE de langue (obligatoire aux 3 parcours) EM8BTLVM 3 ECTS PARCOURS 1 PARCOURS 2 PARCOURS 3 Méthodologies en bioch. et biotech. (obligatoire aux parcours 1 et 2) EM8BTAM 6 ECTS 1 UE d'ouverture (obligatoire aux parcours 1 et 2) 3 ECTS 2 UE de 6 ECTS parmi 1 UE obligatoire 6 ECTS 2 UE obligatoires Projet de création d'entreprise EM8BTMM Biotechnologies EM8BTGM 1 UE de 6 ECTS parmi Immersion en entreprise 3 ECTS Du métabol. au métabolo. EM8BTHM Biotechnologies EM8BTGM EM8BTRM Biologie struct. des macromo. EM8BTIM Du métabolisme au métabolome EM8BTHM Stage EM8BTSM 18 ECTS Analyse struct. des biomo. EM8BTJM Biologie struct. des macromo. EM8BTIM Analyse struct. des biomolécules EM8BTJM Biochimie analytique quantitative EM8BTNM
EM7BTAM - Mémoire de recherche bibliographique Semestre 7 6 ECTS Nom, prénom : Clottes Eric Laboratoire : IPBS 205 rte de Narbonne 31077 Toulouse cedex : 05 61 17 55 40 : clottes@ipbs.fr Heures CM : TD : TP : 60 Terrain (1/2 journée) : Contenu : A partir d un article scientifique rédigé en anglais sur un sujet d'actualité (cancer, maladie infectieuses, HIV, Alzheimer ), les étudiants (1) effectuent une recherche bibliographique (sujet scientifique, techniques utilisées dans l étude, résultats obtenus, conclusions tirées), (2) rédigent en français un rapport synthétique présentant une analyse de la publication (3) exposent ce travail oralement en un temps court (4) répondre à des questions ayant trait à la publication étudiée. Chaque étudiant est encadré par un tuteur qui, au cours de réunions personnalisées périodiques accompagne l'étudiant dans sa recherche. Il s agit pour chaque étudiant, au terme de l analyse de la publication, de pouvoir répondre à un certain nombre de questions : quel est le sujet? quelle est la problématique explorée? quelles sont les techniques utilisées dans cette étude? quel est leur principe? etc Au cours du semestre, les étudiants sont conviés à assister à 2 ou 3 conférences scientifiques sur le contenu desquelles ils sont également amenés à être évalués par écrit. Mots-clés : analyse d'articles scientifique, outils bibliographiques, expression écrite, expression orale. Continu 25 20 Examen Terminal 40 35 40 40 TOTAL 25 40 35 100 60 40 100
EM7BTBM Analyse et traitement de données Semestre 7 6 ECTS Nom, prénom :Mathé, Catherine Laboratoire : LRSV, UMR5546 Tél. + Email : 05 34 32 38 57, mathe@lrsv.ups-tlse.fr Heures CM :22 TD : 42 TP : Terrain (1/2 journée) : Contenu: Traitement de données expérimentales : L objectif proposé par cet enseignement est d être capable de : - poser en termes de biochimiste les questions nécessaires à une approche expérimentale et à l interprétation de ses résultats, - choisir les méthodes d analyse appropriées pour y répondre : représentations graphiques, intervalles de confiance, tests, analyse de variance, corrélation, analyse de régression, analyse et modélisation multidimensionnelles La mise en œuvre de ces méthodes à l aide d un logiciel convivial sera réalisée avec des exemples spécifiques de biochimie et de biotechnologie. Bioanalyse : - présentation et interrogation des principales banques de données biologiques : banques de séquences, d expression, de données métaboliques - principes et objectifs des différents types d alignement de séquences : alignement local ou global, par paire ou multiple - recherche d homologies dans les banques de séquences : principe et limites du programme BLAST ; analyse de familles protéiques et recherche de domaines ; application à l annotation des génomes et à la reconstruction métabolique. - Exploitation de lots de gènes issus d analyses à grande échelle (génomique, transcriptomique ) : corrélation avec des signaux de régulation, des voies métaboliques, des catégories fonctionnelles Mots-clés : analyse de données, comparaison de séquences, voies métaboliques Continu 20 RS Examen Terminal 60 20 100 TOTAL 100 100
EM7BTEM Initiation à la recherche Semestre 7 18 ECTS Nom, prénom : Nieto, Laurence Laboratoire : IPBS-CNRS, 205 route de Narbonne, 31077 Toulouse Cedex Tél. + Email : : 05 31 17 55 09 : laurence.nieto@ipbs.fr Heures CM : 20 TD : TP : 160 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Formation pratique approfondie des méthodes modernes de la biochimie et des biotechnologies ; Formation «à et par» la recherche. Suite à des enseignements généraux théoriques sur la recherche bibliographique, les bonnes pratiques de laboratoire, la biochimie et les biotechnologies, les étudiants effectuent un stage d un semestre dans un laboratoire de recherche. Ils y conduisent une activité de recherche, sous l encadrement étroit d un chercheur appartenant à une équipe de recherche reconnue par une Ecole Doctorale de l UPS, ainsi que sous l encadrement de l équipe pédagogique du module. Les étudiants présentent régulièrement devant l équipe pédagogique les avancées de leurs travaux, avec des points précis effectués sur les aspects bibliographiques et théoriques de leur sujet, sur les méthodes mises en œuvre, et sur les résultats (obtention et analyse de données). Ils assistent régulièrement à des conférences de recherche en français et en anglais ainsi qu à des cours complémentaires organisés par l équipe pédagogique. A l issue du module l étudiant rédigera un rapport écrit sur ses réalisations et les présentera oralement devant le jury du module. Ces deux épreuves seront notées. Par ailleurs, le correspondant de stage rédigera un rapport sur les qualités de l étudiant. Ces trois évaluations constitueront la base de la notation du module. Mots-clés : expérience pratique en laboratoire Continu 10 RS 20 Examen Terminal 25 45 25 75 TOTAL 25 10 65 100 100
EM7BTCM Projet expérimental en biochimie et biotechnologies Semestre 7 9 ECTS Marie-Pierre Bousquet-Dubouch (UPS-CNRS) Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS. Adresse Postale : UMR CNRS-UPS 5089 205 Route de Narbonne 31077 Toulouse Cedex Tél : 05 61 17 55 44, Mèl : marie-pierre.bousquet@ipbs.fr Heures CM : TD : TP : 90h Présence en entreprise Contenu: Ce module a pour objectif d apporter une expertise expérimentale dans un ou plusieurs thèmes suivants : Bioingénierie, biologie cellulaire et moléculaire appliquée à la santé Bioingénierie appliquée au végétal Bioingénierie analytique en nutrition et santé Biotechnologie et biologie moléculaire Interaction protéine-ligand Structure et analyse quantitative Mots-clés : biotechnologie, techniques analytiques, interactions protéine-ligand Continu 20 20 RS 20 Examen Terminal 40 40 80 40 40 80 TOTAL 40 20 40 100 40 20 40 100
EM7BTDM Bonnes pratiques de laboratoire et qualité Semestre 7 3 ECTS Pierre Gavard (PAST, UPS) 8 impasse Saint-Jacques 31 170 Tournefeuille Tél : 05 61 06 58 26 Fax : 05 61 06 58 26 port : 06 78 64 07 48 Mèl : p.gavard@wanadoo.fr Matière 1 : Heures CM : 10h TD : 8h TP : Présence en entreprise Contenu: L objectif est de préparer les étudiants à intégrer un laboratoire fonctionnant sous un système qualité et en toute sécurité. Pour cela les enseignements reprennent tous les éléments nécessaires allant de la sécurité à la connaissance des référentiels qualité. Connaître les règles de sécurité et les bonnes pratiques de laboratoire Initiation à la qualité et présentation de la norme ISO 17025 Métrologie dans un laboratoire Les travaux dirigés permettront à chaque étudiant d élaborer un projet de mise en place de la qualité dans un laboratoire (travail personnel puis présentation orale devant le groupe). Mots-clés : bonnes pratiques de laboratoire, qualité en laboratoire. Continu 40 40 (RS) Examen Terminal 60 60 100 TOTAL 100 100 100 100 Matière 2 : Plan d expériences Marie-Pierre Bousquet-Dubouch (UPS-CNRS) Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS. Adresse Postale : UMR CNRS-UPS 5089 205 Route de Narbonne 31077 Toulouse Cedex Tél : 05 61 17 55 44, Mèl : marie-pierre.bousquet@ipbs.fr Equipe pédagogique : Florence Benoît-Marquié (MCU, UPS), Marie-Pierre Bousquet-Dubouch (MCU, UPS-CNRS Heures CM : 8h TD : TP : 4h Présence en entreprise Contenu: Enseignements théoriques des plans d expérience et de la validation de méthodes Mots-clés : Plans d expériences Continu Examen Terminal 100 100 TOTAL 100 100 100 100
EM7BTFM Le Marketing, facteur de développement des entreprises de biotechnologies Semestre 7 6 ECTS Nom, prénom : GAYRAUD Maryse Laboratoire : Tél. + Email :06 68 81 27 15 / maryse.gayraud@laposte.net Heures CM :30 TD : 20 TP : 10 Terrain (1/2 journée) : Objectif : Comme toute organisation, l entreprise de biotechnologie est confrontée à son marché. La qualité d un produit est bien souvent insuffisante pour permettre à l entreprise de s imposer à sa concurrence. La maîtrise des techniques du marketing donne à l entrepreneur un savoir-faire réel dans l approche des marchés (en particulier des marchés industriels intéressés par la biotechnologie). De l étude de marché à la gestion des différentes variables du marketing, cet enseignement se propose de développer les connaissances en marketing nécessaires à une entreprise de biotechnologie mais également de transmettre la philosophie de cette discipline fondée sur l écoute du marché. Programme : Le concept de marketing et la démarche marketing Le diagnostic externe et interne Les études de marché - études documentaires - études quantitatives - études qualitatives Objectifs et stratégies Le mix - produit - prix - distribution - communication Le marketing à l export La négociation Les biotechnologies - panorama des entreprises de biotechnologies - les aides aux entreprises de biotechnologies - le marketing dans la recherche et développement Mots-clés : MARKETING / BIOTECHNOLOGIES Continu 30 30 30 RS 30 Examen Terminal 50 20 70 50 20 70 TOTAL 80 20 100 80 20 100
EM7BTGM Sciences de l ingénieur Semestre 7 6 ECTS Pierre Gavard (PAST, UPS) 8 impasse Saint-Jacques 31 170 Tournefeuille 05 61 06 58 26 Fax : 05 61 06 58 26 port : 06 78 64 07 48 p.gavard@gaca.fr Heures CM : 24h TD : 24h TP : 12h Présence en entreprise Contenu: L objectif est de préparer les étudiants à intégrer une entreprise en leur fournissant : Les éléments de législation et droit du travail, les ressources humaines, les types de management Des principes généraux d une démarche qualité dans l entreprise Des techniques de présentations et de communication dans l'entreprise (élaboration d une synthèse et présentation sous forme de power point) Basé sur des enseignements théoriques et des travaux pratiques ou dirigés pour des mises en situation Mots-clés : Connaissance du droit et du management, des principes généraux de la qualité et des techniques de présentations et de communication dans l'entreprise. Continu 40 40 (RS) Examen Terminal 60 60 100 TOTAL 100 100 100 100
EM7BTHM Toxicologie et sécurité des aliments, réglementation Semestre 7 6 ECTS PERIQUET Alain Coordonnées de l enseignant responsable : Adresse postale : Bat U3 Université Paul Sabatier Toulouse 3, 118 Route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex4 Tel : 05-61-55-86-84 Mèl : periquet@cict.fr Heures CM :30 TD : 15 TP : 15 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Préparer à l expertise toxicologique notamment dans le secteur agroalimentaire Donner les bases de Pharmacologie et de Toxicologie fondamentales. Cours, enseignements théoriques: Absorption Distribution Métabolisme Elimination Modes d action des toxiques Organes cibles Identification et caractérisation des dangers. Analyse et gestion des risques dans un contexte de Sécurité des Aliments. Additifs et auxiliaires de technologies-matériaux au contact des denrées alimentaires Arômes et colorants alimentaires Contaminants et produits néoformés. Produits phytosanitaires. Enseignements dirigés : Etudes de cas concrets : dioxines Polychlorobiphényles, Hydrocarbures aromatiques polycycliques- Acrylamide - Produits phytosanitaires Exemples de gestion de crise. Etudes des principaux textes réglementaires liés à l utilisation des additifs, des auxiliaires de technologies, des matériaux au contact des denrées alimentaires et à la présence de contaminants dans les aliments. Enseignements pratiques : Quantification par diverses méthodes analytiques (HPLC, Immunoenzymologie etc ) de divers contaminants et additifs alimentaires (pesticides, antioxydants, colorants, etc). Mots-clés : Toxicologie-Toxicocinétique-Expertise-Sécurité des aliments-identification des dangers et gestion des risques. Continu 20 20 20 (RS) 20 (RS) 30 30 30 (RS) 30 (RS) Examen Terminal 50 50 50 50 TOTAL 80 20 30 100 50 20 30 100
EM7BTIM Génétique moléculaire végétale Semestre 7 6 ECTS Enseignant(s) responsable(s) Nom, prénom : ROCHANGE Soizic Laboratoire : Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales, Auzeville Tél. + Email : 05 34 32 38 38 ; rochange@lrsv.ups-tlse.fr Autres enseignants : Jean-Philippe Galaud, Valérie Pacquit, Chantal Teulières, Christiane Marque Heures CM : 36 TD : 24 TP : 0 Terrain (1/2 journée) : 0 Contenu: COURS Organisation, stabilité et plasticité des génomes les 3 génomes des plantes. Stérilité mâle cytoplasmique. régulation de l'expression génique applications en amélioration des plantes les transposons végétaux : structure, mobilité Outils moléculaires pour l'analyse des génomes programmes de séquençage systématique marqueurs moléculaires, élaboration de cartes génétiques et physiques. sélection assistée par marqueurs, création d'idéotypes exploitation de la synténie Génie génétique culture in vitro transformation génétique Analyse génétique - obtention et analyse de mutants EMS et de mutants d'insertion : génétique directe et inverse, clonage positionnel, TILLING. Mécanismes épigénétiques de régulation de l'expression génique silencing, RNAi ARN non codants : mirna, sirna TRAVAUX DIRIGES Exercices de mise en application du cours sur des données expérimentales Exemples d'études intégrées faisant intervenir différentes notions et stratégies Réalisation de synthèses bibliographiques à partir d'une ou deux publications de référence et d'une question proposée par les enseignants. Mots-clés : génétique, épigénétique, expression des gènes, biotechnologies végétales, amélioration des plantes Ecrit T. P. Oral Total Ecrit T. P. Oral Tot al Continu 20 20 - RS 20 (20) Examen Terminal 60 20 80 60 20 80 TOTAL 60 0 40 100 60 40 100
EM7BTJM Pharmacologie moléculaire et appliquée Semestre 7 6 ECTS Philippe VALET (UPS-Inserm, HDR, PES), Bernard FRANCES (UPS-CNRS, HDR, PES) Coordonnées de l enseignant responsable : Equipe Sécrétions adipocytaires, Obésités & Pathologies associées Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires, I2MC Adresse postale : UMR 1048 Inserm-UPS, BP 84225, F-31432 Toulouse Cedex 4 Tel : 05 61 32 56 34 Mèl : philippe.valet@inserm.fr Heures CM :20 TD :20 TP :20 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Basé sur l étude des cibles pharmacologiques associées à des exemples physiopathologiques, cet enseignement porte sur l'étude du mode d'action cellulaire et moléculaire des médicaments, de leur devenir dans l'organisme, des conséquences toxicologiques potentielles, de leur utilisation dans le cas de pathologies représentatives (maladies métaboliques, cardiovasculaires, neurodégénératives et cancer) et le développement de stratégies de recherche et d étude de nouvelles cibles pharmacologiques. Mots-clés : médicament, récepteur, pharmacologie, toxicologie. Continu 20 20 RS 20 20 20 RS 20 Examen Terminal 40 20 60 40 20 60 TOTAL 100 100
EM8BTAM Méthodologies en biochimie et biotechnologies Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : Paquereau, Laurent Laboratoire : IPBS-CNRS, 205 route de Narbonne, 31077 Toulouse Cedex Tél. + Email : 05 61 17 58 59 ; laurent.paquereau@ipbs.fr Nom, prénom : Ducoux-Petit, Manuelle Laboratoire : IPBS-CNRS, 205 route de Narbonne, 31077 Toulouse Cedex Tél. + Email : 05 61 17 54 95 ; manuelle.ducoux@ipbs.fr Equipe pédagogique: C. Albenne, MP. Bousquet-Dubouch, F. Couderc, M. Ducoux-Petit, F. Dumas, N. Eynard, C. Lebrun, A. Lemassu, F. Létisse, L. Maveyraud, L. Nieto, L. Paquereau, JC. Portais, V. Puech, S. Tranier. Heures CM :30 TD :20 TDM : 10 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Rappel et approfondissement des principales méthodes biochimiques et biotechnologiques utiles pour produire et analyser une protéine : clonage, expression et purification de protéines. Analyse et caractérisation de molécules par RMN, cristallographie, et spectrométrie de masse. Mots-clés : Méthodologies, biotechnologie, mutagenèse, PCR, biomembrane, production protéique, interaction protéine-ligand, RMN, cristallographie, spectrométrie de masse. Continu Examen Terminal 80 20 100 80 20 100 TOTAL 100 100
EM8BTCM Initiation juridique Semestre 8 3 ECTS Nom, prénom : FISCHER Jérôme (MCU) Secrétariat : IBCG/CNRS- 118 route de Narbonne Tél. + Email : 05-61-33-58-98, secens@ibcg.biotoul.fr Heures CM :24 TD : TDM : Terrain (1/2 journée) : Contenu : Initiation juridique aux notions de base : Organisation judiciaire Sources du droit en matière scientifique (Traités, Constitution, Loi, règlements, usages), L instrument contractuel et les principaux types de contrats Continu Examen Terminal 100 100 100 100 TOTAL 100 100 100 100
EM8BTDM Co-évolution, exemples des interactions hôte pathogène Semestre 8 3 ECTS Nom, prénom : VERCELLONE Alain (MCU, CNU 64) Laboratoire : IPBS Tél. + Email : 05.61.17.55.56, alain.vercellone@ipbs.fr Heures CM :24 TD : TDM : Terrain (1/2 journée) : Contenu : L enseignement a pour objectif de montrer au niveau moléculaire comment les interactions entre organismes procaryotes et eucaryotes ont permis l évolution de ces organismes. Les différentes étapes de l infection de l homme par les bactéries pathogènes seront décrites (Pénétration, adhérence, invasion, résistance aux défenses de l hôte, création de dommages) au travers d exemples. Cet enseignement repose sur les connaissances acquises dans les domaines de la biologie cellulaire, de la biochimie, de la génétique, de l immunologie et de la microbiologie. Mots-clés : Co-évolution, bactéries pathogènes, mécanismes moléculaires. Continu Examen Terminal 100 100 100 100 TOTAL 100 100 100 100
EM8BTEM Introduction à la modélisation moléculaire Semestre 8 3 ECTS Nom, prénom : Czaplicki, Georges (Pr, CNU 64) Laboratoire : IPBS Tél. + Email : 05.61.17.54.04, cgeorge@ipbs.fr Heures CM :10 TD : 10 TP : 4 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Présentation de concepts de base de la modélisation de structures biomoléculaires. Seront abordés les aspects théoriques et computationnels de la détermination de structures tridimensionnelles de molécules d'intérêt biologique par l'approche empirique, basée sur le champ de force et l'optimisation de géométrie. La partie pratique du module sera consacrée à la création, visualisation, modification et optimisation de structures moléculaires. Mots-clés : visualisation de molécules, mécanique moléculaire, champ de force, minimisation d'énergie, algorithmes déterministes. Continu 20 20 RS 20 20 Examen Terminal 80 80 80 80 TOTAL 80 20 100 80 20 100
EM8BTFM Modélisation moléculaire avancée Semestre 8 3 ECTS Nom, prénom : Czaplicki, Georges (Pr, CNU 64) Laboratoire : IPBS Tél. + Email : 05.61.17.54.04, cgeorge@ipbs.fr Heures CM :10 TD : 10 TP: 4 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Approfondissement et développement des approches visant la détermination de structures biomoléculaires. Méthodes de prédiction de structures de complexes protéine-protéine et protéineligand. Discussion de problèmes associés avec le docking et le criblage virtuel. Mots-clés : algorithmes stochastiques, dynamique moléculaire, complexe récepteur-ligand, pharmacophore, chimiothèque, docking, criblage virtuel. Continu 20 20 RS 20 20 Examen Terminal 80 80 80 80 TOTAL 80 20 100 80 20 100
EM8BTGM Biotechnologies 2 : Les stratégies en biologie moléculaire Semestre 8 6 ECTS Enseignant responsable : Nom, prénom : PAQUEREAU Laurent Laboratoire : Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale UMR5089 Adresse postale : 205 route de Narbonne 31077 Toulouse Tél.: 05 61 17 58 59 Email : laurent.paquereau@ipbs.fr Heures CM :16 TD : 32 TP : 12 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Chaque Cours/TD développera une ou plusieurs stratégies faisant appel à différentes techniques dont certaines auront déjà été introduites dans d autres UE ou en L3. Ces stratégies couvrent différents domaines et différents modèles (animal, procaryote, végétal). Expression génique et régulation (Micro/Macro array, quantification par PCR, pet Chip, IF gènes rapporteurs, SiRNA, ShRNA, mirna, KO sur souris, système Tet on/tet off ) Biotechnologie (Gènes synthétiques et Evolution moléculaire in vitro, Stratégies et systèmes de production de protéines recombinantes, Domain Trapping, DNA shuffling, Split, Aptamères et stratégies de SELEX, stratégies de séquençage des génomes ) Mots-clés : Biotechnologie moléculaire, Stratégies expérimentales Continu 20 20 20 20 Examen Terminal 60 60 100 TOTAL 60 20 20 100 100 100
EM8BTHM Du métabolisme au métabolome Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : PORTAIS Jean-Charles Laboratoire : Laboratoire d Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés Tél. + Email : 05.61.55.96.89 jean-charles.portais@insa-toulouse.fr Heures CM :22 TD : 20 TP : 18 Terrain (1/2 journée) : Contenu: L étude du métabolisme connait un renouveau très important depuis quelques années et a été défini comme l un des enjeux scientifiques majeur pour la décennie en cours, avec des domaines d applications très larges qui vont des biotechnologies à la santé. Ce renouveau s appuie sur des approches modernes qui ne visent pas à une description de voies métaboliques mais à comprendre comment fonctionne vraiment le métabolisme à l échelle d une cellule, d un organe, ou d un organisme. Ces approches «fonctionnelles» (métabolomique = analyse de l ensemble des métabolites, fluxomique = analyse des flux métaboliques) s appuient sur des outils analytiques comme la spectrométrie de masse et la résonance magnétique nucléaire. Dans cet enseignement, qui ne visera pas à un apprentissage des voies métaboliques, nous appréhenderons d une part, les notions d analyse fonctionnelle du métabolisme et, d autre part, l apport des outils analytiques (RMN et MS) pour l étude du métabolisme. Les thèmes traités en cours seront illustrés en Travaux Dirigés et en Travaux Pratiques. Une attention particulière est portée dans ce module aux Travaux Pratiques, pour que les concepts et outils vus en cours puissent être manipulés expérimentalement. Mots-clés : métabolisme, métabolomique, réseaux métaboliques, RM, spectrométrie de masse Continu 30 30 Examen Terminal 50 20 70 100 100 TOTAL 100 100
EM8BTIM Biologie structurale des macromolécules Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : Czaplicki, Georges (Pr, CNU 64) Laboratoire : IPBS Tél. + Email : 05.61.17.54.04, cgeorge@ipbs.fr Heures CM :40 TD : 10 TP : 10 Terrain (1/2 journée) : Contenu : Elucidation de structures tridimensionnelles de macromolécules biologiques et de complexes supramoléculaires. Seront abordés les fondements théoriques et applications pratiques des méthodes principales de la biologie structurale : la cristallographie, les méthodes de diffusion/diffraction des rayonnements et la résonance magnétique nucléaire. Les TP seront réalisés en laboratoire de recherche, en utilisant les équipements actuels. Mots-clés : rayons X, diffusion de neutrons, RMN, structure 3D Continu Examen Terminal 100 100 100 100 TOTAL 100 100 100 100
EM8BTJM Analyse structurale des biomolécules Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom :Puech Pages, Virginie Laboratoire : LRSV, Pôle de biotechnologie végétale, 24 chemin de Borde Rouge 31326 CASTANET -TOLOSAN Tél. + Email : 05 34 32 38 38, puech@lrsv.ups-tlse.fr Heures CM :22 TD : 22 TP : 16 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Cet enseignement sera basé sur l interprétation de données bibliographiques permettant l analyse structurale de biomolécules. Un accent particulier sera porté sur la mise en œuvre de dégradations chimiques contrôlées, l analyse structurale d échantillons en spectrométrie de masse et en RMN. Mots-clés : Biochimie structurale, spectrométrie de masse, RMN, dégradations chimiques, interprétations bibliographiques Continu 20 20 RS 20 Examen Terminal 60 20 80 60 20 80 TOTAL 100 100
EM8BTKM Physiologie et pathogénie bactériennes Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : VERCELLONE Alain Laboratoire : IPBS, 205 route de Narbonne 31077 Toulouse Tél. + Email : 05 61 17 55 56, alain.vercellone@ipbs.fr Heures CM :30 TD : 14 TP : 16 Terrain (1/2 journée) : Contenu: L enseignement a pour objectif de présenter la structure,la biosynthèse, l organisation et rôles physiologiques des constituants bactériens ainsi que le métabolisme des bactéries. Pour ce dernier aspect, l accent est mis sur le transport des nutriments, la régulation au niveau énergétique et les systèmes généraux d adaptation des bactéries à leur environnement. Seront développés les relations structure-fonction des principaux constituants bactériens pour la physiologie et la pathogénie bactériennes ainsi que les mécanismes moléculaires impliqués lors des différentes étapes d une infection bactérienne. Cet enseignement repose sur les connaissances acquises dans les domaines de la biologie cellulaire, de la biochimie, de l immunologie et de la microbiologie mais se veut accessible aux étudiants des masters 1 de biologie santé, de microbiologie agrobiosciences et de biochimie biotechnologies. Continu 20 20 RS 20 Examen Terminal 60 20 80 60 20 80 TOTAL 100 100
EM8BTMM Projet de création d entreprise en biotechnologies Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : hélène DOLGOPOLOFF Laboratoire : Département de Gestion Tél. + Email : dolgo@cict.fr ; 05 61 55 60 26 Heures CM :36 TD : 4 TP : 20 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Cet enseignement a pour objectif de donner l opportunité aux étudiants scientifiques de mettre en pratique une démarche professionnelle structurée de valorisation de leurs compétences scientifiques. Les étudiants sont invités, au travers d un brevet, à développer le modèle économique de produit ou service innovant de leur choix, et à contrôler la pertinence de leurs choix opérationnels et financiers en fonction des exigences économiques (rentabilité, ). L étudiant bénéficie d un double accompagnement, scientifique et de gestion, tout au long du semestre. Cet enseignement permet à l étudiant intéressé par une insertion professionnelle au niveau master d ouvrir son projet professionnel sur des postes de directeur ou de responsable d unité (chef de produit, chef de service ou chef de projet de recherche-développement). Il s adresse aussi à l étudiant qui souhaite réaliser une thèse de doctorat, pour une possible valorisation future de sa recherche sur le marché. Enfin il permet d élargir le spectre de carrière des étudiants sur la création ou reprise d entreprise, à plus ou moins long terme. Gestion de projet Diagnostic stratégique : diagnostic concurrentiel, diagnostic de l industrie, diagnostic technologique Définition d un modèle économique, commercial et opérationnel Modalités de financement du projet Synthèse économique, commerciale et financière Mots-clés : statuts ; business-plan ; diagnostic stratégique ; marketing-mix ; gestion de projet Examen Terminal Continu 50 50 100 100 RS 100 TOTAL 50 50 100 100 100
EM8BTNM Biochimie analytique quantitative Semestre 8 6 ECTS Jean-Daniel Marty (UPS) 118, route de Narbonne 31062 Toulouse Tél : 05 61 55 61 35, Mèl : marty@chimie.ups-tlse.fr Heures CM :20 TD : 14 TP : 26 Terrain (1/2 journée) : Contenu: L'objectif de l'enseignement est de former l'étudiant à la démarche analytique telle qu'elle est mise en œuvre dans les départements d'analyse et de contrôles des industries des secteurs biotechnologique, pharmaceutique, agro-alimentaire et biochimique. - Bonnes pratiques de laboratoire et assurances de qualité - Validation des méthodes d'analyse - Analyse des données et validation des résultats analytiques - Mise en place des méthodologies d'analyse - Techniques électrochimiques et biocapteurs (titrateurs automatiques, coulométriques, ampérométriques,...) - Techniques d'émission et d'absorption moléculaire - Automates d'analyse, infralyseurs et analyses à distance Mots-clés : contrôle qualité, validation de méthodes, électrochimie, chimie analytique Continu 20 20 20 (RS) 20 Examen Terminal 80 80 80 80 TOTAL 80 20 100 20 20 (RS) 80 100
EM8BTLM - Relations structure fonction des lipides et des protéines dans les membranes biologiques Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom :Dumas, Fabrice ; P. Faller ; A. Labrousse Laboratoire : IPBS, 205 route de Narbonne Tél. + Email : dumas@ipbs.fr 05 61 17 58 10 Heures CM :22 TD : 24 TP : 14 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Les membranes biologiques, outre leur rôle de compartimentation des cellules et des organites, jouent un rôle central dans la cellule. En effet, de nombreux processus cellulaires (transduction de signal, transport de molécules, production d énergie ) se déroulent au niveau des membranes. Ces 10 dernières années, la vision des membranes a fortement évolué, il est notamment de plus en plus évident que ces sont des structures subtilement structurées et très dynamiques. COURS : Le cours se partage en 2 grandes parties : Composition et dynamique des membranes biologiques Structure des lipides et des protéines membranaires Dynamique latérale et transverse des lipides et des protéines Synthèse et adressage des protéines membranaires Systèmes intégrés : transmission des signaux à travers les membranes Couplage énergétique Transfert des électrons Chaîne respiratoire Système photosynthétique TRAVAUX DIRIGES : Ils seront axés sur la compréhension d expériences tirées de publications et la résolution d exercices en relation avec les différentes parties du cours. TRAVAUX PRATIQUES : Etude de la perméabilité des membranes par turbidimétrie Etude de la fusion membranaire par fluorescence Mots-clés : membrane, lipides Continu 25 Examen Terminal 75 100 TOTAL 75 25 100 100 100
EM8BTRM Immersion en entreprise Semestre 8 3 ECTS Marie-Pierre Bousquet-Dubouch (UPS-CNRS) Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS. Adresse Postale : UMR CNRS-UPS 5089 205 Route de Narbonne 31077 Toulouse Cedex Tél : 05 61 17 55 44, Mèl : marie-pierre.bousquet@ipbs.fr Valérie Pacquit (UPS-INRA) Laboratoire Surfaces Cellulaires et Signalisation chez les Végétaux Adresse Postale : UMR CNRS-UPS 5546 BP 42617 31326 CASTANET TOLOSAN Cedex Tél : 05 62 19 35 48, Mèl : pacquit@scsv.ups-tlse.fr Eric Espinosa (UPS) Coordonnées de l enseignant responsable : Centre de Physiopathologie Toulouse-Purpan Adresse postale : Bat A CHU Purpan BP3028 31024 Toulouse cedex Tél : 0562748304, Mèl : eric.espinosa@inserm.fr Heures CM : TD : TP : Présence en entreprise : 700h (20 semaines Contenu: L'étudiant appréhendera les structures et le fonctionnement de l entreprise (acquisition des bonnes pratiques de laboratoire, qualité, hygiène et sécurité, suivi de projet ). Il effectuera un approfondissement thématique et pourra acquérir la maitrise des méthodologies spécifiques à son projet professionnel. Mots-clés : Entreprise Continu 30 30 30 (RS) 30 (RS) Examen Terminal 35 35 70 35 35 70 TOTAL 35 30 35 100 35 30( RS) 35 100
EM8BTSM Stage en entreprise Semestre 8 18 ECTS Marie-Pierre Bousquet-Dubouch (UPS-CNRS) Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS. Adresse Postale : UMR CNRS-UPS 5089 205 Route de Narbonne 31077 Toulouse Cedex Tél : 05 61 17 55 44, Mèl : marie-pierre.bousquet@ipbs.fr Valérie Pacquit (UPS-INRA) Laboratoire Surfaces Cellulaires et Signalisation chez les Végétaux Adresse Postale : UMR CNRS-UPS 5546 BP 42617 31326 CASTANET TOLOSAN Cedex Tél : 05 62 19 35 48, Mèl : pacquit@scsv.ups-tlse.fr Eric Espinosa (UPS) Coordonnées de l enseignant responsable : Centre de Physiopathologie Toulouse-Purpan Adresse postale : Bat A CHU Purpan BP3028 31024 Toulouse cedex Tél : 0562748304, Mèl : eric.espinosa@inserm.fr Heures CM : TD : TP : Présence en entreprise : 700h (20 semaines Contenu: Réalisation d une mission au sein de l entreprise, proposée par le maître de stage et validée par l équipe pédagogique. Suivi assuré par le tuteur universitaire Mots-clés : Entreprise Continu 30 30 30 (RS) 30 (RS) Examen Terminal 35 35 70 35 35 70 TOTAL 35 30 35 100 35 30(RS) 35 100
microbiologique dans l agroalimentaire Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : Ritzenthaler Paul / Le Bourgeois Pascal Laboratoire : LMGM-CNRS, bât. IBCG, 118, route de Narbonne, 31062 Toulouse Cédex 09 Tél. : 05 61 33 58 25 ; Email : ritzenth@ibcg.biotoul.fr / Tél. : 05 61 33 58 80 ; Email : pascal.lebourgeois@ibcg.biotoul.fr Heures CM :20 TD : 10 TP : 30 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Cet enseignement concerne principalement l aspect microbiologique de la sécurité et qualité des produits dans les industries agroalimentaires, mais couvre également certains aspects du diagnostic microbiologique en bactériologie médicale et dans l environnement. La biologie, physiologie et génétique des microorganismes présents dans les procédés d élaboration des aliments sont présentées : flore à incidence technologique (bactéries lactiques, levures,...), flore d altération, bactéries pathogènes (Listeria, E. coli, Salmonelles, Staphylocoques, Clostridium, ) et microorganismes recombinants (nature, impact et traçabilité des OGM). Une part importante de l enseignement est consacrée au contrôle microbiologique industriel : principe de base, méthodes conventionnelles de microbiologie pour la détection et l identification des microorganismes (diagnostic phénotypique), techniques physico-chimiques (spectrométrie infrarouge, spectrométrie de masse MALDI-TOF, impédancemétrie, ATPmétrie ), techniques immuno-enzymatiques (ELISA), nouvelles technologies de diagnostic rapide dérivées de l ingénierie génétique : hybridation moléculaire (préparation et marquage des sondes, FISH, dot-blot inverse, puces à ADN), amplification génique (PCR, PCR quantitative en temps réel), typage moléculaire à haute résolution (RFLP, ribotypage, PFGE, RAPD, AFLP, MLST, PCR-D/TGGE, SSCP,...), nouvelles techniques de séquençage à haut débit. Les principaux exemples destinés à illustrer ces thèmes sont pris dans les différentes filières de produits alimentaires. Enseignement de travaux pratiques : Identification de souches bactériennes par hybridation dot-blot, par analyse des fragments de restriction de l ADN ribosomique amplifié (ARDRA) et par électrophorèse en champ pulsé (PFGE). Détection et quantification d une contamination microbiologique (Entérobactérie) sur un produit laitier par amplification PCR classique et PCR quantitative en temps réel. Mots-clés : Sécurité et qualité des aliments, diagnostic microbiologique, identification moléculaire des microorganismes, génotypage des bactéries et virus Continu 40 40 RS 40 20 20 20 20 Examen Terminal 40 40 40 40 TOTAL 40 40 20 100 40 40 20 100
ADN : Du nano-objet à la cible pharmacologique Semestre 8 6 ECTS Enseignant responsable: Nom, prénom : CAZAUX Christophe Laboratoire : Centre de Recherche en Cancérologie de Toulouse U1037 ERL5294 Tél. + Email : 05 61 17 59 61 cazaux@ipbs.fr Equipe pédagogique: K. Bystricky (PU, LBME), P.E. Gleizes (PU, LBME), A. Bancaud (CR CNRS, LAAS), A. Vidal-Fernandez (Vacataire, CRCT), C. Tardin (MCU, IPBS), S. Kocanova (MCU, LBME), C. Cazaux (PU, CRCT) Heures CM :20 TD : 20 TP : 20 Terrain (1/2 journée) : Contenu: Ce module propose d appréhender la molécule d ADN dans son contexte cellulaire, nucléaire, chromatinien et enfin structural. Nous aborderons les méthodologies biophysiques (couplage ADN/nano-particules, immunoprécipitation de la chromatine, micro-calorimétrie, etc.) et d imagerie (microscopie électronique/ cryo-microscopie, microscopie a fluorescence sur cellules vivantes/ en 3D/ haute résolution), depuis l échelle de la molécule unique jusqu à celle du génome entier. Nous enseignerons la façon dont ces méthodologies sont au service à la fois de l observation et de l analyse de cette macro-molécule, mais aussi de la compréhension des bases moléculaires qui régissent son métabolisme et tous les processus nucléaires. Enfin les approches pharmacologiques, actuelles et en développement, qui ciblent l ADN, particulièrement dans le domain du cancer, seront développées. Les travaux pratiques aborderont une méthode originale de peignage moleculaire de l ADN («DNA combing» ) qui permet de mesurer les paramètres cinétiques et thermodynamiques de la réplication de l ADN. Mots-clés : cellule, noyau, génome, chromatine, réplication de l ADN, biochimie et biophysique de l ADN, pharmacologie de l ADN Continu 20 RS 20 Examen Terminal 60 100 TOTAL 100 100
Santé végétale et environnement biotique Semestre 8 6 ECTS Nom, prénom : Pr Christophe JACQUET Laboratoire : UMR 5546 CNRS-UPS. Équipe Interactions Plantes-Microorganismes Pôle de Biotechnologies Végétales. BP 42617, Auzeville. 31326 TOLOSAN Tél. + Email : 05-34-32-38-14 jacquet@lrsv.ups-tlse.fr Heures CM :30 TD : 10 TP : 20 Terrain (1/2 journée) : CASTANET- Contenu: Les plantes, dans leur environnement, sont au contact d un grand nombre de microorganismes (champignons, oomycètes, bactéries, virus). Certains sont dommageables (agents pathogènes) alors que d autres sont favorables à leur développement (symbiotes). Après avoir rappelé les grandes caractéristiques de ces microorganismes, cette UE présentera les mécanismes qui permettent aux plantes de les percevoir et de déclencher une réponse adaptée (défense ou symbiose). Une partie du cours sera consacrée à l exploitation du système d immunité innée des plantes pour le développement de nouvelles méthodes (stimulation des défenses naturelles des plantes ; utilisation des biotechnologies végétales), qui favorisent le développement des cultures, tout en étant plus respectueux de l environnement. La diversité de réponses des plantes aux parasites et les mécanismes de défense seront illustrés lors des TP et lors d ateliers bibliographiques. Mots-clés : Interactions plantes - microorganismes - Résistance - Symbiose- lutte contre les maladies - Développement durable Continu 30 RS Examen Terminal 50 20 70 TOTAL 50 30 20 100 70 30 100
Spécialités des masters 2 de la Mention Biochimie Biotechnologies
Master 2 R : Biologie Structurale et Fonctionnelle Nom, prénom : Fabrice DUMAS Laboratoire : Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS. Adresse Postale : UMR CNRS-UPS 5089 205 Route de Narbonne 31077 Toulouse Cedex Tél : 05 61 17 58 10, Mèl : fabrice.dumas@ipbs.fr L objectif de la formation est d apporter des connaissances de pointe sur différentes approches de recherche actuelle concernant les mécanismes moléculaires de la biologie trouvant leur application en pharmacologie et biotechnologie (génétique moléculaire, biochimie structurale, biophysique cellulaire). 50% de la formation s effectue sous forme d un stage en laboratoire pendant lequel l étudiant travaille sur un projet de recherche sous la direction d un chercheur confirmé. L autre moitié de la formation est consacrée à des ateliers au cours desquels les étudiants renforcent leurs connaissances théoriques. Beaucoup de chercheurs confirmés et spécialistes des thématiques abordées participent à ces enseignements. Outre l'acquisition de connaissances fondamentales et d'une formation par la recherche, notre volonté est d'amener les étudiants à perfectionner leurs capacités d'expression tant écrite qu'orale. Pour cette raison, et en plus d'une initiation régulière aux techniques de la bureautique moderne, les stages pratiques et les ateliers théoriques donnent lieu soit à la rédaction de mémoires soit à des présentations orales qui sont critiquées, corrigées et évaluées par un jury. Débouchés Sur les 4 dernières années, près de 85% des étudiants ont effectué une thèse après le M2R (39 sur 46). La majorité de ces thèses se déroule à Toulouse, le reste s effectuant dans d autres laboratoires Français (Paris, Strasbourg, Marseille, Bordeaux) ou à l étranger (Suisse, Angleterre). 86% des thèses réalisées en France sont financées par une allocation du ministère. Les étudiants qui ne continuent pas en thèse peuvent effectuer une formation en double compétence (école de commerce, ou de journalisme) ou s orienter vers des emplois de type ingénieur d études ou assistant ingénieur. D autres informations sur ce M2R (types de stages proposés, déroulement de l année ) sont accessibles sur le site http://m2r-bsf.univ-tlse3.fr
Master 2 P : Expression Génique et Protéines recombinantes Nom, prénom : Laurent PAQUEREAU Laboratoire : Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS. Adresse Postale : UMR CNRS-UPS 5089 205 Route de Narbonne 31077 Toulouse Cedex Tél : 05 61 17 58 59, Mèl : laurent.paquereau@ipbs.fr Objectifs scientifiques et professionnels. Cette spécialité s inscrit dans la démarche générale du Master Biochimie-Biotechnologie à savoir le développement des aspects moléculaires liés en particulier aux biotechnologies. L objectif scientifique principal de la spécialité est de former des cadres de haut niveau en Biologie Moléculaire et en Biochimie des Protéines. Les compétences scientifiques acquises par les étudiants leur permettent une intégration dans le secteur privé (entreprises de biotechnologies, pharmaceutiques, agro-alimentaires) et dans le secteur public (plateformes, équipes de recherche) en France et à l étranger. Semestre S9 : Enseignements théoriques de septembre à décembre. Biologie Moléculaire et Biochimie des Protéines (24 ECTS) L'enseignement théorique se fait essentiellement sous forme de travaux dirigés, de travail collectif et de rédaction de mémoires. Une très large part de l'enseignement est réalisée par les étudiants sous forme d'exposés oraux et nécessite donc de leur part une compréhension fine du sujet exposé. Cette UE donne également lieu à la rédaction d un projet de recherche. Gestion et Management et Communication (3 ECTS) Gestion des entreprises, Marketing, Etude de cas, Rédaction de CV, Préparation aux entretiens Anglais (3ECTS) Exposés et séminaires en anglais Semestre S10 : Enseignements pratiques Stage en Entreprise ou sur plateforme (30 ECTS) La recherche du stage est réalisée par les étudiants en fonction de leurs centres d intérêt et des offres directement faites à la formation. Les stages peuvent être effectués à l étranger. Des informations détaillées sur la formation sont disponibles sur le site du M2 : http://www.m2p-egpr.ups-tlse.fr/
Master 2 P : Biochimie Structurale, Protéomique et Métabolomique Nom, prénom : Laurent MAVEYRAUD Laboratoire : Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale du CNRS. Adresse Postale : UMR CNRS-UPS 5089 205 Route de Narbonne 31077 Toulouse Cedex Tél : 05 61 17 54 35, Mèl : laurent.maveyraud@ipbs.fr Nom, prénom : Jean-Charles PORTAIS Laboratoire : Laboratory of BioSystems & Process Engineering UMR5504, UMR792, CNRS, INRA, INSA. LISBP/INSA, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 TOULOUSE - FRANCE Tel/Fax : 05 61 55 96 89 Mail: jean-charles.portais@insa-toulouse.fr Objectifs scientifiques et professionnels Cette spécialité s intègre naturellement dans le Master Biochimie-Biotechnologie, puisqu elle repose sur les compétences en biochimie structurale qui y sont développées. Les objectifs scientifiques principaux sont la maîtrise conceptuelle et pratique des outils de l analyse structurale en biochimie (résonance magnétique nucléaire, spectrométrie de masse, diffraction des rayons X), et de la chaîne d analyse (de la préparation des échantillons à l analyse des résultats), dans le cadre d une démarche analytique ou métabolomique. Les compétences développées lors de la formation permettent l intégration des étudiants dans des plate-formes d analyses du secteur privé (pharmacie, agro alimentaire, chimie fine) ou public, ainsi que dans les laboratoires de recherches, en France ou à l international. Organisation La formation est organisée sur 4 semestres de 30 ECTS chacun. Semestre 7 parcours scientifique : il est fortement souhaité que les étudiants aient réalisé un stage avant leur entrée en M2. Ils peuvent le réaliser lors de leur M1 (UE initiation à la recherche, 18 ECTS) ou à leur propre initiative. Dans ce cas, ils peuvent choisir de suivre les UE "Projet expérimental en biochimie et biotechnologie" (9 ECTS), "Bonne pratique de laboratoire et qualité" (3 ECTS) et une UE libre (6 ECTS). Semestre 8 parcours scientifique : en plus des UE mutualisés sur différents parcours du S8 (langue (3 ECTS), ouverture (3 ECTS) et méthodologie en biochimie et biotechnologies (6 ECTS), les étudiants ont 1 UE libre (6 ECTS) et 2 UE à choisir parmi les 3 suivantes : "Du métabolisme au métabolome", "Biologie structurale des macromolécules" et "Analyse structurale des biomolécules". Semestre 9 : enseignement théorique de septembre à décembre : connaissance de l entreprise (3 ECTS), anglais (3 ECTS), préparation des échantillons (5 ECTS) et méthodologie (16 ECTS), puis spécialisation (3 ECTS) en janvier, soit en métabolomique soit en analyse structurale. Semestre 10 : UE stage en entreprise (30 ECTS) Une information la plus large possible est disponible sur le site de la formation (www.m2probspm.ups-tlse.fr).
Master 2 P : Bioingénierie Nom, prénom : Ph. Valet (philippe.valet@inserm.fr) Secrétariat : N. Vergues (vergues@ibcg.biotoul.fr; 05 61 33 58 98) - Biotechnologies appliquées à la Santé (philippe.valet@inserm.fr) - Biotechnologies Végétales (pacquit@lrsv.ups-tlse.fr) - Ingénierie Analytique en Nutrition et Santé (Anne.Lemassu@ipbs.fr) OBJECTIFS DE LA FORMATION : Trois secteurs d activité font actuellement l objet d une sensibilisation de la population en France et au sein de l Union Européenne : le secteur de la Biologie et Santé, celui de la Nutrition-Alimentation et celui des Biotechnologies Végétales. C est le premier objectif que s est fixé le Master de Bioingénierie : former des cadres de haut niveau spécialisés dans le domaine des biotechnologies appliquées aux trois secteurs d activités suivants : - Biotechnologies Moléculaires et Cellulaires appliquées à la Santé - Biotechnologies Végétales - Ingénierie Analytique en Nutrition et Santé L objectif pédagogique du Master de Bioingénierie est de délivrer aux étudiants un apprentissage à la fois pluridisciplinaire et approfondi des concepts inhérents aux sciences du vivant. Une formation en Sciences Humaines, gestion des personnels, techniques de recherche d emplois, communications, élaboration de projet personnel complètera la formation académique et technique. Les étudiants obtiendront une double compétence grâce à un programme d enseignement commun puis spécifique à chaque secteur d activité et avec une vocation internationale. Les enseignements sont organisés sous forme académique et par thèmes lors d ateliers autour de personnels spécialisés du domaine public ou industriel (Sanofi-aventis, P. Fabre, Syngenta, Avogadro, et plusieurs PME-PMI du tissu régional). Les interventions extérieures peuvent représenter jusqu à 50% des enseignements du M2P (dont une proportion importante effectuée par d anciens étudiants de la formation). Plus du tiers de l enseignement est consacré à l acquisition de compétences transverses (qualité, analyse et traitement des données, création d entreprise, marketing, management, gestion, techniques de communication ). Une partie de l enseignement sera dispensé en Anglais. Cette formation facilitera le passage du statut d étudiant au statut de professionnel par une formation Universitaire spécifique à l entreprise, par l étude des techniques de communication en établissant des relations avec les entreprises et en s intégrant au milieu professionnel lors des stages. ORGANISATION DE L ENSEIGNEMENT: - Au 1 er semestre : 4 UE obligatoires dont 2 de 60H et 6 ECTS et une de 30h et 3 ECTS orientées vers les Sciences de l Ingénieur et l Entreprise et une de 30h et 3ECTS à caractère technologique. De plus 2 UE scientifiques spécialisées (1 UE de 60 H 6 ECTS et 1 UE de 30 H 3 ECTS) seront choisies dans une liste de 5. - Au second semestre figurent 2 UE obligatoires dont l UE d anglais (24H-3ECTS) et l UE Immersion en Entreprise (30h 3 ECTS) et une UE scientifique spécialisée (60h, 6 ECTS) à choix restreint (parmi 3) qui est fonction du projet professionnel de l étudiant. Le stage en entreprise complète la formation et compte pour 18 ECTS.
M2P Droit de l immatériel et des technologies Parcours propriété intellectuelle. Responsables : François Couderc, Professeur à l Université Paul Sabatier (couderc@chimie.ups-tlse.fr) Alexandra Mendoza-Caminade, Maître de conférences en droit privé UT1 (alexandra.mendozacaminade@univ-tlse1.fr) 1. PRESENTATION GENERALE DU PARCOURS - OBJECTIFS SCIENTIFIQUES ET PROFESSIONNELS Objectifs pédagogiques Ce parcours a pour but de former des juristes et des scientifiques au droit de la propriété intellectuelle et des nouvelles technologies. Cette formation accueille avec les étudiants juristes des étudiants scientifiques qui ont suivi une formation juridique. Les scientifiques acquièrent donc une compétence en droit de la propriété intellectuelle. Les étudiants de formation scientifique suivent l option «Veille technologique» (créée en 2008-2009). Compétences acquises : protection des créations intellectuelles, négociation et rédaction de contrats, mise en valeur des résultats de la recherche, gestion d un contentieux de propriété intellectuelle. Secteurs d emploi : les débouchés Les diplômés du Parcours «Propriété intellectuelle» travaillent dans des organismes de recherche, dans des cabinets d avocats et des cabinets de conseils en propriété industrielle, dans des entreprises innovantes, dans des secteurs très variés, notamment dans les secteurs de la veille technologique et de la valorisation de la recherche. 2. ORGANISATION PEDAGOGIQUE DE LA SPECIALITE a- CONDITIONS D ACCES Le parcours «Propriété intellectuelle» est co-habilité entre l Université Toulouse 3 Paul Sabatier et Toulouse 1 Toulouse Capitole. Il accueille des étudiants de formation juridique et des étudiants de formation scientifique. Les étudiants titulaires d un Master 1 scientifique et qui ont validé 60 crédits peuvent candidater. Pour les étudiants de l UPS, l obtention de l UE d ouverture «valorisation juridique de l'innovation» est conseillée. b- ORGANISATION DES ENSEIGNEMENTS Les enseignements sont répartis sur deux semestres (mi-septembre à fin mars) et sont suivis d un stage d une durée de 4 mois minimum. 1 ER SEMESTRE Unité 1: Les fondamentaux de la propriété intellectuelle : (18ECTS) (une remise à niveau en droit des contrats pour les étudiants scientifique est assurée) Unité 2 : Options de spécialisation : (20 ECTS) : Veille technologique et documentaire Unité 3: Dimension internationale (50h) (9ECTS) 2d SEMESTRE Unité 4: stage (13 ECTS) STAGE : d une durée de 4 moins minimum, ce stage a lieu dans une entreprise ou une structure ayant des liens avec la propriété intellectuelle. Les liens nombreux avec les milieux professionnels, que ce soit par le biais des intervenants ou des partenariats, permettent de bénéficier d un «réseau» de professionnels disposés à recevoir des étudiants stagiaires.