tâches complexes SvT sciences de la vie et de la terre Première S Terminale S PrOgramme 2014 coordonné PaR PaTrick DemOugeOT loïc mathon

Transcription

1 sciences de la vie et de la terre SvT sciences de la vie et de la terre Première S Terminale S PrOgramme 2014 tâches complexes coordonné PaR PaTrick DemOugeOT loïc mathon

2 La Terre dans l'univers, la vie, l'évolution du vivant

3 SvT terminale S terminale s SvT terminale s thème 1 : la terre dans l'univers, la vie, l'évolution du vivant 1-A : Génétique et évolution diversification génétique et diversification des êtres vivants Les pucerons produisent des caroténoïdes Aide de connaissance 1 : Des transferts de gènes Aide de connaissance 2 : Rappels de première S sur la synthèse de protéines : lien entre protéines et gènes Aide de savoir-faire 1 : Réalisation d'une chromatographie des pigments caroténoïdes Aide de savoir-faire 2 : Réalisation d'une recherche avec BLAST du NCBI Aide de savoir-faire 3 : Réalisation d'un schéma-bilan

4 sciences de la vie et de la terre aides aide de connaissance 1 : Des transferts de gènes Chaque génération reçoit ses gènes de la précédente : une cellule qui se divise transmet ses gènes aux descendantes, deux parents les transmettent à leur enfant Le transfert des gènes se réalise au sein même de l espèce de façon verticale (de génération en génération). Des gènes transitent parfois entre individus d espèces différentes : on parle alors de «transfert horizontal». D après une interview de Marc-André Selosse, professeur spécialiste des interactions entre organismes. Aide de connaissance 2 : Rappels de première S sur la synthèse de protéines : lien entre protéines et gènes Un gène détient dans sa séquence de nucléotides, l information permettant la synthèse d une protéine. Cette dernière, caractérisée par sa séquence d acides aminés est impliquée dans la réalisation du phénotype. On appelle expression de l information génétique l ensemble des mécanismes aboutissant à la fabrication d une protéine à partir de l information contenue dans le gène : Au cours de la transcription dans le noyau, un ARN messager complémentaire du brin transcrit de l ADN est synthétisé. L ARN messager sort du noyau par les pores de l enveloppe nucléaire. La traduction permet la synthèse des protéines dans le cytoplasme. La séquence des acides aminés est gouvernée par celle des nucléotides de l ARN messager suivant un système de correspondance : le code génétique. Réseau Canopé 2015

5 SvT terminale S Aide de savoir-faire 1 : Réalisation d'une chromatographie des pigments caroténoïdes La chromatographie est une technique de séparation des molécules présentes dans un mélange. Elle utilise la migration par capillarité d'un liquide (solvant) sur un support solide (papier). Les constituants du mélange sont entrainés plus ou moins loin suivant leurs propriétés physicochimiques (masse molaire, polarité...). Réseau Canopé 2015 Matériel : Différentes solutions : Solution 1 : filtrat de carotte (très riche en caroténoïdes) Solution 2 : solution éthérée de pucerons du pois Solution 3 : sève de plants de pois Du solvant à chromatographie (éthanol) Une bande de papier à chromatographie Une éprouvette (ou équivalent) Un bouchon avec crochet de suspension Un agitateur en verre (à bout rond) Un fin cathéter Un cache noir pouvant recouvrir l éprouvette Une règle, un crayon gris, un feutre à verre Un chronomètre

6 sciences de la vie et de la terre Protocole : Préparation de l'éprouvette Suspendre la bande de papier à chromatographie à l'aide du crochet fixé au bouchon. La placer dans l'éprouvette pour repérer le niveau du solvant à ajouter (le papier doit tremper de 0,5 cm dans le solvant). Retirer la bande de papier. Verser le solvant à chromatographie jusqu'au niveau repéré. Fermer l'éprouvette sans le papier pour que le solvant sature l intérieur. Préparation du papier à chromatographie (NE PAS METTRE LES DOIGTS DESSUS) : Tracer un trait au crayon à 2 cm du bord inférieur du papier et parallèle à celui-ci : il s agit de la ligne de dépôt. Placer sur cette ligne et à égale distance, trois points au crayon. Déposer chaque produit à tester sur chaque point fait précédemment : on doit obtenir une tache aux contours bien définis : pour les solutions 1 et 3 : utiliser l extrémité ronde d un agitateur ; pour la solution 2 : déposer une petite goutte de solution éthérée, attendre qu elle sèche et recommencer plusieurs fois l opération pour obtenir une tache très colorée et la plus petite possible. Réalisation de la migration Suspendre le papier dans l éprouvette de façon à ce que ses bords ne touchent pas la paroi de l éprouvette et que le solvant ne touche pas la ligne de dépôt. Placer l ensemble à l obscurité en le recouvrant du cache. Laisser migrer le solvant pendant minutes, puis retirer et laisser sécher le papier à l air. Aide de savoir-faire 2 : Réalisation d'une recherche avec BLAST du NCBI La page d'accueil de BLAST du NCBI vous guide suivant les expériences que vous souhaitez réaliser : BLAST Les programmes BLAST effectuent une recherche rapide dans les banques de séquences nucléotidiques et protéiques avec une estimation rigoureuse des similitudes. Il existe cinq programmes BLAST possibles en fonction de la nature de la séquence requête : celui que nous utiliserons est blastp, qui compare une séquence de protéine dans une banque de séquences protéiques d un organisme connu.

7 SvT terminale S Dans une nouvelle fenêtre, se connecter au site BLAST du NCBI. Cliquer sur le lien «protein blast». Paramétrer une recherche : Au bout de quelques secondes, le résultat apparait. Les gènes de très nombreuses espèces ont été entièrement séquencés et sont stockés dans des banques de données en réseau. Elles sont toutes libres d accès sur Internet et accessibles par le portail américain NCBI (National Center for Biotechnology Information).

8 sciences de la vie et de la terre Lecture des résultats de la recherche Le logiciel indique le nom des enzymes dont la séquence protéique se rapproche le plus de la séquence soumise. Interprétation des résultats de la recherche : mesure du taux d homologie entre deux séquences Si la similitude est suffisante, donc susceptible de ne pas être due au hasard, alors on peut dire qu elle est représentative de l homologie et que les différences entre les deux séquences sont dues à l évolution. Elle peut laisser supposer une fonction identique mais ne le prouve pas. Il est possible que ce soit une convergence ou simplement du hasard, surtout si c est sur une courte région. En revanche, au delà de 30 % de similitudes, c est probablement une homologie. Notions de score d alignement et de pourcentages d identité Soit les deux séquences A et B dont l alignement est représenté ci-dessous (chaque lettre représente un acide aminé dans le code international des acides aminés) : SEQUENCE A : R C S I I S - - GY R F D Q G P S L L L M R EV F E ET III.I.--I.IIIIIIII.II--IIII.

9 SvT terminale S SEQUENCE B : R C S L I N H N G H R F D Q G P S L Y L M - - V F E E A Trois types de correspondances peuvent être faites entre les acides aminés de la séquence A et ceux de la séquence B : les identités : les deux acides aminés sont identiques sur les deux séquences. Elles sont représentées par un «I» ; les substitutions : un acide aminé est remplacé par un autre. Elles sont représentées par un «.» ; les insertions et délétions : l ajout d un acide aminé sur une séquence entraine une brèche sur l autre séquence (et inversement). Elles sont représentées par un «-». Il y a deux moyens de mesurer le taux d homologie, c est-à-dire le degré de parenté entre deux séquences : le calcul du pourcentage d identité : on place les deux séquences le mieux l une par rapport à l autre pour obtenir un maximum de «I» et on calcule le pourcentage de «I» par rapport à la taille totale des séquences. Avantage : calcul simple. Inconvénient : peu pertinent car il donne le même poids aux substitutions qu aux insertions-délétions. le calcul du score d alignement : on attribue à chaque correspondance un score particulier, par exemple : identité = +1, mésappariement = 0, brèche = -1. Pour l alignement parfait de deux séquences de 26 acides aminés, le score serait de 26. Pour deux séquences données, le meilleur alignement est celui qui donne le score le plus élevé avec si possible le pourcentage d identité le plus élevé. Aide de savoir-faire 3 : Réalisation d'un schéma-bilan