PASSEPORT DES ETUDES EN SCIENCES

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1 PASSEPORT DES ETUDES EN SCIENCES CAHIER DE LICENCE EN SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE LICENCE 3 ème année (SL3VS) FACULTE DES SCIENCES ANNEE UNIVERSITAIRE

2 Université de Nice Sophia-Antipolis Faculté des Sciences LICENCE 3 ème année SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE (SL3VS) Vers les parcours BMG, BPN, BOE, SVT, IDS, BIM et vers la Licence PRO GBMQ Maquette

3 Le LMD La Licence La Licence s obtient en trois ans selon le système européen LMD, chaque année étant structurée en deux semestres distincts. La troisième année peut aussi être une année en Licence Professionnelle qui permet une insertion professionnelle facilitée à BAC+3 3

4 Spécialisation en LSVS La licence SVS se déroule sur trois années d enseignement L1, L2 et L3. Au cours de ces trois années, les étudiants se spécialisent progressivement dans des domaines particuliers des SVS. Cette spécialisation apparaît sous la forme de parcours. La Licence SVS propose 7 Parcours. Le choix du parcours se fait progressivement au cours de la 2 ème et 3 ème années de Licence pour tous les parcours. Des réorientations sont possibles en cours de Licence en relation avec l équipe pédagogique de la licence SVS (direction des études du département, responsable de la Licence et coordonnateurs d année). A la fin de la 1 ère année des étudiants peuvent s orienter vers le parcours Sciences et Cultures, ou poursuivre en Licence SVS avec option. A l issue de la 2 ème année les étudiants poursuivent en SVS en précisant leur choix de parcours, ou peuvent demander une inscription en Licence Pro - notamment en Licence Pro de Biotechnologie option Génie Biologique, Microscopie, Qualité dépendante du département des Sciences de la Vie et de la Santé. Intitulé des 7 Parcours : BMG : Biologie Moléculaire et Génétique BMG A : BMG option Animal BMG B : BMG option Végétal BPN : Biochimie, Physiologie et Neurobiologie IDS : Ingénierie de la Santé BOE : Biologie des Organismes et Environnement SVT: Sciences de la Vie et de la Terre BIM : Biologie-Informatique-Mathématique SC : Sciences et Culture Structuration des trois années de LSVS L1SV S1 Commun tous Parcours L1SV S2 Commun tous Parcours L2SV S3 Parcours BMG BPN - IDS L2SV S3 Parcours BOE SVT L2SV S3 P BIM L2 Sc. et L2SV S4 BMG BPN - IDS L2SVS4 BOE SVT L2SV S4 BIM Cultures P o l y t e c h **PB/ TSSE *Lic. Pro GBMQ L3SV S5 IDS L3SV S6 IDS L3SV S5 BPN L3SV S6 BPN L3SV S5 BMG L3SV S6 BMG L3SV S5 BOE L3SV S6 BOE L3SV S5 SVT L3SV S6 SVT L3SV S5 BIM L3SV S6 BIM P L3 o l Sc. et y t Cultures e c h **BIMB * Licence professionnelle de biotechnologie option Génie Biologique, Microscopie, Qualité **Accès sur dossier et sortie à Bac +5 ; Spécialisations offertes par l Ecole Polytech Sophia: PB : Pharmacologie et Biotechnologie, TSSE : Toxicologie et Sécurité de la Santé et de l environnement, BIMB : Bio-informatique et Modélisation pour la biologie Les flèches indiquent la progression d un parcours, mais des passerelles existent naturellement entre les parcours BMGA et BPN ou BOEet BMGB par exemples. 4

5 Licence Sciences de la Vie et de la Santé Domaine : Sciences Technologies et Cultures Mention : Sciences de la Vie et de la Santé Université Nice Sophia Antipolis 28, Avenue de Valrose Nice En bref : Composante U.F.R. Sciences Contacts: Karine Mandon [email protected] UFR Sciences Parc Valrose NICE Formation initiale: Oui Formation continue: Non Formation en alternance: Non Formation à distance: Aucune Stage: Possible Stage à l étranger: Possible Présentation et objectifs : Les sciences de la Vie regroupent de nombreuses spécialités, telles que l écologie, la génétique, la zoologie, la biologie moléculaire, la botanique, la physiologie, la pharmacologie.. Notre formation permet de s intéresser à l environnement, à la recherche biomédicale, à l amélioration et la santé des plantes, à la compréhension des mécanismes fondamentaux du vivant. L exercice du métier impliquant le choix d une spécialité, 7 parcours sont proposés. Le choix du parcours se fait progressivement entre la 2 ème et la 3 ème année et des passerelles existent entre certains parcours. A la fin de la 1 ère année, des étudiants peuvent s orienter vers le parcours Sciences et Cultures ou poursuivre dans les autres parcours. A la fin de la 2 ème année, les étudiants précisent leur choix de parcours. A ces différents parcours ont été associés des métiers ou des secteurs d activité. - Parcours BMG : Biologie Moléculaire et Génétique Animal ou Végétal - Parcours BPN : Biochimie Physiologie et Neurobiologie - Parcours IDS : Ingénierie de la Santé - Parcours BOE : Biologie des Organismes et Ecosystème - Parcours BIM : Biologie-Informatique-Mathématique - Parcours SVT : Sciences de la Vie et de la Terre - Parcours SC : Sciences et Cultures Savoir-faire et compétences : Notre formation permet la poursuite d études en Master ou donne la possibilité d exercer un emploi de Technicien Supérieur. Par rapport à d autres formations, la licence permet une plus grande flexibilité dans l évolution de carrière. Nos diplômés sont aptes à réaliser des expériences qui utilisent un ensemble de techniques dans un domaine précis et sont aussi capables de rédiger une synthèse des observations, de se former aux nouvelles techniques, d initier des nouveaux utilisateurs, de rassembler des résultats, de les mettre en forme et d en rendre compte. Les outils de bureautique sont maîtrisés et les connaissances en anglais permettent la compréhension de documents spécialisés. Conditions d accès et pré-requis L accès en première année est de droit pour tout titulaire du Baccalauréat Français ou équivalent. Des dérogations sont possibles sur étude des dossiers. La progression dans les semestres se fait selon le régime de progression des études de l Université. L orientation des étudiants est assurée par les équipes pédagogiques et les responsables de parcours. Poursuite d études Master Sciences de la Vie et de la Santé de l Université de Nice et l ensemble des Masters du territoire national. Master «Gestion, Environnement, Développement durable», vers les Masters «Foqual» pour sa spécialité Cosmétologie, «Génie Biologique» ou «Ingénierie du Système Santé». Accès au Master SVT enseignement (pour les carrières d enseignants du secondaire concours CAPES Agrégation) et «Enseignement, Education et Formation». Pour information : Lien: Plaquette_Licence_vie_sante.pdf bin/webobjects/profeteseditionsfiches-prod.woa/wa/recherche?coddip=slvs*-*codvrsvdi=80*- *codlng=franf 5

6 Pour information/contact : [email protected] e_licencepro_biotechnologies.pdf Lien Licence ProGBMQ et Lien Plaquette_LicencePro_biotechnologies.pdf 6

7 Parcours Sciences et Cultures Domaine : Sciences Technologies et Cultures Mention : Sciences de la Vie et de la Santé Université Nice Sophia Antipolis 28, Avenue de Valrose Nice En bref : Composante U.F.R. Sciences I.U.F.M. Contacts: Olivier Legrand [email protected] Estelle Blanquet [email protected] UFR Sciences Parc Valrose NICE Formation initiale: Oui Formation continue: Non Formation en alternance: Non Formation à distance: Aucune Stage: Possible Stage à l étranger: Possible Présentation et objectifs : L objectif de ce parcours est de conjuguer des bases solides dans les domaines scientifiques à une culture générale nécessaire pour la réussite des concours d État, concours administratifs accessibles directement avec une Licence. Il s adresse plus spécifiquement aux étudiants désireux de passer le concours de professeur des écoles et s appuie sur les départements de l UFR Sciences ainsi que sur l IUFM. Ce parcours «sciences et culture» permet à tous les étudiants ayant validé un L1 disciplinaire de l UFR de sciences, quelle que soit leur origine, d acquérir les contenus scientifiques complémentaires (e.g. des notions de biologie pour les physiciens, et réciproquement) fondant une réelle culture scientifique généraliste, nécessaire par exemple à l enseignement des sciences dans le primaire. Des U.E. préparant à l enseignement des disciplines scientifiques, d histoire des sciences, d initiation à l épistémologie et à la méthodologie scientifique de base complètent la formation scientifique des étudiants. Savoir-faire et compétences : Cette formation largement pluridisciplinaire a pour débouché naturel le Master destiné à la formation des futurs professeurs des écoles (Master d enseignement). Il prépare également au master de Culture scientifique et technologique ainsi qu aux masters de didactique existant dans d autres universités. La sortie professionnelle est possible en Licence (concours administratifs et tout métier nécessitant des compétences en animation scientifique). Ce parcours inclut une remise à niveau et l'initiation à l'enseignement des autres disciplines enseignées à l école primaire : histoire, géographie, français, éducation musicale, arts visuels, éducation sportive ainsi qu'une solide formation en langue vivante étrangère (anglais). Des stages d observation en classe et une U.E. en philosophie et sciences de l éducation permettent aux étudiants de mieux comprendre les rôles et fonctions de l enseignant à l école primaire. Des interventions en milieu scolaire ou parascolaire leur offrent une première expérience concrète de transmission de savoirs scientifiques. Conditions d accès et pré-requis - Etre titulaire d'une première année de Licence en Sciences. - Admission sur dossier (CV + descriptif des UE suivies en L1 + résultats) et, le cas échéant, après entretien de motivation. Poursuite d études -Insertion professionnelle dans le milieu associatifs (musées scientifiques..) ou collectivités - Accès aux concours de la fonction publique - Poursuite en Master «enseignement, éducation et formation» ou «Culture scientifique et technologique» Pour information : 7

8 Organisation des enseignements Les enseignements se distribuent à l intérieur de deux semestres d études comportant environ 600 heures d enseignements (septembre à janvier puis février à juin). Ils se déclinent sous forme de plusieurs unités d enseignements (UE) dont le volume horaire varie en fonction de leur coefficient (ECTS). Les enseignements se déroulent sous forme de cours magistraux (CM) en amphithéâtre (maximum 200 étudiants/séance), sous forme de travaux dirigés (TD) en salle (maximum 40 étudiants/séance) ou sous forme de travaux pratiques (TP) en salle (maximum 40 étudiants/séance). Chaque unité d enseignement est gérée par un enseignant responsable auquel l étudiant doit se référer (cf. liste des contacts enseignants pages 16-18). Le calendrier des enseignements est établi et distribué en début de semestre par le coordonnateur (cf site web du Département des Sciences de la Vie, liens LSV1, LSV2 ou LSV3) et peut être soumis à modulation de la part des enseignants responsables. Assiduité L assiduité en CM, TD et TP est obligatoire pour tous les étudiants en LSVS. Elle est contrôlée en TD et TP par les enseignants responsables. Une absence devra être justifiée dans les 15 jours après la réintégration à l Université par déposition d un certificat original et officiel (maladie, employeur, sportif ) à la scolarité. L étudiant devra alors remplir un formulaire pour préciser les dates des séances obligatoires (TP, TD, examens) manquées. Pour les étudiants boursiers, des absences injustifiées répétées pourront entraîner temporairement ou définitivement l arrêt du paiement de la bourse. Modalités d évaluation Les UEs sont évaluées par des épreuves écrites ou orales, des travaux pratiques pendant le semestre et en fin de semestre, soit par la rédaction de rapports et de mémoire, etc... L évaluation dans les deux semestres se fait par contrôle continu intégral (CCI), la note finale d une UE résultera donc au minimum de la moyenne pondérée de 2 notes pour les UEs de 2 ECTS et 3 notes (tous types d évaluations) pour les UEs de plus de 3 ECTS. Il n y aura pas de session 2, excepté pour les étudiants bénéficiant d un statut particulier (cf. règle 6 ci-dessous). Une UE est définitivement acquise si la note obtenue est supérieure ou égale à 10/20, c est la capitalisation. L acquisition d une UE rapporte des ECTS (Crédit Européens d Enseignements). Ces ECTS sont reconnus dans toutes les universités françaises comme dans l ensemble de l Europe et permettent une mobilité étudiante. Le semestre est validé si la note moyenne des UEs du semestre, selon leur coefficient, est supérieure ou égale à 10/20. Chaque semestre validé correspond à 30 ECTS. L année universitaire est validée par validation indépendante de chacun des deux semestres. La compensation entre les deux semestres est cependant autorisée. Chaque 8

9 année validée correspond à 60 ECTS. Un étudiant de L1 n ayant pas validé l année mais ayant validé un des deux semestres est autorisé à passer 2 ème année, uniquement s il a acquis au moins 80% des ECTS de L1 (30 ECTS du semestre validé et 20 ECTS du semestre à repasser). Son résultat d année est dit AJAC (ajourné mais autorisé à continuer). Il s engage alors à repasser son semestre manquant en année inférieure en priorité avant son semestre de même parité en année supérieure. Il doit donc repasser les TPs des UEs non validées de l année inférieure, sauf accord spécifique avec le coordonnateur de l UE. Un étudiant n ayant pas acquis la totalité des 4 semestres de L1 et L2 ne peut être admis en 3 ème année de Licence. Détails des règles d évaluation Règle 1 : L évaluation dans les deux semestres se fait par contrôle continu intégral il n y a pas de seconde session (sauf exceptions voir règle 6 et/ou sur décision de jury ou de la commission pédagogique selon des modalités définies au préalable). Règle 2 : Dans une UE de 2 ECTS, la note finale résulte de la moyenne pondérée de 2 notes et pour les UEs d au moins 3 ECTS, la note finale résulte au minimum de la moyenne pondérée de 3 notes (tous types d évaluations) et au maximum de 6 notes (hors notes de TP). Règle 3 : Un étudiant absent à une épreuve en cours ou en fin de semestre est noté ABI (absence injustifiée) ou ABJ (absence justifiée). Dans le cas d une absence injustifiée, la note «0» est utilisée pour le calcul de la moyenne au semestre, il en va de même pour toute absence dont le justificatif n a pas été validé par la scolarité. Les justificatifs d absences visées par la scolarité seront transmis au jury d examen de la session 1, pour valider ou non la dispense de la note manquante. Règle 4 : La compensation à l intérieur d un semestre est automatique entre les UEs. La note du semestre correspond à la moyenne avec coefficients des notes des différentes UEs. Si la moyenne est supérieure ou égale à 10/20 le semestre est acquis sinon le semestre est ajourné. Règle 5 : Compensation à l année. L étudiant est autorisé à compenser ses semestres impairs et pairs afin d atteindre une moyenne générale de 10/20 à l année et de valider ainsi son année par compensation. Cette compensation est définitive au bout de cinq jours sauf refus écrit de l étudiant à adresser à son coordonnateur d année ET à la scolarité. Cette compensation entre semestre et entre UEs à l intérieur d un semestre n est valable que sur une même année. Un étudiant redoublant doit repasser l ensemble des UEs dont les notes, l année antérieure, étaient inférieures à 10/20. Règle 6 : Pour les étudiants bénéficiant d un statut particulier : salarié, sportif de haut niveau, autre (validé par le coordonnateur), des épreuves de synthèse sont organisées en fin de semestre dans chaque UE, avec deux sessions. Un étudiant autorisé à passer la session 2, doit repasser l ensemble des UEs dont les notes étaient inférieures à 10/20 à la session 1. Règle 7 : Une UE acquise est définitivement acquise et ne peut donner lieu à une seconde session. 9

10 Charte des examens de l Université Licence Sciences de la Vie Préambule : Au moment de l'inscription en Licence 1, 2 ou 3 des Sciences de la Vie (SV), un accord librement conclu est signé entre le responsable de la formation, le directeur du Département et l'étudiant. La présente charte vise à sensibiliser, expliquer, informer et responsabiliser les différents partenaires et à définir les rôles et les responsabilités de chacun. Cette charte complète la Charte de l'université de Nice Sophia Antipolis adoptée lors du CA du 22 Juin 2006 et disponible à l'adresse suivante : Règlements et statuts UNS / Charte22juin2006.pdf. Article 1 : Responsabilités de l'etudiant Tout étudiant doit respecter les règlements et directives de l'établissement. En s'inscrivant, il accepte de fait la charte de l'université disponible à l'adresse citée dans le préambule. Article 2 : Informations fournies à l'étudiant En début de l'année, le responsable de la formation met à la disposition des étudiants (sur papier ou sur le site internet du département ), des informations concernant : les compétences scientifiques, techniques et savoirs associés à la licence SV ; les métiers/fonctions ou études accessibles aux diplômés ; la réussite en licence SV des années antérieures ; les personnels de l'équipe pédagogique et administrative de la formation; les livres disponibles à la bibliothèque universitaire; le bureau des étudiants de Biologie (BDE Bio), la formation (planning, emploi du temps). Ces dernières informations étant susceptibles d'être modifiées chaque semaine, les changements seront affichés au département ou communiquées oralement en salle et dans la mesure du possible. Elles seront mises à jour sur le site du Département SV. Article 3 : Informations fournies par l'étudiant au responsable de formation et au département Une communication efficace est nécessaire entre l'étudiant et l'équipe pédagogique. Chaque étudiant de la licence devra fournir au responsable de la formation : une fiche de renseignements complétée (distribuée lors de la réunion de rentrée) et une photo. Pendant les 3 années de la Licence, l'étudiant s'engage à informer le responsable de la formation et le secrétariat du département de tout changement de coordonnées. Toute correspondance par courrier électronique entre étudiants et enseignants/administration se fera uniquement via l'adresse Article 4 : Projet professionnel personnel La préparation d'une licence doit s'inscrire dans le cadre d'un projet professionnel personnel. La construction de ce projet et sa réalisation passent par une orientation réfléchie et nécessite des informations précises sur les débouchés professionnels des formations (voir Article 1 de la charte). Le responsable de formation organisera, chaque année, une réunion d'information sur les possibilités d'orientation pour l'année suivante. 10

11 De plus, le conseil pédagogique s'engage à recevoir tout étudiant de licence le demandant pour effectuer un bilan universitaire et faire le point sur ses objectifs professionnels. Article 5 : Enseignement et assiduité L'enseignement en Licence est fondé sur l'organisation de cours, travaux dirigés, travaux pratiques et travaux de terrain. La présence aux travaux dirigés, travaux pratiques et travaux de terrain est strictement obligatoire. Un contrôle des présences sera effectué au début de chaque séance. Toute absence devra être dûment justifiée par écrit (document à remettre aux services de la scolarité). La validité du motif d'absence sera examinée au cas par cas. La non-assiduité pourra éventuellement entraîner la convocation de l'étudiant devant le conseil pédagogique de la formation. Article 6 : Evaluation des connaissances Le contrôle continu (CC) favorise une acquisition progressive et approfondie des connaissances. Il s'effectue sous forme d'épreuves évaluées ayant lieu tout le long du semestre pour chaque unité d'enseignement. Un planning des épreuves de CC sera fourni à l'étudiant au plus un mois après la rentrée universitaire. L'absence à une épreuve de contrôle ou l'absence de remise d'un travail sans justificatif officiel entrainera l'obtention de la note de 0/20 pour l'exercice concerné. La présence de tout document ou matériel (y compris ceux n'ayant aucun lien avec l'épreuve) est interdite sur les tables d'examen ou à proximité. L'usage de tout moyen de communication et de transmission est strictement interdit pendant les enseignements et pendant les épreuves de contrôle. L'utilisation de calculatrices n'est pas de droit. Dans tous les cas, la mémoire des calculatrices programmables doit être vide. Article 7 : Matériel Chaque étudiant de licence doit apporter en travaux pratiques le matériel ci-dessous : une paire de ciseaux fins, une paire de pinces fines, une paire de pinces moyennes, une blouse en coton, blanche de préférence, des feuilles blanches. L'enseignant se réserve le droit de ne pas accepter en salle de TP tout étudiant n'étant pas en possession du matériel requis pour la séance. Du matériel complémentaire spécifique pourra être demandé par l'enseignant responsable d'une unité d'enseignement. Le BDEBio organise des achats groupés de matériel (voir Article 1). Je soussigné(e), ( nom et prénom )..., années d'études , déclare avoir lu et compris la Charte de la licence SV et je conviens de la respecter. A Nice, le Signature de l'étudiant(e), précédée de la mention manuscrite «Lu et approuvé» : Signature du responsable de formation LSV Signature du directeur du Département 11

12 Université de Nice Sophia-Antipolis Faculté des Sciences 3ème ANNÉE LICENCE SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE Maquette Responsables pédagogiques : Responsable pédagogique du diplôme Karine Mandon, [email protected] Responsable de parcours : Parcours Biologie Moléculaire et Génétique : Karine Mandon, [email protected] Parcours Biochimie, Physiologie, Neurobiologie: Aline Grechez-Cassiau, [email protected], Parcours Biologie des Organismes et des Ecosystèmes : Didier Forcioli, [email protected] Parcours Sciences de la Vie et de la Terre: Dimitri Garcia, [email protected] Parcours Bio-Info-Maths : Patrick Coquillard, [email protected] Parcours Ingénierie de la Santé : Pascal Staccini, [email protected] Secrétariat : Du Lundi au Vendredi de 9h à 12h30 et de 14h à16h30 à la Scolarité (1 er étage Bâtiment Petit Valrose) Voies de diffusion des informations : Département des sciences de la vie: Lien LSV3 Panneau d affichage à l entrée du parc Valrose (consultation quotidienne conseillée) Site du bureau des étudiants de biologie (BDEbio) : Par votre messagerie étudiante «@etu.unice.fr» 12

13 Inscription administrative et inscription pédagogique Votre inscription administrative (choix d une filière, paiement des droits, obtention de la carte d étudiant) est différente de l inscription pédagogique. Vous devez dans la première semaine de rentrée choisir un parcours et une UEL afin de compléter votre contrat pédagogique (sur l ENT). Contrat pédagogique Votre contrat pédagogique (inscription aux options et aux UEL) devra être complet sous peine d obtenir une mention ABI (absent injustifié) et une note de zéro en fin de semestre. En cas de problème d inscription veuillez contacter la scolarité en premier lieu. Environnement Numérique de Travail (ENT) L ouverture du compte Sésame en début d année est obligatoire. Elle vous donnera accès à l ENT. Sur cet espace vous pourrez remplir votre contrat pédagogique, consulter vos résultats en fin de semestre, récupérer les cours en ligne L adresse étudiant est indispensable pour correspondre avec votre responsable pédagogique tout au long de l année. Evaluation des Enseignements et de la Formation Vous allez être sollicités en cours d année pour évaluer (en ligne ou par questionnaire papier) le contenu et la qualité de votre formation et de vos enseignements. Merci de répondre à ces enquêtes qui permettent à nos formations d évoluer. Un bilan de ces enquêtes vous sera rapporté par votre coordonnateur. 13

14 Programme des Semestres par Parcours SEMESTRE 5 Ingénierie de la Santé IDS Biologie Moléculaire et Génétique Animal BMG Végétal Biochimie Physio. Neurobiologie Bio Info Math Bio Organismes Ecosyst Sc Vie et Terre BPN BIM BOE SVT - enseignement Structure et Expression des Génomes et Marqueurs Moléculaires Grandes Fonctions Animales (BMG-BPN-IDS-BIM ; 4 ects) Immunologie 1 (2 ects) Anglais Préparation TOEIC (2 ects) Epistémologie (2 ects) Grandes Fonctions Animales ( BOE-SVT ; 4 ects) Anglais TOEIC (2 ects) MET 1 (Démarche Qualité Gestion de Projet ; 4 ects) LEG (Bases Juridiques ; 4 ects). COM 1 (Technique de communication, English for Public Health ; 4 ects) Statistiques Bioch Structurale et Régulations Enzymatiques Signalisation Cellulaire Génétique des Eucaryotes (2 ects) Immuno. 2 (2 ects) Bio. Des Interactions (2 ects) 4 ECTS au choix Physio. Humaine en Cond. Extrême (2ects) Immuno. 2 (2 ects) Neurobio. Cognitive et Comp. 4 Neurobio. ECTS Cognitive au et Comp. (4 choix ects) Dynamique des Populations Projet Pluridisciplinaire Dynamique des Populations Ecosystèmes 2 ECTS au choix Bio. Des Interactions Pétrol. Magmatique et Métamorphique Minéralogie et Pétrologie Sédimentaire Bio. Animale Reproduction (3 ects) (2 ects) Endocrinosignalisation (2 ects) Endocrino- Signal. Bio. Comport. et Ethologie Bio. des Organismes (2 ects) Projet Tutoré Didactique (3 ects) 14

15 IDS BMG Animal Végétal SEMESTRE 6 BPN BIM BOE SVT Bioinformatique Appliquée à l Analyse de Séquence Stage Etab. Santé (2 ects) MET2 (Normes) (2 ects) RIS (Hygiène, Stérilisation, Risques Chimiques ; 4 ects) COM2 (RH English for Public Health ; 4 ects) TEC (Base de la Recherche Clinique ; 4 ects) SVS (Sécurité et Vigilance Sanitaire ; 4 ects) 1 UE (4ects chaque) au choix Pharmaco. Fond. Et Appliquée Biotechnologies Physiopatho. Nutrition et Métabolisme Bases Math. Des Stat. UEL Fête de la Science* (2 ects) Evolution Moléculaire et Phylogénèse Régulations géniques Procaryotes Biotechnologies (4ects) Endocrino. Générale Bio. Dév. Animal 1 UE (4 ects) au choix Bio. Dev. Végétal Imagerie Tissulaire (4ects) Tech. d Exploration Fonctionnelles Bio. Adaptations et Ecophysio. (4ects) Endocrino. Générale Techniques d Exploration Fonctionnelles Pharmaco. Fondamentale et Appliquée Neurobio. Pathologies. Cérébrales 1 UE (4 ects) au choix Canaux ioniques Biotechnologies Imagerie Tissulaire Analyse de Métabolites secondaires Algorithmique et Structure des données Bases Math. des Statistiques Initiation à la programmation Projet Pluridisciplinaire En Anglais (6 ects) Evolution Moléculaire et Phylogénèse 1 UE (4 ects) au choix UE libre (2 ects)** Pharmaco. Fondament et Appliquée Bio. Des Adapt. Et Ecophysiol. Biotechnolo gies Biodiversité (3 ects) Intro. à l Ecotoxicologie (2 ects) Bio. des Adaptations et Ecophysiol. Evolution Moléculaire et Phylogén. Ecologie et Biologie Marine (3 ects) Réponses des Plantes à l Environ. Physiopat Nutrition et Métabolisme Paléoenvironnement (2 ects) 1 UE (2 ects) au choix 1 UE (4 ects) au choix Stage Pratique /Biblio Com. En Environnement Botanique, Systémat. et Phylogén. Bio. Dev. Animal Stage en Etab. Scolaire (2 ects) Botanique, Systématique, Phylogénèse Dyna. Externe et Paléoclimat. Géodynamique Interne Tectonique, Déformat. Lithosphère Evolution Terre Bio. Cellulaire et Neurophysio Physio. et Biotechnologies Végétales * Les étudiants du parcours IDS doivent prendre l UEL fête de la Science au 1 er semestre pour validation de l UEL en S6 ** Il est conseillé aux étudiants des parcours BMG-BPN de prendre l UEL stage en fin de 2 ème année (S4), pour validation de l UEL en S6. Contacter le responsable de cette UEL, Mr de Vaugelas ([email protected]) pour une préinscription dès le S4. Cette UEL permet de valider les stages d été faits entre le S4 et le S5. 15

16 SEMESTRE 5 Unité d enseignement Responsable Anglais Joelle Potentini [email protected] Biologie Animale - Reproduction P. Pierson [email protected] Biochimie Structurale et Régulations Enzymatiques E. Macia [email protected] Biologie Comportementale et Ethologie G. Gandolfo [email protected] Biologie des Interactions Cécile Sabourault Cé[email protected] Biologie des Organismes D. Garcia [email protected] Communication 1 P. Staccini [email protected] Dynamique des Populations L. Mangialajo Luisa.MANGIALAJO-PASSERON- [email protected] Ecosystèmes P. Francour [email protected] Endocrinologie-Signalisation Cellulaire M. Guibbolini [email protected] Epistémologie F. Grammont [email protected] Génétique des Eucaryotes M. Poirié [email protected] Grandes Fonctions Animales (BMG-BPN-IDS) Grandes Fonctions Animales (BOE-SVT) A. Grechez-Cassiau Aline.GRECHEZ- [email protected] M. Guibbolini [email protected] Immunologie 1 N. Glaichenhaus [email protected] Immunologie 2 E. Mougneau [email protected] LEG (Bases Juridiques) F. Siiriainen [email protected] MET 1 (Démarche Qualité Gestion de Projet) P. Staccini [email protected] Minéralogie et Pétrologie Sédimentaire B. Scalabrino [email protected] Neurobiologie Cognitive et Comportementale I. Bethus [email protected] Pétrologie Magmatique et Métamorphique J. Schneider [email protected] Physiologie Humaine en Condition Extrême F. Delaunay [email protected] Projet Pluridisciplinaire (BIM) Jean-Paul Comet [email protected] Projet Tutoré Didactique (SVT) D. Garcia [email protected] Signalisation Cellulaire F. De Graeve [email protected] Statistiques L. Mangialajo Luisa.MANGIALAJO-PASSERON- [email protected] Structure et Expression des Génomes et Marqueurs Moléculaires F. Presse [email protected] 16

17 SEMESTRE 6 Unité d enseignement Responsable Algorithmique et Structure des Données E. de Maria [email protected] Analyse des Métabolites Secondaires O. Thomas [email protected] Bases Mathématiques des Statistiques F. Diener / C. Malot-Thuleau [email protected]; [email protected] Biodiversité P. Francour [email protected] Bioinformatique Appliquée à l Analyse de Séquence K. Robbe [email protected] Biologie Cellulaire et Neurophysiologie I. Gillot [email protected] Biologie des Adaptations et Ecophysiologie C. Sabourault [email protected] Biologie du Développement Animal C. Ghiglione [email protected] Biologie du Développement Végétal N. Pauly [email protected] Biotechnologies M. Téboul [email protected] Botanique, Systématique et Phylogenèse P. Coquillard [email protected] Communication 2 P. Staccini [email protected] Canaux Ioniques O. Soriani [email protected] Communication en Environnement J. de Vaugelas [email protected] Dynamique Externe et Paléoclimatologie C. Renac [email protected] Ecologie et Biologie Marine T. Thibaut [email protected] Endocrinologie Générale M. Guibbolini [email protected] Evolution de la Terre C. Vérati [email protected] Evolution Moléculaire et Phylogenèse D. Forcioli/L. Bottin [email protected]/ [email protected] Géodynamique Interne C. Ganino [email protected] Imagerie Tissulaire S. Lacas- Gervais Sandra.LACAS- [email protected] Initiation à la Programmation K. Robbe [email protected] Introduction à l Ecotoxicologie C. Risso [email protected] MET 2 (Normes) P. Staccini [email protected] 17

18 Neurobiologie et Pathologies Cérébrales I. Lena Paléoenvironnement C. Vérati Pharmacologie Fondamentale et Appliquée J. Noël Physiologie et Biotechnologies I. Garcia Végétales Physiopathologie de la Nutrition et du Métabolisme B. Sibille/M. Téboul Projet Pluridisciplinaire (en Anglais) F. Grammond Régulations Géniques Procaryotes K. Mandon Réponses des Plantes à l Environnement RIS (Hygiène, Stérilisation et Risques Chimiques) E. Boncompagni [email protected] JF Quaranta [email protected] Stage en Etablissement de Santé S. Staccini [email protected] Stage en Etablissement Scolaire I. Gillot [email protected] Stage Recherche : Pratique ou Bibliographique C. Sabourault Cé[email protected] SVS (Sécurité et Vigilance Sanitaire) P. Staccini [email protected] TEC (Bases de la Recherche Clinique) P. Staccini [email protected] Techniques d Exploration Fonctionnelles A. Grechez- Cassiau Aline.GRECHEZ- [email protected] Tectonique Déformation Lithosphère V. Strak [email protected] 18

19 UNITES D'ENSEIGNEMENT TOUS PARCOURS Semestre 5 Par ordre alphabétique Anglais Responsables : Joëlle Potentini Période : Enseignement cinquième Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures - Préparer au passage du TOEIC (Test of English for International Communication). Le TOEIC permet une évaluation exacte des compétences des candidats en compréhension orale et écrite ainsi qu en grammaire anglaise. Le test TOEIC est la solution d évaluation standard fiable reconnue dans le monde entier. - Anglais scientifique, en particulier dans le domaine de la biologie. Des articles récents et des supports audio seront utilisés comme point de départ pour des exercices de compréhension ainsi que pour la rédaction de textes ou des discussions orales. Des points de grammaire spécifiquement liés à la communication scientifique seront également abordés. Biologie Animale Reproduction Responsable : Patricia Pierson Crédits ECTS : 3 Volume : 35 heures Approfondir les connaissances (pour niveau CAPES) en biologie de la reproduction et embryologie ; étudier le développement post-embryonnaire et la vie larvaire ; évoquer les grandes problématiques en évolutiondéveloppement - Bilan des modalités de reproduction dans le monde animal - Développement embryonnaire du modèle drosophile - Diversité des larves dans le monde animal, métamorphoses et leurs contrôles - Bases développementales de l'évolution animale (Évo-dévo). Biochimie Structurale et Régulations Enzymatiques Responsable : Eric Macia Volume : 40 heures Mieux comprendre les relations qui existent entre la structure et la fonction des biomolécules. 1) Théorie des différentes techniques de détermination de la structure des protéines (RMN, cristallographie aux rayons X, microscopie électronique). (Cours) 2) Bases théorique et pratique (TD sur machine) de modélisation moléculaire. (Cours et TDs) 3) Relation structure fonction, cas des enzymes et notion d allostérie. (Cours et TDs) 4) Relation structure/fonction, cas des protéines structurales (exemple des moteurs moléculaire, des protéines impliquées dans la déformation des membranes, interaction protéines/lipides..). Biologie Comportementale et Ethologie Responsable : GabrielGandolfo Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures Module d introduction et de découverte de l'éthologie. - Historique ; Comportements stéréotypés ; Comportement sexuel ; Comportements intelligents ; Comportement social ; Observation à partir de vidéo de travaux en laboratoire et sur le terrain. Biologie des Interactions Responsables : Cécile Sabourault 19

20 Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures Développement d'une vision synthétique des interactions entre organismes - Les interactions durables entre espèces, du parasitisme au mutualisme obligatoire, ont joué un rôle décisif dans l'évolution du vivant et ont un impact important sur la structure des génomes, le comportement des organismes, le fonctionnement des populations et celui des écosystèmes. L'UE aborde ces interactions sous deux aspects : un aspect mécanistique, en explicitant et comparant le fonctionnement de certaines interactions et un aspect évolutif (co-évolution, transferts horizontaux ), en prenant en compte leur importance sociétale. Seront prises en compte aussi bien des interactions procaryotes-eucaryotes (bactéries endosymbiotiques, bactéries fixatrices d azote ) qu eucaryotes-eucaryotes (parasites, parasitoïdes, ) et des interactions entre trois ou même quatre partenaires. Biologie des Organismes Responsables : Dimitri Garcia Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures COM 1 : Techniques de Communication, English for public health (4 ECTS) Responsables : Pascal Staccini Volume : 38 heures Apporter les éléments essentiels des techniques d expression et de communication. - Apprentissage de deux langues étrangères (LV2 : Italien, Espagnol ou Allemand) à partir de thèmes de santé publique. - Quality and Public Health Issues. - Techniques de communication : Animation d équipe, négociation ; Techniques de vente ; Jeu de présentation, Comment se lever?, Distanciation / Prendre de la distance par rapport à des à priori, Le cerveau tri-unique ; Le cheminement de la prise de parole, Le psychisme humain ; Gestion d équipes : la réalité de l entreprise ; Affirmation de soi - L écoute et reformulation - Notion de conduite de réunion Dynamique des populations Responsables : Luisa Mangialajo Volume : 30 heures Elargir les connaissances de l organisme aux populations et aux communautés - Notions de dynamique des populations et des communautés. - Les principaux modèles de croissance des populations animales et végétales. - Notions de relation intra- et interspécifique, d espèces clé, de compétition et de coexistence. Notions de résistance et de résilience face à une perturbation. - Introduction à la théorie de l'information et à ses applications en écologie. Ecosystèmes Responsable : Patrice Francour Volume : 34 heures Ce module permet aux étudiants d acquérir des connaissances de base sur la structuration de systèmes complexes (complexes par leur nombre d éléments constitutifs). Les grands traits des écosystèmes (composition, inter-relations entre ces éléments, cycles biogéochimiques, cycle de l énergie, facteurs structurant, régulation) sont abordés de façon théorique, mais aussi à travers certains grands phénomènes comme El Nino, NAO ou l effet de serre. A côté des cours magistraux, une approche appliquée en TD s appuie sur un travail propre de réalisation de projet par les étudiants (10 h). 20

21 Endocrinologie-Signalisation Cellulaire (Parcours BOE-SVT) Responsable : Marielle Guibbolini Crédits ECTS : 2 Volume : 24 heures Acquisition des concepts fondamentaux de l endocrinologie chez les vertébrés. Aspects comparatifs. Comprendre ce qu est une hormone, acquérir des notions sur la production, la distribution et les mécanismes d action des hormones. - Endocrinologie générale, aspects comparatifs - Glandes endocrines: système hypothalamo-hypophysaire, thyroïde, cortico-et médullo-surrénales, gonades, pancréas -Morphologie, anatomie, cytologie et origine embryologique de la glande endocrine -Hormones, tissus cibles-effets physiologiques-aspects physiopathologiques -Nature-biosynthèse-sécrétion-transport et dégradation des hormones -Notions de feedback -Occupation des récepteurs et réponse biologique, Notions d agonistes et d antagonistes -Récepteurs membranaires et nucléaires, mode d action. - Interaction hormone-récepteur (Scatchard), spécificité, affinité, nombre de sites de liaison ; Clearance hormonale, taux de production hormonale, T1/2 ; Agoniste/antagoniste Epistémologie Responsable : Franck Grammont Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures Présenter une étude critique de l'activité scientifique dans son contexte historique et contemporain, en décrivant sa construction, ses méthodes et règles, ses théories et sa diffusion. 1. Les bases académiques de la méthode scientifique : Introduction et Histoire des Sciences ; La Construction des Théories Scientifiques 2. La pratique concrète et contemporaine de la science : La Science au Laboratoire. La Méthode Expérimentale ; La Communication Scientifique 3. Science et société : Intégrité et Ethique en Science ; La Recherche Scientifique et son Institutionnalisation 4. Travail sur le mémoire des étudiants : Analyse critique sur le plan méthodologique d'un article scientifique de votre choix (rédigé en anglais et publié dans une revue à comité de lecture). Rédaction d'un Mémoire Génétique des Eucaryotes Responsable : Marylène Poirié Crédits ECTS : 2 Volume : 20heures Approfondir les connaissances en génétique formelle et moléculaire. Comprendre l'intérêt des organismes modèles en génétique. Connaître et comprendre l'utilisation des techniques et outils développés sur deux organismes modèles, la drosophile et la souris. - Cours basé sur l'interprétation d'articles et la réalisation d'exercices. Synthèse par les étudiants. Présentation des organismes modèles en génétique et comparaison de leurs caractéristiques et outils d'études. Mise en place, conception et réalisation de protocoles de croisements génétiques. Génétique de la drosophile: outils et techniques (chromosomes balanceurs et exemples de croisements, transgénèse, lignées ARN interférence, système UAS-Gal4, système FRT/FLP - utilisation des bases de données). Génétique de la souris (Stratégies de Knockout, utilisation des cellules ES, système Cre/loxP ). Présentation des différents marqueurs moléculaires et de leur utilisation. Grandes Fonctions Animales (BMG-BPN-IDS) Responsable : Aline Grechez-Cassiau Volume : 40heures 21

22 Acquisition de connaissances à un niveau d organisation supplémentaire : l intégration des fonctions. Compréhension du fonctionnement des systèmes biologiques (cardiovasculaire, respiration, osmorégulation) chez les mammifères et l homme en particulier. Compréhension et analyse des processus responsables de leur coordination dans le maintien de l homéostasie par une approche intégrée des fonctions physiologiques. Donner des notions sur les pathologies associées. - Homéostasie et milieu intérieur ; Physiologie Cardio-vasculaire ; Physiologie de la respiration ; Physiologie Rénale et équilibre hydro-électrique ; Equilibre acido-basique - Exercices pratiques et applications numériques portant sur les Grandes Fonctions étudiées en cours (rein, équilibre acido-basique, fonction cardio-vasculaire et fonctions respiratoires). Grandes Fonctions Animales (BOE-SVT) Responsable : Marielle Guibbolini Volume : 52 heures Acquisition des concepts nécessaires à la compréhension des grandes fonctions physiologiques de l organisme, Aspects comparatifs. - Aspects comparatifs sur les fonctions suivantes : Fonction rénale. Fonction respiratoire. Fonction cardiovasculaire. Fonction digestive. Métabolisme. Thermorégulation. Osmorégulation. Milieu Intérieur. Equilibre acide-base - Exercices en relation avec les cours. Exemple sur le rein : Clearance et comportement rénal vis-à-vis de certaines substances (Na+, H+, glucose ). Taux maximum de réabsorption/sécrétion.. Exemple sur la digestion/métabolisme/thermorégulation : dépense énergétique et exercice physique Immunologie 1 Responsable : Nicolas Glaichenhaus Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures Acquisition des bases de la réponse immunitaire physiologique et ses méthodes d étude. Questions posées : Preuves de l existence du système immunitaire? Mécanismes de défense mis en place lorsqu un individu est infecté par un agent pathogène? Que se passe-t-il lorsque le système immunitaire est malade? Comment a- t-on compris les mécanismes mis en jeu lors d une réponse immunitaire? Méthodes et techniques sont disponibles pour répondre à ces questions? Réponses abordées - Types cellulaires impliqués dans la réponse immunitaire et moyens de les distinguer. Manière dont ces cellules interviennent dans la réponse immunitaire. Molécules qu elles produisent. - Reconnaissance entre cellules du système immunitaire et organismes pathogènes. - Structure des anticorps et leur mode d action. Les vaccins. - Maladies auto-immunes, maladies allergiques, syndromes d immunodéficiences. - Découvertes de l'immunologie et traitement des leucémies ou des maladies génétiques - Déroulement d une réponse immunitaire à la suite de la pénétration d un pathogène dans la peau. -Méthodes d étude d une réponse immunitaire sur l'exemple de l infection de souris par le virus de la grippe : LD50, techniques d étude de la prolifération cellulaire, dosages d anticorps et de cytokines par test ELISA, séparation de cellules par sélection positive ou négative grâce à des billes magnétiques couplées à des anticorps, principe de la cytométrie en flux et applications possibles, microscopie confocale et microscopie intravitale. Immunologie 2 Responsable : Evelyne Mougneau Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures La réponse immunitaire physiologique et pathologique (approfondissement de l UE Immunologie 1). - Analyses d expériences extraites d articles récents ; - Exemples : infection de souris sensibles par le parasite Leishmania major, mise en évidence de la tolérance néonatale, rôle de l allaitement maternel dans la mise en place de cette tolérance et dans la protection des maladies allergiques. 22

23 LEG : Bases juridiques applicables à la santé et aux soins Responsable : Fabrice Siirianen Volume : 49 heures Avoir un panorama global sur l environnement légal structurant les soins et applicable au domaine de la santé, en matière de santé publique, de prévention, responsabilité individuelle et valorisation. - Droit de la santé publique ; Droit des responsabilités civiles - Droit de la propriété industrielle MET1 : Démarche qualité, gestion de projet et documentaire Responsable : Jean-François Quaranta Volume : 44 heures Décrire les principes et les modalités de mise en œuvre d une démarche qualité en santé (concepts, modèles, normes et applications). Détailler les principes d une gestion par projet et la mise en œuvre de projets qualité dans le domaine de la santé - Qualité : Changer ou disparaître... Cours introductif. L approche processus Système de management de la qualité. Outils qualité. Représentation Diagramme des processus. Etudes de cas. Normes ISO EFQM : Système de Management de la Qualité. La norme ISO 9001 : 2000 : Objectifs. La norme ISO 9001 : approche par processus. Les chapitres de la norme. L application de la norme. Les piliers du système - Gestion de projet : Méthodes en gestion de projet. Manager les risques projet. Apprentissage du logiciel MSProject Minéralogie et Pétrographie Sédimentaire Responsable : Sébastien Migeon Volume : 42 heures Connaître l organisation des minéraux à l échelle de l atome pour comprendre les processus pétrologiques. Utiliser les roches sédimentaires et leurs caractéristiques (minéraux, fossiles, structures sédimentaires) pour reconstituer le paléo-environnement de dépôt. -Introduction générale : qu est-ce que la pétrologie? - Première Partie Introduction à la Minéralogie Principes de minéralogie : état cristallin et organisation de la matière solide ; Rencontre avec les principaux minéraux des roches terrestres ; Stabilité des minéraux et implications pétrologiques ; Propriétés optiques des minéraux et applications au microscope polarisant - Seconde Partie Pétrologie, roches sédimentaires et environnements de dépôt Principes de sédimentologie et de stratigraphie ; Roches sédimentaires et environnements de dépôt : Les roches carbonatées ; Les roches détritiques ; Les roches siliceuses ; Les roches évaporitiques ; les roches combustibles fossiles ; Les roches ferrugineuses et résiduelles ; Le cycle sédimentaire et la diagenèse Neurobiologie Cognitive et Comportementale Responsable : Ingrid Bethus Volume : 40 heures Introduction aux bases neurobiologiques des fonctions mentales supérieures Les niveaux de conscience ; Le comportement sexuel ; Les émotions, du système nerveux central au système nerveux autonome ; La plasticité neuronale et les récupérations fonctionnelles; Apprentissage et Mémoire ; Les représentations mentales ; Les comportements dirigés vers un but ; Le langage Pétrologie Magmatique et Métamorphique Responsable : Julie Schneider 23

24 Volume : 40 heures Appréhender les roches magmatiques et métamorphiques comme marqueurs des processus géodynamiques terrestres. - Pétrologie Magmatique : Introduction: qu est-ce que le magmatisme? Rappels sur la structure de la terre ; Classification des roches magmatiques Ou Démarche de détermination des roches magmatiques ; Origine des magmas : Le processus de fusion partielle ; Evolution des magmas : Processus de différenciation magmatique et Séries magmatiques ; Emission des magmas en surface : Les dynamismes éruptifs ; Mise en place des magmas en profondeur : Les granites et granitoïdes ; Synthèse Place des roches magmatiques comme marqueurs géodynamique. - Pétrologie Métamorphique : Introduction: qu est-ce que le métamorphisme? Nomenclature des roches métamorphiques selon des champs P, T : Les Faciès métamorphiques ; Evolution métamorphique et contexte géodynamique : Les Gradients métamorphiques ; Processus métamorphiques : Thermodynamique, cinétique et déformation a) Réarrangement textural b) Réactions minéralogiques - Principes c) Réactions minéralogiques - Cinétique ; Histoire métamorphique et géodynamique d une roche : Reconstruction de chemins P,T,t ; Etude de cas Place des roches métamorphiques comme marqueurs géodynamique. Physiologie Humaine en Conditions Extrêmes Responsable : Franck Delaunay Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures Acquérir une vision intégrée de la physiologie humaine du stress. Connaître et comprendre les mécanismes adaptatifs (à différentes échelles, organisme, organes/tissus, cellules, molécules) mis en jeu lorsque l organisme humain est exposé à des conditions environnementales inhabituelles (hautes et basses pressions, froid/chaleur, microgravité). Comprendre et savoir interpréter les conséquences physiopathologiques liées à ces expositions. - Introduction à la physiologie du stress ; Physiologie et médecine hyperbare ; Adaptation aux très hautes altitudes, hypoxie ; Thermorégulation et adaptation aux températures extrêmes ; Conséquences physiologiques de la microgravité ; Applications numériques (saturation/désaturation) ; - Projet bibliographique (physiologie comparée) ; Visite du caisson hyperbare de l hôpital Pasteur ; Etude expérimentale de l effet Warburg Projet Pluridisciplinaire (BIM) Responsable : Jean-Paul Comet Volume : 36 heures Ce projet, le premier de L3, a pour objectif d'aborder la modélisation des systèmes biologiques par des formalismes rigoureux outillés par des logiciels qui facilitent à la fois la simulation et la validation des modèles. On se fonde sur des exemples de systèmes biologiques non triviaux dont les propriétés dynamiques sont difficilement prédictibles à la seule vue des interactions mises en jeu. On conduit les étudiants à savoir en premier lieu faire un inventaire des objets biologiques pertinents (et de leurs interactions) dans le cadre du phénomène biologique étudié. On apprend ensuite à choisir un cadre de modélisation adapté aux objectifs liés à la question biologique qui motive l'étude. Enfin on expérimente comment le(s) modèle(s) peut (peuvent) être utilisé(s) pour produire des prédictions sur la dynamique du système, et comment ces prédictions peuvent être exploitées biologiquement. Parmi les projets passés, on peut citer : modélisation de l horloge circadienne d une cyanobactérie, d une plante, d un mammifère ; modélisation de la Glycémie chez l homme. Projet Tutoré Didactique (SVT) Responsable : Dimitri Garcia Crédits ECTS : 3 Volume : 18 heures 24

25 Découverte et initiation à la pratique des démarches pédagogiques propres aux Sciences. Cours d introduction à la pédagogie, démarche d investigation, projet tutoré «pédagogie de projet» et exercices variés de pratique orale sur des thèmes spécifiques) Signalisation Cellulaire Responsable : Fabienne De Graeve Volume : 40 heures Acquisition des bases nécessaires pour aborder la signalisation cellulaire régulant différents processus tels que survie / mort / longévité cellulaire, différenciation cellulaire, maintien de la pluripotence de cellules souches, développement de cancers. Molécules impliquées dans la signalisation cellulaire. Etude de différentes voies de signalisation pour illustrer la diversité des signaux, des récepteurs, des effecteurs et leur interrelation : la voie induite par l insuline impliquée dans la sénescence qui régule la localisation subcellulaire et l activité transcriptionnelle du facteur de transcription Foxo ; la voie extracellulaire (induite par le Ligand de Fas) et la voie intracellulaire (inductible par différents stress) qui conduisent à la mort cellulaire par apoptose ; quelques voies de signalisation ciblées en cancérologie expérimentale : Akt-mTor, Ras, Raf, Myc, PTEN, Hif. - études des différentes cellules souches (embryonnaires, adultes, cancéreuses, induites ) et des gènes et voies de signalisation impliquées dans le maintien de la pluripotence de ces cellules. Statistiques Responsable : Louisa Mangialajo Volume : 40 heures Objectifs Fournir les bases de l analyse de données en Sciences de la Vie Faire comprendre les principes sous-jacents au traitement des données. Familiariser l étudiant avec le vocabulaire particulier de la statistique. Rendre l étudiant capable de décider quelle méthode statistique s applique à chaque situation et de réaliser les calculs et les tests de base pour 1 et 2 variables. Présenter des sujets connexes (ainsi que la littérature correspondante), permettant par la suite à l étudiant d acquérir par lui-même les connaissances qui lui seront nécessaires. Structure et Expression des Génomes et Marqueurs Moléculaires Responsable : Françoise Presse Volume : 50 heures Comprendre et savoir analyser la structure des génomes eucaryotes en utilisant les raisonnements et en connaissant les concepts et méthodes appropriées. Comprendre comment l expression d un gène peut être régulée à différents niveaux. - Méthodes de cartographie des génomes : hybridation in situ, notion de polymorphisme et SNPs. Marqueurs moléculaires, RFLP, STRs et leurs utilisations, cartographie physique et génétique. - Techniques de séquençage à haut débit. Données du séquençage du génome humain. - Expression génique et régulation chez les eucaryotes : la transcription et les régulations transcriptionnelles, les mécanismes d épissage, la stabilité des messagers, la régulation par les mirnas, l apport des sirnas. Semestre 6 Par ordre alphabétique Algorithmique et Structure des Données Responsable : Elisabetta De Maria Volume : 40 heures 25

26 Ce module introduit les notions d'algorithme et de structures de données. Le cours se concentre sur l'écriture d'algorithmes corrects pour résoudre des problèmes simples. Algorithme et pseudo langage ; Notion de complexité ; Algorithmes de tri (tri par sélection, tri par insertion, tri à bulles, tri par tas, tri rapide, tri fusion) ; Structures de données primitives (listes, piles, files, tas) Algorithmes et structures de données pour la gestion d ensembles (tables de hachage, arbres binaires de recherche) ; Algorithmes sur Graphes et Arbres (visite en largeur et en profondeur, calcul des composantes fortement connexes) ; Algorithmes de filtrage par motif. Analyse des Métabolites Secondaires Responsable : Olivier Thomas, Volume : 44 heures UE a nombre de places limité Mieux appréhender les techniques analytiques chimiques (Chromatographies et spectroscopies) utiles pour isoler des métabolites secondaires d un organisme vivant et caractériser leur structure. Ces métabolites sont susceptibles d avoir des applications en pharmacologie (TP 40 heures). Bases Mathématiques des Statistiques Responsable : Christine Malot-Thuleau, Francine Diener Volume : 40 heures Algèbre linéaire et calcul matriciel utilisés pour déterminer les lois statistiques. Biodiversité Responsable : Patrice Francour Crédits ECTS : 3 Volume : 34 heures Rôle de la biodiversité dans la structuration des écosystèmes. Analyse des processus liés à la stabilisation ou la diminution de la variabilité des écosystèmes, notamment en terme de production et de performances. Analyses impacts sur les systèmes naturels par les espèces non-indigènes. Etude des causes de diminution de la biodiversité et les moyens mis en œuvre ou disponibles pour protéger et gérer la biodiversité. Notions de développement durable et de gestion intégrée de la zone côtière. Bioinformatique Appliquée à l Analyses de Séquences Responsable : Karine Robbe-Sermesant Volume : 36 heures Initiation aux outils d analyse de séquences biologiques (ADN et Protéines) disponibles sur Internet pour des applications en bioinformatique et biotechnologie. Introduction à la bioinformatique et bases de données en biologie, Comparaison de séquences 2 à 2, Recherche de Similitude : Blast, Recherche dans les bases de données, Alignements multiples, Domaines et Motifs, Analyse des génomes Travaux pratiques réalisés en salle machines :Structure et utilisation des grandes bases de données en Biologie de l EBI et du NCBI (Genbank, EMBL, UniProtKB, Taxonomy, Gene Ontology, InterPro ) ; Compréhension et utilisation d outils d'analyses de séquences nucléiques et protéiques. Outils de traduction, Outils d'alignement 2 à 2 et multiple (ClustalW), Utilisation avancée de l'outil Blast, Recherche d amorces PCR. Utilisation des navigateurs de génomes (EnsEmbl, UCSC) Biologie Cellulaire et Neurophysiologie Responsable : Isabelle Gillot 26

27 Volume : 49 heures Connaître et reconnaître l'organisation des tissus. Maîtriser l'organisation et la fonction des constituants cellulaires. Appréhender l'organisation fonctionnelle du système nerveux. -Les tissus fondamentaux et les cellules qui les constituent ; L organisation des tissus dans les organes et les systèmes biologiques. -Comparaison des cellules procaryotes et eucaryotes. - Cycle cellulaire et son contrôle chez les eucaryotes ; transformation, prolifération. - Apopotose, Nécrose. -Les fonctions des différents constituants cellulaires. -Anatomie du système nerveux central et périphérique Biologie de l'adaptation et Ecophysiologie Responsable : Cécile Sabourault Volume : 38 heures Connaître les différentes stratégies d'adaptation des organismes à leur environnement L adaptation à un milieu donné se manifeste à différents niveaux d organisation. Les différentes stratégies d adaptation seront illustrées à partir d'une multitude d'exemples pris dans le monde vivant. Thèmes abordés : Diversité, Evolution, Adaptation. Les mécanismes évolutifs à l'origine de l'adaptation des organismes. Exemples : communication animale, adaptations morpho-fonctionnelles, respiration, thermorégulation, placentation, osmorégulation, digestion. Après une description des différents types de communication scientifique, l'étudiant aura à choisir et analyser un article scientifique illustrant une adaptation écologique, physiologique, biochimique ou génomique au milieu environnant. Biologie du Développement Animal Responsable : Christian Ghiglione Volume : 48 heures Comprendre les grands mécanismes utilisés lors de la construction d un organisme à partir d une cellule unique, l œuf fécondé. Appréhender la spécificité de la discipline : assurer, au cours du temps, croissance, différenciation et organisation coordonnées d un groupe de cellules. - De la pluripotentialité à l hyperdifférenciation : totipotence, cellules souches et différenciation in vitro, différenciation in vivo, regénération. - Les contrôles génétiques : localisation des ARNm, cascades génétiques et gènes homéotiques, contrôle de l expression génique par les microarn. - Les mouvements cellulaires : cytosquelette et matrice extracellulaire, changements de forme et déplacements de cellules et de feuillets. - Les interactions cellulaires : communication directe : adhésion cellule-cellule, signalisation par contact, communication par substance diffusible (morphogène et signalisation). - La mort cellulaire programmée : l apoptose physiologique au cours du développement Biologie du Développement Végétal Responsable : Nicolas Pauly Volume : 41 heures Appréhender le rôle des différentes phytohormones dans le développement végétal. Etudier différents programmes du développement végétal (embryogénèse, germination, transition et morphologie florale). - Les phytohormones : biosynthèse, métabolisme et signalisation - Les outils et modèles pour l étude des processus liés au développement végétal - Mise en place et fonctionnement des méristèmes végétaux - Contrôle génétique et physiologique de la floraison et de la germination Biotechnologies Responsable : Michèle Teboul 27

28 Volume : 45 heures Etudier les différentes techniques utilisées en biotechnologies et leurs applications, en recherche fondamentale et en recherche appliquée. -Génération d animaux et de plantes transgéniques et leur intérêt en Recherche. - Production de protéines dans des systèmes hétérologues (système levure, système bactérien, cellules d insectes, cellules de mammifères). - Extinction de l expression de gènes (Knock-out, RNAi), intérêt en médecine thérapeutique - Les modèles cellulaires- les cellules souches (cellules souches embryonnaires, cellules souches adultes, ips) ; application en médecine thérapeutique - Méthodes d analyse du transcriptome et applications en Recherche fondamentale et appliquée (diagnostic, recherche de pathogène ) Botanique Systématique et Phylogenèse Responsable : Patrick Coquillard Volume : 44 heures Acquérir les concepts de bases de la phylogénie du règne végétal : tendances évolutives, modes de spéciation propre aux végétaux. Biodiversité du monde végétal. Diversité des stratégies de reproduction et de traits d histoire de vie. Secondairement : étude des principales familles de végétaux supérieurs au programme du CAPES et dans la perspective de la préparation au concours de l agrégation. - La notion de caractère et les méthodes modernes de classification. - Les modalités propres au monde végétal de la spéciation. - Classifications anciennes et moderne - Les anciennes «Ptéridophytes» (des Lycopdiophytes aux Filicophytes), Préspermaphytes, Gnetophytes, Gymnospermes - Les Angiospermes : Origine, organisation, phylogénèse de l ovule, carpelle et appareil floral ; tendances évolutives. Etude de quelques familles représentatives des grands phylums COM2 : RH English for Public Health Responsable : Pascal Staccini Volume : 38 heures Apporter aux étudiants les éléments essentiels des techniques d expression et de communication. Apprentissage de deux langues étrangères à partir de thèmes de santé publique. Quality and Public Health Issues ; LV2 (Italien, Espagnol ou Allemand) Techniques de communication - Animation d équipe, négociation, Techniques de vente - Jeu de présentation, Comment se lever?, Distanciation / Prendre de la distance par rapport à des a priori, Le cerveau tri-unique ; Le cheminement de la prise de parole ; Le psychisme humain ; Affirmation de soi ; L écoute et reformulation - Gestion d équipes : la réalité de l entreprise ; Notion de conduite de réunion Canaux Ioniques : bases théoriques et moléculaires Responsable : Olivier Soriani Volume : 30 heures Acquisition des bases nécessaires à la compréhension de la régulation de des fonctions associées aux canaux ioniques. Courant membranaire et potentiel de repos (équations de GHK) Equations phénoménologiques (HH), équivalence électrique Les canaux comme «senseurs» de l environnement cellulaire : Canaux Voltage-dépendants ; Canaux de fond ; Canaux ligands dépendants ; Nouvelles familles de canaux ; Transporteurs membranaires 28

29 Communication en Environnement Responsable : Jean de Vaugelas Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures Participation à la réalisation de guides multimédias (audios, photos, vidéos) pour interpréter, sur le terrain, les paysages naturels et anthropisés. A partir de la version 4 du logiciel ID-Bio mis au point par J. de Vaugelas, l UE consistera à mettre en ligne des ressources multimédias destinées à renseigner les étudiants, mais aussi le grand public, sur ce qu il peut voir et ce qu il peut voir et comprendre dans un «paysage» : le substrat géologique, les formations végétales, les espèces clés, l impact des activités humaines, les éléments patrimoniaux, l empreinte de l histoire, etc. Les paysages à décrire pourront être ceux du milieu naturel (parcs et réserves, jardins, zone littorale) ou ceux du milieu urbain (monuments, ensemble architectural ). Les travaux se feront si possible en partenariat avec divers acteurs loacaux (association, Mairie, Conseil Régional, Museum ). Dynamique Externe Géomorphologie et Paléoclimatologie Responsable : Christophe Renac Volume : 46 heures Aborder les différents facteurs de la dynamique externe liés aux changements climatiques et en partie à l origine de la morphologie des reliefs. Introduction aux propriétés physico-chimiques de l'atmosphère et de l'océan pour comprendre l interaction entre la dynamique de l'océan, l'atmosphère et la surface terrestre et ainsi comprendre avec rigueur la problématique du réchauffement climatique dans le futur. Géomorphologie ou les reliefs de la terre : Définition de la surface de référence, le géoïde, pour l étude de la géomorphologie, interaction et impact du forçage interne et du forçage externe sur les reliefs sous-marins et les reliefs continentaux à l échelle continentale. Analyse de l évolution morphologique des paysages à l échelle régionale en détaillant l action des agents d érosion, fluides et solides de l hydrosphère et de l atmosphère. Système climatique planétaire : Bilan radiatif -L effet de serre naturel / Notion de gradient d énergie (Loi de Stefan) ; Réchauffement du climat (Td) - Dynamique de l atmosphère - Structure verticale (P-T ) / Notion de convection / Cellule de Hadley, Ferrel, Polaire ; Dynamique de l océan - Un océan stratifié (T, Salinité, densité), de la circulation océanique, Compréhension des moteurs de la circulation océanique ; Paléoclimat - Echelle de temps: Holocène, Quaternaire, > 2 Ma : documentation des variations climatiques/environnementales et mécanismes responsables des variations climatiques à l échelle de temps < 2MA et > 2MA. (ex Td : Réchauffement du climat, El NINO, Cycle du CO2) Ecologie et Biologie Marine Responsable : Thierry Thibaut Crédits ECTS : 3 Volume : 33 heures Acquérir les bases de l écologie du milieu marin : La courantologie de l océan mondial ; L étagement en zone littorale ; La Méditerranée (formation, paramètres physico-chimiques, la diversité des écosystèmes, la diversité spécifique, les menaces) ; Les biocénoses à macrophytes marines ; Le fonctionnement de l herbier à Posidonia oceanica ; Les écosystèmes profonds. Inclus 7h de Travaux de Terrain. Endocrinologie Générale (Parcours IDS, BMG, BPN) Responsable : Marielle Guibbolini Volume : 30 heures Acquisition des connaissances fondamentales en endocrinologie : - Analyse du système endocrinien : Notions d hormones, production et distribution du message hormonal, réponse des cellules au message hormonal. 29

30 - Le système hypothalamo-hypophysaire. La thyroïde Les parathyroïdes Cellules C. Les cortico- et médullo-surrénales. Les gonades et la reproduction. Le Pancréas. - Dans chaque chapitre seront abordés : la morphologie, l anatomie, la cytologie et l origine embryologique de chaque glande. La biosynthèse, la sécrétion et son contrôle, le transport, la dégradation de chaque hormone. Le mode d action, les effets physiologiques et les aspects physiopathologiques. Evolution de la Terre Responsable : Chrystèle Vérati Volume : 40 heures Connaitre les grandes étapes d évolution de la terre externe et interne sur 4.56 milliards d années et comprendre comment on retrace l histoire de la Terre à partir des archives géologiques - Etablissement du calendrier géologique : Principes de la lithostratigraphie, biostratigraphie, chronostratigraphie, cyclostratigraphie, magnétostratigraphie ; Principes de la radiochronologie (méthodes Rb-Sr, K-Ar et U-Pb ; techniques de mesures) - Les grandes étapes sur 4.5 milliards d années dans l évolution de la vie, du climat, du niveau des océans, des processus géodynamiques. Liens entre dynamique externe et dynamique interne - Les principales caractéristiques des périodes : Précambrien, Paléozoique, Mésozoique et Cénozoique. Reconnaissances sur la carte au million de la France. - L origine des ressources minérales terrestres Les principaux types de gisements en fonction du contexte géodynamique et de la période géologique. Evolution Moléculaire et Phylogénèse Responsable : Didier Forcioli Lorraine Bottin Volume : 40 heures 1) Former par la théorie et l aide d exemples concrets, appréhender l évolution moléculaire et réaliser et interpréter des phylogénies. Décrire l évolution des génomes. Aborder les méthodes génomiques de détection de gènes soumis à sélection. Théorie moléculaire de l évolution : notion d horloge moléculaire, effet de la sélection. Notion de modèle de substitution. Présentation des méthodes d analyse phylogénétique (méthodes à base de distances ou à base d optimisation d un critére, comme le maximum de parcimonie et les méthodes probabilistes et bayésiennes). Recherches heuristiques et robustesse des phylogénies moléculaires. Utilisation de MEGA une plate forme de phylogenèse afin d obtenir des arbres phylogénétiques dans le but de répondre à une question biologique. 2) Histoire naturelle des génomes Mécanismes d évolution des génomes (domain shuffling, synténie, duplication et pertes de gènes, éléments mobiles, transferts horizontaux). Tests de neutralité, applications et limites Géodynamique Interne Responsable : Clément Ganino Volume : 34 heures Introduction aux outils qui permettent d étudier la géodynamique interne du globe. Etude du géotherme, sismologie, gravimétrie, magnétisme, méthode de positionnement satellitaire, télédétection, modélisation numérique et analogique, géochimie. Présentation des principaux aspects de la géodynamique interne et des moteurs de la dynamique des plaques. Imagerie Tissulaire Dynamique et Imagerie des Systèmes Intégrés Responsable : Sandra Lacas-Gervais Volume : 36 heures UE a nombre de places limité 30

31 Initiation et utilisation, des différentes techniques de microscopie pour observer à différents niveaux un échantillon et explorer ses fonctions. Reconnaissance des tissus animaux et pratique des différentes techniques de microscopies pour illustrer un rôle fonctionnel particulier. Introduction à la microscopie optique et électronique, Initiation sur machine à la microscopie confocale et électronique à transmission et à balayage, TP d immunomarquage en fluorescence et observation en microscopie à fluorescence, TP de colorations histologiques, observations en microscopie optique, TD d histologie, TP d immunomarquage à l or et observation en microscopie électronique à transmission, TD de recherche bibliographiques et préparation d une présentation orale sur les techniques modernes de microscopie optique (microscopie confocale à haute résolution, FRET, FRAP, FLIM ) Initiation à la Programmation Responsable : Karine Robbe-Sermesant Volume : 40 heures Initiation à la programmation au travers l apprentissage du langage Python incluant une familiarisation avec un environnement Unix Les Travaux pratiques sont réalisés en salle machine. Gestion d un petit projet de programmation en groupe sur le traitement de données biologiques (récupération des données, analyses et calculs sur ces données, création d un fichier résultat approprié Unix: Principe d organisation d un système d exploitation, Structure d accueil : le shell, Manipulation d arborescence de fichiers, Gestion de droits d accès, Shell script Langage de programmation : Python : Notion de variable, d affectation, contrôle de flux d exécution et instructions répétitives, principaux types de données, fonctions, manipulation de fichiers, gestion des exceptions, modules Introduction à l Ecotoxicologie Responsable : Christine Risso Crédits ECTS : 2 Volume : 16 heures Notions générales de toxicologie. Principes fondamentaux en Ecotoxicologie. La pollution de la biosphère, sources de contamination. Devenir des contaminants : mécanismes de dispersion, de circulation et de transfert des polluants. Etudes d impact des polluants environnementaux sur les écosystèmes. TD : Approche des notions fondamentales de toxicologie au travers l analyse de publication et/ou l étude de cas. MET2 : Normes Responsable : Pascal Staccini Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures Neurobiologie et Pathologies Cérébrales Responsable : Isabelle Léna Volume : 40 heures Appréhender les disfonctionnements du système nerveux central Introduction aux principales pathologies cérébrales : troubles neuropsychologiques (aphasies, amnésies, apraxies et agnosies), neurodégénératifs (Parkinson, Alzheimer) et psychiatriques (toxicomanie, troubles anxieux) Paléoenvironnement Responsable : Chrystèle Vérati 31

32 Crédits ECTS : 2 Volume : 20 heures Décrire l'apport de la géologie à la reconstitution des conditions environnementales passées Les grandes étapes d évolution de notre planète Terre sur 4.5 Ga : Origine et évolution des océans ; Origine et évolution de la composition de l atmosphère - Impact sur les paléoclimats ; Origine et évolution de la vie. Les grandes transitions extinction de masse depuis 600 Ma. Extinction de masse et variations climatiques passées. Liens entre le climat et la dynamique interne de la Terre. Les scénarii des baisses importantes de la biodiversité depuis 600 Ma. Scénarii d évolution sur le 21ème siècle et les siècles à venir. Pharmacologie Fondamentale et Appliquée Responsable : Jacques Noël Volume : 40 heures Acquérir les bases de pharmacologie. Familles de médicaments. Pharmacocinétique (voies, absorption, distribution, biotransformation, excrétion, clairance, ½ vie). Pharmacodynamique (notion de récepteur, interaction agoniste-récepteur. localisation membrane, cytoplasme, noyau, transduction, mécanismes). Le médicament: définition, origine, dénominations, quantification des effets, posologie. Principes et méthodes de mesure en toxicologie et pharmacologie, Phases cliniques d un médicament. Pharmacologie du système nerveux, de la douleur, du système immunitaire, du cancer, cardiaque, et vasculaire. Physiologie et Biotechnologies Végétales Responsable : Isabelle Garcia Volume : 45 heures Connaître les grandes étapes du développement des végétaux supérieurs. Appréhender les éléments mis en jeu de la perception des signaux de l environnement à la réponse. Germination, croissance, régulation hormonale, photorécepteurs, et rythmes biologiques. Structure des génomes, amélioration variétale et techniques de transgénèse. Physiopathologie de la Nutrition et du Métabolisme Responsable : Brigitte Sibille - Michèle Teboul Volume : 30 heures Acquisition des concepts, approches et méthodologies nécessaires à l étude moléculaire, cellulaire et intégrée de l homéostasie métabolique. - Cycles circadiens et métabolisme ; Nutrition (dépense énergétique, besoins alimentaires quantitatifs et qualitatifs, nutriments essentiels, régulation de la prise alimentaire) ; Digestion (hormones digestion, acides biliaires) ; Métabolisme hépatique du cholestérol (cholestérol, acides biliaires, athérosclérose) ; Métabolisme du tissu adipeux blanc (différenciation, sécrétions de cytokines, cycle circadien) ; Métabolisme du tissu adipeux brun (protéines découplantes, thermogénèse, régulation masse corporelle) ; Métabolisme musculaire ; Adaptations métaboliques et homéostasie du glucose) lors des transitions nutritionnelles (état nourri et état de jeûne) (voies métaboliques et régulation, relations inter-organes) ; Le syndrome métabolique et pathologies associées (athérosclérose, inflammation, hyperlipidémies) notamment le diabète de type 2. Projet Pluridisciplinaire (en Anglais) Responsable : Franck Grammont Crédits ECTS : 6 Volume : 54 heures Confrontation à des problèmes réels issus de pré-projets industriels. 32

33 Apprentissage de rédaction (en anglais) d'un document de qualité professionnelle sur la faisabilité d'une approche. - Le problème posé, la plupart du temps en collaboration avec un industriel, est typiquement un créneau sur lequel une startup pourrait se développer. Il s'agit de mettre en place une preuve de faisabilité dans le cadre des nombreux champs ouverts par la biologie moléculaire récente (médecine personnalisée, biologie synthétique, etc ). - A cette occasion, les étudiants doivent savoir faire une étude bibliographique complète d'un sujet, concevoir une approche novatrice, critiquer les approches existantes, adapter plusieurs formalismes et méthodes pour atteindre un objectif donné, faire le bilan des limitations de leur proposition, interagir avec à la fois des chercheurs, des praticiens et des industriels, et enfin rédiger en anglais un rapport complet. - La soutenance du projet est en anglais. - La plupart des projets abordés au cours des années passées relève d'accords de confidentialité. Ils ont été dans le domaine de la médecine personnalisée ou dans le domaine de la modélisation du métabolisme. Par exemple, des applications de l intelligence artificielle au comportement de robots ont été développées. Régulation Génique Procaryote Responsable : Karine Mandon Volume : 46 heures Connaître et comprendre les différents niveaux de régulation intervenant dans l expression génique chez les bactéries et bactériophages. A partir des techniques de microbiologie et de biologie moléculaire acquises, savoir définir à quels niveaux un gène donné est régulé. Utilisation des outils de la génétique moléculaire en vue de la production de protéines d intérêts dans un microorganisme. - Isolements de mutants, complémentation et recombinaison chez les bactéries et les bactériophages. Structure des génomes procaryotes et éléments génétiques mobiles. - Régulation chez les bactéries : Régulation transcriptionnelle : éléments cis de régulation, protéines régulatrices, exemple de l opéron lactose. Régulation post-transcriptionnelle : atténuation, antiterminaison et régulation de la traduction. Régulation globale par les facteurs sigma, exemple du choc thermique. - Les bactériophages : cycle lytique et lysogénie. Régulation de l expression des gènes du bactériophage lambda. - Etude des systèmes de sécrétion des protéines chez les bactéries. Connaissance des vecteurs d expression de protéines recombinantes. Réponses des Plantes à leur Environnement Responsable : Eric Boncompagni Volume : 40 heures Etude de la complexité des réponses des plantes supérieures au stress biotique, abiotique et lors d une symbiose modèle. Réponses aux facteurs lumineux, gravité, photopériodicité, etc - Tropismes: phototropisme et gravitropisme. Rythmes circadiens et photopériodisme. Photorécepteurs, transduction du signal. - Réponses des plantes aux modifications environnementales (stress abiotiques). - Réponses des plantes aux microorganismes pathogènes. - Réponses des plantes aux microorganismes symbiotiques. RIS : Hygiène, Stérilisation et Risques Chimiques Responsable : Jean-François Quaranta Volume : 42 heures Aborder de façon exhaustive et systémique l étude des grandes familles de risque et présenter le schéma général de management par la qualité appliqué aux vigilances et à la gestion des risques sanitaires. - Sécurité sanitaire, vigilances sanitaires et gestion des risques - Méthodologie de la gestion des risques : en établissement de santé, gestion de projet, principales vigilances sanitaires (hémovigilance, réactovigilance, matériovigilance, biovigilance) - Maintenance biomédicale : rôle et missions du technicien et de l ingénieur biomédical, cycle de vie d un dispositif médical, principes et méthodes de maintenance, gestion de la maintenance assistée par ordinateur 33

34 - Risques chimique et incendie - Hygiène, stérilisation, maîtrise du risque infectieux, accidents d exposition au sang, éléments essentiels de la reconnaissance et de la gestion des infections nosocomiales SVS : Sécurité et vigilance sanitaires Responsable : Pascal Staccini Volume : 44 heures TEC: Bases de la recherche clinique Responsable : Pascal Staccini Volume : 48 heures Décrire les éléments méthodologiques pour conduire l évaluation clinique d une thérapeutique, d une technique, d une technologie. Lister les éléments organisationnels liés à la mise en œuvre de la recherche clinique dans les hôpitaux et à la valorisation des résultats de la recherche. Connaître et appliquer les bonnes pratiques cliniques. - Méthodes d évaluation en recherche clinique et technologique : méthodes d évaluation, analyses de cas, essais cliniques, pharmacovigilance, pharmaco-épidémiologie - Organisation de la recherche clinique et de l innovation technologique : structuration nationale, structures régionales et locales (DRCI) - Bonnes pratiques cliniques : du protocole au cahier d observation (CRF), les essais thérapeutiques - Réglementation et Ethique de la recherche : hypothèses de recherche et éthique, suivi des essais et déclaration des événements indésirables (CPP) - Valorisation de la recherche Techniques d'exploration Fonctionnelle Responsable : Aline Grechez-Cassiau Volume : 40 heures - Application des méthodes et concepts de la Physiologie Animale au niveau tissulaire et de l organisme (notion de réponse intégrée) -Application des notions abordées en cours des Grandes Fonctions Animales : compréhension du fonctionnement des grands systèmes physiologiques (rénal, cardio-vasculaire, respiratoire) et notion de régulation nerveuses et hormonales. Illustration des cours d'endocrinologie, de nutrition et métabolisme. - Initier les étudiants à la manipulation d animaux ; Apprentissage des gestes techniques de base et connaissance des notions éthiques de base de l expérimentation animale ; Apprentissage des bases de l exposé écrit -Bases de l éthique et respect de la réglementation concernant l expérimentation animale Tectonique et Dynamique de la Lithosphère Responsable : Vincent Strak Volume : 40 heures Acquisition des bases concernant la dynamique des plaques Notions de contraintes, déformation, structures géologiques. Les différents contextes géodynamiques et leurs marqueurs. Notions de cartographie et analyse intégrée des cartes, documents et échantillons géologiques pour la reconstitution de l évolution géodynamique. - Les méthodes de la recherche clinique - Troubles neuropsychologiques : Amnésies ; Agnosies ; Apraxies ; Aphasies - Troubles neurodégénératifs : Parkinson ; Alzheimer 34

35 - Troubles neuropsychiatriques : Addictions et toxicomanie ; Schizophrénie ; Syndrome de stress posttraumatique. 35

36 Modalités de Contrôles des connaissances SEMESTRE 5 Unité d enseignement ECTS % Note TP/Oral/ Mémoire Ecrit Anglais 2 7% 1 CI 50% - 1 CT 50% Biologie Animale et Reproduction 3 10% CRTP 30% 1CI 20% 1CT 50% Biochimie Structurale et Régulations Enzymatiques 4 13% 1CI 25% 1CI 25% 1CT50% Biologie Comportementale et Ethologie 2 7% 1CI-TD 20% 1CI 30% 1CT 50% Biologie des Interactions 2 7% 1 Rapport 20% 1 CI 40% 1CT 40% Biologie des Organismes 2 7% Communication % 1CI 50% 1CT 50% Dynamique des Populations 4 13% Ecosystèmes 4 13% 2Rapport 2*20% 1CI 25% 1CI 25% 1CT 50% 1CI-TD 10% ; 1CT 50% Endocrinologie-Signalisation Cellulaire 2 2 TP 25% 1CI 25% 1CT 50% Epistémologie 2 7% 1Rapport 50% 1 CT 50% Génétique des Eucaryotes 2 7% 1CI 50% 1CT 50% Grandes Fonctions Animales (BMG-BPN-IDS) Grandes Fonctions Animales (BOE-SVT) 4 13% 1CI 20% 1CI 30% 1CT 50% 4 13% TP 25% 1CI 25% 1CT 50% Immunologie 1 2 7% 1CI 40% 1CT 60% Immunologie 2 2 7% TP 50% 1 CT 50% LEG (Bases Juridiques) 4 13% 1CT MET 1 (Démarche Qualité Gestion de Projet) 1CT Minéralogie et Pétrologie Sédimentaire 4 13% TP 20% 1CI 30% 1CT50% Neurobiologie Cognitive et Comportementale Pétrologie Magmatique et Métamorphique Physiologie Humaine en Condition Extrême Projet Pluridisciplinaire (BIM) 4 13% 4 13% TP 20% 1CI 30% 1CT 50% 4 13% TP35% 1CI 30% 1CT 35% 2 7% CR TP 25% 1 CI25% 1CT 50% 1 note Participation 10% 1 Oral Projet 30% 1 note projet 60% Projet Tutoré Didactique (SVT) 3 10% Rapport (Ecrit et/ou oral) + Assiduité Signalisation Cellulaire 4 13% Statistiques 4 13% CI TP10% CR TP 20% 1CI 20% 1CT 50% 1CI 30% 1CI 30% 1CT 40% 36

37 Structure et Expression des Génomes et Marqueurs Moléculaires SEMESTRE % TP+Exam TP 20% 1 CI 30% ; 1 CT 50% Unité d enseignement ECTS Note % TP/Oral/ Mémoire Ecrit Algorithmique et Structure des Données Analyse des Métabolites Secondaires 4 13% Bases Mathématiques des Statistiques 4 13% Biodiversité 3 10% Bioinformatique Appliquée à l Analyse de Séquence 4 13% 1 CI 30% 1 CT 70% 4 13% Oral 25% CR+TP 50% Poster 15% Rapport 30% 1CT 25% 1CI-TD 15% 1CT 40% 1CI 25% 1CI 25% 1CT 50% Biologie Cellulaire et Neurophysiologie 4 13% TP 25% 1CI 25% 1CT 50% Biologie des Adaptations et Ecophysiologie 4 13% Biologie du Développement Animal 4 13% Biologie du Développement Végétal 4 13% Oral 35% Assid. projet 5% Oral 15% TP 25% Fiche 10% 1CI 20% 1CT 30% 1CI 25% 1CI 25% 1CT50% 1CI 20% 1CT 40% Biotechnologies 4 13% CR TP 20% 1CI 30% 1CT 50% Botanique, Systématique et Phylogenèse 4 13% TP 20%+ 1CT TP 35% 3CI 20% + 1CT 35% Communication % 1CI 50% 1CT 50% Canaux Ioniques 4 13% 1 Rapport 30% 1CI 30% 1CT 40% Communication et Environnement 2 7% Dynamique Externe et Paléoclimatologie 4 13% Ecologie et Biologie Marine 3 10% Oraux 20% et 30% 1CT-Rapport d Activité 50% 1CI 30% 1CI 35% 1CT 35% 1CI 30% 1CI 30% 1CT 40% Endocrinologie Générale 4 13% Mémoire 25% 1CI 25% 1CT 50% Evolution de la Terre 4 13% TP 30% 1CI 35% 1CT 35% Evolution Moléculaire et Phylogenèse 4 13% 1CI 25% 1CI 25% 1CT 50% Géodynamique Interne 4 13% TP 25% 1CI 25% 1CT 50% Imagerie Tissulaire 4 13% Initiation à la Programmation 4 13% Rapport 20% Oral 30% 1projet Unix 30% ;1 projet final 40% 1CT 50% 1 CI ordi 30% Introduction à l Ecotoxicologie 2 7% 1 Rapport 50% 1 Ecrit 50% 37

38 MET 2 (Normes) 2 7% 1 CT Neurobiologie et Pathologies Cérébrales 4 13% TP 20% 1CI 30% 1CT 50% Paléoenvironnement 2 7% TP 30% 1CI 35% 1CT 35% Pharmacologie Fondamentale et 4 13% TP 20% 1CI 30% 1CT 50% Appliquée Physiologie et Biotechnologies Végétales Physiopathologie de la Nutrition et du Métabolisme Projet Pluridisciplinaire Académique ou Industriel (en Anglais) 4 13% 1CI 25% 1CI 25% 1CT 50% 4 13% 1 Rapport 30% 1CI 20% 1CT 50% 4 13% 1 note Participation projet 10% ; 1 oral 30% + Projet 70% Régulations Géniques Procaryotes 4 13% CR TP 20% 1CI 30% 1CT 50% Réponses des Plantes à l Environnement RIS (Hygiène, Stérilisation et Risques Chimiques) 4 13% CR TP 30% 1CI 20% 1CT 50% 4 13% 1CT Stage en Etablissement de Santé 2 7% Rapport (Ecrit et/ou oral) + Assiduité Stage en Etablissement Scolaire 2 7% Rapport (Ecrit et/ou oral) + Assiduité Stage Recherche : Pratique ou Bibliographique 2 7% Rapport (Ecrit et/ou oral) + Assiduité SVS (Sécurité et Vigilance Sanitaire) 4 13% 1CT TEC (Bases de la Recherche Clinique) 4 13% 1CT Techniques d Exploration Fonctionnelles Tectonique Déformation Lithosphère 4 13% CR TP 40% Pratique 20% 3 CI (oral, DM, Terrain) 15% ; TP 15% 1CT 40% 1CT 70% CI : Contrôle Intermédiaire ; CT : Contrôle Terminal CR TP : Compte Rendu TP ; CI TP : Examen Ecrit de TP 38

39 Compétences acquises (j évalue ces compétences au travers des UE suivies en troisième année) 39

40 Votre Scolarité Service de la scolarité et service des bourses : Bât A «Petit Valrose» 1 er Etage Chef de service : Heures d ouverture : Stages : Les conventions de stage sont à retirer auprès des responsables pédagogiques, sur le site de l Université ou auprès des secrétariats des Départements de Formation. Les Informations Pédagogiques Pratiques Mobilité Etudiante : Pour toutes informations concernant l orientation, les formations, l emploi : SOOIP Antenne sciences Département du MIPS Département de Langues La Bibliothèque Universitaire Le BDE : Les Représentants Etudiants Votre Santé Le CROUS 40

41 Mes Résultats de Contrôle Continu SEMESTRE 5 Unité d enseignement ECTS Note Anglais 2 Biologie Animale - Reproduction 3 Biochimie Structurale et Régulations Enzymatiques 4 Biologie Comportementale et Ethologie 2 Biologie des Interactions 2 Biologie des Organismes 2 Communication 1 4 Dynamique des Populations 4 Ecosystèmes 4 Endocrinologie-Signalisation Cellulaire 2 Epistémologie 2 Génétique des Eucaryotes 2 Grandes Fonctions Animales (BMG-BPN-IDS) Grandes Fonctions Animales (BOE-SVT) Immunologie 1 2 Immunologie 2 2 LEG (Bases Juridiques) 4 MET 1 (Démarche Qualité Gestion de Projet) 4 Minéralogie et Pétrologie Sédimentaire 4 Neurobiologie Cognitive et Comportementale 4 Pétrologie Magmatique et Métamorphique 4 Physiologie Humaine en Condition Extrême 2 Projet Pluridisciplinaire (BIM) 4 Projet Tutoré Didactique (SVT) 3 Signalisation Cellulaire 4 Statistiques 4 Structure et Expression des Génomes et Marqueurs Moléculaires

42 SEMESTRE 6 Unité d enseignement ECTS Note Algorithmique et Structure des Données Analyse des Métabolites Secondaires 4 Bases Mathématiques des Statistiques 4 Biodiversité 3 Bioinformatique Appliquée à l Analyse de Séquence Biologie Cellulaire et Neurophysiologie 4 Biologie des Adaptations et Ecophysiologie Biologie du Développement Animal 4 Biologie du Développement Végétal 4 Biotechnologies 4 Botanique, Systématique et Phylogenèse Communication 2 4 Canaux Ioniques Communication et Environnement 2 Dynamique Externe et Paléoclimatologie 4 Ecologie et Biologie Marine 3 Endocrinologie Générale 4 Evolution de la Terre 4 Evolution Moléculaire et Phylogenèse 4 Géodynamique interne 4 Imagerie Tissulaire 4 Initiation à la programmation 4 Introduction à l Ecotoxicologie 2 MET 2 (Normes) 2 42

43 Neurobiologie et Pathologies Cérébrales 4 Paléoenvironnement 2 Pharmacologie Fondamentale et Appliquée 4 Physiologie et Biotechnologies Végétales 4 Physiopathologie de la Nutrition et du Métabolisme 4 Projet Pluridisciplinaire (en Anglais) 4 Régulations Géniques Procaryotes 4 Réponses des Plantes à l Environnement RIS (Hygiène, Stérilisation et Risques Chimiques) Stage en Etablissement de Santé 2 Stage en Etablissement Scolaire Stage Recherche : Pratique ou Bibliographique 2 SVS (Sécurité et Vigilance Sanitaire) 4 TEC (Bases de la Recherche Clinique) 4 Techniques d Exploration Fonctionnelles 4 Tectonique Déformation Lithosphère 4 43

44 UNIVERSITE de NICE - SOPHIA ANTIPOLIS ANNEE Inscription pédagogique Licence 3 SVS 3ème ANNEE DE LICENCE SCIENCES DE LA VIE N carte d'étudiant Mail (@etu.unice.fr) : NOM... Epouse.. Prénom. Date de naissance.../ /. Lieu Adresse permanente Adresse mail permanente (signaler toujours un changement d'adresse ou de téléphone au bureau pédagogique) Tél : Port : situation particulière de l'étudiant * Fournir une attestation de l'employeur avant le 15/09 pour obtenir une dispense d'assiduité à retirer à la scolarite. Salarié(e) * Sportif de haut niveau** ** Fournir une attestation de la fédération et du Suaps avant 15/09 Boursier *** *** Imprimé à retirer au bureau des bourses Autre (voir coordonnateur) êtes vous redoublant? NON - OUI : Quelles UE sont validées? Les inscrire ci-dessous Indiquez les noms étudiants dans même groupe (cause covoiturage): Remarque : toute information complémentaire de votre part facilitera votre scolarite. Par exemple, indiquez dès que possible les dates de concours auquels vous participerez. SEMESTRE 5 Choix du parcours (cocher la case) OPTIONS Parcours Biologie Moléculaire et Génétique Immunologie 2 cocher 1 case Biol. des Interactions Parcours Biochimie, Physiologie et Neurobiologie cocher 1 case Immunologie 2 + Physiol. Cond. Extrêmes Neuro. Cognitive et Comportementale Parcours Biologie des Organismes et des Ecosystèmes cocher 1 case Endo et Signalisation Biologie Comportementale et Ethologie Parcours Sciences de la Vie et de la Terre toutes UE obligatoires Parcours Biologie Info Math cocher 1 case Neuro. Cognitive et Comportementale Dynamique des Populations Parcours Ingénierie de la Santé toutes UE obligatoires 44

45 SEMESTRE 6 Parcours BMG, BPN, BOE : UE libre obligatoire Choix du parcours (cocher la case) OPTIONS Indiquez l'ue choisie et son code IP WEB Parcours Biologie Moléculaire et Génétique cocher 1 case Biologie Développpement Animal + Endocrinologie + Imagerie Tissulaire Biologie Développpement Animal + Endocrinologie + Technique Fonctionnelle d'exploration Biologie Développement Végétal + Réponses Plantes à l'environnement. + Biologie des Adaptations et Ecophysiologie Biologie Développement Végétal + Réponses Plantes à l'environnement. + Imagerie Tissulaire Parcours Biochimie, Physiologie et Neurobiologie cocher 1 case Physiopathologie de la Nutrition et du Métabolisme + Biotechnologies Physiopathologie de la Nutrition et du Métabolisme + Imagerie Tissulaire Physiopathologie de la Nutrition et du Métabolisme + Analyse Métabolites Secondaires Canaux Ioniques + Biotechnologies Canaux Ioniques + Imagerie Tissulaire Canaux Ioniques + Analyse Métabolites Secondaires Parcours Biologie des Organismes et des Ecosystèmes cocher 1 case Stage pratique/biblio + Botanique, Systémique, Phylogenèse Stage pratique/biblio + Biologie Développement Animal Com. en Environnement + Botanique, Systémique, Phylogenèse Com. en Environnement + Biologie Développement Animal Parcours Sciences de la Vie et de la Terre toutes UE obligatoires Parcours Biologie Info Math cocher 1 case Biotechnologies Pharmacologie Fondamentale et Appliquée Biologie des Adaptations et Ecophysiologie Parcours Ingénierie de la Santé cocher 1 case Pharmacologie Fondamentale et Appliquée Biotechnologies Physiopathologie de la Nutrition et du Métabolisme Bases Math. Des statistiques 45

46 PLAN du CAMPUS 46

47 MES NOTES 47

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