PUBMED. Vous pouvez rentrer l adresse de ce support dans vos favoris :

PUBMED Vous pouvez rentrer l adresse de ce support dans vos favoris : http://www.pasteur.fr/infosci/biblio/services/formations/#pubmed 1. INTRODUCTION p.2 1.1. Qu est-ce que PubMed? p.2 1.2. Accès depuis l Institut Pasteur p.2 1.3. Présentation de l interface p.3 2. RECHERCHER DANS PUBMED p.3 2.1. Des auteurs p.3 2.2. Des journaux p.4 2.3. Les suggestions de termes de recherche p.5 2.4. Qu est-ce que la détection automatique des termes (Automatic Term Mapping)? p.6 2.5. Le MeSH p.6 2.6. La troncature p.8 2.7. Les opérateurs booléens p.8 2.8. Utilisation des qualificatifs de champs p.9 2.9. La recherche avancée p.9 3. LES OUTILS p.10 3.1. Les filtres p.10 3.2. L historique p.12 3.3. Le clipboard p.13 3.4. Les détails p.14 4. LES RESULTATS p.14 4.1. Les affichages paramétrables p.14 4.2. Les envois p.15 4.3. Importer les références dans EndNote p.15 5. My NCBI (sauvegarde des équations de recherche) p.16 5.1. La création de compte et la sauvegarde de recherche p.16 5.2. Les préférences p.17 5.2.1 Les filtres p.18 5.2.2 Le lien vers la Médiathèque p.18 5.3. Les collections p.20 6. AUTRE SERVICE p.21 6.1. "Single Citation Matcher" p.21 SRD/CC 10/05/2016 1/22

1. INTRODUCTION 1.1. Qu est-ce que PubMed? PubMed donne accès à plus de 26 millions de références bibliographiques des articles contenus dans Medline (1966 à nos jours) et OldMedline (de 1946 à 1965), ainsi qu aux références bibliographiques en cours de traitement ou envoyées par l éditeur. Les domaines couverts sont la biomédecine et la santé. Medline est la base de données de la National Library of Medicine. Medline indexe les références bibliographiques ainsi que les résumés de plus de 5 600 journaux biomédicaux publiés aux Etats-Unis et dans 80 autres pays. La plupart des références sont en anglais ou possèdent un résumé en anglais. OldMedline contient 2 millions de références bibliographiques de journaux biomédicaux internationaux de 1946 à 1965. Ces références ne contiennent pas de résumés mais sont en cours d indexation par mots-clés MeSH Major Topics (voir plus loin, point 2.6). Les références en cours de traitement permettent d obtenir les informations de base sur l article ainsi que son résumé, avant qu elles ne soient indexées avec les mots-clefs MeSH et intégrées dans Medline. Il en rentre tous les jours (sauf le dimanche) et elles possèdent la mention [PubMed in process]. Une fois indexées et intégrées à Medline (mises à jour quotidiennes), les références possèdent la mention [PubMed indexed for MEDLINE]. Les références envoyées par l éditeur portent la mention [PubMed as supplied by publisher]. Une grande majorité de ces références passeront ensuite à l état [PubMed in process] puis [PubMed indexed for MEDLINE] mais certaines resteront à leur état initial si elles sont en dehors des sujets de Medline. 1.2. Accès depuis l Institut Pasteur Depuis WebCampus, aller sur le site de la Médiathèque scientifique puis cliquer sur PubMed (à partir de ce lien, nos abonnements aux périodiques électroniques sont ainsi reconnus). SRD/CC 10/05/2016 2/22

1.2. Présentation de l interface 2. RECHERCHER DANS PUBMED 2.1. Des auteurs Pour effectuer une recherche auteur dans PubMed, il faut entrer le nom de famille de l auteur suivi de(s) initiales sans ponctuation. Ex : milon g ou cavaillon jm Un nom d auteur tapé comme dans l exemple ci-dessus sera automatiquement recherché dans le champ "auteur". PubMed cherchera par défaut toutes les variantes d initiales après celle inscrite (troncature automatique). Pour désactiver la troncature automatique derrière la première initiale d un nom d auteur, il faut utiliser les guillemets. Ex : "menard r"[au] ne cherchera pas les variations menard ra, menard rb, menard rc Si on tape uniquement le nom de famille de l auteur, PubMed recherchera le nom dans tous les champs et appliquera la détection automatique de termes (Automatic Term Mapping). Pour forcer PubMed à rechercher uniquement dans le champ auteur, il faut ajouter le nom du champ derrière : [au] est le qualificatif du champ "author" (voir page 9). Ex : cavaillon[au] ou gene[au] Pour les articles publiés depuis 2002, la recherche peut s effectuer en saisissant le nom et le prénom développé. Ex. : Georges Cohen ou Cohen Georges Pour rechercher un auteur dont le nom de famille peut-être aussi un prénom, il faut rentrer en premier le nom de famille suivi d une virgule puis le prénom. SRD/CC 10/05/2016 3/22

Ex. : David, Bernard cherchera les articles écrits par monsieur Bernard David Attention, vous n obtiendrez que les références écrites depuis 2002 et si le prénom de l auteur n apparaissait pas sous forme développée dans la publication d origine, la référence ne sera pas sélectionnée. Vous pouvez aussi utiliser la recherche avancée pour la recherche d auteur (voir plus loin, point 2.9). Remarques : Medline n a pas toujours indexé tous les auteurs d un article : - de 1966 à 1984 : pas de limite au nombre d auteurs. - de 1984 à 1995 : Limitation des auteurs à 10, avec "et al" à partir du 11 ème. - de 1996 à 1999 : Limitation des auteurs à 25. Lorsqu il y a plus de 25 auteurs, les 24 premiers sont repris, le 25 ème est en fait le dernier auteur de l article et les autres sont remplacés par "et al.". - depuis 2000 : plus de limites au nombre d auteurs. Pour les noms d auteurs en caractères cyrillique ou japonais, jusqu en 1990, seulement 5 auteurs étaient intégrés aux citations. Depuis 1990, les dix premiers auteurs sont intégrés. Les idéogrammes chinois pour les co-auteurs ne sont pas transcrits si le journal ne transcrit qu un seul nom dans la table des matières. 2.2. Des journaux On peut rechercher un journal par : - son nom complet : the journal of biological chemistry, - son abréviation Medline : J Biol Chem, Pour forcer PubMed à rechercher dans le journal, il faut ajouter le nom du champ derrière : [ta] est le qualificatif du champ "journal title». Ex : j biol chem[ta] Vous pouvez aussi rechercher par la base des journaux : «journals in NCBI database, cette fonction est disponible dès la fenêtre d accueil de PubMed. SRD/CC 10/05/2016 4/22

Ce service vous permet de rechercher un titre de journal par son titre, son abréviation Medline ou son numéro d'issn. Vous pouvez ensuite interroger PubMed avec ce titre de journal en allant sur le menu "Add to search builder» puis «Search PubMed» afin de voir les articles de ce journal indexés dans PubMed. Cela permet, entre autre chose, de vérifier la présence d'un journal dans PubMed pour la période de temps qui nous intéresse. Vous pouvez également utiliser la recherche avancée (voir plus loin, point 2.9). 2.3. Les suggestions de termes de recherche Quand vous commencez à saisir un ou des termes de recherche dans la fenêtre de requête, PubMed vous propose différentes expressions que vous pouvez sélectionner en cliquant sur la proposition choisie. SRD/CC 10/05/2016 5/22

2.4. Qu est-ce que la détection automatique des termes (Automatic Term Mapping)? Lorsque l on entre un terme de recherche sans spécifier de champ où effectuer la recherche, PubMed va automatiquement comparer ce terme à différentes tables de correspondance dans l ordre suivant : - la table de correspondance des termes MeSH, - la table de correspondance des journaux, - puis la table de correspondance des auteurs. Si PubMed ne trouve pas le(s) terme(s) de votre recherche dans les deux premières tables, il cherchera alors dans l index des auteurs. 2.5. Le MeSH Le MeSH (Medical Subject Heading) est le vocabulaire controlé de la National Library of Medicine. Ce thesaurus est utilisé pour indexer les articles de Medline. Les articles de Medline sont toujours indexés à l aide des termes les plus précis. Pour information, il existe trois types de termes MeSH : - Les Major MeSH Topics, qui décrivent le thème principal de l article. - Les MeSH terms, qui décrivent l ensemble ou certaines parties de l article. - Les MeSH Subheadings (ou qualificatifs), qui sont associés aux termes MeSH afin de décrire plus précisément un aspect particulier du terme. Pour naviguer dans l arborescence du MeSH, vous pouvez aller à cette adresse : http://www.nlm.nih.gov/mesh/mbrowser.html Puis cliquer sur "Navigate from tree top" Vous pouvez déplier les branches en cliquant sur le "+". Pour chaque terme, vous verrez une définition, les renvois, sa position dans l arborescence ainsi que ses termes spécifiques. SRD/CC 10/05/2016 6/22

Vous pouvez rechercher un terme grâce à la MeSH Database en cliquant sur le lien "MeSH Database" quand vous êtes sur la fenêtre d accueil de PubMed (colonne «More resources»). Entrez votre terme dans la case de recherche et cliquez sur "Go". Une liste de résultats apparaît (classement par pertinence) : Vous pouvez ensuite cliquer sur le terme qui vous intéresse : SRD/CC 10/05/2016 7/22

Vous avez alors plusieurs possibilités : - voir les articles indexés avec ce mot-clé ou l un de ses termes spécifiques en allant sur le menu "Related information " puis en cliquant sur "PubMed" ou "PubMed Major Topics" si vous voulez restreindre votre recherche aux articles dont le sujet principal est votre mot-clé, - utiliser ce terme pour construire une requête plus complexe : en utilisant la fonction "PubMed search builder» quand vous êtes sur le mot-clé que vous avez sélectionné puis cliquez sur «Add to search builder " puis cherchez un autre mot-clé et choisissez de nouveau «Add to search builder» le «AND» est sélectionné par défaut. En cliquant ensuite sur «Search PubMed», vous aurez les résultats correspondant à votre requête. 2.6. La troncature Elle permet de rechercher tout ce qui commence par le symbole à utiliser est "*". Ex : cell* retrouvera cell, mais aussi cells, cellular Attention, PubMed ne recherche que les 600 premières variations d un terme tronqué. Si la recherche que vous effectuez génère plus de 600 variations, PubMed vous en avertira à l aide du message suivant : Wildcard search for 'cell*' used only the first 600 variations. Lengthen the root word to search for all endings. De plus, l utilisation de la troncature désactive la détection automatique des termes ainsi que l explosion des termes MeSH. 2.7. les opérateurs booléens Par défaut, PubMed utilise un "AND" entre les termes de votre recherche. Si vous effectuez une recherche qui combine plusieurs termes dans plusieurs champs, vous devez spécifier les opérateurs à utiliser entre chaque mot. Vous pouvez utiliser les parenthèses pour gérer l ordre d application des opérateurs. Ex : Cossart P AND (Listeria OR Listeriosis) Les opérateurs booléens utilisés par PubMed sont AND, OR et NOT. Vous devez les saisir en majuscule sinon PubMed les prendra pour des termes de recherche. SRD/CC 10/05/2016 8/22

2.8. Utilisation des qualificatifs de champs - Affiliation [AD] : Contient l adresse de l institution d affiliation ou l adresse du 1 er auteur telle qu elle apparaît dans le journal pour les références publiées avant 2014. A partir des références de 2014, les adresses de tous les auteurs sont indiquées. - All Fields [ALL] : Permet de rechercher dans tous les champs de PubMed. - Author [AU] : Contient les noms des auteurs. - First Author name [1AU] : Permet de rechercher par nom du premier auteur - Last Author Name [LASTAU] : Permet de rechercher par nom du dernier auteur - Personal name as subject [PS] : Permet de chercher le nom d un auteur qui est le sujet de l article (exemple Monod J [PS]) - EC/RN Number [RN] : Contient les numéros d identifiant d une enzyme ou d un composé chimique. - Issue [IP] : Contient le numéro du journal. - Journal Title [TA] :Contient le titre abrégé du journal, le titre entier et le numéro d ISSN. - MeSH Major Topic [MAJR] : Contient les termes MeSH décrivant le thème principal de la référence. Ils sont indiqués à l aide d un "*" dans les notices. - MeSH Subheadings [SH] : Contient les qualificatifs des termes MeSH utilisés pour décrire la référence. - MeSH Terms [MH] : Contient les termes MeSH utilisés pour décrire l ensemble ou une partie de la référence. - Pagination [PG] : Contient les pages de la référence. - Publication Date [DP] : Contient la date de publication de la référence. - Publication Type [PT] : Contient le type de publication de la référence - Text Words [TW] : Contient tous les mots et les chiffres du titre, des résumés, les termes MeSH, les qualificatifs MeSH, les noms des substances chimiques, les noms des personnes dont parle l article, les morts-clefs non MeSH ainsi que les sources secondaires de Medline (autres bases de données de la NLM). - Title [TI] : Contient le titre de la référence. - Title/Abstract [TIAB] : Contient le titre et les résumés de la référence. - Volume [VI] : Contient le volume du journal. Pour plus de champs, allez voir à l adresse suivante : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/nbk3827/#pubmedhelp.search_field_descriptions_and 2.9. La recherche avancée SRD/CC 10/05/2016 9/22

C est dans cette recherche que vous allez croiser plusieurs critères de recherche de façon guidée. En choisissant le champ de recherche et en saisissant le terme qui vous intéresse, vous avez une reconnaissance des termes qui s affiche. Vous sélectionnez celui qui vous convient, il vient automatiquement s afficher dans la fenêtre de recherche en haut. Vous pouvez ensuite construire votre recherche en croisant les termes (par défaut, c est le AND qui est sélectionné, vous pouvez modifier en choisissant le OR ou le NOT) puis vous cliquez sur «Search» pour lancer la recherche. 3. LES OUTILS 3.1. Les filtres SRD/CC 10/05/2016 10/22

Les filtres proposés par défaut sont les plus utilisés : type d article(review), présence du résumé, disponibilité du texte intégral gratuit, date de publication, modèle humain ou autre, langue. On peut accéder à plus de filtres en cliquant sur «Show additional filters» Une fois que vous avez choisi un ou plusieurs filtres, vous verrez au dessus de vos résultats apparaître la mention concernant le ou les filtres que vous pourrez supprimer globalement à tout moment (Clear all). Sur le côté gauche, vous pourrez modifier ou retirer les filtres un par un. Attention, pour toute recherche ultérieure que vous effectuerez, les filtres choisis s appliqueront. SRD/CC 10/05/2016 11/22

3.2. L historique PubMed enregistre toutes les recherches que vous effectuez lors d une session. Vous pouvez ainsi visualiser vos différentes étapes en cliquant sur "Search History" quand vous êtes sur la recherche avancée : A partir de cet historique vous pouvez donc croiser des étapes d interrogations ou affiner des étapes en y ajoutant des termes de recherche de la manière suivante : - Indiquez le numéro de l étape que vous désirez modifier avec un # devant son numéro, - et ajoutez le(s) opérateur(s) booléen(s) adéquats ainsi que le(s) terme(s) de recherche. Pour croiser des étapes, indiquez les numéros d étapes précédés du # séparés par l opérateur booléen désiré. Ex #2 AND #3 Ou laissez-vous guider en allant sur les étapes d interrogation (#X) et en utilisant le menu de «Perform actions on search» PubMed enregistre jusqu à 100 étapes dans l historique. Au-delà de 100, il efface les premières recherches. Cet historique a une durée de vie de 8 heures. Vous pouvez fermer une session PubMed puis rouvrir une session et retrouver toutes vos recherches en mémoire dans l historique. Il faut que le navigateur soit paramétré pour accepter les cookies. 3.3. Le clipboard SRD/CC 10/05/2016 12/22

Le "Clipboard" est votre panier de sélection. Il vous permet de stocker jusqu'à 500 références sélectionnées au cours de vos différentes étapes de recherches (lors d'une même session ou pendant 8 heures). Il faut que le navigateur soit paramétré pour accepter les cookies. Lorsque des références sont envoyées dans le "Clipboard" après être passé par la fonction Send To, elles apparaissent avec une mention en orange sur la référence «Item in clipboard», ce qui vous permet de ne pas les resélectionner au cours de vos autres recherches. Du clipboard, vous pouvez envoyer ces références par email (Send to Email), sauvegarder ces références sur le disque dur (Send to File) ou les envoyer vers une collection dans My NCBI (Send to Collections - voir plus loin). Pour effacer des références du "Clipboard", vous pouvez les effacer une par une en cliquant sur «Remove from clipboard» ou alors les effacer globalement en cliquant sur «Remove all items» après avoir été sur «Clipboard : X items» SRD/CC 10/05/2016 13/22

3.4. Les détails La rubrique "search details" sur le côté droit des résultats permet de voir la recherche réellement effectuée par PubMed : C'est là que vous pourrez voir l'effet de la détection automatique de termes et vous pourrez également visualiser tous les termes recherchés si vous avez utilisé une troncature. 4. LES RESULTATS 4.1. Les affichages paramétrables Vous pouvez modifier ces affichages concernant le format des références, le nombre de références affichées par page et le tri des références. SRD/CC 10/05/2016 14/22

PubMed possède différents formats de visualisation des résultats. Ceux que vous utiliserez le plus sont : - Summary : présente le titre, les auteurs, la source (le titre du journal, le volume, le numéro, les page ou le DOI et l'année), le type de publication, la langue (si l'article n'est pas écrit en anglais, le PMID (numéro d'identification de la référence dans PubMed. Ce format indique aussi si il y a un texte intégral gratuit. - Abstract : présente en plus le résumé de l article (s'il existe) et le statut de la référence (PubMed - as supplied by publisher ]. - Medline : présente la référence complète avec le nom des champs au format abrégé (deux lettres). Vous pouvez modifier l affichage par défaut du nombre de références : de 5 références à 200 références par page au lieu de 20 et sélectionner un autre tri que celui sélectionné par défaut (tri par les références les plus récentes ajoutées qui apparaissent en premier). 4.2. Les envois Pour envoyer par email les références que vous avez sélectionnées, choisissez le format de visualisation adéquat, et sélectionnez "E-mail" dans le menu déroulant "Send to" et suivez les indications. 4.3. Importer les références dans EndNote Pour récupérer dans EndNote les références que vous avez sélectionnées dans PubMed, sélectionnez "Citation manager" dans le menu déroulant "Send to». SRD/CC 10/05/2016 15/22

vous pouvez directement choisir «ouvrir avec» et sélectionner EndNote. On vous demandera le filtre qui est donc "PubMed (NLM)".. 5. My NCBI : espace personnalisé My NCBI permet de stocker vos équations de recherche, de les relancer et de n'obtenir que les nouveaux documents depuis votre dernière interrogation, de recevoir par email les nouveaux résultats, de paramétrer PubMed selon vos préférences. My NCBI vous permet aussi de stocker des résultats de recherche (collections). 5.1. La création de compte et la sauvegarde de recherche Une inscription gratuite est nécessaire pour accéder à My NCBI. Il suffit de s enregistrer en choisissant un login et mot de passe (suivre les instructions à l écran). Pour enregistrer une équation de recherche, cliquez sur "Create alert", identifiez-vous si ce n est pas déjà fait, donnez un nom à votre équation, choisissez si vous désirez recevoir les nouveaux résultats par email et à quelle périodicité puis cliquez sur "save". SRD/CC 10/05/2016 16/22

Pour avoir un récapitulatif de vos recherches sauvegardées et pour accéder aux préférences que vous pouvez personnaliser, vous pouvez cliquer à tout moment sur My NCBI en haut à droite. Pour modifier les paramètres de votre alerte (périodicité, affichage des résultats ), il vous faut cliquer sur l «écrou» en face de la recherche. Pour supprimer une alerte, cliquer sur Manage Saved Searches» et sélectionnez la recherche concernée puis cliquez sur «Delete selected item(s)». 5.2. Les préférences 5.2.1 Les filtres My NCBI permet aussi de mettre en place des filtres pour la visualisation des résultats : cliquer sur "Manage Filters" quand vous êtes sur la fenêtre de recherche. Vous pouvez utiliser jusqu à 15 filtres dans PubMed. Sur le côté gauche, vous avez le tableau récapitulatif des filtres que vous avez choisis parmi la liste disponible sur le tableau de droite. Vous pouvez aussi personnaliser un filtre (create custom filter) Et lors de l affichage des résultats, vous pourrez voir sur le côté droit les résultats selon les filtres choisis. Vous pouvez modifier ces filtres à tout moment en cliquant sur «Manage filters». SRD/CC 10/05/2016 17/22

5.2.2 Le lien vers la Médiathèque Pour avoir un lien direct avec les ressources de la Médiathèque Scientifique, quelque soit l adresse PubMed que vous avez saisie (www.pubmed.gov, www.pubmed.com, www.pubmed.org), vous pouvez aller dans le menu "Outside Tool" des préférences de votre compte et sélectionner "Institut Pasteur Scientific Media Library". SRD/CC 10/05/2016 18/22

Vous verrez alors apparaître le logo sur chaque notice. En cliquant sur ce logo, vous serez renvoyé vers le texte intégral de l'article si celui-ci est disponible (soit gratuitement, soit parce que nous avons un abonnement). Si le texte intégral n est pas accessible, vous pourrez alors commander directement le document (qu il fasse partie de nos collections ou pas) en vous authentifiant dans le module de commandes directes de documents (login et mot de passe demandés) SRD/CC 10/05/2016 19/22

5.3. Les collections Vous avez la possibilité de conserver dans My NCBI les résultats de vos recherches (les références et non pas la requête). Après l affichage des résultats, vous allez dans «Send to», vous choisissez «Collections» et après vous être identifié, vous envoyez vos résultats dans une nouvelle collection ou une collection déjà existante. SRD/CC 10/05/2016 20/22

Vous pouvez ensuite trier vos références, en éliminer certaines, les afficher dans PubMed Enfin, pensez à cliquer sur [Sign Out] avant de quitter PubMed. 6. AUTRE SERVICE 6.2. Single Citation Matcher Ce service permet de retrouver une référence très rapidement par un formulaire à compléter (voir exemple cidessous). SRD/CC 10/05/2016 21/22

Vous obtiendrez ainsi une des références les plus fameuses de la recherche scientifique et de l Institut Pasteur. SRD/CC 10/05/2016 22/22