Quiz 1 1. What volume of a 10X DNA loading dye must you add to a 20 µl DNA sample to obtain a final concentration of 1X? Ans.: dilution =1/10. Therefore 9 parts=20µl. 1 part = 2.2µL 2. f 10X TBE contains 100g of TRS per liter, what is the final percent concentration (m/v) of TRS in 1X TBE? Ans.: 1X = 10g/L or 1.0g/100=1.0% Quiz 1 1. Quel volume d un tampon de chargement de 10X doit être ajouté à un échantillon d ADN de 20µL pour obtenir une concentration finale de 1X? Rép.: dilution =1/10. Donc 9 parties=20µl. 1 partie = 2.2µL 2. Si du TBE 10X contient 100g de TRS par litre, quelle est la concentration de TRS en pourcentage (m/v) dans du TBE 1X? Rép.: 1X = 10g/L = 1g/100mL = 1.0% 1
Quiz 2 1. A DNA sample is at a concentration of 500ng/100μL. What would be the absorbance at 260nm of a 1/5 dilution of this DNA sample? 0.02 2. Which two different restriction sites from this list have compatible ends following their digestion? A. GAA GAA B. GT ATAC C. GGG CCC B and D D. CC ATGG E. TTAT AA Quiz 2 1. Un échantillon d ADN est à une concentration de 500ng/100μL. Quelle serait l absorbance à 260nm d une dilution de 1/5 de cet échantillon d ADN? 0.02 2. Quels deux sites de restrictions différents de cette liste possèdent des extrémités compatibles suite à leurs digestions? A. GAA GAA B. GT ATAC C. GGG CCC B et D D. CC ATGG E. TTAT AA 2
Quiz 3 1. The enzyme Kos recognizes and cleaves the sequence GNNNNC (where N= to any of the 4 nucleotides). How many different sequences could be cleaved by Kos? 16 2. Which primer pair would allow the exponential amplification of the boxed sequence? 3 -AGGCTTAGTA AGCCCTGTTA -5 A. AGGCTTAGTA D. AGCCCTGTTA B. TACTAAGCCT E. ATTGTCCCGA C. TAACAGGGCT F. TCCGAATCAT E and F Quiz 3 1. L enzyme Kos reconnaît et clive la séquence GNNNNC (où N= n importe lesquels des 4 nucléotides). Combien de différentes séquences peuvent être clivée par Kos? 16 2. Quelle paire d amorces permettrait l amplification exponentielle de la région emboitée? 3 -AGGCTTAGTA AGCCCTGTTA- 5 A. AGGCTTAGTA D. AGCCCTGTTA B. TACTAAGCCT E. ATTGTCCCGA C. TAACAGGGCT F. TCCGAATCAT E et F 3
Quiz 4 Restriction digests of a recombinant puc19 plasmid. U Ba Ec P 5600 5600 4600 4100 1000 2800 U : Uncut Recombinant Ba : Recombinant cut with BamH1 Ec : Recombinant cut with EcoR1 P : puc19 cut with EcoR1 500 1. EcoR1 cuts the recombinant plasmid how many times? 3X 2. EcoR1 cuts within the insert how many times? 2X Quiz 4 Digestion par enzymes de restriction d un plasmide recombinant de puc19. U Ba Ec P 5600 5600 4600 4100 1000 2800 ND: Recombinant non digéré Ba : Recombinant coupé avec BamH1 Ec : Recombinant coupé avec EcoR1 P : puc19 coupé avec EcoR1 500 1. EcoR1 coupe le plasmide recombinant combien de fois? 3X 2. EcoR1 coupe dans l insertion combien de fois? 2X 4
1000 Quiz 5 2000 5000 5'-GACGGGCCGCGGGC TGTGTGCTCGAGACACAC TATTTTATTAAAAT-3' 1. Primers GACGGGCCGCGGG and ATTTTAATAAAATA were used to amplify the above region which contains an Xho site (underlined). Mutant mice have an SNP G 2000 C. What size fragments would be expected in each of the following cases following PCR and digestion? Homozygous normal: 1000 & 3000 Homozygous mutant: 4000 Heterozygous: 4000, 3000, and 1000 1000 Quiz 5 2000 5'-GACGGGCCGCGGGC TGTGTGCTCGAGACACAC TATTTTATTAAAAT-3' 1. Les amorces GACGGGCCGCGGG et ATTTTAATAAAATA ont été utilisées pour amplifier la région ci-dessus qui contient un site Xho. Des souris mutantes possèdent un SNP G 2000 C. Quelles tailles de fragments seraient attendues dans chacun des cas suivants après une PCR et une digestion? Homozygote normal: 1000 et 3000 Homozygote mutant: 4000 Heterozygote: 1000, 3000 et 4000 5000 5
Quiz 6 Northern analysis was used to examine the expression of beta-gal mrna under three different conditions. This table shows the relative intensities of beta-gal mrna and of a housekeeping gene (HK). Condition Signal intensities Given that under conditions 2 and 3 beta-gal expression is repressed 4 fold and induced 10 fold respectively as compared to condition 1, what are the expected values for the intensities of the beta-gal mrna for conditions 2 and 3? HK Beta-gal 1 10 20 2 12 6 3 8 160 Quiz 6 Une analyse de type northern est utilisée pour examiner l expression de l ARNm de bêta-gal sous trois différentes conditions. Ce tableau montre les intensités relatives de l ARNm de bêta-gal et d un gène domestique (GD). Condition Étant donné que sous les conditions 2 et 3 l expression de bêta-gal est réduite par un facteur de 4 et induite par un facteur de 10 respectivement, comparativement à la condition 1, quelles sont les valeurs prédites pour les intensités de l ARNm de bêta-gal pour les conditions 2 et 3? GD ntensités Bêta-gal 1 10 20 2 12 6 3 8 160 6
Quiz 7 1. A 0.5 ml DNA sample has an absorbance of 0.5 at 260nm. What would be the corresponding absorbance if this had been RNA at the same concentration? 0.625 2. The following sequence is that of one of the strands of a gene: 5 TAT TAT TAT TAT TAT TAT 3 which codes for a protein with the following sequence: Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr. (ATA = Tyr). The nucleotide sequence indicated is positive or negative? negative Quiz 7 1. Un échantillon de 0,5 ml d ADN a une absorbance de 0,5 à 260nm. Quelle serait l absorbance correspondante si ceci était de l ARN a la même concentration? 0,625 2. Cette séquence est celle d un des brins d un gène: 5 TAT TAT TAT TAT TAT TAT 3 qui code pour une protéine avec la séquence suivante: Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr Tyr. (ATA = Tyr). La séquence nucléotidique indiquée est positive ou négative? Négative 7
Quiz 8 & 9 1. Under which condition would the sequence ATGCCACGT anneal to it s reverse sequence? Assume that each increment of 0.1M NaCl changes the Tm by 2 o C. A. 50 o C + 1M NaCl B. 45 o C + 0.5M NaCl C. 40 o C + 0.1M NaCl D. None of these conditions 2. The following primers were used in a PCR reaction: ATGATCTAGCATGGA & AGGTACCTACAGGCT What is the maximal annealing temperature that can be used? 42 3. What type of mutation, an indel or a base substitution, would have the greatest impact on the Tm between the wild type and mutant gene sequence? A. An indel B. A base substitution C. Neither would impact the Tm D Both would impact the Tm to the same degree Quiz 8 & 9 1. Sous quelle condition la séquence ATGCCACGT pourrait-elle s apparier à sa séquence inverse? Présumez que chaque changement de 0.1M NaCl change le Tm par 2 o C. A. 50 o C + 1M NaCl B. 45 o C + 0.5M NaCl C. 40 o C + 0.1M NaCl D. Aucune de ces conditions 2. Les amorces suivantes ont été utilisées dans une réaction de PCR : ATGATCTAGCATGGA & AGGTACCTACAGGCT Quelle est la température d appariement maximale qui peut être utilisée? 42 3. Quelle type de mutation, une indel ou une substitution d'une base, aurait le plus grand impacte sur le Tm entre la séquence mutante et sauvage d'un gène? A. Une indel B. La substitution d'une base C. Ni l'une ou l'autre aurait un impacte sur le Tm D Les deux influencerait le Tm au même degré 8