MASTER RECHERCHE ET PROFESSIONNEL

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1 Université de la Méditerranée, Aix-Marseille II Contrat quadriennal MASTER RECHERCHE ET PROFESSIONNEL Domaine : Sciences de la Santé Mention : Pathologie Humaine Spécialités : Oncologie : Pharmacologie et Thérapeutique Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales Environnement et Santé Génomique et Santé Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive Responsable : Pr Jean-Louis MEGE de Marseille

2 Université de la Méditerranée - Aix-Marseille II Contrat quadriennal 2004/2007 Demande d'habilitation à délivrer le MASTER arrêté du 25 avril 2002 relatif aux études universitaires conduisant au grade de master La différenciation entre master orientation RECHERCHE et master orientation PROFESSIONNEL se fait au chapitre programme FICHE SIGNALETIQUE Etablissement Université de la MEDITERRANEE - Aix-Marseille II Composante FACULTE DE MEDECINE Domaine de formation SCIENCES DE LA SANTE Intitulé de la MENTION PATHOLOGIE HUMAINE Intitulé des SPECIALITES et (le cas échéant) des OPTIONS ONCOLOGIE : PHARMACOLOGIE ET THERAPEUTIQUE MALADIES TRANSMISSIBLES ET PATHOLOGIES TROPICALES ENVIRONNEMENT ET SANTE GENOMIQUE ET SANTE CONSEIL EN GENETIQUE ET EN MEDECINE PREDICTIVE Responsable de la MENTION MEGE JEAN-LOUIS Qualité Professeur des Universités - Praticien Hospitalier Section CNU Téléphone (s) Fax Adresse électronique [email protected] Etablissement(s) co-habilité(s) Etablissement porteur Université Montpellier I Université de la Méditerranée Effectif visé en formation initiale 100 Effectif visé en formation continue 100 Délivrance de diplôme intermédiaire Si oui, lequel Date et avis CEVU Date et avis CA

3 PROGRAMME MASTER ORIENTATION RECHERCHE Unités d'enseignement (UE) coefficient crédits nature* S1 = 1er semestre S1-UE1. Génétique Formelle et Génétique des Populations 1 6 UEOB S1-UE2. Bases Génomiques des Pathologies 1 6 UEOB S1-UE3. Spécificités de la Recherche sur l Homme 1 6 UEOB S1-UE4. Pharmacologie Générale 1 6 UEOB S1-UE5. Physiologie des Systèmes Intégrés 1 6 UEOB S1-UE6. Biologie et Pathologies Cellulaires 1 6 UEOB S1-UE7. Conférences des Acteurs de la Recherche 1 3 UEOB S1-UE10. Bases de l Oncogénèse et Maladie Cancéreuse 1 6 UEOP S1-UE11. Physiologie et Régulation du Système Immunitaire 1 3 UEOP S1-UE11. Biologie du Développement 1 3 UEOP S2 = 2ème semestre S2-UE1. Virologie Générale et Médicale 1 6 UEOP S2-UE2. Physiopathologie des Maladies Infectieuses 1 6 UEOP S2-UE3. Ingiénerie Biomédicale 1 6 UEOP S2-UE4. Bioinformatique Médicale 1 3 UEOP S2-UE4. Biostastistiques 1 3 UEOP S2-UE5. Ethique Médicale et Philosophie de la Médecine 1 6 UEOP S2-UE6. Internet : Banques de Données et Programmes d Analyses 1 6 UEOP S2-UE7. Immunologie Générale 1 3 UEOP S2-UE7. Physiopathologie des Maladies Autoimmunes 1 3 UEOP S2-UE8. Biophysique Appliquée aux Réponses Cellulaires 1 3 UEOP S2-UE9. Physiopathologie Cardiovasculaire et Traitements 1 6 UEOP S2-UE10. Immunointervention et Vaccins 1 6 UEOP S2-UE11. Physiopathologie Générale 1 6 UEOP S2-UE12. Pollution de l Environnement et Santé 1 6 UEOP S2-UE13. Interactions Bactéries-Hôtes 1 3 UEOP S2-UE14. Modèles Animaux de Pathologies Humaines 1 3 UEOP S2-UE15. Interactions Hôtes-Pathogènes 1 3 UEOP S2-UE16. Oncogénétique 1 6 UEOP S2-UE17. Conférences des Acteurs de la Recherche 1 3 UEOB S2-UE18. Stage en Laboratoire 1 6 UEOB S2-UE20. Susceptibilité aux maladies infectieuses et parasitaires 1 3 UEOP S2-UE23. Santé dans les Pays en Voie de Développement 1 6 UEOP S2-UE24. Régulation Epigénétique 1 3 UEOP S2-UE25. Stress Oxydant 1 3 UEOP S3 = 3ème semestre S3-UE1. Biothérapies 1 3 UEOB S3-UE2. Nouveaux Critères de Jugement d une Activité Thérapeutique 1 3 UEOB

4 S3-UE3. Thérapies Instrumentales 1 3 UEOB S3-UE4. Pharmacologie des Médicaments Anti-Cancéreux 1 3 UEOP S3-UE5. Génomique Tumorale 1 3 UEOP S3-UE6. Oncogénétique 1 3 UEOP S3-UE7. Génomique des bactéries intracellulaires 1 3 UEOB S3-UE8. Maladies Emergentes 1 3 UEOB S3-UE9. Interaction Hôte-Parasite 1 3 UEOB S3-UE10. Virus Emergents 1 3 UEOP S3-UE11. Herpes Virus 1 3 UEOP S3-UE12. Sécrétion des Facteurs de Virulence 1 3 UEOP S3-UE13. Réponse de l Homme aux Variations du Milieu Ambiant 1 6 UEOB S3-UE14. Approche Multidisciplinaire des Problèmes Environnementaux 1 6 UEOB S3-UE15. Adaptation aux Environnements Naturels Extrêmes 1 3 UEOP S3-UE16. Adaptation aux conditions extrêmes 1 3 UEOP S3-UE17. Déséquilibre de l Environnement et Mutagénèse ; Viellissement et Tumorigénèse 1 3 UEOP S3-UE18. Processus Toxiques et Allergiques en Rapport avec les Déséquilibres de l Environnement 1 3 UEOP S3-UE19. Transgénèse et Pathologies Humaines 1 3 UEOB S3-UE20. Bases Moléculaires et Fonctionnelles de la Variabilité Génétique 1 3 UEOB S3-UE21. Approche Thérapeutique des Maladies Génétiques 1 3 UEOP S3-UE22. Biodiversité et Mécanismes de l Evolution 1 3 UEOP S3-UE23. Bases de l Hérédité Polyfactorielle 1 3 UEOP S3-UE24. Formation Biotechnologique et Bioinformatique 1 6 UEOP S4 = 4ème semestre Stage en Laboratoire 1 36 UEOB * UEOB : obligatoire - UEOP : optionnelle - UEL : libre MASTER ORIENTATION PROFESSIONNEL Unités d'enseignement (UE) coefficient crédits nature* S1 = 1er semestre S1-UE1. Génétique Formelle et Génétique des Populations 1 6 UEOB S1-UE2. Bases Génomiques des Pathologies 1 6 UEOB S1-UE8. La Relation Soignant-Personne 1 6 UEOB S1-UE9. Diagnostic Prénatal 1 6 UEOB S1-UE10. Bases de l Oncogénèse et Maladie Cancéreuse 1 6 UEOP S1-UE12. Stage en Laboratoire 1 6 UEOB S2 = 2ème semestre S2-UE16. Oncogénétique 1 6 UEOB S2-UE19. Ethique et Aspects Légaux en Génétique et Médecine Prédictive 1 6 UEOB S2-UE20. Susceptibilité aux maladies infectieuses et parasitaires 1 3 UEOB S2-UE21. Centres de Ressources Biologiques 1 6 UEOP S2-UE22. Les Nouvelles Technologies en Santé 1 6 UEOP

5 S2-UE4. Biostastistiques 1 6 UEOP S2-UE26. Stage en Laboratoire 1 9 UEOB S3 = 3ème semestre S3-UE20. Bases Moléculaires et Fonctionnelles de la Variabilité Génétique 1 3 UEOP S3-UE21. Approche Thérapeutique des Maladies Génétiques 1 3 UEOP S3-UE23. Bases de l Hérédité Polyfactorielle 1 6 UEOB S3-UE25. Neurogénétique 1 6 UEOB S3-UE26. Cytogénétique Constitutionnelle et Oncologique 1 6 UEOB S3-UE27. Génétique Pédiatrique 1 6 UEOP S3-UE28. Stage en Laboratoire 1 6 UEOB S4 = 4ème semestre S4-UE1. Endocrinologie, Diabète, Maladies Métaboliques et Nutrition 1 6 UEOB S4-UE2. Bases de la Psychologie et de la Psycho-Oncologie 1 6 UEOB S4-UE3. Génétique des Pathologies Sensorielles 1 6 UEOB S4-UE4. Stage en Laboratoire 1 9 UEOB Pour le master à dominante recherche, préciser l'insertion des équipes de recherche et de l'ecole Doctorale dans la formation Préciser le dispositif de formation des Docteurs Les équipes des 4 spécialités recherche se répartissent sur deux écoles doctorales. Les équipes des spécialités «Oncologie : Pharmacologie et Thérapeutique», Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» et «Génomique et Santé» sont rattachées à l EDSV 62 et font partie intégrante de la nouvelle demande de contractualisation de l EDSV. Les équipes de la spécialité «Environnement et Santé» qui étaient initialement affiliées à l ED des Sciences de l Environnement (ED 251) restent rattachées à cette ED dans le cadre de la nouvelle contractualisation. Les ED interviennent au terme de la 2 année de master pour l attribution des allocations ministérielles (répartition et concours) ainsi que dans le suivi des doctorants. La mention «Pathologie Humaine» fait partie du conseil de l EDSV 62 via son représentant et participe donc activement au projet de l EDSV. Bien que la formation des doctorants soit du domaine de l ED (stages, réunion annuelle, doctoriales), la mention «Pathologie Humaine» interviendra dans leur formation via sa participation aux activités scientifiques des IFR sur lesquels elle s articule et via un système d évaluation des doctorants au sein de chaque IFR. Ainsi, nous généraliserons à chaque spécialité un système de présentation des travaux des étudiants doctorants devant les membres séniors des laboratoires selon un rythme de 1 à 2 fois par an. Ce système permettra, en plus de leur parrainage selon les mêmes modalités qu actuellement, un suivi continu des doctorants et la préparation à leur activité de présentation dans des meetings. Cette démarche sera faite en anglais afin de familiariser les étudiants à la pratique de la langue anglaise. Nous envisageons également un stage en laboratoires européens partenaires afin de compléter la formation théorique et pratique de chaque doctorant.

6 Conditions d admission Règles de sélection en M1 Pour les spécialités recherche 1 - Les étudiants français et issus de l Union Européenne (UE) titulaires d une licence de Biologie ou de Sciences et Technologies 2 - Les étudiants originaires de pays extérieurs à l UE : une dérogation pourra être obtenue pour l inscription sur analyse du dossier par le Comité Scientifique de la Pour la spécialité professionnelle 1 - Les candidats ayant validé la troisième année des études de médecine, d odontologie ou de pharmacie 2 - Les étudiants des filières scientifiques (ingénieurs, étudiants issus des UFR de Sciences) ayant validé la licence, une licence professionnelle ou pouvant prétendre à un niveau équivalant. L autorisation d inscription se fera après avis du conseil pédagogique et pourra être assujettie le cas échéant à la validation de certains enseignements complémentaires 3 - Sont autorisés à s'inscrire de plein droit, en formation continue en première année, mais avec des équivalences de modules selon le cursus réalisé et après avis du conseil pédagogique : - les infirmiers - les psychologues - les kinésithérapeutes 4 - Sont autorisés à s'inscrire en formation continue en première année, après un exercice professionnel de deux ans et après un entretien et la validation d'acquis complémentaires en bases médicales : - les techniciens/assistants d'études ou de recherches cliniques (EEC, TRC ou ARC) - les assistantes sociales 5 - Pour les autres cas et, en particulier, les candidats n'étant pas en formation initiale, l'équipe pédagogique procèdera à une validation des acquis et déterminera un parcours adapté à chaque candidat. Pour les spécialités recherche L enseignement de première année de master sera évalué par un examen écrit au terme de chaque semestre portant sur les modules obligatoires et les modules sélectionnées par le candidat. Un étudiant doit donc valider l équivalent de 60 ECTS au sein d un ensemble comportant 6 modules obligatoires et 27 modules optionnels. L examen de chaque module porte sur une analyse d articles, de résultats ou de bases de données. Le but de l examen est de tester la réflexion de l étudiant vis-à-vis d une problématique de recherche qu il développera pleinement en deuxième année de master. Il sera possible d intégrer les analyses d articles et/ou les ateliers suivis durant le semestre comme points additionnels. La moyenne à chaque module est la condition de la validation. En cas d échec, une session de rattrapage sera organisée. Pour les étudiants des filières de santé dont les modules seront étalés sur plusieurs années et qui accèderont en deuxième année de master après un intervalle de temps plus ou moins long, il sera nécessaire de standardiser la notation afin de gommer les variations d une année sur l autre. La validation d un stage de 4 semaines en laboratoire (soit 6 ECTS) complète le cursus de première année. Pour la spécialité professionnelle La validation de la première année est fondée sur les mêmes principes que la validation des filières de recherche. Elle nécessite l obtention de 54 ECTS pour les modules. Sept modules obligatoires dont 4 communs avec les spécialités de recherche et 4 modules optionnels sont proposés. La validation de 2 semaines de stage à raison d un par semestre pour un volume de 12 ECTS complète la validation de la première année.

7 Pour les spécialités recherche 1 Les étudiants français et issus de l UE ayant validé les épreuves de la première année de master 2 - Jusqu'à l'année universitaire inclus, les étudiants en Médecine, Odontologie et Pharmacie doivent être titulaires d'une maîtrise des sciences biologiques et médicales (MSBM) pour pouvoir s'inscrire en DEA (les certificats de MSBM ont été prorogés jusqu'à l'année universitaire inclus). L'offre de formation doctorale de l'université de la Méditerranée dans le plan quadriennal s'inscrit dans le système L (licence), M (master), D (doctorat). Les conditions d'accès aux Masters des étudiants en Santé doivent être définies après la suppression des MSBM et l'internat pour tous les étudiants (le succès au concours de l'internat constituant l'équivalent d'un des trois certificats de la maîtrise). La création d'un Domaine Sciences de la Santé nous permet de proposer pour ces étudiants en Santé un accès à la deuxième année du Master s'ils remplissent les conditions suivantes : - la validation du deuxième cycle des études médicales (qui pourrait représenter la moitié d'un enseignement de 1 ère année de Master) - la validation de quatre modules (total : 24 ECTS) et d'une semaine de stage à temps complet dans un laboratoire contractualisé (INSERM, CNRS, Universitaire, INRETS). Ces modules seront choisis parmi ceux qui sont ouverts aux étudiants scientifiques dans la 1 ère Année du Master de la mention «Pathologie Humaine» et des mentions impliquées dans les sciences biologiques des Universités d Aix-Marseille. De plus, différents modules seront organisés de façon à être compatibles avec les obligations du cursus médical qui ne permettent pas de libérer les étudiants de toutes les enseignements obligatoires. Des créneaux horaires seront utilisés (mardi et jeudi après-midi) pour lequels il n y aura pas d enseignement parallèle. Cette sanctuarisation de deux demi-journées par semaine permettra aux étudiants scientifiques et aux étudiants en Santé de suivre des enseignements communs. Pour les étudiants des Facultés de Pharmacie, la réforme des études rendra compatible le suivi d enseignements regroupés ou étalés sur deux demi-journées. Le contenu et le mode d'enseignement de ces modules ont été fixés afin d'assurer une véritable formation à la recherche biomédicale. Les étudiants en Santé suivront pour la grande majorité d'entre eux ces enseignements en PCEM2 et DCEM1 (Médecine, Pharmacie, Odontologie). Des mesures transitoires seront prises afin de permettre aux étudiants en Santé, titulaires de la totalité ou d'une partie d une MSBM, d'accéder directement à la 2 ème Année de master. Après validation des études de deuxième cycle, les étudiants titulaires de deux certificats de MSBM auront l'autorisation de s'inscrire en deuxième année de master ; s'ils sont titulaires d'un certificat de MSBM, l'inscription sera autorisée après validation de deux modules. Les étudiants pourront soumettre leur candidature en 2 ème Année de Master dans les spécialités disponibles au sein de l'université de la Méditerranée ou au sein d autres Universités et y être admis en fonction de leur dossier et du nombre de laboratoires disponibles pour un stage d un an. Pour les étudiants salariés (internes), la 2 ème Année de Master pourra être préparée en 2 ans. 3 - Les étudiants originaires de pays extérieurs à l UE : une dérogation pourra être obtenue pour l inscription sur analyse du dossier par le Comité Scientifique de la. Règles de sélection en M2 La deuxième année de Master impose la validation de modules

8 obligatoires et optionnels pour un volume de 18 ECTS, les modules étant définis pour chaque parcours de spécialité. Dix modules obligatoires et 14 modules optionnels sont proposés. La validation du stage par la réalisation d un mémoire et sa soutenance devant le jury du Master représente l équivalent de 42 ECTS. Afin d homogénéiser l évaluation des étudiants, un membre du comité de pilotage assistera aux soutenances dans les différentes spécialités. L accès en thèse est conditionné par l obtention d une mention ABien au terme des épreuves de première et de deuxième année de master. Pour la spécialité professionnelle 1 - Les étudiants français ou issus de l UE ayant validé la première année de master 2 - Sont autorisés à s inscrire de plein droit en formation continue en deuxième année après avis du conseil pédagogique : - les médecins, pharmaciens, dentistes, sages-femmes - les scientifiques disposant au moins d un niveau de maîtrise. En fonction du cursus réalisé, l autorisation d inscription en deuxième année pourra être assujettie à la validation d'acquis complémentaires en bases médicales. La validation de la deuxième année (60 ECTS) implique la validation des enseignements théoriques correspondant à 6 modules obligatoires et 3 modules optionnels répartis sur 2 semestres et de 2 semaines de stage à raison d un par semestre. La validation de l ensemble des modules et stages des 2 années sera une condition de l obtention du diplôme comme pour les spécialités recherche. Passerelles entre master recherche et master professionnel Passerelles entre master professionnel et master recherche L existence d une spécialité professionnelle «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive» au sein de la mention «Pathologie Humaine» engendre une mise en commun de modules d enseignement. Ce tronc commun facilitera les passerelles entre les spécialités de la mention. De plus, les enseignants et chercheurs de la spécialité professionnelle interviennent dans le cursus de la spécialité recherche «Génomique et Santé». Compte tenu que la validation du M1 est identique dans les deux parcours, des équivalences seront données par l équipe de pilotage de la mention. Des passerelles sont prévues avec les mentions professionnelles «Ingénierie des Systèmes de Santé» et «Industrie des Produits de Santé» grâce à la mutualisation d enseignements et des équivalences importantes. Ainsi, un flux d étudiants issus de la Faculté de Pharmacie bénéficiera de ces passerelles. Les passerelles se feront en fonction des profils des candidats et des disponibilités en terme de terrains de stage. La réalisation d une Thèse d Université doit être facilitée pour les étudiants ayant suivi le parcours professionnel. Cette orientation doit être prévue dès le M2 car elle impliquera la réalisation d un stage dans un laboratoire de recherche qui se substituera à la partie théorique du quatrième semestre du M2 professionnel. Cette démarche sera validée par l équipe de pilotage de la mention et a été adoptée par le conseil de l EDSV 62 comme mesure applicable à l ensemble des mentions qui s y rattachent. Période à l étranger Les périodes de stage à l étranger sont prévues dans le cadre du stage en laboratoire de la deuxième année. Chaque spécialité définit

9 ses besoins en formation à l étranger. Cette période devient essentielle durant la Thèse. Règles de progression Elle se fait en quatre sessions venant clore chaque semestre. Durant les semestres 1 et 2, l étudiant doit valider 66 ECTS soit 33 pour le premier semestre (en modules obligatoires) et 33 pour le second semestre (en modules optionnels et un stage en loboratoire). Durant le troisième semestre, l étudiant doit valider 18 ECTS (en modules obligatoires et optionnels recommandés pour chaque spécialité). Le dernier semestre est réservé au stage en laboratoire. Le passage de première en deuxième année est fonction des résultats des deux premiers semestres. La validation du diplôme repose sur la réussite aux épreuves du troisième semestre et à la soutenance du mémoire. La mention ABien au terme des deux années est une condition pour la continuation en Thèse d Université. Pour la spécialité professionnelle, la progression se fait également en 4 sessions venant clore chacun des semestres. L étudiant doit valider 66 ECTS en première année et 60 en deuxième année. Spécialité recherche 1. Etudiant en sciences Première année - Modules obligatoires : 33 ECTS - Modules optionnels : 33 ECTS Deuxième année - Modules obligatoires et optionnels 18 ECTS - Stage 42 ECTS Total : 126 ECTS 2. Etudiant en santé Première année - Modules obligatoires et optionnels : 24 ECTS - Stage : 6 ECTS - Validation 2 cycle études médicales 36 ECTS Deuxième année - Modules obligatoires et optionnels 18 ECTS - Stage 42 ECTS Total : 126 ECTS Capitalisation Spécialité professionnelle Première année - Modules obligatoires et optionnels 54 ECTS - Stage 12 ECTS Deuxième année - Modules obligatoires et optionnels 48 ECTS - Stage 12 ECTS Total : 126 ECTS Compensation Dispositif d évaluation des enseignements cf dossier Dispositif d aide à l élaboration du projet de formation et du projet professionnel

10 Validation de l'aptitude à maîtriser au moins une langue étrangère Dispositif destiné à favoriser la mobilité Le cas échéant, utilisation des TICE DEBOUCHES Poursuite d études En première année de master, la validation de l anglais se fera au niveau des enseignants d anglais de l UFR Médecine. En deuxième année, une partie des séminaires et des conférences sera dispensée en anglais. Les stages en laboratoire, en particulier au niveau européen, seront par définition réalisés en anglais. La mobilité des étudiants sera encouragée dans le cadre de la deuxième année de chaque spécialité. Le stage en laboratoire européen partenaire est sans doute la meilleure approche pour atteindre cet objectif. En première année, deux modules (S2-UE4 et S2-UE6) sont destinés à acquérir les outils informatiques indispensables à une approche contemporaine de la recherche. En deuxième année, cette pratique se généralise au niveau du stage en laboratoire et de la préparation du mémoire. Les débouchés initiaux de la mention «Pathologie Humaine» consistent, d une part, en la réalisation d une Thèse d Université et, d autre part, à préparer aux nouveaux métiers de conseiller génétique et de conseiller en médecine prédictive dans le domaine des pathologies multifactorielles. Pour les spécialités recherche Les débouchés à terme sont les carrières hospitalo-universitaires et les concours de recrutement des EPST. Les carrières hospitalouniversitaires étaient déjà la vocation des DEA fondateurs de cette mention et cet objectif sera maintenu tant au niveau local qu au niveau national. La vocation de la mention est la formation des futurs cadres du diagnostic et du médicament en association avec le monde industriel. Cette politique a déjà porté ses fruits lors de la contractualisation précédente et devrait donc être amplifiée au cours de ce projet. Les thèmes développés par les différentes spécialités étant rattachés à des problèmes majeurs de santé publique devraient faciliter l insertion professionnelle en particulier dans les priorités nationales. Deux débouchés spécifiques sont associés au projet de la mention «Pathologie Humaine» : la préparation aux carrières des étudiants des filières de santé militaire et la formation des étudiants hors UE dans le cadre du développement de leur pays d origine. Pour la spécialité professionnelle Les débouchés se fondent sur la nécessité d apporter une formation approfondie dans le domaine du conseil génétique et les domaines de la médecine où une prédiction et une maîtrise des facteurs de risque sont possibles. La formation permet d acquérir les compétences pour exercer en tant que : - conseiller génétique - conseiller en médecine prédictive dans les domaines des pathologies multifactorielles. Il s agit de métiers d'expertise à vocation hospitalière permettant d exercer dans des organisations hospitalières et sanitaires, voire d assurer des fonctions d expertise en particulier dans les organismes de santé du secteur public : établissements sous tutelle de l administration centrale (missions d expertise dans les Etablissements Publics de Santé : Hôpitaux, Agences Régionales d Hospitalisation, Organismes de Protection Sociale, Caisses d Assurance Maladie). Débouchés professionnels

11 Le caractère nouveau de ces métiers nécessite de préciser le cadre des compétences. Il semble essentiel de poser le principe que le conseiller en génétique et médecine prédictive travaille en binôme avec un médecin. De principe, les limites de la spécialité sont définies comme suit : - actes de conseil génétique au sens strict et d information sur les facteurs de risque - sans responsabilité dans les actes à visée diagnostique ou thérapeutique. 1. Actes relevant de la compétence d un conseiller en génétique et médecine prédictive : - Contact avec les familles - Réalisation des arbres généalogiques - Evaluation du risque en fonction des facteurs impliqués (gènes, environnement) - Explication des règles de l hérédité et indications des tests génétiques et/ou des caryotypes - Intégration des dimensions sociales, psychologiques, culturelles, légales et éthiques (en particulier les consentements éclairés) - Communiquer aux patients et à leur famille l information sur le risque, les pathologies et sur les modalités de réalisation de tests génétiques, de caryotypes ou toutes autres options d évaluation des risques dans le but d amener les patients et leur famille à une autonomie de décision (information non directionnelle, alors que le médecin a pour but de traiter) - Introduire des options de recherche 2. Consultations relevant de la compétence d un conseiller en génétique, sous la responsabilité d un médecin référent : - Diagnostic prénatal (information avant prélèvement fœtal pour âge maternel avancé, dépistage sérique ) - Information avant PMA - Stérilité - Conseil génétique dans le cadre d une enquête familiale - Dépistage des hétérozygotes (mucoviscidose, amyotrophie spinale infantile, maladies liées au chromosome X, anomalies chromosomiques équilibrées) 3. Participation à l équipe pluridisciplinaire dans des domaines spécialisés dans le cadre du diagnostic présymptomatique des maladies de l adulte - Oncogénétique - Neurogénétique 4. Auxiliaire du médecin généticien dans les actes requérant une expertise médicale (dysmorphologie, diagnostic des handicaps, prise en charge des pathologies rares ) - Implication dans le recueil des informations - Suivi des familles et suivi du conseil auprès des patients - Rôle d interface avec les laboratoires et les médecins traitants 5. En ce qui concerne les pathologies communes d étiologie multifactorielle, rôle de prévention primaire incluant l information et l action auprès du public concernant les maladies communes résultant de l interaction de l environnement et de la composition génétique de l individu. Certaines spécialités, comme les maladies cardiovasculaires, les maladies endocriniennes et les pathologies de l hémostase, ont déjà intégré la notion de facteurs de risque dans leur pratique.

12 Enquêtes d'insertion pour les formations professionnelles (DESS - années précédant le master), le cas échéant Lettres de soutien pour formations professionnelles, le cas échéant (préciser la liste) REMARQUES COMPLEMENTAIRES La demande d'habilitation pouvant être présentée sous forme libre, en dehors des champs obligatoires cidessus, tout complément d'information utile à la compréhension du projet est le bienvenu.

13 ANNEXE 1 EFFECTIF VISE EN FORMATION INITIALE L effectif visé en formation initiale est de 100 étudiants comportant 40 étudiants issus des filières scientifiques et 60 étudiants issus des filières de santé. L absence actuelle de formation scientifique prémaster au sein de l UFR de Médecine fait la particularité du projet de mention «Pathologie Humaine». Son objectif est donc de créer un flux d étudiants au terme de la troisième année du cursus de Sciences. L intérêt évident que portent les étudiants scientifiques pour la Santé est attesté par les flux actuels d étudiants au terme de la Maîtrise vers les DEA implantés en Santé. Le projet de mention «Pathologie Humaine» accroît cette attractivité car il crée une continuité de formation. Un site web sera créé au niveau de l UFR de Médecine pour améliorer la lisibilité du projet et faciliter le choix des étudiants au terme de la troisième année de leur cursus. D autre part, la suppression des MSBM à partir de la rentrée universitaire amène la première année du Master à devenir une année de formation pour les étudiants des filières de santé (Médecine, Pharmacie, Odontologie). Ces derniers suivront les modules de première année à hauteur de 24 ECTS durant leur cursus. La convergence entre étudiants issus des filières scientifiques et de santé devrait engendrer un flux annuel de 100 étudiants. D autre part, la création d une filière professionalisante (Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive) devrait accroître l attractivité en particulier dans le domaine de la formation continue. L intégration de cette filière dans la mention «Pathologie Humaine» est aussi une garantie de flux d étudiants pour cette filière.

14 ANNEXE 2 ORGANISATION DES MODULES DE PREMIERE ANNEE La mention «Pathologie Humaine» propose 32 modules d enseignement dont 11 obligatoires et 21 optionnels. La politique de formation étant basée sur le décloisonnement des cursus, 6 modules supplémentaires organisés hors de la mention «Pathologie Humaine» font partie de l offre de formation. Le choix de ces modules s est fondé sur les besoins de formation spécifique aux mentions de la deuxième année et a fait l objet d une concertation avec les porteurs de projet des autres masters et/ou mentions. Afin de faciliter les échanges de modules entre les formations et la mobilité des étudiants, le principe de la semestrialisation des enseignements a été généralisé et les modules optionnels sont répartis sur le deuxième semestre. Chaque module comportera une partie théorique et des enseignements dirigés comportant des analyses d articles et/ou des ateliers. Les différents modules seront soumis à une évaluation par les étudiants afin de déterminer leur adaptation à une formation de troisième cycle. Cette politique d évaluation est la clé de l évolutivité du projet d enseignement et de son adaptation aux enjeux de la recherche biomédicale. L évaluation repose sur une grille établie par le comité de pilotage et s applique à tous les modules. Un module est défini pour deux ans sauf si l évaluation annuelle justifie des amendements. Au terme des deux ans, une évaluation sur le fond a lieu en concertation avec les responsables des modules et conduit à la reconduction du module, à son amendement ou à la proposition d un module alternatif. Cette politique s applique de la même façon aux modules de deuxième année. Les 32 modules représentent une offre de formation spécifique de la Santé. Ils fournissent des bases générales pour la Recherche Biologique et Biomédicale. Les modules du premier semestre sont généraux et couvrent les grands domaines de la Biologie. Les éventuels manques sont couverts par des modules pris au sein des autres mentions de recherche ou professionnelles de Marseille. Le deuxième semestre est plus spécialisé tout en gardant un caractère général qui permet un véritable choix de filière en deuxième année. Ainsi, chaque spécialité de deuxième année recommande des modules au sein de la liste des modules optionnels. L initiation à la Recherche suppose également une prise de conscience de la démarche scientifique. Cette dernière ne peut se faire dans des modules d enseignement mais nécessite une véritable vision de la recherche en action. Nous proposons donc qu un cycle annuel de conférences donne la parole aux acteurs de la recherche de notre région et fasse partie intégrante de l offre de formation de première année. Cet ensemble de conférences couvrira différents domaines de la recherche fondamentale et de la recherche clinique. Cette ouverture permettra à l étudiant en formation de prendre connaissance du potentiel de recherche de notre région et d ouvrir sa réflexion à des domaines différents de son schéma de spécialisation future. La liste des conférences sera établie par le comité de pilotage du master et devra s appuyer sur le potentiel des trois IFR et des structures de recherche clinique.

15 ANNEXE 3 LABORATOIRES RATTACHES A LA MENTION «PATHOLOGIE HUMAINE» 1. SPECIALITES RECHERCHE La mention «Pathologie Humaine» s appuie sur 40 laboratoires labellisés correspondant à 5 structures rattachées au CNRS, 14 structures rattachées à l INSERM, 17 structures rattachées à l Université, 3 structures industrielles et 1 structure militaire. LABORATOIRES DIRECTEUR NOMBRE D HDR CNRS UMR 6032 C. BRIAND, ED EA 3287 D. VERVLOET, ED EA 3286 A. ILIADIS, ED 62 2 CNRS UMR FRE 2109 F. CLARAC, ED EA 3291 J.J. GROB, ED EA 3283 M. FIESCHI, ED EA 2671 L. HOUAFIKE, ED EA 1784 A. BOTTA/G. DUMENIL, ED ERT 30 J.C. FRANQUIN, ED EA 2201 Y. JAMMES, ED EA 3280 J.M. SANTY, ED EPI INSERM 9902 J. MAGNAN, ED EA 3294 P. PIQUET, ED EA en cours A. DUTOUR, ED COMEX B. GARDETTE, ED EA 3292 P. DE MICCO, ED 62 7 CNRS UMR 6020 D. RAOULT, ED EA 2197 J.M. PAGES, ED 62 6 EA 3282 J. GYSIN, ED 62 3 EA 864 F. FUMOUX, ED 62 9 IMTSSA P. GUEGUINER, ED 62 3 INSERM EPI 9939 H. SOBOL, ED 62 3 INSERM U 379 J.P. MOATTI, ED INSERM U119 F. BIRG, ED INSERM EMI 0019 J. SAMPOL, ED 62 3 EU CANCEROLOGIE D. MARANINCHI, ED 62 8 INNATE PHARMA F. ROMAGNIE, ED 62 1 IMMUNOTECH H. CAILLA, ED 62 1 ERT INSERM J. GABERT, ED 62 1 INSERM U491 M. FONTES, ED INSERM U 399 A. DESSEIN, ED 62 5 INSERM U 559 D. LOMBARDO, ED 62 3 INSERM U 476 D. LAIRON, ED 62 3 INSERM EMI 9936 I. JUHAN-VAGUE, ED 62 1 INSERM U 555 P. CARAYON, ED 62 4 CNRS UMR 6612 P. COZZONE, ED 62 2 EA 3290 M. MARILLEY, ED 62 2 INSERM UMR S387 P. BONGRAND, ED 62 1 CNRS UMR 6578 G. BOETSCH, ED EA 3281 D. FIGARELLA-BRANGER, ED 62 5

16 2. SPECIALITE PROFESSIONNELLE Elle s appuie sur des terrains de stage propres mais aussi communs avec les spécialités recherche. De plus, l organisation des stages est spécifique à la spécialité : elle comporte quatre stages (valeur de 6 ECTS par stage), 2 obligatoires et 2 optionnels. D une manière générale, il est conseillé, afin de préparer une future implantation professionnelle et en tenant compte de l orientation choisie par l étudiant, qu un des stages soit considéré comme dominant avec un engagement d un maître de stage pour un suivi régulier au cours de la 5 ème année. 1. Stages obligatoires - Génétique générale (en particulier à Marseille, le Département de Génétique Médicale de la Timone-Enfant : Pr N. Philip) - Oncogénétique (Accord de principe du Groupe Génétique et Cancer pour être terrain de stage et, en particulier, le Département d Oncogénétique de l Institut Paoli-Calmettes : Pr H. Sobol). Participation aux consultations d Oncogénétique ; réalisation d arbres généalogiques ; participation aux consultations de concertation pluridisciplinaire ; tenue et gestion du dossier médical ; apprentissage à l évaluation du risque (utilisation de logiciels appropriés) ; gestion de bases de données ; règles éthiques ; obligations légales ; familiarisation avec les consentements éclairés ; contrôle de qualité et procédures ; analyse d arbres généalogiques et de situations cliniques variées ; familiarisation aux modalités de prévention et de dépistage ; modalités d archivage ; accès à un laboratoire d analyse génétique. 2. Stages spécialisés (au choix) - Diagnostic prénatal - Neurogénétique - Laboratoires de génétique moléculaire et d oncogénétique moléculaire Interprétation des résultats ; connaissance des techniques employées, leurs avantages et leurs limites ; sensibilité et spécificité des analyses ; aspects économiques, contrôle de qualité, traçabilité et procédures GBEA ou autres ; aspects éthiques ; participation aux réunions techniques et pluridisciplinaires ; connaissance des modalités de réception et de traitement des prélèvements ; modalités d enregistrement des analyses. - Laboratoires de cytogénétique constitutionnelle et oncologique Interprétation des résultats ; connaissance des techniques employées (techniques conventionnelles et moléculaires), leurs avantages et leurs limites ; sensibilité et spécificité des analyses ; aspects économiques, contrôle de qualité, traçabilité et procédures GBEA ou autres ; aspects éthiques ; participation aux réunions techniques et pluridisciplinaires ; connaissance des modalités de réception et de traitement des prélèvements ; modalités d enregistrement des analyses. - Neurologie - Pédiatrie - Cancérologie (services d oncologie dans des structures assurant une activité pluridisciplinaire)

17 Familiarisation avec les grandes options thérapeutiques (chirurgie, oncologie médicale, radiothérapie) ; participation à des consultations d oncologie ; accès à un service d anatomie pathologique ; contact avec les patients ; familiarisation avec les procédures de diagnostic, de prévention et de dépistage (en particulier procédures endoscopiques). - Hématologie et hémostase - Cardiologie et pathologies cardiovasculaires - Endocrinologie, diabétologie, maladies métaboliques et nutrition - Obstétrique - Psycho-oncologie - Institutions pour handicapés - Services de santé publique, DIM, Observatoire de la Santé, Epidémiologie - Entreprises privées impliquées dans le diagnostic, l établissement du pronostic et la médecine prédictive - Formations labellisées (Inserm, CNRS, CEA, Equipes Universitaires ) Voir les dispositions particulières exigées dans le cadre d une poursuite en thèse (rattachement possible à l Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé et à l Université de Provence Sciences Sociales et Humaines, voire à d autres universités et Ecoles Doctorales au niveau national). L offre de terrains de stage dans l aire géographique marseillaise et la région PACA est très importante. Cependant, comme le public de ce Master sera certainement d origine géographique variée (recrutement national) et afin de faciliter les futures implantations professionnelles des candidats, des règles générales concernant les terrains de stage ont été formulées. Ainsi seront considérés comme validant sous couvert de l acceptation par le chef de service et le Directeur de l IFR : 1. En génétique générale, oncogénétique, neurogénétique et diagnostic prénatal Tous les services hospitalo-universitaires validant pour le DES de génétique clinique, chromosomique et moléculaire ou justifiant d un volume d activité de conseil génétique suffisant (pour l Oncogénétique, les services déclarés assurant une activité au moins de niveau 2, c est-à-dire au moins 200 consultations par an) ou les laboratoires agréés pour l analyse des caractéristiques génétiques des personnes en biologie moléculaire et cytogénétique (après avis de la commission pédagogique et accord du directeur de l UFR s ils sont situés dans d autres villes) 2. Pour les stages spécialisés Toutes les demandes seront examinées individuellement par la commission pédagogique, en fonction du pourcentage de leur activité orientée vers la génétique, la médecine prédictive ou le dépistage et la prévention. L aspect relationnel avec les patients des différents stages spécialisés sera également considéré : éducation, aspects psychologiques En fonction du parcours professionnel, des stages spécialisés non indiqués dans la liste précédente pourront au cas par cas être considérés par l équipe pédagogique et après signature d une convention, en particulier des stages à l étranger (projets européens de collaboration).

18 de la MENTION, des SPECIALITES, des OPTIONS (le cas échéant) Décrire en 10 lignes minimum Ne pas oublier de préciser le positionnement de la formation dans le contexte régional, national, international (le cas échéant) OBJECTIFS DE LA MENTION«PATHOLOGIE HUMAINE» Les objectifs de la mention «Pathologie Humaine» du domaine «Sciences de la Santé» consistent en la formation à la recherche biomédicale des étudiants scientifiques et des étudiants issus des filières de Santé (civile et militaire). Elle comporte également une formation professionnelle qui envisage la formation vers les nouveaux métiers de la santé tels que le conseil en génétique et la médecine prédictive. Cette formation transdisciplinaire par essence est indispensable pour répondre aux nouveaux enjeux de santé tels que les maladies infectieuses, les maladies génétiques, le cancer, les effets de l environnement sur la santé et les conséquences sanitaires des bouleversements géopolitiques (bioterrorisme, pollution). La formation à la recherche biomédicale passe par une formation à la recherche clinique qui est déficitaire en France. Les nouveaux outils de diagnostic et de traitement nécessitent une formation spécifique des professionnels de santé. Pour atteindre ces objectifs, la mention «Pathologie Humaine» a regroupé 4 anciens DEA et une spécialité d un projet de mention co-habilitée avec l université Montpellier I. Les DEA regroupés comprennent : Oncologie, Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales (membres de l Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé, ED 62), Biosciences de l Environnement et de la Santé (membre de l Ecole Doctorale des Sciences de l Environnement ED 251) et Physiologie intégrée en conditions extrêmes (cohabilité avec Lyon). Par ailleurs, une des particularités de la mention en création est d intégrer la génétique médicale et la génomique fonctionnelle parmi ses spécialités. Jusqu à ce jour aucune offre spécifique de formation en DEA n était disponible dans cette discipline sur Marseille. Seul le DEA de Biologie des Eucaryotes avec un module de génétique humaine était proposé. Les avancées scientifiques et médicales récentes comme l implication de nombreuses unités de recherche dans le domaine de la génomique, que ce soit sur le plan thématique ou des approches technologiques, rendent aujourd hui nécessaire de développer une spécialité à part entière dans ce domaine et de proposer une offre d enseignement permettant d en développer tous les aspects. Le flux d étudiants issus du pôle santé combiné à celui des étudiants issus du pôle sciences devrait représenter un effectif annuel global de 30 étudiants pour cette seule spécialité. L activité des anciens DEA en terme de formation des étudiants scientifiques et des étudiants issus des filières de santé ainsi qu en terme d insertion professionnelle garantissent la faisabilité du projet actuel. En particulier, les anciens DEA n ont cessé d exercer un pouvoir attractif sur les étudiants scientifiques et de santé tant au niveau local qu au niveau national. Ils se sont appuyés sur une politique de formation rigoureuse qui a équilibré la situation de l offre de formation entre l UFR de Médecine et les UFR de Sciences. Ainsi, au cours du dernier contrat quadriennal, 253 DEA ont été attribués, 68 Thèses d Université soutenues et 33 allocations de Thèse ont été obtenues auprès des Ecoles Doctorales. Cette formation de recherche s appuie sur 3 IFR (IFR 48 : Pathologies Transmissibles et Pathologies

19 Infectieuses Tropicales, directeur : D. Raoult ; IFR 57 : Cancérologie et Immunologie, directeur : D. Olive ; IFR 125 : Institut de Physiopathologie Humaine de Marseille, IPHM, directeur : M. Fontes). Ces trois IFR dont l ancrage se fait exclusivement ou majoritairement sur les sites de la représentent un potentiel de formation par la recherche de premier plan tant au niveau de la région marseillaise qu au niveau national. L IFR 48 constitue ainsi la plus grosse entité (hors Institut Pasteur) en terme de production scientifique lisible dans le domaine des maladies infectieuses (452 publications dont 10 publications originales dans des journaux d impact supérieur à 15 sur la période ). L'IFR 125 (IPHM) est le seul IFR multidisciplinaire de site de Marseille. Il est constitué de 27 laboratoires et services cliniques (34 équipes d accueil); 187 HDR y sont affiliés. Il regroupe des pôles d'excellence dans la pathologie cardio-vasculaire et la nutrition, les maladies génétiques, la pathologie neuro-musculaire. Quant à sa production scientifique, elle est de 764 articles originaux publiés lors du dernier plan quadriennal, dont 20 articles dans des revues dont le facteur d impact est supérieur à 10 et 8 articles dans des revues avec un impact supérieur à 20. Le développement d un effort national dans le domaine de la Cancérologie se traduit par l identification de Cancéropôles. Ces Cancéropôles dont le Cancéropôle de PACA dirigé par le Pr. D. Maraninichi ont pour vocation d intégrer aspects hospitaliers, recherche fondamentale et industrielle et offre d enseignement. L identification d une spécialité «Oncologie : Pharmacologie et Thérapeutique» permet de structurer cette offre et d identifier pour nos étudiants des domaines intégrés importants tant pour les UFR de Sciences que de Médecine et Pharmacie. Un ensemble de laboratoires nationaux et européens complète l offre de formation. En s appuyant sur cet ensemble, la mention «Pathologie Humaine» se hisse au niveau des mentions fortes de l EDSV 62. La présence de quatre spécialités correspond à la réalité des laboratoires et IFR sous-jacents et au besoin de lisibilité pour les étudiants extérieurs à la Région Marseillaise qui désirent se spécialiser dans une des spécialités de la mention. Une politique d uniformisation qui gommerait les spécialités pénaliserait l offre de formation locale et ne favoriserait pas la mobilité. La promotion de la mobilité comme instrument de la formation des étudiants se traduira par le rejet de toute politique autarcique de formation. Le Comité de Pilotage de la mention «Pathologie Humaine» analysera avec le plus grand soin les candidatures locales et nationales des étudiants ayant effectué une partie de leur parcours de première année dans une autre mention. Ce brassage permanent, allié aux modules mis en commun avec d autres mentions, sera un des fondements de la mention «Pathologie Humaine» et assurera sa pleine mission dans l évolution du domaine Sciences de la Santé. La dimension professionnelle de la mention «Pathologie Humaine» est un aspect important de son attractivité et de la qualité de l offre de formation à Marseille et renforce les possibilités d insertion professionnelle des étudiants de cette mention, qui était déjà satisfaisante. La création de postes de conseiller en Génétique et Médecine Prédictive reflète un besoin par la mise en place d équipes plurisdisciplinaires où ces conseillers ont un rôle à jouer. Elle atteste d une volonté nationale comme en témoignent les dispositions légales destinées à encadrer cette pratique. L existence d une spécialité

20 professionnelle «Conseil en Génétique et Médecine Prédictive» et d une spécialité recherche «Génomique et Santé» traduit la volonté de la mention «Pathologie Humaine» de mettre en commun des expertises (modules mutualisés), de brasser des cultures scientifiques différentes afin de répondre aux enjeux de santé de demain. SPECIALITE «ONCOLOGIE : PHARMACOLOGIE ET THERAPEUTIQUE» Place de la spécialité dans l offre locale, régionale, nationale Cette spécialité intègre Biologie, Pharmacologie et Thérapeutique, notamment à travers l expérience des médicaments innovants par identification de leurs cibles d action à l échelle cellulaire et moléculaire, que ces molécules soient issues de la chimie ou des biotechnologies. De plus, l intervention biologique en thérapeutique peut dépasser l utilisation isolée de molécules biologiques produites ex vivo pour inclure l utilisation thérapeutique de produits cellulaires, éventuellement génétiquement modifiés, dotant ces cellules de nouvelles propriétés. Quatre axes sont développés dans cette formation. 1 - L analyse des cibles cellulaires et moléculaires d action des médicaments : Biologie et Pharmacologie Cellulaire. 2 - L interface de la Biologie et de la Thérapeutique : Pharmacocinétique, Biothérapie et Thérapies émergentes. 3 - Les nouvelles voies diagnostiques et critères de jugement apportés par les nouvelles techniques biologiques. 4 - L intégration des contraintes réglementaires et économiques de la Recherche et Développement dans le champ des Thérapeutiques Innovantes. L Oncologie constitue un modèle interdisciplinaire situé à l interface de la Santé et des Sciences. Les développements des connaissances dans le domaine de la Biologie imposent de créer des enseignements associant partenaires de la Santé et des Sciences. Ce partenariat apparaît à trois niveaux dans nos objectifs : - par le public qui correspond aux Médecins, Pharmaciens, étudiants issus des filières scientifiques et des sciences de l Ingénieur. Actuellement, le recrutement se répartit entre 60% d étudiants issus des filières de Santé et 40% d étudiants scientifiques - par les enseignants, les médecins et les chercheurs experts dans le domaine de la biologie et de la santé dans ses aspects tournés vers l innovation thérapeutique. Ces enseignants sont sélectionnés pour leur capacité pédagogique et leurs compétences reconnues dans la Recherche - enfin, par l enseignement qui fait appel aux concepts et aux techniques les plus innovantes de la biologie et des disciplines de Santé. Les étudiants seront formés par la Recherche dans le cadre de laboratoires labellisés et reconnus pour leur excellence dans les domaines de la cancérologie, de la pharmacologie, de la génétique, des biothérapies et

21 de l immunologie. Cet enseignement intégrera des stages et cours dans des instituts européens acteurs des progrès dans le domaine des thérapies innovantes ainsi que dans l industrie biomédicale. Ces stages prépareront les étudiants à leur insertion professionnelle dans le tissu bio-économique national et européen. Le cursus des étudiants sera organisé et suivi par une équipe pédagogique professionnelle qui participera à toutes les étapes de leur formation théorique et de recherche. Enfin, cet enseignement apportera une formation spécifique aux futurs cadres des professions de Santé qui favoriseront leur insertion dans les structures de Santé. SPECIALITE «MALADIES TRANSMISSIBLES ET PATHOLOGIES TROPICALES» Place de la spécialité dans l offre locale, régionale, nationale La spécialité «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» a pour objectif de développer un enseignement intégré, centré autour de paradigmes infectieux afin de jeter les bases d'un approfondissement conceptuel des maladies infectieuses face aux enjeux représentés par l'émergence de nouvelles maladies infectieuses, le renouveau de certaines autres, les résistances aux agents antiinfectieux et le risque du bioterrorisme. Elle est donc naturellement à l interface de disciplines fondamentales telles que la Microbiologie, l Immunologie et la Bio-informatique et de disciplines appliquées telles que l Epidémiologie et la Recherche Clinique. L évolution des connaissances dans le domaine des maladies infectieuses amène les futurs acteurs de cette recherche à s ouvrir à des champs nouveaux de connaissance et à maîtriser les outils génomiques, protéomiques et informatiques. La création du DEA «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» en 1997 a été le résultat d une démarche commune de l IFR48, du Service de Santé des Armées et de l Association des Professeurs de Pathologies Infectieuses et Tropicales (APPIT) renommée depuis Collège des Universitaires des Maladies Infectieuses et Tropicales (CMIT). C est ainsi que le programme d enseignement et l évaluation des étudiants sont faits en commun. Le DEA «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» a eu un succès grandissant auprès des étudiants locaux, nationaux et d outre-mer. Le bilan du DEA en est le témoignage : 1 - le nombre de demandes d information n a cessé de croître depuis 1997 passant de 50 la première année à 450 en le nombre de diplômes de DEA délivrés a été de 117 se répartissant en 54% d étudiants de filière Santé, 40% d étudiants scientifiques et 6% d étudiants étrangers hors UE 3 - au sein des diplômés de la filière Santé, 30% sont des médecins infectiologues français et d expression française, ce qui souligne l importance de cette formation pour le cursus des médecins infectiologues français

22 4 - plus de 50% des DEA diplômés ont continué en Thèse d Université conduisant à la délivrance de 27 Thèses d Université se répartissant en 54% d étudiants des filières de Santé et 46% d étudiants scientifiques 5 - toutes les Thèses se sont déroulées dans le cadre de financements publics ou associatifs, et le nombre d allocations ministérielles de recherche attribuées par l Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé a été de l originalité de cette formation par la recherche a été la mise en contact d étudiants issus de formations et de cultures différentes permettant une meilleure sensibilisation aux divers aspects des maladies infectieuses soit au sein des enseignements du DEA «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» soit par la mise en commun de modules d enseignement au sein de l Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé avec les DEA d Immunologie et de Microbiologie. Cette politique sera amplifiée grâce à l organisation transdisciplinaire du master. La spécialité «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» a des caractéristiques spécifiques qui en font son originalité. L engagement du CMIT s y manifeste par l organisation de modules transdisciplinaires, «Méthodologie de l Evaluation des Thérapeutiques Anti-Infectieuses (C. Leport, Paris), «Sepsis sévère» (G. Beaucaire, Lille), «Infection et Immunodépression» (J-L Vildé, Paris), et «Vaccinologie» (D. Salmon, Paris). Les universitaires infectiologues utilisent largement cette structure pour la formation de leurs élèves ; ainsi, 22 DEA ont été attribués à de jeunes médecins infectiologues (sur un total de 117 DEA de 1997 à 2002). Cette politique sera poursuivie au niveau de l enseignement (où le CMIT sera en charge d un module optionnel qui pourra être ouvert à des étudiants extérieurs à la mention «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales») mais également au niveau de l encadrement en stage et dans l évaluation des étudiants. D autre part, l interaction historique avec le Service de Santé des Armées sera maintenue. L Institut de Médecine Tropicale du Service de Santé des Armées (IMTSSA) a coévolué au cours des 7 dernières années avec la formation doctorale. Ceci s est traduit par l encadrement d étudiants civils et le passage de Thèses et d HDR par des personnels militaires. Cette évolution devrait se renforcer pour faire face aux besoins grandissants liés à la professionalisation de l armée qui a tari la source habituelle en étudiants et jeunes praticiens, ce qui rend nécessaire l accès à l enseignement de troisième cycle des personnels militaires. D ailleurs, depuis la création du DEA, un module obligatoire (paludisme) ou transversal (hyperéosinophilie) est assuré par un responsable de l IMTSSA. Cette politique sera continuée au niveau de la mention «Pathologie Humaine». L IMTSSA participera également à la formation par l ouverture de terrains de stage et à l évaluation des étudiants.

23 OBJECTIFS DE LA SPECIALITE «ENVIRONNEMENT ET SANTE» Place de la spécialité dans l offre locale, régionale, nationale Le but de cet enseignement est d acquérir les bases scientifiques nécessaires à la compréhension de l interdépendance entre l homme et son milieu ainsi que les outils indispensables pour la conduite des recherches sur les conséquences potentielles que peuvent avoir les variations et les perturbations de ce milieu, qu elles soient naturelles ou d origine anthropique. L originalité de cet enseignement repose sur : - Une approche intégrée de l homme dans son milieu et de ses moyens d adaptation face aux modifications de ce milieu et des processus pathologiques qui peuvent en découler à l échelle individuelle ou des populations. Un modèle quasi-expérimental correspond aux adaptations aux environnements et conditions dits extrêmes représentés par l'hypoxie, l'hyperbarie, les températures extrêmes, la microgravité, les conditions NBC ainsi que les thérapeutiques instrumentales, dont témoigne le succès du DEA «Physiologie Intégrée en Conditions Extrêmes». - Une approche très actuelle des conséquences des grandes nuisances et pollutions sur la santé humaine : perturbations d origine anthropique ou naturelle des paramètres physiques (rayonnements), chimiques (pollution, émission de composés dans le milieu - sol, eau, atmosphère -), biologiques (exploitation des ressources naturelles vivantes, organismes génétiquement modifiés, maladies infectieuses..). - Une approche multidisciplinaire qui intègre l approche Santé dans l approche plus générale du problème environnemental sous tous ses aspects scientifiques (analyse physique, chimique ou biologique de la perturbation, retentissement sur les écosystèmes, ). Cette approche faisant intervenir des enseignants de plusieurs filières scientifiques est confortée par le succès du DEA multi-filières «Biosciences de l Environnement, Chimie, Environnement et Santé», succès qui ne s est pas démenti dans les 4 filières (santé, chimie, biologie terrestre, biologie marine) qui constituent ce DEA. Grâce à cette approche novatrice, cet enseignement est très original tant sur le plan régional que sur le plan national. Outre son intérêt évident pour les étudiants de la branche Santé (médecins, pharmaciens, odontologistes), le caractère pluridisciplinaire doit intéresser les vétérinaires et les étudiants scientifiques issus des filières de physiologie-biochimie, de biologie des populations ou de chimie qui souhaitent développer et valoriser leurs connaissances en acquérant une approche plus tournée vers la santé humaine.

24 SPECIALITE «GENOMIQUE ET SANTE» Place de la spécialité dans l offre locale, régionale, nationale La spécialité «Génomique et Santé» a pour objectif d accélérer le transfert en milieu médical des outils issus des nouvelles technologies sur les génomes. Elle doit accompagner sur le plan de la formation les efforts faits dans le cadre de Marseille Génopole. La formation des étudiants à la recherche devra se faire en permettant aussi bien à des structures publiques que privées de recherche d accéder aux nouvelles méthodes expérimentales à travers des stages impliquant ces deux secteurs d activité. Cette spécialité associe 3 UFR : la de Marseille (Université de la Méditerranée), la Faculté de Médecine de Montpellier (Université Montpellier I, Porteur de Projet : Jacques D le) et l Etablissement Public Autonome de Nîmes (Porteur de Projet : Philippe Berta). Au sein de l'université de la Méditerranée, l'offre de formation sera issue des différents services universitaires de la de Marseille ayant un intérêt dans le domaine de la génomique et de toutes ses extensions. Par ailleurs, une offre de formation commune avec d'autres masters proposés par l'université de la Méditerranée sera proposée; cette offre concerne essentiellement les aspects liés au développement, à la bioinformatique et à la différenciation cellulaire. La co-habilitation de la mention avec l Université de Montpellier et l'université de Nîmes concerne à la fois l'offre de formation et la possibilité d'effectuer le stage de M2 dans des laboratoires publics et privés hors U II (Biotechnologie). Une partie des enseignements sera commune avec la spécialité professionnelle "Conseil en génétique et en médecine prédictive" coordonnée par les Professeurs H. Sobol et N. Philip. La prévision du nombre d'étudiants admis en première année est de 25 à 35. Ce chiffre s'appuie sur les demandes de formation et d'accueil en laboratoire faites par les étudiants souhaitant s'inscrire au DEA de Biologie des Eucaryotes les années antérieures. Par ailleurs, de nombreux étudiants Français et Européens effectuent chaque année des demandes de formation et d'accueil dans les laboratoires relevant de la spécialité «Génomique et Santé». La création de cette spécialité permettra l'accueil de ces étudiants qui était souvent refusé ou retardé, étant donné le nombre trop restreint de places et le manque d'offres de formation et de laboratoires d'accueil.

25 OBJECTIFS DE LA SPECIALITE «CONSEIL EN GENETIQUE ET EN MEDECINE PREDICTIVE» Place de la spécialité dans l offre locale, régionale, nationale Une réflexion sur les nouveaux métiers en santé et plus particulièrement à propos des conseillers génétiquesa été engagée aux Ministères de la Santé et de l Education Nationale et sous l impulsion du plan Cancer du Président de la République Jacques Chirac. Un rapport a été rédigé par le Pr N. Philip à ce sujet. Par ailleurs, plusieurs projets européens ont abordé ce thème (Programme de formation Leonardo : Dr F. Eisinger ou de recherche : Dr C. Julian-Reynier). Dans cette perspective, plusieurs expériences ont vu le jour à Marseille. Ainsi, des diplômes (DU et CEU d Oncogénétique et pathologies génétiques de l adulte ; Pr H. Sobol et N. Philip), des modules de MSVS de Génétique (Pr N. Philip) et d Oncogénèse et différentiation (Pr L. Xerri) à l UFR de Médecine ou un module de maîtrise de Biologie Cellulaire (Oncologie Génétique : Pr H Sobol) à l UFR de Sciences de Luminy ont récemment été crées dans le cadre de l Université de la Méditerranée. Arguments en faveur de la création de postes de conseiller en génétique et médecine prédictive La génétique est reconnue comme une spécialité médicale en France depuis 1995 alors que cette spécialité existe dans de nombreux autres pays depuis bien plus longtemps. Un DES de génétique médicale a été créé et les internes issus de cette formation s orientent soit vers une filière clinique, chromosomique ou moléculaire. La formation de ces nouveaux spécialistes en génétique médicale et la création récente de postes de praticiens hospitaliers dans les CHU et CHG et de postes de praticiens spécialistes dans les Centres de Lutte Contre le Cancer n ont cependant pas comblé les besoins réels, en particulier dans les domaines non pédiatriques de la génétique. Cette dynamique a même entraîné une augmentation importante du nombre de consultations dans tous les secteurs de la génétique. Des dispositions légales sont venues encadrer cette pratique tels que le décret du 23 juin 2000 (Décret n du 23 juin 2000 et Circulaire DGS n du 11 décembre 2000) fixant les conditions de prescription des examens des caractéristiques génétiques des personnes et l arrêté du 21 Mai 2001 imposant la déclaration d équipes pluridisciplinaires comportant un généticien (Arrêté du 2 mai 2001, JO n 110 du 21 mai 2001). Par ailleurs, il est un autre domaine où le besoin en professionnels de santé en gestion du risque se fait particulièrement sentir. C est celui de la médecine prédictive appliquée aux pathologies multifactorielles où la maîtrise de facteurs de risque est possible et entraîne un changement de l histoire naturelle de la maladie. Il s agit souvent d une combinaison de facteurs de risque environnementaux et génétiques mais non mendéliens : c est la notion de terrain (gènes de susceptibilité contrairement à la prédisposition impliquant des gènes majeurs). Cette carence en personnels formés a plusieurs conséquences dans la pratique clinique. Des cancérologues, des obstétriciens ainsi que d autres spécialistes assurent une grande partie de l activité de conseil en

26 génétique et médecine prédictive. D autre part, certains aspects pourtant essentiels du conseil tels que les approches psychologiques et sociales ainsi que le suivi sont souvent négligés. Il est important de souligner qu un certain nombre d actes de conseil en génétique et médecine prédictive dont les procédures sont standardisées ne relèvent pas réellement d une expertise médicale, même s ils requièrent expérience et formation. Ils ne justifient donc pas le coût d une consultation de spécialiste. Pour répondre à ce besoin, un grand nombre de pays ont décidé de créer un corps professionnel distinct des médecins généticiens et des autres personnels paramédicaux (infirmiers, sages-femmes, psychologues), c est celui des «Genetic counselors» anglosaxons. Ces personnels agissent cependant sous la responsabilité des médecins. Au rôle traditionnel de conseiller en génétique, notre réflexion nous a conduit à associer des compétences proches dans le domaine de la médecine prédictive qui peuvent être assurées par les mêmes personnels conduisant ainsi au concept de conseiller en génétique et en médecine prédictive. Les avantages de cette option sont les suivants : - Répondre à l augmentation de la demande de conseil en génétique tout en réduisant les consultations spécialisées inutiles et en assurant une maîtrise des coûts - Répondre à la demande de conseil en médecine prédictive pour les pathologies fréquentes (pathologies cancéreuses non mendéliennes, cardiovasculaires, endocrinologiques, le diabète et dans le domaine de la nutrition) - Améliorer l accès aux soins dans ces domaines - Permettre aux médecins spécialistes d avoir la disponibilité nécessaire pour assurer au mieux leur fonction et, dans ce champ très mouvant de la médecine, d acquérir des connaissances nouvelles et faire évoluer leur pratique (relations cliniques-tests biologiques-explorations et imagerie). Cette réflexion s inscrit parfaitement dans le cadre des conclusions du rapport Berland sur la démographie médicale (2002). Extrait de ce rapport : «2.3 Vers une évolution des métiers de la santé» : Les chevauchements observés entre activités parmi plusieurs professions de santé constituent des redondances inutiles et des pertes d efficacité auxquelles il convient de remédier. Par ailleurs, au fil du temps les professionnels ont acquis des compétences et des savoir-faire de plus en plus larges les amenant à développer leur pratique sans pour autant confier ou déléguer à d autres professionnels ce qui pouvait l être. Ainsi une pratique médicale qui apparaissait très spécifique il y a 20 ans peut aujourd hui être davantage banalisée, plus systématisée, mieux encadrée rendant l intervention du médecin moins nécessaire.» Estimation des besoins Aux Etats-Unis, pour une population de d habitants, il existe conseillers en génétique. En France, le besoin est donc de 300 conseillers exerçant dans des services de génétique, auxquels il faudrait ajouter 700 conseillers exerçant dans des services non spécialisés en génétique (cardiovasculaire, nutrition, diabète et endocrinologie...) dans le domaine de la médecine prédictive. La formation de 60

27 personnes tous les ans permettrait de couvrir les besoins pour les 15 prochaines années. En conséquence, si l on considère des promotions de 20 à 30 personnes, il serait nécessaire de créer de 2 à 3 diplômes de ce type en France pour répondre aux besoins.

28 EQUIPE PEDAGOGIQUE Composition de l équipe de pilotage pédagogique* Nom, prénom MEGE Jean-Louis MARANINCHI Dominique BROUQUI Philippe JAMMES Yves GROB Jean-Jacques LEVY Nicolas PHILIP Nicole SOBOL Hagay RAOULT Didier OLIVE Daniel FONTES Michel BERNARD Jean-Paul BERBIS Philippe Qualité PU-PH PU-PH PU-PH PU-PH PU-PH PU-PH PU-PH PU PU-PH PU-PH PU-PH PU-PH PU-PH Etablissement de rattachement ou entreprise Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Université Méditerranée Section CNU, le cas échéant * l équipe de pilotage pédagogique est garante des objectifs, responsable des parcours, responsable des équivalences. Elle est plus restreinte que l équipe pédagogique qui rassemble l ensemble des enseignants du diplôme. Composition de l équipe pédagogique Section CNU, le Nom, prénom Qualité Etablissement de rattachement ou entreprise cas échéant Mege Jean-Louis PU-PH, Mention Université Méditerranée Maraninchi Dominique PU-PH, Sp. Oncologie Université Méditerranée PU-PH, Sp Maladies Brouqui Philippe Transmissibles Université Méditerranée Jammes Yves PU-PH, Sp Environnement et Santé Université Méditerranée Grob Jean-Jacques PU-PH, Sp Environnement et Santé Université Méditerranée Levy Nicolas PU-PH, Sp Génomique et Santé Université Méditerranée Philip Nicole PU-PH, Sp Conseil en Génétique Université Méditerranée Sobol Hagay PU, Sp Conseil en Génétique Université Méditerranée Raoult Didier PU-PH, IFR48 Université Méditerranée Olive Daniel PU-PH, IFR57 Université Méditerranée Fontes Michel PU-PH, IFR125 Université Méditerranée Drancourt Michel PU-PH Université Méditerranée De Micco Philippe PU-PH Université Méditerranée Grau Georges PU Université Méditerranée La Scola Bernard PU-PH Université Méditerranée Parzy Daniel Spécialiste SSA Université Méditerranée Bernard Jean-Paul PU-PH Université Méditerranée Bruguerolle Bernard PU-PH Université Méditerranée De Lamballerie Xavier MCU-PH Université Méditerranée Pisano Pascale PU-PH Université Méditerranée Leport Catherine PU-PH Université Paris-VII 45-03

29 Dutour-Meyer Anne PU-PH Université Méditerranée Charpiot Philippe PU Université Méditerranée Vialettes Bernard PU-PH Université Méditerranée Bernard Dominique PU-PH Université Méditerranée Harlé Jean-Robert PU-PH Université Méditerranée Cau Pierre PU-PH Université Méditerranée Fieschi Marius PU-PH Université Méditerranée Claverie Jean-Michel DR Université Méditerranée Houvenaeghel Gilles PU-PH Université Méditerranée Botta Alain PU-PH Université Méditerranée Braguer Diane PU-PH Université Méditerranée Vervloet Daniel PU-PH Université Méditerranée Lacarelle Bruno PU-PH Université Méditerranée Szepetowski Pierre DR Université Méditerranée Delpierre Stéphane MCU-PH Université Méditerranée Grimaud Jean-Charles PU-PH Université Méditerranée Xerri Luc PU-PH Université Méditerranée Briand Claudette PU-PH Université Méditerranée Blaise Didier PU-PH Université Méditerranée Chabannon Christian PH-IPC Université Méditerranée Morange Pierre MCU-PH Université Méditerranée Moncla Anne PU-PH Université Méditerranée Eisinger François PU Université Méditerranée Dessein Alain PU-PH Université Méditerranée Delmont Jean PU-PH Université Méditerranée Sampol José PU-PH Université Méditerranée Dignat Françoise PU-PH Université Méditerranée Bongrand Pierre PU-PH Université Méditerranée Peyrot Vincent PU Université Méditerranée Pour chaque membre de l'équipe de formation, préciser les trois productions jugées les plus significatives parmi les plus récentes (publications, brevets, manuels et didacticiels, action et réalisation dans le domaine de la culture scientifique, etc ) PUBLICATIONS LES PLUS SIGNIFICATIVES MEGE JL - Capo C, Moynault A, Collette Y, Olive D, Brown EJ, Raoult D, Mege JL. Coxiella burnetii avoids macrophage phagocytosis by interfering with spatial distribution of complement receptor 3. J Immunol 2003, 170: Dellacasagrande J, Ghigo E, Raoult D, Capo C, Mege JL. IFN-γ-induced apoptosis and microbicidal activity in monocytes harboring the intracellular bacterium Coxiella burnetii require membrane TNF and homotypic cell adherence. J Immunol 2002, 169: Ghigo E, Capo C, Tung CH, Raoult D, Gorvel JP, Mege JL. Coxiella burnetii survival in THP-1 monocytes involves the impairment of phagosome maturation: IFN-γ mediates its restoration and bacterial killing. J Immunol 2002, 169:

30 MARANINCHI D - Blaise DP, Bay JO, Faucher C, Michallet M, Boiron JM, Choufi B, Cahn JY, Gratecos N, Sotto JJ, Francois S, Fleury J, Mohty M, Chabannon C, Bilger K, Gravis G, Viret F, Braud AC, Bardou VJ, Maraninchi D, Viens P. Reduced-intensity preparative regimen and allogeneic stem cell transplantation for advanced solid tumors. Blood 2004, 103: Mohty M, Bay JO, Faucher C, Choufi B, Bilger K, Tournilhac O, Vey N, Stoppa AM, Coso D, Chabannon C, Viens P, Maraninchi D, Blaise D. Graft-versus-host disease following allogeneic transplantation from HLA-identical sibling with antithymocyte globulin-based reduced-intensity preparative regimen. Blood 2003, 102: Blaise D, Faucher C, Vey N, Caraux J, Maraninchi D, Chabannon C. Rescue of haemopoiesis by a combination of growth factors including stem-cell factor. Lancet 2000, 356: BROUQUI P - Rolain JM, Foucault C, Guieu R, La Scola B, Brouqui P, Raoult D. Bartonella quintana in human erythrocytes. Lancet 2002, 360: Raoult D, Foucault C, Brouqui P. Infections in the homeless. Lancet Infect Dis 2001, 1: Raoult D, Houpikian P, Tissot Dupont H, Riss JM, Arditi-Djiane J, Brouqui P. Treatment of Q fever endocarditis: comparison of 2 regimens containing doxycycline and ofloxacin or hydroxychloroquine. Arch Intern Med 1999, 159: JAMMES Y - Jammes Y, Delvolgo-Gori MJ, Badier M, Guillot C, Gagazian G, Parlenti L. One year occupational exposure to a cold environment alters lung function. Arch Environ Health 2002, 57: Caquelard F, Burnet H, Tagliarini F, Cauchy E, Richalet JP, Jammes Y. Effects of prolonged hypobaric hypoxia on human skeletal muscle function and electromyographic events. Clin Sci 2000, 98: Fontanari P, Burnet H, Zattara-Hartmann MC, Jammes Y. Changes in airway resistance induced by nasal inhalation of cold dry, dry or moist air in normal individuals. J Appl Physiol 1996, 81: GROB JJ - Naldi L, Svensson A, Diepgen T, Elsner P, Grob JJ, Coenraads PJ, Bavinck JN, Williams H. European Dermato-Epidemiology Network. Randomized clinical trials for psoriasis : the EDEN survey. J Invest Dermatol 2003, 120: Andreani V, Richard MA, Blaise D, Gouvernet J, Grob JJ. Naevi in allogeneic bone marrow transplantation recipients: the effect of graft-versus-host disease on naevi. Br J Dermatol 2002, 147: Valery C, Grob JJ, Verrando P. Identification by cdna microarray technology of genes modulated by artificial ultraviolet radiation in normal human melanocytes: relation to melanocarcinogenesis. J Invest Dermatol 2001, 117: LEVY N - De Sandre-Giovannoli A, Bernard R, Cau P, Navarro C, Amiel J, Boccaccio I, Lyonnet S, Stewart CL, Munnich A, Le Merrer M, Levy N. Lamin a truncation in Hutchinson-Gilford progeria. Science 2003, 300: De Sandre-Giovannoli A, Chaouch M, Kozlov S, Vallat JM, Tazir M, Kassouri N, Szepetowski P, Hammadouche T, Vandenberghe A, Stewart CL, Grid D, Levy N. Homozygous defects in LMNA, encoding lamin A/C nuclear-envelope proteins, cause autosomal recessive axonal neuropathy in human (Charcot-Marie-Tooth disorder type 2) and mouse. Am J Hum Genet 2002, 70: Erratum Am J Hum Genet 2002, 70: Bernard R, Labelle V, Negre P, Tardieu S, Azulay JP, Malzac P, Mattei JF, Leguern E, Philip N, Levy N. Prenatal detection of a 17p11.2 duplication resulting from a rare recombination event and novel PCRbased strategy for molecular identification of Charcot-Marie-Tooth disease type 1A. Eur J Hum Genet 2000, 8:

31 PHILIP N - Scimeca JC, Quincey D, Parrinello H, Romatet D, Grosgeorge J, Gaudrey P, Philip N, Fischer A, Carle GF. Novel mutations in the TCIRG1 gene encoding the α3 subunit of the vacuolar proton pump in patients affected by infantile malignant osteopetrosis. Hum Mutat 2003, 21: Amiel J, Espinosa-Parrilla Y, Steffann J, Gosset P, Pelet A, Prieur M, Boute O, Choiset A, Lacombe D, Philipp N, Le Merrer M, Tanaka H, Till M, Touraine R, Toutain A, Vekemans M, Munnich A, Lyonnet S. Large-scale deletions and SMADIP1 truncated mutations in syndromic Hirschsprung disease with involvement of midline structures. Am J Hum Genet 2001, 69: Missirian C, Moncla A, Voelckel, Ravix V, Philip N. Fragile X syndrome and 22q11.2 microdeletion in the same sibship. Am J Med Genet 2000, 95: SOBOL H - Sevilla C, Julian-Reynier C, Eisinger F, Stoppa-Lyonnet D, Bressac-de Paillerets B, Sobol H, Moatti JP. Impact of gene patents on the cost-effective delivery of care: the case of BRCA1 genetic testing. Int J Technol Assess Health Care 2003, 19: Sevilla C, Moatti JP, Julian-Reynier C, Eisinger F, Stoppa-Lyonnet D, Bressac-de Paillerets B, Sobol H. Testing for BRCA1 mutations: a cost-effectiveness analysis. Eur J Hum Genet 2002, 10: Bertucci F, Eisinger F, Tagett R, Sobol H, Birnbaum D. Re: Gene expression profiles of BRCA1-linked, BRCA2-linked, and sporadic ovarian cancers. J Natl Cancer Inst 2002, 94: RAOULT D - Dumler JS, Baisden BL, Yardley JH, Raoult D. Immunodetection of Tropheryma whipplei in intestinal tissues from Dr. Whipple's 1907 patient. N Engl J Med 2003, 348: La Scola B, Audic S, Robert C, Jungang L, de Lamballerie X, Drancourt M, Birtles R, Claverie JM, Raoult D. A giant virus in amoebae. Science 2003, 299: Ogata H, Audic S, Renesto-Audiffren P, Fournier PE, Barbe V, Samson D, Roux V, Cossart P, Weissenbach J, Claverie JM, Raoult D. Mechanisms of evolution in Rickettsia conorii and R. prowazekii. Science 2001, 293: OLIVE D - Montoya MC, Sancho D, Bonello G, Collette Y, Langlet C, He HT, Aparicio P, Alcover A, Olive D, Sanchez-Madrid F. Role of ICAM-3 in the initial interaction of T lymphocytes and APCs. Nat Immunol 2002, 3: Cerdan C, Serfling E, Olive D. The C-class chemokine, lymphotactin, impairs the induction of Th1 type lymphokines in human CD4 + T cells. Blood 2000, 96: Yang WC, Collette Y, Nunes JA, Olive D. Tec kinases: a family with multiple roles in immunity. Immunity 2000, 12: FONTES M - Robaglia-Schlupp A, Pizant J, Norreel JC, Passage E, Saberan-Djoneidi D, Ansaldi JL, Vinay L, Figarella- Branger D, Levy N, Clarac F, Cau P, Pellissier JF, Fontes M. PMP22 overexpression causes dysmyelination in mice. Brain 2002, 125: Villard L, Levy N, Xiang F, Kpebe A, Labelle V, Chevillard C, Zhang Z, Schwartz CE, Tardieu M, Chelly J, Anvret M, Fontes M. Segregation of a totally skewed pattern of X chromosome inactivation in four familial cases of Rett syndrome without MECP2 mutation: implications for the disease. J Med Genet 2001, 38: Lossi AM, Millan JM, Villard L, Orellana C, Cardoso C, Prieto F, Fontes M, Martinez F. Mutation of the XNP/ATR-X gene in a family with severe mental retardation, spastic paraplegia and skewed pattern of X inactivation: demonstration that the mutation is involved in the inactivation bias. Am J Hum Genet 1999, 65: DRANCOURT M - Raoult D, Ogata H, Audic S, Robert C, Suhre K, Drancourt M, Claverie JM. Tropheryma whipplei Twist: a human pathogenic Actinobacteria with a reduced genome. Genome Res 2003, 13:

32 - Raoult D, Aboudharam G, Crubezy E, Larrouy G, Ludes B, Drancourt M. Molecular identification by "suicide PCR" of Yersinia pestis as the agent of medieval black death. Proc Natl Acad Sci USA 2000, 97: Drancourt M, Aboudharam G, Signoli M, Dutour O, Raoult D. Detection of 400-year-old Yersinia pestis DNA in human dental pulp: an approach to the diagnosis of ancient septicemia. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95: DE MICCO P - Cantaloube JF, Biagini P, Attoui H, Gallian P, de Micco P, de Lamballerie X. Evolution of hepatitis C virus in blood donors and their respective recipients. J Gen Virol 2003, 84: Charrel RN, de Lamballerie X, Durand JP, Gallian P, Attoui H, Biagini P, De Micco P. Prevalence of antibody against West Nile virus in volunteer blood donors living in southeastern France. Transfusion 2001, 41: Biagini P, Gallian P, Attoui H, Touinssi M, Cantaloube J, de Micco P, de Lamballerie X. Genetic analysis of full-length genomes and subgenomic sequences of TT virus-like mini virus human isolates. J Gen Virol 2001, 82: GRAU G - Hunt NH, Grau GE. Cytokines: accelerators and brakes in the pathogenesis of cerebral malaria. Trends Immunol 2003, 24: Grau GE, Mackenzie CD, Carr RA, Redard M, Pizzolato G, Allasia C, Cataldo C, Taylor TE, Molyneux ME. Platelet accumulation in brain microvessels in fatal pediatric cerebral malaria. J Infect Dis 2003, 187: Lou J, Gasche Y, Zheng L, Giroud C, Morel P, Clements J, Ythier A, Grau GE. Interferon-β inhibits activated leukocyte migration through human brain microvascular endothelial cell monolayer. Lab Invest 1999, 79: LA SCOLA B - La Scola B, Boyadjiev I, Greub G, Khamis A, Martin C, Raoult D. Amoeba-resisting bacteria and ventilator-associated pneumonia. Emerg Infect Dis 2003, 9: La Scola B, Audic S, Robert C, Jungang L, de Lamballerie X, Drancourt M, Birtles R, Claverie JM, Raoult D. A giant virus in amoebae. Science 2003, 299: Raoult D, La Scola B, Lecocq P, Lepidi H, Fournier PE. Culture and immunological detection of Tropheryma whippelii from the duodenum of a patient with Whipple disease. JAMA 2001, 285: PARZY D - Costa FT, Fusai T, Parzy D, Sterkers Y, Torrentino M, Douki JB, Traore B, Petres S, Scherf A, Gysin J. Immunization with recombinant duffy binding-like-γ3 induces pan-reactive and adhesion-blocking antibodies against placental chondroitin sulfate A-binding Plasmodium falciparum parasites. J Infect Dis 2003, 188: Pradines B, Alibert S, Houdoin C, Santelli-Rouvier C, Mosnier J, Fusai T, Rogier C, Barbe J, Parzy D. In vitro increase in chloroquine accumulation induced by dihydroethano- and ethenoanthracene derivatives in Plasmodium falciparum-parasitized erythrocytes. Antimicrob Agents Chemother 2002, 46: Dorin D, Alano P, Boccaccio I, Ciceron L, Doerig C, Sulpice R, Parzy D, Doerig C. An atypical mitogenactivated protein kinase (MAPK) homologue expressed in gametocytes of the human malaria parasite Plasmodium falciparum. Identification of a MAPK signature. J Biol Chem 1999, 274: BERNARD JP - Desjeux A, Barthet M, Barthellemy S, Dagorn JC, Hastier P, Heresbach D, Bernard JP, Grimaud JC. Serum measurements of pancreatitis associated protein in active Crohn's disease with ileal location. Gastroenterol Clin Biol 2002, 26: Heyries L, Barthet M, Delvasto C, Zamora C, Bernard JP, Sahel J. Long-term results of endoscopic management of pancreas divisum with recurrent acute pancreatitis. Gastrointest Endosc 2002, 55: Cerini C, Peyrot V, Garnier C, Duplan L, Veesler S, Le Caer JP, Bernard JP, Bouteille H, Michel R, Vazi A, Dupuy P, Michel B, Berland Y, Verdier JM. Biophysical characterization of lithostathine. Evidences for

33 a polymeric structure at physiological ph and a proteolysis mechanism leading to the formation of fibrils. J Biol Chem 1999, 274: BRUGUEROLLE B - Simon N, Morin C, Urien S, Tillement JP, Bruguerolle B. Tacrolimus and sirolimus decrease oxidative phosphorylation of isolated rat kidney mitochondria. Br J Pharmacol 2003, 138: Jamon M, Maloum I, Riviere G, Bruguerolle B. Air-stepping in neonatal rats: A comparison of L-dopa injection and olfactory stimulation. Behav Neurosci 2002, 116: Micallef J, Soubrouillard C, Guet F, Le Guern ME, Alquier C, Bruguerolle B, Blin O. A double blind parallel group placebo controlled comparison of sedative and amnesic effects of etifoxine and lorazepam in healthy subjects. Fundam Clin Pharmacol 2001, 15: DE LAMBALLERIE X - Charrel RN, Abboud M, Durand JP, Brouqui P, De Lamballerie X. Dual infection by dengue virus and Shigella sonnei in patient returning from India. Emerg Infect Dis 2003, 9: Cochrane A, Searle B, Hardie A, Robertson R, Delahooke T, Cameron S, Tedder RS, Dusheiko GM, De Lamballerie X, Simmonds P. A genetic analysis of hepatitis C virus transmission between injection drug users. J Infect Dis 2002, 186: Tolou HJ, Couissinier-Paris P, Durand JP, Mercier V, de Pina JJ, de Micco P, Billoir F, Charrel RN, de Lamballerie X. Evidence for recombination in natural populations of dengue virus type 1 based on the analysis of complete genome sequences.j Gen Virol 2001, 82: PISANO P - Velly LJ, Guillet BA, Masmejean FM, Nieoullon AL, Bruder NJ, Gouin FM, Pisano PM. Neuroprotective effects of propofol in a model of ischemic cortical cell cultures: role of glutamate and its transporters. Anesthesiology 2003, 99: Guillet B, Lortet S, Masmejean F, Samuel D, Nieoullon A, Pisano P. Developmental expression and activity of high affinity glutamate transporters in rat cortical primary cultures. Neurochem Int 2002, 40: Blin O, Simon N, Jouve E, Habib M, Gayraud D, Durand A, Bruguerolle B, Pisano P. Pharmacokinetic and pharmacodynamic analysis of sedative and amnesic effects of lorazepam in healthy volunteers. Clin Neuropharmacol 2001, 24: LEPORT C - Chene G, Sterne JA, May M, Costagliola D, Ledergerber B, Phillips AN, Dabis F, Lundgren J, D Arminio Monforte A, de Wolf F, Hogg R, Reiss P, Justice A, Leport C, Staszewski S, Gill J, Fatkenheuer G, Egger ME, Antiretroviral Therapy Cohort Collaboration. Pronostic importance of initial response in HIV-1 infected patients starting potent antiretroviral therapy : analysis of prospective studies. Lancet 2003, 362: Masquelier B, Peytavin G, Leport C, Droz C, Duran S, Verdon R, Besnier JM, Chene G, Raffi F, Brun- Vezinet F, APROCO Study Group. Mechanisms of early virologic failure in antiretroviral-naive patients starting protease inhibitor-containing regimens : the APROVIR Study. J Infect Dis 2002, 186: Lewden C, Raffi F, Cuzin L, Cailleton V, Vilde JL, Chene G, Allavena C, Salamon R, Leport C. Factors associated with mortality in human immunodeficiency virus type 1-infected adults initiating protease inhibitor-containing therapy : role of education level and of early transaminase level elevation (APROCO- ANRS EP11 study). The Antiproreases Cohorte Agence Nationale de Recherches sur le SIDA EP11 study. J Infect Dis 2002, 186: DUTOUR-MEYER A - Briard N, Dadoun F, Pommier G, Sauze N, Lebouc Y, Oliver C, Dutour A. IGF-I/IGFBPs system response to endotoxin challenge in sheep. J Endocrinol 2000, 164: Vuaroqueaux V, Dutour A, Bourhim N, Ouafik L, Monges G, Briard N, Sauze N, Oliver C, Grino M. Increased expression of the mrna encoding the somatostatin receptor subtype five in human colorectal adenocarcinoma. J Mol Endocrinol 2000, 24:

34 - Grino M, Darmon P, Dadoun F, Frachebois C, Velut JG, Boullu S, Dutour A, Oliver C. About the use and misuse of an ACTH 1-39 radioimmunoassay to measure ACTH J Clin Endocrinol Metab 1999, 84: CHARPIOT P - Sabatier F, Darmon P, Hugel B, Combes V, Sanmarco M, Velut JG, Arnoux D, Charpiot P, Freyssinet JM, Oliver C, Sampol J, Dignat-George F. Type 1 and type 2 diabetic patients display different patterns of cellular microparticles. Diabetes 2002, 51: Chopard A, Pons F, Charpiot P, Marini JF. Quantitative analysis of relative protein contents by Western blotting: comparison of three members of the dystrophin-glycoprotein complex in slow and fast rat skeletal muscle. Electrophoresis 2000, 21: Bescond A, Augier T, Chareyre C, Garcon D, Hornebeck W, Charpiot P. Influence of homocysteine on matrix metalloproteinase-2: activation and activity. Biochem Biophys Res Commun 1999, 263: VIALETTES B - Nervi S, Nicodeme S, Gartioux C, Atlan C, Lathrop M, Reviron D, Naquet P, Matsuda F, Imbert J, Vialettes B. No association between lck gene polymorphisms and protein level in type 1 diabetes. Diabetes 2002, 51: Valero R, Baron ML, Guerin S, Beliard S, Lelouard H, Kahn-Perles B, Vialettes B, Nguyen C, Imbert J, Naquet P. A defective NF-κB/RelB pathway in autoimmune-prone New Zealand black mice is associated with inefficient expansion of thymocyte and dendritic cells. J Immunol 2002, 169: Guillausseau PJ, Massin P, Dubois-LaForgue D, Timsit J, Virally M, Gin H, Bertin E, Blickle JF, Bouhanick B, Cahen J, Caillat-Zucman S, Charpentier G, Chedin P, Derrien C, Ducluzeau PH, Grimaldi A, Guerci B, Kaloustian E, Murat A, Olivier F, Paques M, Paquis-Flucklinger V, Porokhov B, Samuel- Lajeunesse J, Vialettes B. Maternally inherited diabetes and deafness: a multicenter study. Ann Intern Med 2001, 134: BERNARD D - Desplat-Jego S, Varriale S, Creidy R, Terra R, Bernard D, Khrestchatisky M, Izui S, Chicheportiche Y, Boucraut J. TWEAK is expressed by glial cells, induces astrocyte proliferation and increases EAE severity.j Neuroimmunol 2002, 133: Escande-Beillard N, David MJ, Portoukalian J, Pouget J, Azulay JP, Bernard D, Boucraut J. A sensitive flow cytometry method for anti-gm1 antibodies detection. J Neuroimmunol 2002, 125: Beeton C, Wulff H, Barbaria J, Clot-Faybesse O, Pennington M, Bernard D, Cahalan MD, Chandy KG, Beraud E. Selective blockade of T lymphocyte K + channels ameliorates experimental autoimmune encephalomyelitis, a model for multiple sclerosis. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98: HARLE JR - Schleinitz N, Bernit E, Harle JR. Severe hemophagocytic syndrome after intravesical BCG instillation. Am J Med 2002, 11: Raoult D, Lepidi H, Harle JR. Tropheryma whipplei circulating in blood monocytes. N Engl J Med 2001, 345: Raoult D, Tissot-Dupont H, Foucault C, Gouvernet J, Fournier PE, Bernit E, Stein A, Nesri M, Harle JR, Weiller PJ. Q fever Clinical and epidemiologic features of 1,383 infections. Medicine 2000, 79: CAU P - De Sandre-Giovannoli A, Bernard R, Cau P, Navarro C, Amiel J, Boccaccio I, Lyonnet S, Stewart CL, Munnich A, Le Merrer M, Levy N. Lamin a truncation in Hutchinson-Gilford progeria. Science 2003, 300: Fraticelli A, Robaglia-Schlupp A, Riera H, Monjanel-Mouterde S, Cau P, Astoul P. Distribution of calibrated talc after intrapleural administration: an experimental study in rats. Chest 2002, 122: Muscatelli F, Abrous DN, Massacrier A, Boccaccio I, Le Moal M, Cau P, Cremer H. Disruption of the mouse Necdin gene results in hypothalamic and behavioral alterations reminiscent of the human Prader- Willi syndrome. Hum Mol Genet 2000, 9:

35 FIESCHI M - Fieschi M, Dufour JC, Staccini P, Gouvernet J, Bouhaddou O. Medical decision support systems: old dilemmas and new paradigms? Methods Inf Med 2003, 42: Fieschi M. Information technology is changing the way society sees health care delivery. Int J Med Inf 2002, 66: Staccini P, Joubert M, Quaranta JF, Aymard S, Fieschi D, Fieschi M. Towards health care process description framework: an XML DTD design. Proc AMIA Symp 2001, CLAVERIE JM - Claverie JM. Gene number. What if there are only 30,000 human genes? Science 2001, 291: Ogata H, Audic S, Renesto-Audiffren P, Fournier PE, Barbe V, Samson D, Roux V, Cossart P, Weissenbach J, Claverie JM, Raoult D. Mechanisms of evolution in Rickettsia conorii and R. prowazekii. Science 2001, 293: Claverie JM. Do we need a huge new centre to annotate the human genome? Nature 2000, 403:12. HOUVENAEGHEL G - Mokart D, Capo C, Blache JL, Delpero JR, Houvenaeghel G, Martin C, Mege JL. Early postoperative compensatory anti-inflammatory response syndrome is associated with septic complications after major surgical trauma in patients with cancer. Br J Surg 2002, 89: Resbeut M, Fondrinier E, Fervers B, Haie-Meder C, Bataillard A, Lhomme C, Asselain B, Basuyau JP, Bremond A, Castaigne D, Dubois JB, Houvenaeghel G, Lartigau E, Leblanc E, Sastre-Garaud X, Ternier F, Guastalla JP, Chauvergne J; French National Federation of Cancer (FNCLCC). Carcinoma of the cervix. Br J Cancer 2001, 84 Suppl 2: Bertucci F, Viens P, Delpero JR, Bardou VJ, Faucher C, Houvenaeghel G, Maraninchi D. High-dose melphalan-based chemotherapy and autologous stem cell transplantation after second look laparotomy in patients with chemosensitive advanced ovarian carcinoma: long-term results. Bone Marrow Transplant 2000, 26:61-7. BOTTA A - Baciuchka-Palmaro M, Orsiere T, Duffaud F, Sari-Minodier I, Pompili J, Bellon L, De Meo M, Digue L, Favre R, Botta A. Acentromeric micronuclei are increased in peripheral blood lymphocytes of untreated cancer patients. Mutat Res 2002, 520: Sari-Minodier I, Orsiere T, Bellon L, Pompili J, Sapin C, Botta A. Cytogenetic monitoring of industrial radiographers using the micronucleus assay. Mutat Res 2002, 521: Jean S, Bideau C, Bellon L, Halimi G, De Meo M, Orsiere T, Dumenil G, Berge-Lefranc JL, Botta A. The expression of genes induced in melanocytes by exposure to 365-nm UVA: study by cdna arrays and realtime quantitative RT-PCR. Biochim Biophys Acta 2001, 1522: BRAGUER D - Carre M, Andre N, Carles G, Borghi H, Brichese L, Briand C, Braguer D. Tubulin is an inherent component of mitochondrial membranes that interacts with the voltage-dependent anion channel. J Biol Chem 2002, 277: Goncalves A, Braguer D, Kamath K, Martello L, Briand C, Horwitz S, Wilson L, Jordan MA. Resistance to Taxol in lung cancer cells associated with increased microtubule dynamics. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98: Andre N, Braguer D, Brasseur G, Goncalves A, Lemesle-Meunier D, Guise S, Jordan MA, Briand C. Paclitaxel induces release of cytochrome c from mitochondria isolated from human neuroblastoma cells'. Cancer Res 2000, 60: VERVLOET D - Birnbaum J, Ramadour M, Magnan A, Vervloet D. Hymenoptera ultra-rush venom immunotherapy (210 min): a safety study and risk factors. Clin Exp Allergy 2003, 33: Romanet-Manent S, Charpin D, Magnan A, Lanteaume A, Vervloet D; EGEA Cooperative Group. Allergic vs nonallergic asthma: what makes the difference? Allergy 2002, 57:

36 - Magnan A, Marin V, Mely L, Birnbaum J, Romanet S, Bongrand P, Vervloet D. Venom immunotherapy induces monocyte activation. Clin Exp Allergy 2001, 31: LACARELLE B - Solas C, Lafeuillade A, Halfon P, Chadapaud S, Hittinger G, Lacarelle B. Discrepancies between protease inhibitor concentrations and viral load in reservoirs and sanctuary sites in human immunodeficiency virusinfected patients. Antimicrob Agents Chemother 2003, 47: Basso S, Solas C, Quinson AM, Ravaux I, Poizot-Martin I, Bacconier J, Durand A, Lacarelle B. Pharmacokinetic interaction between lopinavir and amprenavir in salvage therapy. J Acquir Immune Defic Syndr 2002, 31: Duran S, Solas C, Spire B, Carrieri MP, Fuzibet JG, Costagliola D, Lacarelle B, Moatti JP; Cohort Manif 2000 Study Group. Do HIV-infected injecting drug users over-report adherence to highly active antiretroviral therapy? A comparison between patients' self-reports and serum protease inhibitor concentrations in the French Manif 2000 cohort study. AIDS 2001, 15: SZEPETOWSKI P - Donaldson MR, Jensen JL, Tristani-Firouzi M, Tawil R, Bendahhou S, Suarez WA, Cobo AM, Poza JJ, Behr E, Wagstaff J, Szepetowski P, Pereira S, Mozaffar T, Escolar DM, Fu YH, Ptacek LJ. PIP(2) binding residues of Kir2.1 are common targets of mutations causing Andersen syndrome. Neurology 2003, 60: Roll P, Massacrier A, Pereira S, Robaglia-Schlupp A, Cau P, Szepetowski P. New human sodium/glucose cotransporter gene (KST1): identification, characterization, and mutation analysis in ICCA (infantile convulsions and choreoathetosis) and BFIC (benign familial infantile convulsions) families. Gene 2002, 285: Caraballo R, Pavek S, Lemainque A, Gastaldi M, Echenne B, Motte J, Genton P, Cersosimo R, Humbertclaude V, Fejerman N, Monaco AP, Lathrop MG, Rochette J, Szepetowski P. Linkage of benign familial infantile convulsions to chromosome 16p12-q12 suggests allelism to the infantile convulsions and choreoathetosis syndrome. Am J Hum Genet 2001, 68: DELPIERRE S - Delpierre S, Delvolgo-Gori MJ, Faucher M, Jammes Y. Assessment of a high prevalence of bronchial hyperresponsiveness in asbestos-exposed workers. Arch Environ Health 2002, 57: Bregeon F., Roch A, Delpierre S, Frevert CW, Ghigo E, Autillo-Touati A, Kajikawa O, Martin TR, Pugin J, Portugal H, Auffray JP, Jammes Y. Conventional mechanical ventilation supports lung inflammatory reaction in healthy rabbits. Respir Physiol Neurobiol 2002, 132: Jammes Y, Delpierre S, Delvolgo MJ, Humbert-Tena C, Burnet H. Long-term exposure of adults to outdoor air-pollution is associated with increased airway obstruction and higher prevalence of bronchial hyper-responsiveness. Arch Environ Health 1998, 53: GRIMAUD JC - Portal I, Bourliere M, Halfon P, De Ledinghen V, Couzigou P, Bernard PH, Blanc F, Caroli-Bosc F, Arpurt JP, Vetter D, Mathieu-Chandelier C, Chazouilleres O, Thiefin G, Pol S, Sogni P, Abergel A, Bailly F, Picon M, Debonne JM, Zamora C, Alleman I, Moreau X, Doll F, Eugene C, Ducloux S, Larrey D, Ouzan D, Grimaud JC, Gouvernet J, Botti G, Gerolami V, Khiri H, Gerolami A, Gauthier AP, Botta- Fridlund D. Retreatment with interferon and ribavirin vs interferon alone according to viraemia in interferon responder-relapser hepatitis C patients: a prospective multicentre randomized controlled study. J Viral Hepat 2003, 10: Desjeux A, Barthet M, Barthellemy S, Dagorn JC, Hastier P, Heresbach D, Bernard JP, Grimaud JC. Serum measurements of pancreatitis associated protein in active Crohn's disease with ileal location. Gastroenterol Clin Biol 2002, 26: Barthet M, Lesavre N, Desjeux A, Gasmi M, Berthezene P, Berdah S, Viviand X, Grimaud JC. Complications of endoscopic sphincterotomy: results from a single tertiary referral center. Endoscopy 2002, 34:991-7.

37 XERRI L - Nunez-Cruz S, Aguado E, Richelme S, Chetaille B, Mura AM, Richelme M, Pouyet L, Jouvin-Marche E, Xerri L, Malissen B, Malissen M. LAT regulates γδ T cell homeostasis and differentiation. Nat Immunol 2003, 4: Devilard E, Bertucci F, Trempat P, Bouabdallah R, Loriod B, Giaconia A, Brousset P, Granjeaud S, Nguyen C, Birnbaum D, Birg F, Houlgatte R, Xerri L. Gene expression profiling defines molecular subtypes of classical Hodgkin's disease. Oncogene 2002, 21: Palmerini F, Devilard E, Jarry A, Birg F, Xerri L. Caspase 7 downregulation as an immunohistochemical marker of colonic carcinoma. Hum Pathol 2001, 32: BRIAND C - Deniau C, Gilli R, Izadi-Pruneyre N, Letoffe S, Delepierre M, Wandersman C, Briand C, Lecroisey A. Thermodynamics of heme binding to the HasA(SM) hemophore: effect of mutations at three key residues for heme uptake. Biochemistry 2003, 42: Laurine E, Lafitte D, Gregoire C, Seree E, Loret E, Douillard S, Michel B, Briand C, Verdier JM. Specific binding of dehydroepiandrosterone to the N terminus of the microtubule-associated protein MAP2. J Biol Chem 2003, 278: Carre M, Andre N, Carles G, Borghi H, Brichese L, Briand C, Braguer D. Tubulin is an inherent component of mitochondrial membranes that interacts with the voltage-dependent anion channel. J Biol Chem 2002, 277: BLAISE D - Ivanov V, Faucher C, Bilger K, Vey N, Sainty D, Calmels B, Chabannon C, Lafage-Pochitaloff M, Mozziconacci MJ, Mohty M, Chrestian MA, Blaise D. Massive ascites of donor T-cell origin in a patient with acute GVHD after a reduced-intensity allograft for CLL. Bone Marrow Transplant 2003, 32: Mohty M, Bay JO, Faucher C, Choufi B, Bilger K, Tournilhac O, Vey N, Stoppa AM, Coso D, Chabannon C, Viens P, Maraninchi D, Blaise D. Graft-versus-host disease following allogeneic transplantation from HLA-identical sibling with antithymocyte globulin-based reduced-intensity preparative regimen. Blood 2003, 102: Blaise D, Faucher C, Vey N, Caraux J, Maraninchi D, Chabannon C. Rescue of haemopoiesis by a combination of growth factors including stem-cell factor. Lancet 2000, 356: CHABANNON C - Belaaloui G, Imbert AM, Bardin F, Tonnelle C, Dubreuil P, Lopez M, Chabannon C. Functional characterization of human CD34 + cells that express low or high levels of the membrane antigen CD111 (nectin 1). Leukemia 2003, 17: Pascal V, Brunet C, Pradel V, Thirion X, Andre P, Faucher C, Sampol J, Dignat-George F, Blaise D, Vivier E, Chabannon C. Analysis of donor NK and T cells infused in patients undergoing MHC-matched allogeneic hematopoietic transplantation. Leukemia 2002, 16: Tonnelle C, Bardin F, Maroc C, Imbert AM, Campa F, Dalloul A, Schmitt C, Chabannon C. Forced expression of the Ikaros 6 isoform in human placental blood CD34 + cells impairs their ability to differentiate toward the B-lymphoid lineage. Blood 2001, 98: MONCLA A - Blanco-Betancourt CE, Moncla A, Milili M, Jiang YL, Viegas-Pequignot EM, Roquelaure B, Thuret I, Schiff C. Defective B-cell-negative selection and terminal differentiation in the ICF syndrome. Blood 2004, 103: Moncla A, Kpebe A, Missirian C, Mancini J, Villard L. Polymorphisms in the C-terminal domain of MECP2 in mentally handicapped boys: implications for genetic counselling. Eur J Hum Genet 2002, 10: Missirian C, Moncla A, Voelckel MA, Ravix V, Philip N. Fragile X syndrome and 22q11.2 microdeletion in the same sibship. Am J Med Genet 2000, 95:

38 EISINGER F - Bouchard L, Blancquaert I, Eisinger F, Foulkes WD, Evans G, Sobol H, Julian-Reynier C. Prevention and genetic testing for breast cancer: variations in medical decisions. Soc Sci Med 2004, 58: Eisinger F, Burke W. Breast cancer and breastfeeding. Lancet 2003, 361: Ginestier C, Charafe-Jauffret E, Bertucci F, Eisinger F, Geneix J, Bechlian D, Conte N, Adelaïde J, Toiron Y, Nguyen C, Viens P, Mozziconacci MJ, Houlgatte R, Birnbaum D, Jacquemier J. Distinct and complementary information provided by use of tissue and DNA microarray in the study of breast tumor markers. Am J Pathol 2002, 161: MORANGE P -Morange PE, Simon C, Alessi MC, Luc G, Arveiler D, Ferrieres J, Amouyel P, Evans A, Ducimetiere P, Juhan-Vague I; PRIME Study Group. Endothelial cell markers and the risk of coronary heart disease: the Prospective Epidemiological Study of Myocardial Infarction (PRIME) study. Circulation 2004, 109: Morange PE, Henry M, Frere C, Juhan-Vague I; HIFMECH study group.thr325iie polymorphism of the TAFI gene does not influence the risk of myocardial infection. Blood 2002, 99: Morange PE, Henry M, Brunet D, Aillaud MF, Juhan-Vague I. Factor XIIIV34L is not an additional genetic risk for venous thrombosis in factor V Leiden carriers. Blood 2001, 97: DESSEIN A - Chevillard C, Moukoko CE, Elwali NE, Bream JH, Kouriba B, Argiro L, Rahoud S, Mergani A, Henri S, Gaudart J, Mohamed-Ali Q, Young HA, Dessein AJ. IFN-γ polymorphisms (IFN-γ and IFN-γ +3810) are associated with severe hepatic fibrosis in human hepatic schistosomiasis (Schistosoma mansoni). J Immunol 2003, 171: Bucheton B, Abel L, Kheir MM, Mirgani A, El-Safi SH, Chevillard C, Dessein A. Genetic control of visceral leishmaniasis in a Sudanese population: candidate gene testing indicates a linkage to the NRAMP1 region. Genes Immun 2003, 4: Mohamed-Ali Q, Elwali NE, Abdelhameed AA, Mergani A, Rahoud S, Elagib KE, Saeed OK, Abel L, Magzoub MM, Dessein AJ. Susceptibility to periportal (Symmers) fibrosis in human Schistosoma mansoni infections: evidence that intensity and duration of infection, gender, and inherited factors are critical in disease progression. J Infect Dis 1999, 180: DELMONT J - Doudier B, Parola P, Dales JP, Linzberger N, Brouqui P, Delmont J. Schistosomiasis as an unusual cause of appendicitis.clin Microbiol Infect 2004, 10: Badiaga S, Barrau K, Parola P, Brouqui P, Delmont J. Contribution of nonspecific laboratory test to the diagnosis of malaria in febrile travelers returning from endemic areas: value of hypocholesterolemia. J Travel Med 2002, 9: Parola P, Ranque S, Badiaga S, Niang M, Blin O, Charbit JJ, Delmont J, Brouqui P. Controlled trial of 3- day quinine-clindamycin treatment versus 7-day quinine treatment for adult travelers with uncomplicated falciparum malaria imported from the tropics. Antimicrob Agents Chemother 2001, 45: SAMPOL J - Dignat-George F, Camoin-Jau L, Sabatier F, Arnoux D, Anfosso F, Bardin N, Veit V, Combes V, Gentile S, Moal V, Sanmarco M, Sampol J. Endothelial microparticles: a potential contribution to the thrombotic complications of the antiphospholipid syndrome. Thromb Haemost 2004, 91: Bardin N, Moal V, Anfosso F, Daniel L, Brunet P, Sampol J, Dignat George F. Soluble CD146, a novel endothelial marker, is increased in physiopathological settings linked to endothelial junctional alteration.thromb Haemost 2003, 90: Dignat-George F, Blann A, Sampol J. Circulating endothelial cells in acute coronary syndromes. Blood 2000, 95:728.

39 DIGNAT-GEORGE F - Sabatier F, Roux V, Anfosso F, Camoin L, Sampol J, Dignat-George F. Interaction of endothelial microparticles with monocytic cells in vitro induces tissue factor-dependent procoagulant activity. Blood 2002, 99: Bardin N, Anfosso F, Masse JM, Cramer E, Sabatier F, Le Bivic A, Sampol J, Dignat-George F. Identification of CD146 as a component of the endothelial junction involved in the control of cell-cell cohesion. Blood 2001, 98: Anfosso F, Bardin N, Vivier E, Sabatier F, Sampol J, Dignat-George F. Outside-in signaling pathway linked to CD146 engagement in human endothelial cells. J Biol Chem 2001, 276: BONGRAND P - Pierres A, Eymeric P, Baloche E, Touchard D, Benoliel AM, Bongrand P. Cell membrane alignment along adhesive surfaces: contribution of active and passive cell processes. Biophys J 2003, 84: Perret E, Benoliel AM, Nassoy P, Pierres A, Delmas V, Thiery JP, Bongrand P, Feracci H. Fast dissociation kinetics between individual E-cadherin fragments revealed by flow chamber analysis.embo J 2002, 21: Pierres A, Feracci H, Delmas V, Benoliel AM, Thiery JP, Bongrand P. Experimental study of the interaction range and association rate of surface-attached cadherin 11. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95: PEYROT V - Garnier C, Barbier P, Devred F, Rivas G, Peyrot V. Hydrodynamic properties and quaternary structure of the 90 kda heat-shock protein: effects of divalent cations. Biochemistry 2002, 41: Gregoire C, Marco S, Thimonier J, Duplan L, Laurine E, Chauvin JP, Michel B, Peyrot V, Verdier JM. Three-dimensional structure of the lithostathine protofibril, a protein involved in Alzheimer's disease. EMBO J 2001, 20: Barbier P, Gregoire C, Devred F, Sarrazin M, Peyrot V. In vitro effect of cryptophycin 52 on microtubule assembly and tubulin: molecular modeling of the mechanism of action of a new antimitotic drug. Biochemistry 2001, 40:

40 V - DETAIL PAR UNITE D'ENSEIGNEMENT (UE) Autant de tableaux que d'ue GENETIQUE FORMELLE ET GENETIQUE DES POPULATIONS S1-UE1 Cette UE est obligatoire pour les les étudiants du M1 recherche et du M1 professionnel. Cette UE comprend une partie théorique sur les modes d hérédité mendélienne ou non, la génétique des populations, les analyses de ségrégation et la maîtrise du calcul de risque dans ces différentes situations. Elle est complétée par des travaux dirigés d études de cas en situation pratique, sous la direction de praticiens expérimentés en conseil génétique. A la fin de l UE, l étudiant doit résoudre une vingtaine de cas pratiques. 50% cours / 50% TD (enseignement regroupé) 1. Modes d hérédité mendélienne ou non 2. Génétique des populations 3. Analyses de ségrégation 4. Calcul de risque Nicole PHILIP, PU-PH BASES GENOMIQUES DES PATHOLOGIES S1-UE2 L objectif de cette UE est de : 1. Initier les étudiants aux différents aspects de la génétique humaine et médicale (génétique clinique, chromosomique et moléculaire) 2. Mettre en avant le rôle de la génétique en tant que discipline transversale intéressant l'ensemble des spécialités médicales 3. Lier les concepts de base en génétique à la notion de conseil génétique et de prise en charge familiale 65% cours, 35%TD (enseignement regroupé) 1. Reproduction. Mécanismes d'apparition des mutations. Mutations pathogènes et polymorphismes génétiques 2. Bases de la génétique clinique. Dysmorphologie. Malformations 3. Génétique chromosomique. Pathologies génétiques associées à des anomalies de nombre et de structure. Mécanique chromosomique 4. Bases moléculaires des grandes pathologies génétiques : mucoviscidose, myopathies et maladies neurosensorielles. Pathologies du développement. 5. Neurogénétique 6. Méthodes d'exploration génomique, transcriptionnelle et fonctionnelle en génétique humaine Nicolas LEVY

41 Nicole PHILIP Anne MONCLA Pierre SZEPETOWSKI Laurent VILLARD SPECIFICITES DE LA RECHERCHE SUR L HOMME S1 UE3 Cette UE vise à définir les bases conceptuelles de la recherche sur l homme dans ses aspects épidémiologiques, éthiques et législatifs. Elle s adresse à des étudiants de santé qui désirent parfaire leurs connaissances et aux étudiants scientifiques qui désirent acquérir les bases de la recherche clinique. Une place importante sera réservée aux essais cliniques qui sont l architecture de la recherche sur l homme. 50% cours, 30% TD et 20% projet autoformation (enseignement organisé 2 fois par semaine) 1. Les acteurs de la recherche clinique et épidémiologique. Démarche statistique en recherche clinique et épidémiologique 2. Les grands principes de rédaction d'un protocole de recherche clinique. La démarche qualité en recherche clinique. Cas particulier de l'évaluation du médicament : place de la recherche clinique dans le développement d'un médicament 3. Introduction à l'épidémiologie. Plans d enquêtes et sondages. Plans expérimentaux spécifiques en biologie 4. Problèmes soulevés par les cadres législatif et éthique en recherche clinique. Etablissement du niveau de preuve scientifique. Elaboration de recommandations et de références. Evidence Based Medecine Jean-Paul BERNARD PHARMACOLOGIE GENERALE S1-UE4 Cette UE est organisée en deux modules de 3 ECTS chacun visant à définir les principes généraux d évaluation des médicaments chez l animal et chez l homme. Ceci suppose une acquisition des données de base dans le devenir du médicament au sein de l organisme et une appréciation des cibles médicamenteuses. 50% cours/50% TD (enseignement organisé 2 fois par semaine) Module 1 : devenir du médicament dans l organisme. Accès du médicament à sa cible biologique. Facteurs de variations de l effet pharmacologique. Module 2 : Cibles des médicaments et signalisation intracellulaire ; caractérisation des récepteurs ; mécanismes de transduction.

42 Bernard BRUGUEROLLE Pascale PISANO PHYSIOLOGIE DES SYSTEMES INTEGRES S1-UE5 Les objectifs de l'enseignement sont doubles : approfondir les grands concepts de physiologie générale et préparer à la recherche biomédicale. Les enseignements théoriques et pratiques mettront en avant la démarche de recherche en physiologie grâce à l'enseignement fondé sur des études d'articles. L'acquisition des données récentes en physiologie cellulaire et moléculaire se fera à partir de cours basés sur des exemples précis qui font l'objet de recherche dans notre UFR. 50% cours/50% TD (enseignement regoupé) 1. Organisation et importance des rythmes biologiques. La différenciation de l hypophyse : facteurs de transcription. Neurorégulation de la sécrétion d hormone de croissance. La réponse hormonale au stress. Mutation des récepteurs membranaires et pathologie 2. Physiologie métabolique et nutritionnelle. Nouvelles données sur la régulation de l homéostasie énergétique. Adipocytes : «nouvelle glande endocrine». PAI1 et physiopathologie métabolique. Régulation de la glycémie. Exploration du métabolisme glucidique. Physiologie des récepteurs aux glucocorticoïdes 3. Implications des oncogènes dans la signalisation. Facteurs de croissance et résistance à l apoptose. Oncogène RET et tumorogenèse. Adrénomodulline 4. Organisation tissulaire de l artère. Relations cellules circulantescellules endothéliales : les molécules d adhérence. Perméabilité de l endothélium. La cellule musculaire lisse : activité contractile et activité de synthèse. Relations cellules musculaires lisses-cellules endothéliales : réactivité artérielle, EDRF-NO, facteur de croissance et hyperplasie intimale 5. Physiologie de l exercice. Exploration de l activité physique chez l homme. Suractivité musculaire et fatigue 6. Physiologie pulmonaire : Physiologie comparée de l appareil respiratoire. Le poumon et l environnement : variations climatiques, pollution, adaptation respiratoire à l hypoxie A. Dutour-Meyer, PU-PH C. Oliver, PU-PH Y. Jammes, PU-PH M. Badier, PU-PH F. Dadoun, MCU-PH S. Delpierre, MCU-PH P. Charpiot, PR F. George, PU-PH T. Augier, MCU

43 T. Brue, PU-PH A. Barlier, MCU-PH P. Nicolli, PHU F. Boudouresque, MCU-PH G. Pommier, MCU-PH M.C. Alessi, PU-PH D. Raccah, PU-PH A.M. Bellan, CR1, INSERM L. Houafike, DR1, INSERM BIOLOGIE ET PATHOLOGIES CELLULAIRES S1 UE6 Les pathologies génétiques ou acquises entraînent des modifications à l'échelle des cellules impliquées, modifications qui sous-tendent les conséquences cliniques et biologiques de la pathologie et son évolution. Ces modifications représentent à la fois une réaction des cellules, la perturbation de grandes fonctions cellulaires et/ou leur détournement en particulier par les agents pathogènes. La compréhension des mécanismes physiopathologiques à l'échelle cellulaire permet en outre d'envisager des moyens de diagnostic et/ou de traitement de ces pathologies. L'objectif de cette UE est d'illustrer à l'aide d'exemples sélectionnés ces mécanismes physiopathologiques à l'échelle cellulaire et d'en montrer les retombées pour le diagnostic et/ou le traitement. Il est aussi de former les étudiants à la lecture d'articles scientifiques et à l'exposé scientifique oral et écrit. 50% cours, 50% projet et TD Les étudiants regroupés en binômes choisissent au début de l'année le thème de leur travail (en fonction en particulier de la mention de leur Master Recherche) en concertation avec les enseignants. Ils doivent sélectionner tout au long de l'année les articles expérimentaux portant sur le thème et présenter en un temps limité un article toutes les 2 semaines avec support par transparents ou diaporama PowerPoint. Chaque étudiant aura présenté entre 6 et 8 articles tout au long de l'année. Les premières journées d'enseignement sont consacrées à un exposé introductif par un enseignant des différents thèmes choisis par les étudiants et à l'apprentissage de la manipulation de la bibliographie (Banques de données...) sur les ordinateurs de la salle informatique du LERTIM. Il s agit d un enseignement regroupé. L UE est subdivisée en thèmes : - Pathologies des flux membranaires cellulaires - Pathologies mitochondriales - Pathologies du cytosol : protéines de choc thermique, ubiquitine, protéasome et inclusions - Pathologies de l'enveloppe nucléaire et du nucléosquelette - Pathologies de la communication entre le noyau et les autres compartiments cellulaires - Pathologies des molécules d'adhérence, métastases - Pathologies de la communication intercellulaire

44 - Réactions cellulaires lors de l'infection virale - Réactions cellulaires lors de l'infection bactérienne et en présence de toxines bactériennes - Maladies à prion - Cellules souches embryonnaires et adultes : biologie et applications - Thérapie cellulaire et génique : les problèmes à résoudre à l'échelle cellulaire Pierre CAU, PU-PH Andrée ROBAGLIA-SCHLUPP, MCU-PH Marguerite GASTALDI, MCU-PH Patrice ROLL, MCU-PH CONFERENCES DES ACTEURS DE LA RECHERCHE S1-UE7 Cette UE est organisée sur deux semestres à raison d une conférence par semaine. Son objectif est de permettre aux étudiants, dès la première année du cursus, de prendre conscience de la signification d une démarche de recherche en dehors de tout cadre académique. Elle permet également d appréhender le potentiel de recherche au niveau du site marseillais. conférences Les thèmes abordés seront ceux représentatifs des forces scientifiques locales. Ainsi, la recherche clinique, la recherche en maladies infectieuses, Oncologie, les avancées de la Génétique Médicale, mais également les domaines forts de la recherche fondamentale seront abordés. Les intervenants appartiendront au monde enseignant, chercheur, mais également professionnel. Les séminaires organisés par les IFR rattachés à la mention «Pathologie Humaine» fourniront une réserve potentielle de séminaires. LA RELATION SOIGNANT-PERSONNE S1-UE8 Cette UE intitulée «Psychologie de la relation soignant-personne et communication sur le risque» est obligatoire pour les étudiants de la spécialité «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive». Travaux pratiques et mises en situation (enseignement regroupé) Les objectifs de cette UE sont de connaître les facteurs qui influencent la compréhension et l appropriation du risque par les personnes. Son second ojectif est de maîtriser cette connaissance.

45 F. Eisinger P. Ben Soussan DIAGNOSTIC PRENATAL S1-UE9 Cette UE intitulée «Diagnostic prénatal et génétique des pathologies de la reproduction» est obligatoire pour les étudiants de la spécialité «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive». Cours, Mises en situation, Vidéos (enseignement regroupé) Cette UE aborde les différents aspects obstétricaux et biologiques du diagnostic prénatal et du diagnostic préimplantatoire, les aspects pratiques et éthiques et les bases génétiques de la stérilité masculine et féminine. Une large part est consacrée à la pratique de la consultation de génétique en diagnostic prénatal, l annonce du diagnostic et la prise en charge après interruption médicale de grossesse illustrée par des séances de vidéo et des mises en situation pratique. Nicole PHILIP, PU-PH BASES DE L ONCOGENESE ET MALADIE CANCEREUSE S1-UE10 Cette UE intitulée «Bases de l oncogénèse et maladie cancéreuse» est optionnelle pour les étudiants des spécialités recherche et professionnelle. Cours, TD (enseignement regroupé) Cette UE est dédiée à l étude des mécanismes de la cancérogénèse, aux moyens de prise en charge de la maladie cancéreuse et aux moyens diagnostiques mis en œuvre. Elle initiera à la base des essais cliniques. L. XERRI, PU-PH P. VIENS, PU-PH PHYSIOLOGIE ET REGULATION DU SYSTEME IMMUNITAIRE S1-UE11 Cette UE est organisée par la mention «Biologie des Eucaryotes» et est ouverte aux étudiants de la mention «Pathologie Humaine». Cours, TD (enseignement regroupé)

46 Cette UE aborde les différents domaines de l immunologie concernant le développement, la physiologie et la régulation du système immunitaire. - Réponse immune - Développement du système immunitaire et répertoires lymphocytaires - Signaux et fonctions cellulaires - Théories de l immunité - Régulation Faculté des Sciences Eric VIVIER, PU BIOLOGIE DU DEVELOPPEMENT S1-UE11 Cette UE est organisée par la mention «Biologie des Eucaryotes» et est ouverte aux étudiants de la mention «Pathologie Humaine». Cours, TD (enseignement regroupé) Cette UE présentera des thèmes importants en Biologie du Développement : détermination des axes, segmentation, neurulation, etc. Elle visera à intégrer les données de l embryologie expérimentale, de la génétique, de la génomique, de la biologie cellulaire pour comprendre les mécanismes qui régulent l embryogénèse des vertébrés. Faculté des Sciences C. MARCELLE, PU

47 VIROLOGIE GENERALE ET MEDICALE S2-UE1 Cette UE a pour but de donner des bases de virologie générale et médicale aux étudiants des filières médicales et scientifiques et de les préparer, s'ils le désirent, à suivre ultérieurement un module spécialisé de virologie. Les thèmes envisagés apporteront les bases en taxinomie, physiologie virale et réponse de l hôte ainsi qu en thérapeutique. Les différentes familles de virus incluant les lentivirus seront abordées. Cette UE sera ouverte aux étudiants de la mention «Microbiologie, Biologie Végétale et Biotechnologies». 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) 1. Virologie structurale 2. Génomique et génétique virale, taxonomie, phylogénétique et évolution 3. Cycles réplicatifs. Immunité antivirale et vaccination 4. Présentation de pathogènes humains modèles (virus entériques, à transmission sexuelle, arbovirus, à transmission respiratoire) 5. Lentivirus : réplication et biologie structurale 6. Thérapeutique antivirale Philippe DE MICCO, PU-PH Xavier de LAMBALLERIE, MCU-PH Remi CHARREL, MCU-PH Hugues TOLOU, Médecin Chef SSA Marie SUZAN, CR1 CNRS Houssam ATTOUI, IR EFS PHYSIOPATHOLOGIE DES MALADIES INFECTIEUSES S2-UE2 Le but de cet enseignement transversal est de préparer les étudiants scientifiques et des filières de santé à une approche intégrée de la recherche sur l hôte au cours des infections bactériennes, virales et parasitaires. En effet, si l hôte met en jeu des mécanismes innés ou acquis pour combattre une infection, ces derniers peuvent avoir des conséquences pathologiques. La compréhension de cet équilibre délicat est une nécessité pour l étude des maladies infectieuses mais peut s avérer utile pour les autres spécialités du master. Cette approche intégrée de la réponse de l hôte prend en compte le tissu ou l organe et non plus les modèles cellulaires réductionnistes, mais cette approche exige une formation spécifique qui n est pas dispensée dans les cursus de biologie. Cette UE est ouverte aux étudiants des mentions «Biologie des Eucaryotes» et «Microbiologie, Biologie Végétale et Biotechnologies». Elle complètera également deux UE organisées par ces deux mentions autour du thème «interaction hôtes-pathogènes». 50% cours/50% TD enseignement regroupé) 1. Mécanismes généraux de l immunopathologie infectieuse 2. Maladies Parasitaires

48 - Paludisme : anémie grave, neuropaludisme et paludisme gestationnel - Bilharziose : susceptibilité/résistance, fibrose hépatique - Leishmaniose : paradigme Th1/Th2 3. Maladies bactériennes - Tuberculose, hypersensibilité retardée et granulomes - Brucellose : modulation du trafic intracellulaire - Rickettsies et Fièvre Q 4. Thérapeutiques anti-infectieuses - Les antibiotiques, structures et cibles - Sensibilité et mécanismes de résistance des agents pathogènes - Nouvelles molécules et nouvelles cibles : design et relation structure-activité ; inhibiteurs ; mécanismes de résistance Jean-Louis MEGE, PU-PH Georges GRAU, PR Jean-Marie PAGES, DR2 INSERM Alain DESSEIN, PU-PH Jurg GYSIN, DR2 Pasteur Antoine MAGNAN, PU-PH Jean-Pierre GORVEL, DR2 CNRS Patricia RENESTO, CR1 CNRS Marie SUZAN, CR1 CNRS Anne DAVIN-REGLI, MCU Jacqueline CHEVALLIER, MCU INGIENERIE BIOMEDICALE S2-UE3 L objectif de cette UE est de : 1. Initier les étudiants aux méthodes permettant d explorer les fonctions physiologiques chez l Homme ou l animal de laboratoire 2. Connaître les applications de la biophysique aux principales techniques de thérapeutique instrumentale 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) 1. La mesure en physiologie intégrative - Généralités (les capteurs de l information, chaîne de mesure et codage des signaux, stockage et analyse des signaux) - Les variables mesurées : Gaz respiratoires et gaz dits «neutres» : lois des gaz (concentration molaire, concentration fractionnaire, pression partielle, capacitance, lois des transports convectif et diffusif) et analyse en phase gazeuse (spectrométrie infra-rouge, para- et diamagnétisme, polarographie, spectrométrie de masse ) ou en phase liquide (polarographie, électrode à ph, spectrométrie de masse ) Pression hydrostatique : électromanométrie Volume des gaz (spirométrie, pléthysmographie corporelle, impédancemétrie thoracique) ou des liquides biologique (espace de dilution d un traceur, échographie Doppler) Débit d un gaz (pneumotachographie, débitmétrie massique, thermométrie différentielle) ou d un liquide biologique (application

49 de l effet Doppler, impédancemétrie ). Pression hydrostatique (électromanométrie). Mesure de force et de variation de longueur musculaire (jauge de contrainte, piézotransducer, inductanciométrie). Mesure des températures corporelles. Exploration non invasive du métabolisme cellulaire : spectroscopie RMN (le signal RMN, spectrométrie RMN, imagerie RMN), métabolisme de base et bioénergétique, évaluation de la masse de tissu adipeux. Explorations métaboliques invasives à l aide d électrodes spécifiques (pression partielle d oxygène, production de NO, d acide lactique, de peroxyde d hydrogène.) - Les mesures appliquées à l exploration des fonctions d organes Fonction respiratoire : mesures de volumes pulmonaires, de débits ventilés, de résistance à l écoulement, de compliance pulmonaire ; analyse des «gaz du sang» et des gradients air/sang ; mesure intratissulaire de pression partielle d oxygène Fonction cardiovasculaire : hémodynamique cardiaque, explorations de circulation systémique et des circulations d organes, outil RMN Fonctionnement du système nerveux : EEG et enregistrements polygraphiques, potentiels évoqués, électroneurographie, imagerie fonctionnelle cérébrale Fonction musculaire : EMG unitaire et global (quantification du signal), potentiel de membrane musculaire, mesure de force maximale, de secousse musculaire, tests d évaluation de la fatigue Fonction rénale 2. Méthodologie des thérapeutiques instrumentales - Ventilation mécanique - Electrostimulation chronique cardiaque, musculaire ou nerveuse - Hémodialyse - Circulation extracorporelle - Cœur artificiel Y. JAMMES, PU-PH S. DELPIERRE, MCU-PH D. BENDAHAN, DR F. BREGEON, MCU-PH BIOINFORMATIQUE MEDICALE ET BIOSTATISTIQUES S2-UE4 Cette UE est organisée en deux modules de 3 ECTS. Le module de bioinformatique médicale propose une synthèse de la façon dont la révolution génomique et la bioinformatique influencent la recherche médicale, modifient la délivrance des soins médicaux et dirigent l'innovation thérapeutique. L objectif général du module «biostatistiques» est de présenter les méthodologies, les outils de base particulièrement utilisés dans le domaine «Environnement et Santé» et de préparer les étudiants à la recherche : définition de l'objectif d une étude, bibliographie préalable, analyse des résultats de la littérature, choix du type d enquête, recueil d'information, détermination du nombre d'observations nécessaires et/ou de la durée, analyse statistique des résultats. Le module 2 fait partie des

50 enseignements recommandés par le parcours professionnalisant «Conseil en génétique et en médecine prédictive». De plus, ce module sera ouvert aux étudiants des mentions recherche d autres établissements comme «Biologie des Eucaryotes» 30% cours/50% TD et 20% de projet autoformation (mémoire à réaliser à partir de ressources Internet) (enseignement regroupé) Module 1 : Bioinformatique médicale - Bioinformatique en Microbiologie (6 h + 2h TP, un séminaire) Génome bactériens et viraux; principe de leur analyse; conséquence en infectiologie et biodéfense - Bioinformatique: Génétique humaine et diagnostic (6h + 2h TP, un séminaire) Le génome humain et ses variations (SNP) ; compréhension des maladies génétiques. Utilisation des puces à ADN dans le diagnostic et le traitement - Bioinformatique: Conception rationnelle de nouvelles approches thérapeutiques (6h+ 2h TP, un séminaire) Analyse de la structure des gènes et de leurs produits. Applications à la thérapie génique et à la conception de nouveaux médicaments Module 2 : Biostatistiques : exploitation des données écologiques et épidémiologiques L organisation des enseignements sera guidée par la méthodologie statistique à partir de laquelle seront développés les autres thèmes : - Statistiques descriptives, type de données, qualité d une mesure. Quelles informations doit-on recueillir en fonction de l objectif et de la littérature - Estimation, intervalle de confiance, précision d une estimation. Quel indicateur, quel type d enquête et quelle taille d échantillon doit-on choisir, nécessité d une bibliographie préalable - Principe d un test statistique, puissance, tests usuels paramétriques et non paramétriques. Comment formuler l objectif de l étude en hypothèses, comment choisir un test adéquat, l échantillonnage et le nombre d observations - Etude de la dépendance entre un indicateur et plusieurs facteurs ou de la dépendance entre plusieurs variables : principes et quelques outils inférentiels (corrélation, régression linéaire, modèle logistique, modèle de Cox) ou exploratoires (ACP, analyse factorielle) Marius FIESCHI, PU-PH Jean-Michel CLAVERIE, DR CNRS Joanny GOUVERNET, MCU-PH Roch GIORGI, AHU

51 ETHIQUE MEDICALE ET PHILOSOPHIE DE LA MEDECINE S2-UE5 Cette UE est proposée par la mention «Ethique, Santé, Recherche et Société». A un moment où les progrès de la science et de la médecine ouvrent de nouvelles possibilités de choix et bouleversent les données classiques de l acte médical, il est important de sensibiliser les futurs médecins et chercheurs dans la recherche biomédicale aux enjeux qui entourent l acte médical et en particulier la prise de décision. Ces enjeux peuvent être regroupés autour de trois préoccupations qui se retrouvent dans la réflexion en éthique médicale et la philosophie de la médecine. 1. Une préoccupation humaine, tout d abord. Il s agit en effet des valeurs fondamentales de l homme qu il importe de sauvegarder : notions de liberté, de sécurité, de bien-être, de vie privée et naturellement de dignité. Ces notions sont parfois antagonistes et il est nécessaire de faire des choix et de fixer des hiérarchies en fonction des situations 2. Une préoccupation sociétale ensuite, avec ses règles et ses impératifs : - Aspects économiques et de Santé Publique au travers des enjeux de la recherche et de l industrie, tout comme les choix dans les priorités en termes d allocations de ressources. Il s agit de déterminer chaque fois les moins mauvais équilibres entre le droit de chacun et l exigence de la collectivité - Aspects juridiques, avec les règles qui encadrent l activité médicale et peuvent éventuellement mettre en jeu la responsabilité des médecins et celle des établissements de soins 3. Une préoccupation scientifique, enfin. La recherche a en effet sa logique propre qui conduit à s interroger sur l importance relative de la fin et des moyens en fonction des enjeux. 50% cours/50% TD et projet d autoformation 1. L émergence de l éthique médicale - Histoire du pouvoir médical, Ethique et Sciences - Norme éthique et norme juridique, Philosophie de la médecine - Philosophie de la médecine 2. Progrés de la médecine et questionnement éthique - Le diagnostic prénatal : problèmes éthiques. L expérimentation sur l homme. Ethique et dons d organes. La médicalisation de la grossesse - La médecine humanitaire. Le nouvel eugénisme - L erreur médicale. La réanimation néonatale - Problèmes liés à la fin de vie - Filiations : la part du biologique et du social - L exercice de la médecine en activité libérale - La douleur. Le Droit face à la Génétique. Efficience et équité dans les systèmes de santé. La décision médicale. Ethique médicale et recherche. - L AMP. La médecine prédictive. PMSI - Choix éthiques et santé publique Jean-Robert HARLE, PU-PH Carmen RAUCH, PAST Yves BAILLE, PU-PH Pierre LE COZ, PRAG Gilles BOUVENOT, PU-PH Dominique METRAS, PU-PH Marc GAMERRE, PU-PH Roland SAMBUC, PU-PH Perrine MALZAC, PH Bernard GRANJON

52 INTERNET : BANQUES DE DONNEES ET PROGRAMMES D ANALYSES S2- UE6 La recherche biomédicale ne peut plus se passer des banques de données et des programmes d analyse disponibles sur Internet. L objectif du module est de familiariser les étudiants à l utilisation des outils disponibles via Internet : bases de données bibliographiques, sites web des périodiques, sites web des banques de données de génomique et de protéomique, programmes de comparaison et d'analyse de séquences, de manipulation de ces séquences, de visualisation des structures... Les étudiants choisissent au début du cursus un sujet sur lequel ils réaliseront toute l'année les analyses via Internet, que ce soit en présentiel (sur les ordinateurs de la salle informatique du LERTIM) ou sous la forme d'une formation à distance (les étudiants ont accès en permanence aux documents sur le site web pédagogique de la ). Deux réunions mensuelles regroupent les étudiants et l'équipe enseignante pour faire le point sur l'avancement des travaux et pour un exposé du rappel des données fondamentales (biologiques, cliniques, bases de données, principe et objectif des programmes d'analyses...). Dans l'intervalle, ils peuvent communiquer avec l'équipe enseignante via le courriel. Il s agit d un enseignement regroupé. Le module est subdivisé en 5 parties : 1. Bibliographie 2. Recherche du gène impliqué dans une pathologie humaine 3. Recherche et manipulation de séquences nucléotidiques : préparation d expérimentation de PCR, d hybridation in situ, construction de protéines chimères, dessin de sirna 4. Analyse d une séquence peptidique, choix de protocoles expérimentaux permettant de vérifier (ou d infirmer) les hypothèses déduites des analyses bioinformatiques 5. Etude phylogénique Pierre CAU, PU-PH Andrée ROBAGLIA-SCHLUPP, MCU-PH. IMMUNOLOGIE GENERALE S2-UE7 Pierre BONGRAND, PU-PH

53 PHYSIOPATHOLOGIE DES MALADIES AUTO-IMMUNES S2-UE7 Cette UE a pour objectif de fournir une formation spécifique sur les mécanismes impliqués dans les maladies auto-immunes. Les approches sont physiopathologiques comprenant des données de modèles animaux et des investigations cliniques. Une orientation particulière sera aussi donnée pour sensibiliser les étudiants sur les retombées cliniques de ces connaissances en matière de tests de diagnostic et de développement de traitements curatifs ou préventifs. L enseignement comportera des cours théoriques (50%) sur des fonctions ou mécanismes impliqués dans le déterminisme ou la spécificité des maladies immunologiques (phénomènes transversaux) et sur une maladie immunologique prise comme exemple. Présence concomitante de deux enseignants de cultures complémentaires, clinique et biologique. 50% TD (analyse d articles) Il s agit d un enseignement organisé deux fois par semaine 1. Les grandes fonctions impliquées dans les maladies autoimmunes : - Facteurs génétiques - Rôle du thymus - Agents environnementaux - Mécanismes effecteurs - Populations cellulaires modulatrices 2. Les maladies exemplaires: physiopathologie, implications cliniques et thérapeutiques actuelles et futures : - Lupus érythémateux systémique - Polyarthrite rhumatoïde - Diabète de type 1 - Maladie coeliaque - Maladies auto-immunes de la peau - Sclérose en plaques 3. Enseignements dirigés : analyses et discussions d'articles scientifiques en rapport avec les maladies ci-dessus. Bernard VIALETTES, PU-PH Dominique BERNARD, PU-PH Gilles KAPLANSKI, PU-PH Joseph BOUCRAUT, MCU-PH Jean-Jacques GROB, PU-PH Gilles KAPLANSKI, PU-PH Antoine MAGNAN, PU-PH Jean PELLETIER, PU-PH Jean ROUDIER, PU-PH

54 Sophie JEGO, AHU Philippe NAQUET, PU Marielle SAN MARCO, PH Jacques SARLES, PU-PH Evelyne BERAUD, MCU Catherine ATLAN, PH BIOPHYSIQUE APPLIQUEE AUX REPONSES CELLULAIRES ET MOLECULAIRES S2-UE8 L étude des mécanismes moléculaires mis en jeu dans le fonctionnement du vivant nécessite le développement d outils d imagerie cellulaire et de caractérisation des interactions entre macromolécules. Nous présentons au travers de modèles biologiques étudiés les notions physiques et les méthodes associées. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) 1. Interactions moléculaires - Absorbance et dichroïsme circulaire - Résonance plasmonique de surface - Ultracentrifugation analytique - Calorimétrie biologique, ITC et DSC - Spectrométrie de masse biologique et protéomique 2. Imagerie - Microscopie à champ proche (effet tunnel, AFM) - Microscopie et fluorescence (FRET, FRAP, biphotonique, marquage endogène (GFP)) - Microscopie électronique structurale (cryomicroscopie, transmission, balayage) Faculté de Pharmacie V. PEYROT, PU C. BRIAND, PU-PH P. BONGRAND, PU-PH M.. MARILLEY, DR PHYSIOPATHOLOGIE CARDIOVASCULAIRE ET TRAITEMENTS S2-UE9 Cette UE a pour objectif de fournir les bases fondamentales à la compréhension des maladies cardiovasculaires. Elle comporte une part importante d initiation aux stratégies thérapeutiques. Organisée par la Faculté de Pharmacie, cette UE fait partie du parcours des études pharmaceutiques et sera indiquée pour les étudiants de la mention «Pathologie Humaine» et de la mention «Nutrition et Sécurité sanitaire». 50% cours/50% TD (enseignement regroupé)

55 Faculté de Pharmacie José SAMPOL, PU-PH IMMUNOINTERVENTION ET VACCINS S2-UE10 Cette UE a pour objectif de fournir les bases fondamentales des thérapeutiques immunologiques. Elle comporte une part sur l immunointervention et une part sur les vaccins avec des illustrations cliniques. Organisée par la Faculté de Pharmacie, cette UE fait partie du parcours des études pharmaceutiques et sera indiquée pour les étudiants de la mention «Pathologie Humaine» et de la mention «Nutrition et Sécurité sanitaire». 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) Faculté de Pharmacie F. DIGNAT-GEORGE, PU-PH PHYSIOPATHOLOGIE GENERALE S2-UE11 Cet enseignement s adresse principalement aux étudiants n ayant pas de formation médicale. Chaque cours insistera sur les mécanismes d apparition des pathologies en question et comportera un chapitre terminal, représentant ¼ de la durée du cours environ, citant les applications pratiques découlant de la connaissance de ces mécanismes (prévention, thérapeutique). 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) 1. Conduites addictives Tabagisme, Alcoolisme 2. Appareil cardiovasculaire et rénal Athérosclérose, HTA, Insuffisance rénale, Troubles du rythme et de la conduction 3. Appareil digestif Anomalies du comportement alimentaire ou de l alimentation, Diabète, Anomalies de l absorption et de la digestion des aliments, Anomalies de la motricité digestive, Anomalies des fonctions hépatiques 4. Appareil respiratoire Asthme, BPCO 5. Système nerveux central Troubles de l électrogenèse corticale, Troubles du sommeil, Exemple de maladies dégénératives : les syndromes parkinsoniens, Anomalies du langage

56 J.C. GRIMAUD, PU-PH S. DELPIERRE, MCU-PH J.P. AZULAY, PU-PH P. BARTHELEMY, MCU-PH M. BARTHET, PU-PH F. BARTHOLOMEI, MCU-PH M. BOUVIER, DR CNRS B. DUSSOL, PU-PH R. GEROLAMI, PU-PH M. PONCET, PU-PH M. REY, MCU-PH J. SAMPOL, PU-PH C. ANCON, PU-PH S. LEVY, PU-PH POLLUTION DE L ENVIRONNEMENT ET SANTE S2-UE12 50% cours/50% TD (enseignement organisé 2 fois par semaine) Facultés de Médecine et de Pharmacie A. BOTTA, PU-PH B. LACARELLE, PU-PH INTERACTIONS BACTERIES-HOTES S2-UE13 Cette UE est organisée par la mention «Microbiologie, Biologie Végétale et Biotechnologies». Ce module de 3 ECTS complète l UE «Physiopathologie des Infections» proposée par la mention «Pathologie Humaine» en apportant un éclairage propre aux microorganismes. 50% cours/50% TD 1. Relations bactéries/cellules eucaryotes animales (adhérence, acquisition du fer, invasion, survie intracellulaire) 2. Plasticité génomique et génomique comparative (Neisseria gonorrhae, Mycobacterium tuberculosis, Salmonella enterica, Vibrio cholerae) 3. Résistance aux antibiotiques (pompes à efflux) 4. Mécanismes de sécrétion des facteurs de virulence Faculté des Sciences Andrée LAZDUNSKI

57 MODELES ANIMAUX DE PATHOLOGIES HUMAINES S2-UE14 50% cours/50% TD (enseignement organisé 2 fois par semaine) Jean-François PELISSIER, PU-PH Charles OLIVER, PU-PH INTERACTIONS HOTES-PATHOGENES S2-UE15 Cette UE est organisée par la mention «Biologie des Eucaryotes». Ce module de 3 ECTS (Module S8-3) analysera la réponse immune vis-à-vis de différents pathogènes bactériens, viraux ou parasitaires et les différentes approches vaccinales. Il complètera le module «Physiopathologie des Infections» avec lequel il se coordonnera de façon constructive. 50% cours/50% TD Faculté des Sciences Pascal POIGNARD, PU ONCOGENETIQUE S2-UE16 L enseignement d Oncogénétique a pour but de donner une vision intégrant les aspects fondamentaux des maladies génétiques jusqu à la dimension médicale de conseil génétique médical. Spécifiquement, les enseignants apporteront les bases génétiques des maladies néoplasiques en décrivant les maladies héréditaires les plus informatives (rétinoblastome). Les aspects allant de la génétique formelle aux bases moléculaires des maladies génétiques en cancérologie seront abordés. Les mécanismes impliqués dans l oncogénèse seront également abordés. Le dépistage et la prévention des maladies néoplasiques sera décrit dans ses aspects techniques, dans la structuration de la recherche et dans les aspects épidémiologiques. Finalement seront abordées les stratégies de conseil génétique apporté aux familles. Cet enseignement fait partie de l offre de formation des filières de recherche et professionnelle. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) Hagay SOBOL, PR

58 ETHIQUE ET ASPECTS LEGAUX EN GENETIQUE ET MEDECINE PREDICTIVE S2-UE19 Cette UE est organisée par la mention «Ethique, Santé, Recherche et Société». Ce module de 6 ECTS est obligatoire dans le parcours professionnel «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive». Ce module transdisciplinaire impliquera des juristes, des philosophes et des éthiciens. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) Les TD et travaux comporteront l apprentissage à la manipulation et à la conception de bases de données. Les thèmes abordés seront les aspects éthiques, légaux, l épidémiologie et la santé publique en génétique et en médecine prédictive. Il sera complété par une session de rédaction des courriers destinés aux patients, aux médecins traitants, encadrée par des juristes et des praticiens du conseil génétique ainsi que l analyse et la rédaction des consentements éclairés. Pour la partie santé publique, seront analysés les causes des maladies et les facteurs de risque, les méthodes de prévention et de dépistage. P. MALZAC V.J. BARDOU L. HUIART SUSCEPTIBILITE AUX MALADIES INFECTIEUSES ET PARASITAIRES S2-UE20 Cette UE de 3 ECTS analysera les mécanismes génétiques de la résistance et la susceptibilité aux agents infectieux. Elle permettra d appréhender les données génétiques liées à la pathogénicité. Cette UE fera partie de l offre de formation destinée aux étudiants des filières de recherche et professionnelle de la mention «Pathologie Humaine». Elle sera également ouverte aux étudiants de la mention «Biologie des Eucaryotes». 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) Alain DESSEIN, PU-PH CENTRES DE RESSOURCES BIOLOGIQUES S2-UE21 Cette UE est optionnelle dans le parcours professionnel. Elle portera sur les nouvelles voies thérapeutiques : thérapie cellulaire et génique, les bio-banques, et les problèmes éthiques associés. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé)

59 C. CHABANNON LES NOUVELLES TECHNOLOGIES EN SANTE S2-UE22 Cette UE est optionnelle dans le parcours professionnel et est conçue en partenariat avec la spécialité professionnelle de Biotechnologie de la mention «Biologie des Eucaryotes». Elle portera sur les biotechnologies, techniques d analyse haut débit et nouvelles techniques d imagerie. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) Seront abordés les aspects techniques et cliniques des nouvelles technologies en santé à visée diagnostique (tissue array), pronostique de prédiction de la réponse au traitement (protéomique et analyse d expression), les nouvelles techniques d imagerie (PET SCAN, endoscopies virtuelles). et des Sciences P. RIHET, MCU J. JACQUEMIER J. PASQUIER J.P. BORG SANTE DANS LES PAYS EN VOIE DE DEVELOPPEMENT S2-UE23 50% cours/50% TD (enseignement organisé 2 fois par semaine) Jean DELMONT, PU-PH REGULATION EPIGENETIQUE S2-UE24 Cette UE organisée par la mention «Biologie des Eucaryotes» est ouverte aux étudiants de la mention «Pathologie Humaine». 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) A partir de l étude de quelques exemples, ce module conduit à considérer les mécanismes épigénétiques dans leur diversité ainsi que leur importance pratique actuelle : cancer, défense contre l invasion par un ADN étranger, clonage, etc... Faculté des Sciences D. ARAGNOL, PU

60 STRESS OXYDANT S2-UE25 Cette UE organisée par la mention «Biologie des Eucaryotes» est ouverte aux étudiants de la mention «Pathologie Humaine». Cet enseignement est en cours de finalisation. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) Faculté des Sciences Philippe NAQUET, PU

61 . BIOTHERAPIES S3-UE1 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Oncologie : Pharmacologie et Thérapeutique» et est donc recommandée pour le parcours Oncologie. Les biothérapies correspondent à l ensemble des traitements reposant sur l usage des produits cellulaires ou solubles visant à modifier la physiologie de l être humain. Dans le contexte des pathologies tumorales, l objectif est de modifier la tumeur ou son environnement afin de permettre le contrôle tumoral. Dans le cadre de cet enseignement, nos objectifs sont d identifier les différents agents utilisés en biothérapie anti-néoplasique dans les domaines des thérapies cellulaires, thérapies géniques, agents différenciants, cytokines, anticorps monoclonaux et greffe de cellules souches allogéniques. L enseignement précisera les bases fondamentales de ces traitements, leurs domaines d applications, leur mise en œuvre et leur évaluation. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) D. OLIVE, PU-PH C. CHABANNON, PH CRLCC A.M. SCHMITT-VERHULST, DR F. BLADOU, PU-PH H. VIÉ, DR-PH INSERM D. BLAISE, PU-PH R. COSTELLO, PU-PH L. COLOMBERL, DR INSERM Y. COLLETTE, CR INSERM J. PLUMAS, MCU-PH B. GAUGLER, CR INSERM J. NUNES, CR INSERM J.M. HEARD, PR D. BATY, DR CNRS NOUVEAUX CRITERES DE JUGEMENT D UNE ACTIVITE THERAPEUTIQUE S3-UE2 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Oncologie : Pharmacologie et Thérapeutique» et est donc recommandée pour le parcours Oncologie. La majorité des médicaments nouveaux sont ciblés sur un événement souvent déterminant de la biologie des cellules tumorales et normales. Il devient crucial de développer de nouvelles méthodes d évaluation de leur activité par l identification des populations tumorales porteuses de cibles fonctionnelles et de déterminer les événements traceurs et prédictifs d activité et de toxicité en utilisant les données de la biologie «à grande échelle». Le but de la formation au concept de «surrogate endpoints» est de familiariser les étudiants à ces

62 . nouvelles données pharmacodynamiques cellulaires et systémiques permettant le screening précoce des bénéficiaires d une activité thérapeutique. De même, l impact psychosociologique, la qualité de vie et les critères recueillis par les malades représentent de nouveaux critères de validation dont l intégration dans le bénéfice final est décrite comme «bénéfice clinique», synthèse multiparamétrique de très nombreuses données biologiques, toxicologiques et cliniques. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) D. MARANINCHI, PU-PH F. BERTUCCI, MCU-PH A. GONCALVEZ, MCU-PH P. VIENS, PU-PH J. JACQUEMIER, PH CRLCC J.P. BORG, DR2 INSERM F. CALVO, PU-PH D. BENDAHAN, DR2 CNRS J. BARBET, DR1 CNRS J.P. MOATTI, PU-PH J. GABERT, PU-PH THERAPIES INSTRUMENTALES S3-UE3 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Oncologie : Pharmacologie et Thérapeutique» et est donc optionnelle pour le parcours Oncologie. Les thérapies instrumentales correspondent à l ensemble des actes biopsiques et thérapeutiques utilisant des techniques chirurgicales ou instrumentales chez l homme et chez l animal. L enseignement détaillera l utilisation des instruments chirurgicaux, endoscopiques ou percutanés à visée biopsique ou thérapeutique (par exemple radio-fréquence et coelioscopie). L utilisation de l imagerie moderne à visée thérapeutique sera particulièrement développée. Nous aborderons les indications ainsi que les résultats de chaque procédé en termes de résultats fonctionnels, de morbidité et de résultats thérapeutiques. Enfin, les méthodologies d évaluation plus particulièrement adaptées à ces techniques seront enseignées. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) G. HOUVENAEGHEL, PU-PH M. GIOVANNINI, PH CRLCC J.M. BARTOLI, PU-PH L. BOUBLI, PU-PH S. BERDAH, PU-PH D. DISTEFANO, PH CRLCC S. NAZARIAN, PU-PH R. LEGRÉ, PU-PH

63 Y.P. LETREUT, PU-PH C. COULANGE PU-PH E. LECHEVALLIER, PU-PH D. COWEN, PU-PH F. BLADOU, PU-PH. PHARMACOLOGIE DES MEDICAMENTS ANT-CANCEREUX S3-UE4 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Oncologie : Pharmacologie et Thérapeutique» et est donc optionnelle pour le parcours Oncologie. Ce module a pour objectifs : 1. La mise à niveau des connaissances sur les thérapeutiques anticancéreuses conventionnelles pour des étudiants venant de formations différentes (science, santé). 2. L apport des connaissances les plus récentes qui sont indispensables pour appréhender la recherche actuelle en pharmacologie. La pharmacologie cellulaire sera particulièrement développée avec l étude des voies de signalisation qui régissent les grandes fonctions des cellules tumorales ou endothéliales (prolifération, apoptose, migration, différenciation) afin que les étudiants possèdent les éléments de compréhension nécessaires à la recherche de nouvelles cibles thérapeutiques. 50% cours/50% TD D. BRAGUER, PU-PH C. BRIAND, PU-PH J.C. MADELMONT, DR1 INSERM Y. BARRA, PU-PH G. POMMIER, MCU-PH B. LACARELLE, PU-PH G. MILANO, PH CRLCC A. ILIADIS, PU-PH J. SAMPOL, PU-PH F. DIGNAT-GEORGE, PU-PH G. LAURENT, PU-PH GENOMIQUE TUMORALE S3-UE5 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Oncologie : Pharmacologie et Thérapeutique» et est donc optionnelle pour le parcours Oncologie. Cette UE sera développée en partenariat avec la spécialité «Génomique et Santé» et abordera les aspects de génomique et de protéomique spécifiques de l oncologie. La pathologie tumorale a pris une nouvelle dimension par le

64 développement de techniques d analyse d une grande puissance. Ces nouvelles techniques découlent de techniques génétiques autour des «DNA chips» mais aussi RDA «Representational Display Analysis» et SAGE «Serial Analysis of Gene Expession». Les techniques protéomiques complètent élégamment ces travaux par des analyses à grande échelle de type «Tissue Array» utilisant des anticorps. Ces outils ont permis, en combinaison avec la bioinformatique, d identifier de nouvelles cibles physiopathologiques et thérapeutiques. Cette UE abordera ces différentes techniques et mettra en valeur leur apport dans la compréhension des mécanismes néoplasiques comme dans les nouvelles stratégies thérapeutiques. Les aspects logistiques correspondant aux centres de ressources biologiques seront également abordés. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) L. XERRI, PU-PH J. JACQUEMIER, PH CRLCC F. BERTUCCI, MCU-PH A. GONCALVEZ, MCU-PH J.P. BORG, DR2 INSERM D. FIGARELLA, PU-PH J. HASSOUN, PU-PH M. LAFAGE, MCU-PH R. BOUABDALLAH, PH CRLCC F. BIRG, DR2 INSERM ONCOGENETIQUE S3-UE6 Cette UE est organisée par la Mention Professionnelle «Conseil en Génétique et en Médecine Préventive» et est optionnelle pour le parcours Oncologie. Cette UE est destinée aux étudiants scientifiques qui ne l ont pas choisie lors du deuxième semestre et aux étudiants issus du secteur santé qui auront suivi un parcours distinct. Ses objectifs sont ceux décrits lors du deuxième semestre. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé). Hagay SOBOL, PR GENOMIQUE DES BACTERIES INTRACELLULAIRES S3-UE7 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» et est recommandée pour le parcours Maladies Transmissibles. Elle est également

65 . ouverte aux étudiants de la mention «Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique». Le but de cet enseignement est de préparer les étudiants scientifiques et de santé à la pratique de la génomique bactérienne dans leurs futurs projets de recherche en maladies infectieuses : 1. A partir d exemples de séquences de génomes entiers seront abordées les différentes approches d analyse des résultats et leurs applications potentielles, y compris dans le domaine du diagnostic 2. Les aspects post-génomiques comporteront l étude du transcriptome (réalisation de microarrays et analyse) 3. La protéomique des bactéries intracellulaires et ses applications seront également abordées : étude de la résistance aux antibiotiques et mise en place de nouveaux outils pour le diagnostic. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) Bernard LASCOLA, PU-PH Philippe BROUQUI, PU-PH Florence FENOLLAR, MCU-PH Patricia RENESTO, CR1 Pablo GLUSCHANKOF, CR1 Jean-Michel CLAVERIE, DR1 Pierre-Edouard FOUNIER, MCU-PH MALADIES EMERGENTES S3-UE8 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» et est recommandée pour le parcours Maladies Transmissibles. Cette UE transversale s adresse aux étudiants scientifiques et de santé qui désirent aborder le problème de l émergence et de la réémergence des maladies infectieuses par une approche multidisciplinaire. Les questions sont illustrées par des paradigmes infectieux qui sont choisis chaque année afin de maintenir le caractère de forte adaptabilité de cet enseignement. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) Les thèmes abordés sont listés comme suit : - Bases évolutives de l émergence des maladies infectieuses - Stratégie de découverte des maladies - Génétique des populations et émergence des maladies infectieuses - Réémergence des infections transmises par les poux - Emergence des maladies à prions - Emergence du VIH - Paléomicrobiologie - Emergence des maladies virales à ARN - Réémergence des infections staphylococciques Michel DRANCOURT, PU-PH Didier RAOULT, PU-PH

66 Pierre-Edouard FOURNIER, MCU-PH Thierry DE MEEUS, DR2 Jérome ETIENNE, PU-PH Xavier DE LAMBALLERIE, MCU-PH INTERACTION HOTE-PARASITE S3-UE9 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» et est recommandée pour le parcours Maladies Transmissibles. Cet enseignement aborde tous les aspects génétiques et immunologiques des infections parasitaires à partir de modèles tels que bilharziose, paludisme et leishmaniose. 50% cours/50% TD (enseignement regroupé) Alain DESSEIN VIRUS EMERGENTS S3-UE10 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» et est optionnelle pour le parcours Maladies Transmissibles. Cette UEa pour objectif de présenter différents aspects de l'émergence virale à partir d'exemples concrets. Les pathogènes sont envisagés dans l'optique des mécanismes d'émergence (l'objet n'est pas ici, par exemple, de délivrer un enseignement général sur HIV et HCV). L'ensemble des outils permettant l'approche du problème de l'émergence de nouveaux pathogènes viraux dans les meilleures conditions est apporté par le module "Virologie générale et médicale". Cette UE est ouverte aux étudiants de la mention «Microbiologie, Biologie Végétale et Biotechnologies». 50% cours/50% TD Les thèmes abordés sont listés comme suit : - notion d'émergence - virus respiratoires (modèles: SRAS, métapneumovirus, grippe) - arbovirus (dengue, West Nile) - robovirus (Lassa, hantavirus) - HHV8 - HIV & HCV (aspect émergence virale) - bioterrorisme Xavier DE LAMBALLERIE, MCU-PH Rémi CHARREL, MCU-PH Christine ZANDOTTI, PH

67 HERPES VIRUS S3-UE11 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» et est recommandée pour le parcours Maladies Transmissibles. Elle a la particularité d être organisée par les enseignants du Collège des Universitaires des Maladies Infectieuses et Tropicales et d être délocalisé. Cette UE a une durée de vie de 2 ans, les enseignants proposant collégialement un thème transversal. Ainsi, les herpes virus seront envisagés en fonction de leur rôle nouveau comme agents pathogènes, mais aussi par rapport aux problèmes d interactions hôtes-pathogènes. Cet enseignement implique une approche multidisciplinaire intégrant les démarches biologique, clinique, socio-économique et philosophique. 50% cours/50% TD Willy ROZENBAUM, PU-PH Jean-Claude NICOLAS, PU-PH SECRETION DES FACTEURS DE VIRULENCE S3-UE12 Cette UE fait partie des UE de la mention «Microbiologie, Biologie Végétale et Biotechnologies» et est recommandée pour le parcours Maladies Transmissibles. Cette UE transversale a été préalablement choisie par les étudiants du DEA «Maladies Transmissibles et Pathologies Tropicales» et devrait bénéficier d un succès comparable dans cette nouvelle organisation. 50% cours/50% TD Alain FILLOUX REPONSE DE L HOMME AUX VARIATIONS DU MILIEU AMBIANT S3-UE13 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Environnement et Santé» et est recommandée pour le parcours Environnement et Santé. 50% cours/50% TD Les thèmes abordés sont listés comme suit : Notion de milieu «naturel» et ses déséquilibres Interfaces organisme - milieu : - au niveau cellulaire : la membrane

68 - au niveau des organes : la muqueuse - au niveau de l organisme entier : le revêtement cutané et l appareil respiratoire Communication intercellulaire : rôle dans les réponses inflammatoires et allergiques Biocapteurs de l environnement : reconnaissance et codage de l information Réponses intégratives : anté- et rétroaction Plasticité biologique : - au niveau cellulaire : protéines de stress, facteurs de transduction, différenciation cellulaire - au niveau intégratif : amplification ou atténuation des messages afférents ou/et de leur intégration - les biorythmes et leur modifications - les adaptations comportementales Yves JAMMES, PU-PH APPROCHE MULTISCIPLINAIRE DES PROBLEMES ENVIRONNEMENTAUX S3-UE14 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Environnement et Santé» et est recommandée pour le parcours Environnement et Santé. Cette UE est réalisée en coordination par convention avec : U2 Médecine Pharmacie, U2 COM, U1 Chimie et Environnement et U3 IMEP. L enseignement est organisé en ateliers. Ces ateliers, animés en commun par des enseignants des différentes composantes, visent à donner à l étudiant une approche multidisciplinaire et une vision globale sur l ensemble d une problématique d environnement avec pour objectif de rompre les barrières disciplinaires. Des comptesrendus d articles en présence du groupe des enseignants donneront lieu à une discussion ouverte permettant aux étudiants d entrer dans une démarche d analyse critique de la littérature scientifique. Chaque étudiant devra suivre 2 ateliers de 14 h à choisir parmi les suivants : 1. INVASIONS ET TRANSFERTS BIOLOGIQUES. CAUSES, PROCESSUS ET CONSEQUENCES Par son action, directe ou indirecte, l homme permet à des populations ou à des espèces de se développer dans des régions où elles ne vivaient pas auparavant. Dans le cas des espèces impliquées dans des symbioses (au sens large), en particulier dans des interactions durables, l action de l homme les met en contact avec de nouveaux partenaires. Ces processus sont à l origine de modifications de la structure et de la dynamique des populations (pouvant aller jusqu à la spéciation ou à l extinction), des relations interspécifiques, des écosystèmes et des sociétés humaines. On cherchera à mettre en relation causes et conséquences ainsi que les processus biologiques impliqués dans ces phénomènes. Ces questions seront abordées à travers un certain nombre de modèles

69 taxonomiques (virus, bactéries, invertébrés, vertébrés et végétaux) et biologiques (invasions, transferts). 2. LES HYDROCARBURES DANS L ENVIRONNEMENT : ORIGINE, DEVENIR ET EFFETS SUR LA SANTE HUMAINE - Seront abordés la structure et l origine des hydrocarbures naturels et anthropiques, les protocoles d extraction, d isolement et de séparation des différentes familles de composés, les méthodes d analyse qualitative et quantitative, leur devenir abiotique (photooxydation, évaporation ) et biotique. - Seront discutés les techniques de réhabilitation de sites contaminés, les traitements physico-chimiques et biologiques (ex situ et in situ) et les problèmes posés par l utilisation des organismes génétiquement modifiés. - Les effets sur la santé humaine seront abordés sous différents aspects : biotransformation des hydrocarbures, interaction des hydrocarbures et de leurs métabolites avec les cibles biologiques (ADN, lipides, récepteurs Ah ), effets génotoxiques et cancérogènes, effets neurologiques, surveillance et prévention chez les travailleurs exposés. 3. METAUX EN TRACES Les métaux en traces présentent la particularité d être des polluants rémanents dont seule la nature du composé dans lequel l élément chimique est impliqué peut être modifiée. L objectif de cet enseignement en atelier est de montrer la nécessaire complémentarité des apports de différentes disciplines (chimie, biologie, santé ) pour l étude des mécanismes de transport, de transfert dans les chaînes trophiques et de toxicité des métaux. On abordera les sources de contamination et des voies de dispersion dans l environnement, mobilité, biodisponibilité et toxicité suivant la nature du composé dans lequel l élément est impliqué, transferts et effets sur les écosystèmes aquatiques et terrestres, et enfin la toxicologie (contribution de la pollution de l air, effets sur le rein du plomb et du cadmium atmosphériques chez les enfants, résurgence du saturnisme ). 4. POLLUTIONS ATMOSPHERIQUES : CONSEQUENCES SUR LES ECOSYSTEMES ET LA SANTE On abordera d une manière transversale la question des «Pollutions atmosphériques» sous l angle chimique avec la caractérisation des différents agents polluants, sous l angle de l écologie avec la mise en évidence des conséquences des pollutions atmosphériques sur les écosystèmes continentaux aquatiques et terrestres et sous l angle médical avec la mise en évidence des corrélations entre maladies et mortalité et pics de pollution. Seront enfin étudiées les mesures de prévention et la réglementation associée. Jean-Jacques GROB, PU-PH Charles-François BOUDOURESQUE, PR Catherine MASSIANI, PR Jean-Louis dee BEAULIEU, PR

70 ADAPTATION AUX ENVIRONNEMENT NATURELS EXTREMES S3-UE15 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Environnement et Santé» et est optionnelle pour le parcours de Environnement et Santé. 50% cours/50% TD 1. Haute altitude - Physiologie comparée des adaptations à l'hypoxie environnementale: espèces aériennes et aquatiques - Le domaine de la haute montagne : contraintes de l'hypoxie d'altitude et contraintes thermiques - Acclimatement et acclimatation - Le mal des montagnes - Plasticité des organismes exposés à l'hypoxie : les natifs à haute altitude 2. Conditions climatiques extrêmes - La thermorégulation des organismes : biologie cellulaire, physiologie, régulations, moyens de lutte comportementaux - Les climats extrêmes - Adaptations des espèces animales - Survie de l'homme en ambiance thermique extrêmes Jean-Pierre MENU, PR (Santé Navale) ADAPTATION AUX CONDITIONS EXTREMES S3-UE16 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Environnement et Santé» et est optionnelle pour le parcours de «Environnement et Santé». 50% cours/50% TD Hyperactivité (fatigue) et hypoactivité (déconditionnement) Conséquences cellulaires et fonctionnelles de l hypoxie non environnementale - Circonstances d hypoxémie, d ischémie, d hypoxie tissulaire - Stress hypoxique et stress oxydatif (déséquilibre balance oxydants-antioxydants) - Conséquences sur le métabolisme cellulaire - Mise en jeu des facteurs de transduction (HIF) - Réponses intégratives - Adaptation et plasticité cellulaire Hyperoxie normo- et hyperbare : conséquences de l oxygénothérapie Physiologie de l immersion - Survie en immersion - Plongée en apnée Vie sous haute pression

71 - Effets cellulaires des hautes pressions - Dissociation des effets de la pression hydrostatique et des gaz solubles - Réponses à la ventilation en charge - Adaptations circulatoires - Réponses du système nerveux Thérapeutiques instrumentales - Ventilation mécanique - Electrostimulation neuromusculaire chronique Yves JAMMES, PU-PH DESEQUILIBRE DE L ENVIRONNEMENT ET MUTAGENESE, VIELLISSEMENT ET TUMORIGENESE S3-UE17 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Environnement et Santé» et est optionnelle pour le parcours de «Environnement et Santé». Son objectif est d approfondir l approche des mécanismes d action de l environnement au niveau du génome, ses conséquences moléculaires, ses conséquences pathologiques potentielles en terme de cancérogénèse et vieillissement. 50% cours/50% TD Ce module prendra en compte : - les principaux agents génotoxiques et épigénétiques, la notion de cancérogènes potentiels chez l homme, - la génotoxicité directe et indirecte, bioactivation des cancérogènes, mécanismes de réparation, - la mutagénèse, les différents types de mutation, les conséquences des mutations stabilisées, les modifications d expression du génome, - le vieillissement, - la cancérogénèse avec développement des concepts de cocarcinogènes, promotion, progression, dissémination, - les tests de dépistage du risque génotoxique in vivo et in vitro, - les antimutagènes et la prévention des risques. Des exemples concernant des grands problèmes contemporains de pathologies environnementales illustreront cet enseignement. Alain BOTTA, PU-PH

72 PROCESSUS TOXIQUES ET ALLERGIQUES EN RAPPORT AVEC LES DESEQUILIBRES DE L ENVIRONNEMENT S3-UE18 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Environnement et Santé» et est optionnelle pour le parcours de «Environnement et Santé». Son objectif est d amener les étudiants à appréhender les phénomènes de toxicité et d allergie comme conséquences des interactions entre l homme et les perturbations de son environnement d origine naturelle ou anthropique. 50% cours/50% TD Seront pris en compte : 1. Les processus toxiques : différents types de toxiques (toxines naturelles, toxiques d origine anthropique), mécanismes d action cellulaire des toxiques, réactions de l organisme aux toxiques (phénomènes d adaptation, prédisposition génétique ) interaction entre xénobiotiques, toxicogénomique, toxicité expérimentale (in vivo et in vitro) comme mode d évaluation des risques pour l homme. Ces données seront appliquées à travers l étude des principales circonstances d intoxication chez l homme : pollutions aiguës, pollution atmosphérique, toxiques et habitat, toxiques et chaîne alimentaire. 2. Les processus allergiques : différents types d allergènes, différentes voies de pénétration et leur spécificité, notion de relation structure-allergénicité, notion de terrain génétique prédisposant et d atopie, interaction irritation/allergie, mécanismes des différentes réactions allergiques, principales circonstances de l allergie. Ces données seront développées à travers des exemples de pathologies liées aux perturbations de l environnement : pollution atmosphérique et atopie, asthmes professionnels, dermite de contact irritatives et allergiques, interactions pollution atmosphérique-pathologie allergique respiratoire. Alain BOTTA, PU-PH Jean-Jacques GROB, PU-PH Bruno LACARELLE, PU-PH Antoine MAGNAN, PU-PH Daniel VERVLOET, PU-PH TRANSGENESE ET PATHOLOGIES HUMAINES S3-UE19 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Génomique et Santé» et est recommandée pour le parcours de «Génomique et Santé». - Montrer que la seule validation formelle et définitive du caractère pathogène d'une mutation en pathologie humaine passe par la création d'un modèle in vivo - Montrer comment, et à quels niveaux, peuvent être pratiquées des expérimentations à partir d'un modèle de pathologie humaine - Démontrer le caractère indispensable des modèles animaux de

73 pathologies humaines afin de comprendre et de disséquer les mécanismes qui sous-tendent l'apparition de maladies génétiques - Apprendre comment utiliser les modèles animaux pour définir et tester des approches thérapeutiques avant essais humains 50% cours/50% TD 1. Les modèles animaux : définition, types de modèles, applications 2. Techniques d'obtention de modèles animaux : transgénèse, knock-out, knock-in, 3. Méthodes d'exploration clinique, biologique et moléculaire 4. Utilisation pré-clinique des modèles animaux de pathologies humaines, héréditaires et acquises Michel FONTES, PU-PH BASES MOLECULAIRES ET FONCTIONNELLES DE LA VARIABILITE GENETIQUE S3-UE20 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Génomique et Santé» et est recommandée pour le parcours de «Génomique et Santé». Cette UE est optionnelle dans la mention professionnalisée «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive». Cet enseignement est destiné à montrer l'évolution des concepts de la génétique mendélienne à partir d'un concept de maladie monogénique liée à un gène majeur vers un concept beaucoup plus proche de la réalité impliquant des facteurs associés d'origine génétique et extra-génétique. 50% cours/50% TD Cet enseignement sera axé autour de 3 thèmes : 1. Hétérogénéité clinique et génétique 2. Mécanismes épigénétiques de la variabilité 3. Gènes modificateurs et facteurs environnementaux Nicolas LEVY, PU-PH Nicole PHILIP, PU-PH APPROCHE THERAPEUTIQUE DES MALADIES GENETIQUES S3-UE21 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Génomique et Santé» et est optionnelle pour le parcours de «Génomique et Santé». Un des domaines de la génétique le plus porteur d'espoir est celui de la thérapeutique. Le but de cet enseignement est de déterminer quelles sont les possibilités technologiques applicables à la thérapeutique des maladies génétiques, de montrer quelles sont les perspectives dans l'avenir et de définir les arguments en faveur d'une approche spécifique par rapport à chaque pathologie concernée.

74 50% cours/50% TD 1. Principes, techniques et approches de thérapie génique 2. Thérapie cellulaire, cellules souches 3. Les thérapeutiques pharmacologiques appliquées aux maladies génétiques 4. Critères et arguments dans le choix d'une approche thérapeutique (ED) Michel FONTES, PU-PH BIODIVERSITE ET MECANISMES DE L EVOLUTION S3-UE22 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Génomique et Santé» et est optionnelle pour le parcours de «Génomique et Santé». Son objectif esr d apporter aux étudiants les notions indispensables à la compréhension de la génétique moléculaire et de la génomique fonctionnelle dans le contexte de l'évolution. 50% cours/50% TD 1. Théories et mécanismes de l'évolution inter-espèces 2. Concepts de base en phylogénétique 3. Méthodes en phylogénétique moléculaire (construction, fiabilité) 4. Interprétation des arbres phylogénétiques Michel FONTES, PU-PH BASES DE L HEREDITE POLYFACTORIELLE S3-UE23 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Génomique et Santé» et est optionnelle pour le parcours de «Génomique et Santé». Son objectif est d aborder l ensemble des aspects moléculaires et de conseil mais aussi la prise en charge et l aspect pronostique et psychosocial des maladies polyfactorielles (en particulier cardiovasculaires et hémostase). 50% cours/50% TD Pierre MORANGE, MCU-PH FORMATION BIOTECHNOLOGIQUE ET BIO-INFORMATIQUE S3-UE24 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Génomique et Santé

75 » et est optionnelle pour le parcours de «Génomique et Santé». Cette UE est délocalisée et sera réalisée par l Université Montpellier 1. 50% cours/50% TD 1. Formation biotechnologique - De l ADN recombinant au médicament - Informations moléculaires à haut débit (transcriptome, protéome, interactome, métabolome, glycomique) - Techniques de génotypage à haut débit, recherche de mutations - Nouvelles approches diagnostiques - Bio-thérapie : développement industriel et clinique - Les biotechnologies au service de la sécurité sanitaire des aliments - La bio-diversité source de nouvelles molécules - Nanobiologie appliquée 2. Bioinformatique appliquée (en commun avec autres formations) - Bases de données en biologie, algorithmes et bases de données utilisés pour le traitement massif d EST, assemblage de séquences de grands génomes, prédiction de régions codantes et de signaux - La bioinformatique dans la découverte de gènes et de médicaments - Identification de couples cibles/molécules thérapeutiques - Chimie combinatoire ou modélisation moléculaire? - La génomique fonctionnelle in silico Montpellier 1 Philippe BERTA, PR NEUROGENETIQUE S3-UE25 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive». Elle a pour objectif d aborder l ensemble des aspects moléculaires et de conseil génétique mais aussi la prise en charge, l aspect pronostique et psychosocial des pathologies génétiques mendéliennes, pathologies neuro-musculaires, maladies neurodégénératives. Seront envisagées également les bases génétiques des maladies psychiatriques. 50% cours/50% TD Nicole PHILIP, PU-PH

76 CYTOGENETIQUE CONSTITUTIONNELLE ET ONCOLOGIE S3-UE26 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive». 50% cours/50% TD - Méthodes d étude - Caryotype normal et pathologique - Mécanique chromosomique - Conseil génétique dans les maladies chromosomiques - Cytogénétique onco-hématologique Anne MONCLA, PU-PH Marina LAFAGE-POCHITALOFF, MCU- PH GENETIQUE PEDIATRIQUE S3-UE27 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive». 50% cours/50% TD - Bases du développement embryonnaire normal et pathologique - Conseil génétique et prise en charge des maladies génétiques fréquentes (mucoviscidose) - Syndromologie et dysmorphologie - Annonce du diagnostic - Prise en charge du handicap, de la trisomie 21 - Le dépistage néo-natal Nicole PHILIP, PU-PH

77 ENDOCRINOLOGIE, DIABETE, MALADIES METABOLIQUES ET NUTRITION S4-UE1 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive». Elle a pour objectif d aborder l ensemble des aspects moléculaires et de conseil mais aussi la prise en charge et l aspect pronostique et psychosocial des maladies endocriniennes, métaboliques et liées à la nutrition. 50% cours/50% TD Seront abordées les prédispositions génétiques avec les maladies mendéliennes mais également les maladies multifactorielles. Bernard VIALLETTES, PU-PH Bernard CONTE-DEVOLX, PU-PH BASES DE LA PSYCHOLOGIE ET DE LA PSYCHO-ONCOLOGIE S4-UE2 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive». 50% cours/50% TD Seront délivrés des enseignements sur les bases psychologiques et certains aspects spécialisés tels que la psycho-oncologie, l impact psychologique des maladies chroniques, pédopsychiatrie et psychosociologie. Des mises en situation seront en outre proposées. Roland GORI Pierre BEN SOUSSAN GENETIQUE DES PATHOLOGIES SENSORIELLES S4-UE3 Cette UE fait partie des UE de la spécialité «Conseil en Génétique et en Médecine Prédictive». Elle a pour objectif d aborder l ensemble des aspects moléculaires et de conseil génétique mais aussi la prise en charge et l aspect pronostique et psychosocial des maladies sensorielles mendéliennes (surdité, maladies ophtalmologiques). 50% cours/50% TD Nicole PHILIP, PU-PH

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