MENTION «INFECTIOLOGIE : MICROBIOLOGIE, VIROLOGIE, IMMUNOLOGIE» *

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1 UFR Sciences du vivant Bâtiment Lamarck 35 rue H Brion Paris Directeur : Pr Marc Maïer Responsable administratif : Mme Françoise Chevalier MASTER SCIENCES, TECHNOLOGIE, SANTE MENTION «INFECTIOLOGIE : MICROBIOLOGIE, VIROLOGIE, IMMUNOLOGIE» * Responsables de la Mention : Pr Sylvie van der Werf ( svdwerf@pasteur.fr) Pr André Klier ( andre.klier@univ-paris-diderot.fr ) *Cohabilitées avec l Université Paris Descartes et en convention avec l Université Pierre et Marie Curie et l Institut Pasteur 3 SPÉCIALITÉS «RECHERCHE» - Microbiologie (Pr A.Klier) Fondamentale Moléculaire et Médicale Mycologie fondamentale - Virologie (Pr S.van der Werf) Fondamentale Moléculaire et Médicale - (M Viguier) Fondamentale Physiopathologie de le réponse immune 2 SPÉCIALITÉS «PROFESSIONALISANTE» - Développement des Produits de Santé (JM Sallenave) - Microbiologie Appliquée et Génie Biologique (Pr A.Klier) (cohabilitée avec l Université Paris Sud et AgroParisTech et en convention avec l ENVA) Pré-inscription en : Mme Pascale PEREZ pascale.perez@univ-paris-diderot.fr Pré-inscription en M2 : Mme Béatrice TREGUIER b.treguier@univ-paris-diderot.fr 1

2 OBJECTIFS ET DEBOUCHES Avis Aeres (2008) (extrait) Appréciation : A Avis global :(sur la mention et l offre de formation) «Il s agit d un master de très bonne qualité qui a su établir une politique d excellence par la mise en place de programmes de qualité, de procédures d évaluation solides et d une orientation progressive, l ensemble se révélant efficace quand à l insertion des étudiants. / En résumé, il s agit d une offre de formation intégrée unique en Ile de France, diversifiée et de grande qualité» OBJECTIFS - Offrir à des étudiants scientifiques, médecins, pharmaciens, vétérinaires et élèves des Grandes Ecoles de solides connaissances fondamentales et appliquées dans les différentes spécialités de la Mention. - Formation inscrite résolument dans une approche moléculaire utilisant l ensemble des concepts et technologies de la génomique, de la biologie moléculaire et cellulaire appréhendés au niveau le plus fondamental, mais aussi au niveau de ses nombreuses retombées et applications médicales, industrielles et environnementales. DÉBOUCHÉS PRÉVUS - Intégration d'une proportion importante des étudiants dans la filière académique de préparation à la thèse. Les équipes d'accueil des Ecoles Doctorales «Biochimie, Biothérapies, Biologie Moléculaire et Infectiologie» (B3MI) et «Génétique, Infectiologie,, développement» (GC2ID) constituent un support important pour l'insertion des étudiants en stage dès le quatrième semestre de formation (S4) au sein des laboratoires de recherche. Des liens étroits existent aussi avec les laboratoires hospitalo-universitaires - Perspective professionnelle forte dès la sortie du M2 pour les étudiants ayant choisi de s'orienter vers les spécialités «Développement des produits de Santé et Microbiologie Appliquée et Génie Biologique». Ces dernières visent à offrir aux étudiants des débouchés dans les grands groupes du secteur pharmaceutique, agroalimentaire ou de l environnement ainsi qu'au sein des entreprises biotechnologiques. La spécialité microbiologie Appliquée et Génétique Biologique peut également être suivie comme apprenti en alternance. - Les spécialités «recherche» sont aussi ouvertes aux étudiants du secteur pharmaceutique ou médical. Elles sont conçues à la fois comme une formation complémentaire et de spécialisation pour ces étudiants intéressés par des carrières hospitalo-universitaires.. PARTENAIRES -La mention IMVI est proposée en cohabilitation avec l Université Paris Descartes et les spécialités «recherche» sont organisées en convention avec l Université Pierre et Marie Curie et l Institut Pasteur. La spécialité «Microbiologie appliquée et Génie biologique» est cohabilitée avec l Université Paris Sud et AgroParisTech et en convention avec l ENVA. Ces partenariats s inscrivent dans une logique de regroupement thématique francilien visant à ce que l université Paris Diderot propose à ces étudiants un choix élargi de modules d enseignement et d accès à des laboratoires performants et formateurs. 2

3 CONDITIONS D ACCES - L'accès en est ouvert aux étudiants possédant une Licence ou un diplôme équivalent dans le champ des connaissances couvert par les enseignements de la mention. - Les UE 15 à 17 (voir maquette du cursus page suivante) du deuxième semestre de représentent les enseignements les mieux adaptés au M2 de la mention IMVI. L orientation définitive dans la mention s effectue en M2. - Des étudiants en pharmacie, médecine et odontologie de même que des élèves des Grandes Ecoles d Ingénieurs, des ENS et des Ecoles vétérinaires pourront s intégrer dans la mention en suivant des enseignements dès le deuxième semestre de, ou encore à l entrée du M2. Les étudiants, ayant suivi un santé peuvent également postuler à l entrée en M2. ORGANISATION DES ENSEIGNEMENTS - Les deux mentions de master proposés par l UFR Sciences du vivant de l Université Paris Diderot, BC2T ( «Biochimie, Cellules, Cibles Thérapeutiques») et IMVI («Infectiologie : microbiologie, virologie, immunologie») partagent les mêmes enseignements au cours du premier semestre de. Au cours du deuxième semestre, le choix des UE suivies permet l orientation vers l une ou l autre de ces deux mentions. - D'une valeur de 30 ECTS chacun, les semestres S1 et S2 (année ) comportent des enseignements théoriques et pratiques. - Les deux semestres d enseignement de la deuxième année (année M2) comportent des enseignements théoriques et pratiques dispensés au sein de chaque spécialité. Ils sont suivis d un stage de recherche d une durée d environ 7 mois. A l issue de ce stage, les étudiants peuvent, le cas échéant, s engager dans la préparation d une thèse de doctorat (Ecole Doctorales B3MI, B2T, GC2ID ou autres) ou entrer dans le milieu professionnel. 3

4 ARCHITECTURE DE LA MENTION Licences S1 Enseignements indifférenciés en S1 (30 ects) Autres M2 S2 Pré-orientation possible en S2 (30 ects) Etudiants Gdes Ecoles Médecine M2 S3 S3 1 Tronc commun (10 ects) Enseignements de spécialité (20 ects) S4 Stages de recherche ou professionnalisant (30 ects) Etudiants autres Etudiants Gdes Ecoles Médecine MASTER 1ère e t 2ème ANNEE SCIENCES, TECHNOLOGIE, SANTE Me ntion: Biochimie, Ce llule s, Cible s T hérape utique s BC2T ou Infe ctiologie :, Microbiologie e t Virologie IMV I S1 Enseignements indifférenciés commun BC2T et IMVI (1er semestre ) 30 ECTS UE 1 à 6 obligatoire s (27 e cts ) + 1 UE 7 (3 e cts ) au choix parmi le s ECUE du s e cond s e me s tre 1 Biochimie Structurale et Métabolique 2 Biologie Moléculaire 3 Communication Cellulaire et (4 ECTS) 4 Bioinformatique (4 ECTS) (dont 4 ects Ateliers TP obligatoires) 5 Ateliers TP (4 ECTS) 6 Langues 7 Option S2 Pré- orie ntation (2ème s e me s tre ) 30 ECTS 18 e cts obligatoire s s uivant la me ntion BC2T ou IMVI + 12 e cts au choix (UE de 6 ou 3 e cts s auf ce lle chois ie pour le 1e r s e me s tre ) ou ERASMUS UE obligatoires de la Filière dans la mention BC2T (18 ects) 8 Pathologie Moléculaire 8 Pathologie Mol 9 Structure (6ECTS) 12 Enzymo Pharmaco 9 Structure (6ECTS) 10 (3ECTS) Pharmacogén des enzymes du métabo des médicaments 10 Pharmaco 13 Aspect fond mod mol 11 Biotechno des interactions 11 App biotech UE obligatoires de l'une des 3 Filières au choix dans la mention IMVI (18 ects) 15 Microbiologie 15A Phys. Gén.Bact 15B Diversité Biol Euc 16A Introd. Virologie 16 Virologie 16B/17B Hôte Patho 17 17BA Immuno. Fondamen 17C Immuno- Physio ou 17C Stage Erasmus 18 Economie (30 ECTS) ECUE au choix pour le parcours BC2T OU IMVI (12 ects) à prendre de 8 à 24 (sauf ECUE comprises dans la Filière obligatoire) 14 Interaction prot-prot immunotherap stage Eramus + Erasmus option (3 ects 1er sem) 19 Marketing Erasmus 1er semestre 20 Biologie Mol et Dévt 22 Diagnostic 21 Bioinforma (3ECTS) PARCOURS CHIMIE ET THERAPEUTIQUE S1 A Biochimie Structurale et Métabolique Ens e igne me nts indiffére nciés obligatoire s (1e r s e me s tre ) 30 ECTS B Synthèse et Réactivité C Chimie des Heterocycles ( 6 ECTS) D Méthodes spectroscopiques d'analyse E Sciences du Médicament (9 ECTS) F Anglais S2 Pré- orie ntation obligatoire (2ème s e me s tre ) 30 ECTS G Aspects fondamentaux de la Modélisation Moléculaire H Interactions Protéine-Protéine comme Cible Thérapeutique I Enzymologie Pharmacologique et Thérapeutique J Stade de Recherche M2 S3 Orientation (3ème semestre) 30 ECTS Orientation vers le M2 suivant la mention choisie "BC2T" ou "IMVI" BC2T M2 S4 SPÉCIALITÉS RECHERCHE Spécialité 1: Génome et différenciation cellulaire Parcours Biologie moléculaire et fonctionnelle de l'hématopoïèse Parcours Génome et destin cellulaire Spécialité 2: Biomolécules et thérapeutiques Parcours Structure, fonction et ingénierie des protéines Parcours Macromolécules pathologiques et thérapeutiques Parcours Biotechnologies et thérapeutiques (parcours Pro) Parcours Chimie et thérapeutique Spécialité 3: Biophysique Spécialisation (4ème semestres) 30 ECTS ST AGE Entrée dans l'ecole Doctorale B3MI, GC2ID, B2T ou autres IMVI SPECIALITÉS RECHERCHE Microbiologie Parcours Microbiologie Fondamentale Parcours Bactériologie Moléculaire et Médical Parcours Mycologie Fondamentale Virologie Parcours Virologie Fondamentale Parcours Virologie Moléculaire et Médicale Parcours Fondamentale Parcours Physiopathologie de la réponse immune SPECIALITÉS PRO Développement des Produits de Santé Microbiologie Appliquée et Génie Biologique 4

5 SPECIALITES Spécialité : Microbiologie (Resp : Pr A.Klier) Cohabilitations: Universités Paris Descartes Paris Diderot et convention avec l Université Paris Pierre et Marie Curie et l Institut Pasteur. Cette spécialité, issue du DEA de Microbiologie-Virologie est subdivisée en deux parcours : : Fondamental d'une part, et Moléculaire et Médicale d'autre part. Les deux parcours proposeront des enseignements théoriques approfondis et une initiation à la recherche. Un 3ème parcours «Mycologie Fondamentale» est également proposé aux étudiants désireux de se former dans cette thématique. Au sein de cette spécialité sont favorisés les axes de recherche visant à l étude des microorganismes dans leur environnement naturel et à comprendre leur fonctionnement (physiologie), et leur impact sur les écosystèmes. Les études font largement appel aux technologies de la biologie moléculaire, de la biologie cellulaire et de la génomique sous ses différents aspects (fonctionnelles, physiologiques, comparatives et structurales). Plus spécifiquement, sont abordées les notions de biodiversité et de phylogénie, de régulation de l expression génétique, les relations hôtes-pathogènes incluant les réponses de l hôte, l identification des facteurs de virulence, les mécanismes de pathogénicité et les moyens de les contrôler, la transduction de signaux et les mécanismes adaptatifs chez les microorganismes procaryotes et eucaryotes. Des aspects plus finalisés comme l identification bactérienne, la résistance aux antibiotiques et les moyens de contrôle antimicrobien ainsi que les biotechnologies microbiennes, sont également pris en compte. Les microorganismes étudiés sont d une part, des bactéries pathogènes pour l homme, l animal et les plantes (Listeria, Mycobacterium, Leptospires, Yersinia...) et d autre part, des bactéries modèles (E. coli ) et des eucaryotes (levures, champignons). Les sujets de stage proposés aux étudiants relèvent des axes définis ci-dessus et de ces microorganismes. Les laboratoires d accueil sélectionnés sont des structures reconnues pour leur production scientifique et leur capacité d encadrement et de formation. D une manière générale, la priorité dans la formation des étudiants est donnée à des approches intégrées, visant à la compréhension de la physiologie des microorganismes et qui vont des aspects moléculaires les plus fondamentaux à la biologie globale et évolutive. Ceci conduit les étudiants à maîtriser de nombreuses technologies et privilégier les concepts et la question biologique. Spécialité : Virologie (Resp : Pr S.van der Werf) Cohabilitations: Universités Paris Descartes Paris Diderot et convention avec l Université Paris Pierre et Marie Curie et l Institut Pasteur. Cette spécialité, issue du DEA de Microbiologie-Virologie est subdivisée en deux parcours : Fondamental d une part et Moléculaire et Médicale d autre part. Les deux parcours proposeront des enseignements pratiques et théoriques et un stage d initiation à la recherche Différents aspects seront abordés. Pour les virus d intérêt en santé publique (VIH, HTLV, rotavirus, virus des hépatites, herpesvirus, papillomavirus, virus grippaux) ou leurs virus modèles exogènes ou endogènes, les études portent sur les interactions entre les virus et leur hôte et leurs conséquences fonctionnelles tant au niveau cellulaire qu'au niveau de l'organisme. En privilégiant les cellules cibles naturelles de l'infection, les études portent également sur les mécanismes de l entrée virale, de la réplication et de la persistance des génomes viraux, ou de l'assemblage des particules virales, en s attachant à identifier la nature des interactions fonctionnelles entre constituants cellulaires et viraux impliqués ainsi que les mécanismes moléculaires mis en jeu. Elles portent aussi sur les implications de ces interactions en termes de tropisme cellulaire ou de restriction d'hôte. Un autre aspect concerne les implications des interactions dans la physiopathologie de l'infection et notamment l'oncogenèse virale, l'évolution des populations virales, ou encore en termes de réponse aux antiviraux. Les études font appel aux technologies modernes de la biologie moléculaire, de la biologie cellulaire, de l'immunologie et de la génétique. Par une meilleure compréhension du déroulement du cycle viral et des interactions moléculaires mises en jeu entre le virus et son hôte, elles sont susceptibles à terme de déboucher sur l identification de nouvelles cibles thérapeutiques ou la définition de nouvelles stratégies vaccinales. Spécialité : (Resp : Pr :M.Viguier) 5

6 Cohabilitations: Universités Paris Descartes Paris Diderot et convention avec l Université Paris Pierre et Marie Curie et l Institut Pasteur. Cette spécialité est également subdivisée en deux parcours issus du DEA d et du DEA Bases génétiques et moléculaires du système immunitaire normal et pathologique. Il y aura donc le choix entre «approfondie» d une part, et «Physiopathologie de la réponse immune» d autre part. Des enseignements théoriques et pratiques suivis d un stage d initiation à la Recherche seront proposés aux étudiants. Différents aspects de l seront traités comme l ontogenèse, la sélection et la régulation du répertoire des lymphocytes T et B. Malgré des progrès remarquables sur ce thème, l'ontogenèse et la différenciation des lymphocytes T restent des questions centrales en immunologie, en particulier chez l'homme. Seront également abordées des études sur les interactions et la communication cellulaires dans le système immunitaire. Le fonctionnement normal du système immunitaire implique des interactions entre différents types cellulaires qui communiquent au travers de contacts membranaires et de nombreux médiateurs solubles. Dans ce contexte, l'étude de nouveaux récepteurs, de leurs voies de signalisation comme celle de leur intervention dans les interactions cellulaires reste essentielle pour la compréhension des mécanismes immuno-physiopathologiques au cours des maladies infectieuses, cancéreuses ou autoimmunes. Dans le cadre des relations entre l organisme-hôte et ses pathogènes, la description de certains mécanismes d échappement à la réponse immunitaire atteste de l incroyable adaptabilité des microorganismes infectieux et en retour de l adaptabilité du système immunitaire. Le potentiel de ces recherches est d'ouvrir à terme de nouvelles perspectives pour le traitement des maladies infectieuses et en particulier l élaboration rationnelle de nouveaux vaccins. Spécialité(P):Développement des Produits de Santé (Resp : Pr. JM Sallenave) Cette spécialité est destinée à des étudiants intéressés par les domaines de l application et souhaitant une entrée dans la vie professionnelle à Bac+5. Elle est organisée sur la base d enseignements théoriques communs avec les spécialités «Recherche» ci-dessus et spécifiques suivis d un stage en entreprise ou laboratoire industriel. Cette spécialité se propose d offrir aux étudiants des enseignements visant à leur montrer les différentes étapes du laboratoire de recherche à la mise sur le marché de médicaments nouveaux. Les aspects scientifiques, industriels, juridiques et économiques seront abordés par des spécialistes. Un stage d une durée de sept mois en entreprise permettra à l étudiant la découverte du monde industriel et de l application. Spécialité(P): Microbiologie Appliquée et Génie Biologique (Resp : Pr.A.Klier) Cohabilitations : Universités Paris Diderot, Paris Sud et AgroParisTech, convention avec l ENVA La spécialité «Microbiologie appliquée et génie biologique» fait suite au DESS de microbiologie appliquée et génie biologique. Elle offre aux étudiants une promesse crédible d employabilité dans les secteurs d activité concernés, Biotechnologies, Agro-alimentaire, Cosmétologie, Pharmacie-Santé, Environnement, Médical. La spécialité a aussi des liens étroits avec des laboratoires en recherche appliquée (INRA, AFSSA ) et offre aussi la possibilité d effectuer des stages finalisés avec une prolongation éventuelle en thèse grâce à des financements industriels ou régionaux. La spécialité offre donc des débouchés à bac +5 dans le monde des entreprises et pour ceux qui souhaitent poursuivre à bac+8 dans la recherche publique ou privée. Les métiers visés relèvent principalement de la Recherche/Développement, du Marketing, de la Veille technologique et scientifique, de la Communication scientifique et Technique. Pour les débouchés à bac+5, un accent particulier sera mis sur les petites et moyennes entreprises (PME) qui représentent les gisements d emploi du futur. Il s adresse principalement à des étudiants motivés, ayant un excellent niveau en Biologie et/ou en Biochimie, et désireux de se positionner principalement sur le marché de l emploi à Bac + 5. Les enseignements seront dispensés sur les différents sites des établissements cohabilités et un stage en entreprise ou en laboratoire industriel complétera la formation. De plus, cette formation est également proposée en apprentissage par alternance. Cette possibilité constitue un avantage pour une future insertion professionnelle. 6