Grands Principes de Recherche Bibliographique Séminaire Méthodologie Rédaction de Thèse Mercredi 28 novembre 2012 Synthèse des présentations Amélie Beaugrand-Nicolas Dr Didier Vitrac, CDITM, GHSR
Quelques définitions Recherche documentaire : Ensemble des méthodes, procédures et techniques ayant pour objet de retrouver des références de documents pertinents (répondant à une demande d'information) et les documents eux-mêmes. Recherche bibliographique : Ensemble des méthodes, procédures et techniques ayant pour objet de retrouver les références bibliographiques de documents pertinents. 2
Votre sujet de thèse est encore mal défini Vous cherchez des informations pour confirmer votre sujet Vous cherchez des informations pour réorienter votre sujet Vous cherchez des informations pour changer de sujet Bien se concerter avec votre directeur de thèse 3
Votre sujet de thèse est bien défini Vous cherchez des informations pour étayer, amplifier et actualiser votre sujet 4
Comprendre la question afin de formuler correctement la question de recherche documentaire Identifier et récupérer l information pertinente Gérer et communiquer l information Évaluer / sélectionner les outils et les références Communiquer/présenter/diffuser l'information Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Comprendre la question afin de formuler correctement la question de recherche documentaire Préciser les objectifs de la recherche: Exposé oral Derniers chiffres sur une pathologie Approfondir connaissances après un cours Rédaction d un mémoire ou d une thèse Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Définir les termes de la question Bien comprendre les termes Définition précise Vérification de l orthographe et/ou traduction Avoir une vue globale du sujet Connaître l état de la question Identifier les mots de la recherche Repenser sa question en concepts Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Les catalogues Répertorient le fonds documentaire (ouvrages) et la liste des collections (périodiques, revues Tous maintenant en ligne (OPAC = Open Public Access Catalog) Identification et localisation de document, un ouvrage, une revue et d'écrire correctement sa référence Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Les catalogues Exemples de catalogues de bibliothèques: SuDoc www.sudoc.abes.fr WHOLIS http://dosei.who.int/uhtbin/webcat Refdoc http://www.refdoc.fr Exemple de catalogue d éditeur: Elsevier Masson http://france.elsevier.com/html/index.cfm Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Un répertoire de périodiques Liste de titres de périodiques permettant leur identification (éditeur, périodicité, domaine couvert, etc.) Un sommaire de périodiques Equivalent de la table des matières d'un livre Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Une base de données bibliographique +++ Répertorie, organise et indexe un ensemble de données bibliographiques concernant différents types de documents Peuvent présenter: Uniquement des références d'articles de revues (bases de dépouillement d'articles de périodiques) Ou Des références d'ouvrages publiés ou de littérature grise (documents non publiés ou à un nombre restreint d'exemplaires) Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Une base de données bibliographique +++ Contient une notice bibliographique Base signalétique (format court : zones auteur, titre et source) Analytique (référence avec résumé) Ou Critique (résumé avec analyse critique et commentaire) De plus en plus de possibilités d'accès au texte intégral des documents (Full Text) Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Exemples de Bases de données bibliographiques PubMed Central BDSP Web of knowledge Scopus Current Contents Connect Cochrane Pascal et Franci Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Première étape: la notice bibliographique Contient les informations nécessaires pour identifier le document Différents champs avec informations précises (auteur, titre, journal, source, ISSN ou ISBN, etc) Différents formats de présentation Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Deuxième étape: les différents modes de recherche Recherche rapide Recherche avancée ou guidée Recherche experte Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Troisième étape: la syntaxe d interrogation du mode expert Opérateurs logiques dits Booléens: ET, AND; OU, OR; SAUF, EXCEPT, NOT, AND NOT Opérateurs d adjacence et de proximité: ADJ, NEAR, P/n Parenthèses: pour employer simultanément différents opérateurs Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Troisième étape: la syntaxe d interrogation du mode expert Les guillemets La troncature * Le masque? Les flexions Les mots vides Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Quatrième étape: L indexation Permet de caractériser document, menant à son classement et son identification Recherche pertinente, ciblée = gain de temps Mots-clés (Headings) et qualificatifs (Subheadings) Termes rassemblés et classés dans index alphabétiques, index permutés, thesauri plats ou hiérarchisés Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Cinquième étape: Travailler les résultats à l écran Trier les résultats c'est-à-dire ordonner la liste des références en opérant un : Tri par pertinence Tri par défaut Tri chronologique Tri alphabétique Changer le format des références Changer le nombre de références par page Stocker les références Sauvegarder les stratégies d'interrogation Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Sixième étape: Exporter les résultats Faire un choix sur: le nombre de références (notices) à télécharger leur format (notice abrégée, avec résumé, personnalisée, complète) leur impression uniquement leur transfert par messagerie électronique ou bien dans quel type de fichier sauvegarder les données Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Identifier et interroger les sources d'information Structures et organismes producteurs de données factuelles Identifier producteur de données fiables Structures institutionnelles Structures de santé publique Quelques exemples: France: InVS, ANSM, Agence de la Biomédecine Europe: EuroVIH, EuroTB USA: CDC International: WHO, ONUSIDA, UNICEF Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
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Évaluer / sélectionner les outils et les références Les outils Le catalogue La base de données Le périodique Le site Web Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Évaluer / sélectionner les outils et les références Les références Titre du périodique, connu ou pas Langue de publication Modalités d'accès au texte intégral Type de publication (article original, lettre à l éditeur, éditorial, revue de synthèse, meta-analyse, etc.) Date de publication Nombre de pages, de références citées dans l'article (revue de la littérature) Liste des mots-clés indexant l'article Nom des auteurs, affiliation Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
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Gérer/récupérer l'information, les documents Gestion bibliographique informatisée Créer et alimenter base de données personnelle Enregistrer références, stocker documents récupérés, lier aux références Gérer la rédaction bibliographique Ex de logiciels de gestion bibliographique: Zotero Mendeley EndNote (payant) Word Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Gestion automatisée des références de votre thèse - Astuce Zotero est un logiciel gratuit de gestion de références http://www.zotero.org/ Collecte, organise, cite vos références dans le texte et la liste bibliographique EndNote assure les mêmes prestations mais payant 30
Gérer/récupérer l'information, les documents Accès aux documents Ressources institutionnelles (en fonction de l institution à laquelle on appartient) Archives ouvertes (Open Access) Prêt Entre Bibliothèques (PEB) Tiré-A-Part (TAP ou Reprint) Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Gérer/récupérer l'information, les documents Veille bibliographique Démarche prospective, active de mise à jour régulière des informations, références, nécessaires à ses centres d intérêts, ses thèmes de recherche Différents types: Veille thématique Veille sur titre périodique Veille sur un article (citation) Veille de données bibliographiques et/ou factuelles Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Communiquer/présenter/diffuser l'information Présentation claire, concise indispensable Références ou Bibliographie? Références : liste des documents effectivement utilisés dans le texte Bibliographie : liste de documents (sur un même sujet) apportant un complément d information, un approfondissement des connaissances sur le sujet (Pour en savoir plus ) Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Communiquer/présenter/diffuser l'information Des références, pourquoi faire? Justifier tout énoncé qui n'est pas fondé sur les informations directement issues de l'étude ; Vérifier que ces énoncés ont un fondement réel dans la littérature internationale ; Permettre au lecteur de retrouver l'information originale Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Communiquer/présenter/diffuser l'information La rédaction des références Deux raisons: Pour repérer facilement les références dans le texte Pour pouvoir retrouver les documents originaux Doit donc comporter: Appel dans le texte Liste d éléments de repérage Plusieurs systèmes de référence Système «auteur-année» Système «numérique séquentiel» Système «alphabétique numérique» Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Communiquer/présenter/diffuser l'information La rédaction des références Identifier un document : données indispensables le nom du premier auteur l'identification du support (pour les articles : nom de la revue ; pour les livres : nom de l'éditeur et lieu de publication) l'année de publication l'indication de la localisation dans le support (première page et, éventuellement, tome et numéro de publication) Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Communiquer/présenter/diffuser l'information La rédaction des références La Convention de Vancouver +++ Revue dont le nom ne comporte qu'un mot ne s'abrège jamais Tous les mots se terminant en «-ology», «-ologie» ou «-ologia» s'abrègent après le «l» Les abréviations des mots d'une langue autre que l'anglais ne comportent aucune accentuation Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Communiquer/présenter/diffuser l'information La rédaction des références Exemple Thiébaut R, Leroy V, Alioum A, Binquet C, Poizat G, Salmi LR, et al. Biases in observational studies of the effect of prenatal treatment for congenital toxoplasmosis. Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol 2006;124:3-9. Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Quelques définitions Normes de rédaction de la bibliographie pour les thèses de médecine - Exemples Référence d un article: Harrison JD, Rodriguez-Justo M. Commentary on IgG4 related sialadenitis: Mikulicz's disease, Küttner's tumour, and eponymy. Histopathology. 2011;58(7):1164-6. Chapitre d ouvrage: Bouysset M. Le pied rhumatoïde. In: Pathologie ostéo articulaire du pied et de la cheville. 3e éd. Paris: Springer; 2004. p. 149-63 40
Indispensable dans un rapport bien conçu Débuter précocement Présentation standardisée Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Interroger PubMed / MEDLINE Séminaire Méthodologie Rédaction de Thèse Mercredi 28 novembre 2012 Amélie Beaugrand-Nicolas
Illustré par un exemple : recherche des articles les plus récents traitant la transmission du virus du VIH en Afrique Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
PubMed Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
PubMed Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Différents types de recherche Recherche rapide MEDLINE; Recherche experte guidée avec indexation MeSH Recherche guidée (Search Builder) avec indexation MeSH MEDLINE avec indexation MeSH ; recherche experte Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
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Recherche simple Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Recherche simple Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
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MEDLINE Recherche experte guidée avec indexation MeSH Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
MEDLINE Recherche experte guidée avec indexation MeSH Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
MEDLINE Recherche experte guidée avec indexation MeSH Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
MEDLINE Recherche experte guidée avec indexation MeSH Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
MEDLINE Recherche experte guidée avec indexation MeSH Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
MEDLINE Recherche experte guidée avec indexation MeSH Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
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MEDLINE recherche guidée Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012 (Search Builder) avec indexation MeSH
MEDLINE recherche guidée Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012 (Search Builder) avec indexation MeSH
MEDLINE recherche guidée Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012 (Search Builder) avec indexation MeSH
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MEDLINE avec indexation MeSH ; recherche experte Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
MEDLINE avec indexation MeSH ; recherche experte Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Codes des champs de la notice dans PubMed/MEDLINE Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Pubmed Help Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Plusieurs modalités de recherche On ne trouve que ce que l on cherche!! Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Ressources de l Université Bordeaux 2 Séminaire Méthodologie Rédaction de Thèse Mercredi 28 novembre 2012 Amélie Beaugrand-Nicolas
Financée en partie par vos frais d inscription! Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Le site de l université Bordeaux 2 Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Accès au portail étudiant Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Accès à l Espace Numérique de Travail Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
S identifier Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Accès à la Documentation Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Accès à la Documentation Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Accès à la Documentation Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Exemple de recherche Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Exemple de recherche Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Thèses disponibles Amélie Beaugrand- Nicolas - 28 novembre 2012
Utiliser toutes les ressources disponibles!! Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Les Centres de ressources documentaires médicales au CHU de la Réunion CHU Nord Réunion : Bibliothèque Responsable Lynda Minatchy Tel 02 62 90 51 48 biblio.ifsi.fguyon@chu-reunion. CHU Sud Réunion : CDITM Responsable Didier Vitrac Praticien hospitalier Tel 02 62 35 99 59 didier.vitrac@chu-reunion.fr 82
Stratégie documentaire Premier pas Quelque soit l état de votre projet : bien ou mal défini Premier pas : rechercher une ou des thèse sur le même sujet Permet d avoir un exemple, un canevas existant SUDOC Catalogue institutionnel des thèses françaises y compris réunionnaises www.sudoc.abes.fr/ ---->Catalogue 83
Composition bibliographique d une thèse Références de thèses (SUDOC) Références d ouvrages Références d articles de périodiques Références de monographies Adresses de sites Internet Relations de congrès, colloques, rapports locaux, etc. (littérature grise, non commerciale) 84
Quelques définitions Normes de rédaction de la bibliographie pour les thèses de médecine Selon les normes de la convention de Vancouver Guide de rédaction de la bibliographie pour les thèses de médecine et de pharmacie Université de Franche-Comté http://scd.univfcomte.fr/sites/default/files/medecine/guide%20de%20r% C3%A9daction.pdf 85
Stratégie documentaire Recherche de références d ouvrages Par expérience, un bon site très complet pour rechercher des références d ouvrages scientifiques en Français et Anglais : Amazon.fr http://www.amazon.fr Pour rechercher des références d ouvrages scientifiques réunionnais, le catalogue «Papangue» des BU de l université de la Réunion http://bu.univ-reunion.fr/collections/catalogue/ 86
Stratégie documentaire Recherche de références d articles de périodiques La base de donnée bibliographique biomédicale REFDOC de l INIST-CNRS Indexe environ 53 millions de citations d articles,ouvrages, thèses, rapports, actes de congrès,etc. http://www.refdoc.fr/ Recherche en Français/Anglais Recherche gratuite avec tendance pour les articles européens 87
Stratégie documentaire Recherche de références d articles de périodiques Google Scholar http://scholar.google.fr/ Permet parfois de retrouver des références d articles quand les autres ressources sont négatives 88
Stratégie documentaire Recherche de monographies plein texte de l EMC Sur le site EM-Premium en accès sur les PC réseaux du CHU Sud Réunion Le plus souvent en plein texte Le plus souvent en Français 89
Stratégie documentaire Recherche de monographies - Cochrane Database of Systematic Reviews Sur le site Browse Cochrane Database of Systematic Reviews http://www.thecochranelibrary.com/view/0/index.html Parfois en plein texte gratuit Sinon commander au CDITM 90
Stratégie documentaire Recherche de monographies - emedicine http://emedicine.medscape.com/ Monographies gratuites après inscription Monographies actualisées en plein texte 91
Stratégie documentaire Recherche de monographies - HAS http://www.has-sante.fr/portail/jcms/j_5/accueil Publications: Thématiques HAS Evaluations/Recommandations 92
Stratégie documentaire Recherche de sites Internet médicaux CiSMeF : Catalogue et Index des Sites Médicaux de langue Française Produit par le CHU de Rouen http://www.cismef.org/ 93
Stratégie documentaire Recherche de références et documents relevant de la littérature grise Relations de congrès, colloques, rapports locaux, etc. Recherche souvent difficile en dehors des thèses et mémoires qui sont bien référencés Demande parfois des contacts avec les services de documentation des instances locales (ARS, ORS, Conseil général, INVS, INSEE, etc.) L obtention du document correspondant n est pas toujours facile Correspond à une diffusion restreinte et non commerciale d un document scientifique 94
Stratégie documentaire Prêts de thèses et d ouvrages Tout peut être obtenu à la Réunion S adresser au CDITM pour un prêt Sinon s adresser aux Bibliothèques universitaires de la Réunion en tant que lecteur inscrit payant 95
Stratégie documentaire Obtention de thèses numériques Un bon site : TEL serveur de thèses multidisciplinaire http://tel.archives-ouvertes.fr/ Mais ne comporte pas l ensemble des thèses numériques et encore moins l ensemble des thèses Françaises 96
Stratégie documentaire Obtention d articles plein texte Tout peut être obtenu à la Réunion Articles «Free full text» en particulier sur PUBMED mais peu fréquents Articles à partir des bases de revues numériques biomédicales Elsevier ScienceDirect et SpringerLink. Sur inscription 97
Stratégie documentaire Obtention d articles plein texte S adresser aux services de documentation hospitaliers Le CDITM utilise SUBITO. La bibliothèque du CHU Nord utilise l INIST-CNRS Recrute les articles plein texte des revues du monde entier Fourniture de l article en 24-48h par mail au format pdf Sinon s adresser aux Bibliothèques universitaires de la Réunion en tant que lecteur inscrit payant 98
Stratégie documentaire Obtention de relations de congrès, colloques, rapports locaux, etc. Parfois difficile ou impossible à trouver S adresser en priorité aux services de documentation hospitaliers : CDITM qui organise une gestion de la demande Sinon s adresser aux Bibliothèques universitaires de la Réunion en tant que lecteur inscrit payant ou aux instances locales (ARS, ORS, INVS, INSEE, etc.) selon le cas 99
L avenir la documentation transversale au CHU de la Réunion En cours de proposition sur l ensemble du CHU Abonnement au site EM-Premium 45 traités de médecine/115 revues online/fenètre de recherche Package Elsevier Clinical Key 500 top journals online/9000 videos/fenêtre de recherche 100
L avenir la documentation transversale au CHU de la Réunion En cours de proposition sur l ensemble du CHU Au choix avec Package Elsevier ScienceDirect 2290 Revues médicales et diverses/fenêtre de recherche Mise en réseau des revues online hors éditeur Elsevier 334 revues médicales Abonnement au site d actualisation clinique UPTODATE 101
Conclusion Le Dr Vitrac s occupe plus particulièrement des recherches bibliographiques et d informations pour les thèses, sur RDV Contre-partie de ses prestations à titre gracieux (recherche bibliographique; fourniture des documents): un exemplaire numérique de votre thèse validée. Envoi par mail L obtention des documents est satisfaisante à la Réunion Nous sommes à votre disposition pour vous aider dans le cadre de l information médico-scientifique 102
Cours de l UE COM101 (Recherche bibliographique en santé) du Master 1 de Santé Publique de l ISPED à Bordeaux 2, 2011-2012 Cours de l UE COM102 (Recherche Médicale Scientifique) du Master 2 de Santé Publique, spécialité Epidémiologie Clinique de l ISPED à Bordeaux 2, 2012-2013 Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012
Le CHU de la Réunion L Unité de Soutien Méthodologique Dr Laetitia Huiart Cyril Ferdynus Le Département d Information Médicale du GHSR Dr Jean-Fabien Rouanet Dr Oliver Fels Le Centre de Documentation, d Information et de Télématique Médicales Dr Didier Vitrac Mes co-internes Juliana Ramiandrisoa, Marianne Dubard-Gault, Morienn Peton, Aurélie Martin Amélie Beaugrand-Nicolas - 28 novembre 2012