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1 Chapitre 1 ; Domaine 1 ; Documentation ; Champs référentiels 1.1.1, et Base de données bibliographiques Pubmed-Medline D r Patrick Deschamps,, 30 mai 2007

2 PLAN C2i métiers de la santé Introduction : Définition d une base de données (BDD) Les BDD bibliographiques Généralités sur la BDD Medline La BDD bibliographiques PubMed Medline Faire une recherche sur Pubmed Medline Application C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 2

3 PLAN C2i métiers de la santé Introduction : Définition d une base de données (BDD) Les BDD bibliographiques Généralités sur la BDD Medline La BDD bibliographiques PubMed Medline Faire une recherche sur Pubmed Medline Application C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 3

4 INTRODUCTION (1/2) Les bases de données (banques de données ou en anglais «databases») sont des produits documentaires qui rassemblent : - soit des informations primaires : documents immédiatement utilisables (articles, photos, chiffres) ; - soit des informations secondaires donnant une liste de documents où l on peut trouver l information (auteur, titre, résumé...) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 4

5 INTRODUCTION (2/2) Information primaire BDD en texte intégral BDD factuelles ou numériques (chiffres, statistiques, économie) BDD d'images Ex : dépêches de l'afp Ex : les motifs protéiques (PDB Protein Data Bank). Ex : clipart Information secondaire BDD bibliographiques Ex : Current Contents (toutes disciplines), Medline (en médecine) (http://www.dsi.univ-paris5.fr/bio2/autof2/index.htm) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 5

6 PLAN Introduction : Définition d une base de données (BDD) Les BDD bibliographiques Généralités sur la BDD Medline La BDD bibliographiques PubMed Medline Faire une recherche sur Pubmed Medline Application C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 6

7 LES BASES DE DONNÉES BIBLIOGRAPHIQUES (1/3) Les bases de données bibliographiques sont des outils indispensables pour tout travail de recherche - pour faire un bilan des connaissances actuelles sur un domaine ; - pour ne pas faire ce qui a déjà été fait ; - pour avoir de nouvelles idées ; - C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 7

8 LES BASES DE DONNÉES BIBLIOGRAPHIQUES (2/3) Cahier des charges pour une recherche bibliographique : - Générer une liste d'articles sur un sujet ou un auteur. - Délimiter la recherche par date, par type de document... - Identifier une référence dont on ne possède pas tous les éléments pour la localiser. - Repérer régulièrement les nouvelles publications sur un sujet donné (veille documentaire) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 8

9 LES BASES DE DONNÉES BIBLIOGRAPHIQUES (3/3) Quelques exemples de BDD bibliographiques : MedLine : littérature scientifique en sciences de la santé Pascal : multidisciplinaire : mathématiques appliquées, physique, chimie, sciences appliquées, sciences de l'information, sciences de la terre, biologie, océanologie, astronomie, biotechnologie, agronomie, médecine, psychologie, pharmacologie. (14 millions de références, multilingue). Embase (Excerpta Medica) : recherche sur le médicament ( 40 %), psychiatrie, économie de la santé. (13 millions de références) Autres bases : - Francis (sciences humaines et sociales depuis 1984) - voir le site de la bibliothèque Paris Descartes C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 9

10 PLAN Introduction : Définition d une base de données (BDD) Les BDD bibliographiques Généralités sur la BDD Medline La BDD bibliographiques PubMed Medline Faire une recherche sur Pubmed Medline Application C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 10

11 GÉNÉRALITÉS SUR LA BDD MEDLINE (1/4) (MEDical Literature analysis and retrieval system on LINE) BDD bibliographiques anglophone développée par la NLM (National Library Medecine, United States) BDD bibliographiques dans le domaine biomédical : biologie, santé publique, biochimie, médecine clinique, éthique, économie de la santé, psychiatrie toxicologie, pharmacologie, médecine vétérinaire. C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 11

12 GÉNÉRALITÉS SUR LA BDD MEDLINE (2/4) Historique : 1964 : MEDical Literature Analysis and Retrieval System 1971 : MEDLINE (Accès à MEDLARS à distance) Accessibilité par CD-ROM 1996 : Mise à disposition gratuitement sur Internet Naissance de PubMed (Public Access to Medline) Interface «Entrez» développée par le NCBI (National Centre for Biotechnology Information) de la NLM. C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 12

13 GÉNÉRALITÉS SUR LA BDD MEDLINE (3/4) Adresse URL Pubmed : C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 13

14 GÉNÉRALITÉS SUR LA BDD MEDLINE (4/4) Sur l interface «Entrez», la recherche peut se faire dans différentes BDD dont : - PubMed : Recherche bibliographique - Nucleotide : Recherche de nucléotides dans Genbank - Protein : Séquences protéiques dans les BDDs Swiss-prot, PIR, PRF, PDB - Popset : BDD de séquences d ADN pour faire du comparatif intra ou inter espèces (phylogénie). - OMIM : catalogue d anomalies génétiques - C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 14

15 PLAN Introduction : Définition d une base de données (BDD) Les BDD bibliographiques Généralités sur la BDD Medline La BDD bibliographique PubMed Medline Faire une recherche sur Pubmed Medline Application C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 15

16 PUBMED - MEDLINE : QUELQUES CHIFFRES Références de 1966 à nos jours Nombre de documents référencés : 17 millions 4800 revues internationales (USA + 70 pays, 30 langues) Mise à jour : 5 jours sur 7 (sauf en décembre) Entre 1500 à 3500 références ajoutées par jour ~ références additionnées par an 48 % des réf. sont issues de journaux US ( ) 80 % des articles sont en anglais 76 % ont un résumé («abstract») C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 16

17 PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (1/8) Mise à jour hebdomadaire Références en cours BDD Medline de traitement [Pubmed -indexed [Pubmed -in process] for Medline] Indexation / Contrôle qualité Mise à jour quotidienne Références fournies par l éditeur [Pubmed -as supplied by publisher] OldMedline Références de 1953 à 1965 (sans résumé) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 17

18 PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (2/8) MEdical Subject Heading (1954) : Thésaurus de référence dans le domaine biomédical permettant l indexation des articles pour faciliter leur classement dans MedLine et ainsi faciliter la recherche documentaire. Vocabulaire contrôlé par la NLM descripteurs - Jusqu à 15 termes MeSH assignés sur un article entier - 3 types de termes MeSH : Major MeSH Topics qui décrivent le terme principal de l article MeSH terms qui décrivent l ensemble ou une partie de l article MeSH Subheading qui décrivent plus précisément un aspect particulier de l article C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 18

19 PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (3/8) Comment trouver les termes MeSH appropriés? Collaboration NLM INSERM pour la France Le répertoire des mots clés MeSH (français-anglais) est géré par l INSERM (MeSH bilingue) : requête «mesh bilingue 2006» sur google Recherche par mot clé : Exemple: «maladie de la vache folle» (Conseil : ajouter avant et après * pour élargir la recherche) Donne l accès à Pubmed C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 19

20 PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (4/8) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 20

21 PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (5/8) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 21

22 PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (6/8) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 22

23 PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (7/8) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 23

24 PUBMED - MEDLINE : Principe d indexation (8/8) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 24

25 PLAN Introduction : Définition d une base de données (BDD) Les BDD bibliographiques Généralités sur la BDD Medline La BDD bibliographique PubMed Medline Faire une recherche sur Pubmed Medline Application C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 25

26 PUBMED - MEDLINE : Recherche (1/11) Recherche simple : Mots clés : Menkes disease Menkes Disease Par défaut et en absence de renseignements, la recherche se fait sur tous les champs de références bibliographiques <all fields> C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 26

27 PUBMED - MEDLINE : Recherche (2/11) Présentation des résultats (Nombre de réponses, type d articles, abstract, nom des auteurs, titre de l article, journal, référence, related articles, statut dans Pubmed) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 27

28 PUBMED - MEDLINE : Recherche (3/11) Présentation des résultats C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 28

29 PUBMED - MEDLINE : Recherche (4/11) Une des réponses avec les mots clés: Menkes disease 19: Menkes DB, et al. Related Articles, Books, LinkOut Stereotactic radiosurgery: the patient's experience. Soc Sci Med. 2005;60(11): Epub 2005 Jan 18. PMID: [PubMed - indexed for MEDLINE] Nécessité de spécifier le champ de recherche dans la requête Utilisation de l interface «Limits» C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 29

30 PUBMED - MEDLINE : Recherche (5/11) Utilisation de l interface «Limits» C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 30

31 PUBMED - MEDLINE : Recherche (6/11) Utilisation de l interface «Limits» C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 31

32 PUBMED - MEDLINE : Recherche (7/11) Recherche plus sophistiquée : - Utilisation des opérateurs booléens - Spécification des champs de recherches - Combinaison de requêtes - Visualisation des résultats des recherches Interface «Preview / Index» Interface «History» C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 32

33 PUBMED - MEDLINE : Recherche (8/11) C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 33

34 PUBMED - MEDLINE : Recherche (9/11) Clipboard = Panier de sélection C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 34

35 PUBMED - MEDLINE : Recherche (10/11) Dans le menu clipboard, stockage au maximum de 500 articles C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 35

36 PUBMED - MEDLINE : Recherche (11/11) Details = Interprétation des requêtes soumises à PubMed C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 36

37 Mentions légales L'ensemble de ce document relève des législations française et internationale sur le droit d'auteur et la propriété intellectuelle. Tous les droits de reproduction de tout ou partie sont réservés pour les textes ainsi que pour l'ensemble des documents iconographiques, photographiques, vidéos et sonores. Ce document est interdit à la vente ou à la location. Sa diffusion, duplication, mise à disposition du public (sous quelque forme ou support que ce soit), mise en réseau, partielles ou totales, sont strictement réservées au Ministère de l éducation nationale - projet C2i métiers de la Santé. L utilisation de ce document est strictement réservée à l usage privé des étudiants inscrits à l UFR de médecine, de pharmacie et odontologie des universités impliqués dans le C2i métiers de la santé, et non destinée à une utilisation collective, gratuite ou payante. Ce document a été réalisé pour le projet C2i Niveau 2 métiers de la Santé - Ministère de l éducation nationale. C2i Métiers de la Santé - Année universitaire 2006/2007 Tous droits réservés. 37

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