Guide pour se familiariser avec Mac OS X, TextWrangler et le langage R

Guide pour se familiariser avec Mac OS X, TextWrangler et le langage R Cours BIO2041 Professeur Daniel Borcard Réalisé par Corinne Tastayre & Modifié par Sébastien Durand, Daniel Borcard et Marie-Hélène Ouellette 11/08/2006 Université de Montréal Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 1

GUIDE POUR SE FAMILIARISER AVEC MAC OS X,...1 TEXTWRANGLER ET LE LANGAGE R...1 MAC OS X...4 OUVERTURE ET FERMETURE DE SESSION SUR MAC OS X...4 LE BUREAU...4 LA POMME...4 LES APPLICATIONS...5 LA CORBEILLE...6 CRÉER SON DOSSIER DE TRAVAIL...6 ARCHIVAGE DE VOTRE DOSSIER DE TRAVAIL...6 TEXTWRANGLER...7 OÙ TROUVER TEXTWRANGLER SUR VOTRE ORDINATEUR DE L UNIVERSITÉ...7 ALLER CHERCHER UN DOCUMENT EXISTANT...7 AFFICHAGE DANS TEXTWRANGLER...8 POUR LES UTILISATEURS DE PC ET DE NOTEPAD++...8 COMMENT VÉRIFIER LES TABLEAUX DE DONNÉES AVANT LEUR IMPORTATION DANS R...9 SAUVEGARDER UN DOCUMENT...10 COMMENT UTILISER TEXTWRANGLER POUR ÉCRIRE DES COMMANDES POUR R...10 LE LANGAGE R V.2.3.1...11 OUVRIR R...11 QU EST-CE QUE LA CONSOLE...11 COMMENT FONCTIONNE R...11 LES CAPRICES DE R...12 LES ERREURS TYPIQUES...13 LES TOUCHES DE RACCOURCI...13 LA TYPOGRAPHIE...14 Commentaires...14 Symboles d attribution...14 Les opérateurs arithmétiques...14 Opérateurs de comparaison...15 Opérateurs logiques...16 Les parenthèses et les crochets...16 Les espaces dans une commande...16 La virgule...16 Les deux points...16 Le point virgule...16 LES FONCTIONS À CONNAÎTRE PAR COEUR...17 Le petit c...17 Les objets en mémoire...17 Effacer un objet...17 Effacer tous les objets en mémoire...17 À l aide...18 LES OBJETS...19 L art de nommer les objets...19 Les différents types d objets qu utilise R...19 Écriture dans un vecteur...20 Afficher le contenu d un vecteur...20 L IMPORTATION DE DONNÉES CONTENUES DANS UN FICHIER EXTERNE...21 UTILISER UNE PARTIE D UN TABLEAU...22 DES FONCTIONS COURANTES...23 Trouver la longueur d un vecteur (nombre de valeurs)...23 Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 2

Additionner tous les éléments d un vecteur...23 Calculer une moyenne...23 Trouver la médiane...23 Calculer la variance...23 Trouver les valeurs extrêmes...24 Trouver l étendue de la variation...24 PRODUIRE UN HISTOGRAMME DE FRÉQUENCES...25 RACCOURCIR UNE FORMULE DE CALCUL...26 LIGNE TROP LONGUE...26 TRAVAILLER À LA MAISON...26 SAUVEGARDER ET IMPRIMER VOS TRAVAUX EFFECTUÉS AVEC R...27 Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 3

Objectifs de ce document Vous familiariser avec l'environnement de l'ordinateur Macintosh et du système OS X. Vous familiariser avec l'éditeur de texte TextWrangler. Vous familiariser avec le langage R. Ne vous laissez pas impressionner, la meilleure façon d apprendre R est de l utiliser. Il est très convivial. S il vous plaît lisez-le et relisez-le! Mac OS X Ces cadres bleus décrivent des «techniques de travail» pour vous faciliter la tâche. Avant de poser une question, assurez-vous d avoir bien lu tous ces encadrés. Votre démonstrateur pourra vous demander de vérifier vos techniques de travail avant de répondre à vos questions. Les techniques de travail sont là pour vous faciliter la vie, il faut les utiliser. Ouverture et fermeture de session sur Mac OS X Entrez votre unip et votre mot de passe. Vous venez d ouvrir une nouvelle session à votre nom sur cet ordinateur. Au haut de votre écran, il y a une barre de menus. Lorsque vous quitterez votre poste de travail, vous devrez cliquer dans le menu Pomme -> Fermer la session «utilisateur». Le bureau Dans le texte qui suit, l'expression «Bureau» désigne l'aire de l'écran qui contient toutes les icônes des programmes, du disque dur et de quelques répertoires. La pomme Sur un clavier de Mac, vous trouverez deux touches avec une pomme dessinée dessus, ces deux touches sont situées de part et d autre de la barre d espacement. Ces touches donnent accès aux fonctions raccourcies et correspondent approximativement aux touches «ctrl» des PC. Pour connaître les différentes touches de raccourci que vous pourrez utiliser, consultez Les touches de raccourcis à page 13. Sinon, vous pouvez toujours passer par la barre de menus située au haut de votre écran pour exécuter vos commandes. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 4

Les applications Dans le cadre de ce cours, vous travaillerez avec plusieurs programmes ouverts simultanément. Rappelez-vous alors que pour rendre un programme actif, il faut aller le sélectionner dans le Dock, une barre d icônes située au bas de votre écran. S'il vous arrive durant le travail de cliquer à l'extérieur de la fenêtre du programme actif, rien de grave. Il vous suffit de sélectionner à nouveau votre programme de travail dans le menu du bas, ou de cliquer dans votre fenêtre de travail. Pour activer un programme, il suffit de cliquer sur son icône avec la souris. Si un programme demandé en classe n est pas affiché dans le Dock, cliquez sur l icône représentant un aigle nommé Autres Logiciels -> Logiciel BIO -> bio2041. Tous les programmes actifs sont visibles dans le «Dock». Ils sont identifiés par un petit triangle noir situé en dessous de leur icône. Notez que le «Finder» est la seule application qui doit rester toujours ouverte, car c est l interface graphique de Mac OS X. Pour toutes les applications Mac OS X, chaque fenêtre ouverte possède dans le coin supérieur gauche trois boutons ; un rouge, un jaune et un vert. Ces boutons servent respectivement à fermer, masquer et agrandir la fenêtre. Généralement, lorsqu on ferme la fenêtre d une application cela ne ferme pas le programme en soi, il reste actif et donc il utilise les ressources-mémoire. Votre ordinateur peut être ralenti de façon importante si un grand nombre de programmes sont ouverts inutilement, car les postes de travail de la salle informatique ont une mémoire limitée. Donc, avant de commencer à travailler, assurez-vous qu il n y a pas de programme inutile ouvert dans votre poste de travail. Pour fermer une application sélectionnez-la en cliquant sur son l icône dans le Dock. Notez dans la barre de menus que le nom de l application est affiché. Le nom de l application est en fait un menu déroulant, sélectionnez le nom de l application en question -> quitter. Remarquer à la droite du menu quitter : la touche de raccourci est indiquée, pomme + Q. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 5

La corbeille Si vous voulez pour une raison ou une autre supprimer un fichier ou un dossier, il suffit de le saisir à l'aide de la souris, et tout en appuyant sur le bouton de gauche de la souris, tirer le dossier ou le fichier dans la poubelle qui se trouve tout à droite dans le dock; ou encore, sélectionnez le fichier ou dossier et faites pomme + «backspace». Pour vider la corbeille, shift + pomme + «backspace». Pleine Vide Créer son dossier de travail Vous travaillez sur un ordinateur de l Université; conséquemment l administrateur ou les autres utilisateurs de cet ordinateur peuvent effacer vos fichiers. À des fins pratiques, nous demandons de vous créer un dossier de travail à votre nom. Tout au long de la séance informatique vous serez appelé à enregistrer vos fichiers dans votre dossier de travail. Ne travaillez jamais directement sur le bureau. Pour créer votre dossier de travail, double-cliquez sur l'icône appelée Volume de travail sur le bureau. Une fois à l intérieur, allez dans le menu Fichier -> Nouveau dossier. La touche de raccourci est shift + pomme + N. Repérez le dossier ainsi créé «dossier sans titre», cliquez une fois dans son nom et renommez-le à votre convenance. N oubliez pas, durant la session de travail, de sauvegarder tous vos fichiers et résultats dans ce dossier. Attention: le dossier de travail de ces Macs est vidé à chaque fin de session : ne comptez pas dessus pour y conserver des résultats! Une fois que vous aurez terminé votre séance informatique, vous archiverez votre dossier afin de vous le faire parvenir par courriel, par clef USB ou autre. Ainsi vous pourrez le récupérer plus tard. Si vous utilisez le courriel, il serait sage de vérifier que vous l'avez bien reçu avant de quitter la salle. Il est aussi possible de graver vos travaux sur un CD, chacun des postes étant équipé d un brûleur. Archivage de votre dossier de travail Pour archiver votre dossier de travail appuyez sur ctrl + cliquez sur votre dossier de travail, ensuite choisissez Créer une archive de Votre nom de dossier. Au même emplacement que votre dossier de travail, vous trouverez un fichier.zip au même nom. Vous pouvez donc vous envoyer cette archive par courriel, ou simplement la transférer sur clef USB. Il y a une connexion USB sur le clavier. Si vous utilisez une clef USB, afin d éviter des pertes de données, prenez le temps d éjecter votre clef (pomme + E) avant de la retirer. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 6

TextWrangler TextWrangler est un logiciel de traitement de texte pour Mac vraiment simple. C est pour cette raison que nous l utiliserons lors de la programmation en langage R. Il ne comprend aucune mise en forme automatique, aucun correcteur, aucune fonction superflue. Ce que vous tapez est exactement reproduit à l écran et dans votre document de travail. D autres traitements de texte vous ajoutent des sauts de ligne, des espaces, modifient les guillemets... ce qui peut nuire à R. Voici le site Web, vous permettant de télécharger TextWrangler ainsi que Notepad++ pour PC: TextWrangler : Notepad++ : http://www.barebones.com/products/textwrangler/download.shtml http://notepad-plus.sourceforge.net/fr/site.htm (aller dans l onglet «Télécharger», et prendre les fichiers binaires) Où trouver TextWrangler sur votre ordinateur de l Université TextWrangler est déjà installé sur les ordinateurs de l université. Aller dans le Dock -> "Autres Programmes" (aigle) -> Logiciels BIO et voilà. Double-cliquez sur l icône suivant : TextWrangler Ouvrez TextWrangler par un double-clic, une feuille de travail apparaît. C est une page blanche dans laquelle vous pouvez écrire ce que vous voulez. Si TextWrangler est déjà ouvert, vous pouvez créer un nouveau document par le biais du menu File -> New ou pomme + N. Aller chercher un document existant Pour aller chercher un document existant, activez TextWrangler en cliquant dessus. Ensuite, dans la barre de menu du haut, choisissez le menu File -> Open, ou pomme + O. Une boîte de dialogue va apparaître, choisissez le bon dossier et le bon document. Petit truc pour gagner du temps : commencez le nom de votre dossier de travail par la lettre A ; ainsi, quand la liste des documents va apparaître, votre dossier apparaîtra parmi les premiers à l écran. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 7

Affichage dans TextWrangler Vous voulez savoir si votre document est correct alors que vous recevez un message d erreur de R indiquant un numéro de ligne de votre script : avant de demander l aide d un démonstrateur, commencez par afficher les invisibles, les numéros de ligne et les espaces dans votre document TextWrangler. Pour le faire, activez la fenêtre de votre document en cliquant dessus. Dans la fenêtre du document ouvert, il y a des icônes en haut à gauche. La première est un crayon qui signifie que vous pouvez modifier ce fichier. Suivent cinq icônes carrées. Cliquez sur le premier carré à droite du crayon sélectionnez Soft Wrap Text, Show Line Numbers, Show Invisibles et Show Spaces. Les lignes du fichier sont alors numérotées, les caractères de formatage invisibles du fichier apparaissent alors: les tabulateurs (triangles = ), les fins de lignes (crochets ) et espaces (losanges ) apparaissent. Une fois ces trois options sélectionnées, vous pouvez vérifier si votre script est bon avant de lever la main pour recevoir de l aide. -> Lors de vos TP, il y aura généralement deux documents en TextWrangler qui seront ouverts en même temps. Le premier vous servira à créer, modifier ou corriger vos tableaux de données, le second vous servira à la préparation de vos scripts de programmation en langage R. Pour les utilisateurs de PC et de Notepad++ Si vous utilisez Notepad++, vous pouvez rendre visibles les numéros de lignes à l aide du menu Affichage -> Marge de numéro de ligne. Vous pouvez rendre visible les caractères invisibles les espaces, tabulateur et retour de chariot en sélectionnant menu Affichage -> Afficher tous les caractères. Finallement, vous pouvez reformater les lignes trop longues en sélectionnant votre texte -> menu Plugin -> TextFX Edit -> ReWrap Text to (clipboard or 72) width.. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 8

Comment vérifier les tableaux de données avant leur importation dans R Dans le cadre de ce cours, les tableaux de données vous seront fournis ou vous devrez simplement les créer vous même. Une fois que vous avez votre tableau sous la main, il est essentiel de vérifier si sa structure est compatible avec R. Voici donc une petite liste des vérifications que vous devrez faire. Sachez qu il est bien rare d être en présence d un fichier qui ne comporte aucune erreur. C'est une bonne habitude que de prendre le temps de vérifier les données et la structure des tableaux de données afin d éliminer les erreurs qui auraient pu s'y glisser. 1- Est-ce que la première ligne de votre tableau vous donne le nom des colonnes ou s agit-il d une ligne de données? 2- Est-ce qu il y a une colonne décrivant le nom des lignes de votre tableau? Si oui, laquelle? 3- Quel est le type de séparateurs utilisé? Un séparateur peut est un symbole permettant de définir de nouvelles colonnes dans un tableau. Généralement, soit le tabulateur, l espace ou la virgule est utilisé comme séparateur. N oubliez pas d afficher les caractères invisibles de votre fichier de données, activez Show Invisibles et Show Spaces. 4- Vous devez savoir que les données de chaque ligne doivent être séparées par un seul séparateur (à l exception de données manquantes). 5- Il doit y avoir le même nombre de séparateurs pour chaque ligne. 6- Si votre fichier de données possède des noms d objets à la première colonne ainsi que des noms de colonnes en première ligne, il n'est pas nécessaire de mettre un tabulateur au début de cette première ligne. Sachez que R est capable de reconnaître les fichiers qui comportent un élément de moins à la première ligne (en-têtes) qu aux lignes suivantes et il les importe sans précision supplémentaire. Les arguments «header» et «row.names» ne sont alors pas nécessaires. Dans tous les autres cas, il faut indiquer à R les arguments «header» et «row.names» au moment d aller chercher le fichier et avoir le même nombre de tabulateurs pour chaque ligne. 7- Les lignes se terminent par un retour de ligne. Le retour de ligne est indiqué par le symbole si vous avez activé Show Invisibles. 8- Il y a un retour de ligne à la fin de la dernière ligne du document et aucun retour superflu entre les lignes. Le retour de ligne est essentiel car il indique que la ligne est terminée. 9- Vérifiez attentivement toutes les données qui sont du texte, notamment le nom des lignes et des colonnes. Il ne doit y avoir aucun accent et aucun symbole autre que des lettres. 10- S il y a des données manquantes, assurez-vous qu il y ait toujours le bon nombre de tabulateurs. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 9

Sauvegarder un document Une fois toutes ces vérifications faites, il faut sauvegarder le tableau corrigé avant de l importer dans R. TextWrangler met un point noir dans le coin supérieur gauche de la fenêtre lorsque le document a été modifié et qu il n a pas encore été enregistré. Pour sauvegarder votre tableau de données, dans la barre de menu du haut, choisissez le menu File -> Save as ou pomme + S. Une boîte de dialogue apparaît. Dans la boîte sélectionné Save as, donnez à votre document un nom qui se termine par.txt. Puis, dans la boîte Where, choisissez avec la souris votre dossier de travail. Pour nommer correctement un document et éviter les pépins avec R, utilisez un nom simple et facile à retenir. Ce nom ne doit contenir aucune espace, ni aucun signe autre que des lettres et des chiffres. Il doit toujours se terminer par l extension ".txt". Sur un Mac, le nom d un fichier peut contenir des espaces. Il n est pas nécessaire qu il se termine par ".txt", mais c est une bonne habitude à adopter pour faciliter le transfert de ces fichiers vers un PC. Comment utiliser TextWrangler pour écrire des commandes pour R Lorsque vous vous familiariserez avec le langage R, vous écrirez plein de lignes de commandes dans la console et pour la plupart ce sera des tests ou des commandes erronées. Une fois que vous aurez trouvé et testé la bonne commande, vous la copierez dans votre fichier TextWrangler. Une autre raison pourquoi il est important de procéder de la sorte est que lorsqu une commande est exécutée dans R, il n y a pas de possibilité de retour en arrière. Donc, si par erreur vous avez effacé un objet de R, c'est sans conséquence car vous aurez stocké toutes vos bonnes commandes dans un fichier indépendant. Il ne vous restera donc plus qu à copier-coller l ensemble de vos commandes afin de reconstituer l objet que vous avez perdu. N hésitez pas à effectuer cette tâche régulièrement afin de vérifier que vous n avez pas oublié de prendre en note une commande importante. Quand vous copierez vos commandes R dans votre fichier TextWrangler, surveillez les points suivants: Utilisez une seule commande par ligne ou utilisez le «;» pour séparer deux commandes différentes. Évitez les accents. N ajoutez pas de ponctuation non essentielle Ajoutez de nombreux commentaires à votre script afin de documenter votre travail. Un commentaire est créé lorsque qu un dièse «#» est mis en début de ligne. À la lecture de ce dièse, R n interprètera simplement pas la ligne. Pour faire un copier-coller, sélectionnez la partie à copier dans votre document TextWrangler avec la souris. Une fois votre texte saisi, appuyez sur pomme + C, allez à l endroit où vous voulez coller votre document (ici, la console R) et appuyez sur pomme + V. À la fin de la séance, vous devez rendre une copie de votre console R sans message d erreur. Il est donc essentiel de préparer vos documents avec TextWrangler et de les sauvegarder souvent. Une fois que votre travail est terminé, fermez R. Ouvrez-le à nouveau et collez l ensemble de votre document TextWrangler dans la console R. Voilà! Vous aurez une console R toute neuve et complète contenant tous vos résultats et sans message d erreur. S il y en a, vérifiez vos commandes. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 10

Le langage R v.2.3.1 R est un programme de calcul statistique et un langage de programmation. Sa grande souplesse vient de sa grande simplicité. Par simplicité, vous devez comprendre qu il n y a pas d icône, de boutons de raccourcis, de présentation amusante ou de petits dessins pour vous distraire. Vous avez le contrôle de votre script et R exécute exactement ce que vous lui demandez. R, qui est gratuit, est déjà installé sur les ordinateurs de l université. Si vous travaillez chez vous voici les adresses Internet utiles. R-project : www.r-project.org Mac : http://lib.stat.cmu.edu/r/cran/bin/macosx/old/r-2.3.1.dmg PC : http://lib.stat.cmu.edu/r/cran/bin/windows/base/old/2.3.1/r-2.3.1-win32.exe Ouvrir R R est rangé dans votre ordinateur soit au bas de votre écran, soit dans le dossier "Autres Programmes" accessible par l icône montrant un aigle. Pour l ouvrir, cliquez sur son icône: un R bleu dans une ellipse. Une fois que R est ouvert, une page apparaît à l écran. C est la console de R. Quand nous parlons de la console, nous parlons de cette page. Qu est-ce que la console La console est une grande page déroulante. Au bas de la page, c est à la suite du «>» que vous écrivez vos commandes. Au fur et à mesure que vous tapez vos commandes suivies de la touche «Retour», l historique de vos commandes et les résultats produits sont inscrits dans la page déroulante. Comment fonctionne R Dans le présent document, tout ce qui est sous ce format : cat(" Bonjour à tous! " ) est une commande qui peut-être directement tapée dans la console (je vous déconseille de les copier, vous êtes ici pour apprendre n est-ce pas ). : R possède les caractéristiques suivantes : 1- Fonctionne de la même façon qu une calculatrice. 2- Les résultats peuvent être stockés dans des objets de différents types (vecteur, matrices, tableaux de données et des listes). 3- Les objets créés peuvent être soumis à des comparaisons et à des opérations mathématiques. 4- R utilise une très vaste quantité de fonctions. Nous pouvons accéder à ces fonctions directement, ou par l entremise de librairies gratuites. Afin d atteindre les fonctions stockées dans les libraires, ces dernières doivent êtres chargées dans R à l aide de la commande suivante : «library()». 5- R permet à l utilisateur de créer ses propres fonctions, qui seront chargées par «source()». 6- R permet la représentation graphique et l exportation de nos données dans des formats flexibles et conviviaux. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 11

Les caprices de R Afin d améliorer votre expérience avec le langage R, il est impératif de débuter avec une bonne approche méthodologique. Quoique certaines des étapes que nous vous proposons paraîtrons inutiles, voire une pure perte de temps, lorsque vous entamerez de plus vastes opérations avec R, ces petites habitudes deviendront vos plus grands outils. Donc, voici quelques petits trucs : R est sensible aux majuscules et aux minuscules. Turlututu ne veut pas dire la même chose que turlututu ou TURLUTUTU. R ne comprend pas les accents ; évitez-les à tout prix. On ne peut pas reculer dans R pour effacer un message d erreur, d où l utilisation de TextWrangler (ou BBEdit.Lite). On peut rappeler les commandes antérieures, les corriger et les faire exécuter de nouveau. Pour le faire, il suffit de taper la flèche vers le haut. Cette manoeuvre vous permet de d éditer une ancienne commande, et de la relancer. R est très sensible aux coquilles typographiques alors soyez vigilants, il n y pas de correcteur ni de cerveau interprétant vos erreurs, encore moins une liste de suggestions. En complément du présent document, lisez aussi l introduction au langage R écrite par Pierre Legendre. Ce document (7 pages) fournit l essentiel des commandes de base de R. Dès que vous avez ouvert R, prenez l habitude de lui indiquer quel est votre dossier de travail. Pour ce faire, allez dans la barre de menu et sélectionner : Mac : Divers -> Changer de répertoire de travail PC : Fichier -> Changer le répertoire courant Cette étape est utile car elle donne un accès facile aux fichiers qui se trouvent dans votre dossier de travail. Ainsi lorsque vous importerez un fichier de données à l aide de la fonction «read.table( )», vous n aurez qu à inscrire le nom de votre fichier de données dans l argument «file» et non le chemin d accès complet, voici un example: read.table( file = "FichierDonnées.txt" ) vs read.table( file = "Volume de Travail/DossierDeTravail/FichierDonnées.txt" ) Si vous ne le faites pas, vous allez avoir des problèmes dès que vous essaierez d aller chercher un document. La commande «read.table( file.choose() )» permet d accéder à une boîte de dialogue pour la recherche des fichiers sans avoir à préciser le répertoire de travail. Cette commande peut vous dépanner si vous êtes coincé en plein travail, mais pour un travail prêt à imprimer, il vaut mieux bien sélectionner son répertoire de travail. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 12

Méthodologie de travail Nous vous demandons toujours travailler dans la console R. Testez et essayez sans crainte vos nouvelles commandes. Lorsque vous aurez une commande qui vous satisfait, copier la dans votre fichier TextWrangler. Ce fichier doit constamment être mis mettre à jour pour les raisons suivantes : Sauver du temps lorsque vous entreprendrez des analyses de données plus poussées. Éviter la perte de toutes vos commandes si la console R plante. Faciliter la correction de vos lignes de commandes. Surtout, à la fin de vos séances informatiques, vous pourrez fermer R, ouvrir une nouvelle console et y coller le script final (l ensemble de vos bonnes commandes) afin de produire une console finale exempte de message d erreur et de texte superflu. Cette manière de faire est aussi un premier pas vers la création de fonctions utilisables en R. Les erreurs typiques Avant toutes choses, il faut savoir que lorsque la console R ne comprend pas votre commande, elle affiche une sortie du genre : Erreur : objet "xdfgdsf" non trouvé Avant de poser une question à votre démonstrateur, veuillez s il vous plaît, lire l erreur sans paniquer et essayez de la comprendre. Vous pouvez toujours vérifier les points suivants : Il ne manque pas de «( )», de «{ }» ou de «[ ]». Vérifier que lorsque vous entrez des données ou un argument de type caractère, vous utilisez les «" "». Vérifier que les noms d objets sont bien écrits. Vous pouvez utiliser la fonction «ls( )» pour afficher à l écran tous les noms d objets en mémoire. Assurez-vous d utiliser les bons noms d arguments. Vous pouvez voir l orthographe et la syntaxe des arguments associés à une fonction à l aide du symbole «?». Consultez la section «À l aide» de ce document. Les touches de raccourci Pour utiliser une touche de raccourci, appuyez en même temps sur une touche portant une pomme et sur la lettre désirée. Pomme Q Pomme C Pomme X Pomme V Pomme S Pomme U Pomme B Pomme I Ferme le programme en cours. Copie la section de texte sélectionnée. Coupe la section de texte sélectionnée. Colle la section de texte copiée ou coupée. Sauvegarde le document actif. Ajoute ou enlève le souligné. Ajoute ou enlève le caractère gras. Ajoute ou enlève l italique. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 13

La typographie Les informations pour l utilisation de R se retrouvent dans les pages qui suivent. Pour savoir quoi faire, consultez la bonne rubrique. Pour le reste, à vous de jouer. Posez des questions au besoin. Commentaires # Le dièse «#» est une commande essentielle, (shift + 3). L utilisation de ce symbole indique à R d ignorer le texte ou les commandes qui suivent le «#». Le dièse est en soi une commande qui permet à l utilisateur de créer des commentaires. Utilisez «#» avec surabondance. Inscrivez le titre ainsi que votre nom au haut de votre travail et surtout pour annoncer avant chaque ligne de commande ce que vous voulez faire. C est une façon de faciliter la correction et donc de vous assurer un maximum de points. # Séance Informatique #1 # Sébastien Durand # Ces commentaires sont affichés dans la console, # mais en soi, ils ne sont pas exécutés. Symboles d attribution <- Ce signe voudrait dire en français : «devient». Ainsi, ce qui précède prend la valeur de ce qui suit. Allo <- 4 * 8 «Allo» devient quatre fois huit. Notez que ce signe peut aussi s écrire à l envers, mais cela n est pas habituel en R: 4 * 8 -> Allo Pour écrire «<» à partir de votre clavier, appuyez sur les touches alt + «virgule». Pour écrire «>» à partir de votre clavier, appuyez sur les touches alt + «point». = Est égal, ou devient. Cependant, nous préférons l utilisation de «<-» Allo = 4 * 8 Les opérateurs arithmétiques + - Ce sont les symboles mathématiques pour additionner et soustraire. Allo <- 4 * 8 + 16 /2 40 * C est un opérateur de multiplication. Pour les matrices, il effectue le produit Hadamard (une multiplication élément par élément). Allo <- 4 * 8; Allo Allo <- matrix(1 : 4, 2, 2); Allo * Allo / C est un opérateur de division. Pour les matrices, cette commande produit la division élément par élément. Allo <- 8 / 2; Allo Allo <- matrix(1 : 4, 2, 2); Allo / Allo Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 14

^ C est le symbole pour l exposant. Ainsi, six exposant trois ou 6 x 6 x 6 : Allo <- 6 ^ 3 Pour d autres racines, n oubliez pas qu un nombre élevé à la puissance (1/racine) donne la racine. Ainsi, la racine cubique de 216 peut être trouvée en calculant : Allo <- 216 ^ (1/3) ATTENTION : Il ne doit pas y avoir d espace entre les symboles des opérateurs suivants : %*% Produit matriciel. Allo <- matrix(1 : 4, 2, 2); Allo %*% Allo %/% Division entière de deux nombres, ou division matricielle. Allo <- 5 %/% 2; Allo %% modulo (reste de la division entière). Allo <- 5 %% 2; Allo Opérateurs de comparaison Les Opérateurs de comparaison retournent des valeurs logiques, soit «TRUE» ou «FALSE». Ils sont nécessaires à la construction de fonctions. > Supérieur à. < Inférieur à. 5 > 2 2 < 5 >= Supérieur ou égal à. 5 >= 5 <= Inférieur ou égal à. 4 <= 5 == Égal (opérateur logique). 5 == 2!= Inégal, différent (opérateur logique). 5!= 2 Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 15

Opérateurs logiques & ou && «et» logique. Tapez les commandes suivantes et voyez les résultats : 5 > 2 && 6 <= 6 1 > 10 && 6 == 6 ou «ou» logique, alt + «/». 1 > 10 6 <= 6! «non» logique. Dans l exemple «!=» équivaut à «pas égal à». Cette opérateur doit toujours être utilisé en fonction d un autre. Il ne doit pas avoir d espace qui suivant le «!». 1!= 0; 1!= 1 Les parenthèses et les crochets ( ) Contient les arguments d une fonction ou les valeurs d un vecteur. Sur votre clavier, les parenthèses sont obtenues en tapant shift + 9 et shift + 0. max(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9)) [ ] Contient les indications pour lire des données particulières dans un tableau. Sur votre clavier, les crochets sont obtenus en tapant alt + 9 et alt + 0. Test <- c(10,30,50,70,90); Test[3] Les espaces dans une commande Les espaces n ont pas d importance, ils ne sont là que pour faciliter la lecture. À l exception des opérateurs ayant plus d un symbole. La virgule, Ce symbole permet la séparation des éléments constitutifs d un objet ayant plus d une valeur. Les deux points c(1, 3, 5, 7, 9, 11) : Ce symbole permet la création d une série d éléments consécutifs. Le point virgule c(1 : 11) ; Ce symbole déclare la fin d une commande et permet conséquemment l écriture de plusieurs commandes sur une ligne unique. NoteAlbert <- 90; NoteAlbert <- NoteAlbert +10 NoteAlbert Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 16

Les fonctions à connaître par coeur Le petit c c( ) Cette fonction signifie «combine». Elle est omniprésente dans le langage. Mot1<-"Bonhomme" Mot2<-"Michelin" c("le", Mot1, Mot2, "se dégonfle") Les objets en mémoire ls( ) Cette fonction liste à l écran tous les objets mis en mémoire. ls( ) Effacer un objet rm( ) Cette fonction signifie «remove». Elle efface un objet qui se trouve dans la mémoire. Mot1<-"Bonhomme" rm(mot1) ls() Effacer tous les objets en mémoire rm( list = ls( ) ) Cette fonction liste puis efface tous les objets mis en mémoire. ls( ) rm( list = ls( ) ) ls( ) Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 17

À l aide apropos() Vous cherchez une fonction? Eh bien cette fonction affiche la liste de toutes les fonctions ayant dans leur nom la chaîne de caractères donnée en argument. apropos(mean)? Ce symbole est extrêmement important. Il permet de faire apparaître un fichier d information (en anglais) dans une nouvelle fenêtre. Ce fichier permet à l utilisateur d apprendre comment utiliser la fonction. Pour faire apparaître un fichier d aide, il suffit de mettre le symbole «?» avant le nom de la fonction pour laquelle nous souhaitons recevoir de l aide. Le fichier d aide affiché vous informe sur l usage, la nature des arguments et des valeurs de sortie et donne aussi des exemples concernant l utilisation de la fonction. help.search(" ") example( )?mean Cette commande vous fournira la liste de toutes les fonctions qui contiennent la chaîne de caractères demandée dans leur description. En somme, cette fonction vous permet de faire une recherche générale dans les fichiers d aide de R. help.search("random sample") Cette fonction vous permet d exécuter le ou les exemples retrouvés dans le fichier d aide d une fonction. example(mean) library(help=nom_de_la_librairie) Cette fonction vous permet d afficher les noms et une brève description de toutes les fonctions disponibles dans une librairie donnée. library(help = MASS) Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 18

Les objets L art de nommer les objets Cette section est primordiale. Bien nommer et savoir utiliser les différents types d objets de R est essentiel. C est à vous qu incombe de nommer vos objets et d y inscrire ce qui vous convient. Choisissez des noms courts, mais descriptifs pour vous rappeler ce que vos objets contiennent. Pour votre bien-être, dans vos noms d objets: Évitez les accents, les espaces, les signes de ponctuation ; notez que le point est cependant autorisé. Utilisez seulement des lettres, des chiffres et des points. Un nom d objet doit commencer par une lettre. Utilisez des noms qui ne ressemblent pas à une fonction afin d éviter toute confusion. R distingue les lettres majuscules des minuscules, alors soyez vigilant. À titre d exemple, essayez de deviner ce que pourraient contenir ces objets : SumMasseGars Sum_Masse_Gars Sum.Masse.Gars MoyenneMasse Moyenne_Masse Moyenne.Masse EcartMasse Ecart_Masse Ecart.Masse Essayer maintenant avec ceux-ci : summassegas toto bubulle Si vous voulez que le correcteur des TP comprenne quelque chose à votre travail, choisissez des noms adéquats pour vos objets. L utilisation de la majuscule pour chaque mot-clef aide énormément la lecture et qui plus est se trouve être une convention d écriture dans certains langages comme le Java. Les différents types d objets qu utilise R Un vecteur est un objet qui contient des informations. Les informations contenues peuvent être numériques ou alphabétiques et chaque vecteur peut comprendre un ou plusieurs éléments dans une ligne ou une colonne. En soi, un vecteur est unidimensionnel. Les autres objets principaux utilisés dans R sont les matrices. Elles ont plusieurs lignes et colonnes, en général numériques, et sont bidimensionnelles. Les "data.frames" sont une sorte de matrice pouvant contenir des vecteurs de différentes natures de types caractères ou chiffres. On utilise abondamment les vecteurs pour y inscrire des données extraites d un tableau, pour éviter les calculs répétitifs, pour se retrouver dans son travail et réutiliser des informations obtenues précédemment. En fait, il vaut mieux envoyer chaque résultat de calcul dans un vecteur pour le réutiliser ou l afficher au besoin. Pour de plus amples détails, allez voir les fichiers d aide suivants :?vector?matrix?data.frame #?list est facultatif Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 19

Écriture dans un vecteur Un vecteur est fait pour contenir de l information. C est à vous de lui dire ce qu il doit contenir. Vous pouvez le faire en assignant directement au vecteur les valeurs qu il doit contenir. Exemple : vous avez pesé cinq mésanges dont voici les masses en grammes : 10, 12, 11, 10 et 11. Voici comment inscrire directement ces informations dans un vecteur à l aide de la fonction «c( )» Masse <- c(10,12,11,10,11) Ce qui voudrait dire en français : "le vecteur Masse contient les données 10, 12, 11, 10, 11." Afficher le contenu d un vecteur Vous voulez savoir ce que contient un vecteur? Tapez son nom puis Retour et voilà, le contenu sera affiché. Par exemple, vous venez de créer le vecteur Masse; eh bien tapez : masse et vous obtiendrez l erreur suivante : Erreur : objet "masse" non trouvé C est normal, il n y a pas d objet sous ce nom. Pour voir ce que vous avez en mémoire, tapez : ls( ) Vous voyez que l objet affiché a une majuscule «Masse». Tapez : Masse et vous obtiendrez la ligne suivante : [1] 10 12 11 10 11 Notez que le contenu du vecteur est précédé d un numéro entre crochets. Ce numéro est en fait le numéro indiciel du premier élément affiché sur la ligne de la console. c(5 : 105) Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 20

L importation de données contenues dans un fichier externe La plupart des données que vous devrez utiliser sont dans des fichiers préexistants. C est plus simple que de tout taper à la main chaque fois. Vous devrez aller chercher ces données et elles seront immédiatement importées dans un data.frame (une série de vecteurs de différents types). Pour transférer vos données à la console R : Ouvrez votre fichier à l aide de TextWrangler. Vérifiez qu il est compatible avec R. Vérifiez quel est le séparateur utilisé pour définir une colonne. Est-ce le tabulateur, la virgule ou l espace? Vérifiez si c est le point ou la virgule qui délimitent les valeurs décimales. Cherchez s il y a un titre à chaque colonne, ou non. Cherchez si la première colonne contient, ou non, des identificateurs de lignes. Sauvegardez le document avec l extension.txt dans votre dossier de travail. Utilisez la fonction read.table.?read.table Exemple : un fichier résidant sur le disque dur de l ordinateur comprend les dates d événements spéciaux en astronomie, incluant le jour, le mois et l année. Tapez-le dans TextWrangler en séparant les colonnes par des tabulateurs. Nom jour mois annee Galilée 23 1 1610 Spoutnik 20 4 1957 Gagarine 4 7 1961 Apollo 8 12 11 1968 Armstrong 21 12 1969 Après l avoir écrit et vérifié selon les critères mentionnés plus haut, vous le sauvegardez sous le nom astro.txt dans votre dossier de travail. Maintenant vous voulez le transférer dans un objet R appelé DatesAstro. Vous tapez la commande : # Dans le fichier d aide de read.table, regardez les # arguments suivants : sep et dec. À titre indicatif "\t" est # l équivalent en langage R de tabulateur. DatesAstro <- read.table(file = "astro.txt", header = TRUE, row.names = 1, sep = "\t", dec = ".") Le contenu de la parenthèse (arguments de la fonction): file = "astro.txt" Remarquez les guillemets qui encadrent le nom du fichier dans le dossier de travail header = TRUE La première ligne indique les noms de colonnes ; si ce n était pas le cas, ce serait header=f; on pourrait aussi omettre header; row.names = 1 La première colonne contient des identificateurs des lignes; si ce n est pas le cas, on n inscrit rien. sep = "\t" Définit les tabulateurs comme séparateur de colonnes. dec = "." Définit le point pour délimiter les valeurs décimales. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 21

Utiliser une partie d un tableau Vous voulez utiliser seulement une partie des données d un tableau. Il faut avoir importé un tableau, par exemple «DatesAstro». Puis il faut utiliser les crochets pour sélectionner une partie du tableau. Remarquez que cette notation peut être appliquée à la fois aux vecteurs, aux matrices, et aux «data.frames». Par exemple, vous voulez aller chercher la valeur de la deuxième ligne, troisième colonne. Pour le faire, écrivez : DatesAstro[ 2, 3 ] La valeur apparaîtra dans la console R. Pour lire une colonne ou une ligne entière, voici comment faire. Pour lire toute la ligne 3, tapez : DatesAstro[ 3, ] Pour lire toute la colonne 1, tapez : DatesAstro[, 1 ] En tapant directement ce que vous voulez sans le recopier dans un vecteur, vous pouvez lire la valeur, mais vous ne pouvez pas l utiliser pour des calculs ultérieurs. Il vaut donc mieux placer les informations extraites dans un nouvel objet. Voici comment placer les valeurs de la colonne 1 dans un vecteur appelé "Colonne1": Colonne1 <- DatesAstro[, 1 ] À ce moment, rien n apparaît dans la console. C est normal. Pour vérifier ce que contient le vecteur colonne, tapez : Colonne1 Chaque fois que vous aurez besoin du contenu de la colonne 1, vous n aurez qu à faire appel au vecteur "Colonne1" dans vos calculs. Si vous voulez aller chercher plusieurs valeurs disparates du même tableau et les placer dans un vecteur nommé "DateJMA" à l aide de la fonction "c( )" (combine), suivez ce modèle : DateJMA <- c(datesastro[3,1], DatesAstro[2,1], DatesAstro[1,1]) puis tapez : DateJMA et le contenu du vecteur s affichera dans la console R. Vérifier le contenu d un vecteur. Chaque fois que vous assignez un contenu à un vecteur, il est nécessaire de vérifier immédiatement le contenu de ce vecteur. Cette vérification doit apparaître dans la copie de votre console R à rendre. Pour ce faire, tapez le nom du vecteur seul sur une ligne et son contenu apparaîtra. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 22

Des fonctions courantes Trouver la longueur d un vecteur (nombre de valeurs) length( ) Cette fonction trouve le nombre d éléments que possède un objet. Doigt<-c(1,2,3,4,5,1,2,3,4,5) NbDoigt <- length( Doigt ); NbDoigt Attention, cette fonction fournit le nombre total d éléments. Si «matrice» est une matrice de 4 lignes et 3 colonnes, length(matrice) renvoie 12. Pour connaître les dimensions d une matrice, utiliser : nrow( ) ncol( ) Pour connaître le nombre de lignes d une matrice. Matrice <- matrix( 1 : 20, 4, 5 ) nrow( Matrice) Pour connaître le nombre de lignes d une matrice, Matrice <- matrix( 1 : 20, 4, 5 ) ncol( Matrice) Additionner tous les éléments d un vecteur sum( ) Cette fonction fournit la somme de tous les éléments de l objet donné en argument. Calculer une moyenne sum(doigt) mean( ) Cette fonction donne la moyenne de tous les éléments de l objet donné en argument. NbGrainCafe <- c(10 :15, 40, 43, 1231, 343, 4) MoyNbGrainCafe <- mean(nbgraincafe); MoyNbGrainCafe Trouver la médiane median( ) Cette fonction trouve la valeur médiane de tous les éléments de l objet donné en argument. MedNbGrainCafe <- median(nbgraincafe) MedNbGrainCafe Calculer la variance var( ) Cette fonction trouve la variance de tous les éléments de l objet donné en argument. var(nbgraincafe) Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 23

Trouver les valeurs extrêmes min( ) Cette fonction trouve la valeur minimum de tous les éléments de l objet donné en argument. min(nbgraincafe) max( ) Cette fonction trouve la valeur maximum de tous les éléments de l objet donné en argument. max(nbgraincafe) range( ) Cette fonction trouve la valeur minimale et la valeur maximale dans un vecteur ou une matrice. La sortie ou l objet retourné par cette fonction est donc un vecteur ayant deux valeurs. Obj<-c(1,4,3,6,2,5,76,3,4,5) Resultat<-range( Obj ); Resultat Minimum <- Resultat[1] # Valeur minimum Maximum <- Resultat[2] # Valeur maximum Trouver l étendue de la variation Pour trouver l étendue de variation (différence entre le maximum et le minimum), simple calcul : mettez les valeurs extrêmes dans des vecteurs appelés Maximum et Minimum et faites la soustraction: Etendue <- Maximum - Minimum Vous pourriez aussi calculer directement l étendue de variation en combinant les méthodes: Etendue <- max(obj) - min(obj) Au besoin, pendant les cours, n hésitez pas à lever la main après avoir vérifié toutes vos techniques de travail. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 24

Produire un histogramme de fréquences Pour obtenir un histogramme de fréquences, vous devez utilsez la fonction «hist( )» ; notez qu il faut inscrire plusieurs arguments dans les parenthèses. Voici comment formuler votre demande. Vous pouvez aussi aller voir les fichiers d aide «?hist» : # Inscrivez la fonction suivante dans la console, elle modifiera les marges du graphique (toujours utiliser comme tel) par(mar=c(10.1,4.1,4.1,2.1)) # Créer l histogramme hist(x = vecteur, breaks = c(borne1, borne2,...), freq = TRUE, right =FALSE, main = NULL, xlab="titre axe des x", ylab="titre axe des y", xaxt="n") # Créer l axe des x axis(1, at = c(borne1, borne2,...)) Dans cette commande, x = vecteur Le nom de votre vecteur contenant les données brutes à présenter sous forme d histogramme. breaks=c(borne1, borne2, ) Signifie qu on indique les limites des classes qui ont été calculées grâce à la règle de Sturge (calcul fait à l avance, dans R ou à la main), et qu on les place dans un vecteur. On doit indiquer toutes les bornes, incluant la première et la dernière, mais chaque borne doit n apparaître qu une seule fois (par example, mettre c(1,3,5) pour des classes de 1 à 3 et de 3 à 5). freq=true Indique que vous voulez un histogramme de distribution de fréquences absolues. right=false Indique que les bornes des classes sont fermées à gauche et ouvertes à droite. main=null main = le titre au haut du graphique. NULL signifie qu'on n écrit pas de titre par défault. Nous alons par la suite ajouter un titre, mais cette fois au bas du graphique. xlab="titre axe des x" Le titre de l abscisse avec les unités. ylab="titre axe des y" Le titre de l ordonnée avec les unités. xaxt="n" Pour ne pas afficher l axe des x. La fonction axis() permettra plus de flexibilité dans le formatage de l axe. En ce qui concerne la fonction axis() : Le premier argument donne la position de l axe, 1 étant en bas, et 2 étant à gauche. Le deuxième argument, «at», vous permet de définir les valeurs que vous voulez voir apparaître comme graduation. Remarquez que pour l axe des x on vous suggère d utiliser les bornes des classes afin de répondre aux exigences du Bio2041. Une fois votre commande complétée, votre histogramme va apparaître dans une nouvelle fenêtre ouverte par R et appelée "Quartz(2)" sur les postes de la salle informatique. Remarquez cependant qu il manque le titre de la figure, il a été délibérément supprimé dans l appel. Voici comment créer des titres ayant des formats plus souples. # Crée le titre principal sous l axe des x mtext("première ligne de titre\ndeuxième ligne de titre", side = 1, line = 7.5) Le symbole "\n" code pour un retour de chariot (i.e., un retour de ligne). Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 25

Raccourcir une formule de calcul Certaines formules de calcul sont extrêmement longues et pleines de parenthèses. Il est facile de commettre des erreurs lorsque vous essayez de les transcrire. Comment vous en sortir? Découpez la formule en morceaux en utilisant des vecteurs. Voici un exemple de formule assez longue qui aurait avantage à être fractionnée : ( ( vecteur + 1 ) * ( vecteur + 2 ) ) 2 ( ( 2 * ( ( vecteur + 1 ) 2 ) ) + ( 3 * ( ( vecteur + 2 ) 3 ) ) + ( 4 * ( ( vecteur + 3 ) 4 ) ) ) Voici une suggestion pour fragmenter la formule : Numerateur <- ( ( vecteur + 1 ) * ( vecteur + 2 ) ) ^ 2 A <- 2 * ( ( vecteur + 1 ) ^ 2 ) B <- 3 * ( ( vecteur + 2 ) ^ 3 ) C <- 4 * ( ( vecteur + 3 ) ^ 4 ) Denominateur <- A + B + C Reponse <- Numerateur / Denominateur Ligne trop longue R ne voit pas qu une ligne est trop longue et qu elle dépasse la largeur de l écran ou celle de la page sur laquelle un graphique sera imprimé. Quand vous tapez une commande, ce n est pas bien grave, mais quand vous voulez imprimer le titre d un graphique, vous avez un problème. Vous pouvez sectionner une chaîne de caractères à l aide des caractères «\n». Titre <- "Première ligne du titre\ndeuxième ligne du titre"); plot(1 :10, main=titre) Travailler à la maison Vous décidez de faire votre travail à la maison. Utilisez les adresses Web mentionnées dans ce document. Dans la fenêtre "Download and Install R " Pour les machines opérant sous Mac OS X (10.2.x and above), choisissez la version de R 2.3.1 (ou la plus récente) Pour les machines opérant sous Mac OS (System 8.6 to 9.1 and MacOS X up to 10.1), choisissez 171.sit, qui est la dernière version supportée (il n y a plus de mise à jour depuis lors). Pour les machines opérant sous Windows (95 and later), choisissez la version de R 2.3.1 (ou la plus récente). Ensuite, vous suivez les instructions. Ça peut être long surtout si vous ne disposez pas d Internet haute vitesse. Attention! Les problèmes d informatique seront résolus en classe ; posez vos questions pendant les séances de démonstration. Il est fortement conseillé de terminer votre travail avant de partir de la salle d informatique. Nous ne pourrons pas assurer un débogage continuel de vos travaux par le biais de la liste! Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 26

Sauvegarder et imprimer vos travaux effectués avec R Pour sauvegarder votre console R, allez dans le menu Fichier -> Sauver comme ; dans la boîte de dialogue, sauvegardez votre document dans votre dossier de travail sous le nom qui vous plaît suivi de l extension.txt. Donnez un nom à votre document, sinon R en mettra un par défaut. Imaginez la confusion à l imprimante si toute la classe a le même nom de fichier! Pour imprimer, ouvrez à l aide de TextWrangler votre document console sauvegardé comme indiqué ci-dessus. Cliquez sur l option Soft Wrap Text. Ceci formate votre document de façon à ce qu il n y ait pas de ligne ayant plus de 80 caractères. Allez sélectionner le menu File -> Print. Faites un aperçu avant impression, vous verrez alors avec le nombre de pages à imprimer si vous avez oublié de faire le Soft Wrap Text. Vous avez besoin de votre carte de photocopie (0,08$ par page) pour imprimer vos documents dans la salle des imprimantes A-319 juste à côté du local A-335. Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 27

Pour les imprimer à la maison, envoyez-vous vos documents par courriel en les attachant en pièces jointes. Nous ne sommes pas responsables si vos documents ne se rendent pas, si votre imprimante est défectueuse, s il y a une panne d électricité, si votre ordinateur plante, si votre chat a tout effacé... toutes de bonnes raisons pour terminer votre travail en classe. Pour imprimer un histogramme ou toutes autres illustrations, enregistrez votre document avec le menu Fichier -> Sauver comme. Pour imprimer, la commande est : Fichier -> Imprimer. ATTENTION! Faites absolument un aperçu avant impression pour voir quelle portion de la page sera utilisée ou si votre document se retrouvera sur quatre pages au lieu d une seule. La façon d ajuster la taille du document sur les ordinateurs de l Université est d annuler l impression, de retourner à votre figure et, avec la souris, de modifier la taille de l image à l écran en tirant sur le coin inférieur droit du document. Refaites une demande d impression, vérifier l aperçu avant impression et ajustez de nouveau jusqu à ce que la taille du document vous convienne. Bonne chance! Bio2041 Introduction à Mac OS X, BBEdit et R 28