Situation. Formation. Experience

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1 Jérôme WALDISPÜHL Department of Biology, Boston College Chestnut Hill, MA 02467, USA CSAIL, Massachusetts Institute of Technology Cambridge, MA 02139, USA jw@csail.mit.edu Web : people.csail.mit.edu/jw Situation Depuis Jan Intérêts Postdoc dans le département de Biologie du Boston College et le laboratoire d informatique et d intelligence artificielle (CSAIL) du Massachusetts of Institute of Technology. Modélisation et prédiction du repliement des macro-molécules biologiques (Proteines et RNA), théorie des langages et analyse syntaxique, programmation dynamique, analyse d algorithmes, apprentissage, thermodynamique. Formation Novembre 2004 Docteur en Informatique. École Polytechnique Intitulé de la thèse : «Modélisation et prédiction de la structure des protéines transmembranaires» Directeur de thèse : Jean-Marc Steyaert. Président du jury : Christian Choffrut. Rapporteurs : Peter Clote, Marie-France Sagot. Examinateurs : Alessandra Carbone, Philippe Dessen, Thomas Simonson. Juillet 2000 DEA «Algorithmique» École Polytechnique, E.N.S Ulm, E.N.S Cachan, Universités Paris 6,7 & 11 Mention Bien Filières : «Analyse d algorithmes» et «Calcul formel» Module complémentaire : «Combinatoire». Intitulé du mémoire : «Étude des qualités combinatoires du repliement des protéines». Responsable : Jean-Marc Steyaert. Juin 1999 Maîtrise «Mathématiques», mention «Ingénierie Mathématique» Université de Nice Sophia-Antipolis (UNSA) Major de promotion, Mention Très Bien. Modules «Algèbre approfondie», «Géométrie», «Probabilités et Analyse numérique», «Algorithmique et Sémantique» et «Langages et système». Intitulé du mémoire : «Polynome d Ehrhart, Matrice de cooccurence et Application à la reconnaissance de formes». Responsable : Loïc Pottier. Experience Depuis Oct Postdoc dans le laboratoire d informatique et d intelligence artificielle (CSAIL) du Massachusetts Institute of Technology, Depuis Jan Postdoc dans le départment de Biologie du Boston College, A.T.E.R. dans le départment d informatique de l Université de Paris Moniteur dans le départment d informatique de l École Polytechnique.

2 État Civil Date de naissance : 12 Mars 1975 Lieu de naissance : Nice (France) Nationalité : Française Langes francais (natif), anglais (courant)

3 Publications Journaux : Recherche J. Waldispühl, B. Berger, P. Clote and J.-M. Steyaert, Predicting Transmembrane β-barrel and Inter-strand residue interactions from Sequence to appear in Proteins : Structure, Function and Bioinformatics P. Clote, J. Waldispühl, B. Behzadi and J.-M. Steyaert, Energy landscape of k-point mutants of an RNA molecule, Bioinformatics Vol. 21, p , doi : /bioinformatics/bti669 J. Waldispühl and J.-M. Steyaert, Modeling and Predicting All-α Transmembrane Proteins Including Helix-helix Pairing. Theoretical Computer Science, special issue on Pattern Discovery in the Post Genome, p , doi : /j.tcs Actes de conférences Internationales (actes publiés dans un journal) : J. Waldispühl, B. Behzadi and J.-M. Steyaert, An Approximate Matching Algorithm for Finding (Sub-)Optimal Sequences in S-attributed Grammars, Proceeding of the first European Conference on Computational Biology (ECCB 2002), Bioinformatics Vol. 18, p , Brevet : J. Waldispühl and J.-M. Steyaert, Method for Modeling Three-dimensional Topological Structure of Proteins, submitted in 2004, in progress. Articles en soumission : 1. J. Waldispühl and P. Clote, Boltzmann Partition Function and Sampling of Locally optimal RNA Secondary Structures with Respect to the Turner Energy Model, submitted to Journal of Computational Biology 2. P. Clote and J. Waldispühl, RNALOSS : A web server for the number, Boltzmann partition function ensemble free energy, density of states for RNA locally optimal secondary structures, to be submitted to Nucleic Acids Research (Web Server issue) 3. P. Clote, J. Waldispühl, B. Behzadi and J.-M. Steyaert, RNAMutants : A web server to compute energies of all k-point mutants of an RNA sequence, to be submitted to Nucleic Acids Research (Web Server issue) 4. J. Waldispühl, B. Berger, P. Clote and J.-M. Steyaert, transfold : A web server to predict transmembrane beta-barrel supersecondary structures, to be submitted to Nucleic Acids Research (Web Server issue) «Nucleic Acids Research (Web Server issue)» est un numéro annuel de NAR dédié aux serveurs Web. La soummission des articles s effectue en début d année.

4 Logiciels : RNAloss transfold amsag2c Logiciel de calcul de la fonction de partition de Boltzmann et génération aléatoire de structures secondaires localement optimales d ARN, Serveur Web implémenté, article soumis à Nucleic Acids Research, Logiciel de prédiction de la structure des protéines transmembranaires, Serveur Web implémenté, article soumis à Nucleic Acids Research, Logiciel de génération automatique de l algorithme d analyse syntaxique approchée AMSAG. Posters (résumés étendus publiés dans les actes) : J. Waldispühl et P. Clote, A study of the Energy Landscape of RNA, Poster at the Ninth Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2005). J. Waldispühl et J.-M. Steyaert, Modeling and Predicting All-α transmembrane Proteins, Poster at the second European Conference on Computational Biology (ECCB 2003). B. Behzadi, J. Waldispühl et J.-M. Steyaert, Can RNA Super-Optimal Structure improve predictions? Poster at the first Belgium Bioinformatics Conference (BBC 2003). J. Waldispühl et J.-M. Steyaert, Modeling Membrane Protein Structures with S-attribute Grammars, Poster at the «troisièmes Journées Ouvertes en Biologie Informatique et Mathématiques (JOBIM 2002)». Autres : Modeling and Predicting the Structure of Transmembrane Proteins, Thèse de doctorat, École Polytechnique, Novembre 2004, A Study of Combinatorial Properties of Protein Folding, Rapport de DEA, École Polytechnique, Juillet 2000, Erhart Polynomial, Cooccurence Matrices and applications to imagery, Thèse de Maîtrise, Université de Nice and Sophia-antipolis, Juillet Exposés Conferences & Workshops : 1. Décembre 2005 : Bioinformatics workshop of the Computer Science Laboratory of École Polytechnique (conférencié invité) «Predicting Transmembrane β-barrel and Inter-strand residue interactions from Sequence» 2. Mars 2003 : réunion de l Action Spécifique Modélisation et Algorithmique des Structures d ARN au LRI (Paris 11). «AMSAG : un algorithme d analyse syntaxique approché pour les grammaires S-attribuées, et application à la prédiction de la structure secondaire des ARN» 3. Janvier 2003 : réunion IMPG «Bioinformatique Fonctionnelle des Systèmes de régulations Génétiques»à l Université de Marseille Luminy. «Modélisation et prédiction de la structure des protéines transmembranaires par une grammaire S-attribuée multi-bandes» 4. Novembre 2002 : First European Conference on Computational Biology (ECCB 2002) «An Approximate Matching Algorithm for Finding (Sub-)Optimal Sequences in S-attributed Grammars»

5 Seminaires : 1. Décembre 2005 : Bioinformatics seminar of the Boston College «Predicting Transmembrane β-barrel and Inter-strand residue interactions from Sequence» 2. Octobre 2005 : Bioinformatics seminar of the Massachusetts Institute of Technology «Energy landscape of k-point mutants of an RNA molecule» 3. Mai 2005 : Séminaire Bioinformatique du Laboratoire d Informatique de l Université de Paris 11 (LRI) «Bioinformatique structurale : Outils et methodes pour comprendre le repliement des séquences biologiques» 4. Mars 2005 : Bioinformatics seminar of the Massachusetts Institute of Technology «Modeling and Predicting the structure of Transmembrane Proteins» 5. April 2004 : Séminaire Bioinformatique du Laboratoire d Informatique de l Université de Paris 7 (LIAFA) «Modélisation de la structure secondaire des ARNs avec pseudo-nœuds» 6. Septembre 2003 : Séminaire Bioinformatique du Laboratoire d Informatique de l Université de Paris 7 (LIAFA) «Reconstruction des donnés de RMN» 7. Juillet 2003 : Bioinformatics seminar of the Bioinformatics Research Center of Glasgow. «Modeling and Predicting All-α Transmembrane Proteins» 8. Fevrier 2003 : Séminaire Automates seminar du Laboratoire d Informatique de l Université de Paris 7 (LIAFA) «Modélisation et Prédiction de la structure des protéines transmembranaires tout-α avec une grammaire S-attribuée Multi-bandes» 9. Juillet 2002 : Seminaire du Centre pour l Énergie Atomique (CEA) de Saclay. «Modélisation et Prédiction de la structure des protéines transmembranaires tout-α avec une grammaire S-attribuée» 10. Novembre 2001 : Séminaire Bioinformatique du Laboratoire d Informatique de l Université de Paris 11 (LRI) «Modélisation de la structure des protéines membranaires par une grammaire S-attribuée» Stages & Séjours Juillet 2003 : Visite du Bioinformatics Research Center of Glasgow. Mars-Juillet 2000 : Stage de DEA dans le Laboratoire d Informatique de lécole Polytechnique (LIX). Étude des qualités combinatoires du repliement des protéines. Maître de stage : J.-M. Steyaert. Mars-Juin 1999 : Stage de Maîtrise à l Institut de recherche en Informatique et Automatique (INRIA) de Nice Sophia-Antipolis. Ehrhart Polynomial, Cooccurence Matrices and applications to imagery. Maître de stage : Loïc Pottier Encadrements Mars-Juillet 2005 : Master Professionnel en Bioinformatique de l University de Poitiers, «Recherche de proteines transmembranaires dans le protéome de E. Coli» Mars-Juin 2004 : Licence Bioinformatique de l Université de Paris 7, «Reconstruction de la structure 3D des proteines à partir des informations de contact entre residus» Avril-Juillet 2003 : DEA «Algorithmique»de l École Polytechnique, «Comparaison de la structure secondaires des ARNs»

6 Janvier-Avril 2003 : Stage de l École Polytechnique, «Reconstruction de la structure 3D des proteines à partir des informations de contact entre residus» Avril-Juillet 2002 : DEA «Algorithmique»de l École Polytechnique, «Analyse syntaxique approchée des grammaires S-attribuées» Juin-Aout 2002 : Maîtrise en informatique appliquée de l Université de Paris Dauphine, «Interface de construction semi-automatique de grammaires S-attribuées» Janvier-Avril 2002 : Stage de l École Polytechnique, «Interface de construction semi-automatique de grammaires S-attribuées» Autres Rapporteur pour «Bioinformatics»et «Journal of Computational Biology», Membre du comité d organisation du 2005 Bioinformatics Workshop of the LIX : «Bioinformatics : algorithms, structures and statistics», Organisateur de la 1 ere journée Bioinformatique du LIX (2002).

7 Responsibilités Collectives Responsabilités Administratives : Membre élu au nom de thesard et postdoctorant au conseil du Laboratoire d Informatique de l École Polytechnique (LIX), : Membre élu au nom des moniteurs de l École Polytechnique au conseil annuel du CIES de Versailles. Organisation Décembre 2005 : Membre du comité d organisation du 2005 Bioinformatics Workshop of the LIX : «Bioinformatics : algorithms, structures and statistics», (aussi indiqué en section Recherche) Novembre 2004 : Reponsable du staff technique du concours de programmation européen (SWERC) 2004 de l ACM, Novembre 2003 : Membre du staff technique du concours de programmation européen (SWERC) 2003 de l ACM, Décembre 2002 : Organisateur de la 1 ere journée Bioinformatique du LIX. (aussi indiqué en section Recherche)

8 Enseignement Descriptif : Travaux Dirigés et Travaux Pratiques de Programmation en Java Licence Mathématique et Informatique de Paris 7 Effectif : 20 étudiants, Volume horaire : 25 heures de TD, 20 heures de TP Cours de I. Fagnot Travaux Pratiques d Informatique générale (initiation à la programmation) DEUG 1ere année de Paris 7 Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 30 heures Cours de J.-M. Rifflet Travaux Dirigés d Introduction au Langage C Majeure info de l École Polytechnique (M1 info) Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 20 heures Cours de D. Rossin Travaux Pratiques d Algorithmique et Programmation en Java Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 40 heures Cours de J.-E. Pin Travaux Dirigés d Introduction au Langage C Majeure info de l École Polytechnique (M1 info) Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 30 heures Cours de D. Rossin Travaux Dirigés de Programmation Système Licence d informatique de Paris 7 Effectif : 30 étudiants, Volume horaire : 20 heures Cours de J.-B. Yunes Travaux Dirigés de Calculabilité & Complexité Maîtrise de Mathématique et Informatique de Paris 7 Effectif : 15 étudiants, Volume horaire : 24 heures Cours de O. Carton Travaux Pratiques de Programmation Avancée en C Maîtrise de BioInformatique de Paris 7 Effectif : 15 étudiants, Volume horaire : 24 heures Cours de W. Zielonka Travaux Dirigés d Automate & Langage Formel Licence de BioInformatique de Paris 7 Effectif : 30 étudiants, Volume horaire : 20 heures Cours de R. Mantaci Travaux Pratiques d Algorithmique et Programmation en Java Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 40 heures Cours de J.-E. Pin Travaux Dirigés d Introduction au Langage C Majeure info de l École Polytechnique (M1 info) Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 30 heures Cours de D. Rossin

9 Travaux Pratiques d Algorithmique et Programmation en Java Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 40 heures Cours de F. Morain Travaux Pratiques de Scilab Majeure info de l École Polytechnique (M1 info) Effectif : 20 étudiants, Volume horaire : 10 heures Cours de J.-M. Steayert Travaux Dirigés d Introduction au Langage C Majeure info de l École Polytechnique (M1 info) Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 20 heures Cours de F. Chysack Travaux Pratiques d Algorithmique et Programmation en Java Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 40 heures Cours de J.-J. Levy Travaux Pratiques d Algorithmique et Programmation en Java Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 40 heures Cours de F. Morain Travaux Pratiques de bioinformatique Majeure biologie de l École Polytechnique (M1 bio) Effectif : 25 étudiants, Volume horaire : 4 heures Cours de J.-M. Steayert Rédacteur et responsable du Projet Informatique «séquençage de l ADN» Effectif : 40 étudiants, Volume horaire : 20 heures Récapitulatif : Au total, 437 heures d enseignement réparties comme suit : Par type d enseignement : Type DEUG LICENCE MAITRISE Total TD - 65 h. 124 h. 189 h. TP 30 h. 160 h. 38 h. 228 h. Projet - 20 h h. Total 30 h. 245 h. 162 h. 437 h. Par Matière : Matière DEUG LICENCE MAITRISE Algorithmique h. - Programmation en C h. Programmation en Java 30 h. 55 h. - Automates - 20 h. - Calculabilité h. Programmation système - 20 h. - Autre h.

10 Références Prof. Bonnie Berger, Prof. Peter Clote, CSAIL, Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Boston College, Cambridge, MA 02139, USA Chestnutt Hill, MA 02467, USA, Phone : (617) , Phone : (617) , Fax : (617) , Fax : (617) , bab@mit.edu, clote@bc.edu, Prof. Srini Devadas, Prof. Jean-Marc Steyaert, CSAIL, LIX, Massachusetts Institute of Technology, École Polytechnique, Cambridge, MA 02139, USA Palaiseau Cedex, France Phone : (617) , Phone : +33 (1) , Fax : (617) , Fax : +33 (1) , devadas@mit.edu, steyaert@lix.polytechnique.fr,