SIMONA COCCO: CURRICULUM VITAE ET STUDIORUM

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1 SIMONA COCCO: CURRICULUM VITAE ET STUDIORUM I. CURRICULUM VITAE Adresse Professionnelles : Systems biology laboratory, Institute for advanced study 1 Einstein Drive, Princeton, NJ Laboratoire de Physique Statistique UMR 8550, Ecole Normale Supérieure, 24 rue Lhomond, Paris, France. Tel : (0) cocco@lps.ens.fr Page web : cocco Lieu et date de naissance : Rome (Italie), 6/5/1970. Nationalité: Italienne. Situation professionnelle: Chargé de Recherche CNRS (grade CR1) Address: 149 Panofsky Ln, Princeton, NJ, Langues : italien, français, anglais. Diplômes : Laurea in Fisica, 14/12/1995. Université de Rome La Sapienza, Doctorat en Biophysique Université de Rome La Sapienza et Doctorat en Physique de l Ecole Normale Supérieure de Lyon 20/5/2000 Habilitation à diriger les recherches. 22/11/2005. Université Louis Pasteur, Strasbourg, Congés de maternités du au et du au Mobilité professionelle : 1/10/2001 CR2 CNRS dans la section 05, Laboratoire de dynamique des fluides complexes, UMR 7506, Strasbourg. 1

2 1/2/2004 Transfert au Laboratoire de Physique Statistique, UMR 8550, Paris. 1/09/ /08/2010 Mise a disposition à l Institute for Advanced Study, Princeton. 1/09/ /07/2010 Détachement à l Institute for Advanced Study, Princeton. Séjourns á l tranger de longue dure et Post-doc Je suis actuellement á l Institute for Advanced Study, Princeton dans le groupe de System Biology, shool of Natural Science. J y ai t invite invite pas Stanislas Leibler. 1/09/ /12/2007 Visitor, Stanislas Leibler Laboratory, Rockefeller University 25/12/2005-1/3/2006: Visitor, Dipartimento di Fisica, Universitá di Roma, La Sapienza 30/11/2004-1/3/2005: Visitor, Dipartimento di Fisica, Universitá di Roma, La Sapienza 1/9/2001-1/10/2001: Visitor, International Center for Theoretical Physics, Trieste, Italy 1/9/ /08/2001 Post-doc à l Université de l Illinois à Chicago 1/11/1999-1/8/2000: Post-doc, Laboratoire de Physique Théorique de l Ecole Normale Supérieure de Paris. A. CONFERENCES INVITEES Workshop on emergent behavior organized by W. Bialek in the Graduate Center of the City University of New York, to held 21/2/ /3/2011 Statistical Mechanics of Learning and Inference Mariehamn, Finland 26-29/5/2010. Titre de l exposé: Cluster expansion method for the Inverse Ising model: Application to the retina. The 6th Computational Neuroscience Day, Institut des Systemes Complexes, Paris 10/12/08. Titre de l exposé: Inverse approaches for the reconstruction of effective interactions between retinal neurons. 2

3 ESF meeting on single molecule experiments. Barcelone,Espagne, 28-30/11/2006 Titre de l exposé: Unzipping experiments and the DNA sequence: an inverse random walk problem. Conference: Modelling Elastic Manifolds. Trieste Italie 25-29/7/2006. Titre de l exposé: On the inference of DNA sequences from mechanical opening experiments.. Conference: From physics to biology: The interface between Experiment and Computation. Zaragoza, Spain 8-11 Febraury, Titre de l exposé: Introduction to Single Molecule Experiments: Mechanical Unzipping of DNA, and the inverse problem. Workshop: Recent progress in glassy physics Paris 27-30/9/05 Titre de l exposé: On the inference of DNA sequence from mechanical Unzipping, the inverse random walk problem in 1D. Conference : Typical case complexity, randomness and analysis of search algorithm Trieste,1-9 Septembre Titre de l exposé: Analysis of the Stop and Restart procedure for solving random 3-Sat. 8/2001 Il Ciocco, Lucca Italy Titre de l exposé: Opening dynamics of DNA and RNA. 10/2001 Cecam Workshop Lyon, France. Titre de l exposé: Unzipping of DNA and RNA B. Séminaires Je donne trois-quatre sminaire par ans dans differents laboratoires, le seminaires donnes les deux dernires annes sont: 24/09/08 Seminaire du LPT et LPTMS, Orsay, Paris Approaches inverses pour la reconstruction d interactions effectives entre neurones retiniens 26/11/08 Laboratoire de Physique Statistique ENS-Paris Titre: Approaches inverses pour la reconstruction d interactions effectives entre neurones retiniens 3

4 29/01/2010 Sminaire dans le laboratoire de Biological Physics, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA. Philadelphia Titre: Inverse statistical methods to infer couplings between retinal neurons. 8/2/2010 Sminaire dans le laboratoire de Buzsaki, Center for molecular and behavioral neuroscience, Rutgers University Titre:Inverse statistical methods to infer couplings between retinal neurons. 20/04/2010 Center For non-linear studies, Los Alamos Titre: Inverse Ising model to infer couplings between retinal neurons. 10/12/2010 sminaire au Centre de Neurosciences Theoriques a Columbia. Titre:Inverse statistical methods to infer couplings between neurons. Coordination Scientifique: Organization of: la journée de Biophysique de la Fédération de Physique théorique, Biophysique Théorique sur la Montagne Sainte Geneviève, Jussieu, Paris, 30/6/2005. In collaboration with M. Barbi, D. Lacoste, H. Isambert, R. Monasson. Organization de l cole d t: Multiple aspects of DNA amd RNA: from biophysics to bioinformatics. In collaboration with D. Chatenay, O. Krichevsky, R. Monasson, D. Thieffry. Les Houches 2-27 Agust Organisation du Mini-colloquium: Physique et systèmes biologiques: de la molécule à la cellule 8ièmes Journées de la Matière Condensée, Société Francaise de Physique, Marseille, agust In collaboration with P. Bassereau and J.J Benattar. Grants : ANR Jeune chercheurs. Subject: DNA sequence inference from micromanipulation data. Team: S. Cocco (head of project) U. Bockelmann, R. Monasson nous avons récruté grace à ce projet T. Jorg en post-doc au LPS et LPT de l ENS : ACI Dynamique et réactivité des objets biologiques Subject: study of the phenotypic variations in a monoclonal bacterial population. Team: D. Chatenay (head of project), S. Cocco, V. Hakim, R. Monasson, J. Robert. 4

5 ACI Jeunes chercheurs. Subject: Decoding and coding the RNA folding pathways. team: H. Isambert (head of projet), S. Cocco, F. Thalmann: : Borsa di studio della fondazione A. Della Riccia Financial support from the University of Illinois at Chicago : Borsa di Perfezionamento, Universitá di Roma La Sapienza : Bourse de cotutelle, Ministère des Affaires Etrangères, France : Borsa di Dottorato, Universitá di Roma La Sapienza. C. ENCADREMENT Encadrement de la thèse de Nicolas Douarche ( ) Encadrement de la thèse de Valentina Baldazzi (en cotutelle avec E. Marinari) ( ) Encadrement de la thèse de Laurea (équivalent du M2) de Serena Bradde Encadrement du stage de DEA de J. Dubuis (2007). Encadrement de la thèse de Carlo Barbieri á partir de Janvier 2008 Referee activity: Je suis referee pour les revues suivantes: Physical Review Letters, Physical Review E, European Physical Journal E, Europhysics Letters, Biophysical Journal, Macromolecules, Journal of Statisitcal Physics (JSTAT), Physical Biology. Referee for proposals to the National Science Foundation. 5

6 D. VULGARISATION J ai publi trois articles in Pour la Science, Images de la Physique, Physics World J ai traduit de l Italian au Francais le livre:, Les mathématiques à l aube du XXIème siècle Piergiorgio Odifreddi. Edition Belin In collaboration with R. Monasson. J ai traduit de l Italian au Francais un article de Canizzaro qui constituit un chapitre du livre L ystoire de l atome: de l intuition la ralit, P. Radvanyi (Edition Belin). In collaboration with R. Monasson. 6