PUBMED tutoriel PUBMED 1 Présentation P.3 1- Les étapes de fabrication P.4 2- Le MeSH : un thésaurus hiérarchisé P.5 3- La notion de mots clés majeurs et de qualificatifs P.8 4- Les opérateurs booléens AND, OR et NOT P.9 5- Les filtres P.11 6- L historique de la recherche P.12 7- Les formats d affichage P.13 8- La récupération des données P.14 9- Journals in NCBI Database P.16 10- PubMed Single Citation Matcher P.17 11- Mon compte utilisateur : My NCBI P.18 Patrice Benoit (patrice.benoit@biusante.parisdescartes.fr) Alexandre Boutet (alexandre.boutet@biusante.parisdescartes.fr) Benjamin Macé (benjamin.mace@biusante.parisdescartes.fr) Guillemette Utard-Wlérick (guillemette.utard-wlerick@biusante.parisdescartes.fr) Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 1
L'anatomie du sein et les organes de l'abdomen chez la femme VERHEYEN, Philippe Corporis humani anatomia Louvain : Denique, 1693 Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 2
Présentation Medline (Medical Literature Analysis and Retrieval System Online) Version publique de Medline Accessible gratuitement sur le Web Par extension le terme est utilisé pour désigner la base de données elle-même 1947 La base de données Medline a été créée et est maintenue par la NLM et le NCBI PubMed/Medline http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez o 5600 périodiques analysés (90% en langue anglaise) o 24 millions de notices : articles de revues, et livres (books) o Deux modes de recherche : recherche textuelle ou par le langage normalisé MeSH Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 3
1- Les étapes de fabrication Il existe 5 types de fiches dans PubMed! en cours de traitement sans descripteurs MeSH 1. [PubMed - in process] 2. [PubMed - as supplied by publisher] 3. [PubMed Epub ahead of print]! complètes et définitives avec descripteurs MeSH 4. [PubMed - indexed for Medline]! références d articles issus de revues qui ne font partie des revues indexées dans Medline, sans descripteurs MeSH : 5. [PubMed] désigne les références d articles issus de revues qui ne font partie des revues indexées dans Medline, et versés dans l archive PubMed Central. Ces articles ne font donc pas l objet d une indexation MeSH. 2-Le MeSH : un thésaurus hiérarchisé Medical Subjects Headings Le thésaurus est remis à jour tous les ans. Thésaurus hiérarchisé, structuré en arbre Regroupe l ensemble des mots-clés descripteurs qui définissent les sujets traités par les articles dans Medline Vocabulaire contrôlé, développé et mis à jour par la NLM Sur la page d accueil " 1. Dans «More Resources» cliquer sur 2. Saisir «Breast cancer» dans la boîte de recherche 3. Puis cliquer sur l onglet Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 4
On obtient alors 52 termes relatifs au mot «breast neoplasms» appartenant au vocabulaire contrôlé de la base de données et accompagnés d une courte définition et de la date de création du terme dans le thésaurus 1. Cocher le terme retenu 2. Cliquer sur «Add to search builder» à droite et choisir l opérateur booléen «AND» 3. Cliquer sur l onglet Lorsque vous ne trouvez pas dans le thésaurus MeSH un terme correspondant à votre recherche, vous pouvez saisir dans la boîte de recherche un «mot ou plusieurs mots» suivi de [tw] pour lancer une recherche en texte libre (langage naturel) sur les champs suivants : titre, résumé, mots Mesh, substances chimiques Exemples de requêtes : " treatment strategies [tw] : 26 639 références " Breast neoplasms [MeSH] AND treatment strategies [tw] : 612 références Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 5
Une notice MeSH En faisant une recherche avec un mot MeSH, on obtient également par défaut les documents indexés avec les mots MeSH plus spécifiques (explosion). 1: Breast Neoplasms Définition Tumors or cancer of the human BREAST Subheadings: Qualificatifs Sujet principal de l article Ne pas faire l explosion L explosion interroge systématiquement sur tous les termes spécifiques du terme MeSH générique Entry Terms: Termes synonymes Position du terme dans la hiérarchie du MeSH Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 6
«Supplementary concept» : concept supplémentaire, chimique, biologique. On ne peut pas prendre un «supplementary concept» en sujet principal de l article, ni récupérer des termes plus spécifiques. Exemple : BRCA2 protein, human [Supplementary Concept] Breast Cancer, Familial Male [Supplementary Concept] Traduction du MeSH L'Inserm, partenaire français de la NLM depuis 1969, a traduit le MeSH à l'intention des utilisateurs francophones, le met à jour chaque année et présente la version bilingue sur ce site : http://mesh.inserm.fr/mesh/ Points forts et limites du MeSH!!!Point forts du MeSH Donne la définition des termes et leur date de création. Gère les synonymes Breast neoplasms / Breast Cancer / Breast Tumors Permet de récupérer les termes plus spécifiques ex : Breast neoplasms / Carcinoma, Ductal, Breast L explosion (prise en compte des termes plus spécifiques) se fait par défaut Si vous ne voulez pas l explosion cochez la case Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy Permet de chercher les articles dont le mot MeSH est sujet principal de l article. Restrict to MeSH Major Topic. Ex : Breast neoplasms [Majr] Récupère les articles dont les références sont complètes et définitives (avec descripteurs MeSH) [PubMed - indexed for Medline]!!!Limites du MeSH Ne permet pas d obtenir les articles récents qui ne sont pas encore indexés, c'est-à-dire les références en cours de traitement (sans descripteurs MeSH) 1. [PubMed - as supplied by publisher] 2. [PubMed epub ahead of print] 3. [PubMed - in process] *Pour récupérer les articles récents Utiliser [tw] afin de chercher dans le titre et le résumé. Ex : Breast neoplasms [tw], puis cliquer sur l onglet «limits» et sélectionner «1 year». Cela permet de récupérer les articles récents qui ne sont pas encore indexés, mais on ne peut pas choisir les termes en sujet principal de l article, et on ne récupère pas les termes spécifiques. *Pour voir comment une notion est indexée faire une recherche dans le titre [ti] et regarder les mots MeSH dans les articles [PubMed - indexed for Medline]. Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 7
3- La notion de mots clés majeurs et les qualificatifs En limitant la recherche au mot MeSH «Breast neoplasms» les références obtenues sont en trop grand nombre pour être traitées : 218 768 " Breast neoplasms [MeSH] : 220 251 références Il faut donc affiner la recherche. Pour cela, différentes options sont proposées par la base de données. 1. On peut décider de restreindre la recherche aux articles pour lesquels «Breast neoplasms» est l un des sujets principaux des articles grâce à l option «Restrict Search to Major Topic headings only». " Breast neoplasms [Majr] : 183 028 références Restrict Search to Major Topic headings only 181 698 références sont alors obtenues. 2. Pour chaque mot MeSH, on peut afficher les qualificatifs définis par les indexeurs et spécifiquement associés à un terme. Cela permet de limiter la recherche à un aspect particulier du sujet en utilisant les qualificatifs (ou «Subheadings») d un mot MeSH. Par exemple 46 qualificatifs peuvent être associés au terme «Breast neoplasms» : 1: Breast neoplasms Subheadings: " Exemple de requête : Breast neoplasms /diagnosis [Majr] Cocher le qualificatif diagnosis. " Breast neoplasms /diagnosis [Majr] = 59 293 Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 8
4- Les opérateurs booléens : AND, OR et NOT 1. L utilisation de l opérateur AND permet de combiner des termes qui doivent obligatoirement entrer dans la référence des articles recherchés (intersection de plusieurs termes) : 2. L utilisation de l opérateur OR pour combiner deux termes permet d obtenir les résultats que donnent la réunion de deux ou plusieurs termes : cette stratégie sert habituellement à associer des synonymes ou concepts liés entre eux (union de plusieurs termes) 3. La recherche peut être restreinte en utilisant l opérateur NOT qui exclut les résultats liés au terme qu il introduit. Saisir les opérateurs booléens en majuscules AND OR NOT. A partir de votre sujet de recherche : Décomposer la recherche en concepts Chercher les termes MeSH qui correspondent aux concepts Sélectionner et choisir les clés MeSH + les termes en langage naturel Exemple de requête: " "docetaxel" [Supplementary concept] AND "Doxorubicin"[Mesh] AND "Cyclophosphamide"[Mesh] AND breast cancer [Mesh] avec cette requête on obtient 368 références. " (mammography [Majr] OR Ultrasonography [Majr]) AND Breast neoplasms [Majr] avec cette requête on obtient 11 270 références. Parenthèses nécessaires pour indiquer au système l ordre prioritaire des combinaisons voulues. " Breast neoplasms/diagnosis [Majr] NOT Ultrasonography [MeSH] avec cette requête on obtient 55 696 références. Cherchez un mot MeSH, sélectionnez le terme choisi et cliquez sur «Add to search builder» puis cherchez un autre mot, sélectionnez le, et et cliquez sur «Add to search builder» L opérateur «AND» est sélectionné par défaut Pour lancer la recherche cliquez sur «Search PubMed» et vous obtenez les références correspondant à votre requête. Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 9
5- Les filtres Pour affiner la stratégie de recherche, on va utiliser les différentes possibilités de limiter les résultats. En utilisant les «filtres» à gauche de l écran des références obtenues Exemple de requête : " Breast "Breast Neoplasms/diagnosis"[Majr] Et choix des filtres: Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 10
6- L historique des recherches est sauvegardé pendant huit heures Cliquer sur la valeur de la colonne Items found pour relancer la recherche Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 11
7- Les formats d affichage Les principaux formats d affichage : Summary : Auteur + titre + source # intéressant si la liste des résultats est longue # format par défaut, Summary, donne les références de l article (auteurs, titre, journal source, date, type de publication, etc.) + related articles + mention de la gratuité de l article sur Pubmed Central le cas échéant Abstract : «Summary» + résumé + liens vers l article en ligne (s il existe) # En cliquant sur MEDLINE : format complet On obtient en plus l indication des types de publication, des mots MeSH et des noms de substances # Le statut des références est indiqué : exemple PubMed in process, ou PubMed as supplied by publisher, ou PubMed indexed for Medline # Le format MEDLINE est le format qui doit être utilisé pour récupérer les références dans un logiciel qui gère la bibliographie. Ex : Endnote, Reference Manager, Refworks, Zotero, etc # Le format MEDLINE affiche l ensemble des données d indexation d un article structurées dans différents champs (par exemple AB pour Abstract, AU pour les auteurs, LA pour le langage de publication de l article, MH pour les mots MESH, etc.) Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 12
8- La récupération des données Le format Medline est utilisé pour récupérer les résultats dans Endnote, Zotero ou tout autre logiciel de gestion de références bibliographiques. Clipboard : permet de réunir et sauvegarder pendant 8 heures les résultats de différentes recherches. Pour envoyer des références cliquer sur Send to puis cocher Clipboard puis cliquer sur Add to Clipboard. Pour récupérer les résultats cliquer sur Clipboard : Le "Clipboard" est votre panier de sélection. Il vous permet de stocker jusqu'à 200 références sélectionnées au cours de vos différentes étapes de recherches (pendant 8 heures). Le clipboard dédoublonne les références des différentes requêtes. Vous pouvez envoyer les références du clipboard par email (Send to Email), sauvegarder ces références sur le disque dur (Send to File) ou les envoyer vers une collection dans My NCBI (Send to Collections). Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 13
E-mail : permet d envoyer la liste des références à une adresse e-mail. Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 14
9- Journals NCBI databases: 1 - Permet de savoir si une revue est indexée dans PubMed 2 - Permet de vérifier le titre complet ou abrégé d une revue 1. Cliquer sur 2. saisir «Breast cancer res» 3. cliquer sur Vous obtenez le titre complet : Breast Cancer Research et le titre abrégé : Breast cancer res Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 15
10- PubMed Single Citation Matcher Outil vous permettant de vérifier la référence complète d un article, recensé dans PubMed, à partir de quelques éléments bibliographiques Vous obtenez la référence complète. Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 16
11- My NCBI C est un compte utilisateur qui offre la possibilité de sauvegarder des recherches et des résultats et de créer des alertes à partir d une recherche sauvegardée. 1. Il faut s enregistrer : 2. Permet de recevoir des alertes par messagerie électronique, et de choisir la périodicité d envoi des nouvelles références qui sont transmises automatiquement 3. Voir fiche My NCBI de la NLM : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/nbk3827/#pubmedhelp.my_ncbi Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 17
Pour sauvegarder une recherche cliquer sur l onglet «Save Search» Pour sauvegarder des références cocher «Collections» puis cliquer sur l onglet «Add to Collections» http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/fr/ Sont autorisées la diffusion et la réutilisation de ce fichier sous réserve d en citer l auteur et uniquement à des fins non commerciales. Bibliothèque Interuniversitaire de Santé Paris - Pôle Médecine / Odontologie PubMed Tutoriel mars 2015 18