Société Française de BioInformatique. Kick-off IFB, Gif/Yvette, 27 novembre 2013

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1 Société Française de BioInformatique Kick-off IFB, Gif/Yvette, 27 novembre 2013 Sophie Schbath (SFBI) Kick-off IFB Kick-off IFB, Gif/Yvette, 27 novembre 2013 /4

2 Rôle de la SFBI Promouvoir la recherche pluri- et inter-disciplinaire en BioInformatique, à l interface entre Biologie Moléculaire, Informatique, Mathématique et Physique. Contribuer à la visibilité de la bioinformatique auprès des institutions ; faire reconnaître son côté inter-disciplinaire très fort. Rassembler les chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs francophones qui travaillent dans le domaine de la bioinformatique, pour des rencontres et des échanges scientifiques. Sophie Schbath (SFBI) Kick-off IFB Kick-off IFB, Gif/Yvette, 27 novembre 2013 /4

3 Concrètement La SFBI participe et assure la pérénité de l organisation annuelle de JOBIM qui rassemble entre 350 et 450 personnes ; la 15ème édition fera office de ECCB 14. assure la diffusion d informations au sein de la communauté via la liste modérée bioinfo@sfbi.fr (5131 abonnés), gère un site d information édite les Bioinformations conjointement avec JeBiF et Bioinfo-fr.net chaque trimestre 255 adhérents, 9 membres du bureau. Sophie Schbath (SFBI) Kick-off IFB Kick-off IFB, Gif/Yvette, 27 novembre 2013 /4

4 Contenu : liste des équipes françaises, formations (universitaires, plate-formes, formation permanente), offres d emploi, événements, thèses/hdr soutenues, ouvrages de bioinformatique, brèves, historique des sites JOBIM, Site collaboratif : la communauté peut poster ses offres d emploi simultanément sur le site et sur la mailing liste (modération), bientôt possible pour les événements et les brèves, les adhérents peuvent créer et mettre à jour les infos sur leur équipe/labo. 866 comptes ouverts sur le site. Sophie Schbath (SFBI) Kick-off IFB Kick-off IFB, Gif/Yvette, 27 novembre 2013 /4

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22 Institut du Développement développement et des Ressources ressources en informatique Informatique scientifique Scientifique Présentation de l IDRIS et de ses activités IFB Kick-Off Meeting Présentation IDRIS 27 novembre

23 IDRIS Institut du développement et des ressources en informatique scientifique Unité propre de service du CNRS fondée en 1993 Localisé à Orsay (Essonne), à une vingtaine de kilomètres de Paris, sur le campus de l université Paris Sud À la fois centre de calcul équipé (par GENCI : Grand équipement national de calcul intensif) de supercalculateurs parmi les plus puissants du moment (aujourd hui 1 PFlop/s) centre d excellence dans le domaine du calcul de haute performance (HPC) Une quarantaine de personnes, en majorité des ingénieurs (systèmes, réseaux, support applicatif) IFB Kick-Off Meeting Présentation IDRIS 27 novembre

24 Infrastructure informatique de l IDRIS en 2013 IFB Kick-Off Meeting Présentation IDRIS 27 novembre

25 Machine massivement parallèle Blue Gene / Q Constructeur IBM Installée au 2 e semestre 2012 Accessible aux utilisateurs à partir de janvier 2013 Classée au 30 e rang du Top 500 en juin 2012 (45 e en novembre 2013) 4 cabinets de chacun 1024 nœuds avec des processeurs de 16 cœurs cadencés à 1,6 GHz ( cœurs) 65 To de mémoire 2,2 Po de disques partagés entre Blue Gene /Q et x Tflop/s de performance crête Environ 440 Mh disponibles par an IFB Kick-Off Meeting Présentation IDRIS 27 novembre

26 Machine parallèle à nœuds larges x3750 Constructeur IBM Installée au 2 e semestre 2012 Accessible aux utilisateurs à partir de janvier 2013 Classée au 123 e rang du Top 500 en novembre 2012 (209 e en novembre 2013) 332 nœuds SMP x3750m4 de 32 cœurs cœurs Intel SandyBridge cadencés à 2,7 GHz 46 To de mémoire 304 nœuds à 128 Go de mémoire 28 nœuds à 256 Go de mémoire 2,2 Po de disques partagés entre Blue Gene /Q et x Tflop/s de performance crête Environ 75 Mh disponibles par an IFB Kick-Off Meeting Présentation IDRIS 27 novembre

27 Machine d archives et robotique Machine d archives Altix 4700, qui sera remplacée mi-2014 Constructeur SGI 32 processeurs Itanium 2 bi-cœurs cadencés à 1,67 GHz Cache disques de 800 To Robot Oracle/StorageTek SL lecteurs 6 lecteurs T10000 modèle B 6 lecteurs LT05 10 lecteurs LT06 Capacité de cassettes Utilisation aujourd hui : 3,5 Po IFB Kick-Off Meeting Présentation IDRIS 27 novembre

28 Utilisation des supercalculateurs GENCI Environ 300 projets scientifiques et 1000 utilisateurs IFB Kick-Off Meeting Présentation IDRIS 27 novembre

29 Projets / collaborations Projets européens : anciennement EuroGrid, HPC-Europa, DEISA et aujourd hui PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe) regroupant 25 pays, avec également une participation importante au PRACE Advanced Training Centre (PATC) français Collaborations inter-laboratoires participation importante aux activités de la Maison de la simulation d Orsay hébergement et administration de leur machine de développement participation à leurs activités de support applicatif sur projets et à leurs activités de formation projets liés à l hébergement temporaire dans notre bâtiment de physiciens théoriciens du Laboratoire Aimé Cotton (LAC) Projets liés à des communautés scientifiques projets DODS et Prodiguer de la communauté du climat et participation au projet ANR Convergence démarré en octobre 2013 pour 4 ans projet E-Biothondans le domaine de la biologie, santé, environnement (CNRS, IBM, IFB, INRIA, SysFera) lancé officiellement le 19 novembre IFB Kick-Off Meeting Présentation IDRIS 27 novembre

30 Projets / collaborations Hébergement de la plate-forme nationale («core-it») de l Institut français de bioinformatique (IFB) à partir du courant de l année 2014 collaboration avec l Institut des grilles et du cloud (IdGC) du CNRS / France Grilles, l équipe de développement de StratusLab et bien sûr l IFB installation prochaine d une plate-forme de test pour expérimentations (notamment de systèmes de gestion de fichiers) durant le premier trimestre de 2014, afin de préparer le cahier des charges technique pour la plate-forme nationale nomination d un chef de projet côté IDRIS administration de la machine, déploiement d applications, support applicatif pris en charge par l IFB, mais interactions fortes attendues avec toutes les équipes de l IDRIS interactions envisagées avec certains partenaires européens dans le cadre du projet Elixir IFB Kick-Off Meeting Présentation IDRIS 27 novembre

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32 Unité&Propre&de&Service&du&CNRS& Ra5achement&principal:&IN2P3& Ra5achement&secondaire:&tous&les&autres&ins>tuts&disciplinaires& du&cnrs&(inc,&inee,&insb,&inshs,&insis,&insmi,&inp,&insu,&ins2i)& Missions:& coordonner&et&animer&l ensemble&des&travaux&du&cnrs&dans&le& domaine&des&grilles/clouds&de&produc>on&et&des&grilles/clouds& de&recherche& &point&de&contact&viskàkvis&des&partenaires&na>onaux,&européens& et&interna>onaux&dans&ces&domaines& Fédérer&la&contribu>on&aux&projets&européens&et&na>onaux&

33 Directeur& V.&Breton& Directeur&adjoint:& M.&Daydé& Rela>ons& u>lisateurs& G.&Romier& Administra>on& &&finances& G.&Fe5ahi& Direc&on)technique) G)Mathieu)(CC3 IN2P3)) E3Biothon) N.)Bard)(LIP)) Biodiversité& Y.&Legré& Communica>on& S.&Gervois& Aide&à&la& direc>on& technique& B.&Levy&

34 Est&un&Groupement&d Intérêt&Scien>fique & créé&en&2010&par&8&partenaires&(cea,&cnrs,cpu,&inra,&inria,& INSERM,&MESR,&RENATER) & pour&animer&et&coordonner&la&stratégie&na>onale&en&ma>ère&de& grilles&et&de&clouds.& Son&mandataire&est&l Ins>tut&des&Grilles&et&du&Cloud&du&CNRS& Sa&vision:&& Construire&et&opérer&une&infrastructure&informa>que&distribuée& ouverte&à&toutes&les&sciences&et&aux&pays&en&développement&qui& cons>tue&un&espace&ouvert&de&collabora>on&au&sein&et&entre&les& disciplines&

35 Etablir&une&infrastructure&na>onale&de&grilles&et)de)clouds& de&produc>on,&pour&le&stockage&et&le&traitement&de& données&scien>fiques&massives& Promouvoir&son&usage&dans&toutes&les&communautés& scien>fiques& Contribuer&au&fonc>onnement&de&l infrastructure& européenne&egi& Favoriser&les&rapprochements&et&les&échanges&entre&les& équipes&travaillant&sur&les&grilles/clouds&de&produc>on&et& les&grilles/clouds&de&recherche&

36 Métrique- MOYENNE- Disponibilité&tous&services& confondus& 0, Fiabilité&tous&services& confondus& 0, Disponibilité&services& Cri>ques&(TopBDII)& 0, Fiabilité&services&Cri>ques& (TopBDII)& 0, sites en production sur tout le territoire - colonne vertébrale: LCG-France - coordination technique: CC-IN2P3

37 - Plus de 750 utilisateurs - une vraie pluridisciplinarité - un flux régulier de nouveaux utilisateurs (SUCCES) - une évolution des usages avec l offre de services

38 1000 référencements dans HAL Nombre-de-publicaAons-par-discipline- juin-2010-g-octobre échelle-log- Une&publica>on&peut&être&ra5achée&à&plusieurs&disciplines& 1000& 100& 10& 1& 5& 1& 1& 218& 54& 9& 1& 5& 9& 11& 15& 13& 11& 755& 99& 50& 9& 23& Chimie& Mathéma>ques& Sciences&de&l'Homme& et&société& Informa>que&Calcul& parallèle&ou&distribué& et&partagé& Informa>que&autre& Planète&et&Univers& Astrophysique& Planète&et&Univers& Océan,&Atmosphère& Planète&et&Univers& Sciences&de&la&Terre& Sciences&de& l'environnement& Sciences&de& l'ingénieur& Sciences&du&Vivant& BioKInforma>que,& Biologie&Systémique& Sciences&du&Vivant& Ingénierie& biomédicale& Sciences&du&Vivant& autre& Physique&des&Hautes& Energies&K&Expérience& Physique&Nucléaire& Expérimentale&et& théorique& Physique& Physique& Astrophysique& Physique&autre& Et&un&prix&Nobel&!&

39 Virtual Imaging Platform Web portal Application as a service File transfer to/from grid Infrastructure Supported by EGI Infrastructure Uses biomed VO (most used EGI VO for life sciences in 2013) VIP accounts for ~25% of biomed's activity VIP consumes ~50 CPU years every month France-Grilles DIRAC Scientific applications Cancer therapy simulation Neuro-image analysis Users 479 registered users in Nov 2013 (175 in France) Most used robot certificate in EGI ( Prostate radiotherapy plan simulated with GATE(L. Grevillot and D. Sarrut) Brain tissue segmentation with Freesurfer Image simulation Modeling and optimization of distributed computing systems Echocardiography simulated with FIELD-II (O. Bernard et al) Acceleration yielded by non-clairvoyant task replication (R. Ferreira da Silva et al)

40 Devenir&un&référen>el&commun&à&toutes& les&communautés&d u>lisateurs& Mutualiser&les& ressources&et&l exper>se& informa>ques&pour&la& science& Animer et coordonner la mise en commun d outils et de ressources dans un environnement ouvert pour une recherche disciplinaire et pluridisciplinaire fructueuse Jouer&le&rôle&central&dans&le&programme& na>onal&des&grilles&et&des&clouds& physiquement&distribués& Influencer&et&promouvoir&les&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&& ekinfrastructures&au&niveau&interna>onal& Valoriser&les&savoirKfaire&et&les& développements&

41 Devenir&un&référen>el& commun&à&toutes&les& communautés&d u>lisateurs& Promouvoir une politique raisonnée de mutualisation des moyens de traitement et de stockage des données scientifiques Construire une offre de services lisible et attrayante Construire un réseau humain pour le partage de compétences et d'expériences entre les communautés scientifiques Accroître les actions communes avec les réseaux d utilisateurs des supercalculateurs Accompagner l'implication des communautés dans les e-infrastructures Recenser, documenter et faire connaître les services Développer la formation et le support aux utilisateurs 11

42 Aux&u>lisateurs& Offre&grille,&à&travers&notamment&la&plateKforme&DIRAC& Offre&cloud&(IAAS)& Offre&de&stockage&de&données&scien>fiques&(iRODS)& Aux&fournisseurs&de&service& Cer>ficat&robot& Exper>se& &sou>en&à&maîtrise&d ouvrage&(cloud& & laboratoires&virtuels)&

43 Une action ancrée dans un cadre international Life&Sciences:&116.7&Million&Hours& 34&opera>ons&centres&in&53& countries& 1,200,000&jobs/day&with&430,000& cores&on&337&resource&centres& EGI-InSPIRE RI Exposé S. Newhouse Madrid, Sept

44 France&Grilles&/&IdGC&propose&un&cadre&& pour&animer&la&rela>on&entre&les&communautés& scien>fiques&u>lisatrices&des&grilles&et&des&clouds&et&la& communauté&de&recherche&en&informa>que& Pour&partager&exper>se,&compétences,&ressources&et& ou>ls&& Les&services&de&France&Grilles&sont&mis&à&la& disposi>on&de&l IFB&et&de&ses&partenaires&

45 France Génomique Une infrastructure au service de la communauté Kick-off meeting IFB Gif/Yvette 27 novembre

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47 Qu'est-ce que France Génomique? Un réseau de plateformes de génomique et/ou bioinformatique, distribuées sur tout le territoire français Les plateformes fonctionnaient auparavant sous le label IBiSA Le financement IA (60 M ) donne la possibilité de : structurer l'offre de service et améliorer sa visibilité maintenir / renforcer l'expertise globale et assurer sa diffusion investir dans les nouvelles technologies et les développements L effet de levier est très important La génomique devient omniprésente dans des domaines de plus en plus diversifiés des sciences du vivant: aucune plateforme prise isolément ne peut maîtriser toutes les technologies et/ou toutes les applications

48 Qu'est-ce que France Génomique? Un portail d'entrée unique pour une offre de services diversifiée Les plateformes ont chacune leurs compétences et leurs orientations spécifiques Elles sont placées sous une gouvernance unique, chargée de superviser leurs actions Les projets sont soumis via le portail Web Les utilisateurs ont accès à la meilleure expertise possible: les projets sont pris en charge par la plateforme la mieux adaptée

49 Qu'est-ce que France Génomique? Une "masse critique" en termes de capacité et d'expertise Veille technologique et développements mutualisés et largement diffusés : "wet lab" et bioinformatique Capacité à mener de grands projets, à forte visibilité internationale : AAP annuel «Grands Projets» financé par FG Meilleure visibilité au plan national et international : accès rapide aux nouvelles technologies (e.g. NGS 3 ème génération) Implantation au CCRT (CEA/DAM) de capacités de stockage et de calcul dédiées à FG

50 Localisation des plateformes FG Société Instrument Nombre Illumina HiSeq2000 / Life Technologies SOLiD, Ion Proton 5 Roche Capacité théorique : 400 TBases /an

51 Moyens informatiques centralisés 600 Go /run 600 Go /run 10 Gigabits /sec. Stockage local (30-45 To /instrument) CPU locaux: Analyses primaires QC, contaminations Démultiplexage PF FG CCRT Stockage hiérarchique, archivage Stockage = 5 Po (2 Po sur disque) CPU = cœurs, 8 Go/cœur Nœuds «grande mémoire» à 2 To Données résidantes au TGCC Elaboration des résultats, selon des processus spécifiques aux projets et aux équipes Espace de stockage temporaire (scratch) Données de production, résultats de traitement Données brutes Retour d une partie des résultats pour présentation sur des portails Unités de traitement

52 A propos de l implantation au CCRT Au vu de l évolution des technologies de séquençage, le changement d échelle à l Institut de Génomique d Evry était devenu inéluctable pour le stockage et le traitement des données (avec tout de même une «barrière d énergie» non négligeable à franchir) Le besoin paraît moins pressant pour les autres partenaires FG: la grande majorité des 730 projets réalisés par les plateformes en 2012 sont des «petits» projets, sur des durées courtes Questions: Mise en place de l IFB: articulation avec France Génomique? Equilibre ressources «locales» vs. infrastructure centralisée? Prise en compte du coût de l infrastructure dans les budgets des projets?

53 Gouvernance de France Génomique Un conseil de surveillance Directeurs des principales tutelles impliquées : CEA, CNRS, INRA, INSERM Un comité exécutif IG : Jean Weissenbach, Pierre Le Ber (dir.), Patrick Wincker, Jean-François Deleuze Plateformes "régionales" : Pascal Barbry, Denis Milan (dir. adj.) Bio-informatique : Jean François Gibrat, Claudine Médigue Un conseil scientifique international Conseil sur les orientations majeures Deux comités scientifiques pour l évaluation des projets Génétique humaine et modèles animaux Biodiversité (microorganismes, metagénomique, végétal, animal, etc.)

54 Merci pour votre Attention