IPOL: journal, logiciel et archives expérimentales en math appliquées

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1 IPOL: journal, logiciel et archives expérimentales en math appliquées FRéDoc 2013 Centre Paul Langevin, Aussois Nicolas Limare CMLA, ENS Cachan, FR/JP IPOL Image Processing On Line IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 1

2 IPOL: journal, logiciel, archives visite guidée pourquoi? comment? autour d'ipol conclusion IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 2

3 IPOL: Image Processing On Line IPOL is a research journal of image processing and image analysis. Each article contains a text describing an algorithm and source code, with an online demonstration facility and an archive of online experiments. The text and source code are peer-reviewed and the demonstration is controlled. IPOL is an Open Science and Reproducible Research journal. IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 3

4 IPOL: Image Processing On Line IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 4

5 IPOL: journal projet editorial, comité éditorial articles, auteurs, editeurs rapporteurs, procédure de relecture et validation ISSN, DOI citations et indexation IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 5

6 IPOL: traitement d'images distortion débruitage détection restauration + video, 3D, infrarouge, stereo, satellite, astronomie, IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 6

7 IPOL: logiciel chaque article DOIT inclure une implémentation logicielle les logiciels sont lus, vérifiés, validés et publiés règles éditoriales appliquables au logiciel: langage, présentation, robustesse, etc. Le logiciel est un autre type de données : produit non textuel du processus de recherche Les articles sont incomplets sans le logiciel. IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 7

8 IPOL: démo web accès immédiat et ouvert aux algorithmes via une interface web calcul en temps réel sur données libres vérification des résultats annoncés dans les articles exploration expérimentale des algorithmes: variation des paramètres ou des données traitées évaluation préliminaire rapide d'une methode IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 8

9 IPOL: archives expérimentales archivage public des expériences faites avec les démos web: input/output sur données originales pour les lecteurs/utilisateurs: large échantillon de tests, robustesse pour les auteurs: feedback indirect des utilisateurs de l'algorithme la publication PRODUIT des données IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 9

10 IPOL: chiffres depuis fin 2010: - 45 article publiés - 38 en cours d'évaluation citations (cf. Google scholar...) Statistiques 2013 (jan.-sept.): visites téléchargements (½ code/données, ½ PDF) expériences sur demo web données originales d'expérience IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 10

11 IPOL: pourquoi publication incomplète sans logiciel (ou données) cf. reproducible research manque de valorisation du travail sur le logiciel (ou données) valo. via le circuit habituel publication/citation pas de solution existante politiques editoriales de journaux solutions neutres de dépôt/archivage/diffusion au-delà du preprint jamais si bien servi que par soi-même :-) IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 11

12 IPOL: nécessité du logiciel sans logiciel, l'article est une voie sans issue. vérification réutilisation reproduction extension comparaison... IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 12

13 IPOL: communication vs. science article communication données science logiciel paramètres pre/post traitement visualisation... Uwe Kils IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 13

14 IPOL: copyright & licences outillage juridique minimal objectif prioritaire: diffusion pas de transfert de copyright articles sous Creative Commons avec restrictions CC-BY-NC-SA logiciel sous licence libre GPL/BSD données sous Creative Commons ouvert CC-BY/CC0 IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 14

15 IPOL: moyens noyau de pilotage au CMLA, ENS Cachan équivalent ~2 temps plein, distribué - pilotage et suivi éditorial - production éditoriale, copyediting - gestion des outils informatiques - développements logiciels et web collaborations internationales - Univ. Illes Balears, Palma, Espagne - Univ. de la Republica, Montevideo, Uruguay - Univ. Las Palmas de Gran Canaria, Espagne moyens techniques modestes (total ~50000 ) financement en marge de projets de recherche voisins IPOL est un outil et une methodologie de travail IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 15

16 IPOL: extensions Chaque domaine de recherche a ses propres besoins, contraintes et solutions. IPOL ne deviendra pas un mega-journal de logiciel web-executable. nouveau journal J-RASP en traitement audio expérimentation via des special issues IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 16

17 IPOL: autres initiatives quelques autres journaux ont des règles relatives au logiciel et/ou oublient du logiciel: Geophysics, Source Code for Biology and Medicine, Journal of Open Research Software, Computing in Science and Engineering, JMLR, mais il n'y a pas de review et validation du logiciel problème de fiabilité et pérennité et ausi: Figshare, RunMyCode / Run&Share, DataDryad, Harvard Dataverse, Ubiquity Metajournals, IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 17

18 IPOL: autres données on a besoin de données de référence pour benchmarks - identifiées, décrites - librement utilisables - disponible à long terme quelques articles IPOL décrivent et publient des jeux de données standard pas de solution ouverte d'hébergement de données scientifiques en IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 18

19 IPOL: bénéfices enquête auteurs: le plus important: les citation - IPOL est une nouvelle source de citations - mais on attend un Impact Factor valorisation du travail sur le logiciel meilleur archivage des recherches meilleure communication avec collègues utile pour convaincre les rapporteurs de journaux ou conférences IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 19

20 IPOL: article/code/données distinction artificielle Amsterdam Data Citation Manifesto Science Code Manifesto nécessité de contrôle type éditorial tout travail mérite citation et reconnaissance mais regime de copyright different (en France) IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 20

21 Amsterdam Data Citation Manifesto Data should be considered citable products of research. Such data should be held in persistent public repositories. If a publication is based on data not included with the article, those data should be cited in the publication. A data citation in a publication should resemble a bibliographic citation and be located in the publication s reference list. Such a data citation should include a unique persistent identifier. The identifier should resolve to a page that either provides direct access to the data or information concerning its accessibility. If the data are available in different versions, the identifier should provide a method to access the previous or related versions. Data citation should facilitate attribution of credit to all contributors. IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 21

22 Science Code Manifesto All source code written specifically to process data for a published paper must be available to the reviewers and readers of the paper. The copyright ownership and license of any released source code must be clearly stated. Researchers who use or adapt science source code in their research must credit the code s creators in resulting publications. Software contributions must be included in systems of scientific assessment, credit, and recognition. Source code must remain available, linked to related materials, for the useful lifetime of the publication. IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 22

23 IPOL: nouvelles metriques au-delà de la citation: - nombre de telechargements - nombre d'execution en ligne mesure de l'utilité de la recherche hors du cercle des chercheurs mise en évidence de domaines industriels d'application mais pas d'outillage pour évaluer la réutilisation du logiciel IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 23

24 IPOL: conclusions définition élargie des données - logiciel inclus - sciences non expérimentales inclues mettre en ligne est insuffisant; il faut publier selon un processus éditorial scientifique la publication scientifique est à réinventer nouveau rôle IST?? la publication enrichie de services génère de nouvelles données IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 24

25 IPOL: contacts @IPOL_journal IPOL: JOURNAL, LOGICIEL, ARCHIVES 25