Historique des modifications

sur 15 Historique des modifications Version Nature de la modification Paragraphe Identité de la personne qui révise le document Date de la version 1 Création laboratoire. - - 12/06/2012 2 3 Enregistrement en document qualité et refonte complète du document. Mise à jour : - Hémoculture - Selles Ajout : - Recherche de grippe - Liquides dialyse péritonéale - 5.2 5.10 5.4 5.6 JEANNOT Clémence MOULHADE Marie-Christine MICHEL Sandra JEANNOT Clémence MOULHADE Marie-Christine MICHEL Sandra 12/08/2015 27/02/2017 4 5 Apport de précision pour le délai d acheminement des hémocultures et conditions de conservation. Modification sang dans les selles (modalités de prélèvement) et coproculture (cas particuliers). Un trait dans la marge indique les modifications 5.2 5.10 JEANNOT Clémence MOULHADE Marie-Christine MICHEL Sandra POUSSING Sophie 07/05/2018 - MOULHADE Marie-Christine 11/03/2019 Rédaction Validation Approbation MOULHADE Marie-Christine MICHEL Sandra POUSSING Sophie Biologiste Responsable Responsable Qualité Laboratoire Biologiste Ce document a été validé électroniquement.

sur 15 1. Objet et finalité Ce mode opératoire détaille les modalités de prélèvements et d acheminement des échantillons pour examens microbiologiques et urinaires et recherche de sang dans les selles. 2. Domaine d application Il s applique à l ensemble des prélèvements réalisés en vue d examens microbiologiques et urinaires et à la recherche de sang dans les selles. 3. Responsabilités L application de ce document est sous la responsabilité des biologistes médicaux. 4. Documents de référence ou associés LABO-2-M2 : «Choix des récipients pour échantillons biologiques». LABO-2-M1 : «Prélèvement des hémocultures». REMIC en vigueur. Fiche technique PORTAGERM. Fiche technique FecalSwab COPAN. 5. Matériels de recueil et modalités de prélèvement Les prélèvements sont réalisés et acheminés pour une prise en charge pendant les heures d ouvertures du laboratoire, respectant la température, le transport et le délai d acheminement indiqués. En dehors des horaires d ouvertures du laboratoire ou si le délai d acheminement ne peut pas être respecté, se référer à la colonne conditions de conservation (ne pas envoyer de taxi si les conditions de conservation sont respectées). A défaut et en l absence de consignes précisées dans la colonne conditions de conservation, le prélèvement (s il ne peut pas être renouvelé) doit être traité dans le délai indiqué (soit par appel du technicien d astreinte lors des week-end et jours fériés ou adressé au laboratoire sous-traitant du lundi au vendredi). L heure de prélèvement, le prescripteur et le préleveur s il y a lieu sont obligatoirement renseignés de même que les données démographiques du patient (nom, nom de naissance, prénom, date de naissance). La prescription doit mentionner : - La nature de l échantillon, son origine anatomique et le mode de recueil le cas échéant. - Les renseignements cliniques utiles à la réalisation de l examen et à l interprétation des résultats : Présence de signes cliniques évocateurs d une infection. Traitement anti-infectieux. Contexte de l examen : diagnostic étiologique d une infection, bilan avant geste invasif, contrôle après traitement, suivi après traitement

EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DES URINES Page 3 sur 15 5.1. Examens génito-urinaires Puis immédiatement Respect du niveau de remplissage. Homogénéiser par 8 à 10 retournements lents. Nouveau-né Urétérostomie S.A.D De préférence, urines de la 1 ère miction du matin ou à défaut à + de 4 h d une miction précédente. Recueil du milieu du jet dans un flacon stérile après hygiène des mains et toilette au savon ou avec un antiseptique doux de la région vulvaire chez la femme ou du méat chez l homme puis rinçage. Transférer l urine dans le tube BD Vacutainer pour microbiologie/cytologie. En cas de quantité insuffisante : adresser le flacon de recueil stérile Placer un collecteur stérile après désinfection soigneuse du périnée au savon ou avec un antiseptique + rinçage à l eau ; le laisser en place moins de 30 minutes. Transférer l urine dans le tube BD Vacutainer pour microbiologie/ cytologie Après un nettoyage soigneux de la stomie, mettre en place un collecteur. Cf nouveau-né. Après désinfection du site de prélèvement, recueil sur site de prélèvement au moyen de : - d une aiguille ou d un adaptateur - d un corps de prélèvement - d un tube BD Vacutainer pour microbiologie <2 H Flacon de recueil (En tube spécifique pour microbiologie cytologie) ADDIS ou Préciser le volume des urines de 3h ANTIGÉNURIE LEGIONELLA PNEUMOCOQUE ou à défaut 3 heures avant le lever habituel : Vider la totalité de la vessie dans les toilettes / Boire un grand verre d eau / Noter la date et l heure sur le flacon fourni par le laboratoire / Se recoucher et rester allongé au repos pendant 3 heures. 3 heures après (exactement) : Uriner dans le flacon fourni par le laboratoire pour recueillir la totalité des urines / Noter l heure sur le flacon / Identifier le flacon avec l étiquette patient. Nb : Dans l intervalle des trois heures, toutes les urines doivent être récupérées dans le flacon. Echantillons des urines. < 4 h 2-8 C < 14 jours

sur 15 RECHERCHE DE BK DANS LES URINES Sur la totalité des urines de la nuit après restriction hydrique. Recueillir 3 jours de suite après avoir vérifié la présence d une leucocyturie (sauf patient immunodéprimé). DE TRANSPORT Température ambiante GÉNITAL CHEZ LA FEMME Leucorrhée Bartholinite Écouvillonnage du cul de sac postérieur ou des parois de la moitié inférieure du vagin. Aspiration à la seringue du canal ou écouvillonnage. GÉNITAL CHEZ L HOMME SPERME Urétral Recherche de gonocoque Recherche de gonocoque, de chlamydia, virus herpétique par PCR Recherche de mycoplasmes Écouvillonnage urétral au minimum 2 h après la dernière miction et avant le 1 er jet d urine en recueillant le pus ou l écoulement au méat urétral, Recueil d urines minimum 2 ml de 1 er jet à partir des urines de la nuit ou au moins 2h après la dernière miction. Après une abstinence de 2 à 5 jours (si symptomatologie urétrale faire un prélèvement urétral ou 1 er jet d urine) après une miction suivie d une désinfection soignée du gland à l aide d un antiseptique et d un rinçage avec de l eau physiologique, recueil par le patient dans un flacon stérile. Température ambiante Contacter le laboratoire au préalable. Modalités de recueil et milieux de transport spécifiques.

sur 15 5.2. Hémocultures HÉMOCULTURES Flacons stockés en position verticale à l abri de la lumière à température ambiante. Se référer aux documents : LABO-2-M1. Vérifier la date de péremption avant le prélèvement. Température ambiante <4h (conditions optimales) Délai à respecter en cas de prélèvement en parallèle sur KT (PAC, Midline, Piccline, ) et en périphérie : Adresser au laboratoire par taxi ou au laboratoire soustraitant si besoin <24h à température ambiante hors prélèvement en parallèle sur KT (PAC, Midline, Piccline, ) et en périphérie 5.3. Examens broncho-pulmonaires DE TRANSPORT EXPECTORATION Le matin, à jeun, après rinçage bucco-dentaire à l eau, recueillir un exsudat purulent, émis lors d une toux profonde, dans un flacon stérile. Ne pas adresser de crachats salivaires. ASPIRATION BRONCHIQUE MINI LBA flacon piège Lors d une fibro ou bronchoscopie ou à l aveugle, recueillir les sécrétions dans un flacon piège soit directement, soit après rinçage par quelques ml de solution saline stérile. BROSSAGE BRONCHIQUE PROTÈGE DISTAL (BBPD) ASPIRATION BRONCHIQUE PROTÉGÉE DISTALE (ABPD) LAVAGE BRONCHO- ALVÉOLAIRE (LBA) ASPIRATION ENDO- TRACHÉALE (AET) flacon piège Lors d une fibroscopie, l extrémité distale ou du KT ou de la brosse après brossage est sectionnée aseptiquement et placée dans un flacon stérile contenant 1 ml d eau physiologique stérile. Lors d une fibroscopie dirigée, après injection de 150 à 200 ml d eau physiologique stérile réchauffée à 37 C, aspiration dans un flacon piège de 20 à 60 % de la quantité injectée (fraction alvéolaire). Aspiration des sécrétions par la sonde d intubation dans un flacon piège. < 2h entre 2 et 8 C

sur 15 RECHERCHE DE MYCOBACTÉRIES SUR EXPECTORATION RECHERCHE DE MYCOBACTÉRIE RECHERCHE DE VIRUS ou flacon piège flacon piège 2 à 3 jours de suite : Recueillir l expectoration produite le matin à jeun, au réveil à la suite d un effort de toux (volume minimum 3ml, 1ml minimum pour recherche par PCR). Ne pas adresser de crachats salivaires. Cas du malade intubé : adresser les produits d aspiration trachéale ou trachéo-bronchique. Prélèvement par fibroscopie : recueillir les sécrétions bronchopulmonaires distales avec le moins de dilution possible (AB>LBA) Recueillir les sécrétions trachéales ou bronchiques avant le recueil du LBA. Température ambiante (culture) <72H (seulement recherche par PCR) < 4h PCR <7 Jours 2-8 C < 12h entre 2 et 8 C 5.4. Examens O.R.L GORGE BOUCHE LANGUE Suspicion de diphtérie : prévenir le laboratoire. Prélever sur la périphérie ou sous les fausses membranes. Écouvillonner les amygdales ou les piliers du voile du palais ou au niveau d une ulcération ou d un exsudat si présence. Prélever au niveau des plaques blanchâtres : - de la langue, - du palais et de la face interne des joues SINUS Recueil des sécrétions purulentes par écouvillonnage. A EVITER PHLEGMON RECHERCHE DE GRIPPE ou Flacon piège Ecouvillon spécifique à demander au laboratoire Aspiration ou ponction au niveau du méat. A PRIVILEGIER. Ponction Ecouvillonnage naso-pharyngé <2h optimal Injecter une partie du prélèvement dans le flacon PORTAGERM. Adresser au laboratoire à l abri de la lumière le flacon PORTAGERM + le reste du prélèvement à température ambiante.. < 7jours 2-8 C

sur 15 OREILLE Flacon stérile contenant le cathlon Otite moyenne récidivante Otite externe Pus de paracentèse Écouvillonnage. Ecouvillonnage du conduit auditif externe. Après nettoyage du conduit auditif externe et incision du tympan, prélèvement par écouvillonnage. Ponction du pus à l aide d un cathlon monté sur seringue. Température ambiante <24h <2h optimal Injecter une partie du prélèvement dans le flacon PORTAGERM. Adresser au laboratoire à l abri de la lumière le flacon PORTAGERM + le reste du prélèvement à température ambiante. 5.5. Examens de l œil OEIL Éponge montée stérile seringue Conjonctive Ecouvillonnage recommandé : - des sécrétions et/ou pus conjonctival prélevés dans l angle interne de l œil - Grattage de cornée après rinçage avec Cornée sérum physiologique stérile. - en cas de port de lentilles de contact : écouvillonnage en plus des parois des étuis de conservation des lentilles et des lentilles elles-mêmes Dacrocystite - prélèvement du canal lacrymal Contacter le laboratoire au préalable Blépharite Arracher les cils (8 à 10 par œil) à la pince à épiler et placer dans 1 flacon stérile. Recherche de chlamydia, de virus, d amibes, mycologie Humeur aqueuse vitré Contacter le laboratoire au préalable. Après lavage de l œil avec du sérum physiologique stérile, prélèvement par grattage de la conjonctive ou de la cornée puis placer l éponge dans un milieu de transport spécifique Contacter le laboratoire au préalable Ponction de la chambre antérieure ou du vitré

sur 15 5.6. Examens sur les liquides de ponctions LCR et liquides de drain LCR Suspicion de méningite : prévenir le biologiste et ne pas envoyer le prélèvement par pneumatique Cyto-bactério-chimie. Après asepsie rigoureuse, par ponction lombaire, prélever le LCR de préférence dans 3 tubes stériles numérotés 1, 2, 3. Minimum 0.5ml/tube (si analyses supplémentaires : prélever 1 à 2 ml en plus). DE TRANSPORT Sans délai (maxi 2 h) Si suspicion méningite < 4h (autres cas) seringue LIQUIDES DE PONCTION ou Après asepsie rigoureuse, prélever : - Une seringue bouchée stérilement et hermétiquement ou un flacon stérile. + pour cytologie : - 1 tube citraté. < 4 h optimal <12H T ambiante < 24H Entre 2 et 8 C + pour cytologie : - Ensemencer en plus 2 flacons à hémocultures avec le liquide ponctionné. à T ambiante LIQUIDES DE DRAINS < 4 h optimal <12H T ambiante < 24H Entre 2 et 8 C LIQUIDE DIALYSE PERITONEALE < 4 h optimal < 12 h T ambiante

sur 15 5.7. Examens sur dispositifs implantés DE TRANSPORT CATHÉTER Recueillir dans un flacon stérile : - 5 cm de la partie distale (KT long) - la totalité de la partie insérée (KT court). - Recueillir les 5 derniers centimètres (extrémité distale) du cathéter dans un flacon stérile. < 4 h Entre 2 et 8 C - Placer la chambre dans un autre flacon stérile. CHAMBRE IMPLANTABLE Flacon double emballage pelable + - Écouvillonnage externe de la chambre. - Prélèvement de la loge par écouvillonnage.

sur 15 5.8. Examens cutanéo-muqueux LÉSION SUPERFICIELLE BRÛLURE ABCÈS OUVERT Après détersion au sérum physiologique stérile voire une désinfection des zones proximales, de préférence aspirer l exsudat, sinon écouvillonnage au niveau de la lésion, des traces purulentes ou au fond de la plaie. INFLAMATION CUTANÉE ÉRYSIPÈLE HYPODERMITE INFECTION SUPERFICIELLE DU SITE OPÉRATOIRE Seringue bouchée ou seringue bouchée ou Après désinfection, injecter du sérum physiologique dans la lésion et réaspirer. Compléter à 1ml en rinçant la seringue et boucher stérilement sinon réaliser une biopsie de la lésion. Prélever l écoulement de la cicatrice par aspiration à la seringue de préférence. Ecouvillonnage à éviter. < 2h Injecter une partie du prélèvement dans le flacon PORTAGERM. Adresser au laboratoire à l abri de la lumière le flacon PORTAGERM + le reste du prélèvement à température ambiante. seringue bouchée ou Aspirer à la seringue + 1 ml d eau physiologique stérile pour éviter le dessèchement. MORSURE À défaut écouvillonnage profond. ULCĖRATION ESCARRE LÉSION CUTANÉE NÉCROTIQUE ou à défaut Prélèvement uniquement en cas de signes locaux ou généraux. Nettoyer puis éliminer les exsudats. Débrider les tissus nécrosés. Appliquer l antiseptique cutané puis rincer au sérum physiologique. Réaliser une biopsie de la lésion ou cureter le bord actif. Eviter l écouvillonnage

sur 15 RECHERCHE DE BACTÉRIE MULTI-RÉSISTANTE MATÉRIEL DE SARM EPC EBLSE ERG ABRI Pyo multir Biopsie tissulaire Prélèvement des fosses nasales + éventuellement - périnée - gorge - Plaie chronique (1 écouvillon par site) - Plis Écouvillonnage rectal (vérifier la présence de selles sur l écouvillon) En cas de stomie : prélever à l orifice de la stomie. Placer 3 à 4 fragments des tissus prélevés dans 1 flacon stérile additionné de quelques gouttes de sérum physiologique pour éviter la dessiccation. DE TRANSPORT <24 h PIED DIABÉTIQUE INFECTÉ PRÉLÈVEMENT UNIQUEMENT EN D INFECTION CLINIQUE APRÈS DÉBRIDEMENT Seringue Aspiration à aiguille fine Ponctionner à travers la peau saine préalablement désinfectée éventuellement après injection de 1 à 2 ml de sérum physiologique. Adresser la seringue sans aiguille purgée d air bouchée hermétiquement et stérilement. PUS À COLLECTIONS FERMÉES Seringue bouchée Écouvillonnage Recueillir les produits de curetage par écouvillonnage profond. A défaut, écouvillonnage superficiel de la plaie. En cas de ponction à partir de la peau saine, réaliser une antisepsie, puis prélever à la seringue purgée d air. <24h Injecter une partie du prélèvement dans le flacon PORTAGERM. Adresser au laboratoire à l abri de la lumière le flacon PORTAGERM + le reste du prélèvement à température ambiante.

sur 15 5.9. Examens sur les pus et prélèvement per opératoires BIOPSIE OSTÉO-ARTICULAIRE (CHIRURGIE ORTHOPEDIQUE) LIQUIDE OSTÉO-ARTICULAIRE MATÉRIEL DE Seringue bouchée + Plusieurs prélèvements (biopsie, liquide) en des sites différents (régions osseuses diverses, matériel implanté, ciment) identifiés clairement sur la demande d examen. Recommandé de faire au moins 5 prélèvements pour valider une infection sur prothèse. Ensemencer en plus 2 flacons à hémocultures avec le liquide ponctionné si possible Conserver en flacon à billes Ultra-Turrax à T ambiante. En cas de prélèvement après 17h : prévenir le laboratoire et acheminer par taxi. > 2 h : liquide, Conserver 1 aliquote dans la seringue à température ambiante. Ensemencer en plus des flacons à hémoculture aérobie et anaérobie avec le liquide. PRÉLĖVEMENT PER OPÉRATOIRE (HORS CHIR OTHOPÉDIQUE) PRÉLĖVEMENT DE MATÉRIEL IMPLANTÉ Flacon double emballage pelable > 2h et < 12h Entre 2 et 8 C LIQUIDE PER OPÉRATOIRE PUS PER OPÉRATOIRE Seringue bouchée Seringue bouchée Prélèvement à la seringue purgée d air. Prélèvement à la seringue purgée d air. > 2 h : liquide, Conserver 1 aliquote dans la seringue à température ambiante. Ensemencer en plus des flacons à hémoculture aérobie et anaérobie avec le liquide. Injecter une partie du prélèvement dans le flacon PORTAGERM. Adresser au laboratoire à l abri de la lumière le flacon PORTAGERM + le reste du prélèvement à température ambiante.

sur 15 5.10 Examens des selles DE TRANSPORT D ACHEMINEMENT Recherche de Clostridium difficile pour tout patient hospitalisé >72h Selles diarrhéiques exclusivement Coproculture patient hospitalisé <1 semaine Selles diarrhéiques Examen bactériologique Biopsie muqueuse rectale ou colique Flacon stérile Ou Ecouvillon FecalSwab Recherche de Yersinia : -chez patients de moins de 20 ans - sur prescription spécifique pour l écouvillon FécalSwab : - Prélever une petite quantité de selles en introduisant complètement le tampon floqué dans l échantillon de matières fécales et en faisant tourner la pointe du tampon. - Sélectionner les parties de selles qui présentent des traces de sang, de muqueuse ou eau. - S assurer de la présence de matières fécales visibles sur la pointe de l écouvillon - Après le prélèvement, transférer le tampon dans le tube contenant le milieu de conservation et s assurer visuellement que la ligne de remplissage maximal («MAX FILL») indiquée sur l étiquette n est pas dépassée. - En tenant la tige de l écouvillon, mélanger contre les parois du tube de façon à distribuer et à suspendre de manière uniforme l échantillon - Rompre le tampon à l intérieur du tube en cassant la tige au niveau du point de rupture (ligne colorée) - Positionner le bouchon à vis sur l éprouvette et fermer. - Agiter le tube pour homogénéiser ADRESSER LE POT DE SELLES EN PLUS Clostridium seul flacon stérile : < 4 h Coproculture flacon stérile : FecalSwab : Clostridium seul entre +2 et 8 C Clostridium par PCR 24h à température ambiante 2-8 C 5 jours Recherche de virus Selles diarrhéiques SANG DANS LES SELLES Ne pas adresser le week-end et jours fériés Ne pas prélever : - en période de menstruations, ni dans les 3 jours qui les suivent ou les précèdent - en cas de saignements provoqués par la constipation ou des hémorroïdes - en cas d administration de certains médicaments par voie rectale, car ces échantillons pourraient donner de faux résultats positifs. Pas de restriction alimentaire. < 6h (pour flacon ou écouvillon) < 8 h Entre 2 et 8 C

sur 15 PARASITOLOGIE Ne pas adresser le week-end et jours fériés Préciser retour voyage en pays tropical Totalité d une émission fécale. > 3 jours après ingestion de produits opaques, de laxatifs ou suppositoires et après régime pauvre en fibres végétales. A répéter (3 fois en 10 jours). DE TRANSPORT D ACHEMINEMENT < 3h (si recherche d amibes) < 5 h SCOTCH TEST Lames et scotch à demander au laboratoire A effectuer au lever avant la toilette et les 1 ères selles : - Décoller le scotch de son support, appliquer le côté adhésif sur les plis de la marge anale et le maintenir en appuyant quelques secondes. - Retirer le scotch et l étaler sur la lame support, renouveler l opération avec le second scotch. - Replacer les 2 lames dans l étui, se laver les mains et identifier l étui avec le nom, prénom et date de naissance du patient. < 4h

température ambiante Page 15 sur 15 5.11 Examens de la peau et des phanères D ACHEMINEMENT Périonyxis Racler sous la cuticule avec un vaccinostyle. Recueillir les sérosités à l écouvillon. PEAU ET PHANÈRES (mycoses) Lésions de la peau et des plis Lésions unguéales Lésions du cuir chevelu et des zones pileuses - Suintantes : écouvillonnage. Sèches : prélever dans un pot stérile les squames à la périphérie des lésions en raclant (cuvette, racloir à défaut vaccinostyle stérile). - Découper et jeter toute la partie de l ongle atteint jusqu à la limite des tissus sains puis prélever des poussières d ongles en raclant la tablette interne ou le lit de l ongle. - Taches blanches sur l ongle : gratter la surface avec un vaccinostyle et recueillir le produit de grattage. - Prélever les cheveux fluorescents ou cassés courts en les arrachant à la pince. - Les squames et les croûtes au niveau de la plaque d alopécie en raclant à la curette. 24 h 6. Conservation des prélèvements bactériologiques au laboratoire Les prélèvements sont conservés 1 semaine à température réfrigérée (hors cas particuliers). Les cultures (hors Mycobactéries) sont conservées dans des bacs fermés pendant 2 semaines à partir du numéro du dossier.