Guide du système HiSeq MD 3000

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1 Guide du système HiSeq MD 3000 DESTINÉ À LA RECHERCHE UNIQUEMENT EXCLUSIF À ILLUMINA Nº Rév. A FRA Février 2015 Nº de référence SY DOC Avec Custom Protocol Selector, élaborez un document de référence personnalisé, court et inclusif à partir de votre flux de travail support.illumina.com/custom-protocol-selector.html

2 Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et ses sociétés affiliées («Illumina»), et sont exclusivement destinés à l usage contractuel de son client dans le cadre de l utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et à aucune autre fin. Ce document et son contenu ne seront utilisés ou distribués à aucune autre fin et ne seront communiqués, divulgués ou reproduits d aucune façon sans le consentement écrit préalable d Illumina. Par le présent document, Illumina ne cède aucune licence en lien avec son brevet, sa marque de commerce, son copyright ou ses droits traditionnels, ni aucun droit semblable de quelque tiers que ce soit. Les instructions contenues dans ce document doivent être suivies strictement et explicitement par un personnel qualifié et adéquatement formé de façon à assurer l utilisation correcte et sûre du ou des produits décrits dans les présentes. Le contenu intégral de ce document doit être lu et compris avant l'utilisation de ces produits. LE MANQUEMENT À LIRE COMPLÈTEMENT ET À SUIVRE PRÉCISÉMENT TOUTES LES INSTRUCTIONS CONTENUES DANS LES PRÉSENTES PEUT CAUSER DES DOMMAGES AUX PRODUITS, DES BLESSURES AUX PERSONNES, UTILISATEURS OU AUTRES, ET DES DOMMAGES AUX AUTRES BIENS. ILLUMINA REJETTE TOUTE RESPONSABILITÉ RÉSULTANT DE L USAGE ABUSIF DU OU DES PRODUITS DÉCRITS DANS LES PRÉSENTES (Y COMPRIS DES PIÈCES DE CES PRODUITS OU DES LOGICIELS) OU DE TOUTE UTILISATION DE CE(S) PRODUIT(S) QUI SORT DU CADRE DES LICENCES OU DES PERMISSIONS ÉCRITES EXPRESSES ACCORDÉES PAR ILLUMINA EN RAPPORT À L ACQUISITION DE CES PRODUITS PAR LE CLIENT. DESTINÉ À LA RECHERCHE UNIQUEMENT 2015 Illumina, Inc. Tous droits réservés. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, HiSeq X, Infinium, iscan, iselect, MiSeq, NeoPrep, Nextera, NextBio, NextSeq, Powered by Illumina, SeqMonitor, SureMDA, TruGenome, TruSeq, TruSight, Understand Your Genome, UYG, VeraCode, verifi, VeriSeq, la couleur orange citrouille et la conception des bases en flux continu sont des marques de commerce d Illumina, Inc. ou de ses filiales aux États-Unis ou dans d autres pays. Tous les autres noms, logos et marques de commerce sont la propriété de leurs détenteurs respectifs. ii Nº Rév. A FRA

3 Table des matières Table des matières iii Chapitre 1 Vue d ensemble 1 Introduction 2 Composants du système HiSeq Consommables pour le séquençage 6 Démarrer le système HiSeq Logiciel HiSeq Ressources supplémentaires 13 Chapitre 2 Réalisation d une analyse de séquençage 15 Introduction 16 Flux de travail de séquençage 17 Saisir les paramètres d analyse 18 Charger et amorcer des réactifs 22 Charger la Flow Cell de séquençage 29 Surveiller l analyse 33 Chapitre 3 Procédures après analyse 35 Introduction 36 Décharger et peser des réactifs 37 Réaliser un lavage de maintenance 38 Réaliser un lavage à l eau 41 Effectuer un formatage rapide du lecteur de sortie 43 Inactivité de l instrument 44 Arrêter l instrument 45 Chapitre 4 Real-Time Analysis 47 Introduction 48 Présentation de RTA v2 49 Flux de travail de l analyse temps réel 51 Fichiers de sortie de séquençage 55 Numérotation des plaques 56 Chapitre 5 Dépannage 57 Introduction 58 Problèmes possibles de configuration de l analyse 59 Réaliser une vérification de la fluidique 60 Suspendre ou arrêter une analyse 61 Possible réhybridation du primer de lecture 1 63 Index 65 Assistance technique 69 Guide du système HiSeq 3000 iii

4 iv Nº Rév. A FRA

5 Chapitre 1 Vue d ensemble Vue d ensemble Introduction 2 Composants du système HiSeq Consommables pour le séquençage 6 Démarrer le système HiSeq Logiciel HiSeq Ressources supplémentaires 13 Chapitre 1 Guide du système HiSeq

6 Vue d ensemble Introduction Le système HiSeq MD associe une ingénierie innovante et la chimie SBS éprouvée pour définir de nouveaux critères en matière de débit, de simplicité et de rentabilité. Le système HiSeq 3000 est doté des fonctionnalités suivantes : } Imagerie à double surface : le système HiSeq 3000 utilise un système d épifluorescence à deux caméras et quatre capteurs avec une technologie de numérisation de pointe pour permettre une imagerie à double surface. } Flow Cell modélisée : le système HiSeq 3000 utilise une Flow Cell modélisée qui permet de générer des amplifiats de séquençage dans un arrangement ordonné, ce qui améliore les lectures de sortie et les données générées. } Réfrigérant pour réactifs haute capacité : le compartiment de réactifs est un réfrigérant haute capacité qui contient suffisamment de réactifs pour la réalisation de toute l analyse de séquençage. } Fluidique intégrée pour les analyses à lectures appariées : la fluidique appariée intégrée fournit des réactifs à partir du compartiment de réactifs vers la Flow Cell pour la resynthèse de la lecture 2 et le séquençage indexé. } Options de contrôle de l interface : l interface logicielle de l instrument vous permet de configurer une analyse et d utiliser l instrument à l aide de l écran tactile ou du clavier intégré. } Définition des bases en temps réel : le logiciel de l instrument extrait les intensités des images et réalise la définition des bases par score de qualité sur l ordinateur de l instrument, ce qui permet de surveiller les indicateurs de qualité au cours de l analyse et d économiser du temps durant l analyse ultérieure des données. L analyse en aval des données de séquençage peut être effectuée avec le logiciel d analyse d Illumina ou avec un logiciel tiers sur une infrastructure personnalisée. } Connectivité à BaseSpace : le système HiSeq 3000 intègre une option d'envoi en temps réel des données sur la santé et le séquençage recueillies par l instrument à la solution de génomique en nuage BaseSpace, en vue de simplifier l analyse et le contrôle qualité de l instrument. 2 Nº Rév. A FRA

7 Composants du système HiSeq 3000 Le système HiSeq 3000 comprend l instrument, l écran, l ordinateur de contrôle de l instrument et les accessoires, comme le clavier, la souris et le lecteur de code à barres. L instrument compte quatre compartiments principaux : le module optique, le compartiment de Flow Cell, le compartiment fluidique et le compartiment de réactifs. L état de fonctionnement de l instrument est indiqué dans une barre d état illuminée. Figure 1 A B C D E Composants externes Module optique : contient les composants optiques qui permettent l imagerie à double surface de la Flow Cell et l imagerie simultanée de A, C, G et T à l'aide de l épifluorescence. Le faisceau laser d excitation passe à travers l objectif et la fluorescence est recueillie à travers le même objectif. Compartiment de la Flow Cell : contient la platine de la Flow Cell commandée par dépression, qui maintient la Flow Cell en place pendant les analyses de séquençage. Compartiment fluidique : contient les pompes fluidiques qui envoient les réactifs à la Flow Cell, puis au conteneur de déchets. Barre d état : indique l état de l instrument à l aide de trois couleurs. Le bleu indique que l instrument effectue une analyse, l orange qu il nécessite une surveillance et le vert, qu il est prêt à commencer l analyse suivante. Compartiment des réactifs : contient les supports des réactifs requis pour les analyses de séquençage et la solution de lavage pour les lavages de l instrument. Composants du système HiSeq 3000 Compartiment des réactifs Le compartiment de réactifs est un réfrigérant pour réactifs haute capacité qui contient deux supports de réactifs : un pour les réactifs SBS et un pour les réactifs d indexage et appariés. Les poignées du dispositif d aspiration abaissent les dispositifs d aspiration dans les flacons de réactif. } Support de réactifs SBS : situé en position centrale, à droite du support apparié. Il contient des flacons coniques de 250 ml. Les positions numérotées correspondent aux connexions sur une valve sélectrice de réactifs interne. } Support de réactifs d indexage et appariés : situé dans la position de gauche. Il comporte une rangée de positions numérotées dans laquelle se trouvent des flacons coniques de 15 ml contenant les réactifs appariés et d indexage. } Réfrigérant pour réactifs : le réfrigérant pour réactifs accueille les supports de réactifs et se maintient à une température interne de 2 C à 8 C. Guide du système HiSeq

8 Vue d ensemble Figure 2 Compartiment des réactifs A B C Poignées du dispositif d aspiration Support de réactif pour les réactifs d indexage et appariés Support de réactifs pour les réactifs SBS Compartiment de Flow Cell Le compartiment de Flow Cell contient la platine de Flow Cell, la station thermique, le système de décompression et les connexions fluidiques menant à la Flow Cell. Figure 3 Platine de Flow Cell A B Flow Cell Levier de Flow cell La Flow Cell est positionnée sur la platine de Flow Cell, qui entre et ressort du champ d action du module optique. Les ports d entrée et de sortie de la Flow Cell sont orientés vers le bas et maintenus par un vide sur le portoir de Flow Cell. Le levier de Flow Cell éclairé en face du portoir de Flow Cell contrôle la décompression. Le voyant du levier de Flow Cell devient vert lorsque le joint de décompression est hermétique. 4 Nº Rév. A FRA

9 Flow Cell modélisée La Flow Cell utilisée sur le système HiSeq 3000 est une Flow Cell modélisée comportant des milliers de nano-puits ordonnés. Les puits sont intégrés au verre de la Flow Cell et permettent de générer des amplifiats de séquençage dans un arrangement ordonné. Les amplifiats sont alignés de manière groupée, ce qui permet d améliorer le nombre de lectures de sortie ainsi que la quantité de données générées. La Flow Cell modélisée contient huit rainures et deux témoins par rainure, et elle possède les mêmes dimensions générales qu une Flow Cell HiSeq à débit élevé. La Flow Cell modélisée est fournie dans la HiSeq 3000/4000 PE Cluster Kit et livrée sèche dans un emballage d aluminium. Dans l emballage d aluminium, la Flow Cell est conditionnée dans un étui de protection à rabat en plastique. Figure 4 Exemple d amplifiats sur une Flow Cell modélisée Composants du système HiSeq 3000 Guide du système HiSeq

10 Vue d ensemble Consommables pour le séquençage Le séquençage sur le système HiSeq 3000 nécessite des réactifs et d autres consommables fournis dans des trousses Illumina. Consommables fournis par l utilisateur Consommable Fournisseur Utilisation Lingettes imbibées d alcool isopropylique à 70 % ou d éthanol à 70 % Bonbonne, au moins 6 litres VWR, nº de référence Fournisseur de laboratoire général Nettoyage de la Flow Cell et de la platine de Flow Cell. Fournisseur de laboratoire général Préparation de la solution de lavage de maintenance. Tubes de centrifugeuse, 250 ml Corning, nº de référence Lavage de maintenance et lavage à l eau de l instrument. Tubes coniques, 15 ml Corning, nº de référence Collecte et mesure des volumes de déchets. Lavage de maintenance et lavage à l eau de l instrument. Tubes coniques, 50 ml, autonomes (en option) Gants jetables, sans talc Tissu de laboratoire peu pelucheux Papier optique, 10,1 15,2 cm (4 6 po) Extrémités de pipettes, 200 µl Corning, nº de référence Fournisseur de laboratoire général VWR, nº de référence VWR, nº de référence Stockage des Flow Cells. Utilisation générale. Nettoyage du portoir de Flow Cell. Nettoyage de la Flow Cell. Fournisseur de laboratoire général Fractionnement des volumes de réactifs. Extrémités de pipettes, µl Fournisseur de laboratoire général Fractionnement des volumes de réactifs. ProClin 300, 50 ml Sigma-Aldrich, nº de référence U Lavage de maintenance de l instrument. Tween 20, liquide visqueux, 100 ml Sigma-Aldrich, nº de référence P7949 Lavage de maintenance de l instrument. Brucelles en plastique à bout carré McMaster-Carr, nº de référence 7003A22 Retrait des joints de la Flow Cell. Eau de laboratoire, 18 M Ohm Millipore Supports de réactifs SBS et PE, positions contenant du PW1. Lavage de l instrument. 6 Nº Rév. A FRA

11 Démarrer le système HiSeq Démarrez l ordinateur de contrôle de l instrument. 2 Connectez-vous au système d exploitation à l aide du nom d utilisateur et du mot de passe par défaut. Nom d utilisateur : sbsuser Mot de passe : sbs123 Patientez jusqu à ce qu il soit chargé. Si les valeurs par défaut ne fonctionnent pas, consultez l administrateur de votre installation pour connaître le nom d utilisateur et le mot de passe spécifiques de votre site. 3 Mettez l interrupteur principal sur la position ON (activé). Lorsque vous êtes face à l instrument, l interrupteur se situe du côté gauche. 4 Attendez au moins une minute que les dispositifs de l instrument soient correctement configurés et que le lecteur de l instrument appelé DoNotEject (Ne pas éjecter) s initialise. Une fenêtre s ouvre lorsque le disque est initialisé. Fermez la fenêtre. Si la fenêtre ne s ouvre pas, regardez dans Poste de travail pour trouver le lecteur DoNotEject (Ne pas éjecter). REMARQUE N éjectez jamais le lecteur flash DoNotEject (Ne pas éjecter) situé à l intérieur du châssis de l instrument et ne modifiez jamais les fichiers qu il contient. Ce lecteur contient des fichiers de configuration du matériel et s initialise à chaque mise sous tension de l instrument. 5 Pour assurer un espace disque adéquat, archivez sur un emplacement réseau les données issues des analyses précédentes présentes sur l ordinateur de l instrument. 6 Ouvrez le HiSeq Control Software (HCS) en utilisant l icône de raccourci située sur le bureau de l ordinateur. L initialisation du logiciel de commande prend quelques minutes. Lorsque le logiciel est initialisé, l écran de bienvenue s affiche et l icône d initialisation apparaît dans le coin inférieur droit de l écran. Démarrer le système HiSeq 3000 Meilleures pratiques pour l utilisation de l instrument et de l ordinateur de commande } Ne mettez pas l ordinateur sous tension lorsque l instrument est en marche. Mettez toujours l ordinateur sous tension avant d allumer l instrument. } Ne mettez pas l instrument hors tension lorsque le logiciel de commande de l instrument est en marche. } Attendez une minute après avoir éteint l instrument avant de le remettre en marche. } Branchez les câbles USB de l instrument, du moniteur et du clavier à l arrière de l ordinateur avant de mettre ce dernier sous tension. } Branchez le lecteur de codes à barres et la souris aux ports USB situés à l avant de l ordinateur. Guide du système HiSeq

12 Vue d ensemble Logiciel HiSeq 3000 Trois applications logicielles sont installées sur l ordinateur de l instrument : } Logiciel de commande HiSeq 3000 : l interface du HiSeq Control Software (HCS) vous guide tout au long des étapes de configuration d une analyse de séquençage. Au cours de l analyse, le logiciel de commande exploite le matériel de l instrument, contrôle la fluidique, définit les températures et présente un récapitulatif visuel des statistiques de qualité. } Logiciel Real-Time Analysis : intégré au le logiciel de commande, Real-Time Analysis (RTA) effectue la définition de base et associe un score de qualité à chaque base pour chaque cycle. Pour en savoir plus, consultez la section Real-Time Analysis à la page 47. } Logiciel Sequencing Analysis Viewer : le logiciel Sequencing Analysis Viewer (SAV) fournit des statistiques détaillées de qualité. Interface du logiciel de commande du système HiSeq 3000 L écran de bienvenue fournit des commandes pour démarrer une analyse de séquençage, laver l instrument et effectuer une vérification du système. Lorsqu une analyse est terminée, le logiciel vous invite à démarrer le lavage de l instrument. Une fois le lavage terminé, le logiciel revient à l écran de bienvenue. Figure 5 Écran de bienvenue A B C Bouton de menu de l écran de bienvenue Panneau de l interface principale Indicateurs d activité Commandes de l écran de bienvenue L écran de bienvenue comprend les commandes Séquençage, Lavage et Vérification. } Sequence (Séquençage) : sélectionnez Sequence (Séquençage) pour procéder à la configuration d une nouvelle analyse de séquençage. Figure 6 Options de la commande Sequence (Séquençage) 8 Nº Rév. A FRA

13 } Wash (Lavage) : sélectionnez Wash (Lavage) pour lancer un lavage à l eau ou un lavage de maintenance de l instrument. Figure 7 Options de la commande Wash (Lavage) Water Wash (Lavage à l eau) : le lavage à l eau envoie de l eau dans le système afin de le rincer. Un lavage à l eau est requis si l instrument n a pas été utilisé pendant au moins un jour. Un lavage à l eau constitue une option après une analyse de séquençage. Consultez la section Réaliser un lavage à l eau à la page 41. Maintenance Wash (Lavage de maintenance) : le lavage de maintenance envoie du Tween 20 et du ProClin 300 dans le système pour le rincer. Ce lavage est requis tous les 10 jours et est recommandé après une analyse de séquençage. Consultez la section Réaliser un lavage de maintenance à la page 38. } Check (Vérification) : sélectionnez Check (Vérification) pour ouvrir l écran de vérification de la fluidique et vous assurer que le flux est correct lors de l installation de l instrument ou du dépannage de la fluidique. Logiciel HiSeq 3000 Indicateurs d activité et de capteurs L écran de bienvenue contient une série d icônes situées en bas à droite qui indiquent l activité de l instrument et l état de composants spécifiques selon les capteurs de l instrument. Figure 8 Indicateurs d activité De gauche à droite, les indicateurs d activité représentent les moteurs X, Y et Z, la fonctionnalité de l électronique, la caméra, le système fluidique et les fonctions de traitement. Figure 9 Indicateurs de capteurs De gauche à droite, les indicateurs de capteur représentent la température de la Flow Cell A, la température du réfrigérant pour réactifs, l état du nuage BaseSpace et la température de la Flow Cell B. Guide du système HiSeq

14 Vue d ensemble Icônes d état Une icône d état située dans le coin supérieur droit de chaque écran présente les changements de conditions, les erreurs ou les avertissements lors des étapes de configuration de l analyse et lors de l analyse. Icône d état Nom de l état État correct Information Description Aucun changement. Le système est normal. À titre d information. Aucune action n est requise. Attention Information qui nécessite peut-être votre attention. Avertissement Erreur Les avertissements n interrompent pas une analyse, mais ils requièrent peut-être une intervention avant de continuer. En règle générale, les erreurs interrompent l analyse et requièrent une intervention avant de poursuivre l analyse. Lorsqu un changement de condition se produit, l icône associée clignote afin de vous alerter. Pour résoudre l alerte, sélectionnez l icône afin d ouvrir la boîte de dialogue d état, qui contient une description générale du problème. Sélectionnez Acknowledge (Accusé de réception) pour accepter le message et Close (Fermer) pour fermer la boîte de dialogue. Menu de l écran de bienvenue Le bouton de menu de l écran de bienvenue, situé en haut à gauche de l écran de bienvenue, fournit les options suivantes : } View (Affichage) : fournit des options permettant d afficher l interface en plein écran ou dans une fenêtre, ou de réduire l interface. } Tools (Outils) : permet d accéder à la fenêtre Options et à l option Show Log file (Afficher le fichier journal) : Options (Options) : dans la fenêtre Options (Options), définissez les paramètres d analyse par défaut. Consultez la section Fenêtre Options du menu. Show Log File (Afficher le fichier journal) : répertorie toutes les erreurs qui se produisent dans le logiciel de commande. Utilisez ce fichier journal à des fins de dépannage. } Scanner : active la commande servant à initialiser manuellement le logiciel. } About (À propos) : fournit des renseignements sur le matériel de l instrument, les versions de logiciels et les coordonnées de l assistance technique. } Exit (Quitter) : ferme l interface du logiciel de commande. Fenêtre Options du menu La fenêtre Options du menu fournit des paramètres pour définir le modèle d identifiant d analyse, les emplacements de dossiers par défaut, un serveur LIMS, le nom et le mot de passe de l utilisateur, et si des renseignements sur l état de l instrument doivent être envoyés à Illumina. 10 Nº Rév. A FRA

15 Figure 10 Fenêtre Options du menu } Run ID Template (Modèle d identifiant d analyse) : le modèle de nom utilisé pour nommer les dossiers d analyse. } Default Output Folder (Dossier de sortie par défaut) : dossier de sortie par défaut. REMARQUE Illumina recommande un emplacement réseau pour les dossiers de sortie. Vous pouvez toutefois indiquer un emplacement sur le lecteur O:\, à condition que l emplacement ne soit pas le même que celui du dossier HiSeq Temp. N utilisez pas le lecteur S:\; il est réservé au fonctionnement de l instrument. } Default Temp Folder1 (Dossier temporaire par défaut 1) : emplacement pour l écriture des fichiers temporaires pendant une analyse. Le dossier HiSeq Temp est écrit sur le lecteur O:\. } Run Setup Folder (Dossier de configuration de l analyse) : emplacement des formulaires d échantillon LIMS. } LIMS Server (Serveur LIMS) : nom du serveur pour les interactions avec le système Illumina LIMS pris en charge. } LIMS User Name (Nom d utilisateur LIMS) : nom d utilisateur utilisé lors de l authentification sur Illumina LIMS. } LIMS Password (Mot de passe LIMS) : mot de passe utilisé lors de l authentification sur Illumina LIMS. } Send instrument health information to Illumina to aid technical support (Envoyer les renseignements de l état de l instrument pour faciliter l assistance technique) : autorise l instrument à envoyer des renseignements à BaseSpace pour chaque analyse. Tous les renseignements restent confidentiels. Illumina recommande l activation de cette fonctionnalité. Logiciel HiSeq 3000 Options de suspension et d abandon dans HiSeq 3000 Les options permettant de suspendre ou d abandonner une analyse sur le système HiSeq 3000 sont différentes de celles de certains autres instruments HiSeq. Si vous choisissez d arrêter une analyse, vous n aurez pas la possibilité de reprendre l analyse. Pour plus de renseignements, consultez la section Suspendre ou arrêter une analyse à la page 61. Espace disponible sur le disque Au début de l analyse, le logiciel contrôle l espace disque disponible sur le lecteur O:\ local (lecteur de sortie). Avant qu une analyse puisse commencer, au moins 2 To doivent être disponibles. Guide du système HiSeq

16 Vue d ensemble Si l espace disque descend sous le seuil de sécurité en cours d analyse, le logiciel interrompt l analyse et met la Flow Cell en état de sécurité. L analyse reprend automatiquement lorsqu un espace disque suffisant est disponible. Illumina recommande un formatage rapide du lecteur O:\ après l achèvement d une analyse pour nettoyer le lecteur en vue d une analyse ultérieure. Pour plus de renseignements, consultez la section Effectuer un formatage rapide du lecteur de sortie à la page 43. Présentation de la feuille d échantillons La feuille d échantillons est un fichier au format *.csv généré par l utilisateur et qui contient des renseignements sur l analyse de séquençage. Lorsque l analyse commence, le logiciel copie la feuille d échantillons dans le dossier d analyse, où elle sera utilisée par la suite pour l analyse. Les feuilles d échantillons sont facultatives, sauf si vous utilisez BaseSpace pour effectuer l analyse des données. Utilisez Illumina Experiment Manager (IEM) pour créer une feuille d échantillons avant de lancer l analyse. 12 Nº Rév. A FRA

17 Ressources supplémentaires Les documents suivants sont disponibles en téléchargement sur le site Web d Illumina. Ressource Guide de préparation du site pour les systèmes HiSeq 4000 et HiSeq 3000 (référence _ FRA) Guide de sécurité et de conformité des systèmes HiSeq 4000 et HiSeq 3000 (référence _ FRA) Fichier de rapport de laboratoire HiSeq 3000 (référence ) Guide de référence des trousses d amplifiats HiSeq 3000/4000 (référence ) Description Fournit les spécifications relatives à l espace du laboratoire, les exigences électriques et les considérations environnementales. Fournit des renseignements concernant l étiquetage de l instrument, les certifications de conformité et les questions de sécurité. Fournit un enregistrement interactif des types d analyse, des numéros de lot de réactifs, des poids des réactifs et des volumes distribués pour une analyse à Flow Cell double ou simple. Fournit une description des contenus des trousses d amplifiats ainsi que des instructions pour la préparation des consommables avant de commencer l analyse de séquençage. Ressources supplémentaires Guide de référence des trousses SBS HiSeq 3000/4000 (référence ) Fournit une description des contenus des trousses SBS ainsi que des instructions pour la préparation des consommables avant de commencer l analyse de séquençage. Consultez la page d assistance du système HiSeq 3000 sur le site Web d Illumina pour accéder à la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires aux questions. Guide du système HiSeq

18 14 Nº Rév. A FRA

19 Chapitre 2 Réalisation d une analyse de séquençage Réalisation d une analyse de séquençage Introduction 16 Flux de travail de séquençage 17 Saisir les paramètres d analyse 18 Charger et amorcer des réactifs 22 Charger la Flow Cell de séquençage 29 Surveiller l analyse 33 Chapitre 2 Guide du système HiSeq

20 Réalisation d une analyse de séquençage Introduction Pour effectuer une analyse sur le HiSeq 3000, préparez tous les réactifs, puis suivez les indications du logiciel pour configurer l analyse. Les étapes de configuration de l analyse consistent à entrer les paramètres de l analyse, charger et effectuer l amorçage des réactifs, charger la Flow Cell et procéder à une vérification de la fluidique. Consultez la page des spécifications du système HiSeq 3000 sur le site Web d Illumina pour en savoir plus sur la durée des analyses ainsi que sur les autres spécifications de performances. Consommables pour le séquençage Nom de la trousse du système HiSeq 3000 HiSeq 3000/4000 SBS Kit (300 cycles) HiSeq 3000/4000 SBS Kit (150 cycles) HiSeq 3000/4000 SBS Kit (50 cycles) Préparation de la Flow Cell et des réactifs Nº de référence FC FC FC Avant de configurer l analyse, préparez tous les réactifs nécessaires à celle-ci : réactifs SBS, réactifs d indexage et réactifs appariés. Lors de la configuration de l analyse, chargez tous les réactifs lorsque le logiciel vous y invite. Il n est pas nécessaire de revenir à l instrument au moment de l analyse pour charger des réactifs. Laissez la Flow Cell emballée reposer à température ambiante pendant au moins 30 minutes avant de retirer l emballage en aluminium. Pour plus de renseignements, consultez les guides de préparation des réactifs suivants : } Guide de référence des trousses d amplifiats HiSeq 3000/4000 (référence ) } Guide de référence des trousses d amplifiats SBS HiSeq 3000/4000 (référence ) 16 Nº Rév. A FRA

21 Flux de travail de séquençage Préparez la Flow Cell et les réactifs en vue de l analyse. Consultez la section Préparation de la Flow Cell et des réactifs à la page 16. Saisissez les paramètres de l analyse en suivant les indications de l interface du logiciel de commande. Pesez les réactifs. Chargez les réactifs SBS pour la lecture 1 et la lecture 2, les réactifs d indexage (le cas échéant) et les réactifs appariés. Avec une Flow Cell utilisée, vérifiez que le flux est correct. Amorcez les réactifs SBS et mesurez les déchets d amorçage. Flux de travail de séquençage Chargez une Flow Cell HiSeq 3000/4000 modélisée en amplifiats et vérifiez que le débit est correct. Démarrez l analyse de séquençage. [Facultatif] Après le cycle 2, inspectez le rapport de la première base, puis continuez la lecture 1. Une fois l analyse terminée, déchargez et pesez les réactifs. Réalisez un lavage de l instrument. Guide du système HiSeq

22 Réalisation d une analyse de séquençage Saisir les paramètres d analyse Sur l écran de bienvenue, sélectionnez Sequence (Séquençage). L interface du logiciel de commande vous indique les étapes à suivre pour configurer l analyse. Les étapes de configuration de l analyse sont organisées dans trois onglets : Run Configuration (Configuration de l analyse), Pre-Run Setup (Configuration avant analyse) et Initiate Run (Lancer l analyse). } Les écrans de configuration de l analyse contiennent des listes déroulantes, des cases à cocher ou des champs de texte pour les paramètres de l analyse. Utilisez le lecteur de code à barres portatif pour balayer l identifiant de la Flow Cell ou de la trousse de réactifs, ou entrez l identifiant à l aide du clavier de l écran tactile. L icône du clavier est située à droite des champs de texte. } Sélectionnez Next (Suivant) pour passer à l écran suivant ou Back (Retour) pour revenir à l écran précédent. } À tout moment pendant les étapes de configuration de l analyse, sélectionnez Cancel (Annuler) pour abandonner la configuration de l analyse et revenir à l écran de bienvenue. Écran Storage (Stockage) 1 Sélectionnez Connect to BaseSpace pour connecter l analyse à BaseSpace. 2 Sélectionnez un paramètre pour BaseSpace : Storage and Analysis (Stockage et analyse) : envoie les données de l analyse à BaseSpace pour une surveillance à distance et une analyse secondaire. Cette option requiert une feuille d échantillons. REMARQUE Avant de sélectionner cette option, assurez-vous que votre bande passante réseau est suffisante pour envoyer des données d analyse à BaseSpace. Pour plus de renseignements, consultez le Guide de préparation du site pour les systèmes HiSeq 4000 et HiSeq 3000 (référence _FRA). Run Monitoring Only (Surveillance de l analyse uniquement) : envoie uniquement les fichiers InterOp à BaseSpace, ce qui vous permet de surveiller votre analyse à distance. REMARQUE Par défaut, le logiciel compresse les fichiers de définitions de bases (BCL) et compartimente les scores de qualité, afin de réduire l espace de stockage utilisé. Le compartimentage des scores de qualité regroupe ces derniers selon un large éventail de valeurs sans que cela ait une incidence sur leur précision ou leurs performances. 3 Connectez-vous à BaseSpace avec l adresse électronique et le mot de passe de votre compte MyIllumina. 4 Sélectionnez Browse (Parcourir) pour sélectionner l emplacement de dossier de sortie de votre choix. Il est nécessaire de préciser un dossier de sortie même si vous utilisez BaseSpace pour le stockage et l analyse. 5 Confirmez que le réglage des miniatures est Save All Thumbnails (Enregistrer toutes les miniatures). Le logiciel enregistre automatiquement toutes les miniatures. Une miniature est un échantillon d images en provenance de nombreuses plaques dans chaque colonne de plaques, ou témoin, combinées en une seule image miniature. 18 Nº Rév. A FRA

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