Laboratoire National de Référence

Laboratoire National de Référence OGM dans le maïs (parties végétatives) et pommes de terre, betterave, riz, coton et blé (semences et parties végétatives) Rapport annuel d'activité, année 213 A. Introduction Précisez la catégorisation du danger (en SA) sinon la justification de l'existence du mandat de LNR Mandat défini par arrêté interministériel Les faits marquants de l'année En 213, le laboratoire a poursuivi les travaux de validation des méthodes de détection des OGM sur l ensemble des espèces pour lesquelles il dispose d un mandat de référence. Plusieurs gros dossiers ont été finalisés : extension de l utilisation de certaines méthodes de criblage à de nouvelles espèces (détection de P35S par PCR temps réel Taqman sur riz, détection de Tnos par PCR temps réel Taqman sur pomme de terre et riz) Le laboratoire a également étendu la palette des techniques utilisées en routine avec l introduction du multiplexage ainsi que de la PCR temps réel Sybrgreen pour l élargissement de l offre de prestations et la réduction des coûts analytiques. validation conformément aux référentiels ISO des dernières méthodes proposées dans l offre de prestations (en qualitatif et/ou quantitatif) qui ne l étaient pas encore validation de la préparation des échantillons et de l extraction de l ADN à partir de feuilles de pomme de terre, de coton et de riz validation de méthodes événement-spécifiques (MON8746 et DAS4278 sur maïs, H7-1 sur betterave, EH92-527-1 sur pomme de terre, LLRice62 sur riz et LLcotton25 sur coton) validation des méthodes PCR taxon-spécifiques pour les espèces riz, pomme de 1

terre et coton B. Activités de développement, d'analyse et d'est 1. Méthodes disponibles au LNR 1.1. INDICATEUR COP Référence n 1 Indicateur COP Référence n 1-i) Précisez ici le nombre de méthodes développées ou révisées que vous avez proposées à l autorité compétente au cours de l année N 16 Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes Les méthodes validées en 213 ont, pour la plupart été mentionnées dans les événements marquants de l'année (voir ci-dessus) dans la mesure où il s'agissait de projets importants. La liste des 16 méthodes est reprise ci-après : rapport de validation de la méthode de détection du P35S par PCR temps réel taqman sur échantillons de riz (1) rapport de validation de la méthode de détection du Tnos par PCR temps réel taqman sur échantillons de pomme de terre et de riz (2) rapport de validation de la méthode de détection et de quantification taxonspécifique ACP sur échantillons de coton (1) rapport de validation de la méthode de détection et de quantification taxonspécifique PLD sur échantillons de riz (1) rapport de validation de la méthode de détection et de quantification taxonspécifique UGPase sur échantillons de pomme de terre (1) rapport de validation de la méthode de détection événement-spécifique de EH92-527-1 par PCR temps réel Taqman sur échantillons de pomme de terre (1) rapport de validation de la méthode de détection événement-spécifique de H7-1 par PCR temps réel Taqman sur échantillons de betterave (1) rapport de validation de la méthode de détection événement-spécifique de LLcotton25 par PCR temps réel Taqman sur échantillons de coton (1) rapport de validation de la méthode de détection événement-spécifique de LLRice62 par PCR temps réel Taqman sur échantillons de riz (1) rapport de validation de la méthode de détection événement-spécifique de MON81, DAS59122 et TC157 par PCR temps réel taqman triplexe (1) rapports de validation de la méthode de détection événement-spécifique de 2

MON8746 et DAS4278 par PCR temps réel Taqman sur échantillons de maïs (2) rapports de validation des étapes pré-pcr (préparation, broyage et extraction d'adn en vue de la détection d'ogm) sur feuilles de pomme de terre, de cotonniers et de riz (3) Remarque : Les méthodes développées par l équipe OGM du LSV ne sont pas proposées formellement à l autorité compétente à travers un processus officiel mais intégrées à l offre de prestations du laboratoire (absence de réseau de laboratoires agréés). Indicateur COP Référence n 1-ii) Précisez ici le nombre de méthodes développées ou révisées qui sont susceptibles d être prêtes pour être proposées à l autorité compétente au cours de l année N+1 4 Donner le nom et une brève description de chacune de ces méthodes 4 méthodes sont prévues pour début 214 (travaux en cours de finalisation) : Une méthode d extraction de l ADN à partir de feuilles de betterave Une méthode d extraction de l ADN à partir de feuilles de blé Une méthode PCR de détection de l AM4-12 sur pomme de terre. Une méthode PCR de détection du coton MON531 1.2. Matériels biologiques ou chimiques, matériaux de référence et échantillons et souches d'intérêt Décrire ici les collections d'échantillons biologiques ou d'autre nature (environnement, aliment...) conservés par le LNR; indiquer les méthodes de conservation, la température, le nombre de "repositories", le nombre d'échantillons par souche, l'enregistrement associé...). Le LNR OGM d Angers maintient une collection d environ 5 événements de transformation sur différentes espèces végétales. Les échantillons de référence peuvent être sous différentes formes : poudres certifiées, ADN génomique ou plasmides. Lorsqu ils sont sous forme de poudre, ils sont extraits puis dosés avant utilisation. Nombre de souches/échantillons reçu(e)s et mises en collection dans l'année 7 3

Nombre de souches/échantillons maintenus au total 142 2. Activités d'analyses de première intention pour l'année N Nombre d'analyses de première intention réalisées dans l'année, de biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire... 425 Détaillez ici par type d'analyse de première intention Dans le détail, les deux types d analyses de première intention réalisées en 213 sont : Des analyses de détection d OGM sur feuille de mais : 3 analyses Des analyses de détection, identification et quantification d OGM sur semences de maïs : 125 3. Activités de confirmation et activités de laboratoire expert 3.1. Analyses de seconde intention Nombre d'analyses de seconde intention réalisées dans l'année, de biotypie, sérotypie, caractérisation moléculaire... 3.2. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence et de réactifs biologiques, contribution à l inspection, AMM Le LNR produit-il et fournit-il des réactifs? Le LNR fournit-il des matériaux de référence? 4

Le LNR réalise-t-il des contrôles de réactifs commerciaux? 4. Analyse de l'évolution des tendances en termes d'activité Détaillez ici l'analyse de l'évolution des tendances en termes d'activité (augmentation, diminution... sur les 5 dernières années) L activité d analyse de routine dans un cadre officiel est récente dans le domaine des OGM pour le LSV. Le nombre d analyses de première intention a diminué en 213 par rapport à 212 malgré l ajout d une cible OGM à détecter en plus sur chaque échantillon (DAS4278-9) du fait d un nombre d échantillons diminué de moitié par rapport à l année précédente (5 contre 1 en 212). Sur semences, le nombre d échantillons analysés est constant par rapport à 213, année pour laquelle un nombre plus élevé d analyses avait été réalisé du fait d échantillons réceptionnés en fin d année 212. 5. Activités d'expertise scientifique et technique 5.1. Demandes d expertise scientifique et technique du ministère (chargé de l agriculture, santé, etc ) ou d instances communautaires et internationales qui concernent votre domaine de compétence Nombre de rapports d'est rendus dans l'année Détaillez ici les demandes d'est et les noms des mandataires Une fiche d alerte a été rédigée suite à la détection de la présence du promoteur P35S, du terminateur Tnos et du gène d intérêt CryIAb/Ac par plusieurs méthodes PCR dans les extraits d ADN obtenus à partir de semences et feuilles de cotonniers commandés sur Internet. 5.2. Autres expertises Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes: CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de normalisation (Afnor...). Détaillez ici ces activités et estimez le 5

temps qui y est consacré. L équipe est aussi investie pour son expertise en tant que membre de la Commission AFNOR/V3E "Méthodes de détection par biologie moléculaire dans le domaine végétal et produits dérivés" et membre du groupe de Travail 9 : "Révision du guide GA V3-42". L ensemble de ces expertises dans les groupes AFNOR a représenté 15 jours de travail en 213. Les autres expertises menées par l équipe concernent d une part le réseau européen ENGL, à raison d environ 2h en 213, en tant que membre du groupe de travail ENGL sur les critères minimum de performance des méthodes (MPR) et membre du groupe de travail ENGL sur l interprétation des résultats et les rapports OGM (DIR). 5.3. Dossiers de demande d'agrément Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année C. Animation du réseau de laboratoires officiels 5.4 Organisation d'eila INDICATEUR COP Référence n 2 Indicateur COP Référence n 2-a. Précisez ici le nombre d'eila organisés par le LNR au cours de l année N Si vous n'êtes pas accrédité 1743, avez-vous bénéficié d'un audit interne? Indicateur COP Référence n 2-a. Précisez ici le nombre d'eila que vous prévoyez d'organiser au cours de l année N+1 6

Indicateur COP Référence n 2-a. Ces EILA sont-ils réalisés selon la norme 1743 avec ou sans accréditation? Indicateur COP Référence n 2-b. Précisez ici le nombre d'eil (hors EILA - dont EILV en lien avec méthodes en cours de validation telles que précisées dans le paragraphe 1.1) organisés par le LNR au cours de l année N Indicateur COP Référence n 2-b. Précisez ici le nombre d'eil (hors EILA) que vous prévoyez d'organiser au cours de l année N+1 5.5. Modalités de diffusion des données de surveillance et production du LNR Détaillez ici les modalités Aucune en 213 5.6. Formation, organisation d'ateliers, accueil de stagiaires Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés du réseau organisées dans l'année Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux méthodes utilisées pour les contrôles officiels que le LNR a organisées dans l'année 5.8. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année Détaillez les EILA auxquels vous, en tant que LNR, vous avez participé dans l'année 7

EILA organisé par l USDA-GIPSA en octobre 213 sur semences de maïs (méthodes testées : détection de 3272, T25, MON8817, MON8934, CBH351 et MIR162) EILA organisé par l USDA-GIPSA en avril 213 sur semences de maïs (méthodes testées : détection et quantification MON81, GA21, Bt176, Bt11, NK63, TC157, MON863, DAS59122, MIR64 et détection de P35S, Tnos), Le LNR a participé en 213 à plusieurs essais inter-laboratoires d aptitude : D. Participation aux activités de surveillance 6. Existence et gestion d'un réseau 6.1. Indiquer si le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance? Oui, 1 Quelle est la dénomination spécifique de ce dispositif? Plan de contrôle vis-à-vis de l interdiction de la mise en culture de maïs GM 6.2. Indiquer qui est le gestionnaire de ce dispositif DGAL/SDQPV 6.3. Préciser si d'autres unités/entités de l'agence sont intégrées dans ce dispositif à vos cotés 7. Les partenaires et acteurs de ce dispositif de surveillance Sont acteurs ou partenaires de ce dispositif (plusieurs réponses possibles) : Le laboratoire travaille avec les 2 autres LNR "OGM" 8

8. Modalités de surveillance Préciser si ce dispositif repose (plusieurs réponses possibles) : Sur des modalités de surveillance programmées (active) 9. Autres activités du LNR en matière de surveillance En dehors des aspects analytiques, quelles sont les autres activités auxquelles le LNR (avec éventuellement les autres unités de l'agence impliquées) participe dans le cadre de la surveillance? (plusieurs réponses possibles) Appui scientifique et technique Parmi ces activités, certaines mériteraient-elles une attention ou un investissement plus particulier de l'agence et pourquoi? L'ANSES pourrait participer à la définition des orientations stratégiques de la surveillance (espèces végétales, types d'ogm à détecter,...) E. Activités de recherche en lien avec l activité de référence 1.1. Recherches méthodologiques pour la référence Détaillez ici les recherches méthodologiques que vous avez réalisées dans l'année : objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets... Les principaux travaux relevant de la recherche / du développement engagés ou réalisés en 213 sont les suivants (travaux internes sur fonds propres) : Mise au point des méthodes d'extraction d'adn à partir des différentes matrices et espèces de son périmètre de référence Validation des méthodes PCR d identification des différentes OGM (autorisés ou non) pour les différentes espèces végétales. Validation des méthodes PCR de criblage pertinentes pour les différentes espèces végétales Validation des méthodes PCR taxon-spécifiques pour les différentes espèces végétales 9

1.2. Recherches associées pour la référence Détaillez ici les recherches associées auxquelles vous avez participé dans l'année (participations à des études cliniques, études d'incidences, modèles d'infections expérimentales, études toxicologiques, essais vaccinaux...): objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets... Le laboratoire a également réalisé une prestation pour l IRMM, à savoir l étude de la stabilité du matériau de référence betterave H7-1 (novembre/ décembre 213). Le laboratoire a participé à 3 essais inter-laboratoires de validation organisés par le LRUE OGM (JRC), à savoir : pour la méthode de quantification de l événement SYHTH2 sur soja pour la méthode de quantification de l événement Golden Rice 2 sur riz. pour la méthode de quantification de l événement MON8871 sur coton F. Liste des publications et communications dans le cadre du mandat Publications scientifiques internationales de l'année (Les publications qui figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) Hérau, V. Anthoine, G. (213). Processus français d officialisation des méthodes d analyses dans le domaine de la santé des végétaux. Euroreference. Printemps 213. Cahier n 9 spécial «végétal». p16-19 Communications internationales de l'année (Les publications qui figureront dans le rapport doivent être sous presse ou publiées.) Hérau V. (213). Approach for setting Ct cut-off values for GMOs testing. (EPPO Workshop on setting Ct cut-off values for real-time PCR) Paris, EPPO. G. Activités du LR-UE 1

Avez-vous également des activités de LR-UE? H. Détention d'autres mandats de référence Le LNR détient-il d'autres mandats de référence dans le même domaine de compétences 11